Translasi & Mekanismenya

Bagaimana proses transkripsi

berlangsung pada nucleosome
Asam amino & Codon pada tRNA
Unit ribosome
Aktivasi tRNA
Translasi
Siklus 1 translasi pada ribosom
Bagaimana dengan …
Degradasi setelah
translasi
Transpeptidasi pada perpanjangan
translasi serta terminasi
 tRNA P site tRNA A site
Transpeptidation O O
(peptide bond O P O CH2
O
Adenine O P O CH2
O
Adenine

formation) melibatkan O  H H O
H
H H
H
nucleophilic attack H
O
H
OH O OH

O C O C
HC R
Pada amino N dari asam HC R
:NH2
amino yang terikat di NH

3'OH terminal Adenosine

C
dari tRNA di A site pada O
HC R
carbonyl C dari asam amino NH3+

(yang terikat dengan polypeptide panjang) dalam bentuk

ikatan ester pada tRNA di sisi P site.
Reaksi ini difasilitasi secara geometry pada sisi aktif dari
residu 23S rRNA bagian ribosomal subunit besar. No
protein didapat di sisi aktif tsb.
 tRNA P site tRNA A site
O O
Adenine O P O CH2 Adenine
O P O CH2 O
O  H H
O H H O
H H H H
O OH O OH

O C O C

HC R HC R

NH :NH2

O C
HC R
NH3+

23S rRNA bertindak sebagai "ribozyme."

Produk lain dari reaksi ini adalah dibebaskannya proton
(H+) dari pemanfaatan amino N.
 tRNA P site tRNA A site
O O
O P O CH2 Adenine O P O CH2 Adenine
O O
O H H O H H
H H H H
OH OH O OH
O C
HC R
NH
O C
HC R
NH

O C
HC R
NH3+

H+ didonasikan ke hydroxyl dari tRNA di P site, terjadilah

pemutusan ikatan ester di P site tsb.
 tRNA P site tRNA A site
O O
O P O CH2 Adenine O P O CH2 Adenine
O O
 H H  H H
O O
H H H H
OH OH O OH
Perpanjangan O C
polypeptide HC R
(dengan NH

bertambahnya O C

satu residu) HC R
NH
berlekatan pada
sisi A-tRNA.
O C
HC R
NH3+
 tRNA grey, EF-Tu
red, EF-G blue

tRNA yang kosong di sisi P akan bergerak ke sisi E (exit)

selama translokasi.
Translocation dari ribosome -- mRNA melibatkan GTP-
binding protein EF-G.
Ukuran dan bentuk EF-G sebanding dengan kompleks dari
EF-Tu dan aa-tRNA.
Studi structural & molecular dynamics menunjukkan
bahwa EF-G-GTP binding di lingkungan A site seperti
ratchet-like motion antara ribosomal subunit kecil vs
subunit besar.
 large subunit tRNA

EF-G

mRNA
small subunit location
Figure provided by Dr. J. Frank, Wadsworth Center.

tRNA yang berlekatan dengan polypeptide yang mengalami

perpanjangan didorong dari A site ke P site.
Selanjutnya tRNA yang sudah melepaskan asam amino yang
berada di P site bergerak ke E site.
Karena tRNAs berlekatan dengan mRNA secara codon-
anticodon base pairing, mRNA bergerak sepanjang ribosome.
Postulate terkait translokas dapat bersifat spontaneous
setelah ikatan peptide terbentuk, karena:
• deacylasi tRNA di P site memiliki afinitas yang lebih
tinggi terhadap E site, &
• peptidyl-tRNA di A site memiliki afinitas lebih tinggi
terhadap P site.
Interaski dengan ribosome, dilakukan oleh GAP (GTPase
activating protein) untuk EF-G, menyebabkan EF-G
menghidrolisis ikatan dengan GTP menjadi GDP + Pi.
EF-G-GDP selanjutnya berdisosiasi dari ribosome.
Fungsi domain EF-G terhadap GEF (guanine nucleotide
exchange factor) untuk membentuk EF-G-GTP.
 TERMINASI
Chain termination memerlukan release factors RF-1,
RF-2, & RF-3. RF-3 adalah GTP-binding protein kecil.

 RF-1 & RF-2 mengenal & berikatan dengan STOP

codons. Atau terjadi ketika stop codon diraih.
 RF-3-GTP memfasilitasi ikatan RF-1 atau RF-2 ke
ribosome.
 Saat release factors mencapai A site, Peptidyl
Transferase mengkatalisis transfer dari grup peptidyl
ke air (hydrolysis).
 Hydrolysis dari GTP dengan RF-3 menyebabkan
perubahan conformasi yang mengakibatkan
terdisosiasinya release factors.
 Ribosomal recycling factor (RRF) diperlukan, demikian
juga dengan EF-G-GTP dan IF-3, untuk pelepasan
uncharged tRNA (tRNA yang tidak bermuatan) dari P
site, dan disosiasi ribosome dari mRNA serta
terpisahnya kedua subunit ribosom.
Translasi di Eukaryotic
Translation mRNA sangat tinggi pengaturannya (highly
regulated) di multi-cellular eukaryotic organisms, berbeda
dengan di prokaryotes pengaturan hanya terjadi di tingkat
transkripsi.
Pengaturan secara umum/global regulation sintesis protein
 E.g., sintesis protein diatur terkait dengan cell cycle atau
saat sel merespon stress/cellular stresses, misal
lapar/starvation atau akumulasi dari unfolded proteins di
reticulum endoplasmic.
 Mekanisme termasuk pengaturan dengan
pengaktifansinyal/signal-activated phosphorylation atau
dephosphorylation dari factor inisiasi dan elongasi.
Translasi mRNAs tertentu dapat dihambat oleh molekul
small single-stranded microRNA yang terdiri dari 20-22
nucleotida.
MicroRNAs berlekatan via base-pairing ke 3’ sisi un-
translate mRNA beserta protein complex RISC (RNA-
induced silencing complex), menghambat translasi dan di
beberapa kasus dapat merangsang degradasi mRNA.
 Tissue-specific expression pada genome tertentu-
mengkoding microRNAs merupakan pengatur esensial
dalam mengontrol perkembangan embryonic.
 Beberapa bentuk cancer berasosiasi dengan perubahan
ekspresi dari microRNAs yang mengatur protein sintesis
yang berhubungan dengan progresi/keberlanjutan cell
cycle atau apoptosis.
Protein factors yang memediasi & mengontrol translasi
sangat banyak di eukaryotes dibandingkan di prokaryotes.
Eukaryotic factors ditandai dengan prefix "e".
 Beberapa factors sangat tinggi dikonserve/highly
conserved di kingdoms dalam taksonomi.
E.g., eukaryotic elongation factor eEF1A secara structural
dan fungsional mirip dengan yang di prokaryotic EF-TU
(EF1A).
 Sebaliknya, eEF1B, yang di eukaryotic equivalen dengan
GEF EF-Ts, yang relative lebih kompleks, memiliki multiple
subunits yang diregulasi phosphorylation.
Inisiasi protein sintesis lebih kompleks di eukaryotes
serta memerlukan sejumlah besar protein factors.
Initiation factor di Eucaryote (e.g., eIF3 & eIF4G)
berperan sebagai scaffolds, dengan beragam domain
yang berlekatan dengan protein-protein lainnya selama
pembentukkan kompleks inisiasi yang besar.
Pembentukan pre-initiation complex, termasuk di
dalamnya:
 Beberapa faktor inisiasi
 small ribosomal subunit
 inisiator tRNA, Met-tRNAiMet.
Kompelks ini selanjutnya berlekatan dengan complex lain
yang terpisah, di antaranya:
 mRNA
 initiation factors termasuk yang berinteraksi dengan 5'
methylguanosine cap & the 3' poly-A tail, struktur unik
mRNA eukaryotic.
 Di dalam complex mRNA pengaturan interaksi antar
factors berasosiasi dengan 5' cap & poly-A binding
protein.
Setelah initiation complex dibentuk, maka mereka akan
berpindah/translocates sepanjang mRNA dalam proses
yang disebut scanning, sampai codon inisiasi dicapai.
Scanning difasilitasi di eukaryotic initiation factor eIF4A,
yang berfungsi sebagai ATP-dependent helicase untuk
melipaskan lilitan/unwind mRNA secondary structure
saat melepaskan protein pengikatnya.
Sekuense pendek dari basa dekat dengan codon inisiasi
AUG dapat membantu di sisi recognition dari sisi start.
Setelah codon inisiasi dikenal, terhadi hydrolysis GTP dan
pelepasan initiation factors, saat itu large ribosomal
subunit tergabung dengan complex dan elongasi
berjalan.