ASAM AMINO, PEPTIDA,

DAN PROTEIN
 Protein
Suatu biomolekul
Terdapat dalam setiap makluk hidup
Jenis dan fungsinya bermacam-macam
Contoh protein :
keratin, terdapat kulit dan kuku
fibroin, terdapat pada sutera dan jaring laba-laba
50-70 ribu enzim yang mengkatalisis reaksi
biologis dalam tubuh
Apapun fungsinya, protein terbentuk dari banyak asam
amino yang saling berikatan membentuk rantai panjang
 Asam Amino

• Mempunyai dua gugus fungsi; gugus amino (basa)

dan gugus karboksilat (asam)

rantai samping
R H

C O
H2 N C gugus karboksilat

gugus amino OH
 IKATAN ANTAR ASAM AMINO

Antar unit asam amino saling berikatan melalui ikatan

amida, antara gugus –NH2 asam amino yang satu dengan
gugus –COOH asam amino yang lain.
Ikatan amida antar asam amino disebut ikatan peptida

ikatan peptida

H O H O H
O R H R

H2N C N C C N C C
C OH C N C C N C
H R H R H R
H O H O

banyak suatu protein

asam amino (polipeptida)
 PENGGOLONGAN ASAM AMINO

Berdasarkan sifat gugus –R (rantai samping)

dibedakan :
asam amino netral (15 macam asam amino)
terdapat satu gugus asam dan satu gugus basa
asam amino asam (2 macam asam amino)
terdapat dua gugus asam dan satu gugus basa
asam amino basa (3 macam asam amino)
terdapat satu gugus asam dan dua gugus basa
 STRUKTUR ASAM AMINO

O O
1. Rantai samping alifatis O

H 2N CH C OH H 2N CH C OH H2N CH C OH

H CH3 CH CH 3

Glisin (Gly) Alanin (Ala) CH3

O O Valin (Val)
H O
H 2N CH C OH H2 N CH C OH N
C OH
CH 2 CH CH3

CH CH 3 CH 2
Prolin (Pro)
CH 3 CH 3

Isoleusin (Ile) O O
Leusin (Leu)

H 2N CH C OH H2N CH C OH

CH 2 CH OH

OH CH3
2. Rantai samping hidroksilik
Treonin (Thr)
Serin (Ser)
3. Rantai samping aromatis
O O O

H2N CH C OH H 2N CH C OH H 2N CH C OH

CH2 CH2 CH 2

HN

Fenilalanin (Phe) OH Triptofan (Trp)

Tirosin (Tyr)

4. Rantai samping asam 5. Rantai samping amida

O O
O O

H 2N CH C OH H2 N CH C OH
H2N CH C OH H2 N CH C OH

CH 2 CH2
CH 2 CH2

C O CH2
C O CH2

C O NH2 C O
OH
NH 2
OH
Asam aspartat (Asp) Asam glutamat (Glu) Asparagin (Asn) Glutamin (Gln)
6. Rantai samping basa
O O O

H2N CH C OH H2 N CH C OH H 2N CH C OH

CH2 CH 2 CH2

CH2 CH 2
N
CH2 CH 2
NH
CH2 NH
Histidin (His)
NH2 C NH

NH 2
Lisin (Lys)
Arginin (Arg)

7. Rantai samping mengandung sulfur

O O O

H2N CH C OH H 2N CH C OH H 2N CH C OH

CH 2 CH 2 CH 2

SH CH 2 S
ikatan disulfida
S S
Sistein (Cys)

CH 3 CH 2

H 2N CH C OH
Metionin (Met)

O
Sistin (CysCys)
 CARA LAIN PENGGOLONGAN
ASAM AMINO

• Berdasarkan sifat kimia rantai samping, untuk keperluan

pembentukan ikatan antar ranta peptida:
• nonpolar (hidrofobik),
• polar, tak-bermuatan
• asam
• basa
nonpolar
-CH3

ala
val
leu
ile
pro
met
phe
trp
polar, uncharged
gly
ser
asn
gln

thr
cys
tyr
acidic

asp
glu
basic

lys
arg
his
Selain 20 jenis asam amino yang umum ditemui pada protein,
masih ada dua lainnya, yaitu selenosistein dan pyrrolysin, ditemui
pada beberapa organisme.
CH3
O
H O
C H
HSe O N C
N O
H 3N H H
H O H 3N H
Selenosistein
Pyrrolysine

GABA (-aminobutyric acid) terdapat dalam otak dan berperan

sebagai neurotransmitter
Homosistein terdapat dalam darah dan berhubungan dengan
penyakit jantung koroner
Tiroksin terdapat dalam kelenjar tiroid, berperan sebagai hormon
I
O O
I O
HS C O
H3 N
O O C
HO I O
H 3N H
 Aminobutyric acid I H 3N H
(GABA) Homosistein Thyroxine
 DAFTAR SINGKATAN NAMA ASAM AMINO
& PH ISOELEKTRIK
Nama Singkatan pI Nama Singkatan pI

Asam amino netral

Alanine Ala A 6.01 Phenylalanine Phe F 5,48
Asparagine Asn N 5,41 Proline Pro P 6,30
Cysteine Cys C 5,07 Serine Ser S 5,68
Gluthamine Gln Q 5,65 Threonine Thr T 5,60
Glycine Gly G 5,97 Trypthophan Trp W 5.89
Isoleucine Ile I 6,02 Tyrosine Tyr Y 5,66
Leucine Leu L 5,98 Valine Val V 5,56
Methionine Met M 5,74

Asam amino asam Asam amino basa

Aspartic acid Asp D 2,77 Arginine Arg R 10,76
Glutamic acid Glu E 3,22 Histidine His H 7,59
Lysine Lys K 9,74
 ASAM AMINO ESENSIAL

 Tubuh manusia hanya bisa mensintesis 11 macam dari 20 jenis

asam amino dalam protein. Ke-11 asam amino disebut asam amino
non-esensial
 Ke-9 jenis asam amino lain (disebut asam amino esensial) disintesis
oleh tumbuhan dan mikroorganisma. Karena itu harus diperoleh
lewat makanan
 Tidak ada batasan jelas antara a.a. esensial dan non-esensial;
 Contoh :
Tyrosin termasuk a.a. non-esensial karena dalam tubuh disintesis
dari Fenilalanin. Tetapi Fenilalanin harus diperoleh lewat makanan
Arginin dapat disintesis tubuh, tetapi sebagian besar arginin yang
diperlukan berasal dari makanan
TABLE 19.2
 STEREOISOMER DARI ASAM AMINO
Semua asam amino yang terdapat di alam mempunyai konfigurasi-L (bandingkan
dengan L-gliseraldehid)
Glisin tidak bersifat optik-aktif (mengapa ?)
CO 2 CO 2 CO 2 CHO

H3N H H3 N H H3 N H HO H

CH 3 CH 2OH CH 2SH CH 2OH

L-Alanin L-Serin L-Sistein L-Gliseraldehid

(S)-Alanin (S)-Serin (R)-Sistein

Semua asam amino termasuk amina primer, kecuali prolin termasuk amina
sekunder karena atom N merupakan bagian dari cincin pirol
rantai O
samping O

R
O
O

H 3N H N H
H H
asam amino primer asam -amino sekunder
 ION ZWITTER

Pada struktur asam amino terdapat gugus asam dan basa, sehingga dalam
larutan air berada dalam bentuk ion dwikutub (= zwitterion )
Pada pH fisiologis (pH = 7,3) dalam sel :

Alanin

O O

H 3C H 3C
OH O
H 2N H H 3N H
tak bermuatan zwitterion
Sifat zwitterion :
1. Larut dalam air, tidak larut dalam pelarut organik
2. Berbentuk padatan
3. Bersifat amfoter (dapat bereaksi dengan asam maupun dengan basa)
Dalam larutan asam, membentuk kation :
O
O

H 3C
H3 O+ H 3C
O
OH H2 O
H 3N H
H 3N H
zwitterion kation

Dalam larutan alkalis, membentuk anion :

O O

H 3C OH -
H 3C H2O
O O

H 3N H H 2N H
zwitterion anion

Histidin, mengandung cincin imidazol pada rantai samping.

Pada pH 7,3 sedikit bersifat basa
O
basa,
mir ip pir idin N
H 2C
O
NH
H 3N H
t ak -basa,
mir ip pir ol
 PH ISOELEKTRIK

Keadaan dimana asam amino seimbang antara bentuk kation dan anionnya; atau
berada dalam keadaan netral yaitu zwitterion
pH dimana terjadi kesetimbangan isoelektrik disebut pH ioselektrik (pI)
Harga pI tergantung struktur zwitterion asam amino ;
a.a. netral : pH antara 5,0 – 6,5 (cenderung asam lemah)
a.a. asam : pH sangat rendah (asam)
a.a. basa : pH yang lebih tinggi (basa)

O O O

R H3 O+ R OH - R
OH O O
H 3N H H 3N H H 2N H
kation
anion
pH rendah pH pH tinggi
( pr otonasi) ( deprot onasi)
t iti k isoel ektr ik
 PEMISAHAN CAMPURAN ASAM AMINO
SECARA ELEKTROFORESIS

Campuran asam amino diletakkan ditengah strip kertas,

kemudian dibasahi buffer pH tertentu dan dialiri listrik
Terjadi pemisahan :
asam amino bermuatan negatif bergerak menuju elektroda positif
asam amino bermuatan positif bergerak menuju elektroda negatif

Basa Netral Asam

- pI = 7.50 pI = 6.00 pI = 4.50
+

Elektroforesis pada pH = 6 :
Asam amino netral tidak pindah
Asam amino basa pindah ke elektroda negatif
Asam amino asam pindah ke elektroda positif
 SINTESIS ASAM AMINO

1. Aminasi terhadap asam halokarboksilat

A. dengan pereaksi gas NH3
- hasil sedikit

O O O
1. Br2, PBr3 NH3 berlebih
(CH3)2CHCH2COH (CH3)2CHCHCOH (CH3)2CHCHCOH
2. H2O
Br NH2
asam 3-metilbutanoat asam 2-bromo-3-metilbutanoat (R,S)-Valin (45%)
Aminasi terhadap asam halokarboksilat (lanjutan)

B. Sintesis Ftalimid Gabriel

-hasil lebih baik

O O
O O
DMF
N K (CH3)2CHCHCOH N CHCOH
Br CH(CH3)2
O O
OH-, H2O

O
CO2
(CH3)2CHCHCOH

CO2 NH2
(R,S)-Valin
 SINTESIS ASAM AMINO

2. Sintesis Strecker
 Sebagai bahan awal suatu aldehid
 Terjadi penambahan satu atom C
 Reaksi berlangsung dua tahap :
a. reaksi antara aldehid dengan NH3 dan KCN membentuk
intermediat aminonitril
b. hidrolisis aminonitril menjadi (R,S)-asam amino
O NH
NH3 KCN, H2O
(CH3)2CHCH (CH3)2CHCH (CH3)2CHCH C N

isobutiraldehid imina NH2

aminonitril

H3O+

(CH3)2CHCH COH

NH2

(R,S)-Valin
 SINTESIS ASAM AMINO

3. Sintesis Amidomalonat
 Merupakan pengembangan dari sintesis ester malonat
 Sebagai bahan awal dipakai dietil asetamidomalonat
 Direaksikan dengan alkil halida, terutama alkil halida primer
 Pemanasan dalam asam terjadi dekarboksilasi, pemecahan amida, dan
terbentuk (R,S)-asam amino

CH3CO2Na
O O O O
2 C2H5OH
C C 1. NaOC2H5
C C H 3 O+
EtO C OEt O
EtO CH OEt panas
2. (CH3)2CHBr (H3C)2HC HN CH3 (CH3)2CHCH COH CO2
HN CH3
C
C
NH2
O
O
(R,S)-Valin
dietil asetamido-
malonat
 SINTESIS ASAM AMINO

4. Aminasi reduktif terhadap asam α-keto

Asam α-keto dengan NH3 dan reduktor NaBH4 membentuk asam amino

O NH NH2
NH3 NaBH4, H2O
CH3CCOOH CH3CCOOH CH3CHCOOH
asam piruvat imina (R,S)-Alanin
Reaksi yang sama terjadi pada biosintesis asam amino
sebadai reduktor : NADH (=nicotinamide adenine dinucleotide)
dikatalisis enzim L-glutamat dehidrogenase
Hanya menghasilkan isomer-R (bukan campuran rasemat R&S)

O
NADH HOOCCH2CH2CHCOOH
HOOCCH2CH2CCOOH
L-glutamat
dehidrogenase NH2
asam -ketoglutarat
(S)-asam glutamat
 Peptida

Peptida merupakan gabungan lebih dari satu asam amino yang

berikatan melalui ikatan peptida
Masing-masing unit asam amino penyusun peptida disebut residu
asam amino
Jumlah residu asam amino pada peptida dinyatakan dengan
awalan
Bila jumlah residu asam amino > 10 disebut polipeptida

Residu a.a. Peptida

2 dipeptida
3 tripeptida
5 pentapeptida
8 oktapeptida
dst.
 PENAMAAN PEPTIDA

Residu a.a. yang mempunyai gugus –NH2 bebas disebut

residu ujung-N dan diletakkan paling ujung kiri
Residu a.a. yang mempunyai gugus –COOH bebas disebut
residu ujung-C dan diletakkan paling ujung kanan
Struktur peptida ditulis menggunakan singkatan (tiga
huruf atau satu huruf); dimulai dari nama residu ujung-N
dan berakhir dengan residu ujung-C
 PENAMAAN PEPTIDA (LANJUTAN)

Contoh:
1 2 3 4

1 = Serin (Ser)
CH2 OH O H O 2 = Alanin (Ala)
3 = Glisin (Gly)
H H 4 = Valin (Val)
CH N C CH N C
H H
H2N C C N C C OH
H
residu ujung-N : Serin
O CH 3 O CH(CH3 )2 residu ujung-C : Valin

Suatu tetrapeptida
Seril-alanil-glisil-valin = Ser-Ala-Gly-Val ikatan peptida
= S-A-G-V
 JENIS IKATAN KOVALEN PADA PEPTIDA

1. Ikatan amida
 Terbentuk oleh interaksi dua buah asam amino
 Disebut ikatan peptida
 Atom N-amida tidak bersifat basa
 Strukturnya planar : sudut antar gugus –C=O dan N-H sebesar 1800
(karena adanya hambatan rotasi bebas)
 IKATAN AMIDA

ikatan peptida

H3C H O H3C H O
H
C OH H2N C C N C
H2N C C OH H2N C C OH

O H CH2OH O H CH2OH

Alanin (Ala) Serin (Ser) Alanilserin (Ala-Ser)

O H R' O H R'

H2N C C OH H2N C C OH
C N C C N C

R H H O R H H O

hambatan rotasi bebas

 JENIS IKATAN KOVALEN PADA PEPTIDA

2. Ikatan disulfida
 Disebut juga jembatan disulfida
 Terbentuk oleh dua residu sistein melalui reaksi oksidasi
 Mudah direduksi menjadi sistein kembali

Letak ikatan disulfida:

Antar sistein pada dua rantai peptida yang berbeda
sehingga kedua rantai peptida saling-hubung
Antar sistein pada rantai peptida yang sama sehingga
membentuk lubang pada rantai peptida
IKATAN DISULFIDA
 STRUKTUR PEPTIDA

Peptida terdiri dari asam amino yang tersusun menurut urutan tertentu,
disebut runtunan asam amino
Perbedaan runtunan asam amino mengakibatkan perbedaan aktivitas
biologis
S S
Contoh :
Cys Tyr Ile Gln Asn Cys Pro Leu Gly(NH2)

Oksitosin : merangsang pengeluaran ASI

kontraksi oto polos uterus
S S

Cys Tyr Phe Gln Asn Cys Pro Arg Gly(NH2)

Vasopresin : antidiuretika
Catatan : (mempertahankan keseimbangan cairan tubuh)
Ujung-C berupa gugus amida
(bukan karboksilat)
 PENENTUAN STRUKTUR PEPTIDA

Harus menjawab 3 pertanyaan :

1. Apakah jenis asam amino penyusun
2. Berapakah jumlah masing-masing asam amino
3. Bagaimanakah runtunan asam amino

Jenis dan jumlah asam amino ditentukan dengan alat :

Amino Acid Analyzer

Runtunan asam amino :

Dilakukan dalam beberapa tahapan :
1. Penentuan residu ujung-N (metode degradasi Edman)
2. Hidrolisis parsial (secara enzimatis)
3. Penentuan residu ujung-C (dengan enzim karboksipeptidase)
PRINSIP KERJA AMINO ACID ANALYZER

1. Peptida dipecah menjadi residu asam amino penyusun

a. ikatan disulfida direduksi dulu menjadi –SH, kemudian –SH
direaksikan dengan asam iodoasetat (sebagai gugus pelindung)
b. ikatan peptida dihidrolisis dengan pemanasan dalam larutan HCl
2. Campuran asam amino hasil hidrolisis dipisahkan secara kromatografi kolom
berdasarkan beda harga pH isoelektrik
3. Masing-masing asam amino dideteksi dengan pereaksi Ninhidrin

O O O
O O
OH H2N C OH- C CO2
C OH N R H
OH H2O
R H
O O O
ninhidrin asam amino merah ungu
Prolin dengan ninhidrin memberikan warna kuning (mengapa ?)
Jenis asam amino terdeteksi dari kromatogram (beda waktu retensi)
Jumlah asam amino berdasarkan intensitas warna merah ungu
CONTOH KROMATOGRAM PADA ANALISIS
DENGAN AMINO ACID ANALYZER
DEGRADASI EDMAN
(PENENTUAN RESIDU UJUNG-N)

Ditambah pereaksi Phenylisothiocyanate (PITC)

a. PITC bereaksi dengan –NH2 residu ujung-N
b. Residu ujung-N putus membentuk Anilinethiazolinon (ATZ)
c. Rantai peptida diperpendek
d. Tata-ulang ATZ menjadi Phenylthiohydantoin (PTH)
e. PTH diidentifikasi secara kromatografi
S O NH peptida
C peptida
C O NH HO
C SH C
N H2N R HCl S C NH peptida

C6H5 H C6H5 C C
N N R C 6H 5 C C
H N N R
PITC H
H
H

C6H5 O O
+ S C
N C H3O peptida
H2N
C C C 6H 5 C C
S N R N N R
H H
H H
Maksimum 50 siklus
PTH ATZ
PENENTUAN RESIDU UJUNG-C

 Digunakan enzim karboksipeptidase

 Ikatan peptida residu ujung-C akan putus
 Asam amino residu ujung-C diidentifikasi
R" O
H
peptida CH N C
N C CH OH
H
O R'

H2O residu ujung-C

karboksipeptidase

R" O

peptida CH OH H2 N C
N C CH OH
H
O R'
residu ujung-C
 HIDROLISIS PARSIAL

Digunakan enzim tertentu :

Tripsin : menghidrolisis ikatan peptida pada sisi karboksil dari

asam amino basa Arginin dan Lisin

Khimotripsin : menghidrolisis ikatan peptida pada sisi karboksil dari

asam amino dengan rantai samping aromatis :
Fenilalanin, Tirosin, dan Triptofan

Val-Phe-Leu-Met-Tyr-Pro-Gly-Trp-Cys-Glu-Asp-Ile-Lys-Ser-Arg-His

dipecah oleh khimotripsin dipecah oleh tripsin

CONTOH SOAL :

Analisis asam amino pada peptida Angiotensin II menunjukkan 8 jenis asam

amino : Arg, Asp, His, Ile, Phe, Pro, Tyr, dan Val.
Hidrolisis parsial dalam asam menghasilkan fraksi-fraksi :
(1) Asp-Arg-Val-Tyr (2) Ile-His-Pro (3) Pro-Phe (4) Val-Tyr-Ile-His
Bagaimanakah runtunan asam amino pada Angiotensin II ?

a. Urutkan fraksi-fraksi tersebut dengan asam amino yang sama,

b. kemudian tuliskan runtunannya

Asp-Arg-Val-Tyr
Val-Tyr-Ile-His
Ile-His-Pro
Pro-Phe
Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe
 SINTESIS PEPTIDA

 Bila Leu dan Ala dicampur, ada 4 jenis dipeptida yang mungkin terbentuk: Ala-
Ala; Ala-Leu; Leu-Ala; dan Leu-Leu.
 Agar terbentuk dipeptida yang dikehendaki (e.g. Ala-Leu) harus dilakukan
perlindungan gugus fungsi.
 Gugus –NH2 dari Ala dan gugus –CO2H dari Leu diberi gugus pelindung
 Setelah terbentuk ikatan peptida, gugus pelindung dihilangkan

O
ikatan peptida
H2N C
CH OH O CH2CH(CH3)2
Alanin
CH3 H2N C CH OH
1. ikatan amida CH N C
dilindungi H
2. deprotect
CH3 O
O
Ala-Leu
H2N C
CH OH
Leusin
CH2CH(CH3)2
GUGUS PELINDUNG UNTUK -COOH

Kereaktifan –COOH dikurangi dengan cara diubah menjadi ester :

Ester metil : pereaksi CH3OH/HCl
deprotect oleh NaOH, H3O+
Ester benzil : pereaksi benzil alkohol (C6H5CH2OH)
deprotect secara hidrogenasi
O katalitik
H2 N C
CH OCH3 NaOH
CH3OH
HCl CH2CH(CH3)2
H3O+
O O

H2N C H 2N C
CH OH CH OH

CH2CH(CH3)2 CH2CH(CH3)2
O
Leusin Leusin
H2 N C
C6H5CH2OH CH OCH2C6H5 H2 , Pd

HCl CH2CH(CH3)2
GUGUS PELINDUNG UNTUK –NH2

Dilindungi dengan pereaksi [(CH3)3COCO]2O = di-tert.butil

dikarbonat
Terbentuk turunan tert.butoksikarbonil amida (= BOC)
Dihilangkan dengan penambahan asam kuat, mis. CF3COOH

O
O O
H 2N C
CH OH (H3C)3C C C C(CH3)3
O O O
CH3 di tert.butil dikarbonat
Alanin (CH3CH2)3N

O
O
H CF3COOH
N C H2N C
O
(H3C)3C C CH OH CH OH

O CH3 CH3
Alanin
BOC-Ala
 DCC (=disikloheksil-
PEMBENTUKAN DIPEPTIDA ALA-LEU karbodiimida)
Pembentuk ikatan amida
(BERLANGSUNG DALAM 5 TAHAP)

O
tahap 1-2 : (t.BuOC)2O Leu CH3OH
Ala
perlindungan gugus -NH2 dan -COOH
H+

BOC-Ala Leu-OCH3

tahap 3 : DCC
kedua asam amino terlindungi digabungkan

BOC-Ala-Leu-OCH3

tahap 4 : CF3COOH
BOC dilepas oleh asam

Ala-Leu-OCH3

tahap 5 : NaOH
hidrolisis ester dalam basa H 3O +

Ala-Leu
 TEKNIK MEDIA-PADAT MENURUT MERRIFIELD

Sintesis peptida berlangsung dalam media padat memakai polimer

Sebagai polimer adalah polistirena-terkloroalkilasi
Polimer membentuk ester sehingga berfungsi sebagai pelindung –
COOH
Polimer dihilangkan dengan penambahan asam kuat, misalnya HF
O O O
basa 1. cuci
BOC-NHCHCOH ClCH2 polimer BOC-NHCHCOCH2 polimer H2NCHCOCH2 polimer
2. CF3CO2H
R R R
O 1. DCC
2. cuci
BOC-NHCHCOH

R'

O O O O O
proses diulang
berkali-kali
BOC-NHCHC NHCHC NHCHCOCH2 polimer BOC-NHCHC NHCHCOCH2 polimer

R R n R R R
 Protein

 Tersusun oleh asam-asam amino

 Terdapat duapuluh jenis asam amino yang punya sifat kimia
yang berbeda pula
 Asam-asam amino saling berikatan melalui ikatan peptida
 Protein mempunyai bermacam-macam struktur
 Runtunan asam amino sangat bervariasi baik dalam hal
urutan maupun ukuran
 Dapat pula membentuk kompleks dengan karbohidrat
(glikoprotein) atau lipid (lipoprotein)
 PENGGOLONGAN PROTEIN

1. Berdasarkan komponen penyusun :

a. Protein sederhana
pada hidrolisis hanya menghasilkan asam amino saja
contoh : albumin darah
b. Protein terkonyugasi
Lebih banyak dijumpai. Hasil hidrolisis selain asam amino,
juga terdapat molekul lain. Molekul lain disebut gugus
prostetik
glikoprotein : karbohidrat + protein
lipoprotein : lipid + protein
nukleoprotein : asam nukleat + protein
 INTERAKSI PADA KONFORMASI RANTAI PROTEIN

Melibatkan berbagai gaya yang lemah; dapat terbentuk pada

satu rantai (intra-rantai) atau antar rantai peptida yang
berbeda

1. Ikatan hidrogen
2. Ikatan hidrofob
3. Jembatan disulfida
4. Ikatan ionik
5. Ikatan van der Waals
COVALENT BONDS VS. WEAK BONDS
 HYDROGEN BONDS

 One of Bio’s most special type of

weak bond!

Pneumonic: “H-bonding occurs

on the FON”

 A hydrogen atom covalently

bonded to one EN atom is also
attracted to another EN atom.
 Many attractions among
macromolecules are a result of
H-bonding:
 Protein interactions
 DNA double strands
IONIC BONDS

Certain elements of the periodic table

will loose or gain electrons to satisfy
the octet rule. Another way to think
of this is that there is a significant
difference in the desire for e-’s
between to atoms; EN values of the
atoms are significant enough that
there may be no sharing of
e-’s, rather a gain or lose.

As a result, these atoms become

anions and cations respectively.

Because of their opposite charges,

these ions are attracted to each
other, forming Ionic bonds.
VAN DER WAALS INTERACTIONS

Since electrons are in constant

motion, they are not
distributed symmetrically.
This temporary arrangement
of e-’s may cause an instant
dipole. As a result, molecules
and atoms may have a
temporary attraction towards
each other when close
together.
 Struktur Protein

Satu protein tersusun oleh satu atau lebih rantai polimer yang
disebut polipeptida; melipat dan melingkar menjadi struktur
3-dimensi

Jenis-jenis struktur 3-dimensi protein :

Struktur Primer - runtunan asam amino
Struktur Sekunder – interaksi antar ikatan peptida (helices
and sheets)
Struktur Tertier – Rantai membelok dan melipat dalam
rantai itu sendiri (ikatan ionik, kovalen, ikatan hidrogen,
interaksi hidrofobik)
Struktur Kuaterner – terbentuk bila protein terdiri dari lebih
satu rantai polipeptida
FIGURE 5.24 REVIEW: THE FOUR LEVELS OF PROTEIN STRUCTURE
 Design of an antagonist
for the estrogen receptor

His 524

Me OH
H
H
Glu353
H H
H
O
Hydrophic skeleton
H2O

Arg394
Oestradiol

• Phenol and alcohol of estradiol are important binding groups

• Binding site is spacious and hydrophobic
• Phenol group of estradiol is positioned in narrow slot
• Orientates rest of molecule
• Acts as agonist
Design of an antagonist for the estrogen receptor

Asp351
N H

Side O His 524

chain
Glu353 O
OH
H
O
S
Arg394
Raloxifene

Raloxifene is an antagonist (anticancer agent)

Phenol groups mimic phenol and alcohol of estradiol
Interaction with Asp-351 is important for antagonist activity
Side chain prevents receptor helix H12 folding over as lid
AF-2 binding region not revealed
Co-activator cannot bind
 PENGGOLONGAN PROTEIN
2. Berdasarkan bentuk tiga-dimensi :
a. protein globular
Rantai polipeptida menggelung secara kasar membentuk seperti bola;
umumnya larut air, dan bergerak dalam sel
Hemoglobin : terlibat pada transport oksigen
Imunoglobulin : berperan pada proses imun
Insulin : hormon pengontrol metabolisme glukosa
Ribokinase : enzim pengontrol sintesis DNA
b. protein fibrosa
Terdiri dari rantai polipeptida yang tersusun bersebelahan membentuk
serat panjang. Sifatnya liat dan tak larut air; bahan penyusun pada kuku,
tanduk, otot, tendon
Kolagen : kulit binatang, tendon, jaringan penghubung
Elastin : pembuluh darah, ligamen
Fibrinogen : diperlukan pada proses pembekuan darah
Keratin : kulit, wool, bulu, kuku, sutera
Miosin : jaringan otot
 rambut

Fibrous proteins
α-keratins: hair, nails,
skin, hoof
β-keratin: turtle shells,
bird bills, etc.
fiber macrofibril
microfibril protofibril
monomers (α-helix)
 two helices wrap together
 four dimers make protofibril
Keratin dimers
coiled-coil structure (2 different monomers)
very extensible- can stretch 2-fold
α-helices can stretch without breaking H-bonds
cys to cys disulfide bonds (cystine)-S-S-
give strength and rigidity.
Collagen
in connective tissues
the most abundant protein in most
vertebrates
bundles of linear fibers, parallel in tendons
and random in skin
high tensile strength (= copper wire)
matrix for hydroxyapatite precipitation in
bones and teeth
Denaturasi Protein
Struktur alamiah protein dapat dirusak oleh adanya
interfensi pada interaksi hidrofobik sehingga sifat
alamiah protein berubah = DENATURASI PROTEIN

native random coil

Diinduksi oleh panas, larutan asam atau basa, atau

penambahan larutan urea pekat sehingga merusak
struktur air dalam molekul protein
Apa yang dimaksud dengan peristiwa renaturasi ?
 DENATURATION AND RENATURATION OF A PROTEIN

Changes in pH and temp can denature proteins. Renaturation

Is not always possible
 A SINGLE AMINO ACID SUBSTITUTION IN THE HEMOGLOBIN PROTEIN CAUSES
SICKLE-CELL DISEASE
PRIMARY STRUCTURE DETERMINES SECONDARY AND TERTIARY STRUCTURE =
SHAPE.
SHAPE DETERMINES FUNCTIONALITY