Genes, Genetic Codes, Mutation, and Evolution by Transposition

Resume
untuk memenuhi salah satu persyaratan dalam menyelesaikan matakuliah genetika dan
evolusi yang diampu oleh Prof. Dr. agr. H. Mohamad Amin, S.Pd., M.Si.

Oleh
Arif Hidayat 190341764439
Maya Agustin 190341764438
Zurienia Mimi Bibiyana 190341864402

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
PROGRAM STUDI S2 PENDIDIKAN BIOLOGI
Februari 2020
 BAB 1
GENES, GENETIC CODES, MUTATION

URUTAN NUKLEOTIDA
Informasi hereditas semua organisme hidup, kecuali beberapa virus, dibawa oleh
molekul asam deoksiribonukleat (DNA). DNA biasanya terdiri dari dua untaian
komplementer yang saling melingkari untuk membentuk heliks ganda tangan kanan. Setiap
rantai adalah polinukleotida linier yang terdiri dari empat jenis nukleotida. Ada dua purin,
adenin (A) dan guanin (G), dan dua pirimidin, timin (T) dan sitosin (C). Secara konvensional,
purin disingkat R dan pirimidin sebagai Y.
Kedua rantai DNA disatukan sepanjang dengan ikatan hidrogen antara pasangan
nukleotida. Purin selalu berpasangan dengan pirimidin: pasangan adenin dengan timin
melalui dua ikatan hidrogen, juga disebut sebagai ikatan lemah, dan pasangan guanin dengan
sitosin melalui tiga ikatan hidrogen, ikatan kuat.

Setiap nukleotida dalam urutan DNA mengandung gula pentosa (deoksiribosa), gugus
fosfat, dan basa purin atau pirimidin. Tulang punggung molekul DNA terdiri dari gula dan
gugus fosfat, yang secara kovalen dihubungkan bersamaan oleh ikatan fosfodiester 5 "- 3
'asimetris. Bentuk heliks ganda dari DNA memiliki dua untai dalam susunan antiparalel, atau
membalikkan komplementaritas (Gambar 1.2). Untai berat adalah untaian yang mengandung
lebih dari 50% nukleotida yang lebih berat, purin A dan G. Untaian ringan adalah untaian
yang mengandung lebih dari 50% nukleotida yang lebih ringan, yaitu pirimidin C dan T.
GENOM DAN REPLIKASI DNA
Seluruh pelengkap materi genetik yang dibawa oleh seorang individu disebut genom.
Bagian genom yang mengandung gen disebut DNA genik. Selain gen, sebagian besar genom
juga mengandung berbagai jumlah DNA nongenik. DNA nongenik tidak mengandung gen.
Semua organisme mereplikasi DNA mereka sebelum setiap pembelahan sel. Replikasi DNA
terjadi pada tingkat perpanjangan sekitar 500 nukleotida per detik pada bakteri dan sekitar 50
nukleotida per detik pada vertebrata. Selama replikasi DNA, masing-masing dari dua untai
DNA berfungsi sebagai templat untuk pembentukan untai baru. Karena masing-masing dari
dua dari sel pembagi mewarisi heliks ganda yang mengandung satu untai "lama" dan satu
"baru", DNA dikatakan direplikasi secara semi-konservatif.
Replikasi dimulai pada struktur yang disebut gelembung replikasi atau asal replikasi,
sebuah wilayah lokal di mana dua untai heliks DNA induk telah dipisahkan satu sama lain.
Replikasi berlangsung di kedua arah sebagai dua garpu replikasi. Karena replikasi DNA
hanya terjadi pada arah 5'-ke-3 ', salah satu untai, yang dikenal sebagai untai terdepan,
berfungsi sebagai templat untai anak pyang disintesis secara terus-menerus. Untai lainnya,
untaian lagging, direplikasi dalam potongan-potongan kecil terputus-putus yang dikenal
sebagai fragmen Okazaki, yang kemudian diikat.
GEN DAN STRUKTUR GEN
Secara tradisional, gen didefinisikan sebagai segmen DNA yang mengkode rantai
polipeptida atau menentukan molekul RNA fungsional. Namun, studi molekuler baru-baru ini
telah mengubah persepsi kita tentang gen, gen adalah urutan DNA genom atau RNA yang
penting untuk fungsi tertentu. Melakukan fungsi tersebut mungkin tidak mengharuskan gen
untuk diterjemahkan atau bahkan ditranskripsi. Tiga jenis gen: (1) gen pengkode protein,
yang ditranskripsi menjadi RNA dan selanjutnya diterjemahkan menjadi protein, (2) gen yang
menentukan RNA, yang hanya ditranskripsi, dan (3) gen yang tidak ditranskripsi. Gen
pengkode protein dan gen penentu RNA juga disebut sebagai gen struktural atau produktif.
1. Gen pengkode protein
Gen pengkode protein eukariotik standar terdiri dari bagian yang ditranskripsikan dan
yang tidak ditranskripsikan. Bagian-bagian yang tidak ditranskripsi ditetapkan berdasarkan
lokasinya terhadap bagian-bagian yang ditranskripsi sebagai daerah mengapit 5 'dan 3'.
Wilayah mengapit 5 'berisi beberapa sekuens spesifik yang disebut sinyal yang menentukan
inisiasi, tempo, waktu, dan spesifisitas jaringan dari proses transkripsi. Karena sekuens
pengaturan ini mempromosikan proses transkripsi, mereka juga disebut sebagai promotor,
dan wilayah di mana mereka tinggal disebut daerah promotor. Wilayah promotor terdiri dari
sinyal berikut: kotak TATA atau Hogness-Goldberg, yang terletak 19-27 bp di hulu dari titik
awal transkripsi; kotak CAAT lebih jauh ke hulu; dan satu atau lebih salinan dari kotak GC,
yang terdiri dari urutan GGGCGG atau varian yang terkait erat dan mengelilingi kotak
CAAT (Gambar 1.4). Kotak CAAT dan GC, yang dapat berfungsi dalam orientasi manapun,
mengontrol ikatan awal RNA polimerase, sedangkan kotak TATA mengontrol pilihan titik
awal transkripsi. Namun, tidak ada sinyal di atas yang secara esensial penting untuk fungsi
promotor. Beberapa gen tidak memiliki kotak TATA dan karenanya tidak memiliki titik awal
transkripsi yang unik. Gen lain tidak memiliki kotak CAAT atau kotak GC; inisiasi
transkripsi mereka dikendalikan oleh elemen-elemen lain di daerah mengapit 5 '.
2. Gen yang menentukan RNA
Gen yang menentukan RNA ditranskripsi menjadi RNA tetapi tidak diterjemahkan
menjadi protein. Pada eukariota, gen-gen ini mungkin mengandung intron yang harus
disambungkan sebelum molekul RNA berfungsi. Sebagai contoh, banyak gen penentu tRNA
nuklir memiliki intron yang sangat pendek. Elemen sekuens yang terlibat dalam regulasi
transkripsi beberapa gen penentu RNA kadang-kadang dimasukkan dalam urutan yang
menentukan produk akhir fungsional. Secara khusus, semua gen penentu tRNA eukariotik
mengandung sinyal awal transkripsi internal yang dikenali oleh RNA polimerase III.
3. Gen yang tidak ditranskripsi
Beberapa jenis gen yang tidak ditranskripsi atau keluarga gen telah diidentifikasi untuk
sementara. Gen replikator menentukan situs untuk inisiasi dan penghentian replikasi DNA.
Istilah ini dapat berlaku untuk sekuens spesifik pada asal usul replikasi, yang merupakan unit
replikasi DNA dalam genom eukariotik. Urutan ini dapat berfungsi sebagai situs pengikatan
untuk inisiator atau molekul penekan tertentu, atau sebagai situs pengenalan untuk enzim
yang terlibat dalam replikasi DNA. Gen rekombinator memberikan situs pengenalan spesifik
untuk enzim rekombinasi selama meiosis. Sekuens telomerik adalah sekuens pendek dan
berulang pada akhir banyak kromosom eukariotik yang menyediakannya dengan tutup
pelindung terhadap kemungkinan seperti degradasi terminal exonucleolytic. Gen segregator
menyediakan situs spesifik untuk pemasangan kromosom pada mesin spindel selama
segregasi meiotik dan mitosis. Dalam kategori ini orang dapat memasukkan urutan
sentromerik, yang terdiri dari urutan pendek dan berulang yang serupa dengan telomer. Situs
lampiran adalah urutan yang mengikat protein struktural, enzim, hormon, metabolit, dan
molekul lain dengan spesifisitas tinggi untuk urutan DNA tertentu. Dalam kategori ini,
seseorang dapat memasukkan daerah perlekatan matriks yang mengikat protein nonhiston
yang membentuk matriks nuklir atau perancah, serta peningkat, yang mengikat protein
spesifik yang mengaktifkan transkripsi gen pengkode protein hilir yang letaknya jauh. Situs
konstruksi adalah elemen urutan yang terlibat dalam penentuan fitur struktural kromosom,
seperti superkoil dan situs rapuh.
PSEUDOGENES
Pseudogen adalah segmen DNA nongenik yang menunjukkan tingkat kemiripan yang
tinggi dengan gen fungsional tetapi yang mengandung cacat, seperti mutasi, yang
mencegahnya diekspresikan dengan baik. Pseudogen ditandai oleh awalan V diikuti dengan
nama gen yang menunjukkan kesamaan urutan, misalnya, ψB-globin. Kebanyakan pseudogen
tidak ditranskripsi; minoritas yang signifikan, bagaimanapun, menjalani transkripsi tetapi
tidak terjemahan, dan beberapa pseudogen bahkan dapat diterjemahkan. Pseudogen ada di
mana-mana di semua lokasi genom dan di semua organisme, meskipun beberapa organisme
cenderung memiliki lebih banyak pseudogen daripada yang lain. Ada dua jenis utama
pseudogen: tidak diproses dan diproses.
KODE TRANSLASI DAN GENETIK
Sintesis protein melibatkan proses coding, dimana informasi genetik yang dibawa oleh
molekul mRNA diterjemahkan menjadi asam amino primer melalui penggunaan mediator
transfer RNA (tRNA). Masing-masing dari 20 asam amino memiliki setidaknya satu jenis
tRNA yang ditugaskan padanya; sebagian besar memiliki beberapa tRNA. Setiap tRNA
dirancang untuk hanya membawa satu asam amino. Dua puluh enzim spesifik, yang disebut
aminoacyl-tRNA synthetases, memasangkan setiap asam amino ke ujung 3' dari tRNA yang
sesuai. Penerjemahan melibatkan pengenalan berurutan dari triplet nukleotida non-
overlapping yang berdekatan, yang disebut kodon, dengan urutan komplementer dari tiga
nukleotida (antikodon) dalam tRNA.
Penerjemahan dimulai pada kodon inisiasi dan berlanjut hingga kodon penghentian atau
terminasi ditemukan. Fase dimana urutan diterjemahkan ditentukan oleh kodon inisiasi dan
disebut sebagai kerangka baca/reading frame. Dalam mesin translasi pada antarmuka antara
ribosom, tRNA bermuatan, dan mRNA, masing-masing kodon diterjemahkan menjadi asam
amino spesifik, yang kemudian ditambahkan ke polipeptida memanjang. Kodon stop dikenali
oleh protein sitoplasma yang disebut faktor pelepasan, yang menghentikan proses
penerjemahan.
Setelah terjemahan, pembuatan protein fungsional dapat melibatkan proses pasca-
translasional, seperti modifikasi asam amino primer, penghapusan urutan terminal di kedua
ujungnya, transportasi intra atau antar sel, penambahan kelompok prostetik, dan splicing
protein.
 Korespondensi antara kodon dan asam amino ditentukan oleh seperangkat aturan yang
disebut kode genetik. Dengan sedikit pengecualian, kode genetik untuk gen pengkode protein
bersifat universal, yaitu, penerjemahan hampir semua gen eukariotik dan gen prokariotik
ditentukan oleh seperangkat aturan yang sama. (Karena memang ada pengecualian, kode
genetik tidak benar-benar universal, dan beberapa ahli biologi lebih suka istilah "kode genetik
standar.")
Kode genetik universal diberikan dalam Tabel 1.3. Karena kodon terdiri dari tiga
nukleotida, dan karena ada empat jenis nukleotida yang berbeda, ada 43 = 64 kodon yang
mungkin. Dalam kode genetik universal, 61 kode ini untuk asam amino spesifik dan disebut
sense codons, sedangkan tiga sisanya adalah kodon stop. Codon stop dalam kode genetik
universal adalah UAA, UAG, dan UGA.

Karena ada 61 sense codons dan hanya 20 asam amino primer dalam protein, sebagian
besar asam amino (18 dari 20) dikodekan oleh lebih dari satu kodon. Kode semacam itu
disebut sebagai kode degenerasi. Berbagai kodon yang menentukan asam amino yang sama
disebut kodon sinonim. Kodon identik yang berbeda satu sama lain di posisi ketiga hanya
disebut sebagai codon famiy. Misalnya, empat kodon untuk valin (GUU, GUC, GUA, GUG)
membentuk keluarga empat kodon. Enam kodon untuk leusin dibagi menjadi keluarga empat
kodon (CUU, CUC, CUA, dan CUG) dan keluarga dua kodon (UUA dan UUG).
 Asam amino pertama dalam sebagian besar protein eukariotik dan archaebacterial adalah
metionin yang dikodekan oleh kodon inisiasi AUG. Asam amino ini biasanya dihilangkan
dalam protein matang. Sebagian besar gen eubakteri juga menggunakan kodon AUG untuk
inisiasi, tetapi asam amino yang mengawali proses penerjemahan adalah turunan metionin
yang disebut formylmethionine. Kodon inisiasi alternatif diketahui dalam prokariota dan
eukariota. Misalnya, dalam eubakteri, kodon GUG, UUG, dan AUU, dalam urutan frekuensi
yang menurun, juga digunakan. Selain AUG, kodon AUA, GUG, UUG, AUC, dan AAG
digunakan untuk inisiasi terjemahan dalam ragi Saccharomyces cerevisiae.
Kode genetik universal juga digunakan dalam proses penerjemahan independen yang
dilakukan oleh genom plastid, seperti kloroplas tanaman vaskular. Sebaliknya, sebagian besar
genom mitokondria hewan menggunakan kode yang berbeda dari kode genetik universal.
Salah satu contohnya, kode mitokondria vertebrata, ditunjukkan pada Tabel 1.4. Perhatikan
bahwa dua dari kodon yang menentukan serin dalam kode genetik universal digunakan
sebagai kodon terminasi, dan bahwa triptofan dan metionin masing-masing dikodekan oleh
dua kodon daripada satu.

Beberapa genom prokariotik telah terbukti menggunakan kode genetik alternatif. Sebagai
contoh, spesies eubakteri milik genus Mycoplasma menggunakan UGA untuk mengkode
triptofan. Penyimpangan dari kode genetik universal juga telah diamati dalam genom
beberapa eukariota. Misalnya, ciliate milik genus Paramecium dan Tetrahymenause UAA
dan UAG untuk mengkode glutamin, dan dalam ragi Candidacylindracea, kode CUG untuk
serin. Sebagai aturan, hanya ada perbedaan kecil antara kode genetik universal dan kode
genetik alternatif.
MUTASI
Sekuens DNA biasanya disalin tepat selama proses replikasi. Namun, jarang terjadi
kesalahan dalam replikasi atau perbaikan DNA sehingga menimbulkan urutan baru.
Kesalahan ini disebut mutasi. Mutasi adalah sumber utama variasi dan kebaruan dalam
evolusi. Empat aspek dari proses mutasi akan dibahas dalam bagian ini: (1) mekanisme
molekuler yang bertanggung jawab untuk menciptakan mutasi, (2) efek yang dimiliki
masing-masing jenis mutasi terhadap bahan herediter dan produk-produknya, (3) atribut
spasial dan temporal dari mutasi, dan (4) randonmess mutasi.
Mutasi dapat terjadi pada sel somatik atau germline. Karena mutasi somatik tidak
diwariskan, kita dapat mengabaikannya dalam konteks evolusi, dan di seluruh buku ini istilah
"mutasi" akan digunakan secara eksklusif untuk menunjukkan mutasi dalam sel germline.
Beberapa organisme (mis., Tanaman) tidak memiliki germline yang diasingkan, sehingga
perbedaan antara mutasi somatik dan germline tidak mutlak.
Mutasi dapat diklasifikasikan berdasarkan panjangnya urutan DNA yang dipengaruhi
oleh peristiwa mutasi. Sebagai contoh, mutasi dapat mempengaruhi nukleotida tunggal
(mutasi titik) atau beberapa nukleotida yang berdekatan (mutasi segmental). Mutasi juga
dapat diklasifikasikan berdasarkan jenis perubahan yang disebabkan oleh peristiwa mutasi
menjadi: (1) mutasi substitusi, penggantian satu nukleotida dengan yang lain; (2)
rekombinasi, pertukaran urutan dengan yang lain; (3) penghapusan, penghapusan satu atau
lebih nukleotida dari DNA; (4) insersi, penambahan satu atau lebih nukleotida ke dalam
urutan; dan (5) inversi, rotasi oleh 180 'dari segmen DNA untai ganda yang terdiri dari dua
atau lebih pasangan basa (Gambar 1.11).
Mutasi Substitusi
Mutasi substitusi dibagi menjadi transisi dan transversi. Transisi adalah perubahan antara
A dan G (purin), atau antara C dan T (pirimidin). Transversi adalah perubahan antara purin
dan pirimidin. Ada empat jenis transisi, AG, GA, CT, dan T  C, dan delapan jenis
transversi, AC, AT, C A, C G, TA, TC, GC, dan GT.
Mutasi pergantian yang terjadi di daerah pengkode protein dapat diklasifikasikan
menurut pengaruhnya terhadap produk translasi-protein. Mutasi dikatakan bersinonim jika
tidak menyebabkan perubahan asam amino yang ditentukan (Gambar 1.12a).
 Perubahan asam amino karena perubahan nukleotida non-sinonim disebut pengganti.
Istilah mutasi sinonim dan diam sering digunakan secara bergantian, karena dalam sebagian
besar kasus, perubahan sinonim tidak mengubah urutan asam amino protein dan karenanya
tidak terdeteksi pada tingkat asam amino. Namun, mutasi sinonim mungkin tidak selalu diam.
Ini dapat, misalnya, membuat situs splicing baru atau melenyapkan yang sudah ada, sehingga
mengubah urutan eksonik menjadi intron atau sebaliknya, dan menyebabkan polipeptida yang
berbeda untuk diproduksi. Sebagai contoh, perubahan sinonim dari kodon glisin GGT ke
GGA dalam kodon 25 dari ekson pertama beta-globin telah terbukti menciptakan sambungan
sambungan baru, yang menghasilkan produksi protein frameshifted dengan panjang abnormal
(Goldsmith et al. 1983). Perubahan seperti itu jelas bukan "diam." Karena itu, disarankan
untuk membedakan kedua istilah tersebut. Tentu saja, semua mutasi bisu dalam gen protein
coding adalah identik. Mutasi non-synonymous atau asam amino mengubah lebih lanjut
diklasifikasikan menjadi mutasi missense dan nonsense. Mutasi missense mengubah kodon
yang terkena menjadi kodon yang menentukan asam amino yang berbeda dari yang
sebelumnya dikodekan (Gambar 1.12b). Mutasi nonsense mengubah sense codon menjadi
stop codon, dengan demikian mengakhiri proses penerjemahan secara prematur dan akhirnya
menghasilkan produksi protein terpotong (Gambar 1.12c). Kodon yang dapat bermutasi
menjadi kodon terminasi oleh perubahan nukleotida tunggal, mis., UGC (Tyr), disebut kodon
preterminasi. Mutasi dalam stop kodon yang menyebabkan terjemahan berlanjut, kadang-
kadang sampai ke situs polyadenylation.
Masing-masing sense codon dapat bermutasi menjadi sembilan kodon lainnya melalui
perubahan nukleotida tunggal. Misalnya, CCU (Pro) dapat mengalami enam mutasi non-
synonim, ke UCU (Ser), ACU (Thr), GCU (Ala), CUU (Leu), CAU (His), atau CGU (Arg),
dan tiga mutasi sinonim, ke CCC, CCA, atau CCG. Karena kode genetik universal terdiri dari
61 sense codon, ada 61 x 9 = 549 kemungkinan mutasi substitusi. Jika kita mengasumsikan
mereka terjadi dengan frekuensi yang sama, dan bahwa semua kodon sama seringnya di
daerah pengkodean, kita dapat menghitung proporsi yang diharapkan dari berbagai jenis
mutasi substitusi dari kode genetik. Ini ditunjukkan pada Tabel 1.5.
 Karena struktur kode genetik, perubahan sinonim terjadi terutama pada posisi ketiga
kodon. Memang, hampir 70% dari semua kemungkinan perubahan nukleotida pada posisi
ketiga adalah sama. Sebaliknya, semua perubahan nukleotida pada posisi kedua kodon adalah
tidak sama, dan juga sebagian besar perubahan nukleotida di posisi pertama (96%).
Dalam sebagian besar kasus, pertukaran kodon dengan sinonim, yaitu yang mengkode
asam amino yang sama, hanya membutuhkan satu atau paling banyak dua perubahan
nukleotida sinonim. Satu-satunya pengecualian untuk aturan ini adalah pertukaran serin
kodon milik keluarga empat kodon (UCU, UCC, UCA, dan UCG) oleh satu milik keluarga
kodon dua (AGU dan AGC). Peristiwa semacam itu membutuhkan dua perubahan nukleotida
non-synonim.
Mutasi substitusi diperkirakan muncul terutama dari kesalahan basis basa selama
replikasi DNA. Sebagai bagian dari formulasi asli dari replikasi DNA mereka, Watson dan
Crick (1953) menyarankan bahwa transisi mungkin disebabkan oleh pembentukan misin
purin-pirimidin yang salah (misalnya, A: C), di mana salah satu pangkalan mengasumsikan
bentuk tautomerik yang tidak disukai, yaitu, enol bukannya keto dalam kasus guanin dan
timin, atau imino alih-alih amino dalam kasus adenin dan sitosin. Kemudian, Topal dan
Fresco (1976) mengusulkan bahwa kesalahan purin-purin juga dapat terjadi, tetapi kesalahan
pasangan pirimidin-pirimidin tidak dapat terjadi. Kekeliruan purin-pirimidin adalah A *: C,
A: C *, G *: T dan G: T *, dan mispairs purin-purin adalah A *: A, A *: G, G *: A, dan G *:
G, di mana tanda bintang menunjukkan bentuk tautomer yang tidak disukai. Dengan
demikian, ada dua jalur melalui mana mutasi substitusi dapat muncul. Pada awalnya, transisi
muncul dari mispairing purin-pirimidin dan dapat terjadi pada kedua strand. Misalnya,
transisi A: T  G: C dapat muncul dari salah satu dari empat kemungkinan kesalahan: A *:
C, A: C *, G: T *, atau G *: T. Dalam yang kedua, transversi muncul dari mispairing purin-
purin, tetapi ini hanya dapat terjadi jika purin berada pada untai cetakan. Sebagai contoh,
transversion A: T <-> T: A dapat muncul hanya dari A *: A, di mana tautomer A * yang tidak
disukai berada di untai cetakan.
REKOMBINASI
Ada dua jenis rekombinasi homolog: crossing over (rekombinasi timbal balik) dan
konversi gen (rekombinasi non-timbal balik). Rekombinasi resiprokal melibatkan pertukaran
sekuens homolog antara kromosom homolog, dengan demikian menghasilkan kombinasi baru
dari sekuens yang berdekatan sementara pada saat yang sama mempertahankan kedua varian
yang terlibat dalam peristiwa rekombinasi. Sebaliknya, rekombinasi non-resiprokal
melibatkan penggantian yang tidak rata dari satu urutan dengan yang lain, suatu proses yang
mengakibatkan hilangnya salah satu dari sekuens varian yang terlibat dalam peristiwa
rekombinasi. Kedua jenis rekombinasi homolog dianggap melibatkan perantara molekul yang
disebut struktur Holliday atau persimpangan (Gambar 1.14).

Resolusi dari struktur Holliday menghasilkan pembentukan bentangan DNA untai ganda
yang tidak cocok yang disebut heteroduplex. Ketidakcocokan dalam heteroduplex diakui dan
dieksisi oleh enzim seluler. Kemudian, menggunakan untai komplementer sebagai templat,
DNA polimerase mengisi celah yang dihasilkan. Cara di mana struktur Holliday diselesaikan
(dipotong) dan cara di mana heteroduplex diperbaiki menentukan hasil rekombinasi (Gambar
1.15).
 Crossing over dan konversi gen melibatkan rekombinasi antara sekuens homolog, dan
karenanya termasuk dalam kelas peristiwa molekuler yang disebut rekombinasi homolog atau
umum. Sebaliknya, rekombinasi spesifik lokasi melibatkan pertukaran urutan (biasanya yang
sangat pendek, terdiri dari tidak lebih dari beberapa nukleotida) oleh yang lain (biasanya yang
panjang yang tidak memiliki kemiripan dengan urutan aslinya). Rekombinasi spesifik lokasi
bertanggung jawab, misalnya, untuk integrasi genom fag ke dalam kromosom bakteri. Dari
sudut pandang mutasi, oleh karena itu layak untuk memperlakukan rekombinasi khusus situs
sebagai jenis penyisipan.
Rekombinasi resiprokal bersama dengan mutasi substitusi adalah penghasil keragaman
genetik yang kuat. Sebagai contoh, rekombinasi antara sekuens 5'-AACT-3 'dan 5' - CACG-3
'dapat menghasilkan dua sekuens baru: 5'-AACG-3 'dan 5'-CACT - 3'. Semakin banyak alel,
semakin banyak alel yang terbentuk melalui rekombinasi, dan tingkat menghasilkan varian
genetik baru mungkin menjadi cukup tinggi. Golding dan Strobeck (1983) menyebut
fenomena ini sebagai "variasi melahirkan variasi."

Gambar 1.15 Hasil yang mungkin dari resolusi persimpangan Holliday dan eksisi berikutnya
dan koreksi ketidakcocokan DNA heteroduplex. Setiap "pita" mewakili satu helai heliks
ganda. Daerah beruntai ganda berwarna hitam dan string putih menunjukkan ketidakcocokan.
Garis bergelombang menunjukkan lokasi eksisi dan memperbaiki ketidakcocokan. Catatan itu
tergantung pada jenis resolusi dan pilihan untai untuk eksisi dan perbaikan, kami tidak
mendapatkan rekombinasi (a), persimpangan lebih dari (b, e, f), konversi gen (c, d), atau
konversi silang plus gen (g, h).
Penghapusan dan Penyisipan
Penghapusan dan penyisipan dapat terjadi oleh beberapa mekanisme. Satu mekanisme
adalahsilang tidak sama. Gambar 1.16a menunjukkan model sederhana, di mana itu tidak
samapersimpangan antara dua hasil kromosom dalam penghapusan segmen DNAdalam satu
kromosom dan tambahan timbal balik di yang lain. Kesempatanpersilangan yang tidak sama
sangat meningkat jika segmen DNA diduplikasitandem (Gambar 1.16b) karena probabilitas
misalignment yang lebih tinggi.
Mekanisme lain adalah penghapusan infrastruktur, sejenis rekombinasi khusus
lokasiyang muncul ketika urutan yang berulang berpasangan dengan yang lain dalam yang
samaorientasi pada kromatid yang sama, dan persimpangan intrachromosomalperistiwa
terjadi sebagai akibatnya (Gambar 1.17). Misalnya, dalam Escherichia coli,penghapusan
spontan pada gen lain sering tampaknya disebabkan oleh infrastrukturrekombinasi yang
melibatkan bidang kecil kesamaan. Eksisi yang tepat dariUnsur transposable sering
melibatkan rekombinasi antara direct re

Gambar 1.16 (a) Menyeberang menyebabkan penghapusan DNA yang tidak merata urutan di
salah satu helai putri dan duplikat urutan yang sama di untai lainnya. (B) Ketika segmen
DNA digandakan bersama, peluang Ketidakselarasan meningkat, demikian juga kesempatan
untuk menyeberang dengan ketidaksetaraan. Sebuah kotak menunjukkan hamparan DNA
tertentu.
Begitu pula dengan infrastrukturpenghapusan bertanggung jawab untuk mengurangi
jumlah pengulangan distruktur tandem, seperti DNA berulang sederhana dan DNA satelit.
Mekanisme ketiga adalah replikasi slippage, atau slipped-strand mispairing.Jenis peristiwa ini
terjadi di wilayah DNA yang berisi respons pendek yang berdekatan
Gambar 1.17 Generasi penghapusan oleh proses penghapusan infrastruktur. Bahwa urutan
berulang (panah) yang berorientasi pada arah yang sama bergabung kembali (x) untuk
menghasilkan penghapusan genomik (kiri) dan elemen ekstrachromosomal (kanan).

Gambar 1.18a menunjukkan bahwa, selama replikasi DNA, selip dapat terjadikarena
pasangan yang salah antara tetangga, dan slippage dapat terjadibaik dalam penghapusan atau
duplikasi segmen DNA, tergantung padaapakah selip terjadi di arah 5 '- * 3' atau di arah yang
berlawanan.Gambar 1.18b menunjukkan bahwa tergelincirnya salah pasang juga dapat terjadi
pada nonreplikasi
Mekanisme keempat yang bertanggung jawab untuk penyisipan atau penghapusanUrutan
DNA adalah transposisi DNA. Penghapusan dan penyisipan secara kolektif disebut sebagai
indels (kependekan dari penyisipan-atau-penghapusan), karena ketika dua urutan
dibandingkan, itu tidak mungkinuntuk mengetahui apakah telah terjadi penghapusan atau
penyisipanyang lain. Jumlah nukleotida dalam suatu indel berkisar darisatu atau beberapa
nukleotida ke bentangan yang berdekatan yang melibatkan ribuan nukleotida.Panjang indel
pada dasarnya menunjukkan jenis frekuensi bimodaldistribusi, dengan indels pendek (hingga
20-30 nukleotida) paling seringdisebabkan oleh kesalahan dalam proses replikasi DNA,
seperti slipped strandssalah didiskusikan di atas, dan dengan penyisipan panjang atau
penghapusan terjaditerutama karena penyeberangan yang tidak setara, rekombinasi khusus
lokasi,Transposisi DNA, atau transfer gen horizontal. Di wilayah pengkodean, indel bukan
kelipatan dari tiga nukleotida menyebabkan pergeseran dalam bingkai bacaan sehingga
urutan pengkodean hilir.

Gambar 1.18. Duplikasi generasi atau penghapusan demi helai slip antara pengulangan
berdekatan (bergaris bawah). Panah kecil menunjukkan arah sintesis DNA. Point
menunjukkan pasangan. (A) Slip dua basis di TA ulangi area tersebut selama replikasi DNA.
Kelicinan ke arah 3 '--- 5' menghasilkan penyisipan satu unit pengulangan TA (panel kiri).
Masukkan arah lainnya (5 '-> 3') menghasilkan penghapusan satu unit berulang (panel
kanan). Pemindahan ditampilkan di panel kanan hasil eksisi dari unit berulang yang tidak
berpasangan (tanda bintang) di 3 'ujung untai yang tumbuh, mungkin oleh Kegiatan 3 '-> 5'
DNA polimerase exonuclease. (B) Selip dua dasar dalam pengulangan TA wilayah dalam
DNA yang tidak mereplikasi. Ketidakcocokan daerah membentuk loop untai tunggal, yang
mungkin menjadi target peningkatan eksisi dan ketidakcocokan. Bahwa hasilnya
(penghapusan atau penyisipan) akan tergantung di mana helai dipotong dan diperbaiki dan
untai mana yang digunakan sebagai templat dalam DNA proses perbaikan.
 Kesenjangan akan dibaca pada fase yang salah. Mutasi seperti itu dikenal sebagai
amutasi frameshift. Akibatnya, indels mungkin tidak hanya memperkenalkan
banyakperubahan asam amino, tetapi juga dapat melenyapkan kodon terminasi atau
membawanya kefase menghentikan kodon baru, menghasilkan protein dengan panjang
abnormal (Gbr. 1.19).
Pembalikan
Inversi adalah jenis penataan ulang DNA yang dapat terjadi setelah salah satu dari
keduanyaprosesnya: (1) kerusakan dan rekombinasi kromosom, atau (2)
intrachromosomalmelintasi antara dua segmen homolog yang berlawananarah (Gambar 1.20).
Sebagian besar inversi yang diketahui melibatkan sangatrentangan panjang DNA, biasanya
panjangnya ratusan atau ribuan nukleotida.
 BAB 7
EVOLUTION BY TRANSPOSITION
Genom dulu dianggap sebagai entitas yang agak statis di mana gen dapat ditugaskan ke
lokus yang terdefinisi dengan baik. Dengan demikian, gen seharusnya mempertahankan
lokasi mereka dengan tepat selama periode evolusi yang panjang. Gambaran statis genom
mulai runtuh pada 1940-an, ketika Barbara McClintock menemukan bahwa unsur-unsur
genetik tertentu dalam jagung dapat "melompat" dari satu lokasi genom ke yang lain, kadang-
kadang mengubah ekspresi gen struktural. Penelitiannya menunjukkan bahwa gen yang
terkait dengan pengembangan pigmen warna pada biji jagung dapat dinyalakan atau
dimatikan pada waktu yang tidak normal dengan aksi "elemen pengontrol" tertentu yang
tampaknya memiliki kemampuan untuk berpindah dari satu kromosom ke yang lain.
Gambaran statis yang kaku, bagaimanapun, telah tertanam dalam pemikiran ilmiah sehingga
butuh hampir 40 tahun untuk pentingnya penemuan mani McClintock untuk dihargai.
TRANSPOSITION AND RETROPOSITION
Transposisi didefinisikan sebagai perpindahan materi genetik dari satu lokasi kromosom,
lokasi donor, ke lokasi target lainnya. Sekuens DNA yang memiliki kemampuan intrinsik
untuk mengubah lokasi genomiknya disebut elemen transposabel. Ada dua jenis transposisi,
dibedakan dengan apakah elemen transposable direplikasi atau tidak.
Dalam transposisi konservatif, elemen itu sendiri bergerak dari satu situs ke situs lainnya
(Gambar 7.1a). Apa yang terjadi pada situs donor tidak jelas. Model bunuh diri donor
mengusulkan bahwa ujung untai DNA donor tidak bergabung satu sama lain dan bahwa
molekul sisa dihancurkan. Namun, kehilangan DNA donor dari garis keturunan sel dihindari
jika sel mengandung duplikat dari urutan donor. Dalam hal ini, meskipun satu salinan
dikonsumsi, yang lain bertahan, dan garis keturunan yang dihasilkan akan mengandung satu
elemen di situs asli dan yang kedua di situs baru (Berg et al. 1984; Weiner et al. 1986). Jika
transposisi konservatif terjadi terutama sesuai dengan model ini, maka itu tidak akan berbeda
dari transposisi replikatif (lihat di bawah). Model cut-and paste alternatif mengusulkan bahwa
double-stranded break diikat oleh sistem perbaikan host.
Dalam transposisi replikasi, elemen transposable disalin, dan satu salinan tetap di situs
asli sementara yang lain menyisipkan dirinya di situs baru (Gambar 7.1b). Dengan demikian,
transposisi replikatif ditandai oleh peningkatan jumlah salinan elemen transposable. Beberapa
elemen transposable hanya menggunakan satu jenis transposisi; yang lain menggunakan jalur
konservatif dan replikatif. Substitusi nukleotida tunggal kadang-kadang cukup untuk
mengubah mode transposisi dari konservatif ke replikatif (mis., May dan Craig 1996).
 Dalam jenis transposisi di atas, informasi genetik dibawa oleh DNA. Namun, informasi
genetik juga dapat ditransformasikan melalui RNA. Dalam mode transposisi ini, DNA
ditranskripsi menjadi RNA, yang kemudian ditranskripsikan secara terbalik menjadi cDNA
(Gambar 7.1c). Untuk membedakan antara moda yang diperantarai DNA dan RNA, yang
terakhir disebut retroposisi. Transposisi dan retroposisi ditemukan dalam organisme
eukariotik dan prokariotik (lihat Weiner et al. 1986; Temin 1989). Berbeda dengan
transposisi yang dimediasi DNA, retroposisi selalu dari tipe replikatif, karena itu adalah
salinan elemen yang ditranskrip secara terbalik, bukan elemen itu sendiri, yang
ditransformasikan.

GAMBAR 7.1 (a) Transposisi konservatif sesuai dengan model cut-and-paste. Setelah eksisi,
situs donor diikat oleh sistem perbaikan host. (b) Transposisi replikatif. Elemen tersebut
direplikasi, dan satu salinan dimasukkan di situs target sementara salinan lainnya tetap di
situs donor. (c) Retroposisi. Elemen tersebut ditranskripsi menjadi RNA, yang kemudian
ditranskripsikan secara terbalik menjadi cDNA. Salinan cDNA dimasukkan ke dalam genom
inang. (Untuk contoh retroposisi, lihat Gambar 7.4.) Perhatikan bahwa baik transposisi dan
retroposisi membuat pengulangan singkat (kotak hitam) di setiap ujung elemen yang baru
dimasukkan.
TRANSPOSABLE ELEMENTS
Menurut mode transposisi, jumlah, dan jenis gen yang dikandungnya, elemen transposabel
dapat diklasifikasikan menjadi tiga jenis: insertion sequences, transposons, dan
retroelements.
Insertion Sequences
Insertion sequences adalah elemen transposabel yang paling sederhana. Mereka tidak
membawa informasi genetik kecuali yang diperlukan untuk transposisi. Urutan penyisipan
biasanya panjang 700-2.500 bp dan telah ditemukan pada bakteri, bakteriofag, plasmid, dan
tanaman. Urutan penyisipan bakteri dilambangkan dengan IS diikuti dengan nomor jenis.

GAMBAR 7.2 Representasi skematis dari empat elemen transposable pada bakteri. Segitiga
hitam menunjukkan pengulangan terbalik. (a) Urutan penyisipan IS1 dari Escherichia coli
berisi dua kerangka pembacaan di luar fase yang diapit oleh dua pengulangan terminal
terbalik yang tidak sempurna. (b) Transposon kompleks Tn9 dari Escherichia coli
mengandung dua salinan IS1 yang mengapit gen cat, yang mengkode protein yang
memberikan resistensi kloramfenikol. (c) Transposon Tn3 dari Escherichia coli, yang
menganugerahkan resistensi streptomisin, mengandung tiga gen, dua di antaranya (tnpR dan
bla) ditranskripsi pada satu untai, dan yang ketiga (tnpA) pada yang lain. Tn3 diapit oleh dua
pengulangan terbalik yang sempurna, panjang 38 bp. (d) Transposon Tn554 dari
Staphylococcus aureus tidak memiliki pengulangan terminal dan mengandung tujuh gen
pengode protein yang teridentifikasi dan kerangka pembacaan terbuka (ORF). Tiga gen
mengkode transposase (tnpA, tnpB, dan tnpO), dan ditranskripsi sebagai satu unit. Gen spc
dan ermA masing-masing memberikan resistensi spektinomisin dan eritromisin. Gen spc,
yang menyandikan metilase yang bergantung pada S-adenosil metionin, serta gen peptida L
dan peptida I, ditranskripsi pada untai berbeda dari gen lain. ORF banyak ditranskripsi dan
diterjemahkan, tetapi fungsinya tidak diketahui. Kotak abu-abu tidak mengandung bingkai
bacaan terbuka.
Transposons
Transposon adalah elemen bergerak, biasanya sekitar 2.500-7.000 bp, yang sebagian
besar ada sebagai keluarga sekuens berulang yang tersebar dalam genom. Transposon
dibedakan dari urutan penyisipan dengan juga membawa apa yang disebut gen eksogen, yaitu
gen yang menyandikan fungsi selain yang terkait dengan transposisi. Dalam bakteri,
transposon dilambangkan dengan awalan Tn diikuti dengan nomor jenis .
Transposon pada bakteri sering membawa gen yang memberikan resistensi antibiotik
(mis., Tn554), resistansi logam berat (mis., Tn2l), atau tahan panas (mis., Tn1681). Plasmid
dapat membawa transposon tersebut dari sel ke sel, dan sebagai konsekuensinya, resistensi
dapat dengan cepat menyebar ke seluruh populasi bakteri yang terpapar faktor lingkungan
seperti itu.
Beberapa bakteriofag sebenarnya adalah transposon. Sebagai contoh, bacteriophage Mu
(kependekan Mutator) adalah transposon yang sangat besar (-38.000 bp) yang mengkodekan
tidak hanya enzim yang mengatur transposisi, tetapi juga sejumlah besar protein struktural
yang diperlukan untuk membangun kemasan virion.
Beberapa transposon bakteri adalah transposon kompleks, dinamakan demikian karena
dua sekuens penyisipan transposabel yang lengkap dan independen dalam salah satu orientasi
mengapit satu atau lebih gen eksogen (Gambar 7.2b). Menariknya, dalam transposon
kompleks, tidak hanya seluruh transposon dapat bergerak sebagai satu unit, tetapi satu atau
kedua urutan mengapit dapat ditransformasikan secara independen. Karena fungsi transposisi
dikodekan oleh urutan penyisipan, transposon kompleks biasanya tidak mengandung gen
transposase tambahan. Transposon kompleks dapat berupa simetris atau asimetris.
Transposon kompleks simetris berisi urutan penyisipan yang sama di kedua sisi (Gambar
7.2b). Transposon kompleks asimetris mengandung urutan penyisipan yang berbeda.
Misalnya, Tn1547 dari Enterococcus faecalis, yang memberikan resistensi vankomisin, diapit
oleh elemen IS16 di satu sisi dan elemen IS256 di sisi lain.
Beberapa transposon bakteri tidak mengandung urutan penyisipan, dan kadang-kadang
disebut sebagai transposon sederhana. Transposon sederhana juga datang dalam dua varietas,
simetris dan asimetris. Yang diapit oleh urutan berulang pendek simetris (Gambar 7.2c); yang
tidak asimetris (Gambar 7.2d).
Transposon Hypercomposite terdiri dari dua atau lebih transposon. Misalnya, Tn5253
dalam Streptococcus pneumoniae menyampaikan resistensi terhadap tetrasiklin dan
kloramfenikol karena terbuat dari dua transposon (Tn5251 dan Tn5252), masing-masing
membawa satu set gen resistensi.
 Wilayah pengkodean beberapa transposon pada hewan (mis., Elemen P di Drosophila)
terganggu oleh intron spliceosomal. Dalam transposon bakteri (mis., Tn5397 dalam bakteri
Clostridium difficile), intron penyambungan diri telah ditemukan (Mullany et al. 1996).
Penyambungan alternatif juga telah terdeteksi pada elemen-elemen yang dapat dipindahkan.
Bahkan, dalam kasus elemen P di Drosophila, mekanisme splicing alternatif ditemukan untuk
mengatur transposisi.
Taxonomic, Developmental, and Targetspecificity of Transposition
Beberapa elemen seluler dapat mengubah posisi dirinya dalam semua sel; yang lain
sangat spesifik. Sebagai contoh, unsur-unsur THc dalam nematoda Caenorhabditis elegans
dan unsur-unsur P dalam D. melanogaster biasanya hanya bergerak dalam sel-sel benih. Pada
jagung, transposisi banyak elemen ditemukan diatur oleh tahap perkembangan inang. Dari
sudut pandang evolusi, waktu perkembangan transposisi sangat penting, karena ini
mempengaruhi penyebaran elemen transposabel ke generasi mendatang. Salah satu contoh
terkait melibatkan elemen transposable LINE-1 (LI) pada mamalia. Branciforte dan Martin
(1994) menemukan bahwa unsur-unsur ini sangat aktif selama dua tahap meiosis (leptotene
dan zygotene), di mana terjadi kerusakan untai DNA. Hal ini menawarkan peluang bagi
elemen transposable untuk memasukkan diri ke situs baru.
Lokasi genomik dari situs target untuk transposisi sangat bervariasi di antara berbagai
elemen transposabel. Beberapa elemen menunjukkan preferensi eksklusif untuk lokasi genom
tertentu. Sebagai contoh, IS4 menggabungkan dirinya sendiri secara tepat dan selalu pada
titik yang sama dalam operon galactosidase dari E. coli, dan dengan demikian setiap bakteri
dapat mengandung hanya satu salinan IS4 (Klaer et al. 1981). Yang lain, seperti
bacteriophage Mu, dapat memindahkan diri secara acak ke hampir semua lokasi genomik.
Banyak elemen transposable menunjukkan derajat menengah preferensi genomik. Sebagai
contoh, 40% dari semua transposon Tn10 dalam E. coli ditemukan dalam gen lacZ, yang
merupakan fraksi kecil dari genom inang. Beberapa elemen transposable menunjukkan
afinitas yang lebih tinggi untuk jenis komposisi nukleotida tertentu. Sebagai contoh, IS1
mendukung situs penyisipan kaya AT (Devos et al. 1979), dan IS630 menunjukkan afinitas
khusus untuk sekuens 5'-CTAG-3 '(Tenzen dan Ohtsubo 1991). Preferensi kromosom juga
telah ditemukan. Sebagai contoh, elemen TRIM dalam Drosophila miranda menunjukkan
preferensi untuk kromosom Y, sedangkan elemen P Drosophila melanogaster lebih memilih
situs target pada kromosom homolog yang menjadi lokasi lokasi donor (Golic 1994; Tower
dan Kurapati 1994). Salah satu bias paling aneh dalam transposisi ditemukan dalam DIRS-1
elemen transposabel dalam cetakan lendir Dictyostelium discoideum, yang secara istimewa
memasukkan dirinya ke dalam urutan DIRS-1 lainnya (Cappello et al. 1984). Dictyostelium
discoideum mengandung, rata-rata, sekitar 40 salinan utuh dari DIRS-1 dan 200-300 DIRS-1
fragmen. Afinitas diri DIRS-1 mungkin menjadi alasan keberadaan begitu banyak fragmen
DIRS-1 yang rusak dalam genom cetakan lendir.
Akhirnya, beberapa elemen transposable diketahui spesifik spesies, sementara yang lain
relatif tidak tergantung pada spesifisitas inang. Dalam kasus elemen transposable mariner, ia
dapat mempertahankan transposisi yang efisien pada banyak spesies yang berbeda, bahkan
jika spesies tersebut termasuk dalam kerajaan taksonomi yang berbeda (Gueiros-Filho dan
Beverley 1997). Ia bergerak dengan mudah dari satu spesies ke spesies lain melalui transfer
gen horizontal (lihat halaman 359).
Autonomy of Transposition
Insertion sequences dan transposon adalah elemen seluler otonom dalam arti
mengandung gen untuk transposase yang diperlukan dalam proses transposisi. Beberapa
elemen transposable adalah non-otonom, yaitu, mereka tidak menyandikan transposase, dan
bergerak berdasarkan kemampuan mereka untuk menggunakan transposase dari elemen
seluler otonom. Sebagai contoh, elemen Ac (Activator) otonom dalam jagung dapat
ditransposisikan terlepas dari latar belakang genetik. Sebaliknya, elemen Ds (Dissosiasi) non-
otonom tidak dapat ditransformasikan kecuali satu atau lebih salinan Ac juga ada dalam
genom jagung.
Beberapa elemen non-otonom berasal dari elemen otonom melalui penghapusan segmen
internal. Unsur-unsur semacam itu telah kehilangan kemampuannya untuk menghasilkan
transposase, tetapi tetap memiliki kemampuan untuk merespons enzim. Atau, elemen non-
otonom dapat dibuat ketika, melalui mutasi, dua sekuens genomik pendek pada jarak dekat
satu sama lain menjadi cukup mirip dengan reseptor transposase (biasanya pengulangan
terbalik pendek), sehingga memberi mobilitas pada urutan di antara mereka . Elemen tipe-2
Ds menunjukkan kemiripan urutan yang luas dengan elemen Ac, dan karenanya dapat
dianggap sebagai elemen Ac yang diturunkan (atau cacat). Elemen tipe-1 Ds, di sisi lain,
tidak memiliki kesamaan urutan yang dapat dilihat dengan Ac, dan mungkin berasal dari
urutan genom acak yang kebetulan berada di antara dua pengulangan terbalik yang tepat.
RETROELEMENTS
Retroelemen adalah urutan DNA atau RNA yang mengandung gen untuk enzim reverse
transcriptase, yang mengkatalisis sintesis molekul DNA dari cetakan RNA. Molekul DNA
yang dihasilkan disebut DNA komplementer (cDNA).
 Tidak semua retroelemen memiliki kemampuan intrinsik untuk berubah. Oleh karena itu,
tidak semua retroelemen adalah elemen transposabel. Retroelement yang melakukan
transposisi melakukannya dengan proses retroposisi. Ada beberapa kelas retroelemen yang
berbeda, dan pada Tabel 7.1 kami mengadopsi klasifikasi berdasarkan Temin (1989).

Retroviruses
Retrovirus adalah virus RNA yang memiliki struktur yang mirip dengan transposon.
Meskipun mereka adalah yang paling kompleks dari semua retroelemen, kami membahasnya
terlebih dahulu karena konsep retroposisi berasal dari penemuan siklus hidup retrovirus
(Gambar 7.3).

GAMBAR 7.3 Siklus hidup retrovirus. Virion menempel pada reseptor pada permukaan sel.
Dua salinan RNA genomik disuntikkan ke dalam sitoplasma, di mana mereka ditranskrip
secara terbalik oleh enzim reverse transcriptase. CDNA menembus nukleus dan dapat
menjadi terintegrasi dalam genom sel inang. Provirus terintegrasi ditranskripsi menjadi
mRNA yang berfungsi baik RNA genom dan sebagai mRNA untuk sintesis protein virus.
RNA genomik dan protein virus struktural dan enzimatik berkumpul menjadi partikel virion
infeksius baru yang keluar dari membran sel.
Setelah partikel retroviral, yang disebut virion, menyerang sel inang, RNA genomiknya
ditranskripsikan secara terbalik menjadi cDNA virus. DNA ini dapat diintegrasikan ke dalam
genom inang dan menjadi provirus. Selanjutnya, DNA proviral ditranskripsi menjadi RNA,
yang dapat berfungsi baik sebagai mRNA untuk mensintesis protein virus dan sebagai genom
virus yang dapat dikemas menjadi partikel virion yang menular. Setelah virion terbentuk,
siklus dapat mulai lagi.
Retrovirus memiliki setidaknya tiga gen penyandi protein: gag, pol, dan env (Gambar
7.4a). Gen-gen ini mengkode beberapa protein internal, beberapa enzim (termasuk reverse
transcriptase), dan protein amplop. Banyak retrovirus memiliki gen tambahan. HIV (virus
AIDS), misalnya, memiliki setidaknya enam gen tambahan. Wilayah pengkodean retrovirus
diapit oleh long terminal repeat (LTRs). LTR mengandung promotor untuk transkripsi
(dalam tahap proviral), untuk transkripsi terbalik (dalam tahap virus), serta penambah dan
sinyal poligadenilasi.
Retroposons and Retrotransposons
Retroposon dan retrotransposon adalah elemen transposabel yang tidak membangun
partikel virion: mereka tidak memiliki gen env, sehingga tidak dapat secara mandiri
memindahkan diri melintasi sel. Mereka dibedakan satu sama lain dengan tidak adanya atau
keberadaan LTR terminal. Unsur-unsur Ty dalam ragi dan unsur-unsur copia di Drosophila
mewakili retrotransposon khas; mereka mengandung LTR di kedua ujungnya dan satu
kerangka baca panjang yang panjang dengan daerah yang mirip dengan gen pol retrovirus
(Gambar 7.4b).
Elemen G3A dan faktor I dalam D. melanogaster adalah retroposons yang khas (Gambar
7.4c). Retroposon ini mengandung dua frame pembacaan terbuka (ORF). ORF-2 dalam G3A
terdiri dari tujuh ekson yang dipisahkan oleh sekuens intervening yang sangat pendek
(intron). Beberapa keluarga dari sekuens berulang yang lama diselingi, misalnya, elemen L1
yang muncul ribuan kali dalam genom manusia. Struktur L1 konsensus memiliki ekor poli
(A) di satu ujung dan berisi dua bingkai pembacaan terbuka besar, ORF-1 dan ORF-2,
dengan masing-masing sekitar 375 dan 1300 kodon. ORF-2 mengandung motif urutan asam
amino karakteristik reverse transcriptases.
 Beberapa intron penyambungan sendiri kelompok II mengkode protein yang termasuk
dalam keluarga reverse transcriptase. Karena aktivitas reverse transcriptase mereka, subset
intron grup II ini memiliki kemampuan untuk mengubah lokasi genomik. Dengan demikian,
sesuai dengan skema klasifikasi fenetik yang diadopsi dalam bab ini, mereka harus dianggap
retroposons. Namun, dalam rekonstruksi filogenetik, kelompok intron II kelompok ini
dikelompokkan dengan reton bakteri dan organel (lihat halaman 335).

GAMBAR 7.4. Perbandingan struktural retroelemen transposabel. Bingkai pembacaan

terbuka yang dipisahkan oleh kodon terminasi ditunjukkan sebagai kotak pada level berbeda
di bawah diagram DNA. Pengulangan terminal panjang diwakili oleh panah di dalam kotak.
(a) retrovirus konsensus yang hanya mengandung gen gag, pot, dan env. (B) Retrotransposon
copia dari Drosophila melanogaster. (c) Retroposon faktor-I dari D. melanogaster. Domain
yang diidentifikasi ditandai dengan kotak padat. NC, protein nukleokapsid; PR, aspartate
protease; RT, reverse transcriptase; RH, RNase H; DALAM, integrase. Dimodifikasi dari
Eickbush (1994).
Retrons
Retron adalah retroelements yang paling sederhana (Gambar 7.5). Mereka tidak memiliki
kemampuan untuk berubah. Retron telah ditemukan di beberapa genom bakteri (Inouye et al.
1989; Lampson et al. 1989; Inouye dan Inouye 1991), serta dalam genom mitokondria dan
plastid. Retron muncul sebagai salinan tunggal gen dalam genom banyak bakteri (Rice et al.
1993). Kerangka baca-terbuka mereka memiliki kemiripan urutan dengan gen lain untuk
reverse transcriptase. Namun, retron tidak memotong, dan karena itu merupakan bagian
integral dari genom. Intinya, retron adalah sekuens genom endogen yang mengkode enzim
reverse transcriptase. Retron tidak memiliki LTR, dan tidak membangun partikel virion.
Menariknya, dengan sedikit pengecualian, semua retron mengambil bagian dalam produksi
molekul hibrid DNA-RNA misterius dengan fungsi yang tidak dikenal yang disebut
multicopy single-stranded DNA (msDNA).

GAMBAR 7.5 Struktur lokus retron dan sintesis multicopy single-stranded DNA (msDNA).
Tiga sekuens RNA ditranskrip secara independen: msr, msd, dan RT (a reverse transcriptase
mRNA). Transkrip msd dibaliktranskripsi menjadi cDNA oleh reverse transcriptase (grey
oval). msDNA hibrida bercabang terdiri dari msr transcipt dan msd reverse transcipt
bergabung bersama melalui ikatan fosfodiester 2 '- 5' yang tidak lazim. Dua asam nukleat
dalam msDNA membentuk struktur loop-and-stem intrastrand.
Pararetroviruse
Pararetrovirus, seperti virus hepatitis-B dan virus mosaik kembang kol, adalah virus
DNA sirkular beruntai ganda atau sebagian beruntai ganda. Struktur virus hepatitis-B
ditunjukkan pada Gambar 7.6. Keunikan pararetrovirus terletak pada mode replikasi mereka.
Alih-alih mereplikasi dua untai seperti pada virus DNA berlipat ganda lainnya, pararetrovirus
menggunakan satu untai untuk mensintesis kedua untai anak. Dengan demikian, salah satu
untai direplikasi sekali dengan cara yang biasa untuk menghasilkan untai komplementer, dan
sekali ditranskripsi menjadi RNA yang kemudian ditranskripsikan secara terbalik untuk
menghasilkan untai asli.
GAMBAR 7.6 Representasi skematik dari genom pararetrovirus hepatitis-B untai ganda.
Panjang untaian minus dan plus masing-masing adalah 3,5 dan 2,1 Kb. Batangan yang
membentang ke dua helai menunjukkan motif urutan yang terlibat dalam interaksi interstrand.
Empat frame membaca terbuka yang tumpang tindih ditampilkan sebagai busur. Domain
yang diidentifikasi ditandai dengan busur padat: RT, reverse transcriptase; RH, RNase H.
Urutan asam amino yang dikodekan oleh kerangka bacaan terpanjang dalam genom
pararetroviral ditemukan homolog dengan wilayah terminal N dari produk gen pol dari
retrovirus (Toh et al. 1983). Oleh karena itu, pararetrovirus mirip dengan retrovirus dalam
kemampuan endogennya untuk menghasilkan reverse transcriptase, tetapi mereka tampaknya
telah kehilangan kemampuan untuk memasukkan diri ke dalam genom inang. Ini
mendiskualifikasi mereka sebagai elemen transposable, meskipun mereka jelas berbagi asal
evolusi yang sama dengan retrovirus.
Evolutionaryoriginof retroelements
Fakta bahwa transkriptase balik dari semua elemen memiliki identitas asam amino satu
sama lain menunjukkan asal evolusi yang sama. Karena kesederhanaan retron sebagai
kebalikan dari kompleksitas retrovirusi. Temin (1986, 1989) menyarankan bahwa jalur
evolusi beralih dari retron ke retroposon ke retrotransposisi ke retrovirus ke pararetrovirus
(Gambar 7.7). Kita harus mencatat bahwa skema evolusi ini sebagian besar ditandai oleh
peningkatan progresif dalam kompleksitas struktural dari elemen-elemen retro. Tentu saja,
ada kemungkinan bahwa beberapa retrotransposon dan retroposon masa kini berasal dari
retrovirus, dan bukan sebaliknya.
 Banyak penulis telah mempelajari hubungan evolusi di antara unsur-unsur retro (mis.,
Miyata et al. 1985; Doolittle et al. 1989; Xiong dan Eickbush 1988, 1990). Gambar 7.8
menunjukkan filogeni dari elemen retroelemen yang berasal dari urutan reverse transcriptase
(Eickbush 1994). Pohon itu secara kasar dapat dibagi menjadi dua clade utama. Satu clade
berisi retret, intron kelompok II yang mengandung transkriptase terbalik, dan kelompok
retroposon paraphyletic. Cabang kedua berisi retrovirus, caulimovirus dan virus hepaDNA
(sebagai dua garis keturunan yang tidak terkait), serta lima garis keturunan paraphyletic dari
retrotransposon. Berbagai garis keturunan paraphyletic dari retroposon dan retrotransposon
tampaknya tidak mengkonfirmasi dengan divisi taksonomi yang sudah mapan untuk
organisme inang dari unsur-unsur ini. Sebagai contoh, satu garis keturunan retroposon
mengandung unsur-unsur dari beragam organisme seperti amfibi, lalat buah, dan jamur
lendir. Kami mencatat, bagaimanapun, bahwa pohon itu hanya didasarkan pada 178 asam
amino, sehingga urutan percabangan harus diperlakukan dengan hati-hati.
LINEs AND SINEs
Genom dari semua eukariota multiselular mengandung beberapa jenis urutan berseling
berulang (repetitive interspersedsequences) yang sangat tinggi (Bab 8). urutan ini, awalnya
terdeteksi sebagai komponen reannealing yang cepat dari DNA genom, telah dibagi menjadi
dua kelas utama, disebut sebagai elemen interspersed repetitive yang pendek (SINEs) dan
interspersed repetitive yang panjang (LINEs). Lebih dari sepertiga genom manusia
diperkirakan terdiri dari sekuens interspersed repetitive. LINEs yang awalnya digambarkan
sebagai urutan DNA lebih dari 5 Kb dan hadir dalam 104 salinan atau lebih per genom,
sedangkan SINEs didefinisikan sebagai urutan pendek dari 500 bp terjadi di 10 5 salinan atau
lebih dalam genom haploid (Singer 1982).Bagaimanapun setelah studi sequencing, definisi
dari SINEs dan LINEs diubah oleh Hutchison et al. (1989). Artinya, menggunakan panjang
dan menyalin nomor sebagai fitur diagnostik, LINEs dan SINEs yang didefinisikan kembali
sesuai dengan kemampuan mereka atau kurangnya kemampuan untuk memeantarai
transposisi mereka sendiri.
Panjang LINEs biasanya berkisar dari 3 sampai 7 Kb. Studi DNA sequencing telah
menunjukkan bahwa LINEs adalah retroposon atau hasil salinan retroposon. Setiap LINE
fungsional berisi open reading frame yang mengkodekan domain sesuai dengan
endonuklease dan reverse transcriptase. Domain reverse transcriptase menunjukkan
spesifisitas LINE, yaitu, reverse transcriptase dari satu LINE hanya akan mengenali ujung 3'
LINE itu, atau urutan yang sama, dan akan jauh lebih efisien dalam mengenali dan kemudian
mentranskripsi balik LINEs lain. Pada kenyataannya, LINEs tidak aktif, urutan LINE parsial
atau pseudogen berasal dari LINEs aktif.
Panjang SINEs biasanya berkisar dari 75-500 bp. Mereka tidak mengkode protein yang
diperlukan untuk retroposisi; pada kenyataannya, mereka tidak memiliki open reading frame
dari panjang yang signifikan. Dengan demikian, SINEs adalah elemen non-otonom yang
harus dibantu dalam proses retroposisi oleh unsur-unsur genetik lainnya. Ada dua jenis yang
diketahui dari SINEs: mereka berasal dari 7SL RNA dan yang berasal dari tRNA. Dengan
pengecualian dari Alu primata dan keluarga B1hewan pengerat, yang berasal dari 7SL RNA,
semua SINEs dilaporkan sampai saat ini, dari sumber yang beragam seperti manusia, ikan,
kura-kura, tanaman, nyamuk, dan jamur, yang berasal dari tRNA.
SINEs derived from 7SL RNA
Urutan alu, dinamakan demikian karena mengandung karakteristik situs restriksi untuk
endonuklease Alu I, panjang sekitar 300 bp. Mereka membentuk keluarga urutan berulang
yang muncul lebih dari satu juta kali dalam genom manusia, merupakan suatu yang luar biasa
10% dari genom.
Ullu dan Tschudi (1984) menemukan bahwa urutan Alu sebenarnya turunan processed
pseudogene dari gen yang menentukan 7SL RNA, komponen sitoplasma melimpah dari
partikel pengenal sinyal yang sangat penting dalam proses penghapusan sinyal peptida dari
protein yang disekresikan (Walter dan Blobel 1982). Gen aktif yang sangat dibatasi, dan
urutan dilindungi antara organisme yang berbeda seperti manusia, Xenopus, dan Drosophila.
Urutan Alu manusia telah diturunkan dari urutan 7SL fungsional oleh serangkaian
langkah yang melibatkan duplikasi, dua penghapusan, dan banyak substitusi nukleotida dan
indels kecil (Gambar 7.12a). Kebanyakan urutan Alu manusia memiliki struktur dimer.
Genom manusia juga berisi nomor di urutan Alu tetrameric, tetapi hanya beberapa elemen
Alu monomer telah ditemukan. Sebaliknya, Alu tikus setara, B1, hampir secara eksklusif
monomer (Gambar 7.12b). Britten et al. (1988) tanggal munculnya monomer pertama ke
waktu sebelum radiasi mamalia, dan duplikasi yang menghasilkan dimer ke waktu setelah
garis keturunan primata telah stabil.

GAMBAR 7.12 Asal urutan Alu pada manusia dan primata lainnya (a), dan urutan B1 pada
hewan pengerat (b). berbagai daerah di gen 7SL RNA bayangan berbeda untuk menekankan
penghapusan dan penyusunan ulang di urutan Alu. (A), berarti A diulang n kali. Perhatikan
struktur dimer di (a) dan struktur monomer di (b).(Sumber Graur & Li, 2000).
Jika retropseudogene mempertahankan kemampuan untuk ditranskripsi, proses cascade
mungkin terjadi, dimana retropseudogen baru dibuat dari transkrip RNA pseudogen yang ada.
Ini disarankan untuk menjadi kasus dalam keluarga Alu (Bains 1986). Sebagai gen 7SL-RNA
ditranskripsi oleh RNA polimerase III, yang tidak memerlukan promotor luar daerah
transkripsi, dapat dibayangkan bahwa beberapa urutan Alu mungkin telah menahan promotor
lengkap dan dapat ditranskrip. Namun, urutan Alu bukan retropseudogen reguler yang
langsung berasal dari gen penentu 7SL-RNA. Sesuatu yang lain harus terjadi untuk membuat
mereka begitu efektif dalam mengalikan sendiri ratusan roduce atas ribuan salinan. Apakah
ini "sesuatu yang lain" adalah, pada saat ini misteri elemen Alu memprihatinkan; Namun, kita
tahu mengapa SINEs lainnya begitu efisien dalam "pemanfaatan dan berkembang biak",
meskipun kekurangan kemampuan transposabel otonom (lihat bagian berikutnya).
Willard et al. (1987) dan Britten et al. (1988) mengenali beberapa subfamili urutan Alu.
Mereka mengusulkan agasubfamili ini telah berurutan berasal dari hanya tiga atau empat
urutan sumber (Gambar 7.13), bukan proses cascade yang disarankan oleh Bains (1986). Asal
subfamili baru-baru ini memiliki urutan yang lebih berbeda dari urutan 7SL leluhur dari pada
subfamili yang lebih tua. Dengan demikian, sebagian besar urutan Alu telah diturunkan tidak
secara langsung dari gen 7SL fungsional, tetapi dari sejumlah kecil sekuens sumber, yang
awalnya berasal dari gen 7SL-RNA melalui banyak langkah perubahan. Setiap urutan sumber
tersebut disajikan pada satu waktu atau yang lain sebagai sumber utama dari urutan Alu dan
digantikan oleh garis keturunan. berturut-turut dari fiksasi tidak terjadi dalam ledakan diskrit
tiba-tiba, tapi subfamilies berturut-turut terus hidup berdampingan dalam genom untuk
jangka waktu yang lama (lihat juga Quentin 1988).Gelombang
GAMBAR 7.13 Urutan mutasi pada posisi diagnostik
(angka Arab) antara subfamili yang berbeda dari urutan
Alu. angka Romawi menunjukkan urutan sumber
beruntun yang disajikan di berbagai periode sebagai
sumber utama dari urutan Alu. Substitusi membedakan
setiap subfamili dari satu sebelumnya dilambangkan
dengan x. Misalnya, subfamili Alu I berbeda dari 7SL
RNA oleh substitusi tunggal pada posisi 68; subfamili II
berbeda dari subfamili I oleh substitusi15, termasuk satu
di posisi 68 yang sudah diganti satu kali dalam langkah
sebelumnya. (Sumber Graur & Li, 2000).
SINEs derived from tRNAs
Seperti disebutkan sebelumnya, sebagian besar SINEs adalah turunan tRNA. Jenis tRNA
yang menurunkan SINE adalah molekul tidak masuk akal yang terdiri dari dua bagian, salah
satunya adalah daerah terkait tRNA dan lainnya daerah yang tidak terkait tRNA (Gambar
7.14). Yang terakhir pada gilirannya terdiri dari dua wilayah yang berbeda: sebuah daerah 5'
yang asalnya masih harus dijelaskan, dan sebuah daerah turunan LINE (Oshima et al 1996.).
GAMBAR 7.14 Struktur dari SINE turunan tRNA. Elemen dapat dibagi menjadi dua bagian:
daerah terkait tRNA (kotak abu-abu) dan wilayah tidak terkait tRNA. Daerah terakhir berisi
urutan yang tidak diketahui asalnya (kotak padat) dan daerah turunan LINE (kotak beraris).
Courtesy of Profesor Norihiro Okada.(Sumber Graur & Li, 2000).
Karena pesatnya laju evolusi SINE, identifikasi spesies tRNA dari daerah yang terkait
tRNA dari SINE yang telah diturunkan sangat sulit dalam sebagian besar kasus, dan
kesalahan dalam identifikasi berlimpah dalam literatur. Untuk saat ini, hanya empat spesies
tRNA yang telah jelas diidentifikasi sebagai asal-usul SINE. Ini adalah: tRNA Lys yang berasal
dari (spesies tRNA yang paling umum digunakan), tRNA Ala, tRNA Arg, dan tRNA Glu (Oshima
et al 1993.). Saat ini, kami tidak tahu apakah iya atau tidak jenis tRNA dapat membentuk
SINEs.
Where there's a SINE, there's a LINE
Misteri abadi dalam evolusi molekuler adalah efisiensi yang menakjubkan dengan
SINEs, yang dalam diri mereka sendiri tanpa mekanisme replikasi diri, bisa menghasilkan
ratusan ribu salinan genom. Penemuan bahwa ujung 3' dari setiap SINE turunan tRNA
menunjukkan kesamaan urutan dengan ujung 3' sebuah LINE (Ohshima et al. 1996)
memberikan kunci untuk memecahkan misteri ini.

GAMBAR 7.15 deretan ujung 3 'dari urutan konsensus SINEs Bin-1 dan LIE Bin-1 dari ulat
sutera Bombyx mori. garis vertikal pendek menunjukkan nukleotida identik dalam dua urutan.
Tidak ada kesenjangan yang diperlukan untuk menyelaraskan dua urutan. Garis vertikal yang
panjang menunjukkan akhir mendadak dalam kesamaan antara urutan SINE dan LINE. Posisi
nomor dalam deretan asli (Okada et al. 1997).(Sumber Graur & Li, 2000).
GAMBAR 7.16 reverse transcriptase (oval berbayang) diperlukan untuk retroposisi dari
SINE turunan tRNA disediakan oleh partner LINE. transkrip SINE (garis bergelombang)
dikenali pada ujung 3' nya (garis berat), dan selanjutnya ditranskripsi balik dan diintegrasikan
ke dalam situs target genom. urutan 3' LINE dan SINE yang ditampilkan sebagai kotak
bergaris untuk menekankan kesamaan mereka satu sama lain. Kotak kosong di LINE
menggambarkan urutan LINE-spesifik. Urutan asal tidak diketahui dalam SINE dan daerah
terkait tRNA masing-masing ditampilkan sebagai kotak solid dan kotak abu-abu. Courtesy of
Profesor Norihiro Okada.(Sumber Graur & Li, 2000).
Gambar 7.15 menunjukkan salah satu contohnya, penyelarasan ujung 3 'dari SINE dan
LINE dari ulat sutera Bombyx mori. Sekitar 80 nukleotida pada ujung 3' dari kedua urutan
yang sangat mirip, sementara tidak terlihat kesamaan yang diamati upstream dari daerah 3'.
Karena daerah ini dikenal untuk diakui oleh LINE mengkode riverse transcriptase, Oshima et
al. (1996) mengusulkan bahwa setiap SINE disebarkan dalam genom dengan menggunakan
enzim dari LINE yang sesuai (Gambar 7.16). Dalam beberapa kasus, dua atau lebih SINE
ditemukan untuk berbagi ekor 3' yang sama sebagai LINE tunggal. Karena setiap reverse
transcriptase LINE adalah spesifik untuk LINE di mana gen tinggal, tidak ada kesamaan
universal dalam baik panjang atau urutan komposisi antara daerah pengenalan 3' melebihi
kesamaan antara pasangan sejenis. Banyak pasangan LINE/SINE telah diidentifikasi dalam
taksa yang beragam seperti ruminansia, reptil, ikan salmonid, hiu, ulat, tanaman tembakau,
dan jamur (Okada et al. 1997).
Model di atas membuat tiga prediksi yang menarik. Pertama, jika ada SINE tRNA yang
diturunkan, pasangan LINE harus hadir dalam genom dari organisme yang sama. LINEs
mungkin ada pada mereka sendiri; SINEs tidak bisa. Kedua, model memprediksi bahwa
setelah pasangan LINE menjadi tidak aktif, pasangan SINE akan kehilangan kemampuannya
untuk retrotransposon. Akhirnya, pasangan LINE harus memiliki sejarah evolusi lebih lama,
dan karenanya distribusi filogenetik yang lebih luas, dari pasangan SINE nya. Semua prediksi
ini telah divalidasi bagi pasangan LINE2 / MIR pada manusia dan beberapa CiLINE2 / AFC
di ikan cichlid (Terai et al. 1998).
DNA-mediated transposable elements and transposable fossils
Selain SINE retrotransposed yang telah dibahas sebelumnya,genom mamalia
mengandung banyak pengulangan berseling (interspersed repeats) yang telah merubah urutan
tanpa bantuan reverse transcriptase. Genom manusia ditemukan mengandung setidaknya 14
keluarga dan lebih dari 100.000 salinan dari transposon simetris sederhana, panjangnya 180-
2,500 bp (Smit dan Riggs 1996). Menariknya, banyak elemen transposabel tersebut sangat
kuno, dan sering disebut sebagai fosil transposon. Misalnya, anggota Tigger family manusia
ditemukan sangat mirip dengan pogo, sebuah transposon DNA di Drosophila, dan pada
tingkat lebih rendah untuk lima transposon dari jamur dan nematoda, sebuah temuan yang
membuktikan peninggalan kuno dari elemen-elemen ini. Menariknya, transposase dikode
oleh anggota Tigger family ditemukan mirip dengan utamanya protein B sentromer mamalia,
yang mungkin menunjukkan bahwa komponen penting dari meiosis ini dan mitosis mungkin
pada awalnya telah diturunkan dari elemen transposabel.
Rate of SINE Evolution
Karena jumlah mereka, SINEs awalnya diperkirakan memiliki fungsi biologis. Apakah
ada atau tidak kehadiran mereka dalam genom memberikan fungsi akan dibahas pada bagian
berikutnya. Namun, dalam hal sekuens evolusi, mereka tampaknya berkembang secepat
menggmbarkan pseudogen tak berfungsi lainnya. Salah satu contohnya dapat dilihat pada
Tabel 7.3.

Pertanyaan dan Jawaban

Zurienia Mimi Bibiyana/190341864402
1. Apa perbedaan gen replikator dan gen rekombinator?
Jawab:
Gen replikator menentukan situs untuk inisiasi dan penghentian replikasi DNA. Istilah
ini dapat berlaku untuk sekuens spesifik pada asal usul replikasi, yang merupakan unit
replikasi DNA dalam genom eukariotik. Urutan ini dapat berfungsi sebagai situs
pengikatan untuk inisiator atau molekul penekan tertentu, atau sebagai situs pengenalan
untuk enzim yang terlibat dalam replikasi DNA. Gen rekombinator memberikan situs
pengenalan spesifik untuk enzim rekombinasi selama meiosis.
2. Apakah mutasi terjadi secara acak?
Jawab:
Mutasi umumnya dikatakan terjadi "secara acak." Namun, seperti yang telah kita lihat,
mutasi tidak terjadi secara acak sehubungan dengan lokasi genomik, juga tidak semua
jenis mutasi terjadi dengan frekuensi yang sama. Jadi, aspek mutasi apa yang acak?
Mutasi diklaim bersifat acak sehubungan dengan pengaruhnya terhadap kebugaran
organisme yang membawanya. Artinya, setiap mutasi yang diberikan diharapkan terjadi
dengan frekuensi yang sama di bawah kondisi di mana mutasi ini memberi keuntungan
pada organisme yang membawanya, seperti dalam kondisi di mana mutasi ini tidak
memberikan keuntungan atau merusak.

Arif Hidayat/190341764439
1. Kapan pindah silang terjadi?
Jawab:
Peristiwa pindah silang umumnya terjadi pada setiap peristiwa gametogenesis pada
kebanyakan makhluk hidup, separti tumbuh-tumbuhan, hewan, dan manusia. Pindah
silang terjadi ketika meiosis I (akhir profase I atau permulaan metafase I), yaitu pada saat
kromosom telah mengganda menjadi 2 kromatid. Pada waktu kromosom-kromosom
hendak memisah (yaitu pada anafase I), kromatid-kromatid yang bersilang itu melekat
dan putus di bagian kiasma, kemudian tiap potongan itu melekat pada kromatid
sebelahnya secara timbal balik. Gen-gen yang terletak pada bagian yang mengalami
perpindahan itu akan berpindah pula tempatnya ke kromatid sebelah.

2. Apakah pindah silang selalu menghasilkan tipe rekombinan?

 Jawab:
Tidak selalu, karena apabila pindah silang ganda (double crossing over) berlangsung di
antara 2 buah gen yang terangkai, maka terjadinya pindah silang ganda ini tidak akan
nampak dalam fenotip, sebab gamet-gamet yang dibentuk hanya dari tipe parental saja.
3. Kapan pindah silang itu akan menghasilkan gamet yang semuanya tipe parental
dan kapan semuanya tipe rekombinasi?
Jawab:
Pindah silang akan menghasilkan gamet yang semuanya tipe parental jika pindah silang
ganda (double crossing over) berlangsung di antara 2 buah gen yang terangkai, maka
terjadinya pindah silang ganda ini tidak akan nampak dalam fenotip, sebab gamet-gamet
yang dibentuk hanya dari tipe parental saja. Sedangkan, periwais pindah silang yang
akan menghasilkan gamet yang semuanya tipe rekombinasi akan terjadi jika terjadi
proses pertukaran segmen dari kromatid-kromatid bukan kakak beradik (nonsister
chromatids) dari sepasang kromosom homolog. Dengan syarat semua kromatid ikut
terlibat.
Maya Agustin/190341764438
1. Bagaimana hubungan antara jumlah basa nitrogen dan kombinasinya dalam
mengontrol jenis asam amino yang terbentuk?
Jawab:
Pada awalnya muncul paradigma bahwa 20 asam amino ditentukan oleh 20 kodon yang
berbeda. Para ahli berusaha merumuskan kombinasi 4 basa nitrogen untuk menjelaskan
hal tersebut. Hipotesis yang pertama adalah 42 atau 16 kemungkinan kodon (jelas tidak
cukup). Hipotesis kedua adalah 43 atau 64 kemungkinan kodon, jumlah ini jelas terlalu
banyak. Kemudian seiring berjalannya waktu, ditemukan fakta bahwa dalam kode
genetik universal, 61 kodon ini untuk asam amino spesifik dan disebut sense codons,
sedangkan 3 sisanya adalah kodon stop. Karena ada 61 sense codons dan hanya 20 asam
amino primer dalam protein, sebagian besar asam amino (18 dari 20) dikodekan oleh
lebih dari satu kodon. Kode semacam itu disebut sebagai kode degenerasi. Berbagai
kodon yang menentukan asam amino yang sama disebut kodon sinonim. Kodon identik
yang berbeda satu sama lain di posisi ketiga hanya disebut sebagai codon famiy.
Misalnya, empat kodon untuk valin (GUU, GUC, GUA, GUG) membentuk keluarga
empat kodon. Enam kodon untuk leusin dibagi menjadi keluarga empat kodon (CUU,
CUC, CUA, dan CUG) dan keluarga dua kodon (UUA dan UUG).
2. Bagaimana retroelemen dapat menjelaskan konsep “Evolusi merupakan
perubahan secara perlahan pada makhluk hidup dalam kurun waktu yang relatif
lama. Perubahan ini mengarah kepada kompleksitas makhluk hidup atau bahkan
degenerasi makhluk hidup”?
Jawab:
Fakta bahwa transkriptase balik dari semua elemen memiliki identitas asam amino satu
sama lain menunjukkan asal evolusi yang sama. Karena kesederhanaan retron sebagai
kebalikan dari kompleksitas retrovirusi. Temin (1986, 1989) menyarankan bahwa jalur
evolusi beralih dari retron ke retroposon ke retrotransposisi ke retrovirus ke
pararetrovirus. Kita harus mencatat bahwa skema evolusi ini sebagian besar ditandai oleh
peningkatan progresif dalam kompleksitas struktural dari elemen-elemen retro. Tentu
saja, ada kemungkinan bahwa beberapa retrotransposon dan retroposon masa kini berasal
dari retrovirus, dan bukan sebaliknya.