Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

BAB
25 Brett D. Lindenbach • Catherine L. Murray • Heinz-Jürgen Thiel • 
Charles M. Beras

Flaviviridae

PENGANTAR
pengantar
Keluarga Klasifikasi Virus manusia pertama ditemukan lebih dari satu abad yang lalu
Keluarga Karakteristik dan Replikasi Siklus ketika Walter Reed menunjukkan bahwa demam kuning dapat
Flavivirus ditransfer secara eksperimental melalui serum individu yang
Latar Belakang dan Struktur terinfeksi, dan bahwa agen infeksi ini ditularkan ke manusia oleh
nyamuk.817Sekarang diketahui bahwa virus demam kuning (YFV)
Klasifikasi dan FisikProperti dari Virion
hanyalah salah satu perwakilan dari keluarga besar virus RNA untai
Binding dan Entri (lihat Video dalam e-Book)
positif yang terkait, virusFlaviviridae(dari bahasa latinlava,“kuning").
Genom Struktur
Keluarga ini saat ini terdiri dari tiga genera:Flavivirus, Pestivirus(dari
Terjemahan dan Proteolitik Fitur bahasa latinhama,“wabah”), danvirus hepatitis(dari bahasa Yunani
Pemrosesan dari Fitur hepar, hepar,“hati")851
StrukturProtein dari Nonstruktural Protein (Tabel 25.1). Genus keempat,virus pegi(pegigihGvirus B), baru-baru
RNA Replikasi ini diusulkan untuk mencakup virus GB A (GBV-A), GBV-C, dan GBV-D
Perakitan dan Pelepasan dari Partikel dari  yang sebelumnya tidak diklasifikasikan.805Seperti yang dijelaskan
Sel yang Terinfeksi nanti,Flaviviridaeberbagi kesamaan dalam morfologi virion,
Flavivirus Virus Hepatitis C organisasi genom, dan strategi replikasi tetapi menunjukkan sifat
Latar Belakang dan Struktur biologis yang beragam dan kurangnya reaktivitas silang serologis.
Hubungan filogenetik dariFlaviviridae ditunjukkan pada Gambar
Klasifikasi dan Fisik Sifat dari Virion
25.1. Signifikansi yang meningkat dariFlaviviridaesebagai patogen
Binding dan Entri
manusia dan hewan menekankan bahwa studi mereka tetap tidak
Genom Struktur kurang relevan daripada di waktu Reed.
Terjemahan dan Proteolitik Fitur
Pemrosesan dari Fitur
Klasifikasi Keluarga
StrukturProtein dari Nonstruktural Protein Virus RNA untai positif diklasifikasikan menjadi tiga superfamili
RNA Replikasi berdasarkan hubungan evolusioner dari RNAdependent RNA
Virus Perakitan polymerases (RdRPs). ItuFlaviviridaeadalah anggota superfamili 2,
virus pesti memiliki kemiripan yang jauh dengan coliphages dan carmo-,
Latar Belakang dan Struktur tombus-, diantho-, dan subkelompok I luteovirus yang menginfeksi
Klasifikasi dan Fisik Sifat dari Virion tanaman.418Sebelum era biologi molekuler, beberapa anggota
Binding dan Entri keluargaFlaviviridaediklasifikasikan sebagaiTogaviridae.
Genom Struktur
Pestivirus, Struktural, Protein Karakteristik Keluarga dan Siklus Replikasi
Pestivirus, Nonstruktural, Protein Bab ini disusun berdasarkan ciri-ciri umum keluargaFlaviviridae
siklus hidup (Gbr. 25.2). Virion berselubung terdiri dari lapisan
RNA, Replikasi
ganda lipid dengan dua atau lebih spesies glikoprotein amplop
Perakitan, dan Pelepasan, Virus, Patogenesis
(E) yang mengelilingi nukleokapsid, yang terdiri dari untai
Partikel, Mukosa, Penyakit, dan
tunggal, genom RNA sense positif yang dikomplekskan dengan
Generasi, dari, Sitopatik, Pestivirus, banyak salinan kapsid dasar kecil (C) protein. Pengikatan dan
Virus GB penyerapan diyakini melibatkan endositosis yang dimediasi
Penemuan dan Klasifikasi reseptor. PH rendah dari endosom menginduksi fusi amplop
Klinis Perspektif virion dengan membran sel. Setelah pelepasan nukleokapsid,
Eksperimental Sistem genom RNA dilepaskan ke dalam sitoplasma. Genom melayani
Virion Strukturdan Entri tiga peran terpisah dalam siklus hidup: sebagai RNA pembawa
GenomStrukturdan Ekspresi pesan (mRNA) untuk translasi semua protein virus, cetakan
Perspektif selama replikasi RNA, dan materi genetik yang dikemas dalam
partikel virus baru. Organisasi

712
 BAB 25  |FLAVIVIRIDAE 713

TABEL 25.1 Anggota dariFlaviviridae

Satuan taksonomi Contoh representatif

MargaFlavivirus54
Virus yang dibawa nyamuk Virus demam kuning(YFV)
virus dengue,tipe 1 hingga 4 (DENV-1 hingga
DENV-4) virus ensefalitis Jepang(JEV) virus
kokobera(KOKV) virus Nil Barat(WNV)

Virus yang ditularkan melalui kutu
Virus tanpa vektor yang diketahui
Tidak terklasifikasi
Margavirus hepatitis1
Virus ensefalitis tick-borne,Subtipe Eropa (TBEV-Eu) Virus
ensefalitis tick-borne,Subtipe Timur Jauh (TBEV-FE) Virus
demam berdarah Omsk(OHFV) virus Tyuleni(TYEV) virus
modoc(MODV) Virus Rio Bravo(RBV) Virus agen sekering sel(
CFAV) virus hepatitis C(HCV), tujuh genotipe GB virus B(GBV-
B; tidak terklasifikasi) Hepacivirus anjing(CHV; tidak
terklasifikasi) Virus diare virus sapi(BVDV-1) Virus diare virus
sapi 2(BVDV-2) virus penyakit perbatasan(BDV) Virus
demam babi klasik(CSFV)Sebuah

Margavirus pestisida4

Jerapah-1 pestivirus(tidak terklasifikasi)

Margavirus pegi(diajukan) GB virus A(GBV-A)
GB virus C(GBV-C), “virus hepatitis G(HGV)”
GB virus D(GBV-D)

Angka dalam superskrip menunjukkan jumlah spesies virus saat ini yang dikenali dalam setiap kelompok.

CSFV sebelumnya disebutvirus kolera babi(HCV). Nama diubah untuk menghindari kebingungan denganvirus hepatitis C.
Sebuah

virus pestiBVDV
21
BDV
CSFV GBV-C* virus pegi
(diajukan)

GBV-A*
ENTV

GBV-D*
CFAV

YFV GBV-B*
TBEV CHV*
WNV 1
JEV 4 2 5 2virus hepatitis
Flavivirus 31 4 6 3 NKT
DENV
0.1

GAMBAR 25.1.KeluargaFlaviviridae.Pohon filogenetik berdasarkan analisis tetangga-bergabung dari viral RNA-dependent RNA polymerases
(RdRPs). Ditampilkan adalah anggotaFlavivirusgenus: virus demam kuning (YFV), virus dengue (DENV) serotipe 1 sampai 4, virus West Nile
(WNV), virus ensefalitis Jepang (JEV), virus ensefalitis tick-borne (TBEV), virus agen sekering sel (CFAV) , dan virus kelelawar Entebbe (ENTV); itu
virus pestisidagenus: virus diare virus bovine (BVDV) tipe 1 dan 2, virus demam babi klasik (CSFV), dan virus penyakit perbatasan (BDV); itu
virus hepatitisgenus: virus hepatitis C (HCV) genotipe 1 sampai 6, virus GB B (GBV-B, penugasan yang diusulkan), dan canine hepacivirus
(CHV, penugasan yang diusulkan); dan yang diusulkanvirus pegigenus: GB virus A (GBV-A), GB virus C (GBV-C), dan GB virus D (GBV-D). Bilah
skala menunjukkan substitusi asam amino per posisi.
 714 BAGIAN II  |KHUSUS VIRUS  KELUARGA
Pengikatan reseptor
dan endositosis
Dikatalisis asam
fusi dan
uncoating
(+) RNA
Trans Slatio n dan
poliprot ein p Rpengolahan
GAMBAR 25.2.Siklus hidup dariFlaviviridae.Lihat teks untuk detail lebih lanjut.
genom serupa untuk semua genera. Protein virus
diproduksi sebagai bagian dari poliprotein tunggal yang
dipecah oleh kombinasi protease inang dan virus. Protein
struktural terletak di bagian terminal poliprotein dengan
protein nonstruktural (NS) di sisanya. Karakteristik motif
urutan dari protease serin, RNA helicase, dan RdRP
ditemukan di lokasi yang sama di poliprotein dari ketiga
genera.585Replikasi RNA terjadi seluruhnya di sitoplasma
dalam hubungan yang erat dengan membran intraseluler;
sintesis genomelength minusstrand RNA menyediakan
perantara. Virion keturunan berkumpul dengan bertunas ke
dalam kompartemen membran intraseluler, kemungkinan
besar retikulum endoplasma (ER), kemudian transit melalui
jalur sekretori inang dan dilepaskan di permukaan sel.
FLAVIVIRUS
Latar Belakang dan Klasifikasi
ItuFlavivirusgenus terdiri dari lebih dari 50 spesies, banyak di antaranya adalah
patogen manusia yang ditularkan melalui artropoda. Flavivirus menyebabkan
Transportasi, pematangan,
dan lepaskan
intraseluler
pemula
terikat membran
replikasi RNA
+
+-
berbagai penyakit, termasuk demam, ensefalitis, dan demam
berdarah. Entitas yang menjadi perhatian global utama termasuk
virus dengue (DENV)—dengan demam berdarah dengue (DBD) dan
sindrom syok dengue (DSS)—Jepang encepha litis virus (JEV), virus
West Nile (WNV), dan YFV (ditinjau dalam537). Lavivirus lain dengan
distribusi regional atau endemik termasuk virus ensefalitis Murray
Valley (MVEV) dan virus ensefalitis St. Louis (SLEV).Virus ensefalitis
yang ditularkan melalui kutu(TBEV) adalah nama yang biasa
digunakan untuk virus ensefalitis Eropa tengah atau virus ensefalitis
Timur Jauh, meskipun ini adalah spesies yang jelas berbeda.208
Penurunan upaya pengendalian nyamuk selama bagian akhir abad
ke-20, ditambah dengan faktor sosial (misalnya, peningkatan
transportasi dan urbanisasi yang padat), telah berkontribusi pada
munculnya kembali virus lavi seperti DENV di Amerika Selatan dan
Tengah. Setelah wabah di New York City pada tahun 1999, WNV
telah menyebar ke sebagian besar Amerika Utara dan Amerika
Tengah.
Spesies flavivirus selanjutnya dikategorikan ke dalam kompleks
antigenik dan subkompleks berdasarkan kriteria serologis atau ke dalam
kelompok, klad, dan spesies, menurut filogenetik molekuler.117Lavivirus
yang ditularkan nyamuk dan yang ditularkan melalui kutu, meskipun
 BAB 25  |FLAVIVIRIDAE 715

berbeda, tampaknya telah berevolusi melalui garis nenek moyang yang
sama yang menyimpang dari virus tanpa vektor arthropoda yang
diketahui. DENV bersirkulasi sebagai empat serotipe yang berbeda, yang
menunjukkan keragaman urutan yang signifikan (diulas dalam337).
Beberapa laporan telah mendokumentasikan rekombinasi intertipik di
antara isolat DENV, meskipun status taksonomi dari isolat ini saat ini
tidak jelas.
Pengembangan vaksin lavivirus hidup pertama yang dilemahkan,
YFV strain 17D,849menyebabkan pengakuan Max Theiler oleh komite
Hadiah Nobel pada tahun 1951. Hanya sejumlah terbatas vaksin lavivirus
yang tersedia, termasuk TBEV dan JEV yang tidak aktif untuk digunakan
pada manusia dan WNV yang tidak aktif untuk digunakan pada hewan.694
Pengembangan vaksin DENV efektif yang menunjukkan perlindungan
silang antara serotipe terbukti sangat menantang. Kemampuan untuk
memanipulasi lavivirus secara genetik telah menghasilkan pendekatan
baru, termasuk vaksin chimeric hidup yang dilemahkan berdasarkan
tulang punggung YFV-17D.
Struktur dan Sifat Fisik Virion
Partikel lavivirus menular kira-kira bulat, berdiameter sekitar 50
nm, dan dikelilingi oleh selubung lipid.615(Gambar 25.3). Virus
mengendap antara 170 dan 210S dan memiliki kepadatan
apung 1,19 hingga 1,23 g/cm3tergantung pada komposisi lipid,
yang dapat bervariasi menurut inang.745Kulit terluar partikel
terdiri dari dua protein virus, amplop (E) dan membran (M).
Glikoprotein E adalah penentu antigenik utama virion dan
memediasi pengikatan dan fusi selama masuknya virus. Protein
M adalah fragmen proteolitik kecil dari protein prekursor (pr)M
dan diproduksi selama pematangan virus dalam jalur sekretori.
Penghapusan amplop lipid dengan deterjen nonionik
mengungkapkan nukleokapsid diskrit (120 hingga 140S; 1,30
hingga 1,31 g/cm2)3), yang terdiri dari protein kapsid (C) dan
RNA genomik (diulas dalam745). Nukleokapsid yang terisolasi
menjadi tidak stabil dalam kondisi garam tinggi, terurai menjadi
dimer protein C.399
Mikroskop cryoelectron dan rekonstruksi gambar telah
memberikan banyak informasi tentang struktur lavivirus.
430 610
dewasa menular ya relatif
permukaan luar yang halus. Menyesuaikan struktur kristal protein E722
ke dalam peta kerapatan elektron menunjukkan bahwa dimer
glikoprotein terletak di sepanjang permukaan virion. Menariknya, 180
salinan E dikemas rapat dalam susunan tulang herring yang tidak biasa
yang sepenuhnya menutupi lapisan ganda lipid. Di bawah cangkang
protein, protein M berhubungan erat dengan membran. Khususnya,
nukleokapsid tidak memiliki simetri yang terlihat, dan baik urutan E
maupun M tidak meluas melalui membran untuk membuat kontak
dengan nukleokapsid.956
Partikel lavivirus yang belum matang mengadopsi berbagai
penampilan saat mereka keluar melalui jalur sekretori.667Segera setelah
mereka terbentuk, virion yang belum matang lebih besar (berdiameter
60 nm) daripada virion dewasa dan menampilkan 60 paku yang menonjol
di permukaannya.957Setiap tonjolan terdiri dari tiga heterodimer E-prM,
dengan molekul prM yang membatasi peptida fusi E. Saat partikel yang
belum matang melewati lingkungan pH rendah daritrans-Jaringan Golgi,
terjadi penataan ulang glikoprotein yang dramatis. Virion yang belum
matang sekarang mengadopsi penampilan halus yang hampir tidak
dapat dibedakan dari partikel dewasa, dengan pengecualian bahwa prM
tetap melekat.946
Perubahan konformasi ini diikuti oleh pembelahan prM oleh enzim
sel inang furin802dan pelepasan fragmen pelindung saat keluar dari
sel, memperlihatkan virion dewasa.946Proses ini tidak selalu efisien,
dan partikel yang belum matang atau sebagian matang dapat
dilepaskan dalam jumlah yang signifikan. Meskipun partikel yang
belum matang dianggap tidak menular karena tidak dapat
mengalami fusi,303mereka baru-baru ini terbukti memulai infeksi
ketika diinternalisasi dalam kompleks dengan antibodi anti-prM oleh
sel-sel yang membawa reseptor Fc.735Mekanisme ini tidak dipahami
dengan baik, tetapi mungkin memicu pembelahan prM di endosom
dan bisa sangat relevan selama infeksi sekunder ketika tingkat
antibodi tinggi. Selain itu, partikel matang sebagian yang
mempertahankan hanya beberapa prM telah divisualisasikan dalam
populasi lavivirus dan dapat mengalami perlekatan dan fusi untuk
memulai infeksi serupa dengan partikel matang sepenuhnya.137
Partikel subviral kecil yang tidak menular (SVP) adalah kelas partikel
terakhir yang dilepaskan dari

A B C

GAMBAR 25.3.Mikrograf elektron partikel flavivirus dan sel yang terinfeksi virus. SEBUAH:Virus ensefalitis St. Louis yang dimurnikan
(SLEV) diwarnai negatif dengan amonium molibdat (Murphy FA. Morfologi dan morfogenesis Togavirus. Dalam: Schlesinger RW.Togavirus:
Biologi, Struktur, Replikasi.Pers Akademik: New York; 1980:241–316). Proyeksi permukaan tampak sebagai lapisan yang sangat tipis dan
tidak jelas. (Courtesy of Dr. Frederick A. Murphy.)B:Potongan tipis sel bayi hamster ginjal (BHK)-21 pada 48 jam setelah infeksi menunjukkan
partikel SLEV dalam sisterna retikulum endoplasma (Whitfield SG, Murphy FA, Sudia WD. Virus ensefalitis St. Louis: studi ultrastruktural
infeksi pada vektor nyamuk.Ilmu pengetahuan virus1973;56:70–87). (Sumber dari Drs. Frederick A. Murphy, Sylvia G. Whitfield, dan AK
Harrison.)C:Susunan parakristalin partikel SLEV di kelenjar ludah aCulex pipiensnyamuk 25 hari setelah makan darah memakan tikus yang
terinfeksi. (Courtesy of Sylvia G. Whitfield, Frederick A. Murphy, dan W. Daniel Sudia.)
 716 BAGIAN II  |KHUSUS VIRUS  KELUARGA
mengandung protein E dan M tetapi kekurangan C dan RNA.797
Mereka menyelesaikan proses pematangan yang sama seperti
virion utuh dan dapat menjalani fusi dengan sel target760; karena
kurangnya genom, bagaimanapun, mereka tidak menular. Partikel
subviral rekombinan (RSP) terbentuk dalam sel yang ditransfeksi
secara eksperimental hanya dengan prM dan E, menunjukkan
bahwa interaksi antara protein-protein amplop ini cukup untuk
mendorong tunas.14,512,760RSP umumnya berdiameter sekitar 30 nm
dan sedikit kurang padat dibandingkan virus menular (1,14 g/cm3),
760meskipun partikel berukuran virion juga telah diamati dalam
sistem ekspresi ini.16.512Mikroskop cryoelectron dan rekonstruksi
gambar TBEV RSP menunjukkan susunan protein E yang sangat
berbeda dibandingkan dengan virion menular. Tiga puluh dimer E
terletak pada posisi lintang di permukaan dalam aT=1 cangkang
ikosahedral232daripada array herringbone.430Dihipotesiskan bahwa
pengaturan ini mungkin menyerupai zat antara fusi yang diadopsi
ketika E dimer disusun ulang menjadi trimer saat virus masuk.611
e Binding dan Entry (lihat Video di e-Book)
Flavivirus menginfeksi berbagai sel target melalui endositosis yang
dimediasi reseptor, diikuti oleh fusi membran intraseluler. Reseptor
flavivirus tidak dikarakterisasi dengan baik, mungkin karena virus ini
menggunakan berbagai faktor masuk untuk tipe sel yang berbeda
dan menggunakan lebih dari satu molekul inang untuk memasuki
sel target. Glikosaminoglikan yang sangat tersulfat, seperti heparin
sulfat, adalah molekul yang diekspresikan di mana-mana yang
digunakan sebagai faktor perlekatan awal oleh banyak virus. Faktor-
faktor ini juga telah terbukti berperan dalam pengikatan dan
masuknya lavivirus, seperti DENV,132YFV,269TBE,426dan JEV.130Namun,
afinitas tinggi untuk glikosaminoglikan dalam strain yang diadaptasi
dari kultur jaringan dikaitkan denganin vivoredaman.458Lektin tipe-C
adalah protein seluler yang mengikat glikan kaya mannose dan
terlibat dalam infeksi lavivirus pada sel dendritik (DC). DC
intradermal sering menjadi target utama yang dihadapi oleh
patogen yang dibawa oleh artropoda dan dapat mengangkut virus
ke kelenjar getah bening di mana putaran kedua replikasi memulai
viremia. C-type lectin Dendritic cell-speciic intercellular adhesion
molecule 3-grabbing nonintegrin (DC-SIGN) diperkirakan berfungsi
sebagai reseptor perlekatan untuk infeksi DENV pada DC.516.624.833
WNV lebih disukai menggunakan DC-SIGNrelated (DC-SIGNR),182
sementara YFV-17D, yang tidak memiliki modifikasi glikan pada E,
dapat menginfeksi sel DC dengan cara yang tidak bergantung pada
lektin.39Reseptor mannose adalah lektin tipe-C yang secara
konstitutif diinternalisasi oleh endositosis yang dimediasi clathrin
dan telah disarankan untuk berperan dalam endositosis DENV, JEV,
dan TBEV.584Menariknya, keluarga domain lektin tipe-C 5, anggota A
(CLEC5) berinteraksi dengan DENV tetapi tidak memediasi entrinya;
sebaliknya, pengikatan CLEC5 memicu pelepasan sitokin inflamasi,
yang mengarah ke gejala mirip DBD/DSS pada tikus.131
Reseptor tambahan yang terlibat dalam masuknya lavivirus
termasuk glikosphingolipid neolactotetraosylceramide,26reseptor
lipoprotein densitas rendah (LDL-R),138reseptor laminin 1,850.857SebuahvB3
integrin,144dan kompleks yang mengandung CD14.134Protein heat shock
juga telah disarankan sebagai faktor masuk. GRP78 (BIP) berperan dalam
pengambilan DENV oleh sel hati,112,368dan Hsp90/Hsp70 bertindak dalam
entri DENV dan JEV ke dalam monosit/makrofag manusia, garis sel
neuroblastoma, dan sel nyamuk.180.720.723Akhirnya, partikel virus yang
diopsonisasi dengan konsentrasi imunoglobulin yang subnetralisasi
menunjukkan peningkatan pengikatan dan infeksi sel yang
mengekspresikan reseptor Fc.661.764Secara luas berspekulasi bahwa
antibodi yang ditingkatkan
infeksi relevan dengan patogenesis DSS dan DBD, yang
lebih sering terjadi pada orang yang sebelumnya terpajan
serotipe DENV lainnya.
Setelah ditangkap oleh reseptor yang sesuai, lavivirus
diinternalisasi oleh endositosis. Pelacakan partikel tunggal dari
partikel DENV berlabel fluoresensi telah menunjukkan bahwa
virion berdifusi melintasi permukaan sel sampai mereka
menemukan lubang berlapis klatrin yang telah terbentuk
sebelumnya.871Setelah internalisasi, partikel DENV dikirim ke
endosom awal atau menengah, yang kemudian matang
menjadi endosom akhir.871Fusi dari virus dan membran inang
terjadi selama trafiking endosom, meskipun kompartemen yang
tepat yang memicu peristiwa ini tampaknya berbeda antara
strain dan spesies lavivirus, mungkin menunjukkan pH yang
optimal.871Dalam lingkungan asam, dimer protein E terdisosiasi
dan mengalami perubahan konformasi ireversibel menjadi
trimer fusogenik.13.810Peptida fusi, yang sebelumnya terkubur di
antarmuka homodimer E, diekspos dan dimasukkan ke dalam
membran endosom (Video 25.1). Efisiensi fusi dipengaruhi oleh
komposisi lipid dari membran target: kolesterol, asam oleat,
dan lipid anionik seperti bis(monoasilglisero)fosfat dan
fosfatidilserin meningkatkan fusi, sedangkan
lyophosphatidylcholine menghambat proses.812.813.950Komposisi
lipid juga dapat mempengaruhi ambang pH fusi.420Setelah fusi,
genom virus segera dapat diakses untuk diterjemahkan.420
Struktur Genom
Adapun virus RNA untai positif lainnya, genom lavivirus bersifat
menular.662Klon DNA komplementer infeksius (cDNA) panjang
penuh telah dibangun untuk beberapa spesies, memungkinkan
biologi lavivirus dibedah dengan genetika terbalik.491.725,742
Genom flavivirus terdiri dari RNA untai positif tunggal dengan
panjang sekitar 11 kilobase (kb) (sedimentasi, 42S) dengan 5kan
tutup tipe 1, m7GpppAmN151,901
(Gbr. 25.4). Struktur tutup berfungsi untuk menstabilkan RNA virus, memulai
translasi, dan menumbangkan pertahanan antivirus bawaan.178,253
Tidak seperti mRNA seluler, genom lavivirus tidak memiliki 3kanekor
poliadenilat.901Genom mengkodekan satu bingkai baca panjang terbuka
(ORF,∼3.400 kodon) diapit oleh 5kandan 3kanwilayah noncoding (NCR)
dari∼100 nukleotida (nt) dan 400 hingga 700 nt, masing-masing544(
Gambar 25.4).
Urutan 5kanNCR tidak terkonservasi dengan baik di antara
lavivirus, meskipun elemen struktural sekunder umum telah
diidentifikasi, termasuk bifurcating 5kanbatang-loop (5kan TL). Struktur
ini mempengaruhi terjemahan genom virus, sebagai oligonukleotida
antisense yang melengkapi 5kanSL menghapus translasi dan replikasi
DENV, dan mutasi situs kedua di wilayah ini mengkompensasi cacat
replikasi yang disebabkan oleh berkurangnya metilasi tutup virus. Selain
itu, 5kanSL kemungkinan bertindak sebagai promotor untuk memulai
replikasi RNA dengan mengikat protein NS5 polimerase/metiltransferase
virus.196.236.237.506Konsisten dengan ini, penghapusan dalam 5kanNCR
menyebabkan kerusakan parah pada replikasi DENV-4, tetapi tidak pada
translasi virus.113Menariknya, salah satu mutan yang layak menunjukkan
fenotipe pertumbuhan kisaran inang terbatas, menunjukkan bahwa
faktor spesifik inang berinteraksi dengan 5kanNCR atau pelengkap 3kan
ujung untai negatif. Memang, beberapa protein manusia, termasuk La
dan TIAR, dapat mengikat 3kanujung RNA untai negatif.472.778.938
Replikasi WNV dihambat dalam garis sel TIAR-knockout,472
dan mutagenesis dari situs pengikatan TIA-1/TIAR menunjukkan
peran dalam memulai sintesis RNA untai positif.217
 BAB 25  |FLAVIVIRIDAE 717

A ≈10.8 kb
5´ tutup (I) 3´
7mGpppAm ORF OH

5´ NCR 3´ NCR

3´ SL
5´ CS RCS2 CS2 CS 1
5´ SL
flavivirus yang dibawa nyamuk
5´ CS R3 R3PR
flavivirus yang ditularkan melalui kutu Sebuah

3´ SL
B ≈3400 kodon
Gen Struktural Gen nonstruktural

?
NH3- Prot Helikase MTase RdRP - COOH
C prM E NS1 NS2A 2B NS3 4A NS4B NS5

Prot
PR M 2Aα dibelah NS3
C
NS3
NS2A
sitoplasma C 2K NS5

Lumen UGD NS1

prM E NS2B NS4A NS4B

GAMBAR 25.4.Struktur genom Flavivirus dan ekspresi protein. SEBUAH:Struktur genom dan elemen RNA. Genom virus digambarkan
dengan open reading frame (ORF), 5kantopi, dan 5kandan 3kandaerah noncoding (NCR) ditunjukkan. Struktur RNA yang signifikan secara
fungsional dalam genom virus ditunjukkan. (Lihat teks untuk detail lebih lanjut.)B:Pemrosesan poliprotein dan produk pembelahan. Kotak di
bawah genom menunjukkan prekursor dan protein matang yang dihasilkan oleh kaskade pemrosesan proteolitik. Protein struktural
berwarna ungu, sedangkan protein nonstruktural (NS) berwarna putih atau diarsir menurut subunit enzimatiknya, seperti yang ditunjukkan.
Situs pembelahan untuk signalase host (),protease serin virus (panah ke bawah), furin atau protease terkait (segitiga), atau protease yang
tidak diketahui (?) ditunjukkan.C:Topologi membran poliprotein. Orientasi membran yang diusulkan dari protein flavivirus ditampilkan.
Protein kira-kira berskala (area sebanding dengan jumlah asam amino) dan diatur dalam urutan (kiri ke kanan) penampilannya dalam
poliprotein.

Organisasi 3kanNCR berbeda antara virus nyamuk, virus
tickborne, dan virus tanpa vektor yang diketahui. Namun demikian,
wilayah yang dilestarikan, duplikasi urutan, dan struktur sekunder
RNA yang diprediksi dibagi di antara kelompok-kelompok (Gbr.
25.4). Kesamaan struktural terbesar adalah panjang (90 hingga 120
nt) 3kanputaran batang (3kanSL) yang berbeda dalam urutan primer
antara lavivirus yang ditularkan melalui nyamuk dan yang ditularkan
melalui kutu.296Analisis mutasi DENV-2 dan WNV mengungkapkan
wilayah fungsional spesifik virus dan host spesifik esensial dalam 3
kanTL.216.856.947.9533kanSL meningkatkan terjemahan mRNA reporter
yang mengandung DENV 3kanNCR,140,335sementara terjemahan dan
replikasi DENV-2 dihambat oleh oligonukleotida antisense yang
sesuai.3363kanSL juga berinteraksi dengan beberapa protein
penting, termasuk protein NS2A, NS3, dan NS5 virus129.175.535dan
faktor pemanjangan translasi 1A (EF1A).75.183.185Hasil ini menarik,
Hulu dari 3kanSL terletak pengulangan urutan yang dilestarikan
(CS1, CS2, CS3, RCS2, dan RCS3), struktur sekunder, dan pseudoknot
diduga.296Beberapa dari struktur ini memberikan resistensi terhadap 5 .
seluler-3kaneksoribonuklease Xrn-1,252,785menunjukkan bahwa wilayah
genom ini membentuk struktur yang kompak.
Genom flavivirus dapat disirkulasikan melalui pasangan
basa jarak jauh antara elemen yang terletak di dekat 5kandan 3
kanberakhir. Dalam lavivirus yang dibawa nyamuk, interaksi ini
dimediasi oleh 5kanUAR (hulu wilayah AUG), 5kanDAR (hilir
wilayah AUG), dan 5kanCS (urutan yang dilestarikan), yang
memasangkan basa dengan 3kanUAR, 3kanDAR, dan 3kan
Wilayah CS1, masing-masing, terletak lebih dari 10 kb hilir di
dasar 3kanTL.354Serangkaian interaksi jarak jauh yang berbeda
mengedarkan genom lavivirus yang ditularkan melalui kutu.
394.410Pasangan basa jarak jauh ini penting untuk replikasi RNA,

karena EF1A, dan homolog prokariotiknya EF-Tu, berkontribusi pada
replikasi virus RNA untai positif lainnya.81.314.379.951Selain itu,
autoantigen La manusia,185.262.875protein pengikat saluran
polipirimidin (PTB),185dan protein Mov34 murine822
ditemukan mengikat 3kanSL dari DENV-4 dan JEV, meskipun
relevansi fungsional dari interaksi ini saat ini tidak diketahui.
mungkin dengan membawa 5kanProtein NS5 terikat SL di dekat
3kansitus inisiasi untai minus.18.96.167.196.236.237.248,354,394.410,940
Perlu dicatat bahwa sirkularisasi genom membutuhkan peleburan
struktur sekunder lokal dalam 5kandan 3kanberakhir dan mengarah
ke oklusi situs awal terjemahan. Dengan demikian, perubahan
konformasi skala besar dalam genom lavivirus dapat mengatur
peralihan dari terjemahan ke replikasi RNA.
 718 BAGIAN II  |KHUSUS VIRUS  KELUARGA
Translation and Proteolytic Processing
Efisiensi translasi genom adalah penentu utama infektivitas lavivirus.209
Oleh karena itu, virus menggunakan beberapa mekanisme untuk
memastikan kompetensi translasi, termasuk struktur khusus dalam 5 .
kandan 3kanNCR. Terjemahan bergantung pada topi, dan 2-O metilasi
dari 5kancap membantu mengatasi pertahanan antivirus bawaan yang
menurunkan regulasi translasi dalam sel yang terinfeksi.178Sementara
penerjemahan dimulai melalui pemindaian ribosom, banyak virus
lavivirus yang dibawa nyamuk tidak memiliki motif inisiasi Kozak kanonik
dan mengandung beberapa kodon AUG di dekat lokasi awal yang benar.
Untuk membantu memastikan pemilihan AUG yang tepat, DENV
menggunakan loop batang RNA kecil yang tertanam di dalam gen C
untuk menginduksi jeda ribosom pada kodon inisiasi otentik.155
Penerjemahan ORF tunggal yang panjang menghasilkan
poliprotein besar yang dipecah secara ko- dan pasca-translasi
menjadi setidaknya 10 protein (Gbr. 25.4B). Wilayah N-terminal
dari poliprotein mengkodekan protein struktural (C-prM-E),
yang diikuti oleh protein NS (NS1-NS2A-NS2B-NS3-NS4A-2K-
NS4B-NS5).119.120.726Peptidase sinyal inang bertanggung jawab
atas pembelahan antara C/prM, prM/E, E/NS1, dan 2K-NS4B.
Sebuah protease serin virus-encoded, NS2B-3, proses di NS2A/
NS2B, NS2B/NS3, NS3/NS4A, NS4A/2K, dan NS4B/NS5 junction.
Enzim yang bertanggung jawab untuk pembelahan NS1-2A saat
ini tidak diketahui. Topologi poliprotein lavivirus yang
diharapkan digambarkan pada Gambar 25.4C.
Fitur Protein Struktural
Protein C
Protein kapsid (C) adalah protein yang sangat dasar dari∼11kD. Protein
yang baru lahir mengandung ekor hidrofobik terminal-C yang berfungsi
sebagai peptida sinyal untuk translokasi ER dari prM. Jangkar ini dibelah
dalam dua langkah, pertama oleh protease virus NS2B-3 dan kemudian
oleh sinyal peptidase.503Protein C matang terlipat menjadi dimer kompak
dengan masing-masing monomer mengandung empat
Sebuah-heliks193.372,5 e
permukaan bermuatan positif: interaksi RNA?
permukaan hidrofobik: interaksi membran?
GAMBAR 25.5.Struktur protein Flavivirus C.Protein C WNV-KUN
ditampilkan sebagai diagram pita dengan permukaan protein yang
dibuat transparan, dari nomor aksesi PDB 1SFK.193Satu monomer dimer
berwarna biru, yang lainnya hijau.
protein tetap tidak terstruktur dan, bersama dengan residu
bermuatan di terminal-C, dianggap terlibat dalam
pengikatan RNA.398Daerah hidrofobik internal memediasi
asosiasi membran C.529
Secara keseluruhan, protein lavivirus C menunjukkan fleksibilitas
fungsional yang luar biasa, dengan toleransi untuk penghapusan besar.
YFV C mempertahankan kemampuannya untuk mengemas RNA bahkan
setelah penghapusan hampir 40 residu dari N-terminus atau 27 residu
dari Cterminus; penghapusan internal dari urutan hidrofobik kurang
ditoleransi.654Protein TBEV C dapat menerima penghapusan hingga 16
asam amino dari heliks hidrofobik pusat, meskipun dengan peningkatan
produksi partikel kosong.409Mutan yang mengandung penghapusan
yang lebih besar tidak layak tetapi dapat diselamatkan oleh perubahan
situs kedua yang meningkatkan hidrofobisitas urutan hilir.411WNV
mentolerir penghapusan kecil dalam heliks hidrofobikSebuah2 ke
berbagai derajat. Hebatnya, infektivitas genom yang dihapus
ditingkatkan dengan penghapusan yang lebih besar hingga sepertiga
dari urutan protein C — mencakup semua heliksSebuah3.765Hal ini
menyebabkan hilangnya regangan hidrofilik, sekali lagi menunjukkan
pentingnya hidrofobisitas. Belum jelas bagaimana dimer protein C diatur
dalam nukleokapsid yang tampaknya tidak teratur, tetapi interaksi
dengan RNA atau DNA dapat menginduksi dimer protein C yang
terisolasi untuk berkumpul menjadi partikel seperti nukleokapsid.in vitro.
399
Glikoprotein membran prM
Prekursor glikoprotein dari M, prM (∼26 kD), ditranslokasi ke ER
melalui urutan sinyal yang disediakan oleh ekor hidrofobik C.
Sinyal pembelahan peptidase tertunda, sampai protease serin
virus membelah di sisi sitosolik membran untuk menghasilkan
bentuk matang C.19.503.924Penundaan ini tampaknya dihasilkan
dari kombinasi urutan sinyal yang cukup pendek (14 hingga 22
asam amino), residu suboptimal di situs pembelahan signalase,
dan residu di daerah hilir prM.504.815dan protein E.511Menariknya,
pemutusan sinyal pembelahan peptidase dari pemrosesan
NS2B-3 mengarah pada peningkatan produksi partikel virus
kosong.459.504.505Pembelahan terkoordinasi karena itu berfungsi
untuk menunda pemrosesan protein struktural sampai
protease serin virus telah terakumulasi dan replikasi sedang
berlangsung, yang dapat membatasi pelepasan SVP
imunogenik tetapi tidak menular di awal infeksi.
Wilayah N-terminal prM berisi satu hingga tiga situs glikosilasi
terkait-N122dan enam residu sistein yang dilestarikan, yang
semuanya terkait disulida.633Protein prM melipat dengan cepat dan
membantu pelipatan yang tepat dari E. coli.415,511Domain C-terminal
transmembran (TM) dari prM dan E bertindak sebagai sinyal retensi
ER dan dapat membantu dalam heterodimerisasinya.486.641.643Fungsi
utama prM adalah untuk mencegah E mengalami penataan ulang
dan fusi yang dikatalisis asam selama transit virion melalui jalur
sekretori.302,322Struktur kristal DENV prM dalam kompleks dengan E
baru-baru ini telah dipecahkan dan menunjukkan bagaimana fungsi
ini dilakukan.471Domain pr adalah lipatan unik yang terdiri dari tujuh
B
untai, dengan ikatan disulida yang diidentifikasi sebelumnya
menstabilkan struktur. Pada partikel yang belum matang, wilayah pr
berada di ujung protein E, membentuk lonjakan pr-E dan melindungi
peptida fusi dari lingkungan seluler (Gbr. 25.6A). prM tidak dapat diakses
oleh pembelahan furin dalam partikel-partikel ini karena halangan sterik.
471keasaman daritrans- Kompartemen Golgi menginduksi penataan
ulang global yang memperlihatkan situs pembelahan furin.946Setelah
pembelahan, peptida pr tidak segera
 CHA 1

Pandangan atas

Domain III

Mengerjakan F

prM
Tampak samping

A B

GAMBAR 25.6.Struktur glikoprotein flavivirus. SEBUAH:Struktur dimer glikoprotein E virus dengue 2 (DENV-2) ditunjukkan dalam diagram
pita ini, seperti yang terlihat tegak lurus(atas)atau lateral(bawah)sehubungan dengan lapisan ganda lipid. Satu monomer E berwarna merah
(domain I), kuning (domain II), dan abu-abu biru (domain III). Rantai samping asam amino dari peptida fusi ditunjukkan (oranye). Dirender
dari PDB 1OAN.591Dalampanel bawah, konformasi pH rendah dari protein pr DENV-2 dari PDB 3C5X471dimodelkan ke struktur 1OAN.B:tick-
borne encephalitis virus (TBEV) trimer protein E dalam bentuk postfusion mereka, berwarna seperti padaA. Dirender dari PDB 1URZ.98

memisahkan diri dari partikel virus.802Paparan pH netral dari ruang
ekstraselular diperlukan untuk melepaskan pr dan mengungkapkan
virion matang yang berkompeten fusi. Penundaan ini mencegah
partikel yang terbelah mengalami fusi membran prematur di dalam
Golgi.
Amplop Glikoprotein
protein E (∼53 kD) adalah protein utama pada permukaan virion
lavivirus. E disintesis sebagai protein membran tipe I yang
mengandung 12 sistein yang membentuk ikatan disulida634; pada
beberapa spesies virus E adalah N-glikosilasi.123.909Lipatan yang
tepat, stabilisasi pada pH rendah, dan sekresi E bergantung pada
ekspresi bersama dengan prM.415,511E adalah protein fusi kelas II
yang memediasi pengikatan reseptor dan fusi membran.
Struktur resolusi atom protein E dari beberapa lavivirus
telah diselesaikan dalam konformasi pra dan pasca fusi
tion.98,382,591–592,593.625.635,722,958Dalam bentuk prefusinya, E terlipat
menjadi struktur memanjang yang kaya akanB-lembaran dan membentuk
homodimer head-to-tail yang terletak sejajar dengan amplop virus.591.722
Setiap protein E terdiri dari tiga domain: DI, yang membentuk untai
delapanB-barel; DII, domain panjang seperti inger yang
memproyeksikan di sepanjang permukaan virus; dan DIII, yang
mempertahankan lipatan seperti imunoglobulin (Gbr. 25.6A).
Peptida fusi12terletak di ujung DII dan tetap tertutup oleh peptida pr
atau terkubur dalam kantong hidrofobik yang dibentuk oleh DI dan
DIII dari monomer mitra sampai dipicu untuk masuk ke dalam
membran sel target.722DIII sedikit menonjol dari permukaan virion
dan dianggap terlibat dalam pengikatan reseptor; itu adalah target
utama antibodi penetralisir.145Antara ektodomain E dan membran
adalah pendek tetapi secara fungsional penting
daerah batang terdiri dari duaSebuah-heliks yang terletak sejajar
dengan bidang membran.15,956
Pada paparan pH rendah, dimer protein E terdisosiasi menjadi
subunit monomer, yang kemudian membentuk trimer fusogenik.13.810.811
Menariknya, struktur kristal protein E WNV menunjukkan susunan
monomer tegak lurus, menunjukkan mekanisme rotasi protein E tanpa
memaparkan loop fusi.635.814Struktur kristal pascafusi E menunjukkan
protein terlipat kembali ke dirinya sendiri, membawa peptida fusi N-
terminal, dengan membran seluler yang terkait, menjadi dekat dengan
domain TM terminal-C, yang masih terintegrasi dalam membran virus
98.592(Gbr. 25.6B). Untuk mencapai ini, DIII harus memutar dan melipat
kembali lebih dari 30 dalam kaitannya dengan DI. Memang, antibodi
penetralisir terhadap DIII dapat menghambat langkah masuknya virus
setelah perlekatan,636dan bentuk rekombinan DIII yang larut adalah
penghambat fusi dominan-negatif yang kuat.478Selain itu, DII berputar
relatif terhadap DI,98.592
dengan perpindahan DII serupa yang terlihat pada kristal protein E
asli yang tumbuh dengan adanya deterjenB-oktilglukosida.591,958
Residu yang mempengaruhi ambang pH untuk fusi membran
mengelilingi kantong DI/DII.591Protonasi histidin yang dilestarikan
pada antarmuka DI dan DIII juga berkontribusi pada penataan
ulang domain E di TBEV RSP.249Studi mutagenesis WNV,
bagaimanapun, gagal mengidentifikasi residu histidin yang
sepenuhnya mengontrol sakelar.629
Fitur Protein Nonstruktural
Glikoprotein NS1
Glikoprotein NS1 (∼46 kD) ditranslokasikan ke ER selama
sintesis dan diproses pada N-terminusnya oleh sinyal host
 720 BAGIAN II  |KHUSUS VIRUS  KELUARGA
peptidase. Cterminus NS1 muncul melalui pembelahan NS1-2A
oleh enzim host ERresident yang tidak diketahui, yang
membutuhkan delapan residu Cterminal NS1 dan lebih dari 140
asam amino NS2A.227.228.340Selain itu, JEV mengekspresikan
bentuk memanjang dari NS1, disebut NS1,yang muncul melalui
peristiwa pergeseran bingkai 1 ribosom.80.238.547,565
NS1 mengandung dua atau tiga situs glikosilasi Nlinked
dan 12 sistein yang membentuk ikatan disulida.79.461.547.797.884
Sekitar 30 menit setelah sintesis, NS1 secara bersamaan
membentuk homodimer yang sangat stabil dan memperoleh
afinitas untuk membran.910.911Karena NS1 tidak memiliki domain
interaksi membran yang diketahui, sifat asosiasi membrannya
masih belum jelas. Satu kemungkinan adalah bahwa dimerisasi
menciptakan permukaan hidrofobik untuk pengikatan membran
perifer. Sebagai alternatif, telah dilaporkan bahwa DENV-2 NS1
menunjukkan sifat protein berlabuh glikosilfosfatidilinositol (GPI),
meskipun mekanisme ini tampaknya tidak konsisten dengan urutan
peptida terminal-C dari protein ini.902
NS1 dipertahankan dalam kompartemen yang diturunkan dari sekretori,
diekspresikan pada permukaan sel yang terinfeksi, dan disekresikan secara
efisien dari sel mamalia, tetapi bukan sel serangga.491,816
Distribusi relatif NS1 dalam kompartemen ini diatur melalui mekanisme
yang tidak diketahui yang melibatkan wilayah terminal-N pendek dari
protein.942Bentuk NS1 yang disekresikan terakumulasi ke tingkat tinggi
dalam serum dan jaringan manusia dan dapat digunakan untuk
mendiagnosis infeksi lavivirus pada tahap awal.8.147.531
NS1 yang disekresikan membentuk partikel lipoprotein heksamerik yang
larut dari ∼10 nm yang muncul sebagai tiga dimer yang disatukan dalam
konfigurasi barel.172.239.304Bentuk NS1 yang disekresikan dapat mengikat
sel yang tidak terinfeksi melalui interaksi dengan glikosaminoglikan
tersulfat33dan dapat diinternalisasi dan diperdagangkan ke endosom
akhir, di mana ia terakumulasi.9Fungsi NS1 endositosis belum jelas,
tetapi dapat meningkatkan infeksi berikutnya dengan virus homolog.9
Bentuk intraseluler NS1 melokalisasi ke situs sintesis RNA
virus dan memainkan peran penting dalam replikasi genom.533,
904Mutasi pada NS1 dapat menyebabkan cacat dramatis pada
replikasi RNA dan produksi virus menular.170.619.620
trans-Studi pelengkap mengungkapkan bahwa NS1 berfungsi
pada tahap awal dalam replikasi RNA melalui interaksi genetik
dengan NS4A.395.396.490,492
Bentuk ekstraseluler NS1 sangat antigenik dan menginduksi
respon humoral yang kuat. NS1 yang disekresikan awalnya dicirikan
sebagai antigen penambah komplemen yang larut dalam serum
dan jaringan hewan yang terinfeksi DENV. Antibodi yang mengenali
NS1 yang terikat pada permukaan sel dapat mengarahkan lisis sel
yang terinfeksi yang dimediasi komplemen dan melindungi hewan
dari penyakit mematikan; antibodi spesifik NS1 lainnya bersifat
protektif dengan cara yang tidak bergantung pada komplemen.
148.149Tautan silang yang dimediasi antibodi dari permukaan sel NS1
juga dapat menginduksi kaskade pensinyalan dalam sel yang
terinfeksi DENV-2, dan telah diusulkan bahwa NS1 dapat
berkontribusi pada patogenesis dengan menginduksi antibodi yang
bereaksi silang dengan protein manusia. Meskipun hubungan kuat
antara respon humoral spesifik NS1 dan iksasi komplemen, bukti
terbaru menunjukkan bahwa WNV NS1 dapat menghambat jalur
alternatif aktivasi komplemen dengan mengikat dan menghambat
faktor protein serum H. Selanjutnya, DENV, WNV, dan YFV NS1
menghambat jalur klasik iksasi komplemen dengan mengikat dan
meningkatkan pergantian faktor komplemen C4. NS1 jelas
memainkan peran penting dalam respons humoral spesifik-lavivirus.
Protein NS2A dan NS2B
NS2A relatif kecil (∼22 kD) protein hidrofobik. N-terminusnya
dihasilkan oleh enzim inang ER-resident yang tidak teridentifikasi,228
sedangkan C-terminus dihasilkan oleh pembelahan NS2B-3 di
sitoplasma. Jadi, NS2A adalah perentangan membran, meskipun
topologi protein yang tepat tidak diketahui. Selain itu, protease serin
YFV dapat membelah di situs internal di NS2A untuk menghasilkan
bentuk terpotong C-terminal, NS2Asebuah.123.630
Menariknya, mutasi pada YFV NS2ASebuahsitus pembelahan
memblokir produksi partikel virus dan dapat ditekan dengan
mutasi kedua pada permukaan domain helikase NS3.434Mutasi
pada KUNV NS2A juga memblokir perakitan virus, sementara
protein juga melokalisasi ke situs subseluler replikasi RNA dan
berinteraksi dengan komponen replikase NS3, NS5, dan 3kan
NCR dari RNA genom. Keterlibatan protein NS, khususnya
wilayah NS2–3, dalam replikasi dan perakitan virus menular
tampaknya menjadi tema yang muncul untuk ketiga genera
keluarga.Flaviviridae.
DENV-2 dan WNV NS2A juga dapat menghambat pensinyalan
interferon (IFN), sebagaimana dibuktikan oleh mutasi spesifik pada
protein yang mengurangi aktivitas penghambatan ini dan melemahkan
virulensi pada tikus.498.500.613Menariknya, mutasi ini bersifat adaptif kultur
sel dan meningkatkan kemampuan replika KUNV untuk membangun
kegigihan dalam garis sel yang kompeten IFN. Hebatnya, NS2A dari
lavivirus yang ditularkan melalui kutu Langat tidak berbagi properti ini,
yang tampaknya dilakukan oleh NS5.66
NS2B juga kecil (∼14 kD) protein terkait membran.154NS2B
membentuk kompleks yang stabil dengan NS3, berfungsi untuk
mengikat kompleks ini ke membran seluler, dan bertindak sebagai
kofaktor penting untuk protease serin NS2B-3.229Aktivitas kofaktor
terletak pada peptida sentral yang berinterkalasi dalam lipatan
domain protease serin.31.125,221
Protein NS3
NS3 adalah besar (∼70 kD) protein multifungsi, pengkodean aktivitas
enzimatik yang diperlukan untuk pemrosesan poliprotein dan
replikasi RNA. Sepertiga N-terminal protein adalah domain katalitik
dari protease serin NS2B-3,50.124.279yang memiliki spesifisitas untuk
substrat yang mengandung residu dasar yang berdekatan di
persimpangan NS2A/NS2B, NS2B/NS3, NS3/NS4A, dan NS4B/NS5.122
Selain itu, protease ini menghasilkan C-termini dari protein kapsid
matang19.924dan NS4A481dan dapat membelah di situs internal dalam
NS2A dan NS3.
Bentuk rekombinan yang larut dari domain protease serin
NS2B-3 telah dimurnikan dan dikristalkan untuk difraksi sinar-x.
125,221,733Struktur ini menunjukkan bahwa wilayah co-faktor NS2B
berkontribusi aB-untai untuk melengkapi lipatan protease
seperti kimotripsin (Gbr. 25.7A), mirip dengan virus hepatitis C
(HCV) NS3-4A. Wilayah terminal-C dari ko-faktor NS2B dapat
mengadopsi beberapa konformasi yang secara bergantian
dapat membantu membentuk kantong pengikat-substrat atau
menonjol keluar dari lipatan protease; belum jelas apakah
penataan ulang struktural ini signifikan secara biologis.
Adapun anggota lain dariFlaviviridae,wilayah C-terminal NS3
mengkodekan supergrup 2 RNA helicase-nucleoside triphosphatase
(NTPase).280NS3 menunjukkan aktivitas pelepasan NTPase dan RNA
yang distimulasi RNA890.899dan mutagenesis dari residu situs aktif
menegaskan bahwa aktivitas ini penting untuk replikasi virus.549
Wilayah NS3 ini juga menunjukkan aktivitas RNA triphosphatase
(RTPase), diusulkan untuk mendefosforilasi 5kanakhir genom
sebelum penambahan tutup.900Terkini
 C D

3´

AMPPNP

5´
A Substrat meniru B

Domain Helikase
protease protease
Hel1 penghubung Domain situs aktif

Hel 3 RNA Hel 2 Kofaktor

C DENV4 DENV4 MVEV NKT
GAMBAR 25.7.protein NS3 virus. SEBUAH:Struktur domain protease serin NS2B-3 virus West Nile (WNV), dengan peptida kofaktor NS2B
(hijau), domain protease NS3 (merah muda), dan inhibitor berbasis substrat (hitam). Residu situs aktif ditunjukkan dengan warna merah.
Dirender dari nomor PDB 2FP7.221B:Struktur domain helicase NS3 demam berdarah 4 (DENV-4) dengan(kiri)atau tanpa(Baik) substrat RNA
terikat (bola berwarna) dan analog adenosin trifosfat (ATP) (hitam). Perhatikan situs aktif adenosin trifosfatase (ATPase) (merah) menjadi
terstruktur pada antarmuka domain I (sian) dan domain II (ungu) pada pengikatan RNA. RNA terikat dalam celah yang dibentuk oleh dua
domain pertama dan domain III (emas). Dirender dari nomor PDB 2JLQ dan 2JLV.523C:Fleksibilitas interdomain struktural dalam NS3 full-
length. Ditampilkan adalah dua konformasi full-length DENV-4 NS3 (PDBs 2VBC522dan 2WHX,521
masing-masing), virus ensefalitis Lembah Murray (MVEV) (PDB 2WV931), dan virus hepatitis C (HCV) (PDB 1CU1930). Ditampilkan adalah keselarasan
struktural dari helikase, dengan permukaan molekul berwarna seperti padaSEBUAHdanBdan protease-helicase linker berwarna kuning.

studi menunjukkan bahwa RTPase tergantung pada motif Walker B
di inti katalitik helicase-NTPase untuk hidrolisis ikatan fosfodiester.
41,58Dengan demikian, ketiga aktivitas modifikasi asam nukleat NS3
bergantung pada pusat aktif yang sama. Selain perannya dalam
replikasi RNA, domain helikase NS3 telah terlibat dalam perakitan
virus,434.655peran yang dapat dipisahkan dari aktivitas enzim yang
diketahui dan dapat berfungsidi trans.655
Struktur kristal dari domain kasus heli DENV dan YFV NS3
yang terisolasi menunjukkan tiga subdomain, dua domain
RecAlike yang terkonservasi secara struktural yang terlibat
dalam hidrolisis NTP, dan domain Cterminal unik yang mungkin
terlibat dalam RNA spesifik virus dan pengenalan protein.
523.916.921Kokristalisasi helikase DENV dengan atau tanpa substrat
RNA dan analog nukleosida mengungkapkan dasar struktural
untuk aktivitas adenosin trifosfatase (ATPase) yang distimulasi
RNA dan pelepasan substrat523(Gambar 25.7B). Struktur DENV
dan MVEV NS3 full-length baru-baru ini diselesaikan secara
kompleks dengan ko-faktor NS2B yang sesuai.31.521.522
Dalam struktur ini, daerah protease serin dan helikase sebagian besar
mempertahankan lipatan domainnya, membentuk kompleks biner yang
memanjang. Namun, orientasi relatif dari domain berbeda, dan sangat
berbeda dari orientasi domain terkait di NKT NS3, menyiratkan bahwa
wilayah penghubung yang fleksibel mungkin memainkan peran penting
dalam mengkoordinasikan aktivitas enzim.
(Gbr. 25.7C). Struktur DENV juga mengungkapkan bahwa domain
protease serin dapat berkontribusi pada aktivitas RNA helikase.522
Bentuk NS3 terpotong, yang dihasilkan dari peristiwa
pembelahan protease serin alternatif dalam domain helicase, telah
diamatiin vitrodandalam hidup.Peran pembelahan ini tidak jelas,
meskipun ada kemungkinan bahwa produk dapat memiliki fungsi
yang berbeda. Dalam hal ini, cacat replikasi yang disebabkan oleh
penghapusan dalam domain helikase KUNV dapat dilengkapi di
trans,sementara penghapusan dalam domain protease serin tidak
dapat dilengkapi.374.396.499
Akhirnya, protein NS3 dari Langat, DENV-2, dan WNV telah
terbukti menginduksi apoptosis, dalam beberapa kasus melalui
aktivasi caspase-8.691.704.776Flavivirus sering sitopatik dalam sel
mamalia, meskipun apakah ini jalur normal untuk membunuh
sel memerlukan penelitian lebih lanjut. Protease serin DENV
NS2B-3 juga dapat menurunkan regulasi aktivasi IFN tipe I
dalam sel dendritik manusia, meskipun substrat protease yang
relevan belum diidentifikasi.736
Protein NS4A dan NS4B
NS4A dan NS4B adalah protein hidrofobik kecil (16 kD
dan 27 kD). NS4A telah terlibat dalam replikasi RNA
melalui interaksi genetik dengan NS1490dan co-
lokalisasi dengan kompleks replikasi.535Mirip dengan
 722 BAGIAN II  |KHUSUS VIRUS  KELUARGA

pemrosesan protein C yang terkoordinasi, pembelahan sinyal peptidase
di persimpangan 2K/NS4B memerlukan pembelahan sebelumnya oleh
protease seri NS2B3 di lokasi yang tepat di hulu sinyal peptida internal
2K.481,690Studi ekspresi berlebih menunjukkan bahwa NS4A dapat
menginduksi penataan ulang membran dan/atau pembentukan
autofagosom, dan pembelahan NS4A/2K/4B yang diatur diperlukan
untuk aktivitas ini.560.586,738Mutasi pada NS4A dan 2K telah ditemukan
memberikan resistensi terhadap penghambat kuat replikasi RNA
lavivirus dan untuk mengatasi pengecualian superinfeksi, yang
selanjutnya melibatkan wilayah ini dalam replikasi RNA.966.967
NS4B adalah protein membran politopik yang co-
localizes dengan NS3 di situs dugaan replikasi RNA.481.587
NS4B dimodifikasi secara pascatranslasi menjadi bentuk yang
bermigrasi lebih cepat pada elektroforesis gel natrium dodesil
sulfat-poliakrilamida (SDS-PAGE),123,690meskipun identitas dan fungsi
modifikasi ini masih harus ditentukan. Mirip dengan NS2A, DENV
NS4A dan NS4B dapat memblokir pensinyalan IFN tipe I.613NS4B
memiliki efek antagonis terkuat, yang membutuhkan pemrosesan
yang tepat dari poliprotein NS4A-NS4B atau ekspresi NS4B dengan
peptida sinyal terminal-N.612Demikian pula, WNV NS4A dan NS4B
dan NS5 berfungsi bersama selama RNA capping.41.900Lavivirus
guanylyltransferase terbukti sulit dipahami selama bertahun-tahun,
meskipun bukti terbaru menunjukkan bahwa domain terminal-N
NS5 mampu melakukan reaksi ini.361Akhirnya, wilayah N-terminal
NS5 mengkodekan motif MTase yang dilestarikan dan mampu
melakukan N7 dan 2-O metilasi secara terkoordinasi.211,417,713Struktur
domain capping NS5 telah diselesaikan dengan kristalografi sinar-x
dalam berbagai kondisi, mengungkapkan struktur resolusi tinggi
dari jalur reaksi ini181.211,266.931(Gambar 25.8A). Mutagenesis dari
domain capping NS5 menunjukkan bahwa peristiwa metilasi dapat
dipisahkan dan bahwa metilasi N7 diperlukan untuk translasi dan
replikasi virus, sedangkan 2-Metilasi O memungkinkan virus
menghindari pertahanan antivirus bawaan.178,195.427.964Menariknya,
kasein kinase 1 seluler dapat memfosforilasi YFV NS5in vitropada
residu serin dekat situs aktif metiltransferase, yang menghambat 2-
O metilasi.67,68Sementara inhibitor kinase ini mempengaruhi
replikasi YFV, tidak diketahui apakah situs ini terfosforilasidalam
hidup.
Domain terminal-C dari NS5 berisi motif RdRP yang dilestarikan
417.726dan secara struktural menyerupai RNA polimerase lainnya,

memblokir pensinyalan IFN dengan menginduksi respons protein membentuk struktur "tangan kanan" dengan subdomain telapak
yang tidak dilipat di UGD, yang dapat menurunkan regulasi tangan, jari, dan ibu jari181,543.932(Gambar 25.8B). Aktivitas NS5 RNA
pensinyalan Jak-STAT.20 polimerase telah dikonfirmasi dengan protein rekombinan murni1
,181,305.826; mutagenesis dari situs aktif polimerase; dan menyediakan

Protein NS5
NS5 adalah fosfoprotein multifungsi besar (103 kD), sangat
terkonservasi, dengan aktivitas pembatasan RNA dan RdRP yang
dikodekan dalam wilayah terminal-N dan C, masing-masing.181
Pembentukan tutup RNA tipe 1 melibatkan beberapa langkah,
termasuk (a) penghilangan satu fosfat dari 5kansubstrat RNA
trifosforilasi oleh RTPase, (b) penambahan 5-5kantutup guanosin
(dari guanosin trifosfat [GTP]) oleh guanylyltransferase, (c) N7-
metilasi tutup guanylyl oleh methyltransferase (MTase), dan (d) 2-O
metilasi residu kedua oleh MTase yang sama atau yang lain. Seperti
disebutkan sebelumnya, NS3 helicase-NTPase menunjukkan
aktivitas RTPase, yang menunjukkan bahwa NS3
aktivitasdalam transdari replika KUNV. Produk utama dariin vitro
Reaksi RdRP seringkali merupakan RNA copy-back yang dibuat
sendiri. Namun, NS5 mampu memulai sintesis RNAde novo,1.632.948
yang kemungkinan mencerminkan mekanisme otentik dalam sel
yang terinfeksi. NS5 membentuk kompleks dengan NS3371.389dan
merangsang aktivitas NS3 NTPase dan RTPase.175.939Studi cross-
linking telah menunjukkan bahwa kedua protein mengikat 3kanSL
dari genom virus.129Seiring dengan sirkularisasi genom, ini dapat
berfungsi untuk memulai sintesis untai minus pada 5kanNS5 terikat
SL.196.237,354.940
WNV dan DENV-2 NS5 telah terbukti terlokalisasi
di situs sintesis RNA virus,534,898meskipun ini telah

A B 3´dGTP antar domain templat

jari
insersi RNA
N
GTP Ibu jari

Ke
RdRP
terminal-C
SAH perpanjangan
Telapak

YFV NS5 DENV-3 NS5 NKT NS5B BVDV NS5B

Pembatasan Domain RdRP RdRP RdRP
GAMBAR 25.8.Protein NS5 dan NS5B virus. SEBUAH:Domain capping virus demam kuning (YFV) ditampilkan, dengan donor metil terikat S-
adenosyl-L-homocysteine (SAH) dan guanosin trifosfat (GTP). Dirender dari PDB nomor 3EVC.266B:Perbandingan struktural domain RNA
polimerase (RdRP) yang bergantung pada RNA di seluruhFlaviviridae.Domain RdRP virus dengue 3 (DENV-3) ditampilkan, dengan domain jari
kanonik (sian), telapak tangan (merah muda), dan ibu jari (ungu). Penyisipan interdomain spesifik flavivirus ditampilkan dalam warna hijau.
Struktur ini menunjukkan situs pengikatan analog GTP, yang penting untuk mengaktifkande novosintesis RNA. Residu pengikat GTP
berwarna biru, residu situs aktif RdRP berwarna merah, dan Mg katalitik2+ion ditampilkan sebagai bola hijau. Zn . Struktural2+
ion ditampilkan dalam warna hitam. Model ini adalah struktur komposit, dirender dari nomor PDB 2J7U dan 2J7W.932Virus hepatitis C (HCV)
NS5B RdRP ditunjukkan dengan RNA templat terikat; perpanjangan terminal-C spesifik NKT ditunjukkan dengan warna kuning. Dirender dari
PDB nomor 1NB7.637Virus diare virus sapi 1 (BVDV-1) NS5B RdRP ditampilkan dimodelkan dalam keadaan terikat GTP dengan merender
nomor PDB 2JCQ dan analog GTP dari 2J7W. Ekstensi terminal-N spesifik pestivirus ditampilkan dalam warna hijau.
 BAB 25  |FLAVIVIRIDAE 723

sulit untuk menunjukkan virus lain. Studi biokimia menunjukkan
bahwa hanya sebagian kecil dari NS5 co-fractionates dengan
aktivitas replika,298.868dan protein sering terlokalisasi pada inti sel
yang terinfeksi lavivirus.181,389Hasil ini menunjukkan bahwa NS5
mungkin memainkan peran tambahan, selain dalam replikasi
RNA, dalam siklus hidup virus. Dalam hal ini, DENV-2 NS5
menginduksi transkripsi dan sekresi interleukin-8 (IL-8), yang
dapat meningkatkan penyebaran virus atau penyakit dengan
merekrut sel inflamasi ke tempat infeksi.562Selain itu, NS5 telah
sfRNA adalah co-linear dengan 3kanakhir genom dan diproduksi
melalui degradasi genom yang tidak lengkap oleh sel 5-3kan
eksoribonuklease Xrn1.678.785Resistansi Xrn1 di wilayah ini
disebabkan oleh struktur sekunder yang dilestarikan dan
pseudoknot yang terletak di dalam 3kanNCR.252,785Sementara
kontroversi ada mengenai apakah sfRNA diperlukan untuk replikasi
RNA yang efisien, mutan WNV yang tidak menghasilkan sfRNA
kurang sitopatik dalam kultur sel dan kurang patogen pada tikus.
252.678.785Menariknya, memasok sfRNAdalam transmemulihkan efek

terbukti memblokir jalur pensinyalan IFN Jak-STAT.66,181
Replikasi RNA
Protein NS lavivirus mungkin merekrut genom virus dari translasi
dan menjadi kompleks replikasi. Replikasi dimulai dengan sintesis
RNA untai minus dengan panjang genom, yang kemudian berfungsi
sebagai cetakan untuk genom untai plus baru. Minus-strand RNA
telah terdeteksi sedini 3 jam setelah infeksi.492Sintesis RNA virus
bersifat asimetris, dengan sekitar 10 kali lipat lebih banyak untai
positif terakumulasi dibandingkan dengan untai minus.152.620
Replikasi flavivirus dapat diikuti dengan pelabelan metabolik RNA
spesifik virus dengan adanya actinomycin D, penghambat RNA
polimerase yang bergantung pada DNA. Tiga spesies utama RNA
lavivirus berlabel telah dideskripsikan, termasuk genom untai plus,
bentuk replika untai ganda (RF), dan populasi heterogen intermediet
replikatif (RI) yang kemungkinan besar mewakili daerah dupleks dan
RNA yang baru saja disintesis digantikan oleh untai yang baru lahir
mengalami perpanjangan.146.152Analisis pulse-chase menunjukkan
bahwa RF dan RI adalah prekursor RNA genom,146.152
menunjukkan replikasi semikonservatif dan asimetris.146
Selain produk untai plus dan minus panjang genom
dari replikasi RNA, RN lavivirus subgenomik 0,2 hingga
0,6 kb
sitopatik WNV dalam kultur sel, menunjukkan bahwa RNA kecil ini
mungkin memiliki target spesifik tetapi belum diketahui.678
Reorganisasi Membran dan
Kompartemenisasi Replikasi Flavivirus
Studi biokimia sel yang terinfeksi lavivirus menunjukkan bahwa
aktivitas replikase terkonsentrasi di fraksi membran padat yang
diperkaya untuk sebagian besar protein NS virus. Perawatan
dengan deterjen nonionik meningkatkan kepekaan terhadap
nuklease dan protease, yang menunjukkan bahwa replikase aktif
berada di dalam kompartemen yang terikat membran. Konsisten
dengan ini, perubahan ultrastruktur pada membran perinuklear
dapat dideteksi pada sel yang terinfeksi lavivirus.898Secara umum,
peristiwa paling awal adalah proliferasi membran RE, diikuti oleh
munculnya struktur vesikular halus sekitar waktu produksi virus
logaritmik awal. Struktur ini, kadang-kadang disebut sebagai vesikel
membran ganda atau paket vesikel, adalah kelompok kecil∼Vesikel
90 nm di dalam lumen UGD.898,904
Mereka sering berdekatan dengan membran berbelit-belit yang
diturunkan dari ER, yang dapat muncul sebagai membran yang dilipat
secara acak atau "array parakristalin" yang sangat teratur.454.616,898Elektron
tomografi mengungkapkan bahwa vesikel ini adalah invaginasi dari ER
dan mempertahankan konektivitas ke sitosol melalui leher-seperti
dari

Ve

ER
NE

100 nm

GAMBAR 25.9.Situs replikasi RNA virus dengue (DENV) dan perakitan partikel virus.Tiga irisan tomografi, masing-masing∼Tebal 2 nm,
menunjukkan vesikel yang diinduksi DENV (Ve) yang terkait dengan retikulum endoplasma (ER) dan amplop nuklir (NE). Panah putih
menunjukkan koneksi berleher antara membran Ve dan ER; panah hitam menunjukkan partikel virus. Di sebelah kanan adalah rekonstruksi
tiga dimensi dari permukaan membran (tan) dan partikel virus (merah). Panah putih menunjukkan situs yang diduga sebagai tempat
perkembangbiakan virus. (Courtesy of Drs. Sonja Welsch dan Ralf Bartenschlager. Diadaptasi dari Welsch S, Miller S, Romero-Brey I, dkk.
Komposisi dan arsitektur tiga dimensi dari lokasi replikasi dan perakitan virus dengue.Mikroba Host Sel 2009;5:365–375, dengan izin dari
Elsevier.)
 724 BAGIAN II  |KHUSUS VIRUS  KELUARGA
A Virus belum dewasa B Virus belum dewasa
Tidak menular Tidak menular
prM-E
prM-E
Furin
ER TGN
pH 7.0 pH 6.0
GAMBAR 25.10.pematangan partikel flavivirus.Partikel yang baru lahir, tidak menular, dan belum matang menjalani penataan ulang konformasi yang
bergantung pada pH dari glikoprotein virus E (abu-abu) dan prekursor M (prM) (biru). Partikel-partikel infeksius yang matang terbentuk pada pembelahan
furin dari prM dan pelepasan fragmen pr. (Diadaptasi dari Perera R, Kuhn RJ. Struktural proteomik virus dengue.Mikrobiol Curr Opin2008; 11:369–377,
dengan izin dari Elsevier.)
Paket vesikel perinuklear telah dikonfirmasi sebagai situs
sintesis RNA virus dengan pelabelan metabolik RNA yang
baru lahir, di tempathibridisasi, dan imunodeteksi RNA untai
ganda (dsRNA) (mungkin RF dan RI).
Jalur reorganisasi membran yang diinduksi lavivirus saat ini
sedang dikerjakan. Satu petunjuk penting datang dari
kemampuan DENV-2 NS3 untuk merekrut sintase asam lemak
seluler ke tempat-tempat replikasi, setidaknya pada saat-saat
akhir infeksi.319Selain itu, DENV menginduksi pembentukan
autophagosome pada sel yang terinfeksi,393.463.560.651
menyebabkan pergantian trigliserida menjadi asam lemak
bebas,B-oksidasi lipid, dan peningkatan kadar adenosin trifosfat
(ATP) yang mendorong replikasi virus.320
Perakitan dan Pelepasan Partikel dari Sel
yang Terinfeksi Flavivirus
Mirip dengan replikasi, studi ultrastruktural awal menunjukkan bahwa
morfogenesis lavivirus terjadi dalam hubungan yang erat dengan
membran intraseluler.615Proses perakitan diperkirakan dimulai dengan
asosiasi dimer protein C dengan RNA genomik, diikuti oleh tunas ke
dalam membran ER yang mengandung kompleks glikoprotein E-prM.
Studi tomografi elektron terbaru dari sel yang terinfeksi DENV telah
menunjukkan bahwa replikase yang mengandung paket vesikel dan situs
ER terkait dari virus budding adalah bagian dari satu jaringan
berkelanjutan. Pori-pori di dalam vesikel replikasi tampaknya
melepaskan RNA virus yang baru disintesis yang berbatasan langsung
dengan partikel DENV yang sedang bertunas.898Temuan ini menunjukkan
mekanisme potensial untuk menggabungkan replikasi dan perakitan
lavivirus.397Saling ketergantungan dari proses ini adalah tema umum di
antara virus RNA dan mungkin berfungsi untuk mengurangi penyebaran
genom yang rusak. Menggabungkan replikasi dan perakitan lavivirus
juga dapat menjelaskan peran protein NS2A dan NS3 dalam perakitan
virus menular.434,465.497,655
Setelah perakitan, virion yang baru lahir diangkut
melalui jalur sekretori dan dilepaskan di permukaan sel.536
C Virus belum dewasa D Virus dewasa
Tidak menular Menular
pra
pra 180 pr
+
AKU AKU
TGN Ekstraseluler
pH 6.0
Selama sekresi partikel yang belum matang mengalami penataan
ulang E-prM yang diinduksi asam dan pembelahan prM (Gbr. 25.10).
Langkah-langkah pematangan virion tambahan terjadi selama
egress, termasuk modifikasi glikan dari prM dan E (untuk beberapa
virus) dengan pemangkasan dan penambahan terminal.123.169.309.547
Ini menyiratkan bahwa virion bergerak melalui jalur eksositosis
mirip dengan yang digunakan untuk glikoprotein permukaan sel
inang. Selain mesin jalur sekretori, faktor inang lainnya telah terlibat
dalam morfogenesis lavivirus. Studi interferensi inhibitor dan RNA
mengimplikasikan keluarga Src kinase c-Ya dalam jalan keluar WNV
dari UGD.333Inhibitor fosfatase protein serin/treonin, I(2)(PP2A), juga
telah ditemukan mengikat protein WNV C, meskipun
kepentingannya untuk infektivitas minimal.350
VIRUS HEPATITIS C
Latar Belakang dan Klasifikasi
HCV diidentifikasi pada tahun 1989 melalui kloning ekspresi cDNA
imunoreaktif dari plasma simpanse yang terinfeksi agen etiologi
yang diketahui menyebabkan hepatitis virus non-A non-B.143 Virus
saat ini menginfeksi lebih dari 130 juta orang di seluruh dunia dan
tetap menjadi masalah kesehatan masyarakat yang signifikan. HCV
biasanya menyebabkan infeksi hepatotropik kronis, yang dapat
berkembang selama beberapa dekade menjadi ibrosis, sirosis, dan
kanker hati. Berdasarkan kesulitan dalam mendeteksi HCVdalam
hidup,virus awalnya dianggap bereplikasi buruk. Namun model
matematika dari dinamika HCV menunjukkan bahwa pasien yang
terinfeksi kronis menghasilkan sekitar 1012virion per hari, dengan
waktu paruh virion hanya beberapa jam.666
Berdasarkan sejarah evolusinya, HCV diklasifikasikan menjadi
tujuh genotipe, yang berbeda satu sama lain lebih dari 30% pada
tingkat nukleotida.614,788Setiap genotipe dibagi lagi menjadi banyak
subtipe. Genotipe HCV menunjukkan perbedaan dalam distribusi di
seluruh dunia, perkembangan penyakit, dan kerentanan terhadap