3.1. Gel Fluoride Gel fluoride yang paling banyak digunakan adalah: acidulated phosphate fluoride (APF) dengan 1,23% (12.300 ppm) ion fluoride dan 2% sodium fluoride (NaF) dengan 0.90% (9050 ppm) ion fluoride. Penggunaan gel fluoride reguler yang diaplikasikan mungkin hanya berguna bagi orang-orang dengan risiko karies tinggi, terutama bagi masyarakat yang tidak tinggal di daerah dengan air yang berfluoride atau tidak menyikat gigi setiap hari dengan pasta gigi berfluoride. Biasanya, aplikasi gel fluoride berupa gel yang dimasukkan di dalam mulut selama 4 menit. setelah 30 menit, baru diperbolehkan untuk berkumur, makan, dan minum setelah perawatan agar gigi menyerap fluoride. Efek samping dari aplikasi gel fluoride adalah mual dan muntah akibat penggunaan yang berlebihan. Hal ini dapat dicegah dengan mendudukkan pasien dengan posisi tegak, tidak berlebihan saat mengisi tray (40% dari volume tray), menggunakan tray yang sudah di kustom atau disesuaikan, menggunakan alat penghisap, dan melakukan penyisipan tray atas dan bawah secara terpisah. Selain itu, anak kecil juga dapat tersedak atau mengalami pengalaman yang tidak menyenangkan.