APLIKASI

TRANSKIPTOMIK
Dosen Pengampu: Dr. Djong Hon Tjong
Anggota Kelompok 6B
REGGITA MULYANI 2210422022
ANIQA NADRA HAMIDA 2210423034
MEISYA SYIFA PUTRI IHSANI 2210423044
RAHMI KARNILIA PUTRI 2210423050
YOLANDA AMELIA PUTRI 2210423052
 Pokok bahasan
Penerapan Transkriptomik Respon
Resistensi Cabai Serratia Plymuthica

Nutrigenomik

Pengurutan dan metagenomik generasi

berikutnya

studi transkriptomik untuk menghubungkan,

genom dan fungsi gen pada tanaman
 01
Penerapan Transkriptomik
Respon Resistensi Cabai
Serratia Plymuthica
 Penerapan Transkriptomik Respon
Resistensi Cabai Serratia Plymuthica
Abstrak bagian-1
Bakteri non patogen dapat menginduksi sistem resistensi pada tanaman melalui
mekanisme Induction Systemic Resistance (ISR). Kolonisasi akar oleh bakteri
diketahui mampu menginduksi biosintesis senyawa hormonal. Bakteri non-
patogen merangsang peningkatan ekspresi gen pemberi sinyal hormonal dan
sistem kekebalan tubuh. Untuk menganalisis profil transkriptomik tanaman dapat
dilakukan dengan menggunakan teknik sekuensing RNA. Penelitian ini bertujuan
untuk memperoleh informasi kadar mRNA setelah diinduksi Serratia plymuthica
strain UBCF 13. Penelitian ini berguna sebagai referensi penerapan UBCF 13
sebagai agen biokontrol. Bahan tanaman sekuensing diberi perlakuan dalam dua
kondisi yaitu “tanpa” dan “dengan” tanaman yang diinduksi UBCF 13 OD600 1.
 Abstrak bagian-2
Selain itu, untuk analisis real time PCR terdapat empat konsentrasi bakteri
yaitu kontrol (OD600 0). OD600 0,5, 1,0, dan 1,5. Total RNA diisolasi dari akar
tanaman setelah 14 hari dan 56 hari setelah perlakuan. Analisis data
menunjukkan bahwa induksi UBCF 13 meningkatkan ekspresi gen PR5 pada
konsentrasi OD600 0,5 dan 1,0 kemudian menurun pada OD600 1,5.
Berdasarkan data sekuensing RNA, perlakuan isolat UBCF 13 mampu
menginduksi gen yang berperan dalam mekanisme sistem pertahanan. Gen
yang terlibat dalam metabolisme auksin, asam jasmonat, etilen, dan asam
absisat mengalami peningkatan ekspresi. Peningkatan ekspresi gen tersebut
rupanya berpengaruh pada peningkatan gen PR5
 02
Nutrigenomik
 Apa itu?
Nutrigenomik merupakan kajian ilmiah yang mempelajari
dinamika, regulasi, dan cara suatu gen tertentu
berinteraksi dengan suatu senyawa atau bioaktif pada
suatu pangan tertentu. Menurut Hippocrates, makanan
akan diubah menjadi informasi genetik yang
diekspresikan sehingga memberikan profil metabolisme
berbeda yang akan berdampak pada pola makan dan
kesehatan.
 Nutrigenomik merupakan ilmu yang mempelajari hubungan antara
faktor genetik dan zat gizi yang mempunyai komposisi tertentu dan
mampu menginduksi ekspresi G dalam tubuh. Nutrigenomik adalah
ilmu yang mempelajari hubungan molekuler antara nutrisi. stimulasi
dan respon gen, sehingga memungkinkan untuk memahami bagaimana
nutrisi mempengaruhi jalur metabolisme dan kontrol homeostatis,
bagaimana regulasi ini terganggu pada tahap awal penyakit terkait
pakan, dan sejauh mana sensitivitas genotipe berkontribusi terhadap
penyakit pada individu. .
 Penerapan Nutrigenomik dalam
Kesehatan dan Gizi Hewan
Pengaruh variasi genetik ini dipengaruhi oleh
lokasi gen dan ekspresi protein gen tersebut
serta berpengaruh pada proses metabolisme gen
terkait (gen cascade). Perubahan gen juga
mempunyai dampak yang berbeda terhadap
populasi (ras) yang berbeda. Urutan DNA
tertentu juga memiliki ketahanan terhadap
penyakit tertentu.
Oleh karena itu, perkembangan ilmu nutrigenomik
merupakan momen krusial untuk merevolusi
pemahaman manusia terhadap apa yang
dimakannya. Beberapa komponen nutrisi esensial
juga dapat mempengaruhi perubahan aktivitas
dan kesehatan gen, seperti karbohidrat, asam
amino, asam lemak, kalsium, seng, selenium, folat
dan Vitamin A, C & E, serta komponen bioaktif non
esensial yang secara signifikan mempengaruhi
perubahan aktivitas gen. mempengaruhi
kesehatan.
 03
Pengurutan dan Metagenomik
Generasi Selanjutnya
 Urutan Generasi Berikutnya
Area aplikasi utama untuk teknologi pengurutan generasi
berikutnya adalah penelitian biomedis yang berkaitan
dengan tujuan utama seperti genom USD1000. Urutan
generasi berikutnya digunakan untuk mendeteksi variasi
urutan dalam genom individu seperti SNP, penghapusan,
penyisipan, atau perubahan struktural. Di sini, RNA -Seq
biasanya digunakan untuk analisis RNA non-coding sebagai
pengatur penting
 Urutan generasi
berikutnya
Adopsi pengurutan generasi berikutnya untuk penelitian
dengan throughput tinggi sebagian besar dilakukan oleh
microarray. Hingga saat ini, perpustakaan pengurutan
transkriptome telah dapat dibuat untuk sel yang dikultur
yang penting untuk produksi protein rekombinan, misalnya
Arabidopsis thaliana, Caenorhabditis elegans, dan
transkriptom garis sel manusia berhasil diinterogasi dengan
teknologi 454.
Untuk sel HeLa, teknologi Illumina digunakan. Pemahaman
seluruh jaringan transkripsi juga diaktifkan oleh RNA-Seq.
Pemeriksaan miRNA non-coding kecil memungkinkan
pandangan transkriptome secara global.
Fokus utama pekerjaan
sistem- bioteknologi
Fokus utama kerja sistem bioteknologi adalah pemahaman kuantitatif
prinsip-prinsip molekuler di balik sintesis, modifikasi dan sekresi
protein yang berasal dari jalur produksi dasar serta strain mutan dan
rekayasa rasional. Urutan generasi berikutnya menyediakan alat
untuk merasionalisasi pendekatan rekayasa metabolisme terbalik
sehingga dapat diimplementasikan di masa depan ke dalam pemodelan
rasional dan strategi optimasi seluruh sistem.
Kompleksitas fungsional transkriptome tidak dapat sepenuhnya
dijelaskan oleh tag urutan dan microarray yang diungkapkan. RNA-
Seq dapat mengungkapkan dengan lebih tepat batas-batas wilayah
yang tidak diterjemahkan pada resolusi nukleotida tunggal dan
berguna untuk menganalisis transkriptom kompleks dan variasi
urutan, misalnya. penyambungan alternatif atau fusi gen.
 Metagenomik
Metagenomics adalah bidang ilmu biologi yang
berhubungan dengan perolehan semua informasi
genom suatu biotope. Beberapa mikroorganisme
tidak dapat dibiakkan di laboratorium. Untuk
mengidentifikasinya tanpa proses budidaya,
dapat dilakukan pendekatan metagenomik. Hal
ini dapat meningkatkan pengetahuan tentang
keanekaragaman hayati atau dapat
menghasilkan produk bioteknologi dan farmasi
baru.
Dengan demikian, pengurutan generasi berikutnya
juga dapat meningkatkan metagenomik ke tingkat
yang baru. Dalam konteks ini, analisis tingkat
mRNA di masa depan dalam kondisi berbeda atau
dalam tipe sel berbeda dapat dinilai dengan
analisis intensitas hibridisasi dan penerapan
metode menggunakan fragmen cDNA berurutan,
dan kedua teknik tersebut akan membantu
meningkatkan hasil produksi kultur sel dengan
mengoptimalkan sel. pertumbuhan dan aktivitas
genetik
 04
Studi Transkriptomik Untuk
Menghubungkan Genom dan
Fungsi Gen Pada Tanaman
Peneliti dapat menggunakan studi trampton yang mengungkap transkrsional aspek permainan. Saat ini,
teknologi RNAseq memberikan kemudahan yang canggih teknik untuk analisis transkrip dari sampel
RNA dalam jumlah besar. Terlepas dari kelebihan dan kegunaannya, studi transkriptomik kini telah
digunakan pada berbagai spesies tumbuhan untuk mempelajari berbagai topik penelitian yang
berkaitan dengan permasalahan tumbuhan.
Dalam upaya untuk memahami hubungan antara genom dan fungsinya, semua peneliti mempelajari
produk dari genom yaitu protein. dan miNA Studi tentang sekumpulan protein yang disebut proteomik
mencakup kuantitas dan penuh protes secara rinci. Namun informasi sel oral tidak sepenuhnya
terkesan dalam hal kuantitas protein. Namun, protein adalah molekul dinamis yang modifikasi dan
regulasi pasca-translasi membuat interpretasi hasil menjadi sulit. Pada akhirnya menghasilkan produk
perantara antara dan protes yaitu transkrip mRNA menjadi jembatan antara kode genetik (kodon) dan
fungsi molekul yang membuat sel bekerja.
 Pada organisme multiseluler, hampir setiap sel mengandung genom yang sama dan tentu saja jumlah
gen yang sama. Namun, tidak semua gen secara aktif ditranskripsi dalam sel. Dengan kata lain, sel dan
jaringan yang berbeda menunjukkan pola atau profil ekspresi yang berbeda. Variasi ini dapat
mengungkapkan perbedaan fisik, biokimia, dan perkembangan tanaman yang mungkin berperan dalam
menentukan antara tanaman yang sehat dan yang sakit. Dengan mengumpulkan dan membandingkan
transkriptom dari berbagai jenis sel, para peneliti dapat memperoleh pemahaman yang lebih dalam
tentang bagaimana perubahan dalam aktivitas transkripsi mempengaruhi respons terhadap penyakit
atau stres.

Transkriptom yang mewakili lima persen dari kode genetik diterjemahkan ke dalam molekul RNA. Hal
lain yang perlu diingat adalah bahwa setiap gen dapat menghasilkan lebih dari satu varian mRNA
karena proses alami seperti penyambungan alternatif dan transkripsi alternatif pada 5'-UTR (situs
inisiasi) atau 3'-UTR (situs terminal). Oleh karena itu, studi transkriptomik memberikan tingkat
kerumitan yang lebih tinggi daripada sekuens genom.
 Untuk dapat mempelajari gen yang diekspresikan secara khusus dalam jaringan tertentu, dalam proses
perkembangan atau dalam kondisi stres lingkungan, bank DNA komplementer (perpustakaan cDNA) dapat
dibangun. Bank ini berisi semua gen yang diekspresikan secara aktif dalam sampel yang dipilih. Proses
pembuatan bank cDNA dapat dilakukan dengan mengumpulkan total RNA yang diekstraksi dari sel atau
jaringan sampel. RNA tersebut kemudian disintesis menjadi cDNA melalui proses transkripsi terbalik.
Teknologi RNAseq adalah salah satu pendekatan untuk mengumpulkan data transkriptomik. Sebagai
contoh, teknologi RNAseq telah digunakan pada berbagai tanaman untuk mengidentifikasi sekumpulan
keluarga gen yang berperan penting dalam respon terhadap gas etilen.
 Di sisi lain, para peneliti harus berhati-hati dalam menafsirkan data transkriptomik. Pertama,
penanda ekspresi gen dapat dipengaruhi oleh genotipe. Sebuah gen yang menjadi penanda pada satu
genotipe belum tentu diekspresikan pada genotipe yang lain. Kedua, studi transkriptomik terbatas
pada daerah sekuen yang diterjemahkan menjadi protein atau yang disebut dengan sekuen pengkode.
Saat ini para peneliti telah mengetahui adanya molekul RNA yang tidak ditranslasi menjadi protein
(non-coding sequences). Daerah intergenik, yaitu intron yang terdapat dalam molekul, diperkirakan
mensintesis microRNA (miRNA). Sekuens miRNA diketahui berperan dalam penghambatan ekspresi gen
melalui mekanisme pembungkaman gen. Semakin kompleks suatu organisme, semakin besar jumlah
molekul RNA yang tidak diterjemahkan menjadi protein. Ketiga, ekspresi gen penanda yang tinggi
tidak menjamin jumlah protein pasca-translasi yang tinggi karena transkrip dapat diatur pasca-
translasi. Ini berarti bahwa analisis fungsional pada tingkat protein masih diperlukan untuk
mengkonfirmasi hasil mengenai ekspresi gen.
 05
Transkripromis dan Hubungan
Mereka Dengan Heterogenitas
Seluler di Jaringan
Transkripsomis adalah istilah menyeluruh untuk berbagai metode yang dirancang untuk menetapkan
jenis sel (diidentifikasi oleh pembaca MRNA) ke lokasi mereka di bagian histologis. Metode ini juga bisa
digunakan untuk menentukan pelokalan subselluler molekul MRNA. Metode Ståhl menyiratkan posisi
pada posisi tinga individual pada array primer reverse yang dipodifikasi secara spasial yang mampu
menangkap MRNA dengan ekor oligo (DT). Selain ekor oligo (DT) dan barcode spasial, yang menunjukkan
posisi X dan Y pada slide yang tersusun, probe berisi pita pengumpulan, amplifikasi dan pegangan
sekuensing, dan pengenal molekuler yang unik. Umumnya, sampel histologis dipotong menggunakan
cryotome, maka tetap, bernoda, dan ditempatkan dalam microarray. Setelah itu, ia mengalami
permeabilisasi enzimatik, sehingga molekul dapat menyebar ke slide, dengan pelepasan mrna lebih
lanjut dan mengikat probe. Transkripsi terbalik kemudian dilakukan di tempat. Akibatnya, DGA
komplementer yang ditandai secara spasial disintesis, memberikan informasi tentang ekspresi gen pada
lokasi sampel yang tepat. Dengan demikian, protokol yang dijelaskan menggabungkan sekuensing
paralel dan pewarnaan sampel yang sama. Penting untuk menyebutkan bahwa generasi pertama dari
slide yang disusun terdiri dari sekitar 1.000 titik dengan diameter 100 m, yang membatasi resolusi
untuk ~ 10-40 sel per dot.
Mendefinisikan distribusi spesifikasi molekul MRNA
memungkinkan eksperimental terhadap kalah-hara-
heterogenitas seluler di: sel tissuestorsimimune serta
menentukan distribusi transkrip subkelatif berdasarkan
berbagai kondisi. Informasi ini memberikan kesempatan
unik untuk menguraikan arsitektur seluler dan
subcellular di jaringan dan sel individu. Metodologi ini
memberikan wawasan penting di bidang embriologi,
onkologi, imunologi dan histologi. Teknik stranscriptomik
berusaha menjelaskan sifat sel dengan cara ini. Di bawah
ini, kami melihat metode yang menghubungkan ekspresi
gen ke organisasi spasial seperti di samping:
 Referensi
Putranto, Riza Arief. 2013. Studi transkriptorik untuk
menghubungkan antara genom dan fungsi sebuah gen
dalam tanaman. www.ibriec.org
Silahkan Sampaikan
Pertanyaan
Terima Kasih