Kelompok 3

Aplikasi genomic
Dosen pengampu : Dr. Djong Hon Tjong
 Anggota
kelompok
1. HANIFA PUTRI (2210422010)
2. ZHAFARINE HANIFFAUZIA
(2210422014)
3. MUTIIAH APRILITA (2210422016)
4. FARAS ANNISA SYAHADA
(2210422036)
5.FAADIYAH RAHMA ALIMIN
(2210422038)
6. FADHILAH AMIRAH SHAFA
(2210423002)
 genetic mapping
Pemetaan genetik menggunakan gen

Pemetaan genetik adalah salah satu metode

paling awal yang digunakan untuk memetakan
gen pada kromosom. Selama meiosis, kromatid
non-saudara bersatu dan menghasilkan
kiasmata dan mengalami pindah silang. Pindah
silang adalah peristiwa acak dan terjadi di
mana saja di sepanjang kromosom.
 MOLEKULER MARKER
Penanda molekuler adalah suatu fragmen yang spesifik
(protein atau DNA) yang dapat diidentifikasi dan ditemukan
dalam lokasi yang spesifik dalam genom tanaman, dan
digunakan untuk menandai posisi gen tertentu serta
karakteristik tertentu yang diwariskan. Dalam suatu
persilangan, sifatsifat tertentu biasanya tetap terpaut
(„linked‟) pada suatu penanda molekuler, sehingga seleksi
individu dapat dilakukan dengan mendeteksi keberadaan
penanda molekuler tersebut, dimana karakteristik tertentu
terpaut
 metode mapping marker
molekuler
Sebagai penanda gen, DNA markers setidaknya mempunyai dua alel
yang berfungsi. Ada tiga tipe dari DNA sequence yang memenuhi hal
tersebut, yaitu :

1. RFLPs (Restriction Fragment Length Polymorphisms

 metode mapping marker molekuler

Ada dua metode scoring RFLPs, yaitu:

 metode mapping marker molekuler

2. SSLP (Simple Sequence Length Polymorphisms)

 metode mapping marker molekuler

3. SNP (single nucleotide polymorphisms)

 Genetik mapping
pada manusia
PEMETAAN PERTAUTAN/KETERKAITAN PEMETAAN FISIK

Pemetaan genetik menentukan posisi Pemetaan ini menentukan posisi fisik

relatif gen pada kromosom berdasarkan gen yang sebenarnya pada kromosom.
pola pewarisan dan rekombinasinya, Hal ini melibatkan teknik pemeriksaan
serta bergantung pada analisis secara langsung DNA atau struktur
bagaimana gen diturunkan secara kromosom. Teknik pemetaan fisik
bersamaan atau terpisah dari satu meliputi pengurutan DNA, pemetaan
generasi ke generasi berikutnya. restriksi, dan teknik hibridasi. Metode ini
Pemetaan genetik sangat berguna untuk memberikan informasi tentang jarak
mempelajari sifat-sifat dan penyakit yang antara gen dan lokasi persisnya pada
muncul keterkaitan genetik. kromosom.
Analisa pertautan
(linkage analysis)
Analisa sitogenetika

Pada pendekatan pemetaan genetik

penyakit melibatkan penggunaan
analisa sitogenetika untuk mendeteksi
kelainan abnormal dari kromosom
individu yang menderita penyakit
tertentu. Hal ini berkaitan dengan
mengkorelasikan posisi dari kelainan
terhadap keberadaan fenotipe dari
penyakit, maka pada beberapa kasus
akan memungkinkan dilakukan
pemetaan gen penyakit pada daerah
subkromosomal.
 Penguraian gen secara bertahap

Tahapan penguraian
meliputi:

1. Isolasi DNA
2. Enzim restriksi
3. Kloning vektor
4. Teknik sekuensing
Metode mapping
physical
atau pemetaan fisik melibatkan penempatan urutan DNA langsung
pada kromosom. Satuan pengukurannya adalah pasangan basa.
Metode pemetaan fisik yang dikembangkan mampu memberikan
peta kepadatan tinggi. Hal ini diperlukan untuk proyek genom
sebagai penyiapan urutan genom yang sudah jadi. Penanda untuk
pemetaan fisik termasuk EST, sekuens DNA untuk di seluruh
genom dan penanda STS. Pada STS setiap urutan DNA yang
urutannya telah diketahui dan dapat dipetakan menggunakan
teknik molekuler tertentu.
A. Cytogenetic mapping
Pemetaan sitogenetik adalah salah satu metode
pemetaan fisik yang paling awal dikembangkan, tetapi
tidak cukup akurat untuk memberikan peta kromosom
resolusi tinggi. Sitogenetik adalah studi tentang struktur
dan fungsi kromosom dalam sel awalnya.

B. Fluorescent in situ Hybridization (FISH)

FISH (Fluorescent in situ Hybridization) adalah teknik menemukan
gen atau urutan DNA secara langsung pada kromosom. Gen atau
urutan DNA yang terletak sangat dekat dipetakan pada lokasi yang
sama. Hal ini menghasilkan peta sitogenetik yang buruk. Untuk
memperbaikinya, dilakukan pemetaan sitogenetik dengan
menggunakan kromosom yang kurang padat, seperti kromosom
pachytene atau sekuens DNA yang sangat besar, yang disisir pada
slide kaca (Fiber FISH).
B. Fluorescent in situ Hybridization (FISH)

PLangkah pada FISH

fiksasi dan Denaturasi
Perisiapan pemeriksaan
Hibridisasi
Visualisasi
APLIKASI
FISH dapat diaplikasikan sebagai berikut:

1. Diagnosis medis penyakit genetik yang berhubungan

dengan kromosom
2. Pengurutan gen atau sekuens DNA langsung pada
kromosom, yaitu pemetaan gen

Keuntungan FISH
Memberikan hubungan langsung antara urutan probe
dengan kromosom

Keterbatasan/ kerugian FISH Dibutuhkan tenaga ahli

yang bersangkutan. FISH hanya menyediakan peta
resolusi rendah. Meskipun kemajuan telah dibuat untuk
meningkatkan resolusi peta FISH, resolusi maksimum
hanya satu penanda/Mbp.
 RESTRICtion mapping
Restriction mapping adalah teknik
pemetaan fisik yang digunakan untuk
menentukan lokasi relatif situs retriksi pada
fragmen DNA untuk menghasilkan peta
retriksi.

Metode restriction mapping bergantung

pada penggunaan protein yang disebut
restriction enzim. Restriction enzim atau
Enzim endonuklease restriksi adalah enzim
yang dapat mengenali dan memotong
kedua utas DNA (Deoxy Ribonucleic Acid)
pada urutan basa tertentu.
tipe enzim restriksi
endonuklease
TIPE I : enzim yang kompleks,
multisubunit, kombinasi antara restriksi
dan pemodifikasi yang memotong DNA
pada arearandom yang jauh dari sisi
pengenalan.
Tipe II : memotong DNA pada posisi
tertentu yang dekat atau berada di
antara sekuen yang dikenalnya.
Tipe III : Kombinasi restriksi dengan
enzim pemodifikasi.
Mekanisme kerja enzim
restriksi
Enzim restriksi memotong DNA dalam 2
cara dan hasil yang berbeda :
1. Hasil pemotongan berujung tumpul
(blunt or flush end).
2. Hasil pemotongan berujung lancip atau
lengket (sticky or cohesive end).
 DAFTAR
PUSTAKA
Biotechnology Progress & Prospects. Chapter 9
Concepts and Techniques in Genomics and Proteomics 2011 Chpater 6
Genome 2007 chapter 2.3.4
Thank you
very much!