BAKTERIOLOGI

UMUM
BENTUK BAKTERI

Terdapat 4 macam bentuk bakteri yang sering

dijumpai;
1. Coccus
2. Bacilus
3. Spiral
4. Pleomorphis
Coccus (bakteri berbentuk bulat)
Terdapat 3 jenis coccus;
■ Monococcus adalah bakteri ■ Streptococcus adalah bakteri
berbentuk bulat tunggal. berbentuk bulat bergandengan
Contoh bakteri ini adalah menyerupai bentuk rantai.
Monococcus gonorrhoeae. Contoh bakteri ini adalah
Streptococcus lactis,
■ Diplococcus adalah bakteri
berbentuk bulat dan Streptococcus salivarius, dan
Streptococcus pneumoniae.
berpasangan. Contoh bakteri
ini adalah Diplococcus
pneumoniae.
■ Tetracoccus adalah bakteri
berbentuk bulat yang terdiri atas 4
sel dengan susunan menyerupai
bentuk bujur sangkar hasil dari
pembelahan sel ke dua arah.
■ Sarkina adalah bakteri berbentuk
bulat yang terdiri dari 8 sel dengan
susunan menyerupai bentuk bujur
sangkar hasil dari pembelahan sel
ke tiga arah. Contoh bakteri ini
adalah Sarcina sp.
■ Staphylococcus adalah koloni
bakteri berbentuk bulat yang
tersusun menyerupai kelompok
buah anggur hasil dari pembelahan
sel ke segala arah. Contoh bakteri
ini adalah Staphylococcus aureus.
Bacilus (bakteri berbentuk batang)
■ Bakteri basil (tunggal) sering ■ Coccobacilli adalah jenis bakteri
ditemukan dalam keadaan yang berbentuk seperti batang
menyendiri. Contoh bakteri ini yang sangat pendek atau oval..
misalnya Escherichia coli.
■ Palisades merupakan basil yang
■ Bakteri diplobasil melengkung pada titik-titik
(berpasangan) adalah bakteri pembelahan mengikuti
yang ditemukan sering dalam pembelahan sel, sehingga
keadaan berpasang-pasangan berbentuk menyerupai pagar
Contoh bakteri ini misalnya Contoh: Corynebacterium
Renibacterium salmoninarum. diphtheriae
■ Bakteri streptobasil (rantai)
adalah koloni bakteri yang
saling bergandengan
membentuk rantai. Contoh
bakteri ini antara lain
Azotobacter sp dan
Streptobacillus moniliformis.
Bacillus
Spirilium (bakteri berbentuk spiral)
■ Vibrio adalah bakteri yang
berbentuk koma. Contohnya adalah
Vibrio comma
■ Spirilum adalah bakteri yang
bentuknya melengkung lebih dari
setengah lingkaran. Contoh bakteri
dengan bentuk ini adalah Sprillum
minor
■ Spirochete adalah bakteri yang
bentuknya berupa spiral dengan
tekstur halus dan lentur. Contoh
bakteri dengan bentuk ini adalah
Treponema pallidum alias bakteri
penyebab penyakit sifilis.
Pleomorphic (Many shaped)
■ Bakteri ini tidak memiliki karakteristik bentuk seperti bakteri yang telah dijelaskan
sebelumnya, bakteri ini dapat mengubah bentuk nya yang merupakan respon thd
lingkungan
■ Examples: Mycoplasma pneumoniae, M. genitalium, etc.
Ukuran sel bakteri

■ Diameter rata-rata bakteri coccus adalah 0,5-2,0 µm.

■ Bakteri berbentuk batang atau filamen, panjangnya 1-10 µm dan
diameter adalah 0,25-1 0,0 µm.
■ Spirochaetes dan cyanobacteria kadang panjangnya mencapai 500
µm
■ Satu kelompok bakteri, yang disebut mycoplasmas, memiliki individu
dengan ukuran jauh lebih kecil dari dimensi ini. Mereka berukuran
sekitar 0,25 µm dan merupakan sel terkecil yang dikenal selama ini.
Mereka sebelµmnya dikenal sebagai organisme pleuropneµmonia.
 KARAKTERISTIK
PEWARNAAN GRAM
 Pengecatan gram merupakan salah satu
pengecatan diferensial atau disebut juga
pengecatan majemuk, yaitu pengecatan yang
menggunakan lebih dari satu zat warna; karbon
gentian violet dan air fukhsin.
Metode Pewarnaan Bakteri
secara Gram pertama kali
ditemukan oleh salah satu
ilmuwan dari Denmark bernama
Hans Christian Gram (1853-
1938).
TUJUAN
(1) Identifikasi bermacam-macam bakteri
(2) Memudahkan dalam pemilihan antibiotic karena bakteri gram
positif lebih rentan thd penicillin
KLASIFIKASI BAKTERI GRAM
Positif
■ Peptidoglikan tebal
■ Dinding sel berlapis tunggal
■ Lebih rentan terhadap penicillin
■ Peptidoglikan adalah komponen
penyusun utama
■ Contoh :
Staphylococcus aureus,
Streptococcus mutants, Bacillus
subtilis
Negatif
■ Peptidoglikan tipis
■ Dinding sel berlapis ganda
■ Kandungan lipid tinggi
■ Kurang rentan thd penicillin
■ Contoh :
Salmonella thyposa, E. coli,
Shigella, Hellicobacter
BAKTERI GRAM

Positif Negatif
DINDING SEL BAKTERI GRAM
Positif
■ Bakteri gram positif akan
mengalami denaturasi protein
pada dinding sel nya saat
pencucian dengan alcohol
■ Protein menjadi keras dan
kaku
■ Pori-pori mengecil dan
permeabilitas berkurang
■ Sehingga warna ungu
dipertahankan
Negatif
■ Bakteri gram negative zat
lipidnya akan larut selama
pencucian dengan alcohol
■ Menyebabkan pori-pori pada
dinding sel akan membesar
■ Permeabilitas dinding sel
menjadi besar
■ Sehingga zat warna yang sudah
diserap mudah dilepaskan
■ Akan terlihat warna merah muda
setelah pemberian air fukshin
TAHAPAN KERJA
 Sediaan Dilarutkan Kristal Violet

Siram iodin

Warna ungu ditahan oleh struktur peptidoglikan

bakteri dan penahanan oleh iodin

Penyiraman dengan alcohol untuk menghapus

zat warna

Sulit terhapus karena pori-pori Zat warna terhapus karena pori-

peptidoglikan yang sempit pori besar dan permeabilitas besar

Penambahan counterstain yaitu air fukhsin

Bakteri gram positif tetap Bakteri gram negative mengambil

berwarna ungu warna kontras menyebabkan
bakteri berwarna merah muda
STRUKTUR BAKTERI
STRUKTUR BAKTERI
■ Bakteri memiliki DINDING SEL yang kaku melindungi cairan protoplas yang
berfungsi sebagai perlindungan, mengatur pertukaran zat, dll. Terletak di antara
kapsul dan membran sel.
*dinding sel tidak selalu ditemukan

■ Eksternal untuk dinding sel struktur FLAGELA. Flagela adalah filamen seperti
cambuk yang bertindak sebagai baling-baling dan mengarahkan bakteri kepada
nutrisi dan sumber lainnya .Filamen terdiri dari banyak subunit protein tunggal,
flagellin.
Gerak flagel antara lain:
- Amoeboid
- Pelimcir
- Spiroseta = memutar
- Mendayung
- Berenang
 Sel Bakteri

Photomicrograph dari Bakteri Menampilkan Peritrichous

flagella
■ FIMBRIAE DAN PILI. Fimbriae dan pili adalah filamen seperti rambut, lebih pendek dari flagela,
yang membentang dari sel permukaan. Pili, ditemukan terutama pada organisme Gram-negatif,
diperlukan sebagai langkah pertama dalam inisiasi infeksi.

• GLYCOCALYX (LAPISAN LENDIR). Merupakan lapisan polisakarida yang menutupi permukaan luar
dari banyak bakteri dan memungkinkan bakteri untuk melekat erat ke berbagai struktur, misalnya
mukosa mulut, gigi, jantung katup dan kateter.
■ DINDING SEL, memberikan kekakuan pada sel bakteri, merupakan struktur di luar membran
sitoplasmik berlapis-lapis. Dinding sel berpori dan permeabel terhadap zat molekuler ringan.
Lapisan dalam dari dinding sel terbuat dari peptidoglikan dan ditutupi oleh membran luar yang
bervariasi dalam ketebalan dan komposisi kimia, tergantung pada pewarnaan gram pada
bakteri. Istilah 'peptidoglikan' berasal dari peptida dan gula (glycan) yang membentuk molekul.
(Sinonim untuk peptidoglikan yang murein dan mucopeptide).

■ KAPSUL. Sebuah lapisan amorf agar-agar mengelilingi seluruh bakteri; terdiri dari polisakarida,
dan kadang-kadang protein. Kapsul ini penting karena:
1. Menengahi adhesi bakteri untuk jaringan manusia atau prostesis seperti gigi palsu atau
implan - prasyarat untuk kolonisasi dan infeksi.
2. Menghalangi atau menghambat fagositosis, dengan itu, kehadiran kapsul berhubungan
dengan virulensi
3. Membantu dalam identifikasi laboratorium organisme.
4. Polisakarida digunakan sebagai antigen dalam vaksin tertentu karena mereka
mendapatkan antibodi pelindung.
Struktur lintas kimia yang menghubungkan
peptidoglikan komponen dari dinding sel, secara
umum terdapat pada kedua Gram-positif dan Bakteri
Gram-negatif. (Setelah Sharon, N (1969). Para bakteri
dinding sel. Scientific American 220, 92.)
■ SITOPLASMIK MEMBRANE. Merupakan 'membran unit’ terdiri dari bilayer fosfolipid yang
mirip dalam penampilan pada eukariotik sel. Namun, membran eukariotik mengandung
sterol, sedangkan prokariota umumnya tidak .Membran ini memiliki fungsi utama:
1. Aktif dan selektif transportasi difusi molekul dan zat terlarut ke dalam dan keluar
dari sel.
2. Transpor elektron dan fosforilasi oksidatif, dalam aerobik jenis.
3. Sintesis dinding sel prekursor.
4. Sekresi enzim dan racun.
5. Mendukung reseptor dan protein lain yang chemotactic dan sistem transduksi
sensorik.

■ MESOSOME. Ini adalah invaginasi berbelit-belit sitoplasma membran yang berfungsi

sebagai asal melintang septum yang membagi sel menjadi dua selama pembelahan sel. Itu
juga merupakan situs pengikatan DNA yang akan menjadi genetik material dari setiap sel
anak.
■ SITOPLASMA. Sitoplasma terdiri dari wilayah, dalam nucleoid (terdiri DNA) yang dikelilingi oleh
matriks amorf yang berisi ribosom, butiran gizi, metabolit dan berbagai ion.

■ NUCLEOID. DNA bakteri terdiri tunggal, superkoil kromosom, melingkar yang berisi tentang 2000
gen, sekitar 1 mm dalam keadaan tidak dilipat. (Hal ini sejalan dengan kromosom tunggal
haploid.) Selama sel divisi itu mengalami replikasi semikonservatif dua arah dari sudut tetap.
■ RIBOSOM. Ribosom adalah situs sintesis protein. Ribosom bakteri berbeda dari sel eukariotik
,mereka diatur dalam satuan 70S, dibandingkan dengan ribosom eukariotik dari 80-an.
Perbedaan-perbedaan merupakan dasar dari tindakan selektif beberapa antibiotik yang
menghambat bakteri, tetapi bukan manusia, protein β-sintesis.

■ SITOPLASMA INKLUSI. Sitoplasma mengandung berbeda jenis inklusi, yang berfungsi sebagai
sumber energi yang tersimpan; contoh termasuk polymetaphosphate, polisakarida dan β-
Hidroksibutirat.

■ SPORA BAKTERI. Spora dibentuk dalam menanggapi kondisi merugikan oleh beberapa bakteri
gram positif penting medis yang termasuk ke dalam genus Bacillus (termasuk agen anthrax)
dan Clostridium genus (termasuk agen-agen tetanus dan botulisme.
Spora bersifat sangat resisten terhadap panas, kekeringan, dan zat kimia.
Sekali terbentuk spora adalah metabolik inert, dan tetap aktif selama bertahun – tahun.
■ Core: Sitoplasma spora
■ Germ cell wall: terdiri dari dinding
peptidoglikan
■ Cortex
■ Coat: Terdiri dari zat keratin
■ Eksposporium: Lipoprotein
membran paling luar
■ *komponen spora terdiri dari
dipicolinic acid dan ion kalsium ->
heat resistant
TAKSONOMI
BAKTERI
Berdasarkan:
1. Morfologi (coccus, basil, spirochaetes)
2. Pewarnaan (Gram positif, Gram negatif)
3. Sifat (aerobik, fakultatif anaerob, anaerobik)
4. Reaksi biokimia (saccharolytic dan asaccharolytic, menurut reaksi fermentasi gula)
5. Struktur antigenik (serotipe).
Klasifikasi sederhana dari bakteri Gram negative
Klasifikasi sederhana dari bakteri Gram positif
Fisiologi Bakteri
Pertumbuhan pada Bakteri
 Pertumbuhan adalah peningkatan jumlah semua komponen organisme secara teratur dan
irreversible.
 Pertumbuhan pada bakteri ditandai dengan penambahan massa melalui multiplikasi
(pertambahan jumlah) sel. Multiplikasi sel adalah bentuk pertumbuhan pada organisme
uniselular yang menyebabkan peningkatan jumlah individu yang merupakan anggota dari suatu
populasi atau koloni bakteri.
 Oleh karena itu, penambahan ukuran yang terjadi pada saat sel mengambil air atau menimbun
lipid atau polisakarida bukanlah pertumbuhan bakteri yang sebenarnya.
 Bakteri membutuhkan nutrisi untuk pertumbuhannya sehingga bakteri akan tumbuh dengan baik di
lingkungan memenuhi kebutuhannya.

 Pertumbuhan bakteri dapat diamati melalui pengukuran konsentrasi mikroba. Dibedakan menjadi:
1.Konsentrasi sel: Jumlah sel hidup per unit volume biakan
2.Konsentrasi biomassa: Bobot kering sel per unit volume biakan
 Kurva Pertumbuhan
Jika suatu medium cair ditanami
dengan sel-sel bakteri, jumlah sel
yang dapat hidup per mm dapat
ditentukan secara periodik dan
membentuk suatu kurva.
NUTRISI
Oksigen dan Hidrogen

Keduanya dapat ditemuka dalam air, sehingga air sangat penting untuk pertumbuhan
bakteri. Dengan syarat, kadar oksigen harus tepat agar pertumbuhannya seimbang.
Pertumbuhan dari bakteri aerobik dibatasi dengan ketersediaan oksigen. Sedangkan,
bakteri anaerobic dapat dihambat dengan kadar oksigen yang rendah.
Karbon

Karbon dapat didapatkan oleh bakteri dengan dua cara utama :

1. Autotrof adalah bakteri yang hidup bebas, bakteri non-parasite, menggunakan

karbondioksida sebagai sumber karbonnya.

2. Heterotrof adalah bakteri parasit yang menggunakan substansi organik kompleks

seperti glukosa sebagai sumber karbondioksida dan energi.
Zat Anorganik

Seperti nitrogen, sulfur, fosfat, magnesium, potassium, dan zat lain yang dibutuhkan
dalam pertumbuhan bakteri.
Zat Organik

Zat organik sangat penting dengan takaran yang berbeda tergantung dari spesies
bakteri tersebut.

1. Karbohidrat digunakan sebagai sumber energi.

2. Asam amino sangat penting untuk pertumbuhan beberapa bakteri.

3. Vitamin, Purin, dan Pirimidin dengan jumlah sedikit dibutuhkan dalam

pertumbuhan.
REPRODUKSI BAKTERI
REPRODUKSI VEGETATIF

■ Bakteri pada umumnya ■ Semakin singkat waktu

berkembang biak secara vegetatif pembelahan, semakin cepat
dengan pembelahan binner ke arah penambahan jumlah bakteri.
transversal.
■ Faktor yang mempengaruhi:
■ Pembelahan ini biasanya – Jumlah nutrisi
berlangsung selama 15 – 20 menit.
– Suhu
– pH lingkungan
REPRODUKSI GENERATIF
(PARASEKSUAL)
Reproduksi generatif bakteri adalah reproduksi antara kedua bakteri yang berlainan
melalui peristiwa penggabungan gen (DNA) dari kedua induknya yang bertujuan
menghasilkan bakteri dengan varian gen (DNA) yang baru.
KONJUGASI
Peristiwa dimana dua sel bakteri
mengadakan rekombinasi bahan-bahan inti
atau DNA untuk mendapatkan varian baru.
 TRANSFORMASI
Peristiwa dimana terjadi pembentukan varian baru bakteri atau rekombinasi gen atau DNA baru
pada bakteri dengan bersumber dari DNA donor yang berasal dari bakteri yang lisis secara alami.
TRANSDUKSI
Peristiwa dimana terjadi pembentukan
bakteri rekombinan baru dengan DNA
donor berasal dari sel bakteri yang
mengalami lisis karena serangan
bakteriofage (virus).
SIKLUS PERTUMBUHAN
BAKTERI
Terdapat 4 fase utama pada siklus pertumbuhan bakteri, yaitu:

Lag phase
Bisa terjadi dalam beberapa menit hingga beberapa jam saat
bakteri tidak langsung membelah tetapi beradaptasi dengan
kegiatan metabolisme aktif. Fase ini, ditandai dengan
peningkatan komponen makromolekul, aktivitas metabolik, dan
kerentanan terhadap zat kimia dan faktor fisik.

Log (logarithmic, exponential) phase
Pada fase eksponensial atau logaritmik, sel
berada dalam keadaan pertumbuhan yang
seimbang.
Selama fase ini, massa dan volume sel
meningkat oleh faktor yang sama dalam arti
rata-rata komposisi sel dan konsentrasi relatif
metabolit tetap konstan.
Sel membelah dengan kecepatan konstan yang
ditentukan oleh sifat intrinsik bakteri dan
kondisi lingkungan.
Stationary phase
Selama fase ini, jumlah sel yang hidup tetap
konstan untuk periode yang berbeda,
bergantung pada bakteri, tetapi akhirnya
menuju periode penurunan populasi.
Death / decline phase
Ditandai dengan berkurangnya jumlah bakteri
yang masih hidup. Pada saat ini, jumlah sel
yang mati lebih banyak daripada sel yang hidup.
KURVA PERTUMBUHAN
BAKTERI
Pertumbuhan sel bakteri biasanya mengikuti suatu pola pertumbuhan tertentu berupa kurva
pertumbuhan sigmoid.

Kurva pertumbuhan bakteri dapat dipisahkan menjadi empat fase utama, yaitu:
■ Lag phase
■ Log (logarithmic, exponential) phase
■ Stationary phase
■ Death / decline phase
Fase-fase tersebut mencerminkan keadaan bakteri dalam
kultur pada waktu tertentu.

Di antara setiap fase terdapat suatu periode peralihan dimana

waktu dapat berlalu sebelum semua sel memasuki fase yang baru.
 REGULASI
PERTUMBUHAN

Pertumbuhan bakteri sangat diatur oleh
nutrisi di lingkungannya. Peristiwa regulasi
baik di dalam maupun di luar sel juga dapat
memodifikasi tingkat regulasi tersebut.
Faktor-faktor intraseluler yang mempengaruhi
pertumbuhan bakteri:
End-product inhibitor
Enzim pertama dalam jalur metabolisme
dihambat oleh produk akhir jalur tersebut.
Catabolite repression
Sintesis enzim dihambat oleh katabolit.

Faktor-faktor ekstraseluler yang
memodifikasi pertumbuhan bakteri:
Suhu
Suhu optimal dibutuhkan agar aktifitas
enzim-enzim bakteri menjadi efisien
meskipun bakteri dapat tumbuh di
rentang suhu yang jauh.
Mesofil, tumbuh dengan baik dalam suhu antara
25-40°C, mencakup hampir
semua bakteri penting di bidang kedokteran
(tumbuh paling baik dalam suhu
tubuh).
Termofil, tumbuh dalam suhu antara 55-80°C
(Thermus aquatikus, misalnya,
tumbuh di musim panas dan karena itu enzimnya
seperti Taq polymerase tahan
terhadap panas, dieksploitasi oleh molekul
biologis dalam reaksi rantai
polymerase (PCR)
Psikrofil, tumbuh dalam suhu dibawah 20°C.
pH
Konsentrasi ion hidrogen di lingkungan harus memiliki pH sekitar 7.2-7.4 untuk
pertumbuhan bakteri yang optimal.
Meskipun demikian, beberapa bakteri (seperti lactobacilli) telah meningkat untuk
mengeksploitasi relung-relung ekologis, seperti carious cavities dimana pH-nya
mungkin saja serendah 5.0
Pertumbuhan Aerobik dan Anaerobik

Persediaan oksigen yang baik

meningkatkan metabolisme dan
pertumbuhan kebanyakan bakteri. Enzim pertama adalah superoxide
dismutase yang mengkatalis reaksi:
2O2 + 2H+ → H2O2 + O2
Oksigen bertindak sebagai akseptor
hidrogen di tahap terakhir produksi
energi dan menghasilkan dua molekul,
yaitu hidrogen peroksida (H2O2) dan Enzim kedua adalah katalase yang
radikal bebas superoxide (O2). Keduanya mengubah hidrogen peroksida menjadi
merupakan racun dan harus air dan oksigen:
dihancurkan. Dua buah enzim digunakan 2H2O2 → 2H2O + O2
oleh bakteri untuk membuang keduanya.
Oleh sebab itu, bakteri dapat diklasifikasikan berdasarkan kemampuan mereka
untuk hidup di tempat yang beroksigen bebas dan tidak:

Obligat (strict) aerob yang membutuhkan

oksigen untuk tumbuh karena ATP
mereka tergantung pada oksigen sebagai
akseptor hidrogen (e.g. Mycrobacterium
tuberculosis)
Fakultatif anaerob yang menggunakan
oksigen untuk menghasilkan energi dari
respirasi jika tersedia, namun jika tidak
tersedia dapat menggunakan jalur
fermentasi untuk mengsintesis ATP (e.g.
bakteri di mulut seperti Streptococcus
mutans, Eschercia coli)
Obligat (strict) anaerob yang tidak dapat
tumbuh jika terdapat oksigen karena
mereka kekurangan superokside
dismutase dan/atau katalase (e.g.
Porphyromonas gingivalis)
Mikroaerofilis yang tubuh dengan sangat
baik dalam keadaan konsentrasi oksigen
yang sangan
rendah (e.g. Campylobacter fetus)
METABOLISME MIKROBA
METABOLISME

Metabolisme adalah total dari semua reaksi kimia yang terjadi

di sel.Metabolisme dibagi menjadi dua yaitu primer dan
sekunder. Metabolisme primer adalah metabolism yang selalu
dilakukan oleh semua organisme yang ada di alam dan
menghasilkan energi (anabolisme dan katabolisme),
sedangkan metabolism sekunder hanya terjadi pada beberapa
organisme
 KATABOLISME

Merupakan reaksi yang menghasilkan energi dengan

memecah molekul kompleks menjadi molekul sederhana.
Proses ini disebut exergonic (menghasilkan energi).
Katabolisme menghasilkan generasienergi potensial
dalam bentuk adenosin 5-trifosfat (ATP) dan reduksi
koenzim, seperti nikotinamida adenin dinukleotida
(NADH), nicotinamide adenin di nukleotida fosfat
(NADPH), dan flavin adenin dinukleotida (FADH2), dan
panas
 Respirasi
Respirasi merupakan proses terjadinya pembongkaran suatu zat makanan sehingga
menghasilkan energi yang diperlukan oleh mikroorganisme tersebut.

Respirasi aerob : Jika memerlukan Respirasi anerob : Jika tidak membutuhkan

oksigen dalam proses respirasi oksigen dalam proses respasi.
Reaksi Aerob
Merupakan serangkaian rekasi enzimatis yang
mengubah glukosa secara sempurna menjadi
CO2,H2O, dan menghasilkan energi
C6H12O6 + 6 O2 —-> 6 CO2 + 12 H2O + 675 Kkal
675 Kkal
Terdapat tiga tahap untuk menghasilkan energi :
1. Glikolisis
2. Siklus kreb
3. Transfer elektron
 1. Glikolisis
Serangkaian reaksi enzimatis yang
memecah glukosa (terdiri dari 6 atom C)
menjadi dua molekul asam piruvat (terdiri
dari 3 atom C). Glikolisis juga menghasilkan
ATP dan NADH + H+.
• Glukosa substrat bagi sebagian besar mikr
oorganisme
• Glukosa bebas biasanya tidak tersedia.
• Dihasilkan ATP.
• Setiap organisme mempunyai perbedaan j
alur glikolisis yang menjadi kunci pembed
a organisme tersebut.
 a. Jalur EMP ( The Embden-Mayerhof- Parnas)

• Meupakan jalur yang banyak ditemukan pada

mikroorganisme.
• Kondisi anaerobic atau aerobic
• Terdiri dari 10 enzim katalis reaksi terletak di
dalam matriks sitoplasma.
• reversibel

Glucose (C6) + 2ADP + 2Pi + 2NAD+ → 2 pyruvate (C3) + 2ATP + 2NADH + 2

H+
 b. Jalur PP ( The Pentose Phosphate)
• Ditemukan di banyak bakteri dan sebagian
besar organisme eukariotik
• Jalur ini seringkali beroperasi pada waktu yang
sama dengan jalur EMP.
• Jalur ini sangat penting dalam penyediaan
NADPH
• Jalur PP merupakan siklus dan seperti semua
jalur glycolytic, enzim ini berada di matrik
sitoplasma
 c. Jalur ED ( The Entner-doudoroff)
• Jalur metabolism yang relatif sedikit digunakan
oleh mikroorganisme yang tidak memiliki jalur
EMP.
• Kebanyakan bakteri Gram-negative, termasuk
spesies Azotobacter, Pseudomonas,
Rhizobium, Xanthomas, dan Zymomonas.
• Hasil :2 molekul piruvat, 1 ATP , 1 NADH, dan 1
NADPH, yang merupakan hasil energi yang
lebih rendah daripada jalur EMP
 d. Jalur PK (Phosphoketolase)

• Jalur metabolism yang ditemukan di beberapa

bakteri asam laktat, terutama dari spesies
lactobacillus dan leuconostoc.
• Pada akhirnya dikonvesike laktat dan kedua ke
etanol. Jalur ini menghasilkan hanya setengah
ATP dibandingkan dengan jalur EMP
2. Siklus Krebs ( Tricarboxylic Acid Cyle)
Serangkaian reaksi metabolism yang
mengubah asetil koA yang direaksikan
dengan asam oksaloasetat (4C) menjadi
asam sitrat (6C)

Siklus krebs menghasilkan 4CO2, 2 ATP, 4

NADH, dan 2 FADH2
 3. Transfer Elektron
• Reaksi pemindahan electron melalui reaksi redoks.
• Pembawa electron terdiri dari flavoprotein (contohnya FAD dan
mononukleotida flavin, dan FMN), besi sulfur (FeS), sitokrom, heme,
quinones.
• 1 mol NADH dapat digunakan untuk membuat 3 mol ATP sementara
oksidasi 1 mol FADH2, menghasilkan 2 mol ATP
1. NADH melepaskan proton dan elektron pada kompleks I
2. FADH₂ melepaskan proton dan elektron pada kompleks II
3. Elektron dibawa berjalan-jalan mengelilingi membran dalam mitokondria
4. Proton bergerak melalui ATP sintase → pembentukan ATP (fosforilasi
oksidatif)
5. Proton dan elektron berikatan dengan O₂ membentuk H₂O
 Respirasi Anaerob
NITRAT RESPIRATION
SULPHATE RESPIRATION
• Dilakukan oleh bakteri anaerob fakultatif • Dilakukan oleh sebagian kecil bakteri heterotro
• Nitrat direduksi menjadi nitrit (denitrifikasi) dan phic yang semua obligatif anaerob seperti bakt
nitrogen oksida menjadi dinitrogen ( eri dari spesies desulfovibrio.
dissimilatory) • Sulfat tereduksi menjadi sulfit
• Denitrifikasi dilakukan oleh spesies
psedomonas, paracoccus denitrificans dan
thiobacillus denitrificans

CARBONATE RESPIRATION
• Dilakukan oleh bakteri seperti methanococcus da
n methanobacterium yang merupakan anaerob ob
ligat yang mereduksi CO2 dan kadang kadang CO
untuk menjadi metana.
• Bakteri metanogen biasa menggunakan hydrogen
sebagai sumber energi dan ditemukan misalnya
di rawa, sawah, di gester limbah lumpur .
Fermentasi
• Proses pembebasan energi tanpa adanya
oksigen, nama lainnya adalah respirasi
anaerob.
• Menurut mikrobiolohi fermentasi adalah
perubahan proses yang diseabkan oleh
aktivitas mikrooganisme serta aktivitas
enzimnya.

Jenis mikroba yang berperan, yaitu : Manfaat mikroba untuk fermentasi:

• Bakteri • Produksi enzim, antigen, pigmen, lipid.
• Kapang (jenis jamur multiseluler yang aktif) • Produksi metabolit primer dan sekunder
• Khamir (jenis jamur uniseluler) • Modifikasi struktur kimia/biotransformasi
Katabolisme lipid
Peranan lipid :
• Sebagai komponen struktur membrane
• Sebagai bentuk energi cadangan
• Berperan dalam kekebalan jaringan
• Sebagai komponen dalam proses
pengangkutan melalui membran
Katabolisme protein
Molekul protein terdiri atas kesatuan
kesatuan kecil disebut asam amino.
Asam amino satu dengan lainnya
dihubungkan dengan suatu ikatan yang
disebut dengan ikatan peptida
Hubungan katabolisme lemak dan protein
Hasil pencernaan lemak ( asam lemak dan gliserol) dan protein (asam amino)
masuk ke dalam jalur respirasi sel. Jika ada kelebihan zat maka akan dialirkan
ke dalam jalur anabolisme ke sistesis lemak dan asam amino tertentu.
Siklus krebs merupakan jalur utama dari berbagai hasil metabolism karbohidrat,
lemak , dan protein. Hasilnya merupakan ATP, CO2, dan H2O
 Aktivitas Biosintesis
Biosintesis merupakan suatu proses yang dikatalis oleh enzim yang terjadi di
dalam organisme hidup. Makhluk hidup mendapat, mengolah, mengubah suatu
zat melalu proses kimiawi untuk mempertahankan hidupnya.

Jenis :
• Katabolisme
penguraian suatu zat ke partikel yang le
bih kecil untuk diubah menjadi energi.
• Anabolisme
Merangkai senyewa organic yang berasa
l dari molekul tertentu untuk diserap tub
uh.
 ANABOLISME
Suatu proses reaksi kimia yang membentuk suatu molekul besar dari molekul yang lebih kecil dan
membutuhkan energi. reaksi anabolic kadang disebut reaksi biosintesis.

Fotosintesis
• Energi cahaya dikonversi menjadi energi kimia dalam bentu
k ikatan kimia.
• Organisme yang menggunakan CO2 sebagai sumber karbon
disebut fotoautotrof contohnya algae, tumbuhan, cyanobact
eria, dan beberapa bakteri fotosintetik.
• Organisme fototrof yang menggunakan sedikit molekul ogani
k seperti asam dan alkohol disebut fotoheterotrof
• Bakteri yang memproduksi oksigen dari fotosintesis disebut
oxygenic photosyntethic bacteria.
• Bakteri sulfur ungu dan bakteri sulfur hijau disebut anoxyge
nic photosyntethic bactheria
• Pada keadaan kurang cahaya, organisme fototropik bertaha
n secara anaerobic dengan melakikan fermentasi
Kemosintesis
• Proses ini meliputi sumber energi kimia untuk sintesis yang
diperlukan untuk pertumbuhan dan fungsi organisme.
• Organisme kemotrof yang menggunakan CO2 sebagai sumb
er karbon disebur kemoautotrof contoh ebberapa bakteri pri
mitif .
• Organisme kemotrof yang menggunakan molekul organic sel
ain CO2 sebagai sumber karbon disebut kemoheterotrof

Fotoheterotrof
Fotoheterotrof adalah Prokariotika yang menggunakan cahaya untuk
menghasilkan ATP
 Aktivitas Biosintesis
Salah satu bentuk anabolisme adalah Biosintesis

Berbagai macam biosintesis, seperti :

1. Biosintesis polisakarida
2. Biosintesis asam amino
3. Biosintesis lipid
4. Biosintesis purin dan pirimidin

Biosintesis polisakarida terjadi pada saat glikolisis. Polisakarida dihasilkan dari produk intermediat
e. Hal ini terjadi ketika bakteri sudah mensintesis glukosa, maka hlukosa akan dibentuk menjadi s
enyewa yang lebih komplek seperti glikogen.

Biosintesis lipid membutuhkan energi yang besar, dan tidak harus menggunakan ATP
 Jalur Amphibolic
Seperti kita ketahui bahwa katabolisme dan anabolisme saling berintegrasi. Anabolisme dan katabolisme juga
saling berbagi jalur, seperti pada siklus krebs.

Siklus krebs tidak hanya berpartisipasi pada oksidasi glukosa namun juga memproduksi zat perantara yang
nantinya diubah menjadi asam amino. Jalur metabolisme yang berfungsi di anabolisme dan katabolisme
disebut jalur amphibolic.
 Katabolisme dan anabolisme adalah bentuk
metabolisme primer. Dari metabolisme primer
tersebut menghasilkan produk produk industri
seperti ethanol , buthanol, vitamin dan lain lain.
 Metabolisme sekunder
Mikroorganisme tidak hanya melakukan metabolisme primer
namun melakukan metabolisme sekunder pula.

Metabolisme sekunder adalah senyawa metabolit yang tidak

esensial bagi pertumbuhan organisme dan ditemukan dalam
bentuk yang unik atau berbeda-beda antara spesies yang satu dan
lainnya.
Metabolisme sekunder memiliki karakteristik sebagai berikut :
i. Metabolisme sekunder tidak jelas fungsinya dalam organisme
ii. Metabolit sekunder dihasilkan dalam menanggapi pembatasan nutrisi.
iii. Metabolit sekunder memiliki karakteristik tersendiri
iv. Metabolit sekunder memiliki struktur yang aneh dan tidak biasa, namun memiliki sedikit kemiripan
dengan organisme yang memiliki strain sama. Salah satu bentuk metabolit sekunder adalah
penicilin, alkaloid, dan lainnya.
GENETIKA BAKTERI
Kromosom Bakteri

■ Kebanyakan gen prokariota terdapat pada kromosom, yang terletak

dalam suatu bagian yang dinamakan nuklear atau nukleoid
■ DNA berupa rantai tunggal (haploid) dan panjang dari DNA dengan
struktur yang terututup dan melingkar.
■ Kromosom Bakteri memiliki berat molekul 2.109
 Replikasi Kromosom
■ Merupakan proses akurat yang • Kedua lokasi dimana replikasi
memastikan bahwa sel progeni
menerima salinan identik dari sel berlangsung disebut Replication
induk. Fork
■ Dimulai pada tepat spesifik dalam
kromosom, dimana dua rantai DNA • Replication for akan bergerak di
akan berdenaturasi secara local sekeliling molekul berlawanan arah
■ Protein kompleks mengikatkan diri dengan bukaan rantai DNA.
pada lokasi dan membuka ikatan
helix ( Proses Replikasi dimulai )
• Sintesis dua rantai komplemen baru
■ Setiap rantai berfungsi sebagai model sampai kedua replication fork
untuk sintesis DNA yang terjadi di
kedua rantai bertemu di titik terminasi
■ Terbentuk gelembung replikasi
 Replikasi Kromosom
■ Ketika keempat rantai DNA sudah • Enzim Retriksi berperan dalam
tersedia, setiap sel anak menerima
rantai induk dan rantai yang baru membelah DNA double helix pada
disintesis ( Replikasi Semi lokasi tertentu.
Konservatif )

■ Enzim utama yang memediasi

Replikasi DNA adalah DNA-
dependent DNA Polymerase .

■ Bakteri memiliki mekanisme yang

perlahan-lahan untuk menghilangkan
nukleotida asing dari genomnya.
 Plasmid DNA
■ Plasmid DNA dapat ditransfer
menjadi bakteri dengan cara
transduksi.

■ Plasmid yang didonorkan dapat

berfungsi sendiri tanpa
penggabungan dengan DNA bakteri.

■ Kemampuan untuk memproduksi

enzim yang menghancurkan penisilin
( β-laktamase )
 GEN
■ Merupakan kode genetik bakteri
yang terkandung dalam
serangkaian unit.
■ Terdiri dari nukleotida purin dan
pirimidin.
■ Informasi genetik adalah kode
dari rangkaian tiga nukleotida
atau kodon.
■ Setiap kodon atau triplet
nukleotida merupakan kode
untuk suatu asam amino
spesifik.
Variasi Genetik Pada Bakteri

■ Variasi genetik terjadi sebagai hasil dari mutasi atau transfer gen

■ Mutasi merupakan perubahan dalam serangkaian basis DNA akibat asam amino
yang berada bergabung dengan sebuah protein menghasilkan fenotip yang diubah.
 Perubahan Molekul yang Menghasilkan
Mutasi
1. Base Substitution
Ketika suatu basis disisipkan ke
tempat basis yang lainnya 
menghasilkan sebuah kodon yang
mengintruksikan asam amino lain
untuk disisipkan ( Missense mutation
)
Ketika sustitusi basis menghasilkan
sebuah kodon terminasi yang
menghentikan sintesis protein secara
premature ( Nonsense Mutation )
 Frame Shift Mutation

■ Terjadi ketika satu atau lebih

pasangan basis tertambahkan
atau terhapuskan  menggeser
pembacaan oleh ribosom 
menghasilkan penggabungan
asam amino yang salah.
 Insertion
Penyisipan dari sepotong
DNA tambahan atau basis
tambahan  perubahan
yang besar saat pembacaan
DNA.

Mutasi dapat diinduksi oleh

bahan kimia, radiasi, virus.
POLYMERASE CHAIN
REACTION
PCR
Definisi

■ Suatu metode enzimatis untuk amplifikasi DNA dengan cara in vitro .

■ PCR ini pertama kali dikembangkan pada tahun 1985 oleh Kary B. Mullis.
■ Amplifikas DNA pada PCR dapat dicapai bila menggunakan primer oligonukleotida
yang disebut amplimers
■ Umumnya primer yang digunakan pada PCR terdiri dari 20-30 nukleotida.
■ DNA template (cetakan) yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan dan berasal
dari patogen yang terdapat dalam spesimen klinik
Bahan dan metode

■ DNA Cetakan
■ Oligonukleotida Primer
■ Deoksiribonukelotida trifosfat (dNTP)
■ Enzim DNA Polimerase
■ Komponen pendukung lain adalah senyawa buffer
Cara kerja

1. Denaturasi DNA merupakan proses pembukaan DNA untai ganda menjadi

DNA untai tunggal. Ini biasanya berlangsung sekitar 3 menit, untuk meyakinkan bahwa
molekul DNA terdenaturasi menjadi DNA untai tunggal.
Cara kerja

2. Annealing (penempelan primer)

Kriteria yang umum digunakan untuk merancang primer yang baik adalah bahwa
primer sebaiknya berukuran 18 – 25 basa, mengandung 50 – 60 % G+C dan untuk
kedua primer tersebut sebaiknya sama. Sekuens DNA dalam masing-masing primer itu
sendiri juga sebaiknya tidak saling berkomplemen, karena hal ini akan mengakibatkan
terbentuknya struktur sekunder pada primer tersebut dan mengurangi efisiensi PCR.
Cara kerja

Waktu annealing yang biasa digunakan dalam PCR adalah 30 – 45 detik. Semakin
panjang ukuran primer, semakin tinggi temperaturnya. Kisaran temperatur penempelan
yang digunakan adalah antara 36°C sampai dengan 72°C, namun suhu yang biasa
dilakukan itu adalah antara 50 – 60°C.
 3.Pemanjangan Primer (Extention)
Selama tahap ini Taq polymerase memulai aktivitasnya memperpanjang DNA primer
dari ujung 3’. Kecepatan penyusunan nukleotida oleh enzim tersebut pada suhu 72oC
diperkirakan 35 – 100 nukleotida/detik, bergantung pada buffer, pH, konsentrasi
garam dan molekul DNA target. Dengan demikian untuk produk PCR dengan panjang
2000 pasang basa, waktu 1 menit sudah lebih dari cukup untuk tahap perpanjangan
primer ini. Biasanya di akhir siklus PCR waktu yang digunakan
untuk tahap ini diperpanjang sampai 5 menit sehingga seluruh produk PCR diharapkan
terbentuk DNA untai ganda.
1. Denaturasi pada suhu 90 ° - 95°C
2. Annealing pada suhu 37 ° - 65°C
3. Extention / elongasi pada suhu
72 °C
Alasan menggunakan metode PCR

Keunggulan PCR dikatakan sangat tinggi. Hal ini didasarkan atas spesifitas, efisiensi
dan keakuratannya

Spesifitas PCR terletak pada kemampuannya mengamplifikasi sehingga menghasilkan

produk melalui sejumlah siklus.

Keakuratan yang tinggi karena DNA polymerase mampu menghindari kesalahan pada
amplifikasi produk
Jenis PCR

■ Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP)

■ Inverse-PCR,

■ Nested-PCR