Elektroforesis Gel

Agarosa
Nama kelompok:
Almas amalul fasha
Joko prasetyo
Nur Islamiah
Rizki yani fatimah
 Pengertian elektroforesis
 Elektroforesis adalah teknik pemisahan suatu partikel/ spesies/ ion
atau partikelkoloid berdasarkan kemampuan berpindah melalui
medium konduktif, biasanya berupalarutan bufer, sebagai respon
adanya suatu medan listrik (Harvey, 2000).
 Secara teknis,elektroforesis merupakan istilah yang diberikan untuk
migrasi partikel yang bermuatanakibat diberikan arus listrik searah
atau DC (Direct Current). Umumnya teknik dari cikal bakal
elektroforesis digunakan untuk menentukan muatan dari suatu koloid (
Patniak, 2004 ).
 Teknik elektroforesis ditentukan oleh ciri molekular ionik dan adanya
muatansebagai sifat fisik. Arah dan laju pergerakan tergantung pada
spot dan intensitas muatanionik (Rouessac, 2007).
 Bufer elektroda digunakan untuk konduktor arus dengan
menjadi jembatan konduksi diantara dua elektroda sehingga memungk
inkan terjadinya aliranmedan listrik (Skoog, 2002).
 Secara umum, elektroforesis digunakan untuk memisahkan,
mengidentifikasi, dan memurnikan fragmen DNA.
 Pergerakan molekul terutama tergantung di muatan yang ada pada
permukaan partikel,tanda dan besarnya muatan pembawa oleh variasi
group ionogenik. Tergantung kepadakekuatan molekul listrik dan pH
dari medium dalam mengkateristik, sehingga pemisahanmolekul dapat
terjadi karena efek seleksi dan medium yang sesuai.
 Elektroforesis DNA merupakan teknik untuk
memisahkan sampel DNA berdasarkan atas ukuran (berat molekul) dan
struktur fisik molekulnya. Gel yang biasa digunakan antara lain gel
agarosa. Elektroforesis gel agarosa dapat dilakukanuntuk memisahkan
sampel DNA dengan ukuran dari beberapa ratus hingga 20.000 pasang
basa (pb). Prinsip dasar tekhnik elektroforesis ini adalah DNA,
RNA, atau protein dapat dipisahkan oleh medan listrik. Elektroforesis
gel biasanya dilakukan
untuk tujuan analisis, namun dapat pula digunakan sebagai tekhnik pr
eparatif (Standfield 1996).
 Prinsip kerja dari elektroforesis adalah adanya pergerakan komponen
bermuatan positif (+) pada kutub negative,serta komponen bermuatan
negatif (-) pada kutub positif (+). Pegerakan yang terjadi disebut
"elektrokinetik“. Hasil yang didapatkan dari elektroforesis adalah
elektroforegram yang memberikan informasi mengenai seberapa cepat
perpindahan komponen (tm) atau biasa disebut kecepatan migrasi.
Besaran yang digunakan sama dengan pada proses kromatografi
 Perbedaan
Menurut Moran (1994) perbedaan antara gel agarosa dan gel
poliakrilamid, yaitu:

Gel agarosa Gel poliakrilamida

· Memisahkan sampel DNA dengan • Dapat memisahkan sampel DNA

ukuran ratusan-20000 bp dengan ukuran 5-500 bp
· Cara bacanya horisontal · Cara bacanya vertikal
· Cara membuatnya mudah · Cara membuatnya kompleks
Kelebihan elektroforesis gel agarosa:

 teknik yang digunakan sederhana

 preparasi gel lebih cepat dilakukan karena pembuatan gel agarosa lebih
mudah dan bersifat non toksik
 laju pemisahan lebih cepat sehingga fragmen DNA pun lebih cepat terbentuk
 dapat memisahkan campuran potongan DNA sesuai dengan ukurannya
 Elektroforesis gel agarosa ini dapat dilakukan pada suhu kamar.
Kekurangan dari gel agarosa:

 lebih mudah rusak oleh tangan sehingga membutuhkan kehati-hatian

 dan bands yang dihasilkan dapat berkabut dan menyebar agak jauh.
 Sulaiman (2007) mengemukakan beberapa faktor yang
mempengaruhi migration rate elektroforesis selama DNA
bergerak menembus gel agarose, yaitu sebagai berikut:

1. Ukuran molekul DNA

2. Konsentrasi gel agarose
3. Konformasi DNA
4. Penggunaan Voltage dan arah dari bidang elektris
5. Komposisi basa DNA atau temperature
6. Keberadaan pewarna DNA
7. Komposisi buffer elektroforesis
 Jurnal
 A Freeze-and-thaw Method To Reuse Agarose Gels For DNA
Electrophoresis
Gel agarosa mengandung agarose 1% (b/v) dilarutkan dalam buffer asan Tri Asetat
Etilendiamina tetraasetat (buffer TAE; 40mM Tris, Asam asetat 40 Mm, dan
1mM EDTA)

Elektroforesis gel agarosa dilakukan pada 100 V Selama 45 menitfxcd` dengan

protokol standar menggunakan TAITEC PICO-1

Setelah itu, gel agarosa diwarnai dengan EtBr

Inkubasi dalam buffer TAE yang mengandung EtBr (0,1 mikrogram/Ml) selama 30-
60 menit