RNA Polimerase

Enzim yang mengkatalis

rantai RNA bergerak
bersisian sepanjang DNA dan
menguntai Helix DNA tepat
didepan situs aktif polimerasi
untuk membuka wilayah baru
untai hasil cetakan untuk
melengkapi pasangannya
pada templet DNA.
 RNA Polimerase

Transkripsi pada eukariot memerlukan tiga jenis RNA Polimerase, yaitu

RNA Polimerase I, RNA Polimerase II, dan RNA Polimerase III.
• RNA Polimerase I membuat prekursor besar ke rRNA (5.8S, 18S, dan
28S rRNA pada vertebrata).
• RNA Polimerase II membuat hnRNA, yang merupakan prekursor
untuk mRNA, prekursor miRNA, dan sebagian besar snRNA.
• RNA Polimerase III membuat prekursor 5S rRNA, tRNA, dan
beberapa RNA seluler dan virus kecil lainnya.
 Promotor Kelas II
• Promotor inti dan Promotor
Proximal
• Promotor Inti mengandung enam
elemen:
– Dari 5`ke 3`:
1. Elemen pengenalan TFIIB (BRE,
ungu)
2. TATA Box (merah)
3. Inisiator (hijau)
4. Downstream Core Element, dalam
tiga bagian (DCE, kuning)
5. The Motif Ten Element(MTE, biru)
6. Downstream Promotor Element
(DPE, oranye).
 PROMOTOR CLASS I
Promotor Kelas I dikenali oleh RNA
Polimerase I
• Elemen inti mengelilingi situs awal transkripsi
• Upstream Promotor Element (UPE) sekitar
100 bp lebih jauh ke hulu.
 Promotor Class I & III
• Promotor Kelas III dikenali oleh
RNA Polimerase III
• RNA polimerase III mentranskripsi
satu set gen pendek. Gen-gen klasik
kelas III (tipe I dan II) memiliki
promotor yang sepenuhnya berada di
dalam gen.
• Promotor internal gen tipe I kelas III
(gen 5S rRNA) dibagi menjadi tiga
wilayah: kotak A, elemen perantara
pendek, dan kotak C.
• Promotor internal gen tipe II
(misalnya, gen tRNA) dibagi menjadi
dua bagian: kotak A dan kotak B.
• Promotor gen kelas III non-klasik
(tipe III) menyerupai gen kelas II.
 General Transciption Factor
Kelas II
• Pada transkripsi eukariot dikenal
General Transcription Factor. (Faktor
Transkripsi Umum)
• Terdiri dari satu set protein yang
berinteraksi, yang dikenal sebagai
TFII, dan dilambangkan sebagai
TFIIB, TFIID, dan seterusnya.
• Proses perakitan dimulai ketika faktor
transkripsi umum TFIID berikatan
dengan urutan DNA double-heliks
pendek yang terutama terdiri dari T
dan A nukleotida atau TATA Box.
• TATA Box, dan subunit TFIID yang
mengenalinya disebut TBP (untuk
protein pengikat TATA).
TFIID berisi 13
TAF, yang
melayani beberapa
fungsi.

TAF1 dan TAF2

membantu TFIID
mengikat inisiator
dan DPE.

TAF1 dan TAF4

membantu TFIID
berinteraksi
dengan Sp1 yang
terikat ke kotak
GC di hulu dari
situs awal
transkripsi.
 General Transciption Factor Kelas I
• Gen Kelas I dikenali oleh dua faktor transkripsi
• Faktor Pengikat Inti : pada manusia disebut SL1, pada organisme
lain secara homolog dikenal TIF-IB, faktor ini berfungsi untuk
mengikat RNA Polimerasa I
• Faktor Pengikat UPE : pada mamalia dan kebanyakan organisme
disebut UBF, berfungsi untuk mengikatkan Faktor Pengikat Inti
dengan Elemen Promotor Inti.
• UBF-Manusia adalah faktor transkripsi yang merangsang transkripsi
oleh RNA Polimerase I.
• Dapat mengaktifkan promotor secara utuh, elemen inti saja, atau
memediasi aktivasi oleh UPE.
• UBF dan SL1 bertindak secara sinergis untuk menstimulasi transkripsi.
General Transciption Factor Kelas III

• Gen kelas III klasik membutuhkan

dua faktor, TFIIIB dan TFIIIC,
untuk membentuk kompleks
prainisasi dengan polimerase.
• Gen 5S rRNA juga membutuhkan
TFIIIA.
• TFIIIC dan TFIIIA adalah faktor
perakitan yang mengikat promotor
internal dan membantu TFIIIB
mengikat ke suatu wilayah di
sekitar hulu dari situs awal
transkripsi.
AKTIVATOR TRANSKRIPSI
• Inisiasi transkripsi
membutuhkan kehadiran
aktivator transkripsional
protein.
• Gen eukariotik yang khas
memiliki banyak protein
aktivator, yang menentukan laju
dan pola transkripsi.
• Protein pengatur gen ini
membantu RNA polimerase,
faktor transkripsi umum, dan
mediator semua untuk
berkumpul di promotor.
• Aktivator menarik kompleks
remodeling kromatin
tergantung ATP dan histone
 AKTIVATOR TRANSKRIPSI
Domain Pengikat DNA Domain Pengaktif
• Zinc-containing modules. Transkripsi
– Zinc finger • Domain Asam
– Zinc modules • Domain Kaya Glutamin
– Modul yang • Domain Kaya Proline
mengandung dua ion
zinc dan 6 sistein
• Homeodomain (HD).
• Motif bZIP dan bHLH.
 Pemprosesan RNA pada Eukariot
• Sintesis RNA pada Eukariot dimulai dalam nukleoplasma
• Pada transkripsi awal dihasilkan heteronuclear RNA (hnRNA)
• Pada hnRNA memiliki beberpa nukleotida yg dibutuhkan untuk
sintesis protein yang disebut ekson dan beberapa nukleotida
yang tidak dibutuhkan untuk sintesis protein yang disebut intron
• Disamping itu mempunyai ujung 5’ dan 3’ yang tidak dibutuhkan
untuk sintesis protein
• Pemprosesan molekul hnRNA melibatkan:
1. Penutupan (capping) pada ujung 5’
2. Poliadenilasi atau penambahan poly (A) ke ujung 3’
3. Pemotongan (splicing) intron
 CAPPING
• Pada ujung 5’ dari hnRNA ditambahkan
residu 7-metil guanosin
• Struktur ujung 5’ yang telah ditutupi ini
berfungsi untuk:
1. Melindungi pre mRNA dari degradasi
eksonuklease
2. Terlibat dalam pelekatan ke sub unit
ribosom 40S
The capping proteins first bind to the RNA
polymerase tail when it is phosphorylated on Ser5
of the heptad repeat late in the process of
transcription initiation. This strategy ensures that
the RNA molecule is efficiently capped as soon as
its 5ʹ end emerges from the RNA polymerase. As
the polymerase continues transcribing, its tail is
extensively phosphorylated on the Ser2 positions
by a kinase associated with the elongating
polymerase and is eventually dephosphorylated at
Ser5 positions. These further modifications attract
splicing and 3ʹ-end processing proteins to the
moving polymerase, positioning them to act on the
newly synthesized RNA as it emerges from the
RNA polymerase. There are many RNA-
processing enzymes, and not all travel with the
polymerase. For RNA splicing, for example, the
tail carries only a few critical components; once
transferred to an RNA molecule, they serve as a
nucleation site for the remaining components.
When RNA polymerase II finishes transcribing a
gene, it is released from DNA, soluble
phosphatases remove the phosphates on its tail,
and it can reinitiate transcription. Only the fully
dephosphorylated form of RNA polymerase II is
competent to begin RNA synthesis at a promoter.
 Poliadenilasi
• Penambahan residu2 adenosin atau poly(A)
ke ujung 3’ dari hnRNA
• Ujung poly (A) berfungsi utk:
1. Melindungi pre mRNA dari degradasi
ribonuklease (RNase)
2. Transpor mRNA dari inti ke sitoplasma
 SPLICING DNA
• Kejadian awal pemotongan (splicing) intron dari pre mRNA
melibatkan ribonukleoprotein
• Pemotongan berlangsung 2 tahap:
1. Pre mRNA dipotong pada ujung 5’ dari intron dan ikatan 5’-
2’ fosfodiester dibentuk antara ujung 5’ intron yang bebas
dengan 2-OH dari residu intron dekat tempat pemotongan 3’
intron
2. Ujung 3’ intron dipotong dan dilepaskan, selanjutnya dua
intron dihancurkan
• Ekson akan ditransfer ke sitoplasma, sedangkan intron tinggal
dalam nukleoplasma yang kemudian akan didegradasi oleh
RNase