TEKNIK REAKSI BIOKIMIA

KULIAH 02
KLASIFIKASI DAN AKTIVITAS ENZIM
Prof. Dr.-Ing. Misri Gozan, M.Tech. IPU
Program Studi Teknik Bioproses, Departemen Teknik Kimia, Fakultas Teknik –
Universitas Indonesia
BAHAN AJAR
Misri, sebelum UTS
 1 Review tentang katalis dan biokatalis
 2 Klasifikasi dan aktivitas enzim
 3a Teknik imobilisasi biokatalis
 3b Faktor-faktor yang mempengaruhi kinerja
biokatalisis
 4. Kinetika reaksi biasa dan kinetika reaksi
biokatalisis
 5a. Teknik produksi enzim dan recovery
product
 5b. Aplikasi biokatalisis di Industri
Apriliana, sesudah UTS
 Reaksi homogen non elementer
 Reaksi enzimatis
 Review tentang sel
 Kinetika pertumbuhan sel
 Respirasi, Fotosintesis, Biosintesis
 Perpindahan melalui membran sel
 Stoikiometri pertumbuhan sel &
kebutuhan energi
 ENZIM ..
Enzim adalah protein atau RNA yang diproduksi oleh sel hidup, yang
sangat spesifik dan sangat mempercepat reaksi (katalitik) terhadap
substratnya.
Enzim adalah jenis katalis biologis makromolekul yang sangat penting.
Karena aksi enzim, reaksi kimia dalam organisme juga dapat dilakukan
secara efisien dan khusus dalam kondisi ringan.
SEPERTI KATALIS?

 Seperti katalis, enzim tidak mengubah titik kesetimbangan kimia dari

reaksi reversibel tetapi hanya kecepatan reaksi yang berubah
 Berbeda dengan katalis:
 merupakan produk biologis, yaitu dihasilkan dari sel hidup.
 karena enzim adalah protein maka tidak dapat bertahan lama dalam
sistem reaksi yang bersifat koloid, mudah rusak atau tidak aktif oleh
reaksi yang dikatalisisnya. mereka harus diganti terus-menerus oleh
sintesis lebih lanjut dalam tubuh.
 sebagian besar enzim adalah sangat spesifik pada satu atau beberapa
substrat yang terkait secara struktural.
TATANAMA
THE INTERNATIONAL UNION OF BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY

 Enzim umumnya diberi nama sesuai dengan reaksi yang dikatalisisnya atau
dengan akhiran “ase” setelah nama substrat
EC W.X.Y.Z :
 EC = Komisi Enzim (Enzyme Commission)
 W  jenis reaksi (kelas)
 X  subkelas
 Y  sub-subkelas
 Z  nomor seri untuk mengidentifikasi enzim tertentu dalam sub-subkelas
CONTOH

Klas 1: Oxidoreductase Sub-sub Klas 3: Oksigen sbg Akseptor

EC 1.2. 3.4.
Sub-Klas 2: bekerja pada aldehida atau Nomor Seri 4: enzim keempat yang diklasifikasikan
gugus oxo dari donor dalam sub-subkelas ini (nomor seri 4).
7 KELAS UTAMA ENZIM

1. Oksidoreduktase
2. Transferase
3. Hidrolase
4. Liase atau Desmolase
5. Isomerase
6. Ligase atau Sintetase
7. Translokase
EC 1 (OXIDOREDUCTASE)

 Kelas ini terdiri dari enzim yang sebelumnya disebut dehidrogenase, oksidase,
peroksidase, hidroksilase, oksigenase, dll.
 Mencakup enzim-enzim yang menghasilkan reaksi oksidasi-reduksi antara dua
substrat  reaksi redoks
 Mengkatalisis reaksi transfer elektron.
 Cth pada gugus CH—OH, C=O, CH—CH, CH—NH2 dan CH=NH
 Alkohol dehidrogenase, Asetil-KoA dehidrogenase, Sitokrom oksidase, Katalase
EC 1.1-21

 EC 1.1 includes oxidoreductases that act on the CH-OH group of donors

(alcohol oxidoreductases)
 EC 1.2 includes oxidoreductases that act on the aldehyde or oxo group of
donors
 EC 1.3 includes oxidoreductases that act on the CH-CH group of donors
(CH-CH oxidoreductases)
 EC 1.4 includes oxidoreductases that act on the CH-NH2 group of donors
(Amino acid oxidoreductases, Monoamine oxidase)
 EC 1.5 includes oxidoreductases that act on CH-NH group of donors
 EC 1.1-21

 EC 1.1 includes oxidoreductases that act on the CH-OH group of donors (alcohol oxidoreductases)
 EC 1.2 includes oxidoreductases that act on the aldehyde or oxo group of donors
 EC 1.3 includes oxidoreductases that act on the CH-CH group of donors (CH-CH oxidoreductases)
 EC 1.4 includes oxidoreductases that act on the CH-NH2 group of donors (Amino acid oxidoreductases,
Monoamine oxidase)
 EC 1.5 includes oxidoreductases that act on CH-NH group of donors
 EC 1.6 includes oxidoreductases that act on NADH or NADPH
 EC 1.7 includes oxidoreductases that act on other nitrogenous compounds as donors
 EC 1.8 includes oxidoreductases that act on a sulfur group of donors
 EC 1.9 includes oxidoreductases that act on a heme group of donors
 EC 1.10 includes oxidoreductases that act on diphenols and related substances as donors
 EC 1.11 includes oxidoreductases that act on peroxide as an acceptor (peroxidases)
EC 1.1-21

 EC 1.12 includes oxidoreductases that act on hydrogen as donors

 EC 1.13 includes oxidoreductases that act on single donors with incorporation of molecular oxygen
(oxygenases)
 EC 1.14 includes oxidoreductases that act on paired donors with incorporation of molecular oxygen
 EC 1.15 includes oxidoreductases that act on superoxide radicals as acceptors
 EC 1.16 includes oxidoreductases that oxidize metal ions
 EC 1.17 includes oxidoreductases that act on CH or CH2 groups
 EC 1.18 includes oxidoreductases that act on iron-sulfur proteins as donors
 EC 1.19 includes oxidoreductases that act on reduced flavodoxin as a donor
 EC 1.20 includes oxidoreductases that act on phosphorus or arsenic in donors
 EC 1.21 includes oxidoreductases that act on X-H and Y-H to form an X-Y bond
EC 2. : TRANSFERASE

 Mengkatalisis transfer atau pertukaran kelompok tertentu di antara beberapa

substrat
 Di dalamnya termasuk enzim yang mengkatalisis transfer gugus satu karbon,
aldehida atau residu ketonik dan gugus yang mengandung asil, glikosil, alkil,
fosfor atau belerang
 Kolin asetiltransferase, Fosforilase, Heksokinase
 ransferases are classified into subclasses according to the EC Number
classification: EC 2.1 (e.g. methyltransferase), EC 2.2 (e.g. transketolase), EC 2.3
(e.g. acyltransferase), EC 2.4 (e.g. glycosyltransferase), EC 2.5 (e.g. riboflavin
synthase), EC 2.6 (e.g. transaminase), EC 2.7 (e.g. kinases), EC 2.8 (e.g.
sulfurtransferase), EC 2.9 (e.g. selenotransferase), and EC 2.10 (e.g.
molybdenumtransferase).
EC 3 : HYDROLASE

 Mempercepat hidrolisis substrat

 Mengkatalisis hidrolisis substratnya dengan menambahkan konstituen air
melintasi ikatan yang mereka pisahkan
 Substrat meliputi ester, glikosil, eter, peptida, asam-anhidrida, C—C, halida, dan P
—N
 Lipase, Beta-galaktosidase, Arginase, Tripsin, Pepsin, plasmin,
 EC 3.1: ester bonds (esterases: nucleases, phosphodiesterases, lipase, phosphatase)
 EC 3.2: sugars (DNA glycosylases, glycoside hydrolase)
 EC 3.3: ether bonds
 EC 3.4: peptide bonds (Proteases/peptidases)
 EC 3.5: carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds
 EC 3.6 acid anhydrides (acid anhydride hydrolases, including helicases and GTPase)
 EC 3.7 carbon-carbon bonds
 EC 3.8 halide bonds
 EC 3.9: phosphorus-nitrogen bonds
 EC 3.10: sulphur-nitrogen bonds
 EC 3.11: carbon-phosphorus bonds
 EC 3.12: sulfur-sulfur bonds
 EC 3.13: carbon-sulfur bonds
EC 4: LIASE

 Mempromosikan penghapusan kelompok dari substrat untuk meninggalkan

reaksi ikatan rangkap atau mengkatalisis reaksi sebaliknya
 Di dalamnya termasuk enzim yang bekerja pada ikatan C—C, C—O, C—N, C—S
dan C—halida
 Aldolase, Fumarase, Histidase
 Lyases, in the EC 4.1 cleave carbon-carbon bonds and also include decarboxylases (EC 4.1.1), aldehyde lyases (EC
4.1.2) by facilitating the aldol condensation's reverse reaction, oxo acid lyases (EC 4.1.3), which catalyzes the cleavage
of several 3-hydroxy acids, including others (EC 4.1.99).
 EC 4.2 has a group of lyases, which break carbon-oxygen bonds like dehydratases. Hydro-lyases, being a part of
carbon-oxygen lyases, may facilitate the cleavage of C-O bonds by water elimination. Phosphate reduction or the
removal of alcohol from a polysaccharide was promoted by a few other carbon-oxygen lyases.
 Lyases cleaving the carbon-nitrogen bonds are sorted as EC 4.3. And, they could release ammonia with the powerful
cleaving ability and simultaneously produce a double ring or bond. A few of these enzymes may also help to eliminate
an amide or amine group.
 EC 4.4 shows lyases that split carbon-sulfur bonds that could either substitute or eliminate dihydrogen sulfide (H2S)
from a reaction.
 Carbon-halide bonds, by cleaving enzymes, are the lyases in EC 4.5 and which utilize an action mode, which removes
hydrochloric acid from dichloro-diphenyl-trichloroethane (DDT), a synthetic pesticide.
 EC 4.6 comprises the bonds of lyases fracturing phosphorus-oxygen, such as guanylyl cyclase and adenylyl cyclase,
and they eliminate diphosphate from the nucleotide triphosphates.
 EC 4.99 is classified as part of a category of lyases.
EC 5: ISOMERASE

 Memfasilitasi konversi isomer, isomer geometri atau isomer optik

 Rasemase alanin, isomerase Cis-trans. Retinin isomerase, Glucosephosphate
isomerase
EC 6: LIGASE

 Mengkatalisis sintesis dua substrat molekul menjadi satu senyawa molekul dengan
energi yang dilepaskan
 Mengkatalisis pengikatan dua senyawa yang memanfaatkan energi yang tersedia
karena pemutusan ikatan pirofosfat secara simultan dalam ATP atau senyawa serupa
 Kategori ini mencakup enzim yang mengkatalisis reaksi yang membentuk ikatan C—O,
C—S, C—N dan C—C
 Asetil-KoA sintetase, Glutamin sintetase, Asetil-KoA karboksilase
EC 7: TRANSLOKASE

 Mengkatalisis pergerakan ion atau molekul melintasi membran atau

pemisahannya di dalam membran
 Reaksi ditunjuk sebagai transfer dari "sisi 1" ke "sisi 2"
 Translokase adalah sistem sekresi yang paling umum pada bakteri Gram-positif
 Translokase membran luar (TOM) dapat bekerja sama dengan translokase
membran dalam (TIM) untuk mengangkut protein ke dalam mitokondria
RINGKASAN

 Oksidoreduktase  Reaksi oksidasi-reduksi

 Transferase  Mentransfer gugus fungsi
 Hidrolase  Hidrolisis
 Liase  Penghapusan atom tanpa hidrolisis
 Isomerase  Penataan ulang atom
 Ligase  Penggabungan molekul, menggunakan ATP
 Translokase  Perpindahan substrat melintasi membrane/bagian
SIFAT-SIFAT ENZIM
1. SIFAT KOLOID

 Molekul enzim berukuran raksasa. Berat molekulnya berkisar dari 12.000 hingga
lebih dari 1 juta
 Oleh karena itu, mereka sangat besar dibandingkan dengan substrat atau
kelompok fungsional tempat mereka bekerja
 Telah diamati bahwa berat molekul banyak enzim terbukti menjadi kelipatan n
kali lipat (di mana n adalah bilangan bulat) dari 17.500 yang ditemukan sebagai
unit di sebagian besar protein
 Karena ukurannya yang besar, molekul enzim memiliki tingkat difusi yang sangat
rendah dan membentuk sistem koloid dalam air
 Bersifat koloid, enzim tidak dapat didialisis meskipun beberapa mengandung
komponen yang dapat didialisis atau disosiasi dalam bentuk koenzim.
2. SIFAT KATALITIK ATAU EFEKTIVITAS

 Fitur universal dari semua reaksi enzimatik adalah tidak adanya produk samping
secara virtual
 Produk yang dihasilkan menjadi sangat murni tanpa mengalami perubahan kualitatif
atau kuantitatif. Inilah alasan mengapa enzim dalam jumlah yang sangat kecil, mampu
mengkatalisis transformasi sejumlah besar substrat
 Kekuatan katalitik suatu enzim diukur dengan aktivitas molekul, yaitu: Jumlah
molekul substrat yang diubah menjadi produk per satuan waktu, ketika enzim
sepenuhnya jenuh dengan substrat
 Aktivitas Enzim bervariasi dengan enzim yang berbeda dan tergantung pada kondisi di
mana reaksi berlangsung
 Namun, untuk sebagian besar enzim, jumlah substrat yang diubah terletak antara 1
hingga 104 per detik
3. KEKHUSUSAN AKSI ENZIM

 Dengan beberapa pengecualian, enzim bersifat spesifik dalam

aksinya
 Kekhususan mereka terletak pada kenyataan bahwa mereka
dapat bertindak
(a) pada satu jenis molekul substrat tertentu
(b) pada sekelompok senyawa yang terkait secara struktural
(c) hanya pada salah satu dari dua isomer optik suatu senyawa
(d) hanya pada salah satu dari dua isomer geometris
A. SPESIFISITAS MUTLAK

 Beberapa enzim hanya mampu bekerja pada satu substrat

 Misalnya, urease hanya bekerja pada urea untuk menghasilkan amonia dan
karbon dioksida
 Demikian pula, karbonat anhidrase menyebabkan penyatuan karbon dioksida
dengan air untuk membentuk asam karbonat
B. SPESIFISITAS KELOMPOK

 Beberapa enzim lain mampu mengkatalisis reaksi kelompok senyawa yang terkait
secara struktural.
 Misalnya, dehidrogenase laktat (LDH) mengkatalisis interkonversi piruvat dan
asam laktat dan juga sejumlah senyawa struktural terkait lainnya.
C. SPESIFISITAS OPTIK

 Aspek yang paling mencolok dari spesifisitas enzim adalah bahwa enzim akan
bereaksi hanya dengan satu dari dua isomer optik
 contoh,
 arginase hanya bekerja pada Larginine dan tidak pada D-isomernya.
 D-asam amino oksidase mengoksidasi asam D-amino hanya menjadi asam keto yang
sesuai
 Meskipun, enzim menunjukkan spesifisitas optik, beberapa enzim,
bagaimanapun, mengubah dua isomer optik suatu senyawa
 Misalnya, alanine racemase mengkatalisis interkonversi antara L- dan D-alanine
D. KEKHUSUSAN GEOMETRIS

 Beberapa enzim menunjukkan kekhususan terhadap bentuk cis dan trans.

 Contoh, fumarase mengkatalisis interkonversi asam fumarat dan malat

 Tidak bereaksi dengan asam maleat yang merupakan isomer cis dari asam
fumarat atau dengan asam D-malat.
SIFAT-SIFAT LAINNYA

 Tingkat spesifisitas enzim untuk substrat biasanya tinggi dan kadang-kadang

hampir mutlak
 Enzim proteolitik mengkatalisis hidrolisis ikatan peptida
 Banyak enzim proteolitik (pepsin, tripsin, kimotripsin) mengkatalisis reaksi yang
berbeda tetapi terkait, yaitu hidrolisis ikatan ester
 Enzim-enzim ini sangat bervariasi dalam tingkat spesifisitasnya. Misalnya,
subtilisin, enzim bakteri, tidak membedakan sifat rantai samping yang
berdekatan dengan ikatan peptida yang akan dibelah.
SIFAT-SIFAT LAINNYA

 Enzim lain pepsin lebih menyukai ikatan yang melibatkan gugus karboksil dan
amino dari asam amino dikarboksilat dan aromatik masing-masing.
 Karena ikatan yang melekat biasanya terletak di bagian dalam substrat protein,
pepsin disebut endopeptidase
 Tripsin, juga, adalah endopeptidase tetapi cukup spesifik karena memecah ikatan
peptida di mana gugus karboksilat disumbangkan oleh lisin atau arginin saja
 Kimotripsin secara istimewa memecah ikatan peptida yang gugus karboksilnya
berasal dari asam amino aromatik
PERUBAHAN SPESIFISITAS ENZIM

 Spesifisitas beberapa enzim berubah karena adanya perilaku fisiologis

 Laktosa sintetase mengkatalisis sintesis laktosa (gula yang terdiri dari galaktosa dan residu glukosa) di
kelenjar susu
 Terdiri dari subunit katalitik dan subunit pengubah
 Subunit katalitik saja tidak dapat mensintesis laktosa. Sebaliknya, ia memiliki peran yang berbeda
dalam mengkatalisis perlekatan galaktosa ke protein yang mengandung rantai karbohidrat yang
terhubung secara kovalen.
 Subunit pengubah mengubah spesifisitas subunit katalitik sehingga menghubungkan galaktosa dengan
glukosa untuk membentuk laktosa. Tingkat subunit pengubah berada di bawah kendali hormonal.
 Selama kehamilan, subunit katalitik terbentuk di kelenjar susu, dan sangat sedikit subunit pengubah
yang terbentuk
 Tetapi pada saat melahirkan ( = parturition), kadar hormonal berubah secara signifikan dan subunit
pengubah disintesis dalam jumlah besar, sehingga menghasilkan produksi laktosa dalam jumlah besar.
PERUBAHAN SPESIFISITAS ENZIM

Pergantian dalam spesifisitas enzim laktosa sintetase

 SITUS AKTIF (ACTIVE SITE)
Karena molekul substrat relatif jauh lebih kecil daripada molekul enzim, harus ada beberapa
daerah atau situs spesifik pada enzim untuk mengikat dengan substrat. Situs lampiran semacam
itu disebut sebagai 'situs aktif' atau 'situs katalitik' atau 'situs substrat'.
SIFAT-SIFAT SITUS AKTIF

1. Situs aktif menempati porsi yang relatif kecil dari molekul enzim
2. Situs aktif bukanlah titik atau garis atau bahkan bidang tetapi merupakan entitas 3 dimensi. Itu
terdiri dari kelompok-kelompok yang berasal dari berbagai bagian urutan asam amino linier.
Misalnya, lisozim memiliki 6 subsitus di situs aktif. Residu asam amino yang terdapat pada sisi
aktif adalah 35, 52, 59, 62, 63 dan 107
3. Biasanya susunan atom di situs aktif didefinisikan dengan baik, menghasilkan spesifisitas enzim
yang nyata. Meskipun juga diketahui adanya situs aktif yang mengubah konfigurasinya untuk
mengikat zat yang hanya sedikit berbeda strukturnya dari substratnya sendiri.
4. Situs aktif mengikat molekul substrat dengan gaya yang relatif lemah
5. Situs aktif dalam molekul enzim adalah alur atau celah yang sebagian besar tidak mengandung
air. Ini mengandung asam amino seperti asam aspartat, asam glutamat, lisin serin, dll. Gugus
rantai samping seperti -- COOH, --NH2, --CH2OH, dll., berfungsi sebagai gugus katalitik di situs
aktif. Selain itu, celah menciptakan lingkungan mikro di mana residu polar tertentu memperoleh
sifat khusus yang penting untuk katalisis.
MODEL GEMBOK - ANAK KUNCI FISCHER

 juga dikenal sebagai model template - diusulkan oleh Emil Fischer pada tahun
1898
 penyatuan antara substrat dan enzim terjadi di situs aktif kurang lebih dengan
cara di mana kunci cocok dengan gembok dan menghasilkan pembentukan
kompleks enzim-substrat
MODEL GEMBOK - ANAK KUNCI FISCHER

 Faktanya, penyatuan enzim-substrat tergantung pada kesesuaian timbal balik

antara struktur molekul enzim dan substrat.
 Dan karena dua molekul (substrat dan enzim) terlibat, hipotesis ini juga dikenal
sebagai konsep kecocokan antarmolekul.
 Kompleks enzim-substrat sangat tidak stabil dan segera kompleks ini terurai
untuk menghasilkan produk akhir reaksi dan untuk meregenerasi enzim bebas.
 Penyatuan enzim-substrat menghasilkan pelepasan energi. Energi inilah yang,
pada kenyataannya, meningkatkan tingkat energi molekul substrat, sehingga
menginduksi keadaan teraktivasi. Dalam keadaan teraktivasi ini, ikatan tertentu
dari molekul substrat menjadi lebih rentan terhadap pembelahan.
MODEL KECOCOKAN INDUKSI KOSHLAND

 fitur yang disayangkan dari model Fischer adalah kekakuan situs aktif
 Koshland menganggap bahwa molekul enzim tidak mempertahankan bentuk dan
struktur aslinya. Tetapi kontak substrat menginduksi beberapa perubahan
konfigurasi atau geometri pada sisi aktif molekul enzim.
 Akibatnya, molekul enzim dibuat agar sesuai dengan konfigurasi dan pusat aktif
substrat
 Pada saat yang sama, residu asam amino lainnya mungkin terkubur di bagian
dalam molekul
MODEL KECOCOKAN INDUKSI KOSHLAND

Urutan peristiwa selama perubahan konformasi:

1. Enzim pertama-tama dapat mengalami perubahan konformasi, kemudian
mengikat substrat
2. Jalur alternatif adalah bahwa substrat pertama-tama dapat diikat dan kemudian
perubahan konformasi dapat terjadi
3. Kedua proses dapat terjadi secara bersamaan dengan isomerisasi lebih lanjut ke
konfirmasi akhir
Model Koshland kini telah mendapatkan banyak dukungan eksperimental.
Perubahan konformasi selama pengikatan substrat dan katalisis telah ditunjukkan
untuk berbagai enzim seperti phosphoglucomutase, creatine kinase,
karboxypeptidase
MODEL KECOCOKAN INDUKSI KOSHLAND
SEBELUM BERPISAH,
KITA DISKUSI YUK
Sampai jumpa kuis pekan depan