Filogenetik Menggunakan Aplikasi Mega 6

Anisatul Firdaus
212520101001
Tahapan Membuat Pohon Filogenetik Menggunakan
DNA sekuens

Menggunakan sekuens DNA

yang akan digunakan dengan
mendownload melalui NCBI
dengan memilih nucleotide
Setelah didapat.
Klik send to, pilih file dan
format dalam bentuk FASTA
setelah itu create file
Buka aplikasi Mega 6
untuk meng upload file
fasta ke aplikasi Mega6.
pilih file, lalu ‘create new
alignment’,
Maka akan muncul pilihan
sekuens aligmnet, yaitu DNA
atau protein, jika sekuens
bentuk DNA maka pilih DNA.
Klik Edit insert squence
from file dan cari file fasta
yang tersimpan sebelumnya
Setelah memasukkan file
fasta, maka akan muncul
gambar seperti berikut
Selanjutnya aligment
sekuens DNA, blok
semua basa pada
tampilan lalu klik
aligment  aligment
by cluster W
Maka akan muncul tampilan
seperti berikut dan klik OK
Pada tahapan ini, save
terlebih dahulu dengan cara
pilih menu Data, lalu klik
Alligment, pilig format dan
save.
Selanjutnya ntuk membuat
pohon filogenik, masuk pada
menu dan klik phyogenetic.
Lalu pilih ‘construct/test
neigbour-joining tree dan pilih
hasil Alligment dalam file
“Mega” lalu klik open
Akan muncul Analysis
Preferences. Pada tahap ini
semua bisa dipilih sesuai
dengan yang didinginkan atau
sesuai dengan yang aplikasi
telah tentukan. Lalu klik ‘OK’.
Hasil Pohon filogenetik Gen Glutelin pada Tanaman
Kedelai, Kacang Tanah, Tembakau, Padi dan Jagung