Nama: Mimma Amalia

NIM: 190332722011

1. Apa itu PCR dan apa saja fungsinya? (Minimal 4)

Jawab:
PCR (Polymerase Chain Reaction) merupakan suatu teknik perbanyakan (amplifikasi)
potongan DNA secara in vitro pada daerah spesifik yang dibatasi oleh dua buah primer
oligonukleotida. Primer yang digunakan sebagai pembatas daerah yang diperbanyak adalah
DNA untai tunggal yang urutannya komplemen dengan DNA templatnya. Proses tersebut mirip
dengan proses replikasi DNA secara in vivo yang bersifat semi konservatif.
Fungsi PCR:
 amplifikasi urutan nukleotida.
 menentukan kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang mengalami mutasi.
 bidang kedokteran forensik.
 melacak asal-usul sesorang dengan membandingkan “finger print”.

2. Peralatan apa yang diperlukan untuk PCR dan bahan-bahan apa saja yang diperlukan serta
fungsinya masing-masing
Jawab:
Bahan-Bahan yang Diperlukan:
a) Template DNA
yaitu DNA untai ganda yang membawa urutan basa fragmen yang akan
digandakan. DNA Template di dalam proses PCR berfungsi sebagai cetakan
untuk pembentukan molekul DNA baru yang sama.
b) 10 X PCR Buffer
Larutan Buffer yaitu bahan-bahan kimia untuk mengkondisikan reaksi agar
berjalan optimum dan menstabilkan DNA polymerase. Buffer berfungsi untuk
menjamin pH medium, membantu menstabilisasi enzim polimerase DNA,
mempengaruhi kerja enzim, dan atau DNA melting temperature ( Tm).
c) 2mM dNTP Mix (Deoxynucleoside triphosphates)
 Deoxynucleoside triphosphates merupakan suatu campuran yang terdiri atas
dATP (deoksiadenosin trifosfat), dTTP (deoksitimidin trifosfat) , dCTP
(deoksisitidin trifosfat) dan dGTP (deoksiguanosin trifosfat). Deoxynucleoside
triphosphates berfungsi sebagai building block DNA yang diperlukan dalam
proses ekstensi DNA. dNTP akan menempel pada gugus –OH pada ujung 3’ dari
primer membentuk untai baru yang komplementer dengan untai DNA template,
atau sebagai ‘batu bata’ penyusun DNA yang baru.
d) Primer 1 dan Primer 2
Primer adalah rantai DNA pendek yang terdiri atas beberapa nukleotida. Primer
yang umum digunakan terdiri atas 10 atau lebih nukleotida (oligonukleotida).
Primer ini harus mampu mengenali urutan yang akan diamplifikasi. Untuk standar
amplifikasi sepasang primer akan mempunyai kisaran pasangan basa sekitar 20
basa panjangnya pada tiap primernya. Primer 1 berfungsi sebagai pemula dalam
proses sintesis DNA dalam PCR atau untuk mengawali reaksi replikasi,
sedangkan Primer 2 berfungsi sebagai pengakhir reaksi replikasi DNA pada
reaksi PCR. Primer yang dibutuhkan untuk PCR biasanya satu pasang yaitu
primer forward dan backword. Contoh primer yang digunakan
misalnya TGAGCGGACA.
e) Taq DNA Polymerase
DNA Polimerase yaitu enzim yang mengkatalisis polimerisasi nukleotida menjadi
untaian DNA. Enzim ini bersifat thermostabil dan diisolasi dari Thermus
aquaticus. Aktivitas polimerisasi DNAnya dari ujung-5’ ke ujung-3’ dan aktivitas
enzimatik ini mempunyai waktu paruh sekitar 40 menit pada 95ºC. Biasanya
untuk setiap 100μl volume reaksi ditambahkan 2.0-2.5 unit. DNA Polimerase
berfungsi sebagai katalisis untuk reaksi polimerisasi DNA. Pada proses PCR
enzim ini diperlukan untuk tahap ekstensi DNA. Enzim polimerase DNA yang
digunakan untuk proses PCR diisolasi dari bakteri termofilik atau hipertermofilik.
f) 25mM MgCl2
Merupakan Ion logam yang berfungsi sebagai kofaktor DNA polymerase, tanpa
ion ini DNA polymerase tidak dapat bekerja.
Alat-alat yang digunakan:
a. Mesin PCR fungsinya untuk mengamplifikasi DNA secara in vitro
b. Tabung eppendorf fungsinya yaitu Sebagai wadah tempat menyimpan larutan/campuran yang
akan di gunakan dalam Vortex
c. Mikropipet fungsinya yaitu ntuk memindahkan cairan dalam jumlah kecil secara akurat
d. Pipet Tip adalah pelengkap sebuah pipet yang ditempat di ujung untuk menampung cairan
yang dipindahkan. Fungsi tip sebagai asesoris pipet mikro adalah untuk menampung cairan
sementara saat dipindah. Jenis ukuran tip mikro pipet berdasar volume mulai dari 5 mikroliter.
e. Sentrifuga berfungsi untuk untuk memisahkan partikulat padat dalam cairan.

3. Ada tiga tahapan proses PCR, sebutkan dan jelaskan

Jawab:
1. Pemisahan (Denaturasi) DNA Template
Pada tahap ini molekul DNA dipanaskan sampai suhu 94C yang menyebabkan terjadinya
pemisahan untai ganda DNA menjadi untai DNA tunggal. Untai DNA tunggal inilah yang
menjadi cetakan bagi untai DNA baru yang akan dibuat.
2. Penempelan (Annealing) Primer
Enzim Taq polimerase dapat memulai pembentukan suatu untai DNA baru jika ada seuntai DNA
berukuran pendek (DNA yang mempunyai panjang sekitar 10 sampai 30 pasang basa) yang
menempel pada untai DNA target yang telah terpisah. DNA yang pendek ini disebut primer.
Agar suatu primer dapat menempel dengan tepat pada target, diperlukan suhu yang rendah
sekitar 55ºC selama 30-60 detik.
3. Pemanjangan (Ektension)
Setelah primer menempel pada untai DNA target, enzim DNA polymerase akan memanjangkan
sekaligus membentuk DNA yang baru dari gabungan antara primer, DNA cetakan dan
nukleotida.

4. Dengan cara bagaimana dapat diketahui bahwa proses PCR berhasil?

Jawab: Proses PCR dikatakan berhasil apabila dichek kembali menggunakan gel agarose dan
dihubungkan dengan weight atau beratnya. Sehingga apabila berhasil merujuk pada weght atau
garis yang sesuai dengan standartntya
5. Dalam video tersebut ada gambaran proses yang tidak benar, coba disebutkan dan dikoreksi
sebagaimana mestinya
Jawab: