OSN

BIOLOGI
Pertemuan 4
By : Kakak Ikramina
 Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah salah satu jenis
eksperimen yang sudah sangat umum dilakukan dalam ranah Denaturasi
biologi molekuler. Berdasar pada kemampuan DNA polymerase Ini adalah proses PCR yang melakukan
untuk mensintesis untai DNA baru dari  template yang tersedia, pemisahan (denaturasi) rantai DNA templat.
PCR banyak digunakan dalam analisis molekuler terutama untuk Selama proses denaturasi, DNA untai ganda
memperbanyak region (amplikon) yang diinginkan hingga akan membuka menjadi dua untai tunggal. Hal
mendeteksi adanya gen tertentu pada suatu sampel. Ada 3 tahapan ini disebabkan karena suhu denaturasi yang
tinggi menyebabkan putusnya ikatan hidrogen
proses PCR yang harus dilalui oleh sebuah sampel DNA.  di antara basa-basa yang komplemen. Pada
tahap ini, seluruh reaksi enzim tidak berjalan,
Tahap Proses PCR misalnya reaksi polimerisasi pada siklus yang
Penggunaan metode PCR diperlukan empat komponen utama, sebelumnya. Denaturasi biasanya dilakukan
yakni (1) DNA cetakan, (2) oligonukleotida primer, (3) antara suhu 90 ˚C – 95 ˚C.
deosiribonukleotida trifosfat (dNTP) yang terdiri dari dATP,
dCTP, dGTP, dTTP, dan (4) enzim polimerase yang digunakan
untuk mengkatalis reaksi sintesis rantai DNA. PCR melibatkan
banyak siklus yang masing-masing terdiri dari tiga tahap
berurutan, yaitu pemisahan (denaturasi) rantai DNA
templat, penempelan (annealing) pasangan primer pada
DNA target dan pemanjangan (extension) primer atau
reaksi polimerisasi yang dikatalisis oleh DNA polimerase.

Penempelan primer
Proses selanjutnya adalah penempelan primer. Pada
tahap penempelan primer (annealing), primer akan
menuju daerah yang spesifik yang komplemen dengan
urutan primer. Pada proses annealing ini, ikatan hidrogen
akan terbentuk antara primer dengan urutan komplemen
pada template. Proses ini biasanya dilakukan pada suhu
50 ˚C – 60 ˚C. Selanjutnya, DNA polymerase akan
berikatan sehingga ikatan hidrogen tersebut akan
menjadi sangat kuat dan tidak akan putus kembali
apabila dilakukan reaksi polimerisasi selanjutnya,
misalnya pada 72 ˚C.
Reaksi polimerisasi (extension)
Pada tahap PCR bernama extension ini terjadi proses pemanjangan
untai baru DNA dari sampel, dimulai dari posisi primer yang telah
menempel di urutan basa nukleotida DNA target akan bergerak dari
ujung 5’ menuju ujung 3’ dari untai tunggal DNA. Proses
pemanjangan atau pembacaan informasi DNA yang diinginkan sesuai
dengan panjang urutan basa nukleotida yang ditargetkan. Pada setiap
satu kilobase (1000bp) yang akan diamplifikasi memerlukan waktu 1
menit. Sedang bila kurang dari 500bp hanya 30 detik dan pada
kisaran 500 tapi kurang dari 1kb perlu waktu 45 detik, namun apabila
lebih dari 1kb akan memerlukan waktu 2 menit di setiap siklusnya. 
Adapun temperatur ekstensi berkisar antara 70-72°C.
A. Salah,
Karena pada tahap denaturasi memiliki suhu diatas 90 derajat celcius
dan enzim yang mengganti adalah enzim helicase, bukan enzim
topoisometase.
B. Benar
Pada replikasi DNA didalam Sel , yakni di single binding protein (SSB) berfungsi
untuk menjaga untai DNA tunggal tetap terpisah dan pada PCR SSB tidak
diperlukan karena perlakuan suhu tinggi pada pada PCR sudah cukup untuk
menjaga 2 untai DNA tunggal tetap terpisah.
C. Salah
Pada PCR primer yang digunakan adalah DNA
sedangkan replikasi pada DNA didalam sel primer
yang digunakan adalah RNA
D. Salah
Karena salinan DNA Overhang terjadi karena replikasi DNA dimulai dari primer bukan dari ujung DNA, seringkali primer tidak tepat
menempel di ujung DNA sehingga menyisakan ruang pada untai DNA cetakan yang tidak direplikasi . Jika kita lihat alur PCR pada soal,
yakni pada siklus kedua yaitu saat PCR menghasilkan 4 copy DNA semua DNA tersebut masih memiliki overhang, jika dilanjutkan alur PCR
ke siklus ketiga akan terbentuk 8 copy DNA, dua diantaranya tidak memiliki overhang, jadi setidaknya dibutuhkan 3 siklus PCR untuk
menghasilkan copy DNA overhang.