TRANSKRIPSI DNA

Transkripsi adalah proses pembentukan RNAbaik mRNA, tRNA, maupun rRNA dengan menggunakan cetakan DNA. Proses penyalinan inti ini, dilakukan oleh RNA polymerase. Pada sel prokariot, pembentukan beberapa jenis RNA dilakukan satu jenis enzim RNA polymerase.Sedangkan pada sel eukariot, setiap jenis RNA disintesis oleh satu jenis RNA polymerase. Komponen yang terlibat dalam transkripsi pada eukariot: 1. DNA Cetakan (DNA Template) 2. Enzim RNA Polymerase I, II, dan III 3. Faktor transkripsi umum dan khusus 4. Promoter : TATA box (TATAAAA)

Mekanisme Transkripsi Pada Eukariot Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada prokariot. Namun begitu banyaknya polipeptida yang berkaitan dengan mesin transkripsi pada eukariot menjadikan mekanisme tersebut jauh lebih kompleks daripada mekanisme pada prokariot. Secara umum mekanisme transkripsi dimulai dari inisiasi, elongasi dan terminasi.

Pembentukan kompleks pra-inisiasi transkripsi pada eukariot Transkripsi gen dilakukan oleh RNA polimerase II yang dibantu oleh beberapa faktor transkripsi umum. Penyusunan kompleks faktor transkripsi umum dan RNA polimerase II pada daerah promoter membentuk kompleks pra-inisiasi yang akan segera mengawali transkripsi jika ada nukleotida. Ikatan semacam ini membuat daerah promoter menjadi terbuka sehingga RNA polimerase II dapat membaca urutan DNA pada cetakan. Faktorfaktor transkripsi akan menempel ke daerah promoter secara beratahap sebelum akhirnya terbentuk kompleks pra-inisiasi. Penempelan faktor transkripsi tersebut terjadi dengan urutan pertama-tama faktor transkripsi menempel pada bagian kotak TATA pada promoter, kemudian diikuti oleh penempelan RNA polimerase II. Setelah terbentuk kompleks pra inisiasi tersebut, RNA polimerase II siap untuk melakukan proses transkripsi jika ada nukleotida. Faktor transkripsi berperan dalam proses pelepasan promoter yang menandai dimulainya transkripsi (pemanjangan transkip) secara aktif. Pelepasan dari promoter tersebut dikatalisis oleh aktifitas DNA helikase yang dimiliki oleh faktor transkripsi sehingga menyebabkan terbukanya DNA pada daerah promoter. Hal ini dilakukan dengan cara memuntir DNA di daerah hilir dari bagian yang berikatan dengan faktor transkripsi sehingga

terbentuk gelembung transkripsi. Pembentukan gelembung transkripsi memunkinkan RNA polimerase untuk memulai transkripsi dan bergerak dari hilir sepanjang 10-12 nukleotida.

RNA polimerase II selanjutnya melakukan proses pemanjangan transkripsi dengan penambahan nukleotida ke ujung 3 RNA yang sedang tumbuh sambil terus menyusuri heliks ganda. Setelah gelombang sintesis RNA yang maju ini, molekul RNA baru akan melepaskan diri dari cetakan DNA-nya, dan heliks ganda DNA terbentuk kembali. Pada eukariot, RNA polimerase II mentranskripsikan sekuens pada DNA yang disebut sekuens sinyal poliadenilasi, yang mengkodekan suatu sinyal poliadenilasi (AAUAAA) pada pre-mRNA. Kemudian pada suatu titik kira-kira 10-35 nukleotida yang mengarah ke hilir dari sinyal AAUAAA, protein-protein yang berasosiasi dengan transkrip RNA yang sedang tumbuh memotong bagian itu hingga terlepas dari polimerase, dan pre-mRNA pun terlepas.

Pemrosesan Pasca Transkripsi Pada prokariot proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak, artinya bahwa sebelum transkripsi selesai dilakukan translasi sudah dapat dimulai. Hal ini dapat terjadi karena pada prokariot tidak ada hambatan struktural sel karena semua komponen transkripsi dan translasi terletak pada ruangan sitoplasma yang sama. Sebaliknya pada eukariot transkripsi berlangsung di dalam nukleus sedangkan translasi berlangsung di dalam sitoplasma dengan demikian translasi baru dapat dijalankan jika proses transkripsi sudah selesai dilakukan. Jeda waktu semacam ini disebut fase pasca transkripsi. Pada fase ini terjadi beberapa proses yang unik pada eukariot antara lain (1) poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3 mRNA), (2) penambahan tudung (cap) pada ujung 5 mRNA, (3) pemotongan dan penyambungan RNA (RNA spilicing),

1. Poliadenilase Transkip mRNA pada eukariot juga mengalami pemrosesan dalam bentuk penambahan poliA(rantai AMP) pada ujung 3 sepanjang kurang lebih 200-250 nukleotida. Penambahan poliA tersebut ditambahkan pasca-transkripsi karena tidak ada bagian gen yang mengkode rangkaian A atau T semacam ini. Penambahan tersebut dilakukan dengan menggunakan aktivitas enzim poli (A) polimerase yang ada di dalam nucleus.Sebagian mRNA mengandung poliA, kecuali mRNA histon. Penambahan poli A pada ujung 3 meningkatkan stabilitas mRNA sehingga mRNA mempunyai umur yang lebih panjang dibandingkan dengan mRNA yang tidak mempunyai poliA. Selain itu juga ada bukti yang menunjukan bahwa keberadaan poliA meningkatkan efisiensi translasi mRNA semacam itu. Diketahui ada suatu protein, yaitu poly (A)-binding protein I, yang menempel pada poliA sehingga meningkatkan efisiensi translasi. Bukti lain juga menegaskan bahwa mRNA yang mempunyai poliA mempunyai kemungkinan yang lebih tinggi untuk mengikat ribosom sehingga dapat meningkatkan efisiensi translasi dibandingkan mRNA yang tidak mengalami poliadenilasi. Poliadenilasi dilakukan pada precursor mRNA bahkan sebelum terjadi terminasi transkripsi. Hal tersebut dilakukan dengan caramemotong precursor pada bagian yang nantinya akan menjadi bagian mRNA yang matang, kemudian dilanjutkan dengan menambahkan poliA pada ujung 3 yang terbuka. Bagian mRNA yang disintesis setelah selesai sisi poliadenilasi yang selanjuutnya didegradasi.

Tempat dilakukan poliadenilasi dicirikan oleh sinyal poliadenilasi pada gen mamalia. Sinyal tersebut terdiri dari rangkaian nukleotida AATAAA yang diikuti oleh sekitar 20 nukleotida yang kaya akan residu GT serta diikuti oleh motif yang kaya akan T. Transkip mRNA pada tanaman dan khamir juga mengalami poliadenilasi tetapi sinyal poliadenilasinya berbeda dari yang ada pada mamalia karena ada variasi pada sekuens AATAAA. Pada khamir, jarang sekali ada motif AATAAA yang ditemukan. 2. Penambahan tudung (cap) pada ujung 5 mRNA Sejak tahun 1974, para peneliti telah menemukan bahwa jasad eukariot mengalami metilasi (penambahan gugus metil) yang sebagian besar terakumulasi pada ujung 5 mRNA.Stuktur ini kemudian dikenal sebagai tudung mRNA (mRNA cap).Penelitian selanjutnya yang dilakukan oleh Yasuhiro Furuichi dan Kin-Ichiro Miura menunjukan bahwa tudung mRNA tersebut berupa molekul 7-metilguanosin (m7G).tudung mRNA tersebut disintesis dalam beberapa tahapan. Yang pertama, enzim RNA trifosfatase memotong gugus fosfat pada ujung pre mRNA, kemudian enzim guanili transferase memotong gugus fosfat pada ujung pre mRNA.Kemudian enzim guanili transferase menambahkan GMP (guanosin fosfat).Selanjutnya, enzim metil transferase melakukan metilasi tudung guanosin pada N7 dan gugus 2-O metil pada nukleotida ujung tudung tersebut. Proses penambahan tudung tersebut berlangsung pada tahapan awal transkripsi sebelum transkrip mencapai panjang 30 nukleotida. Tudung mRNA mempunyai empat macam fungsi, yaitu: (1) melindungi mRNA dari degradasi. (2) meningkatkan efisiensi translasi mRNA, (3) meningkatkan pengangkutan mRNA dan nucleus ke sitoplasma dan (4) meningkatkan efisiensi proses spilicing mRNA. Tudung m7G berikatan dengan mRNA melalui ikatan trifosfat. Tudung tersebut juga meningkatkan efisiensi translasi karena ribosom dapat mengakses mRNA melalui suatu protein yang menempel pada tudung. Dengan demikian, jika tidak ada tudung, maka protein yang melekat pada tudung tidak akan menempel. Hal itu akhirnya akan mengurangi kemungkinan ribosom untuk menempel dan melakukan translasi.

3. Pemotongan dan Penyambungan RNA (splicing)

Dalam pembuatan transkrip primer dari suatu gen, RNA polimerase II mentranskripsikan intron maupun ekson dari DNA, namun molekul mRNA yang memasuki sitoplasma merupakan versi yang telah diringkas. Intron dipotong dan dibuang dari molekul, sedangkan ekson digabung-gabungkan.

Campbell, Neil A. & Reece, Jane B. 2010. Biologi Edisi 8 Jilid 1. Jakarta: Erlangga. http://kamriantiramli.wordpress.com/2011/04/28/transkripsi-pada-eukariotik/ http://repository.usu.ac.id/bitstream/123456789/1099/1/pemuliaan%20tanaman-eva.pdf