METABOLISME NITROGEN

Disusun untuk memenuhi tugas MATA KULIAH FISIOLOGI TUMBUHAN yang dibina oleh: Dr. Fauziyah Harahap, M.Si dan Prof. Dr. Herbert Sipahutar, M.Si

Oleh: Amrullah M NIM. 8136173002

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI PROGRAM PASCASARJANA UNIVERSITAS NEGERI MEDAN

TA. 2013
BAB I PENDAHULUAN
Nitrogen merupakan unsur yang penting dalam kehidupan tumbuhan. Selain itu, unsur yang sama pentingnya adalah karbon, hidrogen, dan oksigen sebagai penyusun protein, asam nukleat, hormon-hormon pertumbuhan, vitamin dan lain-lain. Nitrogen di dalam tumbuhan berada dalam bentuk asam amino, protein, amida, klorofil, alkaloid, dan basa nitrogen. Daun terdiri dari 1-25 % nitrogen dari berat keringnya, tetapi persentase nitrogen lebih sedikit kehadirannya dalam organ vegetatif lainnya (Fauziyah Harahap, 2012). Meski dimasukkan ke dalam salah satu nutrisi elemen esensial, nitrogen bukan termasuk dalam mineral. Nitrogen terdapat di atmosfer bumi kurang lebih 80% sedangkan di tanah hanya mengandung sedikit nitrogen. Namun, tumbuhan tidak dapat mengambil nitrogen secara langsung dari atmosfer dan tumbuhan bergantung pada suplai nitrogen di tanah untuk pertumbuhannya. Hanya sedikit organisme yang mampu mengambil nitrogen secara tidak langsung dari atmosfer. Bentuk-bentuk nitrogen yang dimanfaatkan oleh tumbuhan ialah: (i) (ii) Molekul nitrogen yang tersedia hanya untuk beberapa organisme hidup. Nitrat (NO3) yang telah diubah ke dalam amonia sebelum masuk ke dalam metabolisme. (iii) Komponen amonium (NH4+)., dimana ion amonium di absorbsi secara langsung oleh akar tanaman bersama ion nitrat dan, (iv) Nitrogen organik yang hadir ditanah berbentuk protein yang dirombak, dan dapat diserap oleh tanaman sebagai asam amino, amonia (NH 3) atau nitrat secara langsung. Nitrogen merupakan unsur yang penting penyusun tumbuhan. Kebutuhan nitrogen oleh tumbuhan dapat diperoleh dari tanah dalam bentuk tersedia bagi tanaman. Dalam perolehannya, nitrogen mengalami siklus dan perubahan bentuk. Siklus nitrogen ini dapat kita telaah lebih lanjut dalam makalah ini. Tujuan penulusan ini ialah untuk mengetahui metabolisme nitrogen yang tercakup di dalam siklus nitrogen.

BAB II PEMBAHASAN Metabolisme merupakan salah satu aspek paling penting bagi kehidupan tanaman dan juga hewan. Metabolisme nitrogen dapat didefinisikan sebagai serangkaian dari proses biokimia yang mengambil tempat di dalam atau di luar tubuh tanaman berupa pembentukan kompleks nitrogen dari molekul-molekul sederhana dan perombakan kompleks nitrogen menjadi molekul-molekul sederhana pembentuknya (Pandey dan Sinha 1990). Berdasarkan pengertian ini metabolisme nitrogen termasuk di dalamnya anabolisme yaitu pembentukan, dan katabolisme yaitu proses perombakan. Proses anabolisme yang penting termasuk di dalamnya ialah fiksasi nitrogen, sintesis asam amino, dan sintesis protein, dan proses katabolisme termasuk di dalamnya proteolisis, perombakan asam amino, denitrifikasi, dan nitrifikasi (Pandey dan Sinha 1990). Proses metabolisme anabolisme dan katabolisme nitrogen terjadi di alam untuk mensuplai nitrogen tanaman dan nitrogen makhluk hidup lain. Nitrogen di atmosfer terjaga hampir selalu konstan yaitu 75-80%. Serangkaian reaksi metabolisme nitrogen dari atmosfer dan kembali lagi ke atmosfer dinamakan siklus nitrogen. Siklus utama nitrogen meliputi fiksasi, ammonifikasi, nitrifikasi, dan denitrifikasi. Nitrogen di alam sebagian besar berupa senyawa organik hasil pembusukan organisme (tumbuhan, hewan, dan lain-lain), sedangkan lainnya berasal dari pelarutan batuan, air hujan, (dalam bentuk nitrat dan amonia) serta dari aktivitas gunung merapi (Gambar 1) . Siklus nitogen dapat dilihat dari gambar di bawah ini:

SIKLUS UTAMA NITROGEN 1. Fiksasi Nitrogen Fiksasi nitrogen merupakan suatu proses perubahan dari nitrogen bebas menjadi garam-garam nitrogen yang tersedia untuk absorbsi oleh tanaman. Fiksasi nitrogen terbagi atas fiksasi nitrogen secara fisika, dan fiksasi nitrogen secara biologi. Fiksasi nitrogen secara biologi lebih umum terjadi di alam. a. Fiksasi nitrogen secara fisika. Fiksasi nitrogen secara fisika dapat terjadi dalam beberapa tahapan dengan melibatkan nitrogen yang terdapat di atmosfer dan oksigen di bawah pengaruh lecutan elektrik dan petir untuk memproduksi oksida nitrit.
Lecutan listrik dan petir

N2 + O2

2NO

Oksida nitrit (2NO) kemudian dioksidasi menjadi nitrogen peroksida

Oksidasi

2NO + O2

2NO2

Selama hujan nitrogen peroksida (NO2) bersama air hujan membentuk asam nitrit (HNO2) dan asam nitrat (HNO3) yang turun bersama dengan hujan. 2NO2 + air hujan HNO2 + HNO3

Di tanah, radikal alkali di tanah bereaksi dengan HNO 3 untuk meghasilkan nitrit dan nitrat larut dalam air yang dapat diabsorbsi tanaman melalui akar. Garam Ca atau K + HNO3 b. Fiksasi nitrogen secara biologi Beberapa agen biologi yang berperan dalam fiksasi nitrogen ialah bakteri simbiotik dan non simbiotik seperti bakteri, khamir, Actinomycetes, dan alga hijau biru (Pandey dan Sinha 1990). Menurut sastramihadja (1990) mikroorganisme yang mampu mengubah molekul nitrogen sehingga mampu untuk digunakan oleh tumbuhan dibagi beberapa tipe antara lain:
Di tanah

Ca-nitrat dan K-nitrat

Mikroorganisme yang hidup dalam akar tumbuhan tertentu dan

membentuk bintil akar. Misalnya akar polong-polongan (leguminosae) dengan Rhizobium sebagai simbionnya. Akar bukan polong-polongan seperti Alnus, Myrica, dan lain-lain sebagai simbionnya adalah Actinomycetes. Fiksasi nitrogen biasanya membawa keuntungan pada kedua belah pihak. Tanaman yang terinfeksi oleh bakteri pada masa benih tumbuh dengan bintil-bintil pada akarnya yang mana mempengaruhi persediaan ion besi yang berpigmen warna merah yang dinamakan hemoglobin (Hb) yang membantu mengoptimalkan kondisi fiksasi nitrogen. N2+ 6H
Mo Hb

2NH3

Semua Rhizobium adalah bakteri aerobik yang bertahan secara saprofit di dalam tanah sampai mereka menginfeksi bulu akar atau kadang sel epidermis yang rusak. Bulu akar yang biasanya tanggap terhadap invasi tersebut pertama-tama mengeriting dan mengelilingi bakteri (pengeritingan disebabkan oleh molekul tak dikenal yang dilepaskan oleh bakteri). Selanjutnya enzim dari bakteri merombak bagian dari dinding sel sehingga bakteri masuk dalam bulu-bulu akar. Bakteri membelah dengan cepat lalu masuk ke dalam korteks. Di sel korteks sebelah dalam bakteri dilepas ke sitoplasma dan menyebabkan beberapa sel tetrapoid membelah. Pembelahan menyebabkan proliferasi jaringan, membentuk bintil akar dewasa. Sel bintil akar mengandung beberapa ribu bakteroid (bakteri yang membesar dan tidak bergerak). Penambatan nitrogen di bintil akar terjadi secara langsung di dalam bakteroid. Tumbuhan inang menyediakan karbohidrat bagi bakteroid yang akan dioksidasi sehingga memperoleh energi (Salisbury dan Ross 1995). Bakteri tanah heterotrof tertentu yang hidup bebas, contohnya Bakteri berfotosintesis, contohnya Rhodospirillum rubrum. Beberapa ganggang hijau berfotosintesis, misalnya nostoc, Anabaena, Clostridium pasteuranum (aneorob) dan Azobacter (aerob) di atmosfer. Cendawan, Khamir yang diisolasi dari tanah yang memiliki jumlah nitrogen yang sangat rendah. Mikoriza merupakan cendawan yang bersimbiosis dengan akar tanaman yang mampu mengikat nitrogen bebas.

dan Oscillatoria. Ganggang tersebut memiliki kemampuan untuk mengolah nitrogen

2. Amonifikasi Amonifikasi merupakan pengubahan nitrogen organik menjadi ammonium (NH4) oleh bakteri dan cendawan tanah (Salisbury dan Ross 1995). Menurut Pandey dan Sinha (1990) amonifikasi ialah proses pembentukan amonium/ amonia dari bahan-bahan organik melalui peristiwa dekomposisi dengan bantuan mikroorganisme tanah. Organisme yang bertanggungjawab untuk melepaskan amonia adalah bakteri saprofitik seperti Bacillus mycoides, B. ramosus, B. vulgaris yang disebut sebagai bakteri amonifikasi. 3. Nitrifikasi Proses oksidasi lebih lanjut Amonium (NH4+) atau amonia (NH3) menjadi nitrit dan nitrat (salisbury dan Ross 1995). Amonia yang dihasilkan dirubah dalam bentuk nitrat oleh aktivitas nitrifikasi sehingga dinamakan nitrifikasi. Proses nitrifikasi diawali dengan pengoksidasian amonia menjadi nitrit oleh Nitrosomonas dan Nitrosoccocus.
Nitrosomonas dan Nitrosoccocus.

2 NH3 + 3 O2

2HNO2 +H2O

Nitrat kemudian dioksidasi menjadi nitrat oleh bakteri Nitrotobacter 2HNO2 + O2 Proses nitrifikasi dari amonium NH4+ + 1O2 NO2 + O2
Nitrosomonas dan Nitrosoccocus. Nitrotobacter Nitrotobacter

2HNO3 NO2+ H2O + 2H+ NO3

Dalam proses ini bakteri

juga mendapat keuntungan yakni bakteri dapat

menggunakan energi yang dilepaskan pada saat oksidasi dan digunakan untuk kemosintesis. Pada temperatur tanah 30-35oC pada tanah alkalin, tanah gembur, aktivitas bakteri ini terjadi secara maksimum. 4. Denitrifikasi Denitrifikasi merupakan suatu proses reduksi nitrat menjadi bentuk N2, NO, N2O, NO2, dan NO3- oleh bakteri anaerobik dimana molekul-molekul ini akan kembali ke atmosfer. Bakteri tersebut menggunakan NO3- sebagai penerima elektron selama

respirasi, sehingga diperoleh energi bagi kelangsungan hidupnya. Bakteri yang berperan dalam proses reduksi nitrat ini ialah Pseudomonas denitrificans, P. Stutzeri, Bacillus subtilis, Thiobacillus denitrificans, Micrococcus, Clostridium dan lain-lain. Melalui kehadiran Sulfur dan air, bakteri Thiobacillus akan mengubah nitrat menjadi sulfat dan nitrogen, terjadi pelepasan energi
Thiobacillus

6KNO3 + 5S + 2H2O

K2SO4 + 4KHSO4 +3N2 + Energi

Spesies Clostridium mengubah hydroksilamine (NH2OH) menjadi amonia dan air NH2OH + H2 HNO2 + 3H2 HNO3 + 4H2
Clostridium

NH3 + H2O NH3 + H2O NH3 + 3H2O

Clostridium

Clostridium

Di alam HNO3 diubah menjadi gugus amine ( R.NH 2). Amine akan diubah ke dalam NO2, NH2, yang akan melepaskan nitrogen bebas atau akan diubah ke dalam N2O. N2O akan diubah kembali menjadi NO2, NH2. HNO2 yang diproduksi akan diproses dan dirubah menjadi H2N2O2 melewati pembentukan HNO dan H2N2O2 dengan bantuan Bacillus dapat memproduksi N2O yang selanjutnya dirubah menjadi nitrogen bebas oleh Pseudomonas. HNO dapat diubah menjadi nitrogen bebas dibantu oleh Pseudomonas melewati pembentukan NH2OH. HNO juga dapat diubah menjadi NH3 (Gambar 2).

Gambar 2. Proses denitrifikasi 5. Asimilasi Nitrogen Bagi tumbuhan yang tidak dapat menambat N2, sumber utama nitrogennya adalah NO3- dan NH4+. Kebanyakan dari tanaman menyerap nitrogen dalam bentuk NO- sebab NH4+ segera dioksidasi menjadi NO3- oleh bakteri nitrifikasi. Tapi komunitas konifer dan rumputan menyerap sebagian nitrogen dalam bentuk NH4+ sebab nitrifikasi dihambat oleh pH tanah yang rendah atau oleh tanin dan senyawa fenol. Asimilasi nitrat merupakan perubahan nitrat menjadi amonium atau amonia. Tahapan pengubahan ini melibatkan beberapa enzima sebagai katalisatornya. Tahapan perubahannya dapat dikatakan sebagai proses reduksi nitrat, ditampilkan sebagai berikut: Nitrat Nitrit Hiponitrit Hydroksilamin Amonia

1. HNO3 + 2e- +2H+

(Nitrat)

Nitrat reduktase

HNO2 + H2O HNO + H2O NH2OH NH4 + H2O NH3 + H2O

2. HNO2 + 2e- +2H+

(Nitrit)

Nitrit reduktase

3. HNO + 2e- +2H+

(Hiponitrit)

Hiponitrit reduktase

4. NH2OH + 2e- +2H+

(Hidroksilamin)

Hidroksilamin reduktase

Hidroksilamin reduktase

(Hidroksilamin)

NH2OH + 2e- +2H

Tahap reduksi nitrat dapat dijelaskan sebagai berikut Enzima reduksi nitrat adalah suatu flavoprotein yang mengandung FAD (Flavine Adenine Dinukleotida) sebagai gugus prostetik. Dalam akar tumbuhan enzima nitrat reduktase bereaksi dengan NADH2/NADPH2, FAD dari enzima diubah menjadi FADH2. Kemudian FADH2 dioksidasi dengan memindahkan elektron ke ion molibdenum yang juga merupakan bagian penting dari enzima

nitrat reduktase, dan dari molibdenum elektron akhirnya diangkut ke nitrat. Hal ini diperlihatkan dalam bagan sebagai berikut:
Reduksi

NADH2/NADPH

FAD

2Mo+5

2H+ + NO3-

NAD/NADP

FADH2

Oksidasi

2Mo+6

NO2- + H2O

Melalui alasan inilah mengapa defisiensi Mo di tanah menyebabkan adanya akumulasi nitrogen pada tanaman. 6. Pembentukan Senyawa Organik Nitrogen Ion amonium dan amonia yang diserap oleh tumbuhan dari tanah tidak tertimbun di suatu tempat tertentu di dalam tumbuhan. Amonium sangat beracun, karena dapat menghambat pembentukan ATP di kloroplas maupun mitokondria dengan bertindak sebagai bahan pencerai, selain itu hilang ke atmosfer dalam bentuk NH3. Senyawa NH4 akan segera diubah menjadi senyawa-senyawa organik yaitu asam amino, amida, dan karbamil fosfat. Untuk sintesis asam aminonya sendiri akan mengikuti 2 cara yaitu reaksi aminasi reduksi, reaksi transaminasi, dan transdeaminasi. A. Pembentukan Asam Amino Secara umum asam amino memiliki struktur:
Rantai samping

Karbon

H + H3N
Gugus amino

R C

COO
Gugus karboksil

Alanin, arginin, asparagin, asam aspartat, sistein, asam glutamat, glutamin, glisine, histidin, isoleusin, leusin, lisin, metionin, penilalanin, prolin, serin, treonin, triptophan, tirosin, dan valin merupakan 20 asam amino yang ditemukan pada tanaman dan glisin merupakan asam amino yang paling sederhana dimana gugus akilnya hanya terdiri dari atom H saja.

 Pembentukan asam glutamat Ion amonium digunakan untuk membentuk asam glutamat dari asam ketoglutarat. Reaksinya dapat terjadi bolak balik, dan secara fisiologis penting dalam respirasi selama penguraian asam amino. Enzima yang berperan adalah asam glutamat dehidrogenase dan mengandung Zn yang berikatan erat untuk membentuk aktivitas katalisisnya. Reaksi berlangsung di mitokondria, tempat terbentuknya NADH 2 dan asam ketoglutarat.

H2O

asam ketoglutarat

asam glutamat

Sintesis asam amino pada umumnya meliputi beberapa 3 cara di antaranya yaitu reaksi aminasi reduksi dan reaksi transaminasi dan reaksi transdeaminasi: Reaksi aminasi reduksi
As.aspartat dehirogenase

Asam oksaloasetat + NH4+ + NADH2 Asam piruvat + NH4 + NADH2

Asam aspartat + NAD + H2O Alanin + NAD + H2O

Alanin dehidrogenase

Termasuk juga di dalamnya reaksi asam ketoglutarat menjadi glutamat. Asam glutamat penting artinya dalam metabolisme tumbuhan. Reaksi transaminasi Asam glutamat memindahkan gugus asam aminonya langsung ke berbagai asam keto dalam reaksi transaminasi (glutamat bertindak sebagai donor gugus amino). Contohnya, pemindahan gugus glutamat dan oksaloasetat menghasilkan asam ketoglutarat dan aspartat.

+
COOH

10

asam glutamat

asam asam aspartat ketoglutarat Pada suatu rangkaian percobaan yang telah dilakukan menunjukkan bahwa

asam oksaloasetat

asam glutamat dapat memberikan gugus aminonya untuk pembentukan 17 asam amino yang berbeda. Tipe transaminasi lainnya adalah glutamin/asparagin bertindak sebagai donor gugus amino.
Vit.B6 fosfat Glutamin + asam ketoglutarat Transaminase

asam ketoglutarat amida + asam amino asam ketoglutarat + NH3

asam ketoglutarat amida + H2O Reaksi transdeaminasi

Pemutusan atau pembebasan gugus amino dari asam amino disebut deaminasi. Satu proses deaminasi oksidatif yang dikatalisis oleh enzima asam amino dehidrogenase. Dari enzima asam amino dehidrogenase tersebut terpenting adalah glutamat dehidrogenase, yang sangat aktif tersebar luas dalam jaringan tumbuhan. Reaksi yang mula-mula terjadi adalah transaminasi kemudian diikuti deaminasi, sehingga proses ini disebut juga transdeaminasi. Asam amino asam ketoglutarat H2O Asam ketoglutarat Transaminasi asam glutamat Deaminasi NADH2 NH3
Glutamat dehidrogenase

NAD

Asam ketoglutarat yang dihasilkan dari proses deaminasi asam amino kemudian akan membentuk asam amino kembali, dipecah lebih lanjut menjadi CO2 dan H2O atau berubah menjadi karbohidrat atau asam lemak. B. Pembentukan Amida (sintesis glutamin)

11

Asam glutamat berkombinasi dengan ion amonium/amonia membentuk glutamin. Hal ini bergantung pada ATP, sehingga memerlukan ion magnesium atau mangan. Enzima yang berperan adalah glutamin sintase.

C. Sintesis Karbamil fosfat

Asam glutamat

Glutamin

Glutamin adalah bentuk cadangan nitrogen dalam tumbuhan. Organ seperti umbi kentang, bit gula, lobak, wortel mengandung banyak amida ini. Dalam daun tua glutamin sering terbentuk pada aktu protein diuraikan dan ion amonium dilepaskan. Pembentukan glutamin berfungsi untuk mencegah penimbunan ion-ion amonium ke tingkat yang lebih toksik. Amida lainnya yang terdapat dalam organ penyimpan ialah asparagin. Asparagin dibentuk dari asam oksaloasetat dan ion amonium dengan bantuan asparagin sintase.

Asam aspartat

Asparagin

12

C. Sintesis Karbamil Fosfat Sintesis karbamil fosfat dibutuhkan untuk pembentukan asam nukleat karena karbamil fosfat merupakan tahapan awal untuk pembentukan basa pirimidin. Asam nukleat sendiri mengandung pirimidin, sitosin, urasil, dan timin. Karbamil fosfat juga diperlukan untuk sintesis asam amino arginin. Reaksi pembentukannya sebagai berikut:

karbamil fosfat

BAB III KESIMPULAN

Siklus utama nitrogen meliputi beberapa proses yaitu fiksasi nitrogen, amonifikasi, nitrifikasi, denitrifikasi, asimilasi nitrogen, dan pembentukan senyawa Organik Nitrogen. Fiksasi nitrogen meliputi fiksasi nitrogen secara fisika, dan fiksasi nitrogen secara biologi. Pembentukan Senyawa Organik Nitrogen meliputi pembentukan asam amino, amida, dan karbamil fosfat. Sintesis asam amino pada umumnya mengikuti reaksi aminasi reduksi, reaksi taransaminasi, dan reaksi transdeaminasi.

DAFTAR PUSTAKA
Harahap Fauziyah. 2012. Fisiologi Tumbuhan, Suatu Pengantar. Medan: Unimed Press Pandey S N, Sinha B K. Plant Physiologi 2nd Revised Edition. Kanpur: Vikas Publishing House.

13

Salisbury F B, Ross C W. 1995. Fisiologi Tumbuhan Jilid 2. Diterjemahkan oleh Lukman D R dan Sumaryono. Bandung: Penerbit ITB. Microbial Physiology.Albert G. Moat, John W. Foster and Michael P. Spector Copyright 2002 by Wiley-Liss, Inc Snchez E et al., Nitrogen metabolism in roots and leaves of green bean plants exposed to different phosphorus doses, FYTON 78 (2009)

14