Prof. Dr. M. Nurhalim Shahib, dr.

Biochemist & Molecular Biologist

Faculty of Medicine, Padjadjaran University
1
Konsep Pemikiran :
- Semua proses biologis berlandaskan reaksi
kimia dan atau fisikokimia (kimia fisik).
- Fungsi sel dilaksanakan terutama oleh
molekul protein.
- Struktur protein menentukan aktivitas dan
fungsi biologisnya.
- Hirarki biologi molekul :
DNA RNA Protein
- Fenomena klinis pada dasarnya merupakan
dampak perifer dari ekspresi gen

2
PENGATURAN PERKEMBANGAN ORGANISME TINGKAT GEN
Kespesifikan tipe dan ukuran satu sel pengaturan ekspresi
gen
Diperlukan faktor transkripsi spesifik
3
5 3
upstream downstream
URS
t1
mRNA
DNA RNA Protein
trankripsi translasi
replikasi
Konsep Peran Ekspresi Gen dalam Perkembangan
organisme
Kespesifikan setiap tipe sel ditentukan oleh keunikan faktor transkripsi
yang saling berinteraksi dengan kombinasi yang berbeda-beda pada
daerah pengatur (regulatory sites)
Sebagian faktor transkripsi dapat bertindak sebagai represor atau
aktivator tergantung kepada daerah pengatur (a specific cis-acting
regulatory sites) yang diikat dan adanya atau tidak adanya faktor
transkripsi lain yang berperan di sekitarnya.
Struktur kromatin mempunyai peran penting dalam mengatur ekspresi
gen pada masa perkembangan. Karena faktor transkripsi tidak dapat
menempati posisi yang optimal.
Ekspresi gen dapat dimodifikasi oleh signal ekstra selular melalui
modifikasi faktor transkripsi (misalnya fosforilasi)
Distribusi protein tertentu yang tidak simetris pada saat pembelahan sel
dapat merubah pola ekspresi gen pada sel anak.
Sel di dalam suatu organ dapat berbeda dari sel di organ lainnya bukan
karena berbeda dalam kandungan gen, tetapi berbeda dalam ekspresi
gen.
Kegagalan atau kelainan ekspresi gen merupakan dasar kelainan klinis
4
(DNA Ayah)
Zygote
(DNA Ayah dan Ibu)
Multiplikasi
Jaringan Ambrional
O r g a n
Sistem
Individu
(DNA Ibu)
DNA (lama)
Replikasi
Transkripsi
DNA (baru)
R N A
Protein










(DNA Ayah)
DNA (lama)
Zygote
(DNA Ayah dan Ibu)
DNA (baru)
Multiplikasi
Jaringan Ambrional
O r g a n
Sistem
Individu
Transkripsi
Replikasi
RNA
Protein
(DNA Ibu)
8
Hipoxia
Cahaya/gelap
(light/dark)
Suhu
(heat shock proteins)
The effect of glucose
and nitrogen
deprivation)
Tekanan (osmotik & Fisik)
Gene expression
mRNAs
Jumlah ,Struk dan
fungsi protein
Respon seluler Terhadap Perubahan lingkungan
Mikro
Cell Stress : pola hidup virus dan cell eukariot berubah
Kimia
Nutrisi
Nutritional genetic
Pengembangan
iptek baru
(D/,T/,Pr/ )
Perubahan
epidemiologi
penyakit
Kebijakan
baru
Kaitan Struktur dan Fungsi ( yang Bervariasi
dari molekul ke unit seluler )
Perlu ditunjang oleh sumber energi Melalui
metabolisme
Bagaimanakah produk metabolisme dapat
kembali menunjang dan mempertahankan
struktur dan fungsi seluler
Struktur
(dari molekul ke
organisme seluler)
Homeostasis
Signaling
pathway
Energi seluler
dan perakitan
molekuler
Metabolisme
dan regulasi
Fungsi
Up stream Down stream
DNA (GEN)
5 Cap
3
Splicing
Poly A
Poly A mRNA matur
TATA
+ 1
mRNA
Kode Genetik
- 1000
N
C
Protein
Maturasi Protein
Pelipatan
(Folding)
C
N
Ikatan :
- Ionik
- Hidrogen
- Van der Waals
- Hidrofobik
Proteolisis
(Pemotongan Protein)
Disulfide
Cross-links
Modifikasi Asam Amino
(-OH, PO4
-
, COO
-
, CH3, C2H5, KH,
Isopren, Prostetik, Asam Lemak, dll)
PROSES POST TRANSLASI
MATURASI PROTEIN
FUNGSI SELULER
Gambar Maturasi
Protein
1. Replikasi DNA/Gen dan siklus sel

2. Transkripsi
- Coding region
- Non coding region
- Regulasi : - promoter
- sRNA
- faktor transkripsi
3. Post Transkripsi
- Splicing proses

4. Translasi

5. Post-Translasi
REGULATORY SEQUENCE IN EUKARYOTIC PROTEIN
CODING GENES

Bila titik awal transkripsi (start site) dapat diidentifikasi, maka
analysis daerah urutan DNA yang mengontrol inisiasi transkripsi
dapat diketahui.

TATA Box, Initiator dan CpG Islands
TATA Box, berada ~ 25 35 bp daerah hulu (upstream) dari
start site. Mutasi pada daerah ini dapat mempengaruhi
penurunan kemampuan transkripsi oleh RNA polymerase II.