Ada dua teori mengenai mekanisme kerja enzim, yaitu lock and key theory dan induced fit

theory.
1) Lock and Key Theory (Teori Gembok dan Kunci)
Teori ini dikemukakan oleh Fischer (1988). Menurutnya, enzim diumpamakan sebagai
gembok karena memiliki sebuah bagian kecil yang dapat berikatan dengan substrat yang
disebut dengan sisi aktif, sedangkan substrat sebagai kunci karena dapat berikatan secara pas
dengan sisi aktif enzim.
Substrat dapat berikatan dengan enzim jika sesuai dengan sisi aktif enzim. Sisi aktif enzim
mempunyai bentuk tertentu yang hanya sesuai untuk satu jenis substrat saja, hal itu
menyebabkan enzim bekerja secara spesifik. Substrat yang mempunyai bentuk ruang yang
sesuai dengan sisi aktif enzim akan berikatan dan membentuk kompleks transisi enzimsubstrat. Senyawa transisi ini tidak stabil sehingga pembentukan produk berlangsung dengan
sendirinya. Jika enzim mengalami denaturasi (rusak) karena panas, bentuk sisi aktif akan
berubah sehingga substrat tidak sesuai lagi. Perubahan pH juga mempunyai pengaruh yang
sama.
2) Induced Fit Theory (Teori Ketepatan Induksi)
Teori ini dikemukakan oleh Daniel Koshland. Menurutnya, sisi aktif enzim bersifat fleksibel.
Akibatnya, sisi aktif enzim dapat berubah bentuk menyesuaikan bentuk substrat. Teori ini
sesuai dengan mekanisme kerja enzim yangt sesungguhnya.
Reaksi antara substrat dengan enzim berlangsung karena adanya induksi molekul substrat
terhadap molekul enzim. Menurut teori ini, sisi aktif enzim bersifat fleksibel dalam
menyesuaikan stuktur sesuai dengan struktur substrat. Ketika substrat memasuki sisi aktif
enzim, maka enzim akan terinduksi dan kemudian mengubah bentuknya sedikit sehingga
mengakibatkan perubahan sisi aktif yang semula tidak cocok menjadi cocok (fit). Kemudian
terjadi pengikatan substrat oleh enzim yang selanjutnya substrat diubah menjadi produk.
Produk kemudian dilepaskan dan enzim kembali pada keadaan semula dan siap untuk
mengikat substrat baru.