Mikroorganisme, Bakteri dan Virus

Perkembangan Mikrobiologi
Sejarah perkembangan mikrobiologi sebelum ilmu pengetahuan dapat dibagi menjadi tiga
periode. Periode pertama, dimulai dengan terbukanya rahasia suatu dunia mikroorganisme
melalui pengamatan Leeuwenhoek pada tahun 1675.
Hal ini menimbulkan rasa ingin tahu di kalangan para ilmuwan mengenai asal mula
kehidupan. Namun baru kurang lebih pada pertengahan tahun 1860an, ketika teori generatio
spontanea dibuktikan ketidakbenarannya dan prinsip biogenesis diterima, pengetahuan
mengenai mikroorganisme tidak lagi bersifat spekulatif semata-mata.
Perkembangan Teknik dan Cara Kerja di Laboratorium Mikrobiologi
Selama periode berikutnya antara tahun 1860 dan tahun 1900, banyak dilakukan penemuan
dasar yang penting. Perkembangan teori nutfah panyakit dalam tahun1876, hal ini secara tibatiba menimbulkan minat terhadap prosedur laboratoris untuk mengisolasi dan mencirikan
mikroorganisme. Didalam periode ini ditemukan banyak mikroorganisme penyebab penyakit
serta metode-metode untuk mencegah dan mendiagnosis serta mengobati
penyakit-penyakit tersebut. Penemuan-penemuan di bidang mikrobiologi kedokteran
membawa perombakan yang besar dan cepat di dalam praktik kedokteran.
Penelaah mikroorganisme di laboratorium dilakukan untuk berbagai tujuan. Misalnya untuk
mengetahui identitas masing-masing mikroorganisme yang berbeda, atau proses biologi dasar
yang dilakukan oleh mikroorganisme. Pada umumnya metode-metode yang tersedia bagi para
mikrobiologiawan memungkinkan untuk pencirian mikroorganisme.
Aplikasi Mikrobiologi dalam Kehidupan Manusia
Mikroba memegang peranan penting dalam kehidupan manusia, karena mikroba memberikan
keuntungan sekaligus kerugian bagi manusia. Mikroba yang menguntungkan memungkinkan
manusia untuk memanfaatkan jasa dan produknya sekaligus. Sementara itu mikroba yang
merugikan dapat menyebabkan penyakit pada tanaman, hewan ternak, bahkan manusia itu
sendiri.
Untuk meminimalkan kerugian yang ditimbulkan oleh mikroba, maka manusia menerapkan
berbagai teknologi untuk mengendalikan populasi mikroba itu. Pengendalian dilakukan
secara kimiawi, fisikawi, mekanis dan sebagainya.
Protista Prokariotik
Keragaman bakteri sangat luas. Tidak seperti organisme lain yang mempunyai kisaran cirri
morfologi, fisiologi, dan metabolik yang seluas dan menyamai bakteri. Sebagai contoh,
riketsia adalah parasit intraselular, yang sepenuhnya bergantung pada sel inang untuk
melakukan beberapa proses vital ataupun untuk memperoleh produk tertentu. Sebaliknya,
bakteri genus Thiobacillus memperoleh energi dari oksidasi sulfur dan memperoleh karbon

dari karbondioksida. Mikoplasma bentuk tubuhnya sederhana, dan bentuk terkecil tidak dapat
dilihat jelas dengan mikroskop cahaya. Sebaliknya, Streptomicetes tumbuh menjadi filamen
dengan panjang lebih dari 100 m
Protista Eukariotik
Algae adalah organisme eukariotik fotosintetik aerobik, yang mengandung klorofil a, klorofil
lain, dan pigmen-pigmen fotosintetik lain. Pigmen-pigmen tersebut terletak di dalam
kloroplas. Habitat algae di mana-mana, selama tersedia cahaya matahari, kelembagaan dan
nutrien sederhana. Algae dapat uniselular atau multiselular dan dapat tertata dalam koloni
filamen, atau bentuk-bentuk multiselular lainnya. Ada yang mikroskopik dan ada pula yang
makrokospik.
Algae bereproduksi dengan cara aseksual dan seksual. Pada setiap tipe reproduksi mereka
menggunakan banyak cara. Beberapa algae mempunyai daur hidup yang rumit yang
mencakup cara-cara aseksual maupun seksual.
Protozoa mempunyai keragaman yang luas dalam ukuran dan bentuk. Beberapa spesies
bersifat polimorfik. Banyak di antara mereka dapat membentuk sista, dan sista itu penting di
dalama penularan penyakit-penyakit yang disebabkan oleh protozoa. Secara struktural
protozoa lebih rumit dan biasanya lebih besar daripada protista prokariotik.
Reproduksi pada protozoa ialah melalui proses aseksual dan seksual, tergantung kepada
spesies dan kondisi lingkungannya. Beberapa protozoa mempunyai daur hidup yang sangat
rumit.
Protozoa memperoleh makanannya melalui banyak cara. Beberapa adalah fotosintetik, yang
lain menyerap nutrient terlarut dan yang lain lagi menelan partikel-partikel makanan padat.
Berdasarkan cara pengerakannya terdapat empat kelompok utama protozoa. Kelompokkelompok ini adalah amoeba, siliata, flagelata, dan sporozoa. Protozoa yang penting secara
medis dijumpai di dalam ke empat kelompok tersebut.
Klasifikasi fungi didasarkan pada ciri-ciri morfologis, terutama struktur-struktur yang
berkaitan dengan reproduksi, yaitu spora aseksual dan seksual serta tubuh buahnya. Namun
demikian identifikasi khamir uniselular, seperti halnya bakteri, membutuhkan evaluasi
terhadap banyak ciri fisiologis dan reaksi-reaksi biokimia terutama pada gula.
Ada empat kelas fungi : Phycomycetes, Ascomycetes, Basidiomycetes, dan Deuteromycetes.
Kebanyakan fungi yang merupakan patogen bagi manusia dijumpai dalam kelas
Deuteromycetes. Meskipun bukan merupakan kelompok taksonomi tunggal, kapang lendir
(Mycomycetes) merupakan sekumpulan mikroorganisme renik yang mempunyai ciri-ciri
serta daur hidup morfogenetik (berubah bentuk) seperti amoeba.
Isolasi Mikroba
Kulturisasi bakteri untuk keperluan yang bermanfaat, pada umumnya dilakukan dengan
biakan murni. Biakan murni hanya mengandung satu jenis. Untuk mengisolasi bakteri dalam
biakan murni, umumnya digunakan dua prosedur yaitu: metode agar cawan dengan goresan
dan metode agar tuang.

Biakan adalah medium yang mengandung organisme hidup. Medium itu menye-diakan zat
makanan untuk pertumbuhan bakteri. Berbagai resep ramuan untuk membuat media telah
dibuat untuk memungkinkan tumbuhnya jenis-jenis tertentu. Medium pilihan dan diferensial
bermaafaat untuk memisahkan beberapa jenis.
Identifikasi jenis menggunakan semua sifat yang berkaitan dengan jenis. Hal ini mencakup
morfologi, daya gerak, sifat biokimianya, kebutuhan akan oksigen, reaksi pewarnaan Gram,
dan beberapa diantaranya sifat kekebalan.
Dalam pemeliharaan kultur terdapat beberapa persyaratan yang harus dipenuhi sehingga tidak
hanya mempertahankan sel agar tetap hidup, tetapi dapat juga memperta-hankan sifat-sifat
genotip dan fenotipnya.
Terdapat 3 metode dalam pemeliharaan kultur, antara lain penyimpanan kultur dengan cara
pengeringan; metabolisme terbatas; dan penyimpanan kultur dengan cara liofilisasi. Metode
yang sering digunakan adalah pengeringan beku.
Pertumbuhan dan Multiplikasi
Pertumbuhan didefinisikan sebagai pertambahan kuantitas konstituen seluler dan struktur
organisme yang dapat dinyatakan dengan ukuran, diikuti pertambahan jumlah, pertambahan
ukuran sel, pertambahan berat atau massa dan parameter lain. Sebagai hasil pertambahan
ukuran dan pembelahan sel atau pertambahan jumlah sel maka terjadi pertumbuhan populasi
mikroba.
Pertumbuhan mikroba dalam suatu medium mengalami fase-fase yang berbeda, yang
berturut-turut disebut dengan fase lag, fase eksponensial, fase stasioner dan fase kematian.
Pada fase kematian eksponensial tidak diamati pada kondisi umum pertumbuhan kultur
bakteri, kecuali bila kematian dipercepat dengan penambahan zat kimia toksik, panas atau
radiasi.
Metode pengukuran pertumbuhan yang sering digunakan adalah dengan menentukan jumlah
sel yang hidup dengan jalan menghitung koloni pada pelat agar dan menentukan jumlah total
sel/jumlah massa sel. Selain itu dapat dilakukan dengan cara metode langsung dan metode
tidak langsung. Dalam menentukan jumlah sel yang hidup dapat dilakukan penghitungan
langsung sel secara mikroskopik, melalui 3 jenis metode yaitu metode: pelat sebar, pelat
tuang dan most-probable number (MPN). Sedang untuk menentukan jumlah total sel dapat
menggunakan alat yang khusus yaitu bejana Petrof-Hausser atau hemositometer. Penentuan
jumlah total sel juga dapat dilakukan dengan metode turbidimetri yang menentukan: Volume
sel mampat, berat sel, besarnya sel atau koloni, dan satu atau lebih produk metabolit.
Penentuan kuantitatif metabolit ini dapat dilakukan dengan metode Kjeldahl.
Virus Bakterial
Bakteriofage (fage) adalah virus yang menginfeksi bakteri dan hanya dapat bereproduksi di
dalam sel bakteri. Kemudahan relatif dalam penanganannya dan kesederhanaan infeksi fage
bakteri membuatnya menjadi suatu sistem model bagi penelaahan patogenesitas virus
maupun banyak masalah dasar di dalam biologi, termasuk biologi seluler dan molekular serta
imunologi.

Fage pada hakekatnya terdiri dari sebuah inti asam nukleat yang terkemas di dalam selubung
protein pelindung. Reproduksi virus bakterial yang virulen mencakup urutan umum sebagai
berikut: adsorbsi partikel fage, penetrasi asam nukleat, replikasi asam nukleat virus, perakitan
partikel-partikel fage baru, dan pembebasan partikel-partikel fage ini di dalam suatu ledakan
bersamaan dengan terjadinya lisis sel inang. Fage-fage virulen telah digunakan untuk
mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri patogenik.
Virus Hewan dan Tumbuhan
Virus hewan dan virus tumbuhan adalah parasit intraseluler obligat yang sangat kecil. Setiap
virion mempunyai sebuah inti pusat asam nukleat dikelilingi oleh kapsid. Secara morfologis,
virus hewan dan virus tumbuhan dapat ikosashedral, helikal, bersampul atau kompleks.
Proses replikasi virus dimulai dengan melekatnya virion pada sel inang. Peristiwa ini disusul
dengan penetrasi dan pelepasan selubung, biosintesis komponen-komponen virus dan
perakitan serta pematangan virion. Proses ini diakhiri dengan pembebasan virus dari sel
inang.
Dasar-dasar Klasifikasi
Penelaahan mengenai organisme untuk menetapkan suatu sistem klasifikasi yang
mencerminkan dengan sebaik-baiknya semua persamaan dan perbedaannya dinamakan
taksonomi. Kegiatan di dalam penyusunan taksonomi mikroorganisme adalah
pengklasifikasian, penamaan dan pengidentifikasi yang kesemuanya disebut dengan
sistematika mikroba.
Sistem klasifikasi biologi didasarkan pada hierarki taksonomi atau penamaan kelompok atau
kategori yang menempatkan spesies pada satu ujung dunia dan di ujung dunia lainnya, dalam
urutan: spesies genus famili ordo kelas filum atau divisi dunia. Mikroorganisme,
sebagaimana bentuk-bentuk kehidupan yang lain, diberi nama menurut nomenklatur sistem
biner.
Klasifikasi bakteri menurut Bergeys Manual of Determinative Bacteriology pada umumnya
diterima secara internasional. Manual ini direvisi secara berkala untuk memanfaatkan
pengetahuan baru melalui penelitian dengan mikroorganisme dan melalui teknik-teknik baru
untuk menganilisis data yang diperoleh. Bergeys Manual edisi kedelapan yang sekarang ini,
membagi semua bakteri menjadi 19 bagian (kelompok), dan masing-masing dicirikan oleh
sifat-sifat morfologi atau metabolik yang nyata. Tekanan diberikan pada pengelompokan
bakteri yang memiliki ciri-ciri umum dan mudah dikenali. Tidak ada usaha untuk mengatur
penempatan mikroorganisme yang mencerminkan skema suatu perkembangan evolusi,
sebagaimana dilakukan pada edisi-edisi sebelumnya. Alasannya ialah karena dalam banyak
hal pengetahuan kita mengenai mikroorganisme belum lengkap.
Bakteri, sebagaimana tampak melalui uraian singkat mengenai 19 kelompok, memperlihatkan
keragaman yang luas. Tidak ada organisme lain yang mempunyai kisaran ciri morfologi,
fisiologi, dan metabolik yang seluas dan menyamai bakteri.

Enzim dan Metabolisme Bakteri

Klasifikasi enzim berlaku hanya untuk enzim-enzim tunggal, penamaan berdasarkan reaksi
yang dikerjakan oleh enzim tersebut dan ditambah akhiran ase.
Menurut Comission on Enzymes of the International Union of Biochemistry terdapat enam
kelas utama Enzim yaitu:
Reaksi transfer elektron (atau pemindahan
atom hidrogen)
Transfer gugusan fungsional (mencakup
>
fosfat, amino,metil, dsb)
Reaksi hidrolisis (penambahan molekul air
>
untuk memecahkan ikatan kimiawi)
Penambahan ikatan ganda pada molekul dan
>
pengusiran non hidrolitik gugusan kimia
> Reaksi Isomerasi
Pembentukan ikatan disertai pemecahan atau
>
penambahan ATP

1. Oksidoreduktase >
2. Transferase
3. Hidrolase
4. Liase
5. Isomerase
6. Ligase

Keadaan yang mempengaruhi aktivitas enzim adalah:

1.

Konsentrasi enzim.

2.

Konsentrasi substrat.

3.

pH dan

4.

Suhu

Setiap enzim berfungsi optimal pada pH dan temperatur tertentu. Suhu yang sangat rendah
dapat menghentikan aktivitas enzim tetapi tidak menghancurkannya. Aktivitas enzim diatur
melalui 2 cara yaitu
1.

Pengendalian katalisis secara langsung dan

2.

Pengendalian genetik.

Metabolisme pada bakteri pada dasarnya seperti yang terjadi pada sel-sel organisme lain
secara umum. Reaksi metabolisme terdiri atas dua proses yang berlawanan. Metabolisme
pertama adalah sintesis protoplasma dan penggunaan energi disebut anabolisme.
Metabolisme kedua yaitu suatu proses oksidasi substrat yang diikuti perolehan energi disebut
katabolisme.