B.

Struktur Dasar Energi Cahaya dan Transfer Elektron dalam Biologi

Semua kehidupan di bumi ini bergantung pada cahaya matahari yang mana energinya
akan ditangkap oleh suatu molekul yang ada pada tumbuhan atau organisme lain yang
mampu melakukan fotosisntesis. Fotosisntesis akan menggunakan energi cahaya matahari
untuk mensintesis senyawa organik yang digunakan sebagai bahan pembangun dan sebagai
penyimpan energi (energy storage). Suhu antara matahari dan bumi sangatlah besar, sehingga
Botlzman menyatakan bahwa Energi cahaya matahari yang digunakan pada proses
fotosintesis, sebelum mencapai suhu bumi diasumsikan sebagai Improbable transition forms.
Pada jurnal ini, penulis, Robert Huber lebih memfokuskan pada pernyataan Boltzman
mengenai Improbable transition form yang sekarang dikenal dengan keadaan eksitasi
elektronik dan transfer muatan dalam terminologi modern, struktur material biologi yang
terlibat, peran kofaktor (pigmen dan ion logam) dan protein. Selain itu, jurnal ini membahas
sedikit mengenai beberapa aspek seperti struktur dan mekanisme transfer elektron pada pusat
reaksi fotosintetik bakteri ungu R.viridis, light-harvesting Phycobilisome dan blue oxidase.
Oleh karena itu, sinopsis ini akan membahas sedikit mengenai teori transfer elektron dan
energi serta kaitannya dengan proses fotosintesis, interaksi protein-kofaktor pada pusat reaksi
R.viridis, Phycobilisomes dan blue oxidase. [1]
1. Transfer Energi dan Elektron
Ketika suatu molekul (kromofor) menangkap atau menyerap suatu foton maka elektron
dari molekul tersebut akan mengalami eksitasi. Dalam keadaan terksitasi transfer energi dan
transfer elektron dapat terjadi. [2]
1.1 Transfer Energi
Mekanisme proses transfer energi dikenal dengan Fluorosence atau Foster Resonance
Energy Transfer (FRET). FRET ini merupakan suatu teknik yang mengukur jarak antara dua
kromofor yang berdekatan, disebut juga pasangan donor-akseptor. FRET adalah suatu
fenomena yang mana kromofor teraksitasi (donor) mentransferkan energinya kepada
kromofor yang ada didekatnya (akseptor) melalui proses non-radiatif. Pada umumnya, FRET
dapat terjadi jika terjadi overlap spektra antara emisi donor dan absorpsi akseptor. [3]
a

Gambar 1. (a) Overlap spektra [3]; (b) Tranfer energi melalui FRET [4]

Mekanisme transfer non-radiatif dapat dilihat pada gambar 1. yaitu donor yang
terkesitasi oleh foton mengalami relaksasi menuju keadaan eksitasi paling rendah (S 1). Jika
akspetor dekat, energi yang dilepaskan ketika elektron kembali pada keadaan dasar dapat
menstimulasi eksitasi dari akspetor. Proses non-radiatif ini dinamakan sebagai resonance.

Eksitasi akspetor akan mengemisikan foton dan kembali ke keadaan dasar apabila tidak
terdapat quenching.[3]

Gambar 2. Mekanisme FRET [3]

Mekanisme resonansi berkaitan dengan interaksi coloumbic antara elektron. Karena

jarak relatif dari interaksi coloumbic antara pasangan donor dan akseptor dapat terjadi pada
jarak yang jauh, interaksi coloumbic hanya memerlukan overlap spektrum yang
menunjukan identitas dari energi resonansi.
1.2 Transfer Elektron
Transfer elektron disebut Photoinduced Electron Transfer (PET) yaitu molekul donor
yang terksitasi mentransferkan elektronnya kepada akspetor sehingga terjadi pemisahan
muatan. Elektron dapat ditransfer karena adanya kawat yang menghubungkan antara donor
dan akseptor. Kawat tersbut dikenal sebagai jembatan (Bridge). Transfer elektron yang
melibatkan bridge tersebut dikenal dengan sistem D-B-A. Pemodelan transfer elektron dari
donor menuju akseptor melalui bridge dapat dilihat pada gambar 5.[1]

Berdasarkan sistem D-B-A terdapat dua mekanisme yang terjadi pada saat transfer
elektron :
Gambar[2]3 Pemodelan transfer elektron dari donor menuju akspetor melalui bridge ligand [1]

1) Superexchange, jika lumo B lebih tinggi energinya dari pada orbital D, transfer
elektron terjadi pada satu tahap dari D ke A. Peran dari B akan terbatas. Bridge disni
berperan sebagai pembuka jalur untuk coupling elektronik antara donor dan akseptor
sehingga transfer elektron mudah terjadi. Elektron tidak menempati orbital dari
bridge
2) Charge hoping, jika lumo B secara energitika dapat dijangkau oleh orbital donor,
elektron dipromosikan dan B bertindak sebagai intermediet pada transfer elektron
menuju akspetor. Elektron menempati bridge untuk sementara sebelum ditransferkan
kepada akspetor (trapping electron).

Gambar
4 Skema
Diagram
pada Charge hopping dan Superexchange [5]
1.3 Faktor
Penentu
Transfer
EnergiEnergi
dan Elektron

Faktor penentu transfer energi dan elektron dapat dilihat pada tabel 1 dan tabel 2.[1]
Tabel 1. Faktor yang menentukan Energi dan Elektron Transfer
Faktor
Transfer Energi Eksitasi
D* + A D +A*

Jarak dan orientasi (coupling pada keadaan eksitasi);

overlap spektra dari emisi D dan absorpsi A

Transfer Elektron

Keadaan eksitasi
+
D* + A D + A

Keadaan dasar (ground state)

+
D +A D+A

Jarak dan orientasi (electronic coupling, orbital

overlap); G (driving force)

Tabel 2. Proses Kompetisi

Proses Kompetisi
Transfer Energi Eksitasi
D* + A D +A*

Relaksasi non-radiatif dari D* dengan

fotoisomerisasi dan perubahan konformasi lainnya;
intersystem crossing; radiasi flourosence D*; reaksi
kimia D*, A*, D+, A- dengan matriks.

Transfer Elektron

Keadaan eksitasi
+
D* + A D + A

Keadaan dasar (ground state)

+
D +A D+A

Transfer energi; reaksi balik menuju keadaan dasar

D, A
__

2. Transfer Energi dan Elektron pada Fotosintesis

Fotosintesis terjadi didalam suatu organel yag dinamakan kloropas atau klorosom
(bakteri). Pada membran dalam kloroplas terdapat sekumpulan kompartemen yang disebut
stroma. Didalam stroma terdapat membran yang disebut tilakoid. Pada membran tilakoid,
terdapat molekul pigmen klorofil yang terorganisasi dengan molekul lain menjadi fotosistem.
Fotosistem memiliki banyak molekul pigmen. Kumpulan pigemen ini berperan sebagai
penangkap cahaya matahari. Pada saat pigmen menyerap foton dan tereksitasi, beberapa hal
dapat terjadi (1) direct decay; (2) FRET; (3) Pemisahan muatan. Lebih jelasnya dapat dilihat
pada gambar 5. [5]

Gambar 5. Berbagai kemungkinan saat pigmen menyerap foton [5]

Secara umum, reaksi fotosintesis melibatkan transfer energi dan elektron seperti yang
telah dijelaskan sebelumnya. Pada saat foton diserap oleh pigmen klorofil dan terjadi eksitasi
elektron kemudian energi eksitasi tersebut ditransfer kepada pigemen tetangganya sampai
mencapai pusat reaksi (reaction centre). Pusat reaksi ini terdiri dari klorofil a ataupun b yang
berdekatan dengan molekul lain disebut primary electron transfer. Primary electron transfer
ini menangkap electron dari klorofil a atau b pada pusat reaksi yang selanjutnya terjadi
transfer elektron menuju molekul lain dalam fotosistem. [5]

Gambar 6. Transfer energi dan elektron pada fotosisntesis [6]

3. Peran Kofaktor
Secara alami, asam amino transparent terhadap sinar tamapak dan tidak cocok
dijadikan sebagai pembawa elektron tunggal kecuali Tyr. Radikal Tyr berperan dalam PSII
untuk memisahkan air pada kompleks manganase-protein menjadi P680 +. Radikal Tyr tidak
dihasilkan dalam sistem bakteri, karena potensial redoks P960 + yang tidak mencukupi
sehingga dibutuhkan kofaktor untuk membantu penangkapan cahaya dan aktivitas redoks.
Kofaktor merupakan suatu senyawa kimia bukan protein baik organik (coenzim) ataupun
anorganik (ion logam) yang dibutuhkan untuk membantu protein dalam aktivitas biologi.
Kofaktor yang membantu reaksi fotosintesis ini yaitu pigmen dan ion logam. Kofaktor
(pigmen dan ion logam) berperan sebagai [1] :

Penerima energi cahaya (foton)

Redox-active elements pada material biologi

Jalur transpor elektron untuk donor dan akseptor elektron : membantu dalam hal jarak
dan orientasi ketika berinteraksi dengan protein sehingga mempermudah dan
mempercepat transfer elektron
Gambar 7 merupakan galeri dari pigmen dan ion logam yang terikat pada protein.

Gambar 7. (a) Kofaktor pada Phycocyanin; (b) Bilin-binding protein; (c) Askorbat oksidase; dan (d) pusat re

4. Peran Protein
Secara umum peran protein disini melibatkan interaksi protein-kofaktor. Peran protein
tersebut adalah[1]:
Mempengaruhi konfigurasi dan konformasi kofaktor secara alami serta geometri
dari ligan (protein sebagai ligan polidentat)
Menentukan susunan spasial dari arrays kofaktor (protein sebagai scaffold)
Protein sebagai medium
Memediasi interaksi dengan komponen lain dalam sistem biologi supramolekuler
4.1 Protein sebagai Ligan Polidentat
Protein sebagai polidentat dapat mempengaruhi konfigurasi dan konformasi dari
kofaktor sehingga mengubah jarak dan arah orientasi antar kofaktor (pigmen maupun ion
logam). Isolat Bili pigment dalam larutan dan kristal berada dalam konfigurasi ZZZ dan
konformasi syn, syn, syn. Hal tersebut menunjukan penyerapan daerah visible yang lemah
dan menghasilkan quantum yield fluorosence yang rendah. Namun pada saat terikat sebagai
kofaktor terhadap protein pada sistem light harvesting phycocyanin, penyerapan pada daerah
visible kuat dan quantum yield fluorosence yang dihasilkan tinggi menyebabkan terjadinya
pergeseran auxchromic (gambar 8). [1]

Gambar 8. Optical Spektra Tetrapirol pada BBP dan PC [1]

Pergeseran auxchromic (pergeseran merah) terjadi karena kromofor yang memiliki

konformasi ZZZ dan konfigurasi anti, syn, anti distabilkan oleh interaksi polar yang kuat
dengan residu-resiu asam amino yang terdapat dalam protein. Residu aspartat (A87) terikat
pada pusat pyrol nitrogen dan semua sisi pengikatan pigmen pada daerah conserved. Hal
tersebut mempengaruhi protonasi, muatan dan sifat spektral pada sistem tetrapirol terganggu
sehingga menyebabkan perubahan konformasi dan konfigurasi pada tetraprol (gambar 9).

Gambar 9. Interaksi residu Asp 87 dengan cincin tetrapirol [1]

Interaksi protein-kofaktor dapat dilihat juga pada pusat reaksi. Protein yang berikatan
dengan dengan sepasang BChl-b menyebabkan interaksi yang kuat dantara cincin pirol I pada
sepasang BChl-b tersebut. Hal tersebut menyebabkan coupling sehingga terjadi pergeseran
spektral absorpsi pada pajang gelombang yang lebih besar (gambar 10). [1]

Gambar 10. Interaksi protein-BChl-b menyebabkan pergeseran spektral absorpsi. (----)

BChl-b pada RC R.viridis () BChl-b pada larutan eter.[1]

Perubahan spektral absorpsi sangat terlihat pada interaksi antara residu-residu asam
amino dengan kofaktor tipe-1 Cu pada askorbat oksidase. Interaksi tersebut menyebabkan
terjadinya distorsi tetrahedral akibat koordinasi yang dibentuk oleh residu His-Cys-His-Met
pada type-1 Cu (AO) dan transisi transfer muatan dari ligan Cys 508 (Gambar 11). [1]

Gambar 11. Koordinasi distorsi tetrahedral His-Cys-His-Met tipe-1 Cu (AO) dan perubahan Spektral absorp

4.2 Protein Sebagai Scaffold

Protein sebagai scaffold menunjukan protein yang secara simultan mengikat dua atau
lebih protein dan mengorganisasi pengikatannya menjadi suatu unit yang fungsional untuk
meningkatkan ketepatan dan efesiensi dari signaling.
4.2.1 Light Harvesting Phycobilisomes (PBS)
Jumlah pigmen yang terbatas pada pusat reaksi menyebabkan penyerapan energi
cahaya dalam jumlah yang kecil atau intensitas yang rendah. Oleh karena itu diperlukan
asosiasi antara pusat reaksi dengan kompleks light harvesting (LHC) dalam membran
fotosintetik yang membentuk organel menyerupai antena. PBS adalah kompleks kompleks
supramolekular pikibiliprotein yang merupakan LH antena utama pada fotosintesis oksigenik
cyanobacteria (alga biru-hijau) dan alga merah. PBS terdiri dari linker polipetida dan bili
protein. APC, CPC,PE,PEC adalah kelas-kelas pikobiliprotein pada sistem PBS yang dapat
menyerap cahaya dengan energi dan panjang gelombang yang berbeda-beda. Karena itu PBS
dapat menyerap energi cahaya dengan panjang gelombang yang lebih rendah dari PS I dan PS
II. [1] Model hemidiscodial PBS dapat terlihat pada gambar 12.

Transfer energi dan elektron pada cyanobakteria melalui sistem PBS mendapat dilihat
Gambar 12. Model Hemidiscodial PBS [7]
pada gambar 13. energi eksitasi ditransfer dari PE/PEC kemudian CPC , APC yang
selanjutnya menuju pusat reaksi. Pada pusat reaksi terjadi pemisahan muatan dan elektron
ditransfer kepada aseptor elektron.[8]

Gambar 13. Struktur organisasi sistem Antena PSII untuk Alga Merah dan Cynobacteria serta
transfer elektron diikuti pemisahan muatan pada pusat reaksi PS II untuk Cyanobacteria [8]

Phycocyanin merupakan kompleks pigmen-protein (bilin-protein) yang terdapat pada

sistem LH PBS. PC terdiri dari subunit dan dengan jumlah asam amino 162 dan 272.
Pada PC terdapat 3 pigmen phycoyanobilin (kromofor) yang dihubungkan melalui ikatan
tioeter terhadap residu sistein pada posisi 84 baik pada kedua sub unit (A84 dan B84) serta
pada sub unit (B155). Kedua subunit memiliki struktur yang mirip dan terlipat menjadi 8
-heliks (X, Y, A, B, E, F, G dan H). A84 dan B84 terikat dengan heliks E sedangkan B 155
dengan loop heiks G-H. Struktur phycocyanin dapat dilihat pada gambar 16.[1]

ab

bb

Gambar 14. Subunit (1) dan (2) PC pada Mastigocladus laminosus [1]

Sifat spektra, kekuatan penyerapan dan quantum yield fluoroscence biliprotein

bergantung pada keadaan agregasinya. Saat membentuk trimer ()3 dan heksamer ()6
quantum yield fluorosen dan penyerapan meningkat sehingga terjadi pergeseran merah.
Pembentukan agregat menyebabkan perubahan pada lingkungan dari kromofor. Pada
pembentukan trimer, lingkungan kromofor A84 berubah akibat berdektan dengan B84. Pada
heksamer A84 dan B155 berinteraksi dengan kuat (menghubungan antar trimer). Selain itu,
struktur molekular menjadi kaku/kompak dengan meningkatnya ukuran agregat.
Kekakuan/kekompakan mencegah relaksasi dengan cara isomerasi sehingga meningkatkan
quantum yield fluorosen. [1]
4.2.2
Penyusunan Kromofor dan Transfer Elektron pada Pusat Reaksi R.
viridis
Kromofor (pigmen) tersusun pada cabang L dan M dengan axis simetri lipat 2 yang
mempertemukan BCp pada tiap cabang.

Mekanisme transfer elektron pada pusat reaksi R.viridis dimulai dengan transfer
elektron dari BCp yang tereksitasi ke pada BPL dengan kecepatan 3 ps yang selanjutnya
elektron akan ditransfer menuju QA (primary akseptor) dengan kecepatan 200 ps dengan
potensial redoks untuk P*/P+ (-760 mV, oksidasi), QA/QA- (-110mV, reduksi) dan BPL/BPL- (400mV). Elektron dari QA akan ditransferkan menuju QB (secondary akspetor) yang
selanjutnya dicoupling bersama proton sehingga menjadi quinon dalam keadaan tereduksi
QH2. Seperti yang sudah dijelaskan sebelumnya, terdapat faktor-faktor yang mempengaruhi
kecepatan transfer elektron salah satunya adalah overlap orbital antara donor dan akspetor
elektron. Interaksi antar orbital sangat dipengaruhi jarak. Semakin dekat jarak orbital donor
dan akseptor semain mudah dan cepat elektron ditransfer. Pada pusat reaksi R.viridis jarak
antara BCp dan QA sangat jauh sehingga sulit untuk transfer elektron secara cepat. Oleh
karena itu membutuhkan suatu intermediet yaitu BP L yang bertindak sebagai bridge. Jarak
BCp dan BPL lebih dekat dibandingkan dengan QA. Transfer elektron dari BCP ke BPL terjadi
melalui transfer elektron hopping charge dan dibantu oleh BCLA melalui superexchange.
Elektron selanjutnya ditransfer dari BPL menuju QA. Jarak BPL ke QA cukup jauh untuk
melakukan transfer elektron dengan cepat. Namun jarak tersebut dijembatani oleh rantai
samping aromatis pada residu Trp M250 pada cabang Lyang memungkinkan terjadinya
coupling antar orbital yang berdekatan.
b

Gambar 15. (a) Skema struktur pusat reaksi (subunit dan penyusunan kofaktor), waktu t transfer elektr

Transfer elektron antara primary (QA) dan secondary (QB) akseptor berbeda dari
proses transfer elektron sebelumnya, karena terjadi lebih lambat dengan jarak 15 . Potensial
redoks QA dan QB berbeda 100 mV. QA menerima satu elektron sedangkan QB menerima dua
elektron. QB berdekatan dengan residu Glu L 212 yang dapat membuka jalur kepada subunit
H dan membawa 2H+ sehingga QB menjadi QH2. QA dan QB dihubungkan oleh Fe yang
berkoordinasi dengan ligan yaitu empat residu histidin (M217, M264, L190 dan L230) dan
residu glutamat (M232). Adanya korrdinasi tersebut mengubah arah orientasi sehingga
mempermudah transfer elektron dari QA menuju QB. Transfer elektron siklik pada R.viridis
diakhiri dengan reduksi kembali BCP* dari sitokrom yang menjembatani cincin pirol I pada
heme 3 dan cincin pirol II pada BCLP. Keceptan transfer elektron adalah 270 ns lebih lambat

dari proses awal. Residu Tyr L162 akan membantu transfer elektron dengan memediasi
coupling antara donor dan akseptor elektron. [1]
a

Gambar 16. (a) Stereo drawing penyusunan BPL, Trp M250dan QA cabang L pada sistem pigmen pusat re

Gambar 17. Koordinasi Fe dengan 4 residu His dan 1 residu Glu [9]

4.2.3
Blue Oxidase
Interaksi protein-kofaktor dapat juga dilihat pada enzim blue oksidase. Interaksi
portein-kofaktor ini dapat mengubah arah orientasi serta jarak antar kromofor ataupun
molekul sehingga mempermudah atau mempercepat transfer elektron dari donor ke
akspetor. Oksidase adalah enzim yang mengkatalisis reduksi dioksigen menjadi molekul
H2O. Berdasarkan sifat spektroskopinya BO terdiri dari 3 jenis yaitu, (1) tipe-1 Cu (2) tipe-2
Cu dana (3) tipe-3 Cu. BO memiliki 4 ion Cu yaitu pada
b mononuklear tipe-1 Cu dan pada
kluster trinuklear tipe-3 Cu (Cu31 dan Cu32) dan tipe-2 Cu. [1]

Gambar 18. (a) Mononuklear dan kluster trinuklear Cu pada BO [10]; (b) mekanisme transfer elektron p

Mekanisme transfer elektron (gambar 18) terjadi dari Cu tipe-1 menuju kluster
trinuklear (tipe-2 dan tipe-3 Cu). Mononuklear tipe-1 Cu mampu menerima elektron dari
berbagai substrat fenolik dan mentransfernya ke pusat trinuklear. Substrat teroksidasi dan
elektron digunakan untuk mereduki ikatan dioksigen pada pusat trinuklear untuk
menghasilkan 2 molekul air.
4.2.3.1 Askorbat Oksidase (AO)
AO adalah salah satu enzim jenis blue oxidase dan banyak ditemukan pada tumbuhan.
AO terdiri dari 553 asam amino dan terbagi menjadi 3 domain. Pada domain 3 (tipe-1Cu)
Cu2+ berikatan kuat membentuk distorsi tetrahedral berkoordinasi dengan ligan His, cys, His
dan Met (gambar 13). Sisi trinuklear (CU31 dan Cu32) pada tipe-3 Cu berikatan dengan
ligan histidyl (A108, A451 dan A507; A64, A106 dan A509) membentuk trigonal prisma.
Interaksi antara ion Cu dan residu-resiu asam amino menyebabkan perubahan konformasi
dan konfigurasi sehingga mengubah arah orientasi dan jarak antara molekul donor dan
akseptor elektron akibatnya memprcepat transfer elektron. [1]

Gambar 19. Sisi trinuklear tipe-3 Cu berikatan dengan ligan his membentuk trigonal prisma [1]

Referensi
[1]

Hubert, R. (1989) Nobel Lecture: A Structural Basis of Light Energy and Electon
Transfer in Biology. The EMBO Journal, 8, 2125-2147.

[2]

Wieloposki, M (2010) Testing Molecular Wire: A Photophysical and Quantum

Chemical Assay. Springer Theses, University of Erlangen-Nuernberg, Germany

[3]

[4]

[5]

Chemiwiki. (___). Fluorosence Resonance Energy Transfer. [online]. Tersedia:

http://chemwiki.ucdavis.edu/Core/Theoretical_Chemistry/Fundamentals/Fluoresc
ence_Resonance_Energy_Transfer. Diakses 14 Maret 2016.
Varghese, S.S., Zhu, Y., Davis, T.J., dan Trowell, S.C. (2010) FRET for lab-on-a-chip
devices current trends and future Prospects. RSC, 10, 13551364.
Biologichalphysics. (2013) Biological Energy 3: Light, energy and upstream
processes. [online]. Tersedia:
http://biologicalphysics.iop.org/cws/article/lectures/50852.

[6]
[7]

Middepogul, A., S., Murthy, S.D., dan B., Prasanna, R. (2012) Structural
Organization and Function of Phycobiliprotein i Cyanobacteria. IJPAES, 2, 9-14.

[8]

Govindjee dan Shevela, D. (2011). Adventures with Cyanobacteria: a personal

prespective. Frontier in Plant Science, 2, 1-17.

[9]

Lancaster, C.R.D., dan Michael, H. (2001). Photosynthetic Reaction Centers of

Purple Bacteria. Hanbook of Metalloprotein, John Wiley & Sons, Ltd,
Chichester.

[10] Santhanam, N., Vivanco, J.M., Decker, S.R., dan Reardon, K.F. (2011)
Expression of
industrially relevant laccases: prokaryotic style. Trends in
Biotechnology, 29,
480-489.
[11]

Solomon, E.I., Augustine, A.J., dan Yoon, J. (2008). O2 Reduction to H2O by the
multicopper oxidases. Dalton Trans., RCS, 39213932.