Program docking protein-ligan yang paling umum pada periode 2001-2011 adalah AutoDock,
GOLD, DOCK, FlexX, Glide, FTD OCK dan QXP dengan lebih dari 300 kutipan masing-
masing pada periode ini mereka mungkin dianggap sebagai alternatif docking terlama dengan
jumlah pengguna yang besar dan stabil. LigandFit, Surflex dan FlexE adalah alternatif
docking terbaru.
1. AutoDock
Program docking protein-ligan yang dikembangkan oleh Morris. Free untuk pengguna
akademis, fleksibilitas menjadikannya pilihan pertama yang sangat populer bagi
pengguna baru. Versi terbaru - AutoDock fleksibilitas sidechain pada residu asam
amino terpilih. AutoDock menawarkan berbagai algoritma pencarian termasuk
algoritma Monte Carlo Simulated Annealing, Algoritma Genetika (GA), dan GA
pencarian hibrida, yang juga dikenal sebagai Lamarckian Genetic Algorithm (LGA).
Program ini dapat digunakan dengan antarmuka visual yang disebut AutoDock Tools
(ADT) yang menjamin analisis hasil docking yang efisien.
2. GOLD
Program docking protein-ligan yang sangat dipuji. Program ini merupakan hasil
kolaborasi antara University of Sheffield, GlaxoSmithKline dan Cambridge
Crystallographic Data Center (CCDC), tersedia secara komersial, Program ini berisi
metode pencarian algoritma genetika (GA) untuk menghasilkan ligan pose, antarmuka
pengguna dengan pemasangan docking interaktif melalui Hermes, dan wizard
penyiapan dok penyiapan komprehensif. GOLD memungkinkan fleksibilitas ligand
penuh, sekaligus memastikan fleksibilitas protein parsial, melalui fleksibilitas sisi-pita
dan tulang punggung protein sampai maksimum sepuluh residu yang ditentukan
pengguna.
3. DOCK
perangkat lunak docking dikembangkan oleh Irwin Kuntz sejak tahun 1988 dan gratis
untuk institusi akademis. Versi sekarang - DOCK 6 - berisi serangkaian opsi penilaian
yang lebih baik termasuk persyaratan eksplisit untuk koreksi entropi konformasi
ligand, desolvasi ligan, dan desolvasi reseptor. Fungsi mekanika molekuler AMBER
dengan fungsi pelarut implisit, minimisasi gradien konjugasi, dan kemampuan
simulasi dinamika molekuler juga ada.