Degenerasi neuron biasa ditemukan di lobus temporal bagian medial (korteks

entorhinal/perirhinal dan hipokampus), korteks temporal bagian lateral, dan nukleus basalis
Meynert. Temuan mikroskopis khas berupa plak A dan neurofibrillary tangles yang ditemukan
sangat sedikit pada proses normal namun sangat meningkat pada pasien AD. Amiloid beta (A)
merupakan protein yang terdiri atas 39-42 asam amino dan merupakan turunan dari protein
transmembran yang lebih besar yaitu amyloid precursor protein (APP) yang terbagi oleh sekretase
dan . Polimerisasi amiloid dan pembentukan benang (fibril) selanjutnya akan membentuk plak
neuritik yang ditengahnya dibentuk oleh amiloid, proteoglikan, Apo 4, -antichymotrypsin, dan
protein lain serta bercampur dengan bagian neuron, mikroglia, dan astrosit. Plak tersebut tidak
dapat larut dan menjadi toksik bagi neuron. Selain itu, A mengganggu hubungan intraseluler dan
menurunkan respons pembuluh darah sehingga neuron rentan terhadap stresor. Adanya mikroglia
menandakan adanya peradangan aktif yang merusak neuron.
Neurofibrillary tangles terbentuk dari benang sitoplasma neuron yang terdiri dari protein tau
yang mengalami fosforilasi abnormal. Normalnya, tau berikatan dengan mikrotubulus, mendukung
transportasi organel pada akson, dan pertukaran zat lain pada sel. Ketika protein tau mengalami
hiperfosforilasi dan tidak terikat dengan mikrotubulus secara sempurna, tau akan dibawa menuju
sitoplasma neuron dan dendrit distal. Kemudian dengan kolapsnya sistem transpor internal,
hubungan intraseluler tidak berfungsi, dan akhirnya sel akan mati. Pada model hewan AD,
kehilangan protein tau menyebabkan defisit kognitif dan timbulnya kejang.
Pada AD onset dini, terjadi mutasi gen amyloid precursor protein (APP) pada kromosom 21,
presenilin-1 (PS1) pada kromosom 14, dan presenilin-2 (PS2) pada kromosom 1. Hal ini akan
meningkatkan produksi dan agregasi dari A di limbik dan korteks. Proses yang sama akan terjadi
hingga menyebabkan disfungsi neuron dan hilangnya neuron selektif diikuti dengan penurunan
neurotransmiter dan hilangnya sinaps hingga timbulnya demensia pada penderita AD