Journal Reading

Norovirus and Rotavirus Infections in Children Less Than Five Years of Age
Hospitalized with Acute Gastroenteritis in Indonesia

Hera Nirwati, Celeste M. Donato, Yuli Mawarti, Nenny S. Mulyani, Aqsa Ikram,
Abu T. Aman, Maikel P. Peppelenbosch, Yati Soenarto, Qiuwei Pan, Mohamad S.
Hakim

DISUSUN OLEH

Handy Nugraha Putra G99172084/E-10

Kevin Jefferson G991903027/E-13

PEMBIMBING
Prof. DR. Bambang Soebagyo, dr., Sp.A(K)

KEPANITERAAN KLINIK/PROGRAM STUDI PROFESI DOKTER

BAGIAN ILMU KESEHATAN ANAK
FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SEBELAS MARET
RUMAH SAKIT UMUM DAERAH DR. MOEWARDI
2019
Norovirus and Rotavirus Infections in Children Less Than Five Years of Age
Hospitalized with Acute Gastroenteritis in Indonesia

Infeksi Norovirus dan Rotavirus pada Anak Usia Dibawah 5 Tahun yang Dirawat
di Rumah Sakit dengan Gastroenteritis Akut di Indonesia

Abstrak

Latar Belakang: Rotavirus dan norovirus adalah virus yang paling banyak
ditemukan sebagai penyebab gastroenteritis akut pada anak-anak. Sementara dari
penelitian sebelumnya, gastroenteritis akut di Indonesia, terutama difokuskan
pada rotavirus, peneliti menyelidiki beban dan epidemiologi dari norovirus dan
penyakit rotavirus. Anak-anak berusia kurang dari lima tahun yang dirawat di
rumah sakit dengan gastroenteritis akut yang masuk dalam penelitian ini dari
Januari hingga Desember 2015 di tiga rumah sakit yang berpartisipasi.
Metode: Rotavirus dideteksi dengan enzyme immunoassay (EIA), diikuti oleh
pencarian genotip dengan reverse transcription PCR (RT-PCR). Genogroup
Norovirus ditentukan dengan TaqMan-based kuantitatif RT-PCR.
Hasil: Di antara 406 anak yang terdaftar dalam penelitian ini, 75 (18,47%), 223
(54,93%) dan 29 (7,14%) kasus positif untuk norovirus, rotavirus dan kedua virus
(infeksi campuran), masing-masing. Sebagian besar kasus menunjukan gejala
klinis seperti demam, diare, muntah dan beberapa derajat dehidrasi. Mayoritas (n
= 69/75 [92%]) dari norovirus diidentifikasi milik genogroup II, dan beberapa
genotip diidentifikasi oleh sekuensing subset dari sampel. Di antara 35 sampel
yang diuji untuk genotip rotavirus, genotip yang paling umum adalah G3P [8] (n =
30/35 [85,6%]).
Kesimpulan: Studi kami menunjukkan bahwa beban penyakit norovirus pada
anak-anak Indonesia tidak bisa diremehkan. Hal ini juga menunjukkan munculnya
rotavirus genotipe G3P [8] di Indonesia.
Latar Belakang
Gastroenteritis akut (diare akut) adalah salah satu masalah kesehatan
global yang paling penting, terutama pada anak-anak kurang dari lima tahun, dan
secara klinis ditandai dengan gejala akut demam, sakit perut, muntah dan diare.
Penyebab kematian pada kasus ini terutama disebabkan oleh komplikasi berat,
termasuk dehidrasi. Kontrol pengendalian penyakit telah menghasilkan kemajuan
yang signifikan terhadap penurunan keparahan penyakit. Mortalitas diare global di
segala usia secara nyata menurun, dari perkiraan 2,6 juta per tahun pada tahun
1990 menjadi sekitar 1,3 juta pada 2013.
Rotavirus dan norovirus adalah agen virus yang paling sering menjadi
penyebab gastroenteritis akut pada anak-anak kurang dari lima tahun. Rotavirus
merupakan virus yang tersegmentasi dengan double stranded RNA(dsRNA).
Berdasarkan dua protein struktural lapisan luar, VP7 dan VP4, virus ini masing-
masing diklasifikasikan menjadi G- dan P-genotipe. Penelitian tingkat nasional
peneliti sebelumnya menemukan tingginya insiden penyakit rotavirus dan G1P
[8], G1P [6] dan G2P [4] sebagai genotip paling banyak berkembang di Indonesia.
Reassortment antara strain yang berbeda memberikan kontribusi terhadap
keragaman genetik rotavirus dengan menciptakan kombinasi baru dari G dan P-
genotipe. Dengan demikian, pemantauan strain yang ada terus menerus sangat
penting untuk mengidentifikasi genotip baru.
Noroviruses merupakan virus golongan positive-sense single-strand RNA
yang merupakan keluarga Caliciviridae. Secara global, prevalensinya sekitar 18%
pada anak-anak berusia kurang dari lima tahun dan usia campuran dengan
gastroenteritis akut. Anggota genogroup norovirus I (GI), II (GII) dan IV (GIV)
telah ditemukan menginfeksi manusia, dengan total lebih dari 30 genotipe
ditandai dalam genogroup mereka. Sebuah genotipe tunggal, GII.4, adalah yang
paling sering ditemukan secara global dan bertanggung jawab untuk sebagian
besar norovirus terkait penyakit gastroenteritis. Norovirus telah muncul sebagai
penyebab utama gastroenteritis akut, terutama di negara-negara yang telah
menetapkan vaksinasi wajib rotavirus.
 Meskipun diketahui sebagai penyebab utama gastroenteritis, data
mengenai berat dan epidimiologi penyakit norovirus pada anak-anak kurang dari
lima tahun di Indonesia yang tersedia sangatlah terbatas. Genotip norovirus yang
bertanggung jawab untuk kasus-kasus gastroenteritis akut pada anak-anak dirawat
di rumah sakit di Indonesia juga belum diketahui. Oleh karena itu, tujuan dari
penelitian ini adalah untuk menyelidiki prevalensi, musiman, karakteristik klinis,
dan distribusi genotip dari norovirus dan infeksi rotavirus pada anak-anak kurang
dari lima tahun dirawat di rumah sakit dengan gastroenteritis akut di Indonesia.

Metode
Sampel dan pengumpulan data klinis
Penelitian ini menggunakan sampel tinja dikumpulkan dari anak-anak
kurang dari lima tahun yang dirawat di rumah sakit dengan gastroenteritis akut
pada 1) Rumah Sakit Umum Mataram, Nusa Tenggara Barat. 2) RSUP Dr.
Sardjito, Yogyakarta, dan 3) Rumah Sakit Umum Wates (Kabupaten Kulon
Progo), Yogyakarta, selama Studi Pemantauan Rotavirus Indonesia Studi yang
berlangsung antara Januari dan Desember 2015. Spesimen tinja dikumpulkan
dalam 48 jam pertama setelah pengumpulan menurut protokol World Health
Organization (WHO). spesimen tinja disimpan pada 4-8 ° C sebelum dibawa ke
Departemen Mikrobiologi, Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat dan
Keperawatan, Universitas Gadjah Mada, Indonesia. Spesimen kemudian dibagi
menjadi beberapa tabung dan disimpan pada -20°C. Presentasi klinis pasien,
seperti demam, muntah, dehidrasi dan diare, diperoleh dari rekam medis yang
disimpan di Kantor Penelitian Pediatri, RSUP Dr. Sardjito Yogyakarta. Dehidrasi
berat ditandai dengan dua atau lebih dari tanda-tanda berikut: letargi
(ketidaksadaran), tidak dapat minum yang cukup, mata cekung, dan pemulihan
sangat lambat kulit dicubit (> 2 detik). Dehidrasi sedang ditunjukkan oleh dua
atau lebih dari tanda-tanda berikut: gelisah, iritabel, mata cekung, bersemangat
minum, haus, dan pemulihan lambat dari pemeriksaan turgor.
Deteksi Rotavirus dan Penemuan genotip
Semua sampel tinja diuji untuk menemukan grup A rotavirus oleh enzyme
immunoassay (EIA) menggunakan IDEIATM Rotavirus Kit
(DAKOCYTOMATION) sesuai dengan instruksi pabrik. RNA diekstraksi dari
sampel tinja menggunakan QIAamp RNA Stool Mini Kit (QIAGEN) sesuai
dengan petunjuk pabrik, dan rotavirus genotip dilakukan seperti yang dijelaskan
sebelumnya. Kontrol negatif dan positif termasuk dalam setiap percobaan.

Penentuan genogroup Norovirus

Norovirus RNA diekstraksi dari sampel tinja menggunakan QIAamp RNA
Stool Mini Kit (QIAGEN) sesuai dengan instruksi pabrik. Penentuan norovirus GI
dan GII dilakukan oleh TaqMan-based quantitative real-time polymerase chain
reaction (qRT-PCR) pada ABI 7000 sistem (Applied Biosystems) seperti yang
dijelaskan sebelumnya. Primer dan probe untuk mengidentifikasi norovirus
genogroup tercantum pada Tabel Tambahan 1.
Reaksi QRT-PCR dilakukan dalam volume akhir 25 ml mengandung 1 ml
(10 M) dari maju primer, 1 ml (10 M) dari primer terbalik, 0,3 ml (10 M) dari
probe, 12,5 ml 2X RT PCR penyangga, 1 ml 25X RT-PCR enzim campuran, 4,2
ml air nuklease bebas, dan 5 ml RNA Template. Transkripsi terbalik untuk
norovirus GI dilakukan pada 61 ° C selama 3 menit, diikuti dengan denaturasi
awal pada 95 ° C selama 5 menit dan 45 siklus 95 ° C selama 5 detik; 57 ° C
selama 45 detik dan 37 ° C selama 60 detik. transkripsi terbalik untuk GII
norovirus dilakukan pada 61 ° C selama 3 menit, diikuti dengan denaturasi awal
pada 95 ° C selama 5 menit dan 45 siklus 95 ° C selama 5 detik, 60 ° C selama 45
detik, dan 37 ° C selama 60 detik. kontrol negatif dan positif termasuk dalam
setiap percobaan.

Norovirus Sequencing
Norovirus RNA diekstraksi menggunakan QIAamp Viral RNA Mini Kit
(QIAGEN) sesuai dengan instruksi produsen. Primer set MON432 / G1SKR dan
MON431 / G2SKR digunakan untuk memperkuat 543- ke 557-base-pair (bp)
wilayah persimpangan ORF1-2 dari genogroup I dan genogroup strain II, masing-
masing. Reaksi PCR dilakukan dalam volume akhir 25 ml mengandung 0,5 ml (50
M) dari maju primer, 0,5 ml (50 M) primer terbalik, 11 ml air nuklease bebas, 5
ml 5X RT-PCR Buffer, 1 ml dNTP mix (10 M), 1 ml enzim RT-PCR (QIAGEN), 1
ml RNase inhibitor (20 U), dan 5 ml RNA. Kondisi bersepeda fol- melenguh
digunakan: reverse transkripsi pada 42 ° C selama 30 menit, diikuti oleh
denaturasi awal pada 95 ° C selama 15 menit dan 40 siklus 95 ° C selama 1 menit,
50 ° C selama 1 menit , dan 72 ° C selama 1 menit, dengan ekstensi akhir pada 72
° C selama 10 menit. Produk PCR dikirim ke 1 BASIS (Malaysia). Masing-
masing dipisahkan dalam 2% gel, dan amplikon kemudian dipotong, dimurnikan,
dan sequencing menggunakan ABI 3730xl DNA Sequencer (Applied Biosystems)
menggunakan pasangan primer yang sama seperti yang digunakan dalam QRT-
PCR.
Tabel 1 Karakteristik Anak-Anak Berusia Kurang dari Lima Tahun Dirawat di
Rumah Sakit

Analisis Filogenetik
Electropherograms yang secara visual dianalisis, dan contiguous DNA
secquences diperoleh dari software Geneious (versi 9.1.7). Genogroup dan
genotipe masing-masing sampel ditentukan dengan menggunakan Norovirus
Mengetik Tool (Versi 2.0) ( https://www.rivm.nl/mpf/typingtool/norovirus/).
Strain norovirus global yang diperoleh dari database VIPR
(https://www.viprbrc.org). Multiple nukleotida dan urutan asam amino dibangun
menggunakan algoritma OTOT di MEGA X. Nukleotida dan asam amino matriks
jarak dihitung dengan menggunakan algoritma p-distance di MEGA X. Model
evolusi optimal dipilih berdasarkan pada kriteria Akaike informasi (dikoreksi)
(AICc) ranking dilaksanakan di MEGA X. Maximum likehood pohon filogenetik
didapatkan menggunakan Model Kimura 2-parameter substitusi nukleotida dibuat
menggunakan MEGA X. Kekokohan cabang dinilai dengan analisis bootstrap
menggunakan 1000 pseudoreplicate berjalan, dan node dengan nilai lebih besar
dari 50% yang dianggap sangat mendukung dalam analisis filogenetik.

Analisis Statistik
Data dihitung dengan Stata 13 SE. Karakteristik norovirus, rotavirus dan
infeksi campuran disajikan dalam frekuensi dan persentase. Uji chi-square
digunakan untuk mengukur rasio odds dan p-value untuk berhubungan deteksi
patogen untuk manifestasi klinis gastroenteritis akut anak kurang dari lima tahun
di Indonesia.

Persetujuan Etis
Protokol penelitian telah disetujui oleh Komite Etis dari Fakultas
Kedokteran, Kesehatan dan Keperawatan Masyarakat, Universitas Gadjah Mada,
Yogyakarta, Indonesia. Informed consent diberikan oleh orang tua atau wali dari
setiap anak sebelum anak-anak yang terdaftar dalam Studi Pemantauan Rotavirus
Indonesia 2015.
Critical Appraisal
I. Metode Penelitian
 Desain studi : Penelitian observasional analitik
 Subjek : 406 anak berusia < 5 tahun yang dirawat di rumah
sakit dengan gastroenteritis akut
 Lokasi : Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat dan
Keperawatan, Universitas Gadjah Mada
 Waktu : Januari-Desember 2015
 Analisis Statistik :
Data dihitung dengan Stata® 13 SE. Karakteristik norovirus,
rotavirus dan infeksi campuran disajikan dalam frekuensi dan
persentase. Uji chi-square digunakan untuk mengukur odds ratio
(OR) dan p-value untuk berhubungan deteksi patogen untuk
manifestasi klinis gastroenteritis akut anak kurang dari lima tahun
di Indonesia.

II. Deskripsi Umum

 Desain : Penelitian observasional analitik
 Subjek : 406 anak berusia < 5 tahun yang dirawat di rumah
sakit dengan gastroenteritis akut
 Judul : Judul jelas dan menggambarkan isi
 Penulis : Penulis dan institusi asal ditulis jelas
 Abstrak : Jelas, sesuai aturan, memuat latar belakang,
metode, hasil, dan kesimpulan, tanpa kata kunci.

III. PICO (Problem/population, Intervention, Comparison, Outcome)

 Problem/population : 406 anak berusia < 5 tahun yang dirawat di
rumah sakit dengan gastroenteritis akut
 Intervention/indicator : Data demografi, klinis dan laboratorium
pasien gastroenteritis akut dianalisis.
 Comparison :-
 Outcome : Gejala klinis, prevalensi penyakit, serta
distribusi virus yang paling banyak menyebabkan gastroenteritis
akut pada anak usia dibawah 5 tahun.

IV. VIA (Validity, Importance, and Applicability)

 Validity
  Subyek dari penelitian ini dipilih berdasarkan diagnosis
gastroenteritis akut, dengan menentukan rentang usia yang
akan diteliti berdasarkan rekam medis.

 Pengumpulan sampel tinja untuk analisis virus dilakukan

sesuai protokol yang ada

 Analisis sampel dilakukan sesuai instruksi pabrikan, dengan

menerapkan kontrol positif dan negatif pada setiap
pemeriksaan guna memperkecil bias

 Pada jurnal tertera jabatan dan bagian dari semua peneliti

 Importance
 Prevalensi gastroenteritis akut pada anak usia <5tahun paling
banyak disebabkan oleh virus jenis Rotavirus, dimana kasus
paling banyak ditemukan pada anak laki-laki.
 Infeksi Rotavirus paling banyak ditemukan pada anak 7-24
bulan, sedangkan Norovirus pada anak 7-36 bulan.
 Keluhan demam dan muntah sangat umum didapatkan pada
pasien gastroenteritis akut, sedangkan keluhan diare dan
dehidrasi tidak berasosiasi secara signifikan dengan
gastroenteritis akut
 GII norovirus merupakan genogrup paling banyak yang
ditemukan pada jenis Norovirus, sedangkan G3P[8]
merupakan genotip Rotavirus terbanyak yang menyebabkan
gastroenteritis akut di Indonesia

 Applicability

 Pasien di RSDM memiliki banyak kesamaan karakteristik

dengan subyek penelitian dalam jurnal ini karena penelitian
dilakukan masih dalam satu lingkup daerah dengan RSDM.

 Simpulan dari peneliti dapat diterapkan untuk pencegahan

penyakit pada negara atau iklim yang sesuai dengan penelitian
ini serta pengembangan pembuatan dan pemilihan vaksin yang
lebih optimal guna pencegahan infeksi penyakit