GENOMIK I DAN II

12.1 Pengertian Genomik

Genomik adalah studi tentang seluruh keseluruhan informasi bahan genetik (disebut
genom) atau bahan yang diwariskan dari tetuanya kepada keturunannya yang ada pada suatu
organism. Anda tentu tahu bahwa terdapat dua macam genom yaitu kromosomal dan
ekstrakromosomal. Genom kromosomal adalah informasi genetic yang terdapat di dalam
kromosom atau genom pusat. Sedangkan genom ekstrakromosomal adalah genom yang terdapat
di luar kromosom genom pusat seperti genom yang terdapat pada mitokondria atau genom yang
terdapat di dalam kloroplas. Yang keduanya terdapat dalam sitoplasma.
Dengan mempelajari keseluruhan informasi genetic (sekuens DNA) dari suatu sel
organisme, para ilmuwan dapat menemukan berbagai protein baru yang berguna bagi kehidupan
manusia, serta dapat memahami bagaimana DNA diatur di dalam sel. Dengan memahami itu
semua maka ilmu rekayasa genetik dapat berkembang.
12.2 Analisis Genomik
Saat ini sejumlah teknik analisis telah digunakan untuk analisis genomik. Tabel 21.1
berikut ini memaparkan ringkasan keunggulan dan keterbatasan teknologi yang lazim digunakan
untuk analisis genom fungsional
No. Teknik/teknologi Keuntungan/keunggulan Kekurangan/kelemahan
Metode deteksi varian
1 GTG banding Mudah mengungkap jumlah dan Resolusi dan
struktur kromosom termasuk yang sensitivitasnya rendah
tidak sempurna (5-10Mb)
2 FISH Sangat spesifik dan sensitive untuk Berdasar pada
mendeteksi abnormalitas sitogenetik annealing probe pada
struktur minor target khusus
3 aCGH Tidak tepat dalam
mendeteksi penataan
ulang keseimbangan
kromosom
4 Sanger Kualitasnya bagus, terpercaya, walau Perlu waktu lama jika
dengan sampel yang sedikit banyak yang dianalisis
5 NGS Peralatan mahal, perlu
analisis data yang
lengkap untuk varian
yang tidak spesifik
Epigenomic
6 Bisulfite conversion Analisis pada tingkat DNA dapat Kurang dapat
mengungkap secara efektif adanya membedakan sitosin
metilasi pada sitosin yang termetilasi dan
hemimetilasi
7 MIDRE Mudah diterapkan dengan berbagai Uji metilasi pada DNA
macam endonuclease yang tersedia dibatasi penggunaan
enzim tertentu
ChIP (termasuk chip Kajian yang sangat cepat-kompatibel Mendasarkan pada
8 dan seq-nya) dengan analisis atau uji berbasis spesifisitas antobodi
sekuensing, memungkinkan untuk dan probe khusus
analisis genom yang besar
Transkriptomik
9 Northern Blot Metode analisis kuantitatif yang Probe radioaktif yang
murah, yang tidak memerlukan digunakan mempunyai
peralatan khusus. Dapat memaparkan sensitifitas yang rendah
secara tepat jumlah dan ukuran RNA dan hasilnya sedikit
yang kecil
10 SAGE Metode kuantitatif yang langsung, Hasilnya sedikit
memerlukan sampel RNA sedikit, dan
analisis datanya sederhana
11 qPCR Cepat, tepat dan hasilnya banyak, dapat Ada resiko bias
mengkuantifikasi RNA
12 cDNA microarray Metode uji didasarkan pada Analisis datanya rumit
perpendaran yang tidak memerlukan
 probe radiokatif
13 RNA seq Metode langsung, kuantitatif, hasilnya Terjadi pemotongan
banyak, tidak memerlukan informasi pada sekuen yang
awal terkait gen yang dianalisis, cocok kesamaannya tinggi
untuk gen, transkrip dan identifikasi
alel spesifik
14 Transgenesis of Metode yang tepat untuk analisis Elemen pengatur yang
reporter gene fungsional elemen pengatur. Ekspresi tersebar luas pada
gen mudah dideteksi dengan teknik genom akan
perpendaran menyulitkan deteksi
Proteomic dan interactomik
15 ELISA Spesifisitas tinggi Didasarkan pada
spesifisitas antibodi
16 2-DE Memisahkan protein berdasarkan dua Protein hidrofobik sulit
sifat secara efisien terpisah. Tidak dapat
menganalisis protein
yang terlalu besar atau
terlalu kecil
17 MS Mengidentifikasi dan mengkuantifikasi Sampel harus benar-
protein dengan tepat dan hasilnya benar homogen.
tinggi Kadang-kadang
disosiasi protein
kompleks tidak
sempurna
18 Y2H Teknik hybrid yang sangat sederhana. Memerlukan uji
Mengidentifikasi dengan tepat protein konfirmasi. Dan tidak
dalam pasangan-pasangan memungkinkan
interaksi dua protein
pada saat yang sama
19 Chemical Mutasi dapat diinduksi secara buatan. Fenotip direfleksikan
mutagenesis in Fenotip mutan dapat dikenali dengan pada manusia
 animal model mudah. Gen penyebab mutase daoat
diklon dengan mudah
20 CRISPR-Cas9 Memungkinkan untuk menciptakan Saat bekerja
komponen RNA dan protein pada memerlukan kondisi
system CRISPR bakteri untuk yang sangat steril
mengenali potongan DNA pada lokus
tertentu

12.3 Penerapan Genomik pada Berbagai Bidang Kehidupan

Analisis genetik dapat memberi sumbangan yang besar pada berbagai bidang kehidupan.
Terapi medis dan pemberian obat yang lebih tepat dapat dilakukan jika diketahui analisis genetic
pasien. Dengan demikian penyembuhan penyakit dapat ditingkatkan jumlah dan kecepatannya.
Respon seseorang terhadap obat sangat tergantung dari genetiknya. Ilustrasi sederhana, ketika
batuk, obat A mungkin akan cocok untuk Adi. Namun tidak serta merta obat A itu bakal mujarab
untuk Ida. Ini terjadi karena mereka berdua memiliki faktor genetika yang berbeda dalam
merespons kandungan obat. Hal ini berarti bahwa, dalam menangani suatu penyakit, diperlukan
pedekatan yang lebih individual karena respons seseorang terhadap obat, tidak sama. Obat
penahan nyeri, obat diabetes, obat hipertensi, reaksinya akan berbeda bagi setiap orang.
Contoh nyata adalah pada penderita kanker, saat ini sering diasumsikan bahwa penderita kanker
akan sembuh jika menjalani kemoterapi. Faktanya 70 persen pasien yang menjalani kemoterapi
tidak mendapat kesembuhan maksimal. Ini sangat wajar karena pendekatan kemo, seperti bom
yang menaruh semua obat ke dalam tubuh, dia tidak memilih hanya membunuh sel kanker saja,
tetapi juga sel-sel lain yang sensitive terhadapnya.
Keadaan akan berbeda jika dilakukan pemeriksaan genetika terhadap sel kanker terlebih
dahulu, akan didapat data yang lebih akurat, sehingga titik pengobatan kanker akan lebih tepat
dengan tingkat kesembuhan hingga 90% lebih. Contohnya penderita kanker paru yang memiliki
mutasi EGFR T790M, maka harus menggunakan obat generasi 2 dan pasien ini tidak akan
sembuh jika dikemoterapi.
Ilustrasi lain, obat Warfarin ini adalah obat pengencer darah, biasa di pakai pasien
jantung atau stroke, selama ini takaran untuk tiap pasien ditentukan secara “trial and error”
 Belanda merupakan negara yang sudah mendata semua jenis karakter genetik warga
negaranya terhadap jenis obat-obatan. Sehingga jika ada yang sakit, seperti diabetes, ketika harus
beli obat, cukup dengan menunjukkan kartu yang berisi rekam genetik. Sehingga rumah sakit
atau apotik bisa memberi obat dan dosis yang paling sesuai sehingga hasil pengobatan bagi
warga Belanda lebih optimal.
Penerapan genomik juga terdapat di bidang pertanian utamanya digunakan untuk
pembuatan tanaman transgenic. Secara sederhana tanaman transgenik dibuat dengan cara
mengambil gen-gen tertentu yang baik pada makhluk hidup lain untuk disisipkan pada tanaman,
penyisipaan gen ini melalui suatu vector (perantara) yang biasanya menggukan bakteri
Agrobacterium tumefeciens untuk tanaman dikotil atau partikel gen untuk tanaman monokotil,
lalu diinokulasikan pada tanaman target untuk menghasilkan tanaman yang dikehendaki. Tujuan
dari pengembangan tanaman transgenik ini diantaranya adalah (1). menghambat pelunakan buah
(pada tomat); (2). tahan terhadap serangan insektisida, herbisida, virus (pada tembakau) (3).
meningkatkan nilai gizi tanaman (misal golden rice) dan (4). meningkatkan kemampuan tanaman
untuk hidup pada lahan yang ektrem seperti lahan kering, lahan keasaman tinggi dan lahan
dengan kadar garam yang tinggi.

Gambar 12. 1 Berbagai jenis tanaman transgenic

Di bidang peternakan juga terdapat aplikasi genomik. Saat ini banyak dimanfaatkan
hewan-hewan transgenic seperti (1) Rainbow trout dan salmon yang diberi gen hormon
pertumbuhan asing hanya dalam setahun telah mencapai suatu ukuran yang biasanya
membutuhkan waktu pertumbuhan dua atau tiga tahun. (2) Hewan-hewan yang bercahaya.
Ahli biologi molekular telah mengembangkan makhluk hidup yang dapat memancarkan cahaya
seperti makhluk hidup laut ubur-ubur. Para peneliti memasukkan DNA dari makhluk hidup laut
yang bertanggung jawab dalam memancarkan cahaya ke dalam zigot. Contoh : ikan zebra atau
GloFish Alba (ikan yang bersinar), Ruppi (anjing yang bersinar), dan kucing yang
bersinar(3) Domba Dolly yang proses pembuatannya tidak asing bagi Anda (4) domba
transgenik dengan gen manusia. Jadi DNA domba ini disisipi dengan gen manusia yang disebut
factor VIII ( merupakan protein pembeku darah). Berkat penyusupan gen tersebut, domba
menghasilkan susu yang mengandung factor VIII yang dapat dimurnikan untuk menolong
penderita hemophilia (5) Tracey merupakan domba betina yang sehat dan normal, namun DNA-
nya telah disisispi oleh gen manusia. Gen manusia tersebut mengkode produksi protein alfa-1-
antitripsin (ATT) berkhasiat untuk mengobati penyakit paru-paru pada manusia, misalnya
fibrosistik dan empisema (menggelembungnya membran alveoli hingga pecah yang dapat
menyebabkan bronkitis kronis).

Gambar 12.2 berbagai jenis hewan transgenik

12.4 Pengertian Proteomik

Proteomik merupakan kajian secara molekular terhadap keseluruhan protein yang
dihasilkan dari ekspresi gen di dalam sel, terutama mengenai struktur dan fungsinya.
Keseluruhan protein di dalam sel diistilahkan sebagai proteom. Istilah proteomik pertama kali
dikenal pada tahun 1997, yang juga dibuat berdasarkan analogi genetika untuk ilmu yang
mempelajari segala sesuatu yang berkaitan dengan gen. Untuk istilah proteom sendiri berasal
dari gabungan istilah protein dan genom yang dikemukakan oleh Marc Wilkins pada tahun 1994.
12.5 Struktur Proteomik
Struktur proteomik pada dasarnya adalah struktur protein itu sendiri. Protein adalah
senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer –
monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain melalui ikatan peptida.

Secara umum, struktur protein dapat dibagi ke dalam empat tingkatan struktur, yaitu :

1. Struktur Primer

Struktur primer merupakan struktur utama yang ada pada protein. Struktur primer terbentuk atas
asam amino penyusun protein yang terhubung melalui ikatan amida atau pun peptida. Panjang
dan urutan struktur primer protein merupakan salah satu faktor yang memberikan pengaruh besar
terhadap fungsi protein.

2. Struktur Sekunder

Struktur sekunder merupakan struktur protein tiga dimensi lokal yang terbentuk dari serangkaian
struktur asam animo yang ada pada protein yang kestabilannya diatur oleh ikatan hidrogen yang
ada pada struktur primer protein. Beberapa bentuk struktur sekunder yang ada pada protein yaitu
alpha helix, beta – turn, beta – sheet, dan gamma – turn.

3. Struktur Tersier

Struktur tersier merupakan tingkatan ketiga yang ada pada struktur penyusun protein. Struktur
tersier tersusun atas gabungan berbagai macam molekul yang ada dalam struktur sekunder.
Bentuk struktur tersier yang ada pada protein biasanya berupa gumpalan – gumpalan tertentu.
Beberapa model struktur tersier protein ini biasanya dapat berinteraksi secara fisik tanpa
membentuk ikatan kovalen tertentu dan membentuk oligomer yang stabil atau pun membentuk
struktur kuartener.

.
 4. Struktur Kuartener

Struktur kuartener merupakan tingkatan struktur terakhir yang ada pada protein. Beberapa contoh
struktur kuartener yang dapat ditemui dengan mudah di beberapa bahan makanan yaitu insulin
dan juga enzim Rubisco. Struktur kuartener tersusun atas lebih dari satu komponen polipeptida.

Gambar 12.3 Perbandingan struktur primer, sekunder, tersirer dan kuartener

12.6 Ekspresi Proteomik

Membahas ekspresi proteomik pada dasarnya adalah membahas ekspresi gen. Anda tentu
telah mengetahui bahwa produk ekspresi gen adalah protein. Yang selanjutnya protein tersebut
akan menjalankan dua fungsi, ada yang sebagai protein structural dan ada yang sebagai prtein
fungsional. Contoh protein yang menjalankan fungsi struktural adalah protein intrinsic dan
protein ekstrinsik yang terdapat pada membrane plasma. Sedangkan protein fungsional akan
menjalankan tugas sebagai enzim dan hormone. Pada dasarnya ekspresi gen untuk memproduksi
protein mengikuti dogma sentral dan aliran informasi genetic seperti pada Gambar 12. 4 berikut
ini.
 Gambar 12.4 Tahapan ekspresi gen

Ekspresi gen adalah proses dimana informasi yang terkandung dalam gen menjadi produk
yang bermanfaat, yang tidak lain adalah protein itu sendiri. Gen dapat dinyatakan baik sebagai
RNA atau protein. Namun, tidak setiap produk gen dibutuhkan sepanjang waktu, produk gen
juga tidak dibutuhkan dalam jumlah yang sama. Namun, untuk produk-produk tertentu, sel harus
membuat terus-menerus sehingga sel perlu untuk mengekspresikan setiap gen sepanjang waktu.
Selanjutnya, beberapa produk gen berbahaya bagi sel dan dengan demikian hanya diekspresikan
pada akhir kehidupan sel. Karena alasan ini, sel mengatur ekspresi gennya. Bagaimana sel tahu
apa produk gen yang dibutuhkan, ketika dibutuhkan, dan berapa banyak yang dibutuhkan? Sel-
sel benar-benar memiliki sistem yang sangat rumit dan mekanisme untuk memonitor diri dan
lingkungannya. Sel mengambil sinyal internal dan eksternal, menganalisis sinyal, dan kemudian
memutuskan apakah produk gen yang dibutuhkan. Setelah diputuskan bahwa produk gen yang
dibutuhkan, sel memiliki proses untuk menciptakan produk gen. Langkah pertama dalam
membuat produk gen adalah untuk membuat salinan dari gen. Gen tidak bisa meninggalkan inti,
jadi kita perlu membuat salinan, yang disebut RNA (mRNA). MRNA dapat meninggalkan inti.
Jadi, sel kita membuat mRNA? Langkah pertama adalah faktor transkripsi untuk mengikat DNA
pada titik hulu ke gen sasaran. Titik inisiasi ini adalah urutan DNA yang disebut daerah
promotor.
Transkripsi adalah proses dimana transkrip (mRNA) dari gen dibuat. Faktor transkripsi
dapat merekrut sisa mRNA menciptakan mesin untuk gen sasaran. Jumlah dan jenis faktor lain
bervariasi pada spesies, jenis sel, dan bahkan apa gen targetnya. Salah satu komponen penting
yang selalu ada adalah RNA polimerase. Ini adalah mesin yang benar-benar membaca kode
DNA dan membuat RNA. Faktor transkripsi yang mempromosikan ekspresi gen disebut
aktivator.
Menariknya, faktor transkripsi juga dapat mencegah transkripsi gen. Jadi, setelah dianalisis,
sinyal sel menerima mungkin mengatakan ke sel yang ada cukup atau bahkan terlalu banyak
produk gen yang dihasilkan. Dalam kegiatan ini, sel mengirimkan berbagai jenis faktor
transkripsi pada gen over-diekspresikan. Faktor transkripsi ini masih mengikat promotor, tetapi
mereka memblokir akses ke gen. Dengan demikian, RNA polimerase tidak dapat mengikat gen
dan mRNA tidak dibuat. Faktor transkripsi yang menghalangi transkripsi disebut represor. Sains
dapat menggunakan banyak teknik untuk menganalisis ekspresi gen, yaitu untuk mengetahui
seberapa tinggi atau rendah suatu ekspresi gen. Salah satu metode yang paling sederhana adalah
dengan menghitung jumlah produk protein dari gen tersebut. Ada beberapa masalah dengan
teknik ini. Misalnya, protein dapat diekspor keluar dari sel atau mungkin hadir dalam sel
meskipun gen tersebut tidak aktif diekspresikan (ditranskripsi menjadi mRNA). Masalah lain
adalah bahwa Anda harus melisiskan sel untuk mendapatkan protein. Dengan demikian,
mengamati sel utuh atau organisme tidak mungkin.
12.7 Interaksi Proteomik
Interaksi proteomik dapat dipelajari dengan baik pada kajian interaksi antara obat dan
reseptor dan interaksi antara antigen dan antibody yang akan dipaparkan pada bab ini. Respon
biologis merupakan akibat interaksi molekul obat dengan gugus fungsional molekul reseptor.
Interaksi ini dapat berlangsung karena kekuatan ikatan kimia tertentu. Tipe ikatan kimia yang
terlibat dalam interaksi obat reseptor antara lain adalah ikatan- ikatan kovalen, ion-ion yang
saling memperkuat (reinforce ions), ion (elektrostatik), hidrogen, ion- dipol, dipol- dipol, van der
waal’s, ikatan hidrofob, dan transfer muatan.
 Pada umumnya ikatan obat reseptor bersifat reversible sehingga obat segera
meninggalkan reseptor bila kadar obat dalam cairan luar sel menurun. Untuk ini ikatan yang
terlibat dalam interaksi obat-reseptor harus relatif lemah tetapi masih cukup
kuat untuk berkompetisi dengan lain-lain ikatan dengan tempat kehilangan. Pada
interaksi obat dengan reseptor, senyawa dapat menggabungkan beberapa ikatan yang lemah,
seperti ikatan hidrogen, ion, ion-dipol, dipol-dipol, transfer muatan, hidrofob, dan ikatan van der
Wall’s, sehingga secara total menghasilkan ikatan yang cukup kuat dan stabil.
Untuk suatu tujuan tertentu, misal diinginkan efek berlangsung lama dan ireversibel,
seperti pada obat antibakteri dan antikanker, diperlukan ikatan yang
lebihkuat yaitu ikatan kovalen.
Interaksi obat terjadi jika efek suatu obat berubah akibat adanya obat lain, makanan atau
minuman. Interaksi obat dapat menghasilkan efek yang memang dikehendaki atau efek yang
tidak dikehendaki yang lazimnya menyebabkan efek samping obat atau toksisitas karena
meningkatnya kadar obat di dalam plasma, atau sebaliknya menurunnya kadar obat dalam
plasma yang menyebabkan hasil terapi menjadi tidak optimal.
Ikatan kovalen terbentuk bila ada dua atom saling menggunakan sepasang elektron
secara bersama- sama. Ikatan ini merupakan ikatan yang paling kuat dengan rata rata kekuatan
ikatan 100 kkal/mol. Pada suhu normal ikatan bersifat ireversibel dan hanya dapat pecah bila ada
pengaruh katalisator enzim tertentu. Umumnya ikatan ini digunakan untuk tujuan terapi tertentu.
Contoh Obat yang mekanisme kerjanya melibatkan ikatan kovalen diantaranya turunan Nitrogen
Mustar.
Ikatan hidrogen adalah suatu ikatan antara atom H yang mempunyai muatan positif
parsial dengan atom lain yang bersifat elektronegatif dan mempunyai sepasang elektron bebas
dengan oktet lengkap seperti O, N, F. Atom yang bermuatan positif parsial dapat berinteraksi
dengan atom negatif parsial dari molekul atau atom lain yang berbeda ikatan kovalennya dalam
satu molekul.
Adanya perbedaan keelektronegatifan atom c dengan atom yang lain seperti o dan n, akan
membentuk distribusi elektron tidak simetrik atau dipol, yang mampu membentuk ikatan dengan
ion atau dipol lain, baik yang mempunyai daerah kerapatan elektron tinggi maupun yang
rendah. Gugus-gugus yang bmempunyai fungsi dipolar antara lain gugus karbonil, ester, amida,
eter, dan nitril.gugus tersebut sering didapatkan pada senyawa yang berstruktur khas.
Ikatan van der Waals terdapat diantara semua atom , bahkan atom gas mulia, dan
didasarkan atas keterpolaran- pengimbasan asimetri dalam awan electron atom oleh inti atom
tetangganya (yaitu muatan positif). Ini setara dengan pembentukan terimbas oleh suatu dipole.
Namun, meskipun antaraksi sipol- dipole terimbas itu membentuk tarikan setempat sementara
antara kedua atom itu, antaraksi nonkovalen ini berkurang sangat cepat. Setiap ikatan van der
Waals memberikan energy yang sangat rendah bagi suatu sistem, tetapi sebagian besar gaya van
der Waals dapat menumpuk menjadi energy yang sangat besar. Dalam membrane fosfolipid,
pada ekor hidrokarbon bagian lipidnya, gugus-gugus –CH2 saling tarik dengan kekuatan kira-
kira 33 Kj/mol, asalkan mereka bertindihan rapat.

Gambar 12.5 Interaksi obat dengan reseptor