CHAPTER 12

KOMPARTEMEN INTRASELULER DAN PENYORTIRAN PROTEIN

Tidak seperti bakteri, yang umumnya terdiri dari satu kompartemen

intraseluler yang dikelilingi oleh membran plasma, sel eukariotik secara terperinci
dibagi secara fungsional yang berbeda. Setiap kompartemen atau organel,
mengandung karakteristik enzim tersendiri dan molekul khusus lainnya, serta
sistem distribusi kompleks transportasi produk-produk spesifik dari satu ruang ke
yang lain. Untuk memahami sel eukariotik, penting untuk mengetahui bagaimana
sel menciptakan dan mempertahankan suatu kompartemen, proses apa yang
terjadi dalam suatu kompartemen, dan bagaimana molekul bergerak dalam suatu
kompartemen.

Protein memberikan karakteristik struktural dan sifat fungsional pada setiap

kompartemen. Mereka mengkatalisasi reaksi yang terjadi di setiap organel dan
secara selektif mengangkut molekul kecil ke dalam dan keluar. Protein juga
berfungsi sebagai penanda spesifik permukaan organel yang mengarahkan
pengiriman protein dan lipid baru ke organel yang sesuai.

Sel hewan mengandung sekitar 10 miliar (1010) molekul protein dari sekitar
10.000 jenis, dan sintesis dari hampir semuanya dimulai pada sitosol. Setiap
protein yang baru disintesis kemudian dikirim secara khusus ke ruang sel yang
membutuhkannya. Transportasi protein intraseluler adalah tema sentral dari bab
ini. Dengan menelusuri lintasan protein dari satu ruang ke yang lain, kita dapat
mulai memahami membran intraseluler jika tidak membingungkan.

KOMPARTEMENTALISASI SEL

Dalam gambaran singkat dari kompartemen sel dan hubungan antara mereka,
kami mengatur organel secara konseptual menjadi jumlah kecil yang berlainan,
membahas bagaimana protein diarahkan ke organel tertentu, dan menjelaskan
bagaimana protein melintasi membran organel.
Semua Sel Eukariotik Memiliki kumpulan Dasar yang Sama dari Selaput
Organel Tertutup

Banyak proses biokimia penting terjadi di dalam atau di permukaan membran.

Enzim yang terikat membran, misalnya, mengkatalisasi metabolisme lipid, dan
fosforilasi oksidatif serta fotosintesis keduanya membutuhkan membran untuk
memadukan transportasi H+ ke sintesis ATP. Selain memberikan peningkatan
luas membran untuk menjadi tempat reaksi biokimia, sistem membran intraseluler
membentuk kompartemen tertutup yang terpisah dari sitosol, sehingga
menciptakan ruang berair khusus yang berfungsi secara fungsional di dalam sel.
Karena bilayer lipid dari membran organel tidak dapat ditembus oleh sebagian
besar molekul hidrofilik, membran setiap organel harus mengandung protein
pengangkut membran untuk mengimpor dan mengekspor metabolit spesifik.
Setiap membran organel juga harus memiliki mekanisme untuk mengimpor, dan
memasukkan ke dalam organel, protein spesifik dapat membuat organel khas.

Gambar 12-1 Kompartemen intraseluler utama dari sel hewan. <ATCC> Sitosol (abu-abu),
retikulum endoplasma, aparatus Golgi, nukleus, mitokondria, endosom, lisosom, dan
peroksisom adalah kompartemen berbeda yang diisolasi dari sisa sel dengan
sekurang-kurangnya satu selektif membran permeabel.

Gambar 12-1 menggambarkan kompartemen intraseluler utama yang umum

untuk sel eukariotik. Intinya mengandung genom (selain dari mitokondria dan
DNA kloroplas) dan merupakan tempat utama sintesis DNA dan RNA.
Sitoplasma di sekitarnya terdiri dari sitosol dan organel sitoplasma yang
tersuspensi di dalamnya. Sitosol membentuk sedikit lebih dari setengah volume
total sel, dan merupakan tempat sintesis dan degradasi protein. Sitosol juga
melakukan sebagian besar metabolisme perantara sel yaitu, banyak reaksi yang
menurunkan beberapa molekul kecil dan mensintesis yang lain untuk
menyediakan tempat untuk makromolekul.

Sekitar setengah luas total membran dalam sel eukariotik membungkus ruang
labirin retikulum endoplasma (RE). RE kasar memiliki banyak ribosom yang
terikat pada permukaan sitosoliknya; RE mensintesis baik protein membran
terlarut maupun integral, yang sebagian besar untuk sekresi ke luar sel atau untuk
organel lainnya. Kita akan melihat bahwa, protein diangkut ke organel lain hanya
setelah sintesis mereka selesai, mereka diangkut ke dalam RE seperti yang
disintesis. Ini menjelaskan mengapa membran RE khas karena memiliki ribosom
yang ditambatkan padanya. RE juga menghasilkan sebagian besar lipid untuk sisa
sel dan berfungsi sebagai penyimpan ion Ca2+. Daerah RE yang tidak memiliki
ribosom terikat disebut RE halus. RE mengirim banyak protein dan lipidnya ke
aparatus golgi, yang terdiri dari tumpukan terorganisir dari kompartemen seperti
cakram yang bercabang. Aparatus Golgi menerima lipid dan protein dari RE dan
mengirimkannya ke berbagai tujuan, biasanya secara kovalen memodifikasi
mereka dalam perjalanan.

Mitokondria dan kloroplas (dalam tanaman) menghasilkan sebagian besar

ATP yang digunakan sel untuk mendorong reaksi yang membutuhkan input energi
bebas; Kloroplas adalah versi khusus dari plastid, yang juga dapat memiliki fungsi
lain dalam sel tanaman, seperti penyimpanan molekul makanan atau pigmen.
Lisosom mengandung enzim pencernaan yang menurunkan organel intraseluler
yang sudah mati, serta makromolekul dan partikel diambil dari luar sel oleh
endositosis. Dalam perjalanan mereka ke lisosom, bahan endositosis harus
terlebih dahulu melewati serangkaian organel yang disebut endosom. Peroksisom
adalah kompartemen vesikular kecil yang mengandung enzim yang digunakan
dalam berbagai reaksi oksidasi.
 Secara umum, setiap organel yang tertutup membran melakukan serangkaian
fungsi dasar yang sama di semua jenis sel. Tetapi untuk melayani fungsi khusus
sel, organel ini bervariasi dan dapat memiliki sifat tambahan yang berbeda dari
tipe sel ke tipe sel yang lain. Rata-rata, kompartemen tertutup membran
bersama-sama menempati hampir setengah volume sel (Tabel 12-1), dan sejumlah
besar membran intraseluler diperlukan untuk membuat semuanya. Dalam sel hati
dan pankreas, misalnya, retikulum endoplasma memiliki luas permukaan
membran total, masing-masing, 25 kali dan 12 kali lipat dari membran plasma
(Tabel 12-2). Dalam ketentuan dan massanya, membran plasma hanya membran
kecil di sebagian besar sel eukariotik, dan organel dikemas rapat dalam sitosol
(Gambar 12-2).

Tabel 12–1 Volume Relatif yang Diduduki oleh Kompartemen Intraseluler Utama
dalam Sel Hati (Hepatosit)

KOMPARTEMEN INTRASELULER PERSENTASE TOTAL VOLUME SEL

Sitosol 54

Mitokondria 22

Retikulum Endoplasma Kasar 9

Retikulum Endoplasma Halus dan 6

Aparatus Golgi

Nukleus
6
Peroksisom
1
Lisosom
1
Endosom
1

Organel yang tertutup membran sering memiliki posisi khas dalam sitosol.
Dalam sebagian besar sel, misalnya, Aparatus Golgi terletak dekat dengan nukleus,
sedangkan jaringan tubulus RE memanjang dari nukleus di seluruh sitosol. Posisi
ini tergantung pada interaksi organel dengan sitoskeleton. Lokalisasi RE dan
Aparatus Golgi, misalnya, tergantung pada susunan mikrotubulus yang utuh; jika
mikrotubulus secara eksperimental didepolimerisasi dengan obat, aparatus Golgi
memecah dan menyebar ke seluruh sel, dan jaringan RE runtuh ke arah pusat sel.

Asal-usul Tentang Evolusi Hubungan Topologis Organel

Untuk memahami hubungan antara kompartemen sel, ada baiknya untuk

mempertimbangkan bagaimana mereka mungkin berevolusi. Prekursor sel
eukariotik pertama dianggap organisme sederhana yang menyerupai bakteri, yang
umumnya memiliki membran plasma tetapi tidak memiliki membran internal.
Oleh karena itu membran plasma dalam sel-sel tersebut menyediakan semua
fungsi yang bergantung pada membran, termasuk pemompaan ion, sintesis ATP,
sekresi protein, dan sintesis lipid. Sel eukariotik masa kini yang khas adalah 10-30
kali lebih besar dalam dimensi linier dan 1000-10.000 kali lebih besar volume
daripada sebuah bakteri

Gambar 12–2 Sebuah

mikrograf elektron
dari bagian sel hati
terlihat pada
penampang. Contoh
menandakan sebagian
besar kompartemen
intraseluler utama.
(Atas perkenan Daniel
S. Friend.)

seperti E. coli. Banyaknya membran internal dapat dilihat, sebagai adaptasi

terhadap peningkatan ukuran ini: sel eukariotik memiliki rasio yang lebih kecil
dari luas permukaan terhadap volume, dan karena itu membran plasmanya
mungkin memiliki area yang terlalu kecil untuk menopang banyak fungsi vital
yang dilakukan membran. Sistem membran internal yang luas dari sel eukariotik
meringankan masalah ini. Evolusi membran internal jelas disertai spesialisasi
fungsi membran. Pertimbangkan, misalnya, pembentukan vesikula tilakoid dalam
kloroplas. Vesikel ini terbentuk ketika kloroplas dalam sel daun hijau berkembang
dari proplastid, organel prekursor kecil yang ada di semua sel tanaman yang
belum menghasilkan. Organel-organel ini dikelilingi oleh membran ganda dan
berkembang sesuai dengan kebutuhan sel-sel yang terdiferensiasi: mereka berubah
menjadi kloroplas dalam sel daun, tetapi menjadi organel yang menyimpan pati,
lemak, atau pigmen dalam jenis sel lain (Gambar 12-3A ). Ketika mereka berubah
menjadi kloroplas, tambalan membran khusus terbentuk, invaginasi, dan terjepit
dari membran bagian dalam proplastid. Vesikula yang dihasilkan membentuk
tilakoid, yang menampung semua perlengkapan fotosintesis kloroplas (Gambar
12-3B).

Kompartemen lain dalam sel eukariotik berasal dengan cara yang serupa
secara konseptual (Gambar 12-4). Invaginasi dan penjepitan struktur membran
intraseluler khusus dari membran plasma menciptakan organel dengan interior
yang secara topologi setara dengan bagian luar sel. Kita akan melihat bahwa
hubungan topologi ini berlaku untuk semua organel yang terlibat dalam jalur
sekresi dan endositik, termasuk RE , Aparatus Golgi, endosom, dan lisosom.
Karena itu kita dapat menganggap semua organel ini sebagai anggota dari famili
yang sama. Seperti yang kita diskusikan secara rinci dalam bab berikutnya,bagian
dalam mereka berkomunikasi secara luas satu sama lain dan dengan bagian luar
sel melalui vesikel pengangkut, yang keluar dari satu organel dan bergabung
dengan yang lainnya (Gambar 12-5).

Seperti dijelaskan dalam Bab 14, mitokondria dan plastid berbeda dari
organel lain yang tertutup membran karena mengandung genomnya sendiri. Sifat
genom ini, dan kemiripan yang dekat dari protein dalam organel ini dengan yang
ada pada beberapa bakteri masa kini, sangat menyarankan bahwa mitokondria dan
plastida berevolusi dari bakteri yang ditelan oleh sel-sel lain yang pada awalnya
mereka hidup dalam simbiosis (dibahas dalam Bab 1 dan 14). Menurut skema
hipotetis yang ditunjukkan pada Gambar 12-4B, membran dalam mitokondria dan
plastida sesuai dengan membran plasma asli bakteri, sementara lumen organel ini
berevolusi dari sitosol bakteri. Seperti yang dapat kita harapkan dari asal endositik,
kedua organel ini dikelilingi oleh membran ganda, dan mereka tetap terisolasi dari
lintasan vesikular luas yang menghubungkan bagian dalam sebagian besar organel
lain yang tertutup membran satu sama lain ke luar sel.

Skema evolusi yang diuraikan di atas mengelompokkan kompartemen

intraseluler dalam sel eukariotik ke dalam empat famili berbeda: (1) nukleus dan
sitosol, yang berkomunikasi satu sama lain melalui kompleks pori nuklir dan
dengan demikian secara kontinu berkelanjutan (walaupun berbeda secara
fungsional); (2) semua organel yang berfungsi dalam jalur sekresi dan endositik
termasuk RE, Aparatus Golgi, endosom, dan lisosom, berbagai perantara
pengangkutan seperti vesikel pengangkut yang bergerak di antara mereka, dan
kemungkinan peroksisom; (3) mitokondria; dan (4) plastida (khusus tanaman).

Protein Dapat Bergerak Diantara Kompartemen dengan Berbagai Cara

Sintesis semua protein dimulai pada ribosom dalam sitosol, kecuali beberapa
yang disintesis pada ribosom mitokondria dan plastid. Nasib mereka selanjutnya
tergantung pada urutan asam amino mereka, yang dapat mengandung sinyal
penyortiran yang mengarahkan pengiriman mereka ke lokasi di luar sitosol.
Sebagian besar protein tidak memiliki sinyal penyortiran dan akibatnya tetap
dalam sitosol sebagai penghuni tetap. Namun, banyak yang lain memiliki sinyal
penyortiran khusus yang mengarahkan transpornya dari sitosol ke dalam nukleus,
RE, mitokondria, plastid, atau peroksisom; sinyal penyortiran juga dapat
mengarahkan pengangkutan protein dari RE ke tujuan lain di dalam sel.
Gambar 12–3 Perkembangan plastid. (A) Proplastid diwariskan dengan sitoplasma sel telur
tanaman. Ketika sel-sel tanaman belum matang berdiferensiasi, proplastid berkembang sesuai
dengan kebutuhan sel khusus: mereka dapat menjadi kloroplas (dalam sel daun hijau), plastida
penyimpanan yang menumpuk pati (misalnya, dalam umbi kentang) atau tetesan minyak dan lipid
(misalnya, dalam biji berlemak), atau chromoplasts yang mengandung pigmen (misalnya, dalam
kelopak bunga). (B) Pengembangan tilakoid. Ketika kloroplas berkembang, bercak-bercak
membran khusus dalam membran bagian dalam proplastid menginvagasi dan menggentas untuk
membentuk vesikula tilakoid, yang kemudian berkembang menjadi tilakoid dewasa. Membran
tilakoid membentuk kompartemen terpisah, ruang tilakoid, yang secara struktural dan fungsional
berbeda dari sisa kloroplas. Tilakoid-tilakoid dapat tumbuh dan membelah secara mandiri seiring
dengan berkembang biaknya kloroplas.

Gambar 12–4 Skema hipotetis untuk asal usul evolusi beberapa organel. Asal-usul mitokondria,
kloroplas, RE, dan inti sel mungkin menjelaskan hubungan topologi kompartemen ini dalam sel
eukariotik. (A) Jalur yang memungkinkan untuk evolusi inti sel dan RE. Pada beberapa bakteri,
molekul DNA tunggal yang terdiri dari kromosom bakteri melekat pada invaginasi membran
plasma. Invaginasi seperti itu dalam sel procaryotic yang sangat kuno bisa disusun kembali untuk
membentuk sebuah pembungkus di sekitar DNA, sementara masih memungkinkan akses DNA ke
sitosol sel (seperti yang diperlukan untuk DNA untuk mengarahkan sintesis protein). Pembungkus
ini diduga akhirnya terjepit sepenuhnya dari membran plasma, menghasilkan kompartemen nuklir
yang dikelilingi oleh membran ganda. Seperti diilustrasikan, lorong berpagar yang disebut
kompleks pori nuklir (NPC) menembus pembungkus nuklir. Karena dikelilingi oleh dua membran
yang berada dalam kontinuitas di mana mereka ditembus oleh NPC, kompartemen nuklir secara
topologi setara dengan sitosol; pada kenyataannya, selama mitosis, isi nuklir bercampur dengan
sitosol. Lumen RE kontinu dengan ruang antara membran nuklir bagian dalam dan luar, dan secara
topologi setara dengan ruang ekstraseluler (lihat Gambar 12-5). (B) Mitokondria (dan plastid)
diperkirakan berasal ketika bakteri ditelan oleh sel preeukariotik yang lebih besar. Ini bisa
menjelaskan mengapa mereka mengandung genom mereka sendiri dan mengapa lumen organel ini
tetap terisolasi dari lalu lintas membran yang menghubungkan lumen dari banyak kompartemen
intraseluler lainnya.

Untuk memahami prinsip-prinsip umum di mana sinyal penyortiran

beroperasi, penting untuk membedakan tiga cara yang berbeda secara mendasar di
mana protein berpindah dari satu kompartemen ke kompartemen lain. Tiga
mekanisme ini dijelaskan di bawah ini, dan tempat aksi mereka dalam sel
diuraikan pada Gambar 12-6. Kami membahas dua mekanisme pertama dalam
bab ini, dan yang ketiga (panah hijau pada Gambar 12-6) di Bab 13.

1. Dalam transportasi berpagar, protein bergerak antara sitosol dan nukleus (yang
secara topologi setara) melalui kompleks pori nuklir di dalam pembungkus nuklir.
Kompleks pori nuklir berfungsi sebagai gerbang selektif yang secara aktif
mengangkut makromolekul spesifik dan rakitan makromolekul, meskipun mereka
juga memungkinkan difusi bebas molekul yang lebih kecil.

2. Dalam transpor membran, translocator protein transmembran secara langsung

mengangkut protein spesifik melintasi membran dari sitosol ke ruang yang
berbeda secara topologi. Molekul protein yang diangkut biasanya harus terbuka
untuk menembus translocator. Transpor awal protein terpilih dari sitosol ke lumen
RE atau mitokondria, misalnya, terjadi dengan cara ini.

Gambar 12–5 Hubungan topologis antara kompartemen jalur sekretori dan endositik
dalam sel eukariotik. Ruang yang setara secara topologi ditampilkan dalam warna merah.
Pada prinsipnya, siklus tunas dan fusi membran memungkinkan lumen dari salah satu organel
ini untuk berkomunikasi dengan yang lain dan dengan bagian luar sel dengan cara
mengangkut vesikel. Tanda panah biru menunjukkan lalu lintas vesikuler outbound dan
inbound yang luas (dibahas pada Bab 13). Beberapa organel, terutama mitokondria dan
(dalam sel tanaman) plastid, tidak ambil bagian dalam komunikasi ini dan diisolasi dari lalu
lintas antara organel yang ditunjukkan di sini.

3. Dalam transpor vesikular, intermediet transpor yang tertutup membran yang

mungkin berupa vesikel transferis kecil atau lebih besar, fragmen organel yang
berbentuk tidak teratur mengangkut protein dari satu kompartemen ke
kompartemen lain. Transportasi vesikel dan fragmen menjadi dimuat dengan
muatan molekul yang berasal dari lumen satu kompartemen saat mereka bertunas
dan menggentas dari membrannya; mereka membuang muatannya ke
kompartemen kedua dengan menyatu dengan selaput yang melingkupi
kompartemen itu (Gambar 12–7). Pemindahan protein larut dari RE ke Aparatus
Golgi, misalnya, terjadi dengan cara ini. Karena protein yang diangkut tidak
melintasi membran, transpor vesikular dapat memindahkan protein hanya antara
kompartemen yang secara topologi setara (lihat Gambar 12-5).

Gambar 12–6 “peta jalur” lalu lintas protein yang disederhanakan. Protein dapat bergerak dari
satu kompartemen ke kompartemen lain dengan transportasi berpagar (merah), transpor membran
(biru), atau transpor vesikular (hijau). Sinyal penyortiran yang mengarahkan pergerakan protein
tertentu melalui sistem, dan dengan demikian menentukan lokasi akhirnya dalam sel. , terkandung
dalam setiap urutan asam amino protein. Perjalanan dimulai dengan sintesis protein pada ribosom
dalam sitosol dan berakhir ketika protein mencapai tujuan akhirnya. Di setiap stasiun perantara
(kotak), keputusan dibuat apakah protein akan disimpan di kompartemen itu atau diangkut lebih
lanjut. Pada prinsipnya, sinyal penyortiran dapat diperlukan untuk retensi masuk atau keluar dari
kompartemen. Kami akan merujuk pada gambar ini sering sebagai panduan dalam bab ini dan
berikutnya, menyoroti warna jalur tertentu yang sedang dibahas.

Setiap mode transfer protein biasanya dipandu oleh sinyal penyortiran pada
protein yang diangkut, yang dikenali oleh reseptor penyortiran komplementer.
Jika sebuah protein besar akan diimpor ke dalam nukleus, ia harus memiliki sinyal
penyortiran yang dikenali oleh protein reseptor untuk membimbingnya melalui
kompleks pori nuklir. Jika suatu protein harus ditransfer secara langsung melintasi
membran, ia harus memiliki sinyal penyortiran yang diakui oleh translocator
membran. Demikian juga, jika suatu protein dimasukkan ke dalam jenis vesikel
tertentu atau dipertahankan dalam organel tertentu, reseptor komplementer dalam
membran yang sesuai harus mengenali sinyal penyortirannya.

Mengurutkan Sinyal Protein Langsung ke Alamat Sel yang Benar

Sebagian besar sinyal penyortiran protein berada dalam rentetan urutan asam
amino, biasanya 15-60 residu. Urutan sinyal ini sering ditemukan di terminal-N;
peptidase sinyal khusus menghilangkan urutan sinyal dari protein jadi setelah
proses penyortiran selesai. Urutan sinyal juga bisa berupa bentangan internal asam
amino, yang tetap menjadi bagian dari protein. Dalam beberapa kasus, sinyal
penyortiran terdiri dari beberapa urutan asam amino internal yang membentuk
susunan atom tiga dimensi yang spesifik pada permukaan protein, yang disebut
patch sinyal.

Setiap urutan sinyal menentukan tujuan tertentu dalam sel. Protein yang
ditakdirkan untuk transfer awal ke RE biasanya memiliki urutan sinyal di
N-terminus mereka, yang secara khas mencakup urutan yang terdiri dari sekitar
5-10 asam amino hidrofobik. Banyak dari protein ini pada gilirannya akan
berpindah dari RE ke aparatus Golgi, tetapi mereka dengan urutan sinyal spesifik
dari empat asam amino pada C-terminus mereka diakui sebagai penghuni RE dan
dikembalikan ke RE. Protein yang ditujukan untuk mitokondria memiliki urutan
sinyal dari jenis lain, di mana asam amino bermuatan positif berganti dengan yang
hidrofobik. Akhirnya, banyak protein yang ditakdirkan untuk peroksisom
memiliki urutan sinyal dari tiga asam amino yang khas pada C-terminus mereka.

Eksperimen di mana peptida ditransfer dari satu protein ke protein lain

dengan teknik rekayasa genetika telah menunjukkan pentingnya masing-masing
urutan sinyal ini untuk penargetan protein. Menempatkan urutan sinyal RE
N-terminuspada awal protein sitosol, misalnya, mengarahkan ulang protein ke RE.
Karenanya urutan sinyal diperlukan dan memadai untuk penargetan protein.
Meskipun urutan asam amino mereka dapat sangat bervariasi, urutan sinyal dari
semua protein yang memiliki tujuan yang sama secara fungsional dapat
dipertukarkan; sifat fisik, seperti hidrofobisitas, sering tampaknya lebih penting
dalam proses pengenalan sinyal daripada urutan asam amino yang tepat. Urutan
sinyal dikenali oleh reseptor pengurutan komplementer yang memandu protein ke
tujuan yang sesuai, di mana reseptor menurunkan muatannya. Reseptor berfungsi
secara katalitik: setelah menyelesaikan satu putaran penargetan, mereka kembali
ke titik asal untuk digunakan kembali. Kebanyakan reseptor penyortiran
mengenali kelas-kelas protein daripada spesies protein individu. Karena itu
mereka dapat dipandang sebagai sistem transportasi umum, yang didedikasikan
untuk mengirimkan komponen yang berbeda ke lokasi yang benar di dalam sel.
Panel 12-1 menjelaskan cara-cara utama mempelajari bagaimana protein
diarahkan dari sitosol ke kompartemen tertentu dan mekanisme translokasi
mereka melintasi membran.
Gambar 12–7 Tunas dan fusi Vesikel selama transportasi vesikular. Mengangkut vesikel tunas
dari satu kompartemen (donor) dan sekering dengan kompartemen (target) lainnya. Dalam
prosesnya, komponen yang larut (titik merah) dipindahkan dari lumen ke lumen. Perhatikan bahwa
membran juga ditransfer dan bahwa orientasi awal protein dan lipid dalam membran kompartemen
donor dipertahankan dalam membran kompartemen target. Dengan demikian, protein membran
mempertahankan orientasi asimetrisnya, dengan domain yang sama selalu menghadap sitosol.

Kebanyakan Organel Tidak Dapat Dibangun De Novo: Mereka

Membutuhkan Informasi dalam Organelle Sendiri

Ketika sel bereproduksi berdasarkan pembelahan, ia harus menduplikasi

organelnya. Secara umum, sel melakukan ini dengan memasukkan molekul baru
ke dalam organel yang ada, sehingga memperbesar mereka; organel yang
membesar kemudian membelah dan didistribusikan ke dua sel anak. Jadi, setiap
sel anak mewarisi satu set lengkap membran sel khusus dari induknya. Warisan
ini sangat penting karena sel tidak dapat membuat membran seperti itu dari awal.
Jika RE sepenuhnya dihapus dari sel, misalnya, bagaimana mungkin sel
merekonstruksi itu? Seperti yang akan kita bahas nanti, protein membran yang
menentukan RE dan melakukan banyak fungsinya adalah produk RE itu sendiri.
RE baru tidak dapat dibuat tanpa RE yang ada atau, setidaknya, membran yang
secara khusus mengandung protein-
PANEL 12–1: Pendekatan untuk Mempelajari Urutan Sinyal dan Translokasi
Protein di Seluruh Membran

PENDEKATAN TRANSFEKSI UNTUK MENETAPKAN URUTAN SINYAL

Salah satu cara untuk menunjukkan bahwa urutan sinyal diperlukan dan
cukup untuk menargetkan protein ke kompartemen intraseluler tertentu adalah
dengan membuat protein fusi di mana urutan sinyal dilampirkan oleh teknik
rekayasa genetika ke protein yang biasanya berada di sitosol. Setelah pengkodean
cDNA protein ini ditransfusikan ke dalam sel, lokasi protein fusi ditentukan oleh
immunostaining atau dengan fraksinasi sel. Dengan mengubah urutan sinyal
menggunakan situs mutagenesis terarah, kita dapat menentukan fitur struktural
mana yang penting untuk fungsinya.

PENDEKATAN BIOKIMIA UNTUK MEMPELAJARI MEKANISME

TRANSLOKASI PROTEIN

Dalam pendekatan ini, protein berlabel yang mengandung urutan sinyal

spesifik diangkut ke organel terisolasi secara in vitro. Protein berlabel biasanya
diproduksi dengan terjemahan bebas sel dari mRNA murni yang mengkode
protein; asam amino radioaktif digunakan untuk memberi label pada protein yang
baru disintesis sehingga dapat dibedakan dari banyak protein lain yang ada dalam
sistem terjemahan in vitro.Tiga metode yang biasa digunakan untuk menguji
apakah protein berlabel telah ditranslokasi ke dalam organel:Dengan
mengeksploitasi pengujian in vitro semacam itu, seseorang dapat menentukan
komponen apa (protein, ATP, GTP, dll.) Yang diperlukan untuk proses
translokasi.

PENDEKATAN GENETIK UNTUK MEMPELAJARI MEKANISME

TRANSLOKASI PROTEIN

Sel-sel ragi dengan mutasi pada gen yang menyandikan komponen mesin
translokasi telah berguna untuk mempelajari translokasi protein. Karena sel mutan
yang tidak dapat mentranslokasi protein apa pun di membrannya akan mati,
tantangannya adalah menemukan mutasi yang hanya menyebabkan sebagian cacat
pada translokasi protein.Salah satu strategi eksperimental menggunakan rekayasa
genetika untuk merancang sel ragi khusus. Enzim histidinol dehydrogenase,
misalnya, biasanya berada di sitosol, di mana ia diperlukan untuk menghasilkan
histidin asam amino esensial dari histidinol prekursornya. Strain ragi dibangun di
mana gen histidinol dehydrogenase digantikan oleh gen rekayasa ulang yang
mengkode protein fusi dengan urutan sinyal tambahan yang salah mengarahkan
enzim ke retikulum endoplasma (RE).

Ketika sel-sel tersebut tumbuh tanpa histidin, mereka mati karena semua
dehidrogenase histidinol diasingkan di RE, di mana itu tidak ada gunanya. Namun,
sel dengan mutasi yang hanya menonaktifkan sebagian mekanisme untuk
mentranslokasi protein dari sitosol ke RE, akan bertahan karena sitosol
mempertahankan cukup banyak dehidrogenase untuk menghasilkan
histidin.Seringkali seseorang memperoleh sel di mana protein mutan dalam mesin
translokasi masih berfungsi sebagian pada suhu normal tetapi benar-benar tidak
aktif pada suhu yang lebih tinggi. Sebuah sel yang membawa mutasi yang peka
terhadap suhu mati pada suhu yang lebih tinggi, baik terdapat histidin maupun
tidak, karena tidak dapat memindahkan protein apa pun ke RE. Gen normal yang
dinonaktifkan oleh mutasi yang sensitif terhadap suhu dapat diidentifikasi dengan
mentransfeksi sel mutan dengan vektor plasmid ragi di mana fragmen DNA
genom ragi acak telah dikloning: fragmen DNA spesifik yang menyelamatkan
sel-sel mutan ketika mereka ditanam di suhu tinggi harus menyandikan versi tipe
liar dari gen mutan.

-translocator diperlukan untuk mengimpor protein terpilih ke RE dari sitosol

(termasuk translocator khusus RE-nya sendiri). Hal yang sama berlaku untuk
mitokondria dan plastid (lihat Gambar 12–6). Dengan demikian, tampaknya
informasi yang diperlukan untuk membangun organel tidak berada secara
eksklusif dalam DNA yang menentukan protein organel. Informasi dalam bentuk
setidaknya satu protein berbeda yang sudah ada sebelumnya dalam membran
organel juga diperlukan, dan informasi ini diteruskan dari sel induk ke sel progeni
dalam bentuk organel itu sendiri. Agaknya, informasi tersebut sangat penting
untuk penyebaran organisasi kompartemen sel, seperti halnya informasi dalam
DNA sangat penting untuk propagasi urutan nukleotida dan asam amino sel. Akan
tetapi, seperti yang kita diskusikan secara lebih rinci dalam Bab 13, RE
mengeluarkan aliran konstan membran vesikel yang hanya menggabungkan
subset protein RE dan karenanya memiliki komposisi yang berbeda dari RE itu
sendiri. Demikian pula, membran plasma secara konstan menghasilkan berbagai
jenis vesikel endositik khusus. Dengan demikian, beberapa organel dapat
terbentuk dari organel lain dan tidak harus diwariskan pada pembelahan sel.

Ringkasan

Sel eukariotik mengandung membran intraseluler yang membungkus hampir

setengah volume total sel dalam kompartemen intraseluler terpisah yang disebut
organel. Jenis utama organel yang terdapat dalam semua sel eukariotik adalah
retikulum endoplasma, aparatus Golgi, nukleus, mitokondria, lisosom, endosom,
dan peroksisom; tanaman Sel-sel juga mengandung plastida, seperti kloroplas.
Setiap organel mengandung seperangkat protein yang berbeda, yang memediasi
fungsi uniknya. Setiap protein organel yang baru disintesis harus menemukan
jalannya dari ribosom dalam sitosol, di mana protein dibuat, ke organel tempat
fungsinya. Itu dilakukan dengan mengikuti jalur spesifik, dipandu dengan
menyortir sinyal dalam urutan asam aminonya yang berfungsi sebagai urutan
sinyal atau tambalan sinyal. Sinyal pengelompokan dikenali oleh reseptor
pengurutan komplementer, yang mengirimkan protein ke organel target yang
sesuai. Protein yang berfungsi dalam sitosol tidak mengandung sinyal
penyortiran dan karenanya tetap ada setelah disintesis. Selama pembelahan sel,
organel seperti RE dan mitokondria didistribusikan secara utuh ke setiap sel anak.
Organel ini mengandung informasi yang diperlukan untuk konstruksi mereka,
sehingga tidak dapat dibuat secara de novo.

TRANSPORTASI MOLEKUL ANTARA NUCLEUS DAN SITOSOL

Pembungkus nuklir membungkus DNA dan mendefinisikan kompartemen

nuklir. Pembunugkus ini terdiri dari dua membran konsentris, yang ditembus oleh
kompleks pori nuklir (Gambar 12-8). Meskipun membran nuklir bagian dalam
dan luar kontinu, mereka mempertahankan komposisi protein yang berbeda.
Membran nuklir bagian dalam mengandung protein spesifik yang bertindak
sebagai tempat penahan untuk kromatin dan untuk lamina nuklir, sebuah kerja
sambung protein yang menyediakan dukungan struktural untuk amplop nuklir.
Membran bagian dalam dikelilingi oleh membran nuklir bagian luar, yang kontinu
dengan membran RE. Seperti membran RE (dibahas nanti), membran nuklir
bagian luar dipenuhi dengan ribosom yang terlibat dalam sintesis protein. Protein
yang dibuat pada ribosom ini diangkut ke ruang antara membran nuklir bagian
dalam dan luar (ruang perinuklear), yang kontinu dengan lumen RE. Lalu lintas
dua arah terjadi terus menerus antara sitosol dan nukleus. Banyak protein yang
berfungsi dalam nukleus — termasuk histones, DNA dan RNA polimerase,
protein pengatur gen, dan protein pemroses RNA — secara selektif diimpor ke
kompartemen nuklir dari sitosol, tempat mereka dibuat. Pada saat yang sama,
tRNA dan mRNA disintesis dalam kompartemen nuklir dan kemudian diekspor ke
sitosol. Seperti proses impor, proses ekspor juga selektif; mRNA, misalnya,
diekspor hanya setelah dimodifikasi dengan baik oleh reaksi pemrosesan RNA
dalam nukleus. Dalam beberapa kasus, proses transportasi sangat kompleks.
Protein ribosom, misalnya, dibuat dalam sitosol dan diimpor ke dalam nukleus, di
mana mereka berkumpul dengan RNA ribosom yang baru dibuat menjadi partikel.
Partikel-partikel tersebut kemudian diekspor ke sitosol, di mana mereka
berkumpul menjadi ribosom. Masing-masing langkah ini membutuhkan
transportasi selektif melintasi pembungkus nuklir.

Kompleks Pori Nuklir Melubangi Pembungkus Nuklir

Struktur besar dan rumit yang dikenal sebagai kompleks pori nuklir (NPC)
melubangi pembungkus nuklir semua eukariot. Dalam sel-sel hewan,
masing-masing NPC memiliki perkiraan massa molekul sekitar 125 juta dalton
dan terdiri dari sekitar 30 protein NPC yang berbeda, atau nukleoporin, yang hadir
dalam banyak salinan dan diatur dengan simetri oktagonal yang mencolok .
Pembungkus nuklir sel mamalia khas mengandung 3000-4000 NPC, dan total lalu
lintas yang melewati masing-masing NPC sangat besar: setiap NPC dapat
mengangkut hingga 500 makromolekul per detik dan dapat mengangkut kedua
arah pada waktu yang sama.
 Bagaimana cara mengkoordinasikan aliran dua arah makromolekul untuk
menghindari kemacetan dan tabrakan langsung tidak diketahui. Setiap NPC
mengandung satu atau lebih saluran air, di mana molekul-molekul kecil yang larut
dalam air dapat berdifusi secara pasif. Para peneliti telah menentukan ukuran
efektif bagian-bagian ini dengan menyuntikkan molekul berlabel air yang berlabel
ukuran berbeda ke dalam sitosol dan kemudian mengukur laju difusi mereka ke
dalam nukleus. Molekul kecil (5000 dalton atau kurang) berdifusi dengan sangat
cepat sehingga kita dapat mempertimbangkan pembungkus nuklir yang dapat
ditembus secara bebas. Namun, protein besar melintasi NPC jauh lebih lambat;
semakin besar protein, semakin lambat ia melewati NPC. Protein yang lebih besar
dari 60.000 dalton hampir tidak bisa masuk melalui difusi pasif. Ukuran cut-off
untuk difusi bebas ini diperkirakan dihasilkan dari struktur NPC.

Banyak protein NPC yang melapisi pori-pori pusat mengandung daerah luas
yang tidak terstruktur, yang diperkirakan membentuk kusut yang tidak teratur
(seperti hamparan rumput laut di lautan), menghalangi pembukaan sentral di NPC
hingga lewatnya makromolekul besar, tetapi meninggalkan celah kecil. untuk
memungkinkan difusi molekul yang lebih kecil. Karena banyak protein sel terlalu
besar untuk berdifusi secara pasif melalui NPC, kompartemen nuklir dan sitosol
dapat mempertahankan pelengkap protein yang berbeda.

Ribosom sitosol dewasa, misalnya, berdiameter sekitar 30 nm dan karenanya

tidak dapat berdifusi melalui NPC, membatasi sintesis protein dengan sitosol.
Tetapi bagaimana inti mengekspor subunit ribosom yang baru dibuat atau
mengimpor molekul besar, seperti DNA dan RNA polimerase, yang memiliki
berat molekul subunit 100.000-200.000 dalton? Seperti yang akan kita bahas
selanjutnya, molekul ini dan banyak molekul protein dan RNA lainnya berikatan
dengan protein reseptor spesifik yang membawa molekul besar secara aktif
melalui NPC.

Sinyal Pelokalan Nuklir Mengarahkan Protein Nuklir ke Inti

 Ketika protein secara eksperimental diekstraksi dari nukleus dan
diperkenalkan kembali ke dalam sitosol, bahkan yang sangat besar reakumulasi
secara efisien dalam nukleus. Sinyal penyortiran yang disebut sinyal pelokalan
nuklir bertanggung jawab atas selektivitas proses impor nuklir aktif ini.
Sinyal-sinyal telah didefinisikan secara tepat dengan menggunakan teknologi
DNA rekombinan untuk banyak protein nuklir, serta untuk protein yang
memasuki nukleus hanya sementara. Dalam banyak protein, sinyal terdiri dari satu
atau dua sekuens pendek yang kaya akan asam amino bermuatan positif lisin dan
arginin, dengan urutan yang tepat bervariasi untuk protein nuklir yang berbeda.
Protein nuklir lainnya mengandung sinyal yang berbeda, beberapa di antaranya
belum ditandai. Sinyal lokalisasi nuklir dapat ditempatkan hampir di mana saja
dalam urutan asam amino dan dianggap membentuk loop atau tambalan pada
permukaan protein. Banyak fungsi bahkan ketika dihubungkan sebagai peptida
pendek dengan rantai samping lisin pada permukaan protein sitosol, menunjukkan
bahwa lokasi yang tepat dari sinyal dalam urutan asam amino dari protein nuklir
tidak penting. Selain itu, selama salah satu subunit protein dari kompleks
multikomponen menampilkan sinyal lokalisasi nuklir, kompleks tersebut dapat
diimpor ke dalam nukleus.

Seseorang dapat membuat transportasi protein nuklir melalui NPC terlihat

oleh lapisan partikel emas dengan sinyal lokalisasi nuklir, menyuntikkan partikel
ke dalam sitosol, dan kemudian mengikuti nasib mereka dengan mikroskop
elektron. Seseorang dapat membuat transportasi protein nuklir melalui NPC
terlihat oleh lapisan partikel emas dengan sinyal lokalisasi nuklir, menyuntikkan
partikel ke dalam sitosol, dan kemudian mengikuti nasibnya dengan mikroskop
elektron . Pengangkutan dimulai ketika partikel mengikat fibril seperti tentaclel
yang memanjang dari tepi NPC ke dalam sitoplasma, dan kemudian melanjutkan
melalui pusat NPC. Agaknya, daerah-daerah yang tidak terstruktur dari protein
NPC yang membentuk penghalang difusi untuk molekul-molekul besar
(disebutkan sebelumnya) didorong menjauh untuk memungkinkan
partikel-partikel emas yang dilapisi untuk memeras. Pengangkutan makromolekul
melintasi NPC berbeda secara fundamental dari pengangkutan protein melintasi
membran organel lain, dalam hal itu terjadi melalui pori berair besar daripada
melalui pengangkut protein yang menjangkau satu atau lebih bilayer lipid. Untuk
alasan ini, protein nuklir yang terlipat penuh dapat diangkut ke dalam nukleus
melalui NPC, dan subunit ribosom yang baru terbentuk diangkut keluar dari
nukleus sebagai partikel yang dirakit. Sebaliknya, protein harus dibuka secara luas
untuk dipindahkan ke sebagian besar organel lain, seperti yang akan kita bahas
nanti. Dalam mikroskop elektron, bagaimanapun, partikel yang sangat besar yang
melintasi NPC tampaknya menjadi terkompresi ketika mereka memeras melalui
pori-pori, menunjukkan bahwa mereka mengalami restrukturisasi selama
transportasi. Ekspor beberapa mRNA yang sangat besar telah dipelajari secara
luas, seperti yang dibahas pada Bab 6.

Reseptor Impor Nuklir Mengikat Sinyal Lokalisasi Nuklir dan protein

NPCUntuk memulai impor nuklir, sebagian besar sinyal lokalisasi nuklir harus
dikenali oleh reseptor impor nuklir, yang dikodekan oleh keluarga gen terkait.
Setiap anggota mengkodekan protein reseptor yang khusus untuk pengangkutan
subset protein muatan yang mengandung sinyal lokalisasi nuklir yang dapat diikat
oleh reseptor . Reseptor impor adalah protein sitosol terlarut yang mengikat baik
untuk sinyal lokalisasi nuklir pada protein yang akan diangkut dan ke protein NPC,
beberapa di antaranya membentuk fibril dari NPC yang meluas ke sitosol. Fibril
ini, serta banyak dari protein NPC yang melapisi pusat NPC dan berkontribusi
pada penghalang difusi, termasuk sejumlah besar pengulangan asam amino
pendek yang mengandung fenilalanin dan glisin dan oleh karena itu disebut
FGrepeats (dinamai setelah Kode-newsletter untuk asam amino ini, dibahas pada
Bab 3).

Pengulangan FG berfungsi sebagai situs yang mengikat untuk reseptor impor.

Mereka diperkirakan berbaris di jalur melalui NPC yang diambil oleh reseptor
impor dan protein muatan terikat mereka. Kompleks reseptor-kargo bergerak di
sepanjang jalur transportasi dengan berulang-ulang mengikat, memisahkan, dan
kemudian mengikat kembali ke urutan FG-repeat yang berdekatan. Dengan cara
ini, kompleks melompat dari satu protein NPC ke yang lain untuk melintasi
interior NPC yang kusut. Begitu masuk ke dalam nukleus, reseptor impor
dipisahkan dari kargo mereka dan kembali ke sitosol.

Reseptor impor nuklir tidak selalu mengikat protein nuklir secara langsung.
Protein adaptor tambahan kadang-kadang membentuk jembatan antara reseptor
impor dan sinyal lokalisasi nuklir pada protein yang akan diangkut. Beberapa
protein adaptor secara struktural terkait dengan reseptor impor nuklir,
menunjukkan asal evolusi yang sama.Dengan menggunakan berbagai reseptor dan
adaptor impor yang berbeda, sel-sel dapat mengenali repertoar luas dari sinyal
lokalisasi nuklir yang ditampilkan pada protein nuklir.

Ekspor Nuklir Bekerja Seperti Impor Nuklir, Tetapi Terbalik

Ekspor nuklir dari molekul besar, seperti subunit ribosom baru dan molekul
RNA, terjadi melalui NPC dan juga tergantung pada sistem transportasi selektif.
Sistem transportasi bergantung pada sinyal ekspor nuklir pada makromolekul
yang akan diekspor, serta pada reseptor ekspor nuklir pelengkap. Reseptor ini
mengikat baik sinyal ekspor dan protein NPC untuk memandu kargo mereka
melalui NPC ke sitosol. Banyak reseptor ekspor nuklir secara struktural terkait
dengan reseptor impor nuklir, dan mereka dikodekan oleh keluarga gen yang sama
dari reseptor transportasi nuklir, atau karyopherin. Dalam ragi, ada 14 gen yang
mengkode anggota keluarga ini; dalam sel hewan, jumlahnya jauh lebih besar.
Seringkali tidak mungkin untuk mengetahui dari urutan asam amino mereka
sendiri apakah anggota keluarga tertentu bekerja sebagai impor nuklir atau
reseptor ekspor nuklir. Seperti yang mungkin diharapkan, oleh karena itu, sistem
transportasi impor dan ekspor bekerja dengan cara yang serupa tetapi dalam arah
yang berlawanan: reseptor impor mengikat molekul kargo mereka di sitosol,
melepaskannya dalam nukleus, dan kemudian diekspor ke sitosol untuk digunakan
kembali, sementara fungsi reseptor ekspor dengan cara yang berlawanan.

The Ran GTPase Memberlakukan Arahan pada Transportasi Melalui NPC

Impor protein nuklir melalui NPC memusatkan protein spesifik dalam

nukleus dan dengan demikian meningkatkan keteraturan dalam sel. Sel
memperoleh energi yang dibutuhkan untuk proses ini melalui hidrolisis GTP oleh
monomeric GTPase Ran. Ran ditemukan dalam sitosol dan nukleus, dan
diperlukan untuk impor dan ekspor nuklir. Seperti GTPase lainnya, Ran adalah
saklar molekuler yang dapat eksis di dua negara konformasi, tergantung pada
apakah PDB atau GTP terikat (dibahas pada Bab 3). Dua protein regulator
spesifik Ran memicu konversi antara kedua kondisi: protein pengaktivasi GTPase
sitosolik (GAP) memicu hidrolisis GTP dan dengan demikian mengubah
Ran-GTP menjadi Ran-GDP, dan faktor pertukaran guanin nuklir (GEF)
mendorong pertukaran GDP untuk GTP dan dengan demikian mengkonversi
Ran-GDP ke Ran-GTP. Karena Ran-GAP terletak di sitosol dan Ran-GEF terletak
di dalam nukleus, maka sitosol terutama mengandung Ran-GDP, dan nukleus
mengandung terutama Ran-GTP. Kemiringan dua bentuk konformasi Ran ini
mendorong pengangkutan nuklir ke arah yang sesuai. Docking reseptor impor
nuklir ke FG-berulang di sisi sitosolik NPC, misalnya, terjadi apakah reseptor ini
dimuat atau tidak dengan kargo yang sesuai. Impor reseptor kemudian lompat dari
FG-repeat ke FG-repeat.

Jika mereka mencapai sisi nuklir kompleks pori, Ran-GTP mengikat mereka,
dan, jika mereka tiba dimuat dengan molekul kargo, pengikatan Ran-GTP
menyebabkan reseptor impor melepaskan kargo mereka. Karena Ran-GDP dalam
sitosol tidak mengikat reseptor kargo, pembongkaran terjadi hanya pada sisi
nuklir NPC. Dengan cara ini, lokalisasi nuklir Ran-GTP menciptakan
directionality. Setelah mengeluarkan muatannya di dalam nukleus, reseptor impor
kosong dengan ikatan Ran-GTP diangkut kembali melalui kompleks pori ke
sitosol. Di sana, Ran-GAP memicu Ran-GTP untuk menghidrolisis GTP
terikatnya, sehingga mengubahnya menjadi Ran-GDP.

Reseptor impor kemudian siap untuk siklus impor nuklir lainnya. Ekspor
nuklir terjadi dengan mekanisme yang sama, kecuali bahwa Ran-GTP dalam
nukleus mempromosikan pengikatan kargo ke reseptor ekspor, daripada
memisahkannya. Setelah reseptor ekspor bergerak melalui pori ke sitosol,
Ran-GTP bertemu dengan Ran-GAP dan menghidrolisis GTP. Akibatnya,
reseptor ekspor melepaskan muatan dan Ran-GDP dalam sitosol. Reseptor ekspor
bebas kemudian dikembalikan ke inti untuk menyelesaikan siklus.

Transportasi Melalui NPC Dapat Diatur dengan Mengontrol Akses ke Mesin

Transportasi

Beberapa protein, seperti yang mengikat mRNA yang baru dibuat di dalam
nukleus, mengandung sinyal lokalisasi nuklir dan sinyal ekspor nuklir.
Protein-protein ini secara terus-menerus berpindah-pindah antara inti dan sitosol.
Tingkat relatif impor dan ekspor mereka menentukan lokalisasi steady-state
protein seperti itu. Jika tingkat impor melebihi tingkat ekspor, protein akan
berlokasi terutama di nukleus. Sebaliknya, jika laju ekspor melebihi tingkat impor,
protein akan berlokasi terutama di sitosol. Dengan demikian, mengubah tingkat
impor, ekspor, atau keduanya, dapat mengubah lokasi protein.

Beberapa protein bolak-balik bergerak terus-menerus ke dalam dan keluar

dari nukleus. Namun dalam kasus lain, pengangkutan dikontrol dengan ketat.
Seperti yang dibahas pada Bab 7, sel mengendalikan aktivitas beberapa protein
pengatur gen dengan menjaga mereka keluar dari nukleus sampai mereka
dibutuhkan di sana. Dalam banyak kasus, sel mengontrol transportasi dengan
mengatur lokalisasi nuklir dan sinyal ekspor; ini dapat dihidupkan atau dimatikan,
seringkali dengan fosforilasi asam amino dekat dengan urutan sinyal. Protein
pengatur gen lainnya terikat dengan protein sitosol penghambat yang mengikat
mereka di sitosol (melalui interaksi dengan sitoskeleton atau organel spesifik) atau
menutupi sinyal lokalisasi nuklir mereka sehingga mereka tidak dapat berinteraksi
dengan reseptor impor nuklir. Stimulus yang tepat melepaskan protein pengatur
gen dari jangkar atau topeng sitosolanya, dan kemudian diangkut ke dalam
nukleus.

Salah satu contoh penting adalah protein pengatur gen laten yang mengontrol
ekspresi protein yang terlibat dalam metabolisme kolesterol. Protein dibuat dan
disimpan dalam bentuk tidak aktif sebagai protein transmembran di RE. Ketika
kekurangan kolesterol, protein keluar dari RE ke apparatus Golgi di mana ia
bertemu dengan protease spesifik yang membelahnya, melepaskan domain
sitosolanya ke dalam sitosol. Domain ini kemudian diimpor ke dalam nukleus, di
mana ia mengaktifkan transkripsi gen yang diperlukan untuk impor dan sintesis
kolesterol. Seperti yang kita bahas secara rinci dalam Bab 6, sel-sel mengontrol
ekspor mRNA dari nukleus dengan cara yang sama. Protein yang memandu
mRNA keluar dari beban inti ke RNA saat transkripsi dan penyambungan
berlangsung. Setelah masuk ke dalam sitosol, protein dilucuti dan dengan cepat
dikembalikan ke nukleus. RNA lain, seperti snRNA dan tRNA, diekspor oleh
berbagai reseptor ekspor nuklir.

Selama Mitosis, Pembungkus Nuklir Terbongkar

Lamina nuklir, yang terletak di sisi nuklir dari membran nuklir bagian dalam,
adalah kerja sama dari subunit protein yang saling berhubungan yang disebut
nuklir lamins. Lamin adalah kelas khusus protein filamen menengah (dibahas
pada Bab 16) yang berpolimerisasi menjadi kisi dua dimensi. Lamina nuklir
memberikan bentuk dan stabilitas pada amplop nuklir, yang menjadi sandarannya
dengan menempel pada NPC dan protein membran integral dari membran nuklir
bagian dalam. Lamina juga berinteraksi langsung dengan kromatin, yang dengan
sendirinya berinteraksi dengan protein membran integral dari membran nuklir
bagian dalam. Bersama dengan lamina, protein membran bagian dalam ini
menyediakan hubungan struktural antara DNA dan pembungkus nuklir. Ketika
nukleus membongkar selama mitosis, lamina nuklir mengalami depolimerisasi.
Pembongkaran setidaknya sebagian merupakan konsekuensi dari fosforilasi
langsung dari lamin nuklir oleh protein kinase Cdk-dependent Cdk yang
diaktifkan pada permulaan mitosis (dibahas pada Bab 16).

Pada saat yang sama, protein dari membran nuklir bagian dalam difosforilasi,
dan NPC membongkar dan menyebar di dalam sitosol. Selama proses ini,
beberapa protein NPC terikat pada reseptor impor nuklir, yang memainkan peran
penting dalam mengumpulkan kembali NPC di akhir mitosis. Protein membran
pembungkus nuklir tidak lagi ditambatkan ke kompleks pori, lamina, atau
kromatin tersebar di seluruh membran RE. Protein motor dynein, yang bergerak
sepanjang mikrotubulus (dibahas pada Bab 17), secara aktif berpartisipasi dalam
merobek pembungkus nuklir dari kromatin. Bersama-sama, proses ini memecah
hambatan yang biasanya memisahkan nukleus dan sitosol, dan protein nuklir yang
tidak terikat pada membran atau kromosom bercampur sepenuhnya dengan
orang-orang dari sitosol.

Kemudian dalam mitosis, pembungkus nuklir berkumpul kembali di

permukaan kromosom. Selain peran penting dalam transportasi nuklir,
Ran-GTPase juga bertindak sebagai penanda posisi untuk kromatin selama
pembelahan sel, ketika komponen-komponen nuklir dan sitosol saling berbaur.
Karena Ran-GEF tetap terikat ke kromatin ketika amplop nuklir rusak, molekul
Ran yang dekat dengan kromatin terutama dalam konformasi terikat-GTP mereka.
Sebaliknya, molekul Ran lebih jauh memiliki kemungkinan tinggi untuk bertemu
Ran-GAP, yang didistribusikan ke seluruh sitosol; molekul Ran ini oleh karena itu
terutama dalam konformasi yang terikat PDB. Karenanya, kromatin dalam sel
mitosis dikelilingi oleh awan Ran-GTP. Awan ini secara lokal menggantikan
reseptor impor nuklir dari protein NPC, yang memulai proses perakitan NPC yang
melekat pada permukaan kromosom.

Pada saat yang sama, protein membran nuklir bagian dalam dan lamin yang
mengalami defosforilasi berikatan dengan kromatin. Membran RE membungkus
kelompok kromosom dan terus melebur hingga membentuk pembungkus nuklir
tertutup. Selama proses ini, NPC mulai secara aktif mengimpor kembali protein
yang mengandung sinyal lokalisasi nuklir. Karena pembungkus nuklir pada
awalnya diaplikasikan erat pada permukaan kromosom, nukleus yang baru
terbentuk mengecualikan semua protein kecuali yang awalnya terikat pada
kromosom mitosis dan yang secara selektif diimpor melalui NPC. Dengan cara ini,
semua protein besar lainnya dijauhkan dari inti yang baru terbentuk.

Sinyal lokalisasi nuklir tidak terputus setelah diangkut ke dalam nukleus,

mungkin karena protein nuklir perlu diimpor berulang kali, satu kali setelah setiap
pembelahan sel. Sebaliknya, sekali molekul protein telah diimpor ke dalam
organel lain yang tertutup membran, ia diturunkan dari generasi ke generasi dalam
kompartemen itu dan tidak perlu ditranslokasi lagi; urutan sinyal pada
molekul-molekul ini sering dihapus setelah translokasi protein. Seperti yang kita
bahas di Bab 17, Ran-GTP yang mengelilingi kromatin juga penting dalam
merakit gelendong mitosis dalam sel pembagi.

Ringkasan

Pembungkus nuklir terdiri dari membran nuklir bagian dalam dan luar. Membran
luar kontinu dengan membran RE, dan ruang di antara itu dan membran dalam
kontinu dengan lumen RE. Molekul RNA, yang dibuat dalam nukleus, dan subunit
ribosom, yang dirakit di sana, diekspor ke sitosol, sebaliknya, semua protein yang
berfungsi dalam nukleus disintesis dalam sitosol dan kemudian diimpor. Lalu
lintas material yang luas antara nukleus dan sitosol terjadi melalui kompleks pori
nuklir (NPC), yang menyediakan jalan langsung melintasi amplop nuklir. Molekul
kecil berdifusi secara pasif melalui NPC, tetapi makromolekul besar harus
diangkut secara aktif. Protein yang mengandung sinyal lokalisasi nuklir secara
aktif diangkut ke dalam melalui NPC, sedangkan molekul RNA dan sub unit
ribosom yang baru dibuat mengandung sinyal ekspor nuklir, yang mengarahkan
transpor aktif ke luar mereka melalui NPC dan nukleus.Ran-GTPase
menyediakan energi gratis dan arah untuk transportasi nuklir. Sel mengatur
transportasi protein nuklir dan molekul RNA melalui NPC dengan mengendalikan
akses molekul-molekul ini ke mesin transportasi. Karena sinyal lokalisasi nuklir
tidak dihilangkan, protein nuklir dapat diimpor berulang kali, seperti yang
diperlukan setiap kali nukleus berkumpul kembali setelah mitosis.

PENGANGKUTAN PROTEIN KE MITOKCHRDRIA DAN KLOROPLAS

Mitokondria dan kloroplas adalah organel tertutup membran ganda (dibahas
pada Bab 14). Mereka berspesialisasi dalam sintesis ATP, menggunakan energi
yang berasal dari transpor elektron dan fosforilasi oksidatif dalam mitokondria
dan dari fotosintesis dalam kloroplas. Meskipun kedua organel mengandung DNA
mereka sendiri, ribosom, dan komponen lain yang diperlukan untuk sintesis
protein, sebagian besar protein mereka dikodekan dalam inti sel dan diimpor dari
sitosol. Setiap protein yang diimpor harus mencapai subkompartemen organel
tertentu yang berfungsi. Ada dua subkompartemen dalam mitokondria: ruang
matriks internal dan ruang antarmembran. Kompartemen ini dibentuk oleh dua
membran mitokondria konsentris: membran dalam, yang membungkus ruang
matriks dan membentuk invaginasi luas yang disebut krista, dan membran luar,
yang bersentuhan dengan sitosol.

Kloroplas memiliki dua subkompartemen yang sama ditambah

subkompartemen tambahan, ruang tilakoid, yang dikelilingi oleh membran
tilakoid. Setiap subkompartemen dalam mitokondria dan kloroplas mengandung
satu set protein yang berbeda. Mitokondria dan kloroplas baru dihasilkan oleh
pertumbuhan organel yang sudah ada sebelumnya, diikuti oleh pembelahan.
Pertumbuhan terutama tergantung pada impor protein dari sitosol. Protein yang
diimpor harus diangkut melalui sejumlah membran berturut-turut dan berakhir di
tempat yang tepat. Proses pergerakan protein melintasi membran sering disebut
translokasi protein. Bagian ini menjelaskan bagaimana ini terjadi.

Translokasi ke Mitokondria Tergantung pada Urutan Sinyal dan

Penerjemah Protein

Protein yang diimpor ke mitokondria biasanya diambil dari sitosol dalam

hitungan detik atau menit setelah dilepaskan dari ribosom. Dengan demikian,
berbeda dengan translokasi protein ke RE, dijelaskan kemudian, protein
mitokondria pertama kali disintesis sepenuhnya sebagai protein prekursor
mitokondria dalam sitosol dan kemudian ditranslokasi ke mitokondria melalui
mekanisme pasca-translasi. Satu atau lebih urutan sinyal mengarahkan semua
protein prekursor mitokondria ke subkompartemen mitokondria yang sesuai.
Banyak protein yang memasuki ruang matriks mengandung urutan sinyal pada
N-terminus mereka yang peptidase sinyal dengan cepat dihapus setelah impor.
Lainnya, termasuk semua membran luar dan banyak membran dalam dan protein
ruang antarmembran, memiliki urutan sinyal internal yang tidak dihilangkan.
Urutan sinyal diperlukan dan memadai untuk impor dan lokalisasi protein yang
benar: ketika teknik rekayasa genetika digunakan untuk menghubungkan
sinyal-sinyal ini dengan protein sitosolik, sinyal mengarahkan protein ke
subkompartemen mitokondria yang benar.

Urutan sinyal yang mengarahkan protein prekursor ke ruang matriks

mitokondria paling baik dipahami. Mereka semua membentuk amfifilik sebuah
helix, di mana kluster residu bermuatan positif di satu sisi heliks, sementara
kluster residu hidrofobik yang tidak bermuatan di sisi yang berlawanan. Protein
reseptor spesifik yang memulai translokasi protein mengenali konfigurasi ini
daripada urutan asam amino yang tepat dari urutan sinyal. Kompleks protein
multisubunit yang berfungsi sebagai penerjemah protein memediasi translokasi
protein melintasi membran mitokondria.

Kompleks TOM mentransfer protein melintasi membran luar, dan dua

kompleks TIM (TIM23 dan TIM22) mentransfer protein melintasi membran
dalam. (TOM dan TIM berdiri untuk translocase membran mitokondria luar dan
dalam, masing-masing.) Kompleks ini mengandung beberapa komponen yang
bertindak sebagai reseptor untuk protein prekursor mitokondria, dan komponen
lain yang membentuk saluran translokasi.

Kompleks TOM diperlukan untuk impor semua protein mitokondria yang

dikodekan oleh nukleus. Awalnya mengangkut urutan sinyal mereka ke ruang
intermembran dan membantu memasukkan protein transmembran ke dalam
membran luar. b-Barrel protein, yang sangat melimpah di membran luar,
kemudian diteruskan ke translocator tambahan, kompleks SAM, yang membantu
mereka melipat dengan baik di membran luar. Kompleks TIM23 mengangkut
beberapa protein larut ke dalam ruang matriks dan membantu memasukkan
protein transmembran ke dalam membran bagian dalam.

Kompleks TIM22 memediasi penyisipan subkelas protein membran dalam,

termasuk transporter yang menggerakkan ADP, ATP, dan fosfat masuk dan keluar
dari mitokondria. Namun translocator protein lain dalam membran mitokondria
bagian dalam, kompleks OXA, memediasi penyisipan protein membran bagian
dalam yang disintesis dalam mitokondria. Ini juga membantu untuk memasukkan
beberapa protein membran bagian dalam yang diimpor yang awalnya diangkut ke
ruang matriks oleh kompleks lain.

Protein Prekursor Mitokondria Diimpor sebagai Rantai Polipeptida yang

Tidak Dilipat

Kami telah mempelajari hampir semua yang kami ketahui tentang mekanisme
molekuler impor protein ke dalam mitokondria dari analisis sistem transportasi
bebas sel yang direkonstitusi, di mana mitokondria yang dimurnikan dalam
tabung uji mengimpor protein prekursor mitokondria dengan radiolabel. Dengan
mengubah kondisi dalam tabung reaksi, dimungkinkan untuk menetapkan
persyaratan biokimia untuk impor. Protein prekursor mitokondria tidak terlipat ke
dalam struktur asli mereka setelah disintesis; alih-alih, mereka tetap terbuka
dalam sitosol melalui interaksi dengan protein lain.

Beberapa dari protein yang berinteraksi ini adalah protein pendamping umum
dari keluarga Hsp70 (dibahas dalam Bab 6), sedangkan yang lain didedikasikan
untuk protein prekursor mitokondria dan berikatan langsung dengan urutan sinyal
mereka. Semua protein yang berinteraksi membantu mencegah protein prekursor
dari agregasi atau melipat secara spontan sebelum mereka terlibat dengan
kompleks TOM di membran mitokondria luar. Sebagai langkah pertama dalam
proses impor, reseptor impor kompleks TOM mengikat urutan sinyal protein
prekursor mitokondria. Protein yang berinteraksi kemudian ditelanjangi, dan
rantai polipeptida yang tidak dilipat dimasukkan urutan sinyal terlebih dahulu ke
dalam saluran translokasi.

Pada prinsipnya, protein dapat mencapai ruang matriks mitokondria dengan

melintasi kedua membran sekaligus atau melintasi satu per satu. Seseorang dapat
membedakan antara kemungkinan-kemungkinan ini dengan mendinginkan sistem
impor mitokondria bebas sel untuk menangkap protein pada langkah perantara
dalam proses translokasi. Hasilnya adalah bahwa protein yang ditangkap tidak
lagi mengandung urutan sinyal N-terminus mereka, yang menunjukkan bahwa
N-terminus harus berada dalam ruang matriks tempat peptidase sinyal berada,
tetapi sebagian besar protein masih dapat diserang dari luar mitokondria. oleh
enzim proteolitik yang ditambahkan secara eksternal. Jelas, protein prekursor
dapat melewati kedua membran mitokondria sekaligus untuk memasuki ruang
matriks.

Diperkirakan kompleks TOM mengangkut urutan sinyal melintasi membran

luar ke ruang intermembran, di mana ia berikatan dengan kompleks TIM,
membuka saluran di kompleks. Rantai polipeptida kemudian memasuki ruang
matriks atau memasukkan ke dalam membran bagian dalam. Meskipun kompleks
TOM dan TIM biasanya bekerja bersama untuk mengangkut protein prekursor di
kedua membran secara bersamaan, mereka dapat bekerja secara independen.
Dalam membran luar yang terisolasi, misalnya, kompleks TOM dapat
mentranslokasi urutan sinyal protein prekursor melintasi membran. Demikian pula,
jika membran luar secara eksperimental terganggu dalam mitokondria terisolasi,
kompleks TIM23 yang terpapar dapat secara efisien mengimpor protein prekursor
ke dalam ruang matriks.

Hidrolisis ATP dan Membran Potensi Penggerak Protein Impor Ke Ruang

Matriks

Transportasi terarah membutuhkan energi, yang dalam sebagian besar sistem

biologis dipasok oleh hidrolisis ATP. Hidrolisis ATP memicu impor protein
mitokondria di dua lokasi terpisah, satu di luar mitokondria dan satu di ruang
matriks. Selain itu, impor protein membutuhkan sumber energi lain, yaitu potensi
membran melintasi membran mitokondria bagian dalam. Persyaratan pertama
untuk energi terjadi pada tahap awal proses translokasi, ketika protein prekursor
yang tidak dilipat, terkait dengan protein pendamping, berinteraksi dengan
reseptor impor kompleks TOM. Seperti dibahas dalam Bab 6, pengikatan dan
pelepasan polipeptida yang baru disintesis dari keluarga protein pendamping
Hsp70 membutuhkan hidrolisis ATP. Persyaratan untuk Hsp70 dan ATP dalam
sitosol dapat dilewati jika protein prekursor dibuka secara buatan sebelum
ditambahkan ke mitokondria yang dimurnikan.
 Setelah urutan sinyal melewati kompleks TOM dan terikat ke kompleks TIM,
translokasi lebih lanjut melalui saluran translokasi TIM membutuhkan potensi
membran, yang merupakan komponen listrik dari gradien H + elektrokimia
melintasi membran bagian dalam. Memompa H + dari ruang matriks ke ruang
antarmembran, didorong oleh proses transpor elektron dalam membran bagian
dalam (dibahas pada Bab 14), mempertahankan gradien elektrokimia. Energi
dalam gradien H + elektrokimia melintasi membran bagian dalam tidak hanya
membantu mendorong sebagian besar sintesis ATP sel, tetapi juga mendorong
translokasi urutan sinyal yang bermuatan positif melalui kompleks TIM melalui
elektroforesis. Mitochondrial Hsp70 juga memainkan peran penting dalam proses
impor.

Mitokondria yang mengandung bentuk mutan dari protein gagal mengimpor

protein prekursor. Hsp70 adalah bagian dari rakitan protein multisubunit yang
terikat pada sisi matriks kompleks TIM23 dan bertindak sebagai motor untuk
menarik protein prekursor ke dalam ruang matriks. Seperti sepupu sitosolnya,
mitokondria Hsp70 memiliki afinitas tinggi terhadap rantai polipeptida yang tidak
terlipat, dan berikatan erat dengan protein impor segera setelah protein muncul
dari translatorator TIM di ruang matriks. Hsp70 kemudian melepaskan protein
dalam langkah yang bergantung pada ATP. Siklus pengikatan dan pelepasan yang
digerakkan oleh energi ini diperkirakan memberikan kekuatan pendorong akhir
yang dibutuhkan untuk menyelesaikan impor protein setelah protein pada awalnya
dimasukkan ke dalam kompleks TIM23. Setelah interaksi awal dengan
mitokondria Hsp70, banyak protein matriks impor diteruskan ke protein
pendamping lain, mitokondria Hsp60. Seperti dibahas dalam Bab 6, Hsp60
membantu rantai polipeptida yang tidak terlipat untuk dilipat dengan mengikat
dan melepaskannya melalui siklus hidrolisis ATP.

Bakteri dan Mitokondria Menggunakan Mekanisme Serupa untuk

Memasukkan Porin ke dalam Membran Luarnya

Membran luar mitokondria, seperti membran luar dari bakteri Gram-negatif,

mengandung protein pembentuk pori yang melimpah yang disebut porins dan
dengan demikian mudah ditembus oleh ion dan metabolit anorganik (tetapi tidak
untuk sebagian besar protein). Porin adalah protein b-barrel dan pertama kali
diimpor melalui kompleks TOM. Berbeda dengan protein membran luar lainnya,
yang berlabuh di membran melalui daerah heliks, kompleks TOM tidak dapat
mengintegrasikan porins ke dalam bilayer lipid. Alih-alih, porsin pertama-tama
diangkut ke ruang antarmembran, di mana mereka secara sementara mengikat
protein pendamping khusus, yang menjaga agar agregat tidak terkumpul. Mereka
kemudian mengikat kompleks SAM di membran luar, yang keduanya
memasukkannya ke dalam membran luar dan membantu mereka melipat dengan
benar. Salah satu subunit sentral dari kompleks SAM adalah homolog dengan
protein membran luar bakteri yang membantu memasukkan protein b-barrel ke
dalam membran luar bakteri dari ruang periplasmik (ekuivalen topologi dari ruang
intermembran dalam mitokondria). Jalur yang dilestarikan ini untuk memasukkan
protein bbarrel adalah bukti lebih lanjut untuk asal endosimbiotik mitokondria.

Transportasi Ke Membran Mitokondria Dalam dan Ruang Antarmembran

Terjadi Melalui Beberapa Rute

Mekanisme yang sama yang mengangkut protein ke dalam ruang matriks,

menggunakan penerjemah TOM dan TIM23, juga memediasi translokasi awal
banyak protein yang diperuntukkan bagi mitokondria bagian dalammembran atau
ruang antarmembran. Dalam rute translokasi yang paling umum diambil, hanya
urutan sinyal N-terminus dari protein yang diangkut yang benar-benar memasuki
ruang matriks. Urutan asam amino hidrofobik, ditempatkan secara strategis
setelah urutan sinyal N-terminus, bertindak sebagai urutan penghentian transfer,
mencegah translokasi lebih lanjut melintasi membran bagian dalam.

Kompleks TOM menarik sisa protein melalui membran luar ke ruang

intermembran; urutan sinyal dibelah dalam matriks; dan urutan hidrofobik,
dilepaskan dari TIM23, tetap berlabuh di membran bagian dalam. Dalam rute
transportasi lain ke membran dalam atau ruang antarmembran, kompleks TIM23
awalnya mentranslokasi seluruh protein ke dalam ruang matriks. Peptidase sinyal
matriks kemudian menghilangkan urutan sinyal N-terminus memperlihatkan
urutan hidrofobik pada N-terminus yang baru. Urutan sinyal ini memandu protein
ke kompleks OXA, yang memasukkan protein ke dalam membran bagian dalam.
Seperti disebutkan sebelumnya, kompleks OXA terutama digunakan untuk
menyisipkan protein yang dikodekan dan diterjemahkan dalam mitokondria ke
dalam membran bagian dalam, dan hanya beberapa protein impor yang
menggunakan jalur ini.

Penerjemah yang terkait erat dengan kompleks OXA ditemukan di membran

plasma bakteri dan di membran tilakoid kloroplas, di mana mereka dianggap
membantu memasukkan protein membran dengan mekanisme serupa. Banyak
protein yang menggunakan jalur ini ke membran dalam tetap berlabuh di sana
melalui urutan sinyal hidrofobik mereka. Namun, yang lain dilepaskan ke ruang
intermembran oleh protease yang menghilangkan jangkar membran. Banyak dari
protein terpecah ini tetap melekat pada permukaan luar membran bagian dalam
sebagai subunit kompleks protein yang juga mengandung protein transmembran.
Mitokondria adalah situs utama sintesis ATP dalam sel, tetapi mereka juga
mengandung banyak enzim metabolisme, seperti yang dari siklus asam sitrat. Jadi,
selain protein, mitokondria juga harus mengangkut metabolit kecil melintasi
membran mereka. Sementara membran luar mengandung porins, yang membuat
membran dapat ditembus secara bebas oleh molekul sekecil itu, membran dalam
tidak. Sebaliknya, keluarga transporter spesifik metabolit mentransfer sejumlah
besar molekul kecil melintasi membran bagian dalam.

Dalam sel ragi, transporter ini terdiri dari keluarga 35 protein yang berbeda,
yang paling melimpah di antaranya mengangkut ATP, ADP, dan fosfat. Ini adalah
protein transmembran multipas, yang tidak memiliki urutan sinyal yang dapat
dibelah pada N-terminus mereka tetapi mengandung urutan sinyal internal.
Mereka melintasi kompleks TOM di membran luar, dan pendamping ruang
antarmembimbing mereka ke kompleks TIM22, yang memasukkannya ke dalam
membran bagian dalam dengan proses yang membutuhkan potensi membran,
tetapi bukan Hsp70 atau ATP mitokondria . Partisi yang menguntungkan dari
daerah transmembran hidrofobik ke dalam membran bagian dalam juga cenderung
membantu mendorong proses ini.

Dua Urutan Sinyal Protein Langsung ke Membran Tylakoid di Kloroplas

Transpor protein ke kloroplas menyerupai transpor ke mitokondria. Kedua

proses terjadi setelah translasi, menggunakan kompleks translokasi yang terpisah
di setiap membran, membutuhkan energi, dan menggunakan urutan sinyal
terminal-n amfililik yang dihilangkan setelah digunakan. Namun, dengan
pengecualian beberapa molekul pendamping, komponen protein yang membentuk
kompleks translokasi berbeda. Selain itu, sementara mitokondria memanfaatkan
gradien H + elektrokimia melintasi membran bagian dalam untuk mendorong
transportasi, kloroplas, yang memiliki gradien H + elektrokimia melintasi
membran tilakoid mereka tetapi bukan membran bagian dalam mereka,
menggunakan hidrolisis GTP dan ATP untuk mengimpor daya melintasi membran
ganda mereka.

Kesamaan fungsional dengan demikian dapat dihasilkan dari evolusi

konvergen, yang mencerminkan persyaratan umum untuk translokasi melintasi
membran ganda. Meskipun urutan sinyal untuk impor ke dalam kloroplas mirip
dengan yang diimpor ke mitokondria, sel-sel tanaman yang sama memiliki
mitokondria dan kloroplas, sehingga protein harus dipartisi secara tepat di antara
mereka. Pada tanaman, misalnya, enzim bakteri dapat diarahkan secara khusus ke
mitokondria jika secara eksperimental bergabung dengan urutan sinyal terminal-N
dari protein mitokondria; enzim yang sama bergabung dengan urutan sinyal
terminal-N dari protein kloroplas berakhir di kloroplas. Dengan demikian,
reseptor impor pada setiap organel membedakan antara urutan sinyal yang
berbeda. Kloroplas memiliki kompartemen tertutup membran ekstra, tilakoid.
Banyak protein kloroplas, termasuk subunit protein dari sistem fotosintesis dan
ATP sintase (dibahas pada Bab 14) terletak di membran tilakoid.

Seperti prekursor beberapa protein mitokondria, pengangkutan protein

prekursor ini dari sitosol ke tujuan akhirnya terjadi dalam dua langkah. Pertama,
mereka melewati membran ganda di situs kontak khusus ke ruang matriks
(disebut stroma dalam kloroplas) dan kemudian mereka mentranslokasi baik ke
dalam membran tilakoid atau ke ruang tilakoid. Prekursor protein ini memiliki
urutan sinyal hidrofobik tilakoid mengikuti urutan sinyal N-terminal kloroplas.
Setelah urutan sinyal N-terminus telah digunakan untuk mengimpor protein ke
dalam stroma, peptidase sinyal strom memindahkannya, membuka kedok urutan
sinyal tilakoid yang memulai pengangkutan melintasi membran tilakoid.
Setidaknya ada empat rute dimana protein melintas atau menjadi terintegrasi ke
dalam membran tilakoid, dibedakan oleh kebutuhan mereka akan berbagai
chaperone stroma dan sumber energi.

Ringkasan

Meskipun mitokondria dan kloroplas memiliki sistem genetik mereka sendiri,

mereka hanya menghasilkan sebagian kecil protein mereka sendiri. Sebaliknya,
kedua organel mengimpor sebagian besar protein mereka dari sitosol,
menggunakan mekanisme yang sama. Dalam kedua kasus, protein diangkut
dalam keadaan tidak terlipat. melintasi membran luar dan dalam secara simultan
ke dalam ruang matriks atau stroma. Baik hidrolisis ATP dan potensi membran
melintasi membran dalam mendorong translokasi ke mitokondria, sedangkan
hidrolisis GTP dan ATP mendorong translokasi ke kloroplas. Protein pendamping
dari keluarga Hsp70 sitosolik mempertahankan prekursor protein dalam keadaan
terbuka, dan set kedua protein Hsp70 dalam ruang matriks atau stroma menarik
rantai polipeptida ke dalam organel. Hanya protein yang mengandung urutan
sinyal tertentu yang ditranslokasi. Urutan sinyal dapat ditempatkan di terminal-N
dan dibelah setelah impor atau internal dan dipertahankan. Transpor ke
membran bagian dalam kadang-kadang menggunakan urutan sinyal hidrofobik
kedua yang terbuka kedoknya ketika urutan sinyal pertama dihapus. Dalam
kloroplas, impor dari stroma ke tilakoid dapat terjadi oleh beberapa rute,
dibedakan oleh pendamping dan sumber energi yang digunakan.
PEROKSISOM

Peroksisom berbeda dari mitokondria dan kloroplas dalam banyak hal.

Terutama, mereka dikelilingi oleh hanya satu membran tunggal, dan mereka tidak
mengandung DNA atau ribosom. Jadi, karena kekurangan genom, semua
proteinnya dikodekan dalam nukleus. Peroksisom memperoleh sebagian besar
protein ini dengan impor selektif dari sitosol, meskipun beberapa dari mereka
memasuki membran peroksisom melalui RE. Karena kita tidak membahas
peroksisom di tempat lain, kita akan menyimpang untuk mempertimbangkan
beberapa fungsi dari keluarga organel yang beragam ini, sebelum membahas
biosintesis mereka. Semua sel eukariotik memiliki peroksisom. Mereka
mengandung enzim oksidatif, seperti katalase dan oksidase urat, pada konsentrasi
tinggi sehingga, dalam beberapa sel, peroksisom menonjol dalam mikrograf
elektron karena adanya inti kristaloid. Seperti mitokondria, peroksisom adalah
situs utama pemanfaatan oksigen.

Satu hipotesis adalah bahwa peroksisom adalah sisa organel tua yang
melakukan semua metabolisme oksigen pada sel eukariotik primitif. Ketika
oksigen yang diproduksi oleh bakteri fotosintetik pertama kali terakumulasi di
atmosfer, itu akan sangat beracun bagi sebagian besar sel. Peroksisom mungkin
telah menurunkan konsentrasi oksigen intraseluler, sambil juga mengeksploitasi
reaktivitas kimianya untuk melakukan reaksi oksidasi yang bermanfaat. Menurut
pandangan ini, pengembangan mitokondria yang menyebabkan peroksisom
sebagian besar menjadi usang karena banyak dari reaksi biokimia yang sama yang
sebelumnya dilakukan dalam peroksisom tanpa menghasilkan energi sekarang
digabungkan dengan pembentukan ATP dengan cara fosforilasi oksidatif. Reaksi
oksidasi yang dilakukan oleh peroksisom dalam sel saat ini akan menjadi
orang-orang yang fungsinya tidak diambil alih oleh mitokondria.

Peroksisom Menggunakan Oksigen Molekul dan Hidrogen Peroksida untuk

Melakukan Reaksi Oksidasi
 Peroksisom dinamakan demikian karena biasanya mengandung satu atau
lebih enzim yang menggunakan oksigen molekuler untuk menghilangkan atom
hidrogen dari substrat organik spesifik (ditunjuk di sini sebagai R) dalam reaksi
oksidasi yang menghasilkan hidrogen peroksida (H2O2):

RH2 + O2 R + H2O2

Katalase menggunakan H2O2 yang dihasilkan oleh enzim lain dalam organel
untuk mengoksidasi berbagai substrat lain termasuk fenol, asam format,
formaldehida, dan alkohol melalui reaksi “peroksidasi”: H2O2 + R’H2 R’ +
2H2O. Jenis reaksi oksidasi ini sangat penting dalam sel hati dan ginjal, di mana
peroksisom mendetoksifikasi berbagai molekul toksik yang memasuki aliran
darah. Sekitar 25% etanol yang kita minum dioksidasi menjadi asetaldehida
dengan cara ini. Selain itu, ketika kelebihan H2O2 terakumulasi dalam sel, katalase
mengubahnya menjadi H2O melalui reaksi:

2H2O2 2H2O + O2

Fungsi utama dari reaksi oksidasi yang dilakukan dalam peroksisom adalah
pemecahan molekul asam lemak. Proses yang disebut oksidasi b memperpendek
rantai alkil asam lemak secara berurutan dalam blok dua atom karbon sekaligus,
sehingga mengubah asam lemak menjadi asetil KoA. Peroksisom kemudian
mengekspor asetil CoA ke sitosol untuk digunakan kembali dalam reaksi
biosintetik. Pada sel mamalia, b-oksidasi terjadi pada mitokondria dan peroksisom;
dalam sel-sel ragi dan tumbuhan, reaksi esensial ini terjadi secara eksklusif pada
peroksisom.

Fungsi biosintesis esensial dari peroksisom hewan adalah untuk

mengkatalisasi reaksi pertama dalam pembentukan plasmalogen, yang merupakan
kelas fosfolipid yang paling banyak terdapat dalam mielin. Kekurangan
plasmalogen menyebabkan kelainan yang sangat dalam pada mielinisasi akson sel
saraf, yang mengapa banyak gangguan peroksisomal menyebabkan penyakit
neurologis. Peroksisom adalah organel yang luar biasa beragam, dan bahkan
dalam berbagai jenis sel dari satu organisme, mereka mungkin mengandung set
enzim yang berbeda. Mereka juga sangat beradaptasi dengan perubahan kondisi.
Ragi yang ditanam dengan gula, misalnya, memiliki peroksisom kecil. Tetapi
ketika beberapa ragi ditanam pada metanol, mereka mengembangkan peroksisom
besar yang mengoksidasi metanol; dan ketika tumbuh pada asam lemak mereka
mengembangkan peroksisom besar yang memecah asam lemak menjadi asetil
KoA dengan boxidation. Peroksisom juga penting pada tanaman. Dua jenis
peroksisom tanaman telah dipelajari secara luas. Satu hadir di daun, di mana ia
berpartisipasi dalam fotorespirasi (dibahas pada Bab 14).

Jenis peroksisom lain hadir dalam biji yang berkecambah, di mana ia

mengubah asam lemak yang disimpan dalam lipid biji menjadi gula yang
dibutuhkan untuk pertumbuhan tanaman muda. Karena konversi lemak menjadi
gula ini dilakukan oleh serangkaian reaksi yang dikenal sebagai siklus glioksilat,
peroksisom ini juga disebut glioksisom. Dalam siklus glioksilat, dua molekul
asetil KoA yang dihasilkan oleh pemecahan asam lemak dalam peroksisom
digunakan untuk membuat asam suksinat, yang kemudian meninggalkan
peroksisom dan diubah menjadi glukosa dalam sitosol. Siklus glikoksilat tidak
terjadi dalam sel hewan, dan karenanya hewan tidak dapat mengubah asam lemak
dalam lemak menjadi karbohidrat.

Urutan Sinyal Singkat Mengarahkan Impor Protein ke dalam Peroksisom

Urutan spesifik dari tiga asam amino (Ser-Lys-Leu) yang terletak di

terminal-C dari banyak protein peroxisomal berfungsi sebagai sinyal impor.
Protein peroxisomal lainnya mengandung urutan sinyal di dekat terminal-N. Jika
salah satu urutan melekat pada protein sitosolik, protein diimpor ke peroksisom.
Proses impor masih kurang dipahami, meskipun diketahui melibatkan kedua
protein reseptor terlarut dalam sitosol, yang mengenali sinyal penargetan, dan
mencelupkan protein pada permukaan sitosol peroksisom. Setidaknya 23 protein
berbeda, yang disebut peroxin, berpartisipasi dalam proses impor, yang didorong
oleh hidrolisis ATP. Kompleks paling sedikit dari enam peroksin yang berbeda
membentuk translocator membran. Karena bahkan protein oligomer tidak perlu
dibuka untuk diimpor ke peroksisom, mekanisme berbeda dari yang digunakan
oleh mitokondria dan kloroplas. Setidaknya satu reseptor impor terlarut, peroxin
Pex5, menyertai muatannya sampai ke peroksisom dan, setelah pelepasan kargo,
berputar kembali ke sitosol. Aspek impor protein peroxisomal ini menyerupai
transportasi protein ke dalam nukleus.Pentingnya proses impor ini dan peroksisom
ditunjukkan oleh penyakit bawaan manusia sindrom Zellweger, di mana cacat
dalam mengimpor protein ke dalam peroksisom mengarah pada defisiensi
peroksisom yang mendalam. Orang-orang ini, yang sel-selnya mengandung
peroksisom "kosong", memiliki kelainan parah di otak, hati, dan ginjal mereka,
dan mereka mati segera setelah lahir. Mutasi pada gen yang mengkode peroxin
Pex2, protein membran integral peroxisomal yang terlibat dalam impor protein,
menyebabkan satu bentuk penyakit. Reseptor yang rusak untuk sinyal impor
N-terminus menyebabkan penyakit peroksisomal yang diturunkan lebih ringan.

Telah lama diperdebatkan apakah peroksisom baru muncul dari yang sudah
ada sebelumnya dengan pertumbuhan dan pembelahan organel dan karena itu
mereplikasi dengan cara otonom seperti yang disebutkan sebelumnya untuk
mitokondria dan plastid atau apakah mereka diturunkan sebagai kompartemen
khusus dari retikulum endoplasma (RE). Aspek dari kedua pandangan itu
mungkin benar. Sebagian besar protein membran peroxisomal dibuat dalam
sitosol dan dimasukkan ke dalam membran yang sudah ada sebelumnya, namun
yang lain pertama-tama diintegrasikan ke dalam membran RE dari mana mereka
dapat berkembang dalam vesikula prekursor peroxisomal khusus. Vesikula
prekursor baru kemudian dapat bergabung satu sama lain dan mulai mengimpor
protein peroksisomal tambahan menggunakan mesin impor protein mereka sendiri
untuk tumbuh menjadi peroksisom matang, yang dapat masuk ke dalam siklus
pertumbuhan dan pembelahan.

Ringkasan

Peroksisom dikhususkan untuk melakukan reaksi oksidasi menggunakan oksigen

molekuler. Mereka menghasilkan hidrogen peroksida, yang mereka gunakan
untuk tujuan oksidatif dan mengandung katalase untuk menghancurkan
kelebihannya. Seperti mitokondria dan plastida, peroksisom adalah organel yang
dapat bereplikasi sendiri. Karena mereka tidak mengandung DNA atau ribosom,
bagaimanapun, semua protein mereka dikodekan dalam inti sel. Beberapa protein
ini dibawa ke peroksisom melalui RE, tetapi sebagian besar disintesis dalam
sitosol. Urutan spesifik dari tiga asam amino dekat C-terminal banyak protein
sitosol berfungsi sebagai sinyal impor peroxisomal. Mekanisme impor protein
berbeda dari mitokondria dan kloroplas, dalam hal itu bahkan protein oligomer
diimpor dari sitosol tanpa membuka.

RETIKULUM ENDOPLASMIK

Semua sel eucaryotic memiliki retikulum endoplasma (RE). Membrannya

biasanya merupakan lebih dari setengah dari total membran sel hewan rata-rata.
ER diatur dalam labirin berbentuk seperti tubulus bercabang dan kantung pipih
yang memanjang ke seluruh sitosol. Tubulus dan kantung saling berhubungan,
dan membrannya kontinu dengan membran nuklir luar. Dengan demikian, ER dan
membran nukleus membentuk lembaran kontinu yang melingkupi ruang internal
tunggal, yang disebut RE lumen atau ruang cisternal RE, yang sering menempati
lebih dari 10% dari total volume sel .

RE memiliki peran sentral dalam biosintesis lipid dan protein, dan juga
berfungsi sebagai simpanan Ca2 +
intraseluler yang digunakan dalam banyak
respons pensinyalan sel (dibahas pada Bab 15). Membran RE adalah tempat
produksi semua protein transmembran dan lipid untuk sebagian besar organel sel,
termasuk RE itu sendiri, aparatus Golgi, lisosom, endosom, vesikel sekretorik,
dan membran plasma. Membran RE juga membuat sebagian besar lipid untuk
membran mitokondria dan peroxisomal. Selain itu, hampir semua protein yang
akan disekresikan ke luar sel ditambah protein yang ditujukan untuk lumen RE,
aparatus Golgi, atau lisosom pada awalnya dikirim ke lumen RE.

RE secara struktural dan fungsional beragam

Sementara berbagai fungsi RE penting untuk setiap sel, kepentingan relatif

mereka sangat bervariasi antara masing-masing jenis sel. Untuk memenuhi
tuntutan fungsional yang berbeda, wilayah RE yang berbeda menjadi sangat
terspesialisasi. Kami mengamati spesialisasi fungsional seperti perubahan
dramatis dalam struktur RE, dan oleh karena itu tipe sel yang berbeda dapat
memiliki tipe membran ER yang berbeda. Salah satu spesialisasi RE yang paling
luar biasa adalah RE kasar. Sel mamalia mulai mengimpor sebagian besar protein
ke RE sebelum sintesis lengkap rantai polipeptida yaitu, impor merupakan proses
co-translational. Sebaliknya, impor protein ke dalam mitokondria, kloroplas,
nukleid, dan peroksisom adalah proses pasca-translasi. Dalam transpor translasi,
ribosom yang mensintesis protein melekat langsung ke membran RE,
memungkinkan salah satu ujung protein ditranslokasi ke RE sementara sisanya
dari rantai polipeptida sedang dirakit. Ribosom yang terikat membran ini melapisi
permukaan RE, menciptakan daerah yang disebut retikulum endoplasma kasar,
atau RE kasar.

Daerah RE yang tidak terikat ribosom disebut retikulum endoplasma halus,

atau RE halus. Sebagian besar sel memiliki sedikit daerah RE halus, dan RE
sering sebagian halus dan sebagian kasar. Area RE halus yang darinya vesikel
pengangkut membawa protein dan lipid yang baru disintesis untuk diangkut ke
peralatan Golgi disebut RE transisi . Dalam sel-sel khusus tertentu, RE halus
berlimpah dan memiliki fungsi tambahan. Ini menonjol, misalnya, dalam sel yang
berspesialisasi dalam metabolisme lipid, seperti sel yang mensintesis hormon
steroid dari kolesterol; RE halus yang diperluas mengakomodasi enzim yang
membuat kolesterol dan memodifikasinya untuk membentuk hormon (Gambar
12-36B). Jenis sel utama di hati, hepatosit, juga memiliki RE halus yang
berlimpah. Ini adalah situs utama produksi partikel lipoprotein, yang membawa
lipid melalui aliran darah ke bagian lain dari tubuh. Enzim yang mensintesis
komponen lipid partikel terletak di membran RE halus, yang juga mengandung
enzim yang mengkatalisasi serangkaian reaksi untuk mendetoksifikasi kedua obat
yang larut dalam lemak dan berbagai senyawa berbahaya yang dihasilkan oleh
metabolisme.

Reaksi detoksifikasi yang paling banyak dipelajari ini dilakukan oleh famili
enzim sitokrom P450, yang mengkatalisasi serangkaian reaksi di mana obat atau
metabolit yang tidak larut dalam air yang jika tidak terakumulasi ke tingkat toksik
dalam membran sel dibuat cukup larut dalam air untuk meninggalkan sel dan
diekskresikan dalam urin. Karena RE kasar saja tidak dapat menampung cukup
banyak enzim ini dan enzim lain yang diperlukan, sebagian besar membran dalam
hepatosit biasanya terdiri dari RE halus (Gambar 12-36C; lihat Tabel 12-2).
Fungsi lain yang sangat penting dari RE di sebagian besar sel eukariotik adalah
untuk mengambil Ca2+ dari sitosol. Pelepasan Ca2+ ke dalam sitosol dari RE , dan
terjadi dalam banyak respon cepat terhadap sinyal ekstraseluler, seperti yang
dibahas pada Bab 15. Sebuah pompa Ca2+ mengangkut Ca2+ dari sitosol ke dalam
lumen RE . Protein pengikat Ca2+ konsentrasi tinggi di RE memfasilitasi
penyimpanan Ca2+. Dalam beberapa jenis sel, dan mungkin di sebagian besar,
wilayah spesifik RE khusus untuk penyimpanan Ca2+. Sel-sel otot memiliki
banyak, RE halus yang dimodifikasi , yang disebut retikulum sarkoplasma.
Pelepasan dan pengambilan kembali Ca2 + oleh retikulum sarkoplasma memicu
kontraksi myofibril dan relaksasi, masing-masing, selama setiap putaran kontraksi
otot (dibahas pada Bab 16).

Untuk mempelajari fungsi dan biokimia RE, perlu mengisolasinya. Ini

mungkin tampaknya menjadi tugas yang sia-sia karena RE secara rumit disatukan
dengan komponen lain dari sitoplasma. Untungnya, ketika jaringan atau sel
terganggu oleh homogenisasi, RE pecah menjadi fragmen, yang disegel kembali
untuk membentuk vesikula kecil yang tertutup (berdiameter 100-200 nm) yang
disebut mikrosom. Mikrosom relatif mudah dimurnikan. Bagi ahli biokimia,
mikrosom mewakili versi otentik kecil dari RE, masih mampu translokasi protein,
glikosilasi protein, serapan dan pelepasan Ca2, dan sintesis lipid. Mikrosom yang
berasal dari RE kasar bertabur dengan ribosom dan disebut mikrosom kasar.
Ribosom selalu ditemukan di permukaan luar, sehingga bagian dalam mikrosom
secara biokimia setara dengan ruang lumenal RE (Gambar 12-37A).

Banyak vesikel yang ukurannya mirip dengan mikrosom kasar, tetapi tidak
memiliki ribosom yang melekat, juga ditemukan pada homogenat sel. Mikrosom
halus seperti itu sebagian berasal dari bagian-bagian RE yang halus dan sebagian
lagi dari fragmen-fragmen membran plasma, peralatan Golgi, endosom, dan
mitokondria (perbandingan tergantung pada jaringan). Jadi, sedangkan mikrosom
kasar jelas berasal dari bagian kasar RE, tidak mudah untuk menentukan asal-usul
"mikrosom halus" yang dibuat dari sel-sel yang terganggu. Mikrosom halus yang
dibuat dari sel-sel hati atau otot adalah pengecualian. Karena jumlah RE halus
atau retikulum sarkoplasmik yang luar biasa besar, masing-masing, sebagian besar
mikrosom halus dalam homogenat dari jaringan ini berasal dari RE halus.
Ribosom yang melekat pada mikrosom kasar membuatnya lebih padat daripada
mikrosom halus. Sebagai hasilnya, kita dapat menggunakan sentrifugasi
kesetimbangan untuk memisahkan mikrosom kasar dan halus (Gambar 12-37B).
Mikrosom sangat berharga dalam menjelaskan aspek molekuler fungsi ER, seperti
yang akan kita bahas selanjutnya.

Urutan Sinyal Ditemukan Pertama kali dalam Protein yang Diimpor ke

dalam RE kasar

RE menangkap protein terpilih dari sitosol ketika sedang disintesis.

Protein-protein ini terdiri dari dua jenis: protein transmembran, yang hanya
sebagian ditranslokasikan melintasi membran RE dan menjadi tertanam di
dalamnya, dan protein yang larut dalam air, yang sepenuhnya ditranslokasi
melintasi membran RE dan dilepaskan ke dalam RE lumen. Beberapa protein
transmembran berfungsi di RE, tetapi banyak yang ditakdirkan untuk tinggal di
membran plasma atau membran organel lain. Protein yang larut dalam air
ditakdirkan untuk sekresi atau untuk tinggal di lumen organel. Semua protein ini
terlepas dari nasib mereka selanjutnya, diarahkan ke membran RE dengan urutan
sinyal RE, yang memulai translokasi mereka dengan mekanisme umum. Urutan
sinyal (dan strategi urutan sinyal penyortiran protein) pertama kali ditemukan
pada awal 1970-an dalam protein yang disekresikan yang ditranslokasi melintasi
membran RE sebagai langkah pertama menuju pelepasan akhirnya dari sel.

Dalam percobaan utama, mRNA yang mengkode protein yang disekresikan

diterjemahkan oleh ribosom in vitro. Ketika mikrosom dihilangkan dari sistem
bebas sel ini, protein yang disintesis sedikit lebih besar dari protein yang
disekresikan normal, panjang tambahan menjadi pemimpin N-terminus peptida.
Di hadapan mikrosom yang berasal dari RE kasar, protein dari ukuran yang benar
diproduksi. Menurut hipotesis sinyal, pemimpin adalah urutan sinyal yang
mengarahkan protein yang dikeluarkan ke membran RE dan kemudian dibelah
oleh sinyal peptidase di membran RE sebelum rantai polipeptida telah selesai
(Gambar 12-38). Sistem bebas sel di mana protein diimpor ke dalam mikrosom
telah menyediakan prosedur yang kuat untuk mengidentifikasi, memurnikan, dan
mempelajari berbagai komponen molekuler yang bertanggung jawab untuk proses
impor RE.

Partikel Signal-Recognition (SRP) Mengarahkan Urutan Sinyal RE ke

Reseptor Tertentu dalam Membran RE kasar

Urutan sinyal RE dipandu ke membran RE oleh setidaknya dua komponen:

sinyal-pengenalan partikel (SRP), yang siklus antara membran RE dan sitosol dan
mengikat urutan sinyal, dan reseptor SRP dalam membran RE. SRP adalah
partikel kompleks, yang terdiri dari enam rantai polipeptida berbeda yang terikat
pada satu molekul RNA kecil (Gambar 12-39). SRP dan reseptornya ditemukan di
semua sel, menunjukkan bahwa mekanisme penargetan protein ini muncul pada
awal evolusi dan telah ditetapkan. Urutan sinyal RE sangat bervariasi dalam
urutan asam amino, tetapi masing-masing memiliki delapan atau lebih asam
amino nonpolar di pusatnya (lihat Tabel 12-3, hal. 702).

Bagaimana SRP dapat mengikat secara khusus untuk sekuens yang berbeda?
Jawabannya datang dari struktur kristal protein SRP, yang menunjukkan bahwa
tempat pengikatan urutan sinyal adalah kantung hidrofobik besar yang dilapisi
oleh metionin. Karena metionin memiliki rantai samping yang tidak bercabang,
lentur, kantong adalah plastik yang cukup untuk mengakomodasi urutan sinyal
hidrofobik dari urutan, ukuran, dan bentuk yang berbeda. SRP adalah struktur
seperti batang yang membungkus subunit ribosom besar, dengan satu ujung
mengikat urutan sinyal RE saat muncul sebagai bagian dari rantai polipeptida
yang baru dibuat dari ribosom; ujung lainnya memblokir situs pengikatan faktor
perpanjangan pada antarmuka antara subunit ribosom besar dan kecil. Blok ini
menghentikan sintesis protein segera setelah peptida sinyal muncul dari ribosom.
Jeda sementara mungkin memberikan ribosom cukup waktu untuk mengikat
membran RE sebelum menyelesaikan rantai polipeptida, sehingga memastikan
bahwa protein tidak dilepaskan ke dalam sitosol.

Alat pengaman ini mungkin sangat penting untuk hidrolase lisosom yang
disekresikan dan yang dapat mendatangkan kerusakan dalam sitosol; sel-sel yang
mengeluarkan sejumlah besar hidrolase, bagaimanapun, mengambil tindakan
pencegahan tambahan memiliki konsentrasi tinggi inhibitor hidrolase dalam
sitosol mereka. Jeda juga memastikan bahwa sebagian besar protein yang dapat
dilipat menjadi struktur padat tidak dibuat sebelum mencapai translocator di
membran RE. Jadi, berbeda dengan impor protein pasca-translasi ke dalam
mitokondria dan kloroplas, protein pendamping tidak diperlukan untuk menjaga
protein tetap terbuka.

Setelah terbentuk, kompleks SRP-ribosom berikatan dengan reseptor SRP,

yang merupakan kompleks protein membran integral yang tertanam dalam
membran ER kasar. Interaksi ini membawa kompleks SRP-ribosom ke
translocator protein. Reseptor SRP dan SRP kemudian dilepaskan, dan
translocator memindahkan rantai polipeptida yang tumbuh melintasi membran.
Proses transfer co-translational ini menciptakan dua populasi ribosom yang
terpisah secara spasial dalam sitosol. Ribosom yang terikat membran, melekat
pada sisi sitosol pada membran ER, terlibat dalam sintesis protein yang secara
bersamaan dipindahkan ke RE. Ribosom bebas, tidak terikat pada membran apa
pun, mensintesis semua protein lain yang dikodekan oleh genom nuklir.

Ribosom yang terikat membran dan bebas secara struktural dan fungsional
identik. Mereka hanya berbeda dalam protein yang mereka buat pada waktu
tertentu. Karena banyak ribosom dapat berikatan dengan molekul mRNA tunggal,
polibribosom biasanya terbentuk, yang menjadi melekat pada membran RE,
diarahkan ke sana oleh urutan sinyal pada beberapa rantai polipeptida yang sedang
tumbuh. Ribosom individu yang terkait dengan molekul mRNA tersebut dapat
kembali ke sitosol ketika mereka selesai terjemahan dan bercampur dengan
kumpulan ribosom bebas. MRNA itu sendiri, bagaimanapun, tetap melekat pada
membran RE oleh populasi yang berubah dari ribosom, masing-masing sementara
ditahan di membran oleh translocator.

Rantai Polipeptida Melewati Pori Berair di Translocator

Telah lama diperdebatkan apakah rantai polipeptida ditransfer melintasi

membran RE dalam kontak langsung dengan lapisan ganda lipid atau melalui pori
dalam translocator protein. Perdebatan berakhir dengan identifikasi penerjemah,
yang ditunjukkan untuk membentuk pori berisi air di membran melalui mana
rantai polipeptida lewat. Inti dari translocator, yang disebut kompleks Sec61,
dibangun dari tiga subunit yang sangat dilestarikan dari bakteri menjadi sel
eukariotik. Baru-baru ini, struktur kompleks Sec61 ditentukan oleh kristalografi
x-ray. Struktur menunjukkan bahwa heliks yang dikontribusikan oleh subsunit
terbesar mengelilingi pori sentral di mana rantai polipeptida dapat melintasi
membran. Pori dikunci oleh heliks pendek yang dianggap membuat penerjemah
tetap tertutup saat idle dan bergerak ke samping saat terlibat dalam melewati
rantai polipeptida.

Menurut pandangan ini, pori adalah struktur gated dinamis yang hanya
terbuka sementara ketika rantai polipeptida melintasi membran. Dalam
translocator idle, penting untuk menjaga pori-pori tetap tertutup, sehingga
membran tetap kedap terhadap ion, seperti Ca2 +, yang jika tidak akan bocor
keluar dari RE. Struktur kompleks Sec61 menunjukkan bahwa pori-pori juga
dapat membuka sepanjang jahitan di sisinya. Pembukaan ini memungkinkan akses
lateral rantai peptida translokasi ke inti hidrofobik membran, suatu proses yang
penting baik untuk melepaskan peptida sinyal yang terbelah ke dalam membran
dan untuk integrasi protein membran ke dalam bilayer, seperti yang akan kita
bahas nanti. Dalam sel eukariotik, empat kompleks Sec61 membentuk rakitan
translocator besar yang dapat divisualisasikan pada ribosom setelah pelarutan
deterjen membran RE.

Kemungkinan tidak semua kompleks Sec61 dalam translokasi eucaryotic

berpartisipasi secara langsung dalam translokasi protein. Beberapa dari mereka
mungkin tidak aktif, menyediakan situs pengikatan untuk ribosom dan untuk
protein tambahan yang membantu rantai polipeptida terlipat saat mereka
memasuki RE. Ribosom terikat membentuk segel ketat dengan translocator, ruang
di dalam ribosom terus menerus dengan lumen RE sehingga tidak ada molekul
yang bisa lepas dari RE. Atau, struktur kompleks Sec61 menunjukkan bahwa pori
dalam translocator dapat membentuk diafragma yang pas di sekitar rantai
translokasi yang mencegah keluarnya molekul lain.

Translokasi Di Membran RE Tidak Selalu Membutuhkan Perpanjangan

Rantai Polipeptida yang Sedang Berlangsung

Seperti yang telah kita lihat, translokasi protein ke mitokondria, kloroplas,

dan peroksisom terjadi pasca-translasi, setelah protein dibuat dan dilepaskan ke
dalam sitosol, sedangkan translokasi melintasi membran ER biasanya terjadi
selama penerjemahan (co-terjemahan). Ini menjelaskan mengapa ribosom terikat
pada RE tetapi biasanya tidak pada organel lain. Namun, beberapa protein yang
sepenuhnya disintesis diimpor ke RE, menunjukkan bahwa translokasi tidak selalu
membutuhkan terjemahan yang berkelanjutan. Translokasi protein pasca-translasi
sangat umum di seluruh membran RE ragi dan membran plasma bakteri (yang
dianggap secara evolusioner terkait dengan RE. Untuk berfungsi dalam
translokasi pasca-translasi, penerjemah membutuhkan protein aksesori yang
memberi makan rantai polipeptida ke dalam pori dan menggerakkan translokasi.
Pada bakteri, protein motor translokasi, SecA ATPase, menempel pada sisi sitosol
dari translocator, di mana ia mengalami perubahan konformasi siklik yang
didorong oleh hidrolisis ATP.

Setiap kali ATP dihidrolisis, sebagian dari protein SecA menyisipkan ke

dalam pori translocator, mendorong segmen pendek protein penumpang dengan
itu. Sebagai hasil dari mekanisme ratchet ini, protein SecA secara progresif
mendorong rantai polipeptida dari protein yang diangkut melintasi membran. Sel
eukariotik menggunakan set yang berbeda dari protein penumpang. protein
aksesori yang berasosiasi dengan kompleks Sec61. Protein ini menjangkau
membran RE dan menggunakan domain kecil pada sisi lumenal dari membran ER
untuk mendepositkan protein pendamping seperti Hsp70 (disebut BiP, untuk
mengikat protein) ke rantai polipeptida ketika ia muncul dari pori-pori ke dalam
lumen RE. Siklus pengikatan dan pelepasan BiP mendorong translokasi searah,
seperti yang dijelaskan sebelumnya untuk protein Hsp70 mitokondria yang
menarik protein melintasi membran mitokondria. Protein yang diangkut ke RE
dengan mekanisme pasca-translasi pertama kali dilepaskan ke sitosol, di mana
mereka mengikat protein pendamping untuk mencegah pelipatan, seperti yang
dibahas sebelumnya untuk protein yang ditujukan untuk mitokondria dan
kloroplas.

Dalam Protein Transmembran Single-Pass, Urutan Sinyal RE Internal

Tunggal Tetap Ada di Bilayer Lipid sebagai Membran yang Menjangkau
a-Helix

Urutan sinyal dalam rantai polipeptida yang tumbuh diperkirakan memicu

pembukaan pori dalam translocator protein: setelah urutan sinyal dilepaskan dari
SRP dan rantai yang tumbuh telah mencapai panjang yang cukup, urutan sinyal
berikatan dengan situs tertentu di dalam. pori itu sendiri, dengan demikian
membuka pori. Oleh karena itu urutan sinyal RE dikenali dua kali: pertama oleh
SRP dalam sitosol dan kemudian oleh situs pengikatan di pori translocator protein,
di mana ia berfungsi sebagai sinyal mulai-transfer (atau mulai-transfer peptida)
yang membuka pori-pori . Pengakuan ganda dapat membantu memastikan bahwa
hanya protein yang sesuai yang masuk ke lumen RE. Sementara terikat pada pori
translokasi, urutan sinyal tidak hanya bersentuhan dengan kompleks Sec61, yang
membentuk dinding pori, tetapi juga dengan inti lipid hidrofobik dari membran.
Ini ditunjukkan dalam percobaan pengikat silang kimia di mana sekuens
sinyal dan rantai hidrokarbon lipid dapat dihubungkan secara kovalen. Ketika
rantai polipeptida yang baru tumbuh tumbuh cukup lama, peptidase sinyal RE
memecah urutan sinyal dan melepaskannya dari pori ke dalam membran, di mana
rantai tersebut dengan cepat terdegradasi menjadi asam amino oleh protease lain
dalam membran RE. Untuk melepaskan urutan sinyal ke dalam membran,
penerjemah harus membuka ke samping. Oleh karena itu translocator dibuat
dalam dua arah: ia dapat membuka untuk membentuk pori melintasi membran
untuk membiarkan bagian hidrofilik protein melintasi lapisan ganda lipid, dan ia
dapat membuka secara lateral di dalam membran untuk membiarkan bagian
hidrofobik dari partisi protein ke dalam lapisan ganda lipid .

Gating lateral dari pori adalah langkah penting selama integrasi protein
membran. Integrasi protein membran mensyaratkan bahwa beberapa bagian rantai
polipeptida ditranslokasi melintasi bilayer lipid sedangkan yang lain tidak.
Meskipun kompleksitas tambahan ini, semua mode penyisipan protein membran
adalah varian dari urutan peristiwa yang baru saja dijelaskan untuk mentransfer
protein larut ke dalam lumen RE. Kami mulai dengan menjelaskan tiga cara di
mana protein transmembran single-pass dimasukkan ke dalam RE. Dalam kasus
yang paling sederhana, rangkaian sinyal N-terminal memulai translokasi, seperti
halnya protein terlarut, tetapi segmen hidrofobik tambahan dalam rantai
polipeptida menghentikan proses transfer sebelum seluruh rantai polipeptida
ditranslokasi. Sinyal stop-transfer ini melabuhkan protein dalam membran setelah
urutan sinyal RE (sinyal transfer-awal) dilepaskan dari translocator dan telah
dibelah (Gambar 12–46). Mekanisme lateral gating mentransfer urutan
stop-transfer ke dalam bilayer, dan tetap ada sebagai segmen membran-span
heliks tunggal, dengan N-terminal protein pada sisi lumenal membran dan
terminal C pada sisi sitosolik. Dalam dua kasus lainnya, urutan sinyal adalah
internal, bukan pada ujung terminal N protein.

Seperti urutan sinyal N-terminal ER, SRP juga mengikat ke urutan sinyal
internal. SRP membawa ribosom yang membuat protein ke membran RE dan
berfungsi sebagai sinyal transfer awal yang memulai translokasi protein. Setelah
lepas dari translocator, urutan mulai-transfer internal tetap dalam bilayer lipid
sebagai ahelix spanning membran tunggal. Urutan mulai-transfer internal dapat
mengikat alat translokasi dalam salah satu dari dua orientasi; ini pada gilirannya
menentukan segmen protein mana (yang sebelumnya atau yang mengikuti urutan
mulai-transfer) yang dipindahkan melintasi membran ke RE lumen. Dalam satu
kasus, protein membran yang dihasilkan memiliki C-terminus di sisi lumenal
(Pathway A pada Gambar 12-47), sementara di yang lain, ia memiliki N-terminus
di sisi lumenal (Pathway B pada Gambar 12-47). ). Orientasi urutan mulai-transfer
tergantung pada distribusi asam amino bermuatan di dekatnya, seperti yang
dijelaskan dalam legenda gambar.

Kombinasi Sinyal Start-Transfer dan Stop-Transfer Menentukan Topologi

Protein Transmembran Multipass

Dalam protein transmembran multipas , rantai polipeptida bolak-balik

berulang kali melintasi bilayer lipid (lihat Gambar 10-19). Diperkirakan bahwa
urutan sinyal internal berfungsi sebagai sinyal mulai-transfer dalam
protein-protein ini untuk memulai translokasi, yang berlanjut sampai penerjemah
menemukan urutan stop-transfer. Dalam protein transmembran double-pass,
misalnya, polipeptida kemudian dapat dilepaskan ke dalam bilayer. Dalam protein
multipleks morecomplex, di mana banyak hidrofobik span span bilayer, urutan
mulai-transfer kedua memulai kembali translokasi lebih jauh ke bawah rantai
polipeptida sampai urutan stop-transfer berikutnya menyebabkan rilis polipeptida,
dan seterusnya untuk transfer awal dan stop-transfer berikutnya urutan (Gambar
12-49). Apakah urutan sinyal hidrofobik yang diberikan berfungsi sebagai urutan
mulai-transfer atau berhenti-transfer harus bergantung pada lokasinya dalam
rantai polipeptida, karena fungsinya dapat diubah dengan mengubah lokasinya
dalam protein dengan menggunakan teknik DNA rekombinan.

Dengan demikian, perbedaan antara urutan mulai-transfer dan

berhenti-transfer sebagian besar dihasilkan dari urutan relatifnya dalam rantai
polipeptida yang sedang tumbuh. Tampaknya SRP mulai memindai rantai
polipeptida yang tidak dilipat untuk segmen hidrofobik di terminal-N dan
berlanjut ke terminal-C, ke arah protein disintesis. Dengan mengenali segmen
hidrofobik pertama yang sesuai yang muncul dari ribosom, SRP menetapkan
"kerangka baca" untuk integrasi membran: setelah SRP memulai translokasi,
penerjemah mengenali segmen hidrofobik berikutnya yang sesuai dengan arah
pemindahan sebagai urutan penghentian transfer. , menyebabkan daerah rantai
polipeptida di antaranya akan berulir melintasi membran. Proses pemindaian
serupa berlanjut sampai semua daerah hidrofobik dalam protein telah dimasukkan
ke dalam membran.

Karena protein membran selalu dimasukkan dari sisi sitosol dari ER dengan
cara yang terprogram ini, semua salinan dari rantai polipeptida yang sama akan
memiliki orientasi yang sama dalam lapisan ganda lipid. Ini menghasilkan
membran RE asimetris di mana domain protein yang terpapar di satu sisi berbeda
dari yang terpapar di sisi lain. Asimetri ini dipertahankan selama banyak peristiwa
pembentukan dan fusi membran yang mengangkut protein yang dibuat di RE ke
membran sel lainnya (dibahas pada Bab 13). Dengan demikian, cara di mana
protein yang baru disintesis dimasukkan ke dalam membran RE menentukan
orientasi protein di semua membran lainnya juga. Ketika protein terdisosiasi dari
membran dan kemudian dilarutkan ke dalam vesikel lipid buatan, campuran acak
orientasi protein sisi kanan dan luar-dalam biasanya terjadi. Dengan demikian,
asimetri protein yang diamati dalam membran sel tampaknya bukan merupakan
sifat bawaan protein, melainkan hasil semata-mata dari proses di mana protein
dimasukkan ke dalam membran RE dari sitosol.

Rantai Polipeptida yang Diterjemahkan Dibentuk dalam Lumen Kasar RE

Banyak protein dalam lumen RE sedang dalam perjalanan, dalam perjalanan

ke tujuan lain; yang lain, bagaimanapun, biasanya tinggal di sana dan hadir pada
konsentrasi tinggi. Protein residen RE ini mengandung sinyal retensi RE dari
empat asam amino pada terminal-C yang bertanggung jawab untuk
mempertahankan protein dalam RE (lihat Tabel 12–3; dibahas pada Bab 13).
Beberapa protein ini berfungsi sebagai katalis yang membantu banyak protein
yang ditranslokasi ke RE untuk dilipat dan berkumpul dengan benar. Salah satu
protein residen RE yang penting adalah protein disulfide isomerase (PDI), yang
mengkatalisasi oksidasi kelompok sulfhidril bebas (SH) pada sistein untuk
membentuk ikatan disulfida (S – S). Hampir semua sistein dalam domain protein
yang terpapar pada ruang ekstraseluler atau lumen organel dalam jalur sekretori
dan endositik terikat pada disulfida. Sebaliknya, ikatan disulfida jarang terbentuk
dalam domain yang terpapar sitosol karena berkurangnya lingkungan di sana.
Protein residen RE lainnya adalah protein pendamping BiP. Kita telah membahas
bagaimana BiP menarik protein pasca-translasi ke RE melalui translocator RE.

Seperti pendamping lainnya, BiP mengenali protein yang terlipat secara

keliru, juga subunit protein yang belum bergabung ke dalam kompleks oligomer
akhir mereka. Ia melakukannya dengan mengikat sekuens asam amino yang
terpapar yang biasanya akan dikubur di bagian dalam rantai polipeptida yang
terlipat atau dirakit dengan benar. Contoh dari situs pengikatan BiP adalah
bentangan asam amino hidrofobik dan hidrofilik yang bergantian yang biasanya
terkubur dalam lembaran ab. BiP yang terikat keduanya mencegah protein dari
agregasi dan membantu mempertahankannya dalam RE (dan dengan demikian
keluar dari peralatan Golgi dan kemudian bagian dari jalur sekretori). Seperti
beberapa anggota lain dari keluarga protein Hsp70, yang mengikat protein yang
tidak terlipat dan memfasilitasi impornya ke dalam mitokondria dan kloroplas,
BiP menghidrolisis ATP untuk menyediakan energi yang dibutuhkan untuk
membantu protein mentranslokasi posttranslationally ke RE. Ini juga membantu
protein ini dan protein lainnya terlipat.

Sebagian besar Protein yang Disintesis dalam RE Kasar Glikosilasi oleh

Penambahan Oligosakarida N-Linked

Penambahan kovalen gula pada protein adalah salah satu fungsi biosintetik
utama RE. Sekitar setengah dari semua protein eucaryotic adalah glikosilasi.
Sebagian besar protein terlarut dan terikat membran yang dibuat dalam RE —
termasuk yang ditakdirkan untuk diangkut ke peralatan Golgi, lisosom, membran
plasma, atau ruang ekstraseluler — adalah glikoprotein. Sebaliknya, sangat sedikit
protein dalam sitosol glikosilasi, dan yang membawa modifikasi gula yang lebih
sederhana, di mana satu gugus N-asetilglukosamin tunggal ditambahkan ke residu
protein serin atau treonin dari protein. Kemajuan penting dalam memahami proses
protein glikosilasi adalah penemuan bahwa prekursor oligosakarida yang
terbentuk sebelumnya (terdiri dari N-asetilglukosamin, manosa, dan glukosa dan
mengandung total 14 gula) ditransfer ke protein-protein di RE. Karena
oligosakarida ini ditransfer ke gugus rantai samping NH2 dari asam amino
asparagin dalam protein, ia dikatakan terkait-N atau terkait-asparagin (Gambar
12-50).

Transfer dikatalisis oleh kompleks enzim yang terikat membran,

oligosakarida transferase, yang memiliki situs aktif yang terpapar pada sisi
lumenal membran RE; ini menjelaskan mengapa protein sitosolik tidak glikosilasi
dengan cara ini. Molekul lipid khusus yang disebut dolichol memegang prekursor
oligosakarida di membran RE. Ini mentransfer rantai oligosakarida ke asparagin
target dalam satu langkah enzimatik segera setelah asam amino telah mencapai
lumen RE selama translokasi protein (Gambar 12-51). Satu salinan oligosaccharyl
transferase dikaitkan dengan masing-masing translocator protein, yang
memungkinkannya untuk memindai dan glikosilasi rantai polipeptida yang masuk
secara efisien. Oligosakarida prekursor terkait dengan lipid dolichol oleh ikatan
pirofosfat berenergi tinggi, yang menyediakan energi aktivasi yang menggerakkan
reaksi glikosilasi yang diilustrasikan pada Gambar 12-51. Seluruh oligosakarida
prekursor dibangun gula oleh gula pada molekul lipid yang terikat membran ini
dan kemudian ditransfer ke protein. Gula pertama kali diaktifkan dalam sitosol
dengan pembentukan zat antara nukleotida-gula, yang kemudian menyumbangkan
gula mereka (langsung atau tidak langsung) ke lipid dalam urutan yang teratur. Di
tengah-tengah proses ini, oligosakarida terkait lipid dibalik, dengan bantuan
transporter, dari sitosol ke sisi lumenal membran RE (Gambar 12-52).

Semua keragaman struktur oligosakarida yang terhubung-N pada glikoprotein

dewasa dihasilkan dari modifikasi kemudian dari oligosakarida prekursor asli.
Saat masih di RE, tiga glukose (lihat Gambar 12-50) dan satu mannose dengan
cepat dikeluarkan dari oligosakarida dari kebanyakan glikoprotein. Kami akan
segera kembali ke pentingnya pemangkasan glukosa. “Pemangkasan” atau
“pemrosesan” oligosakarida ini berlanjut di aparatus Golgi dan dibahas di Bab 13.
Oligosakarida yang terhubung dengan N sejauh ini merupakan oligosakarida yang
paling umum, yang ditemukan pada 90% dari semua glikoprotein. Lebih jarang,
oligosakarida dihubungkan dengan gugus hidroksil pada rantai samping asam
amino serin, treonin, atau hidroksilysin. Oligosakarida yang terhubung dengan O
ini terbentuk di aparatus Golgi.

Oligosaccharides Digunakan sebagai Tanda untuk Menandai Bentuk Protein

Sudah lama diperdebatkan mengapa glikosilasi merupakan modifikasi umum

dari protein yang memasuki RE. Satu pengamatan yang sangat membingungkan
adalah bahwa beberapa protein memerlukan glikosilasi terkait-N untuk pelipatan
yang tepat dalam RE, namun lokasi oligosakarida yang melekat pada permukaan
protein tampaknya tidak menjadi masalah. Sebuah petunjuk tentang peran
glikosilasi dalam pelipatan protein berasal dari studi dua protein pendamping RE,
yang disebut calnexin dan calreticulin karena mereka membutuhkan Ca2 + untuk
aktivitasnya. Chaperone ini adalah protein pengikat karbohidrat, atau lektin, yang
berikatan dengan oligosakarida pada protein yang tidak terlipat sempurna dan
menahannya di RE. Seperti pendamping lainnya, mereka mencegah protein yang
terlipat tidak lengkap dari agregat yang tidak dapat dibalikkan. Baik calnexin dan
calreticulin juga meningkatkan hubungan protein yang tidak terlipat dengan
chaperone RE lainnya, yang berikatan dengan sistein yang belum membentuk
ikatan disulfida. Calnexin dan calreticulin mengenali oligosakarida terkait-N yang
mengandung glukosa terminal tunggal, dan karenanya mengikat protein hanya
setelah dua dari tiga glukose pada prekursor oligosakarida telah dihilangkan oleh
glukosidase RE. Ketika glukosa ketiga telah dikeluarkan, protein terdisosiasi dari
pendampingnya dan dapat meninggalkan RE.
 Lalu, bagaimana membedakan calnexin dan calreticulin dengan benar dari
protein yang tidak terlipat? Jawabannya terletak pada enzim RE lainnya, glukosil
transferase yang terus menambahkan glukosa ke oligosakarida yang telah
kehilangan glukosa terakhir mereka. Ini menambahkan glukosa, bagaimanapun,
hanya untuk oligosakarida yang melekat pada protein yang tidak dilipat. Dengan
demikian, protein yang tidak dilipat mengalami siklus pemangkasan glukosa terus
menerus (oleh glukosidase) dan penambahan glukosa (oleh glikosil transferase),
menjaga afinitas untuk calnexin dan calreticulin hingga mencapai keadaan terlipat
penuh (Gambar 12-53).

Protein yang Tidak Terbentuk dengan Benar Diekspor dari RE dan

Terdegradasi dalam Cytosol

Terlepas dari semua bantuan dari chaperone, banyak molekul protein (lebih
dari 80% untuk beberapa protein) yang ditranslasikan ke RE gagal untuk
mencapai keadaan oligomer dengan baik. Protein semacam itu diekspor dari RE
kembali ke sitosol, di mana mereka terdegradasi. Mekanisme retrotranslokasi,
juga disebut dislokasi, masih belum diketahui tetapi kemungkinan mirip dengan
mode translokasi pasca-translasi lainnya. Misalnya, seperti translokasi ke
mitokondria atau kloroplas, protein pendamping mungkin diperlukan untuk
menjaga rantai polipeptida dalam keadaan terbuka sebelum dan selama
transportasi. Demikian pula, sumber energi diperlukan untuk memberikan arah ke
transportasi dan untuk menarik protein ke dalam sitosol. Akhirnya, penerjemah,
mungkin terdiri dari beberapa komponen yang sama yang digunakan untuk
transportasi maju ke RE (seperti Sec61), mungkin diperlukan. Memilih protein
dari RE untuk degradasi adalah proses yang menantang. Protein yang tidak puas
atau subunit protein yang tidak dirangkai harus didegradasi, tetapi dilipat protein
antara yang baru dibuat seharusnya tidak. Bantuan dalam membuat perbedaan ini
berasal dari oligosakarida yang N-bond, yang berfungsi sebagai penghitung waktu
yang mengukur berapa lama protein telah dihabiskan di RE. Pemangkasan yang
lambat dari mannose tertentu pada pohon inti-oligosakarida oleh enzim
(mannosidase) di RE diperkirakan membuat struktur oligosakarida baru yang
diakui oleh aparatus retrotranslokasi. Protein yang terlipat dan keluar dari RE
lebih cepat daripada aksi mannosidase akan terhindar dari degradasi. Setelah
protein yang gagal melipat telah dipindahtranslokasi ke dalam sitosol, suatu
Nglycanase menghilangkan rantai oligosakarida dan blok. Polipeptida yang
terdeglikosilasi dengan cepat di mana-mana oleh enzim konjugasi ubiquitin yang
terikat-RE dan kemudian diumpankan ke dalam proteasom (dibahas pada Bab 6),
di mana ia terdegradasi.

Protein yang mengalami kesalahan pembentukan di RE Mengaktifkan

Respons Protein yang Berkembang

Sel-sel dengan hati-hati memonitor jumlah protein yang gagal melipat di

berbagai kompartemen. Akumulasi protein yang salah lipatan dalam sitosol,
misalnya, memicu respons sengatan panas (dibahas pada Bab 6), yang
merangsang transkripsi gen yang mengkode pendamping sitosolik yang
membantu melipatgandakan protein. Demikian pula, akumulasi protein yang salah
lipatan dalam RE memicu respons protein yang tidak dilipat, yang meliputi
peningkatan transkripsi gen yang mengkode RE chaperone, protein yang terlibat
dalam retrotranslokasi dan degradasi protein dalam sitosol, dan banyak protein
lain yang membantu meningkatkan kapasitas pelipatan protein RE. Bagaimana
protein yang salah lipat dalam sinyal RE ke nukleus? Ada tiga jalur paralel yang
mengeksekusi respon protein yang tidak dilipat (Gambar 12–55A). Jalur pertama,
yang awalnya ditemukan dalam sel ragi, sangat luar biasa. Protein yang tidak puas
dalam RE mengaktifkan protein kinase transmembran dalam RE, yang
menyebabkan kinase menjadi oligomerisasi dan memfosforilasi sendiri. (Beberapa
reseptor permukaan sel dalam membran plasma diaktifkan dengan cara yang sama,
seperti dibahas pada Bab 15).

Oligomerisasi dan autofosforilasi mengaktifkan domain endoribonuklease di

bagian sitosol dari molekul yang sama, yang memotong molekul RNA sitosol
spesifik pada dua posisi, mengeluarkan intron. Ekson yang dipisahkan kemudian
bergabung dengan ligase RNA, menghasilkan mRNA yang disambung, yang
diterjemahkan untuk menghasilkan protein pengatur gen aktif. Protein ini
mengaktifkan transkripsi gen yang mengkode protein yang memediasi respons
protein yang tidak dilipat. Protein yang tidak puas juga mengaktifkan
transmembran kinase kedua di RE, yang menghambat faktor inisiasi translasi
dengan memfosforilasi dan dengan demikian mengurangi produksi protein baru di
seluruh sel. Salah satu konsekuensi dari pengurangan translasi protein adalah
mengurangi fluks protein ke RE, sehingga membatasi beban protein yang perlu
dilipat di sana. Namun, beberapa protein lebih disukai diterjemahkan ketika faktor
inisiasi translasi langka (lihat hal. 490), dan salah satunya adalah protein pengatur
gen yang membantu mengaktifkan transkripsi gen yang mengkode protein yang
aktif dalam respons protein yang tidak dilipat.

Akhirnya, protein regulator gen ketiga awalnya disintesis sebagai protein

membran RE yang tidak terpisahkan. Karena ditambatkan secara kovalen ke
membran, ia tidak dapat mengaktifkan transkripsi gen dalam nukleus. Ketika
protein yang gagal melipat menumpuk di RE, protein transmembran diangkut ke
aparatus Golgi, di mana ia bertemu dengan protease yang membelah domain
sitosoliknya, yang sekarang dapat bermigrasi ke nukleus dan membantu
mengaktifkan transkripsi gen penyandi protein yang terlibat dalam lipatan. respon
protein. Kepentingan relatif dari masing-masing dari tiga jalur berbeda dalam
jenis sel yang berbeda, memungkinkan setiap jenis sel untuk menyesuaikan
respon protein yang tidak dilipat untuk kebutuhan khusus.

Beberapa Protein Membran Memperoleh kovalen Terikat

Glycosylphosphatidylinositol (GPI)

Seperti dibahas pada Bab 10, beberapa enzim sitosol mengkatalisasi

penambahan kovalen dari rantai asam lemak tunggal atau gugus prenil ke protein
tertentu. Lipid yang menempel membantu mengarahkan protein ini ke membran
sel. Proses terkait dikatalisis oleh enzim ER, yang secara kovalen melampirkan
jangkar glikosilfosfatidil-inositol (GPI) ke terminal-C dari beberapa protein
membran yang ditujukan untuk membran plasma. Keterkaitan ini terbentuk dalam
lumen RE, di mana, pada saat yang sama, segmen transmembran dari protein
terpotong (Gambar 12–56). Sejumlah besar protein membran plasma dimodifikasi
dengan cara ini. Karena mereka melekat pada bagian luar membran plasma hanya
dengan jangkar GPI mereka, mereka pada prinsipnya dapat dilepaskan dari sel
dalam bentuk yang larut dalam menanggapi sinyal yang mengaktifkan fosfolipase
spesifik dalam membran plasma. Parasit trypanosome, misalnya, menggunakan
mekanisme ini untuk melepaskan lapisan protein permukaan berlabuh GPI ketika
diserang oleh sistem kekebalan tubuh. Jangkar GPI juga dapat digunakan untuk
mengarahkan protein membran plasma ke dalam rakit lipid dan dengan demikian
memisahkan protein dari protein membran lainnya, seperti yang kita bahas dalam
Bab 13.

RE Membentuk Lipid Bilayers

Membran RE mensintesis hampir semua kelas utama lipid, termasuk

fosfolipid dan kolesterol, yang diperlukan untuk produksi membran sel baru.
Fosfolipid utama yang dibuat adalah fosfatidilkolin (juga disebut lesitin), yang
dapat dibentuk dalam tiga langkah dari kolin, dua asam lemak, dan gliserol fosfat
(Gambar 12-57). Setiap langkah dikatalisis oleh enzim dalam membran RE yang
memiliki situs aktifnya menghadap sitosol, di mana semua metabolit yang
diperlukan ditemukan. Dengan demikian, sintesis fosfolipid terjadi secara
eksklusif di selebaran sitosolik membran RE. Karena asam lemak tidak larut
dalam air, mereka digembalakan dari situs sintesis ke RE oleh protein pengikat
asam lemak dalam sitosol.

Setelah tiba di membran RE dan aktivasi dengan CoA, asil transferase

berhasil menambahkan dua asam lemak ke gliserol fosfat untuk menghasilkan
asam fosfatidat. Asam fosfatidat cukup larut dalam air untuk tetap dalam lapisan
ganda lipid, dan tidak dapat diekstraksi dari lapisan ganda oleh protein pengikat
asam lemak. Oleh karena itu langkah pertama inilah yang memperbesar bilayer
lipid RE. Langkah-langkah selanjutnya menentukan kelompok kepala molekul
lipid yang baru terbentuk dan oleh karena itu sifat kimia bilayer, tetapi mereka
tidak menghasilkan pertumbuhan membran bersih. Dua fosfolipid membran
utama lainnya fosfatidil etanolamin dan fosfatidilserinserta fosfolipid
fosfatidlinositol (PI) minor, semuanya disintesis dengan cara ini. Karena sintesis
fosfolipid terjadi di bagian sitosolik dari lipid bilayer RE, perlu ada mekanisme
yang mentransfer beberapa molekul fosfolipid yang baru terbentuk ke leaflet
lumenal dari bilayer. Dalam lipid bilayers sintetis, lipid tidak "flip-flop" dengan
cara ini.

Dalam RE, fosfolipid menyeimbangkan melintasi membran dalam beberapa

menit, yang hampir 100.000 kali lebih cepat daripada yang dapat dijelaskan
dengan "flip-flop" spontan. Gerakan trans-bilayer yang cepat ini dimediasi oleh
translocator fosfolipid dengan karakteristik buruk yang disebut scramblase, yang
menyeimbangkan fosfolipid antara dua selebaran dari bilayer lipid (Gambar
12-58). Dengan demikian, berbagai jenis fosfolipid dianggap terdistribusi secara
merata antara dua selebaran membran RE. Membran plasma mengandung jenis
berbeda dari translocator fosfolipid yang termasuk keluarga pompa tipe-P
(dibahas pada Bab 11). Flippasess ini secara spesifik menghilangkan fosfolipid
yang terkandung dalam kelompok kepala mereka kelompok amino bebas
(phosphatidylserine dan phosphatidylethanolamine - lihat Gambar 10-3) dari
leaflet ekstraseluler dan gunakan energi hidrolisis ATP untuk membalikkan
mereka ke selebaran yang menghadap ke sitosol.

Karena itu membran plasma memiliki komposisi fosfolipid yang sangat

asimetris, yang secara aktif dijaga oleh flippase (lihat Gambar 10-16). Membran
plasma juga mengandung scramblase tetapi, berbeda dengan RE scramblase, yang
selalu aktif, enzim membran plasma diatur dan hanya diaktifkan dalam beberapa
situasi, seperti dalam apoptosis dan dalam platelet teraktivasi, di mana ia
bertindak untuk menghapuskan asimetri lipid ; paparan fosfotidilserin yang
dihasilkan pada permukaan sel apoptosis berfungsi sebagai sinyal bagi sel
fagositik untuk menelan dan menurunkan sel mati. RE juga menghasilkan
kolesterol dan ceramide (Gambar 12-59). Ceramide dibuat dengan kondensasi
asam amino serin dengan asam lemak untuk membentuk amino alkohol
sphingosine (lihat Gambar 10–3); asam lemak kedua kemudian ditambahkan
untuk membentuk ceramide. Ceramide diekspor ke peralatan Golgi, di mana ia
berfungsi sebagai prekursor untuk sintesis dua jenis lipid: rantai oligosakarida
ditambahkan untuk membentuk glikosphingolipid (glikolipid; lihat Gambar
10-18), dan gugus kepala fosfokolin dipindahkan dari fosfatidilkolin ke molekul
ceramide lain untuk membentuk sphingomyelin (dibahas pada Bab 10).

Dengan demikian, baik glikolipid dan sphingomyelin diproduksi relatif

terlambat dalam proses sintesis membran. Karena mereka diproduksi oleh enzim
yang terpapar pada Golgi lumen, mereka ditemukan secara eksklusif dalam
selebaran noncytosolic dari lipid bilayers yang mengandung mereka.
Sebagaimana dibahas dalam Bab 13, membran plasma dan membran aparatus
Golgi, lisosom, dan endosom semuanya merupakan bagian dari sistem membran
yang berkomunikasi dengan RE melalui alat transportasi vesikel, yang
mentransfer protein dan lipid.

Akan tetapi, mitokondria dan plastida tidak termasuk dalam sistem ini, dan
karenanya memerlukan mekanisme berbeda untuk mengimpor protein dan lipid
untuk pertumbuhan. Kita telah melihat bahwa mereka mengimpor sebagian besar
protein mereka dari sitosol. Meskipun mitokondria memodifikasi beberapa lipid
yang mereka impor, mereka tidak mensintesis lipid de novo, sebaliknya, lipid
mereka harus diimpor dari RE, baik secara langsung, atau tidak langsung melalui
membran sel lainnya. Dalam kedua kasus tersebut, diperlukan mekanisme khusus
untuk transfer. Rincian tentang bagaimana distribusi lipid antara berbagai
membran dikatalisis dan diatur tidak diketahui. Protein pembawa larut dalam air
yang disebut protein pertukaran fosfolipid (atau protein transfer fosfolipid)
diperkirakan mentransfer molekul fosfolipid individu di antara membran,
berfungsi seperti protein pengikat asam lemak yang menggembalakan asam lemak
melalui sitosol. Selain itu, mitokondria sering terlihat dalam penjajaran dekat
dengan membran RE dalam mikrograf elektron, dan mungkin ada mekanisme
transfer lipid spesifik yang beroperasi di antara membran yang berdekatan.
Ringkasan

Jaringan RE yang luas berfungsi sebagai pabrik untuk produksi hampir semua
lipid sel. Selain itu, sebagian besar sintesis protein sel terjadi pada permukaan
sitosol RE: semua protein ditujukan untuk sekresi dan semua protein yang
diperuntukkan bagi RE itu sendiri, aparatus Golgi, lisosom, endosom, dan
membran plasma pertama kali diimpor ke RE dari sitosol. Pada RE lumen,
protein terlipat dan mengalami oligomerisasi, ikatan disulfida terbentuk, dan
oligosakarida yang terhubung dengan N ditambahkan. . Pola glikosilasi terkait-N
digunakan untuk menunjukkan tingkat lipatan protein, sehingga protein
meninggalkan RE hanya ketika mereka dilipat dengan benar. Protein yang tidak
melipat atau mengoligomerisasi dengan benar ditranslokasi kembali ke dalam
sitosol, di mana mereka dideglikosilasi, ada di mana-mana, dan terdegradasi
dalam proteasom. Jika protein yang salah lipat menumpuk secara berlebihan di
RE, mereka memicu respons protein yang tidak dilipat, yang mengaktifkan gen
yang sesuai dalam nukleus untuk membantu RE mengatasi. Hanya protein yang
membawa urutan sinyal ER khusus yang diimpor ke ER. Urutan sinyal dikenali
oleh partikel pengenal sinyal (SRP), yang mengikat rantai polipeptida dan
ribosom yang sedang tumbuh dan mengarahkannya ke protein reseptor pada
permukaan sitosol. dari membran RE kasar. Ikatan ini ke membran RE memulai
proses translokasi dengan memasukkan satu lingkaran rantai polipeptida
melintasi membran RE melalui pori hidrofilik dalam translocator protein
transmembran. Protein larut — diperuntukkan bagi lumen RE, untuk sekresi, atau
untuk dipindahkan ke lumen organel lain — masuk sepenuhnya ke RE lumen.
Protein transmembran yang ditujukan untuk RE atau untuk membran sel lainnya
ditranslokasi sebagian di sepanjang membran RE dan tetap berlabuh di sana oleh
satu atau lebih membran yang membentang pada daerah heliks dalam rantai
polipeptida mereka. Bagian hidrofobik dari protein ini dapat bertindak sebagai
transfer awal atau menghentikan-transfer sinyal selama proses translokasi.
Ketika sebuah polipeptida mengandung banyak, mulai-transfer dan
berhenti-transfer sinyal, itu akan melewati dan di bilayer beberapa kali sebagai
protein transmembran multipass. Asimetri penyisipan protein dan glikosilasi
dalam RE membentuk sisi membran semua organel lain yang RE memasok
dengan protein membran.