SINTESIS PROTEIN

Sebagian besar gen mengerahkan efeknya pada fenotipe melalui protein (enzim dan
protein struktural) yang strukturnya mereka tentukan. Protein adalah molekul makro
kompleks yang menunjukkan tingkat spesifisitas fungsional tingkat tinggi. Enzim yang
diberikan biasanya hanya akan mengkatalisasi satu reaksi spesifik. Ini menjelaskan mengapa
gen yang diberikan biasanya memiliki efek spesifik pada fenotipe organisme. Namun, satu
efek utama dari masing-masing gen dapat menyebabkan banyak efek sekunder. Protein
tersusun dari satu hingga beberapa polipeptida, dengan masing-masing spesies polipeptida
dikodekan oleh satu gen. Setiap polipeptida terdiri dari sekuens panjang asam amino yang
dihubungkan bersama oleh ikatan peptida. Dua puluh asam amino yang berbeda umumnya
ditemukan dalam protein.

Asam amino berbeda satu sama lain oleh kelompok samping yang ada. Selama sintesis
protein, asam amino menjadi Hov secara kovalen oleh ikatan peptida yang dibentuk oleh
hidrolisis dari kelompok amino dan karboksil. Urutan asam amino dalam polipeptida disebut
struktur utamanya. Protein, bagaimanapun, memiliki struktur tiga dimensi yang sangat
bervariasi dan sangat kompleks, beberapa di antaranya telah ditentukan oleh gelang difraksi
sinar-X. Struktur sekunder polipeptida mengacu pada keterkaitan spasial asam amino dalam
segmen polipeptida. Sebagai contoh, suatu segmen polipeptida dapat memperlihatkan suatu
pengaturan al yang disebut sebagai a-heliks. Struktur protein mengacu pada lipatan
polipeptida dalam ruang tiga dimensi. Terakhir, struktur qua- ry mengacu pada asosiasi dua
atau polipeptida dalam protein multimerik.

Hemoglobin memberikan contoh yang sangat baik dari lexity protein, menunjukkan
keempat level organisasi ural. Ini terdiri dari empat peptida, dua rantai identik dan dua ns
identik, yang semuanya sangat terlipat. Pada sebagian besar, jika bukan protein, struktur
sekunder, tersier, dan kuarterner ditentukan oleh struktur primer polipeptida yang terlibat.
Transfer informasi genetik dari DNA ke RNA ke protein, atau sintesis protein, melibatkan (1)
transkripsi, transfer informasi genetik dari DNA ke RNA, dan (2) terjemahan, transfer
informasi dari RNA ke protein.

TRANSKRIPSI DAN TRANSLASI

Sintesis protein terdapat 2 proses yaitu transkipsi dan translasi. Transkipsi sendiri ini
merubah DNA yang awalnya double helix menjadi single. Saat DNA sense dan DNA
antisense berpasangan datang enzim polimerase yang berfungsi untuk membuka ikatan
double helix DNA. Setelah double helix DNA terbuka, DNA sense mentranskipsi RNAd.
Setelah RNAd terbentuk, menujulah RNAd ini ke sitoplasma. Kemudian DNA sense dan
DNA antisense kembali berpasangan. Setelah RNAd berada di sitoplasma. Datang sub unit
kecil ribosom dn menempel pada RNAd. Anti kodon beserta asam amino menghampiri dan
menempel pada kodon. Kemudian anti kodon berikatan dengan kodon dan melepaskan asam
amino, mulai dari meteonin,alanin, serin, leusin, arginin, stop. Ribosom terus bergerak hingga
bertemu dengan asam amino stop . Ribosom melepaskan diri terhadap RNAd.

TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT

 Pada organisme eukariotik gen kromosomal yang tersusun atas DNA tetap tinggal di
dalam nukleus sementara sintesis protein berlangsung di sitoplasma. DNA tidak dapat
bertindak secara langsung sebagai template atau cetakan untuk sintesis protein. Tetapi seuntai
rantai DNA yang disebut sebagai untai sense yang dapat berfungsi sebagai cetakan
komplementer untuk proses sintesis dari suatu untai RNA yang disebut sebagai mRNA
(messenger RNA) atau pre-mRNA (jika memerlukan proses modifikasi untuk ditranslasikan)
dalam sebuah proses yang dikenal sebagai transkripsi. Untai yang ditranskripsikan dari dua
gen berbeda meskipun itu merupakan gen yang berdekatan tidak selalu berada dalam satu
untai yang sama. Demikian biasanya untuk satu gen hanya satu untai yang di transkripsikan.
Sebuah mRNA membawa informasi genetik dari tempat ia disintesis di nucleus menuju
protein sintesis yaitu ribosom di sitoplasma. Sintesis mRNA (atau pre-mRNA) di nucleus dan
perpindahan subsequent menuju sitoplasma dapat didokumentasikan melalui percobaan
pulse-labeling, percobaan pulse-chase labeling, dan autoradiografi. Jika suatu sel dipaparkan
pada perkusor RNA yang radioaktif selama beberapa menit dan lokasi intraseluler yang
disatukan oleh radioaktif di tentukan dengan autoradiografi maka hampir semua yang muncul
ditemukan di nukleus berlabel RNA. Disisi lain jika diberikan penyinaran yang rendah pada
perkusor berlabel RNA berdasarkan periode pertumbuhan di medium non radioaktif sebelum
dilakukan autoradiografi, kebanyakaan penggabungan radioaktif banyak ditemukan
ditransportkan ke sitoplasma.

Pembuktian lain mengenai RNA sebagai perantara proses sintesis protein adalah
melalui bakteriofage T2 yang menginfeksi sel E. coli. Protein faga menunjukkan proteinnya
disintesis dalam ribosom sebelum menginfeksi sel target. Pada demonstrasi yang dilakukan
oleh E. Volkin dan L. Astracan menggunakan virus T2 diketahui bahwa protein faga
menunjukkan proteinnya disintesis dalam ribosom sebelum menginfeksi sel target. Molekul
RNA memiliki susunan nukleotida yang mirip dengan DNA T2. Banyak molekul faga
mRNA yang telah diisolasi dan memperlihatkan sintesis secara langsung dari protein faga
yang spesifik melalui sintesis protein secara in vitro. RNA polimerase yang mengkatalisis
transkripsi biasanya merupakan protein yang kompleks dan protein multimerik.
Salah satu subnit dari RNA polimerase bakteri E.coli adalah factor sigma (σ) yang
hanya terlibat pada inisiasi di transkripsi, dan tidak memiliki fungsi katalitik. RNA
polimerase yang molekulnya lengkap disebut “holoenzim” yang mengandung 2 α-polipeptida
dan 1 polipeptida. Setelah tahapan inisiasi dari sintesis rantai RNA, factor α dilepaskan dan
rantai mengalami elongasi yang dikatalis oleh core enzim. Promotor-promotor di dalam sel E.
Coli sudah diurutkan, dan urutan yang telah ada memiliki kesamaan satu sama lain. Titik
tengah dari dua urutan terjadi sekitar 10 dan 35 pasang nukleotida sebelum tahapan inisiasi
pada transkripsi. Sehingga pasangan tersebut sering disebut urutan "-10" dan urutan "-35".
Yang paling umum atau konsensus -10 urut (juga disebut Pribnow box) adalah TATAAT.
Konsensus -35 (disebut recognition sequence) urutannya adalah TTGACA. Pada organisme
eukariot terdapat 3 tipe RNA polimerase, yakni RNA polimerase tipe I, RNA polimerase II
dan RNA polimerase III. RNA polimerase I terletak di nukleolus berfungsi untuk
mengkatalisis sintesis rRNA. RNA polimerase II dan III berada dalam nukleoplasma (di luar
nucleolus). RNA polimerase III berfungsi untuk mentranskripsi gen RNA nukleat kecil dan
tRNs. RNA polimerase II berfungsi untuk mentranskripsi sebagian besar gen struktural
nuclear dan bertanggung jawab untuk sintesis pra-mRNA.

Perbandingan dari urutan promotor atau RNA polimerase II adalah mengikat lebih
dari 200 gen eukariotik yang urutan konsensus berbeda yang terletak di sekitar 25 dan 75
pasang nukleotida sebelum situs transkripsi dimulai. Urutan konsensus untuk urutan "-25"
adalah TATAAT dan GGCCAATCT. Mekanisme sintesis RNA analog dengan sintesis DNA,
kecuali (1) prekursor ribonucleoside trifosfat, (2) hanya terbatas pada segmen untai tunggal
yang dapat disalin, dan (3) pembebasan RNA komplementer dari template seperti yang
disintesis. Perpanjangan kovalen terjadi, seperti sintesis DNA dengan penambahan
mononucleotides pada 3’ ujung rantai, dengan pembebasan phirophospat. Proses transkripsi
berhenti jika berada pada urutan terminator tertentu dalam DNA. Sebagian mRNA
prokariotik mengakhirinya pada urutan 5' UUUUUUA - 3'. Ururtan ini menunjukkan bahwa
urutan 3' AAAAAAT - 5' pada urutan untai DNA. Beberapa sinyal terminasi transkripsi
memerlukan kehadiran protein yang disebut rho. Walaupun salah satu untai DNA dapat
ditranskripsi di wilayah tertentu, kedua untai DNA dalam kromosom biasanya berperan
dalam proses transkripsi dengan beberapa mRNA yang ditranskripsi dari satu untai mRNA
lainnya (dari gen yang berbeda) yang ditranskripsikan dari untaian lainnya. Karena dua untai
DNA ganda heliks memiliki polaritas berlawanan, peristiwa transkripsi menggunakan helai
kebalikannya sebagai template yang akan melanjutkan di arah yang berlawanan sepanjang
molekul DNA. Bahkan dalam virus sederhana seperti λ dan T4, transkripsi terjadi dari kedua
untai DNA (tapi jarang di kawasan yang sama).

TRANSKRIPSI PADA PROKARIOT

Proses transkripsi pada prokariot dapat dibagi menjadi 3 tahapan, yaitu (1) inisiasi
rantai RNA (2) pemanjangan, dan (3) penghentian transkripsi dan pelepasan RNA hasil
transkripsi. RNA polimerase berperan dalam proses transkripsi untuk mengkatalis protein
kompleks.
Proses Inisiasi
Proses inisiasi melibatkan 3 tahapan yaitu (1) pengikatan RNA polimerase
holoenzyme ke daerah promotor dalam DNA, (2) melepasnya ikatan pasangan basa DNA
karena adanya ribonukleotida, dan (3) pembentukan ikatan fosfodiester antara beberapa
ribonucleotides pertama pada rantai RNA yang baru. Holoenzim RNA polimerase tetap
terikat pada wilayah promotor selama sintesis pertama, delapan atau sembilan obligasi, maka
faktor sigma akan dilepaskan, dan enzim inti memulai tahap pemanjangan RNA. Selama
inisiasi, rantai pendek dari 2-9 ribonucleotides disintesis dan dilepas. Sintesis yang gagal
akan berhenti setelah rantai 10 atau lebih ribonucleotides telah disintesis dan RNA
polimerase mulai bergerak menuju hilir dari promotor. Seperti disebutkan sebelumnya,
subunit sigma dari RNA polimerase menengahi ikatannya untuk promotor dalam DNA.
Ratusan promotor E. coli telah diurutkan dan menemukan memiliki sangat sedikit kesamaan.
Titik tengah dari dua urutan terjadi sekitar 10 dan 35 pasang nukleotida sebelum situs inisiasi
transkripsi. Sehingga pasangan tersebut sering disebut urutan "-10" dan urutan "-35". Yang
paling umum atau konsensus -10 urut adalah TATAAT. Konsensus -35 urutan adalah
TTGACA.
Proses Pemanjangan
Pemanjangan rantai RNA dikatalisis oleh inti enzim RNA polimerase yang telah
dilepas dari σ subunit. Kovalen perpanjangan rantai RNA berlangsung dalam gelembung
transkripsi. Molekul RNA polimerase berisi DNA unwinding dan DNA rewinding. RNA
polimerase terus mengurai DNA heliks ganda sampai zona poimerisasi dan menggulung
untaian DNA komplementer. Di E. coli panjang rata-rata gelembung transkripsinya adalah 18
pasang nukleotida, dan sekitar 40 ribonucleotides dimasukkan ke dalam rantai RNA yang
tumbuh setiap detik. Rantai RNA yang baru lahir dipindahkan dari DNA dan template untai
menuju RNA polimerase di sepanjang molekul DNA. Template untai sangat singkat,
mungkin hanya tiga pasangan basa panjangnya. Stabilitas kompleks transkripsi dipertahankan
terutama oleh pengikatan DNA dan rantai RNA yang baru menuju RNA polimerase, bukan
oleh pasangan basa antara untai template DNA dan RNA yang baru lahir.
Penghentian pemanjangan rantai DNA
Pemutusan rantai RNA terjadi ketika RNA polimerase bertemu dengan sinyal
penghentian. Ketika hal itu terjadi, transkripsi berdisosiasi kompleks melepaskan molekul
RNA yang baru lahir. Ada dua jenis terminator transkripsi dalam E. coli. Terminator tersebut
yaitu rho depent terminator dan terminator lainnya selain protein rho yang dapat
menghentikan proses transkripsi yaitu rho independent terminator. Rho-independen
mengandung daerah kaya GC diikuti oleh enam atau lebih AT pasangan basa, dengan hadir A
di template strand. Urutan nukleotida yang kaya GC mengandung urutan nukleotida yang
terbalik dalam setiap helai DNA yang terbalik dan saling melengkapi. Ketika ditranskripkan,
daerah yang mengulang menghasilkan RNA untai tunggal urutan yang dapat mendasarkan-
pair dan bentuk struktur hairpin. RNA pada struktur hairpin segera membentuk setelah
sintesis dari daerah yang berpartisipasi dari rantai RNA dan menghambat pergerakan molekul
RNA polimerase sepanjang DNA yang menyebabkan jeda dalam ekstensi rantai. Mekanisme
terminasi rho-dependent mirip dengan pemutusan rho-independen dalam bahwa kedua
melibatkan pembentukan hidrogen terikat struktur hairpin hulu dari situs penghentian.

Proses transkripsi, translasi, dan degradasi mRNA

Pada prokariot penerjemahan dan degradasi molekul mRNA memulai sebelum
sintesis selesai. Hal ini dikarenakan molekul mRNA yang disintesis, diterjemahkan, dan
terdegradasi di ujung 5’ menuju ke arah ujung 3’. Ketiga proses bisa terjadi secara bersamaan
pada molekul RNA yang sama. Pada prokariota mesin polipeptida-sintesis tidak dipisahkan
oleh mantel nuklear dari perpaduan beberapa molekul mRNA. Oleh karena itu, setelah ujung
5’ sebuah mRNA selesai disintesis dapat segera digunakan sebagai template untuk sintesis
polipeptida. Sehingga proses transkripsi, translasi dan degradasi mRNA dapat dilakukan
secara bersamaan.
SOAL
1. Mengapa pada saat pelepasan ikatan double helix membutuhkan enzim polimerase ?
Sedangkan pada saat ikatan bersatu kembali tidak membutuhkan enzim apapun?
Karena enzim polimerase membentuk nukleotida RNA sebagai komplemen dari DNA
rantai tunggal tadi, setiap nukleotida RNA akan menggabung membentuk molekul
RNA dengan menghubungkan fosfat dengan gula pada nukleotida lain melalui ikatan
kovalen dan bantuan energy dari pelepasan dua gugus fosfat terakhir yang
mempunyai ikatan berenergi tinggi. Jadi, tanpa enzim polimerase ikatan DNA tidak
dapat berpisah.
2. Proses transkripsi terbagi menjadi 3 tahap. Sebutkan dan beri penjelasan dari ketiga
tahap tersebut!

a. Tahap pengawalan (inisiasi), tahap ini mendeskripsikan pembentukan ikatan

nukleotida pertama dalan RNA. Tahap ini berakhir apabila enzim mampu
mensintesis rantai RNA baru melewati batas panjang.
b. Tahap pemanjangan (elongasi), merupakan selang selama enzim bergerak
sepanjang DNA cetakan da memperpanjang rantai RNA. Selama bergerak
enzim membuka rantai ganda dari DNA dan menyingkapkan sandi rantai
tunggal DNA dengan nukleotida yang dating menyerang ujung 3’ dari rantai
DNA yang sedang mengalami pemanjangan.
c. Tahap pengakhiran (terminasi), tahap ini melibatkan pengakuan titik dimana
tidak ada lagi basa yang ditambahkan ke dalam rantai. Untuk mengakhiri
transkripsi, pembentukan ikatan fosfodiester harus dihentikan dan kompleks
transkripsi harus dibubarkan.