Laporan Praktikum Genetika

ISOLASI DNA DARAH

Nadia Rizki Shabrina*, A. N. Latifah, F. M. Normasiwi, I. Nurazizah, M. Fitroh, M. Farhan, M. F. Purwanto,

R. D. Rachmawati, S. J. Sindhuarta, Y. Wulandari, A. Fakhriddinov, E. Mahfudhoh, K.A. Azlou
Universitas Indonesia
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Departemen Biologi
Mei 2015

Abstrak

DNA merupakan informasi genetik pada makhluk hidup yang dapat diwariskan dari generasi ke generasi dan
berupa untai ganda yang berpilin. DNA pada sel hewan terdapat di nukleus dan mitokondria, juga kloroplas pada sel
tumbuhan. DNA dapat ditemukan pada darah, semen, urin, saliva, rambut, kuku, gigi, tulang, jaringan maupun feses.
DNA dapat dipelajari dengan menggunakan metode isolasi DNA, yaitu teknik yang dilakukan untuk memisahkan DNA
dengan zat lain dari suatu sel. Prinsip kerja dari isolasi DNA adalah isolasi jaringan atau sampel, pelisisan dinding dan
membran sel, ekstraksi DNA, pengendapan DNA, pemurnian DNA, dan pengawetan DNA. Telah dilakukan praktikum
isolasi DNA darah dengan menggunakan medium darah.

Kata kunci: DNA, isolasi.

1. Pendahuluan

Didalam inti sel suatu organisme, terdapat 2000). Contoh dari materi genetik adalah
materi genetik. Materi genetik ini harus DNA/RNA, gen dan kromosom. DNA dan RNA
mempunyai kemampuan untuk mengkode suatu dimiliki oleh organisme prokariotik, sedangkan
informasi secara spesifik dan menggandakan eukariotik hanya memiliki RNA. DNA/RNA
suatu informasi secara tepat (NCBI-Griffiths dkk: adalah informasi genetik yang dibentuk oleh asam

*)Kelompok 4D 1
 deoksiribonukleat untuk DNA atau Ribosanukleat
untuk RNA (Solomon dkk 2005: 38).
Sel prokariotik memiliki DNA yang tersebar di
dalam sel dan DNA yang tidak berasosiasi dengan
protein histon sehingga DNA terburai didalam
sitoplasma. DNA pada sel prokariotik berbentuk rantai
single helix. beberapa DNA tambahan pada bakteri dapat
ditemukan diorganel bernama plasmid (Pierce 2005: 17).
Sel eukariotik memiliki DNA yang berasosiasi dengan
protein bernama histon lalu membentuk kuparan padat
yang disebut kromosom (Pierce 2005: 17). DNA pada
sel eukariotik terdapat didalam nukleus. Sebagian besar
DNA pada sel hewan terdapat didalam inti sel dan
sebagian kecil ada di dalam mitokondria. Sedangkan
DNA pada sel tumbuhan terdapat pada nukleus,
mitokondria juga kloroplas.
Menurut Watson dan Crick, DNA disusun oleh basa
purin yaitu adenin dan guanin, dan basa pirimidin yaitu
timin dan sitosin. DNA juga mengandung gula
deoksiribosa, gugus fosfat, dan basa nitrogen yang
semuanya dinamakan susunan nukleotida (Suryo 2008:
68). Susunan basa kimia ini akan mengandung informasi
untuk komposisi penyusun suatu organisme tertentu.
DNA dapat menggandakan dirinya dan nantinya
berperan dalam proses pembelahan sel (Genetic home
refrence: 2015). Basa-basa nitrogen pada rantai yang
satu dengan rantai lainnya saling berpasangan dengan
ikatan hidrogen. Basa jenis purin selalu berpasangan
dengan basa jenis pirimidin. Adenin akan berpasangan
dengan timin dengan dua ikatan hidrogen. Guanin akan
berpasangan dengan sitosin dengan tiga ikatan hidrogen.
Ikatan hidrogen berfungsi menstabilkan struktur DNA
tersebut dan mempermudah penguraian DNA saat
melakukan replikasi dan transkripsi. Struktur DNA
2
adalah double helix atau pilinan berganda (Campbell
dkk. 2008: 305-306).
Berdasarkan letak ditemukannya di dalam sel, DNA
eukariotik dikategorikan menjadi dua yaitu, DNA
kromosomal dan DNA sitoplasma. DNA kromosomal
merupakan DNA yang ditemukan di kromosom atau
didalam nucleus, sedangkan DNA sitoplasma
merupakan DNA yang ditemukan di sitoplasma
khususnya mitokondria dan kloroplas (TNAU Agritech
Portal 2012: 10). Nuclear DNA atau DNA inti
merupakan DNA yang berbentuk linier dan berasosiasi
dengan protein histon berada di dalam kromosom. DNA
inti mengandung lebih banyak informasi genetik
dibandingkan DNA lain. DNA inti mengandung 30.000-
40.000 gen, sedangkan DNA mitokondria hanya
mengandung 37 gen (University of North Texas 2007:
1).
DNA mitokondria terletak di bagian matriks
mitokondria, berbentuk sirkular, dan memiliki beberapa
gen yang memproduksi protein metabolisme esensial.
Dari 37 gen yang ada pada mitokondria, 13 gen
memproduksi enzim yang terlibat dalam fosforilasi
oksidatif, atau pembentukan energi utama dari sel. 24
gen lainnya menyediakan informasi untuk pembuatan
tRNA dan rRNA (Genetic Home Refrence 2015: 1).
DNA mitokondria hanya diwariskan dari ibu, karena
saat proses fertilisasi, mitokondria pada sel sperma tidak
ikut masuk ke dalam sel telur. Hal ini menyebabkan
DNA mitokondria dapat digunakan untuk melacak garis
keturunan keluarga dan untuk identifikasi forensik. DNA
mitokondria juga dapat mempelajari hubungan antar
kelompok populasi manusia di dunia (University of
North Texas 2007: 1).
DNA kloroplas hanya terdapat pada sel tumbuhan
dan terletak pada stroma kloroplas, berbentuk sirkular,
berukuran lebih besar daripada DNA mitokondria
(McClean 1997: 1). DNA kloroplas mengandung DNA
molekul yang homogen dan terdapat 30-50 gen RNA
dan beberapa gen pengkode (De Las Rivas dkk 2015: 1).
Secara keseluruhan DNA kloroplas mengandung 100-
200 gen yang berfungsi untuk fotosintesis dan beberapa
fungsi lain dari kloroplas (Howe 2012: 1).
Isolasi DNA merupakan teknik ekstraksi DNA dari
suatu sel sebagai tahap awal suatu analisis genetik.
Secara umum, tahap isolasi DNA dimulai dari
pengambilan sampel sel, pelisisan membran dan/atau
dinding sel, ekstraksi DNA, presipitasi DNA, pemurnian
DNA, dan pengawetan DNA (Gaikwad 2010: 2). DNA
manusia dan hewan biasanya diperoleh dari darah dan
jaringan dalam. Namun DNA juga dapat diektraksi dari
semen, saliva, akar rambut, urine, dan gigi (Medical
Genomics 2004: 1). Isolasi DNA juga berfungsi sebagai
media pembelajaran genetik, dapat mengetahui kelainan
genetik yang diderita (University of Utah 2015: 1).
Aplikasi dari isolasi DNA adalah untuk identifikasi
forensik, beberapa gen tertentu dapat diproduksi secara
massal untuk mengobati penyakit tertentu, dan teknologi
DNA rekombinan dapat digunakan untuk rekayasa
genetika (University of Utah 2015: 1).
Sel hewan dapat diisolasi lewat darah, sedangkan
pada sel tumbuhan umumnya diisolasi dari organ daun.
Metode tradisional untuk mengisolasi DNA tumbuhan
dengan menggunakan teknik CTAB (Cetyl Trimethyl
Ammonium Bromide). Hal penting yang harus
diperhatikan pada teknik CTAB yaitu pelisisan dinding
sel agar DNA dapat diamatai. Pada saat pemurnian
DNA, partikel lain akan dipisahkan lewat sentrifugasi
dengan kloroform. Reagen yang digunakan antara lain
CTAB buffer, etanol 70%, amonium asetat, kloroform,
tris-EDTA, RNAse, dan isopropanol. Teknik CTAB
3
melibatkan proses cukup rumit karena tumbuhan harus
digerus yang selanjutnya di inkubasi pada waterbath,
dan terakhir di sentrifugasi (University of Queensland
2003: 1-3).
Isolasi DNA tumbuhan juga dapat dilakukan dengan
teknik yang lebih modern, atau disebut dengan teknik
KIT (QuickExtract Plant DNA Extraction). Kelebihan
dari metode KIT ini adalah prosedur kerja yang simpel,
proses pengerjaan yang cepat, dan tidak menggunakan
bahan kimia berbahaya seperti kloroform dan
memerlukan penanganan yang mudah. Metode KIT
tersebut hanya memerlukan satu jenis reagen dan dua
kali inkubasi tanpa proses penggerusan dan sentrifugasi
(University of Queensland 2003: 4).
Praktikum ini dilakukan dengan tujuan mengisolasi
DNA dari darah, dan memahami teknik pengisolasian
DNA dari darah..
2. Metodologi
Alat-alat yang digunakan dalam praktikum isolasi
DNA darah antara lain mesin sentrifugasi, vortex,
tabung sentrifugasi, mikropipet + tips, pipet transfer,
tube, lanset, gloves, masker, dan inkubator. Bahan-
bahan yang digunakan antara lain darah sebanyak 300
µl, larutan pelisis eritrosit, larutan pelisis leukosit,
RNAse, larutan presipitasi protein, isopropanol, etanol
70% dan tris-EDTA.
Langkah kerja yang pertama ialah darah diambil
sebanyak 300 µl dengan menggunakan mikropipet dari
ujung jari steril yang telah dilubangi dengan lanset. Lalu
darah dimasukan pada tube dan diberi larutan pelisis
eritrosit. Lalu tabung diinkubasi selama kurang lebih 10
menit lalu setelah itu di sentrifugasi selama 10 menit
dengan kecepatan 2.500 rpm. Setelah itu supernatan
kemudian dibuang. Tambahkan lagi 4,5 ml larutan
pelisis eritrosit lalu gunakan vortex untuk homogenisasi.
Lalu sentrifugasi selama 10 menit dengan kecepatan
2.500 rpm. Setelah itu supernatan kembali dibuang.
Pelet yang didapat kemudian ditambahkan 1 ml
larutan pelisis leukosit lalu tambahkan 1,5 µl RNAse,
lalu homogenisasi campuran dengan cara membolak-
balikkan tabung. Lalu tabung diinkubasi selama 15
menit pada suhu 37ºC. lalu tambahkan 500 µl larutan
presipitasi protein dan gunakan vortex untuk
homogenisasi. Selanjutnya tabung di sentrifugasi selama
15 menit dengan kecepatan 3.000 rpm. Setelah selesai,
supernatan berisi DNA dituang ke tabung berisi 4 ml
isopropanol dingin dan dibolak-balikkan secara
perlahan. Selanjutnya tabung di sentrifugasi selama 5
menit dengan kecepatan 3.000 rpm. Supernatan
selanjutnya dibuang dan pellet ditambahkan 4 ml etanol
70% dingin dan dibolak-balikkan. Selanjutnya tabung di
sentrifugasi selama 5 menit dengan kecepatan 3.000
rpm. Selanjutnya tabung dibolak-balikkan dan DNA
dikeringkan selama 15 menit. Lalu tambahkan tris-
EDTA 0,5 ml. selanjutnya sampel DNA siap digunakan
dan disimpan pada suhu 4ºC.
3. Hasil dan Pembahasan
Alat-alat yang digunakan dalam praktikum isolasi
DNA darah antara lain mesin sentrifugasi, vortex,
tabung sentrifugasi, mikropipet + tips, pipet transfer,
tube, lanset, gloves, masker, dan inkubator. Bahan-
bahan yang digunakan antara lain darah sebanyak 300
µl, larutan pelisis eritrosit, larutan pelisis leukosit,
RNAse, larutan presipitasi protein, isopropanol, etanol
70%, dan tris-EDTA.
Mesin sentrifugasi adalah mesin yang didesain untuk
memisahkan material bermassa berat dengan yang
ringan. Mesin sentrifugasi berputar dengan kecepatan
4
yang sangat tinggi. Tabung sentrifugasi berfungsi
sebagai tempat diprosesnya darah (TUFTS University
2010: 1). Vortex berfungsi untuk mencampurkan larutan
dengan jumlah sedikit (Electron Microscopy Science
2015:1). Mikropipet dan pipet transfer berfungsi untuk
mengambil larutan yang diperlukan dalam praktikum
dalam satuan mikroliter. Tube digunakn untuk
menampung sampel darah. Lanset digunakan untuk
melubangi ujung jari tempat pengambilan darah (Weiner
2010: 443). Inkubator atau waterbath digunakan untuk
mengontrol temperature, keamanan dan goncangan pada
status yang tetap (Microguide 2010: 1).
Larutan pelisis sel darah merah mengandung NH 4Cl
sebagai garam dan berfungsi sebagai pengoptimalisasi
pelisisan sel darah merah tanpa menyebabkan efek yang
berarti pada sel darah putih (Stemcell Technologies
2014: 1), EDTA (Ethylenediaminetetra Acetic Acid)
berfungsi untuk mengikat ion metal yang mempunyai +2
(Mg2+ dan Ca2+) yang dapat menghambat mereka untuk
bereaksi dan mereduksi aktivitas DNAse (Brennan 2010:
1), KHCO3 berfungsi sebagai laturan penyangga atau
buffer (Protocol Online 2006: 1), KOH digunakan untuk
menaikkan pH (Nuansakimia 2009: 1), sedangkan HCl
digunakan untuk menurunkan pH larutan (Ash 2011: 1)
Larutan pelisis sel darah putih mengandung Tris-HCl
sebagai larutan buffer, EDTA, SDS ( Sodium
DodecylSulfate) sebagai melaarutkan membrane
dan protein yang terdenaturasi, RNAse sebagai
penghancur RNA, larutan presipitasi protein (HAc)
mengendapkan protein yang berasosiasi dengan
DNA, isopropanol sebagai medium agregasi
plasmid DNA agar DNA terlihat, ethanol sebagai
fase pencucian DNA untuk menghilangkan
isopropanol dan garam yang terkandung, dan Tris-
EDTA sebagai larutan isotonis agar DNA tidak
rusak (Researchergate 2012: 3-5).
Darah diambil menggunakan lanset steril
bertujuan agar darah tidak terkontaminasi dan
menghindari hal-hal yang tidak diinginkan,
selanjutnya darah ditempatkan pada tube lalu
tambahkan larutan pelisis sel darah merah yang
bertujuan agar sel darah merah hilang, lalu
selanjutnya disentrifugasi agar supernatan yang
berisi sel darah merah yang telah terlisis dan pellet
yang berisi sel darah putih terpisah, selanjutnya
supernatan dibuang. Lalu ditambahkan lagi larutan
pelisis sel darah merah untuk yang kedua kalinya
agar sel darah merah yang masih ada dapat terlisis
dengan sempurna (Researchergate 2012: 4).
Menggunakan larutan pelisis sel darah putih (GB
buffer) untuk melisiskan membrane sel darah putih.
Selanjutnya diinkubasi pada waterbath untuk
[ Gambar 1. Tube berisi DNA yang sudah diisolasi dan siap untuk dipakai.
Sumber: Dokumen Pribadi]
Hasil yang akan didapatkan adalah larutan
berwarna bening yang berisi DNA murni, tanpa
adanya komponen lain yang tidak diperlukan seperti
sel darah merah maupun protein.
5
optimalisasi kinerja GB buffer (DNA Cloning 2004:
1). Lalu selanjutnya tambahkan elution buffer untuk
menghilangkan protein yang telah terdenaturasi
sehingga yang tersisa hanya DNAnya (Cooke
2010 : 1).
Tambahkan ethanol untuk proses pencucian
DNA. Lalu tempatkan GD Column pada tube dan
selanjutnya disentrifugasi. Hal ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan supernatan, sehingga
DNA tidak tercampur dengan supernatan yang akan
dibuang. Selanjutnya GD Column diberi wash
buffer untuk proses pencucian DNA dan bertujuan
agar DNA yang masih menempel pada GD Column
dapat mencapai bawah tabung (Researchergate 2012:
2). Setelah GD Column dipindahkan kedalam tube
yang baru, lalu diberi TE buffer atau elotion buffer
agar DNA tidak terdegradasi saat proses
penyimpanan (Protocol Online 2006: 1).
4. Kesimpulan
DNA merupakan informasi genetik
berbentuk rantai ganda berpilin yang terdiri atas
komponen fosfat, gula ribosa, dan basa nitrogen.
DNA dapat ditemukan pada seluruh sel makhluk
 hidup dan dapat diisolasi dengan berbagai teknik.
Isolasi DNA dapat dilakukan salah satunya dari
sampel darah manusia. Hasil yang diperoleh
adalah tube sampel yang berubah warna dari
merah menjadi bening sebagai tanda hasil
praktikum sesuai dengan literatur. Isolasi DNA
tumbuhan dan plasmid tidak dilakukan dalam
praktikum ini.
Daftar Pustaka
Ash, M. 2011. The role of HCl in gastric function and
health. 1 hlm.
http://www.clinicaleducation.org/resources/review
s/the-role-of-hcl-in-gastric-function-and-health/.
14 Mei 2015 pk. 23.09
Brennan, J. 2010. Component of lysis buffer. 1 hlm.
http://www.ehow.com/info_8148370_components
-lysis-buffers.html. 11 mei 2015 pk. 23.06
Budelier, K., Schorr, J. 2001. Purification of DNA by
anion-exchange chromatography. 1 hlm.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18265181.
10 Mei 2015, pk. 23.40
Campbell, N.A., J.B. Reece, L.A. Urray, M.L. Cain,
P.V. Minorsky, R.B Jackson & S.A. Wasserman.
2008. Biology. 8th ed. Pearson Education Inc, San
Fransisco: 1465 hlm.
Cooke, D.J. 2010. Affinity chromathoghraphy. 1 hlm.
http://www.bio.davidson.edu/Courses/Molbio/Mo
lStudents/01dacooke/affinity.html. 15 Mei 2015,
pk. 00.09
De Las Rivas, J., Lozano J.J., Ortiz, A.R. 2015.
Comparative analysis of chloroplast genomes:
functional annotation, genome-based phylogeny,
6
and deduced evolutionary patterns. 1 hlm.
http://genome.cshlp.org/content/12/4/567.long. 10
Mei 2015, pk. 19.25
DNA Cloning. 2004. DNA genome mini kit. 5 hlm.
http://shop.dna-cloning.com/download/dbc-
proto.pdf. 14 Mei 2015, pk. 00.00
Electron Microscopy Science. 2015. Vortex mixers,
microplate mixers, and magnetic stirrers. 1 hlm.
http://www.emsdiasum.com/microscopy/products/
equipment/vortex_stirrers.aspx. 11 Mei 2015 pk.
00.55
Gaikwad, A.W. 2010. DNA extraction: comparison of
methodologies. 6 hlm.
http://www.nbpgr.ernet.in/Portals/6/DMX/GENO
MIC_RESOURCES/DNA%20extraction-
Comparison%20of%20methodologies.pdf. 10 Mei
2015, pk. 19.50
Ghatak, S., Muthukumaran R.B., Nachimutu S.K. 2013.
A simple method of genomic DNA extraction
from human samples for PCR-RLFP analysis. 1
hlm.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC37
92701/. 10 Mei 2015 pk. 23.10
Genetic Home Refrence. 2015. Mitochondrial DNA. 1
hlm. http://ghr.nlm.nih.gov/mitochondrial-dna. 10
Mei 2015, pk. 18.52
Genetic Home Refrence. 2015. What is DNA?. 1 hlm.
http://ghr.nlm.nih.gov/handbook/basics/dna. 10
Mei 2015, pk.12.47
Howe, C.J. 2012. Cholorplast genome. 1 hlm.
http://www.els.net/WileyCDA/ElsArticle/refId-
a0002016.html. 10 Mei 2015 pk. 19.30
Larsen, D. 2009. Salting out. 1 hlm.
http://chemwiki.ucdavis.edu/Physical_Chemistry/
 Thermodynamics/Non-IdealSystems/Salting_Out.
10 Mei 2015 pk. 23.34
McClean, P. 1997. Structure of organelle genomes. 1
hlm.
http://www.ndsu.edu/pubweb/~mcclean/plsc431/
maternal/maternal3.htm. 10 Mei 2015 pk. 19.12
Medical Genomics. 2004. What can be the source of
DNA. 1 hlm.
http://www.medicalgenomics.co.uk/DNAsources.
html. . 10 Mei 2015, pk. 20.12
MIcroguide. 2010. Laboratory equipment: water bath
description. 1 hlm.
http://www.microeguide.com/equipment/water_ba
th.asp. 11 Mei 2015 pk. 01.27
NCBI. 2000. Buku: An Introduction to Genetic
th
Analysis. 7 ed. 1 hlm.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK22104/.
10 Mei 2015, pk. 13.04
Nuansakimia. 2009. What KOH is all about. 1 hlm.
http://www.nuansakimia.com/en/what-potassium-
hydroxide--koh-is-all-about.html. 14 Mei 2015
pk. 23.04
Pierce, B.A. 2005. Genetics: A Conceptual Approach.
2nd ed. W. H. Freeman. New York: 709 hlm.
Protocol Online. 2006. How KHCO3 lyses RBC. 1 hlm.
http://www.protocol-online.org/biology-
forums/posts/21124.html. 14 Mei 2015 pk. 22.55
Protocol Online. 2006. What is the TE Buffer for. 1 hlm.
http://www.protocol-online.org/biology-
forums/posts/18262.html. 15 Mei 2015 pk. 00.21
Researchergate. 2012. Plasmid isolation. 7 hlm.
http://webcache.googleusercontent.com/search?
q=cache:FGdBP-
YBYRAJ:www.researchgate.net/publictopics.Pub
licPostFileLoader.html%3Fid
7
%3D540520d9d3df3ea9398b4599%26key
%3Dcc102dd6-03d7-43a0-816b-
b45462c73ec3+&cd=8&hl=en&ct=clnk&gl=id.
14 Mei 2015 pk. 23.16
Solomon, E. P., D. W. Martin, & L. R. Berg. 2005.
Biology. 8th ed. Thomson Corporation, Belmont,
USA: 1379 hlm.
Stemcell Technologies. 2014. Amoonium chloride
solution.
http://www.stemcell.com/en/Products/All-
Products/Ammonium-Chloride-Solution.aspx. 11
Mei 22.58
Suryo. 2008. Genetika. Gadjah Mada University Press,
Yogjakarta: 344 hlm.
TNAU Agritech Portal. 2012. Dna and it’s structure,
function, types, modes of replication and repair.
15 hlm.
http://agridr.in/tnauEAgri/eagri50/GBPR111/lec1
5.pdf. 10 Mei 2015 pk. 18.01
TUFTS University (=TUFTSU). 2010. Centrifuge. 1
hlm.
http://webcache.googleusercontent.com/search?
q=cache:XHa_aqo1uecJ:ase.tufts.edu/chemistry/h
hmi/documents/protocols/centrifuge_aug2011.doc
x+&cd=5&hl=id&ct=clnk&gl=id. 11 Mei 2015
pk. 00.49
University of North Texas (=NTU). 2007. DNA defined.
1 hlm.
https://www.unthsc.edu/departments/pathology_a
natomy/dna/Forensics/Defined/Defined.cfm. 10
Mei 2015 pk. 18.42
University of Utah (=UU). 2015. Frequently asked
question. 1 hlm.
http://learn.genetics.utah.edu/content/labs/extracti
on/howto/faq/. 10 Mei 2015, pk. 20.25
University of Queensland (=QU). 2003. Plant genomic %20CTAB%20_2__Fiona.pdf. 10 Mei 2015 pk.
DNA extraction. 5 hlm. 00.05
http://www.cilr.uq.edu.au/UserImages/File/Plant Weiner, Michael P. 2010. GENETIC VARIATION: A
%20Genomic%20DNA%20Extraction%20by Laboratory Manual. Cold Spring Harbor
Laboratory Press, New York: xvi + 472 hlm