REKONSTRUKSI POHON FILOGENIK

Jumat, 17 April 2020, Struktur Pohon Filogenik

Bidang keilmuan Biologi Molekuler saat ini telah menginvasi semua lini kehidupan
organisme karena salah satu tahapan penting dalam analisis data genetik atau molekuler adalah
rekonstruksi filogenik. Pohon filogenik biasanya digunakan untuk mempelajari dan
menganalisis kedekatan antara suatu individu bahkan untuk mencari kedekatan fungsi dari
gen/protein tertentu
1. Pohon filogenetik dibuat untuk memvisualisasikan hubungan evolusi diantara berbagai
spesies atau benda-benda lain. Pohon filogenetik yang berupa diagram bercabang-cabang
ini dapat dikonstruksi berdasarkan kesamaan atau perbedaan sifat fisik atau genetik seperti
sekuen DNA, sekuen asam amino (protein), pola pemotongan enzim restriksi, ukuran allel
pada analisa microsatellite, dan lain-lain. Dalam artikel ini kita akan membuat pohon
filogenetik berdasarkan sekuen DNA gen 16S ribosomal RNA dari bakteri-bakteri.
2. Misalkan kita mengisolasi bakteri-bakteri yang hidup di permukaan kulit kita, misalnya
ketiak yang kaya akan bakteri golongan Micrococcaceae, kemudian kita mengisolasi DNA
genom bakteri-bakteri tersebut secara langsung dan melakukan amplifikasi PCR untuk gen
16S rRNA menggunakan primer universal. Produk PCR tersebut diklon ke plasmid dan
setiap klon yang tumbuh dianalisa sekuen DNA insertnya yang notabene adalah sekuen dari
gen 16S rRNA bakteri-bakteri yang hidup di dalam tanah sampel kita tadi.
3. Untuk melihat hubungan kekerabatan antar spesies bakteri yang hidup di permukaan kulit
tersebut, kita bisa mengkonstruksi pohon filogenetik berdasarkan sekuen gen 16S rRNA
mereka.

Evolusi “Hubungan Filogeni dan Sistematika”

 EVOLUSI

Latar Belakang
        Evolusi adalah proses gradual, suatu organisme yang memungkinkan spesies sederhana
menjadi lebih komplek melalui akumulasi perubahan dari beberapa generasi. Keturunan akan
mempunyai beberapa perbedaan dari nenek moyangnya karena berubah dalam sebuah evolusi.
Semakin bervariasi, semakin beranekaragam spesies yang dihasilkan, dalam arti semakin
banyak spesies baru yang bermunculan. Spesiasi tidak hanya akan mempengaruhi
terbentuknya spesies baru saja, bisa terbentuknya genus atau bahkan takson yang baru. Hal ini
termasuk dalam makroevolusi Pohon filogenetik adalah pendekatan logis untuk menunjukkan
hubungan evolusi antara organisme.
Filogenetika diartikan sebagai model untuk merepresentasikan sekitar hubungan nenek
moyang organisme, sekuen molekul atau keduanya. Salah satu tujuan dari penyusunan
filogenetika adalah untuk mengkonstruksi dengan tepat hubungan antara organisme dan
mengestimasi perbedaan yang terjadi dari satu nenek moyang kepada keturunannya.
Konstruksi pohon filogenetika adalah hal yang terpenting dan menarik dalam studi evolusi.
Pohon filogenetik adalah pendekatan logis untuk menunjukkan hubungan evolusi antar
organisme. Filogenetika dapat menganalisis perubahan yang terjadi dalam evolusi organisme
yang berbeda. Berdasarkan analisis, yang mempunyai kedekatan dapat diidentifikasi dengan
menempati cabang yang bertetangga pada pohon. hubungan filogenetika diantara gen dapat
memprediksikan kemungkinan yang satu mempunyai fungsi yang ekuivalen. Berdasarkan latar
belakang tersebut perlu dibahas makalah evolusi yang berjudul melacak evolusi sehingga
dapat mengetahui catatan fosil dan waktu geologis, filogeni dan sistematik dan ilmu
sistematika filogenetik.
 FOSIL DAN WAKTU GEOLOGIS

A. Fosil
Fosil adalah sisa-sisa atau jejak terawetkan dari organisme yang hidup di massa
lampau yang merupakan dokumen historis biologi. Catatan fosil (fossil record) merupakan
susunan teratur dimana fosil mengendap dalam lapisan atau strata pada batuan sedimen
yang menandai berlalunya waktu geologis. Batuan sedimen (batuan endapan) terbentuk dari
lapisan mineral yang mengendap dan memisah dari air. Pasir dan endapan lumpur yang
sudah lapuk dan tererosi dari tanah dibawa oleh sungai ke laut atau ke rawa, dimana
partikel-partikel itu akan mengendap kebagian dasar.sedimen akan meumpuk dan menekan
endapan yang lebih tua di bawahnya menjadi batu-pasir menjadi batu pasir dan lumpur
menjadi serpihan. Ketika bentuk kehidupan akuatik dan organisme darat yang terbawa ke
laut atau rawa itu mati, organisme yang mati tersebut akan mengendap juga bersama-sama
dengan sedimen tadi. Sebagian kecil dari mereka keudian akan terawetkan menjadi fosil.
Fosil yang ditemukan oleh para ahli paleontology dalam banyak penggalian sama
sekali bukan lagi sisa-sisa organisme yang sesungguhnya, namun merupakan batuan yang
membentuk replica organisme tersebut. Fosil ini terbentuk ketika organisme yang meti
terjerat dalam sedimen, mengalami pembusukan dan meninggalkan cetakan kosong yang
menjadi terisi dengan mineral yang larut dalam air. Mineral itu kemudian mengalami
kristalisasi yang mewujudkan bentuk organisme tersebut.
Fosil jejak dari jejak kaki, sarang lubang hewan atau ctakan lain yang tertinggal
dalam sedimen oleh aktivitas hewan. Bebatuan ini pada prinsipnya perilaku yang
terfosilisasi. Bebatuan tersebut memberitahukan para ahli paleontogi mengenai bagaimana
hewan meninggalkan jejak tersebut hidup. Sebagai contoh bekas-bekas jejak dinosaurus
memberikan petunjuk mengenai pergerakan hewan tersebut, langkahnya (pola pergerakan
tungkai), panang langkah dan kecepatannya.
B. Metode yang digunakan para ahli untuk memperkirakan usia fosil
1. Penentuan-Umur Relatif
       Terjebaknya organisme yang mati dalam sedimen akan membekukan fosil untuk
selamanya. Dengan demikian, fosil yang terdapat pada lapisa sedimen itu merupakan
contoh lokal organisme yang hidup pada waktu sedimen itu diendapkan, karena sedimen
 yang lebih muda akan menekan sedimen yang lebih tua, tebal lapisan sedimen itu akan
memberitahukan umur relative fosil tersebut.
2. Penentuan-Umur Absolut
       Metode yang paling sering digunakan dalam menentukan umur batuan dan fosil
pada waktu skala absolut yakni penentuan umur-umur radiometric (radiometric dating).
Dimana fosill yang menadung isotop unsrt yang terakumulasi dalam organisme ketika
mereka masih hidup. Karena setiap isotop radioaktif memiliki laju peluruhan yang sudah
tetap, isotopitu akan dapat di gunakan untuk menentukan umur suatu spesimen.
Selain penentuan-umur radiometrik, dapat juga digunakan metode rasemisasipada
beberapa fosil. Metode ini dengan menggunakan asam amino yang ditemukan dalam dua
isomer, baik dengan simetri kiri dan kanan yang masin-masing diberisimbol L dan D.
organisme hanya mensitesis asam amino-L, yang digabungkan dalam molekul protein.
Akan tetapi, setelah suatu organisme, populasi asam amino kiri (bentuk L) secara
perlahan-lahan diubah yang mengakibatkan suatu campuran asam amino L dan D. Pada
suatu fosil, rasio asam amino L dan D dapat diuku dengan mengetahui laju konveksi
kimia.
C. Sejarah kehidupan diselingi oleh adanya kepunahan massal yang diikuti oleh radiasi
adaptif oleh spesies yang selamat
1. Contoh radiasi Adaptif Utama
Kelompok taksonomi mengalami diverfikasi secara ekstensif pada periode awal
sejarah keberadaannya. Pada banyak kasus radiasi akdaptif utama kelihatan terjadi
setelah evolusi beberapa karakteristik baru yang membuka zona adaptif (adaptif zone)
yang baru yaitu suatu kumpulan kondisi hidup dan sumber daya baru yang memberikan
banyak kesempatan yang sebelumnyatidak dimanfaatkan. Sebai contoh evolusi sayap
memberikan banyak kemungkinan baru pada serangga seperti bergerak cepat ke puncak
pohon, pulai serta daerah pencari makanan dan daerah perkawinan yang lain. Radiasi
adaptif pada zona adaptif baru ini menghasilkan ratuasan ribu keanekaragaman pada
pola bagun dasar tubuh serangga.
2. Contoh kepunahan massal
       Suatu spesies bisa punah habitatnya di rusak atau karena lingkungannya telah
berubah ke arah yang merugikan bagi spesies tersebut. jika suhu suatu lautan turun
meski hanya beberapa derajat saja. Banyak spesies yang seestinya beradaptasi dengan
 baik akan musnah. Meskipun faktor fisik dalam lingkungan cukup stabil, namun faktor-
faktor biologi mungkin bisa berubah. Lingkungan di mana spesies itu hidup meliputi
organisme lain yang hidup di sana, dan suatu perubahan akibat evolusi pada satu spesies
sangat mungkin memiliki pengaruh pada spesies lainnya dalam komunitas itu. Sebagai
contoh, evolusi oleh beberapa hewan di masa karibium yang menumbuhkan bagian
tubuh yang keras, seperti rahang dan cangkang, mungkin telah membuat beberapa
organisme yang memiliki bagian tubuh yang keras menjadi lebih rentan terhadap
kepunahan.
D. Filogeni dan Sistematika
1. Definisi Filogeni
Filogeni digambarkan sebagai klasifikasi secara taksonomi dari suatu organisme
berdasarkan pada sejarah evolusi yaitu filogeninya  mereka dan merupakan  bagian
integral dari ilmu pengetahuan yang sistematik yang mempunyai tujuan untuk 
menentukan filogeni dari organisme berdasarkan pada karakteristiknya.
2. Definisi sistematika
    Suatu sistem yang dapat memudahkan kita mempelajari dan mengenali makhluk hidup.
3. Definisi taksonomi
Taksonomi merupakan Cabang ilmu biologi yang mengkaji pengelompokan
makhluk hidup. Dengan menggunakan taksonomi, para ahli dapat mengidentifikasi dan
klasifikasi spesies dalam upaya menyusun organisme dalam kategori yang
mencerminkan filogeni.
4. Pohon filogeni
Pohon filogeni merupakan genealogi (silsilah) atau diagram yang melacak
kemungkinan hubungan evolusioner di antara kelompok-kelompok taksonomik. Pola
percabangan suatu pohon filogenetik menunjukkan jenjang taksonomik. Dimana posisi
cabang pohon menandakan menandakan umur devergensi evolusioner, dengan demikian
spesies taksa yang paling terakhir diturunkan, berada pada cabang paling atas. Dalam
membangun pohon filogeni digunakan catatn fosil dan anatomi perbandingan. Akan
tetapi dapat pula digunakan metode lain yakni membandingkan DNA dan protein
spesies-spesies yang akan dibuatkan silsilah.
Dalam penentuan taksa, diperlukan pengelompokan spesies kedalam taksa yang
lebih inklusif dan monofiletik. Suatu takson monofiletik jika nenek moyang tunggalnya
 hanya menghasilkan semua spesies turunan dalam takkson tersebut dan bukan pada
takson yang lain. Sebaliknya, jenis taksa lain tidak mencerminkan sejarah evolusi secara
akurat. Sebagai cotoh suatu takson adalah polifiletik jika anggotanya diturunkan dari
dua atau lebih bentuk nenek moyang yang tidak sama bagi semua anggotanya. Dan suatu
takson disebut parafiletik jika takson itu dapat meliputi spesies yang memiliki nenek
moyang yang sama yang menurunkan spesies yang termasuk dalam takson tersebut.
5. Hubungan filogeni dan sistematika
Para ahli sitematika menggunakan bukti–bukti yang diperoleh dari catatan fosil dan
organisme yang masih ada untuk mengkontruksi filogeni. Karena susunan genetik dan
penampakan fenotipik organisme ysng hidup saat ini mencerminkan episode
makroevolusi masa lalu, para ahli sistematika mendapatkan informasi filogenetik dengan
membandingkan spesies modern, dalam hal ini fosil sangat bermanfaat dalam
menentukan umur relative taksa namun seringkali fosil memberikan informasi terbatas
mengenai ciri dan sifat fisik tubuh organisme yang sudah punah.
Para ahli sistematika menggunakan taksonomi untuk mengidentifikasi dan
mengklasifikasi spesies. Para ahli menggunakan metode yang dikembangkan oleh
Carolus Linnaeus pada abad ke-18, dimana pada metodenya tersebut memiliki dua ciri
penting, yang pertama, metode ini memberikan setiap spesies sebuah nama Latin yang
terdiri atas dua kata atau sering dikenal dengan binomial nomenklatur. Dan kedua
memakai suatu sistem pendataan untuk pengelompokkan spesies menjadi suatu jenjang
kategori yang semakin umum.
E. Ilmu Sistematika Filogenetik
       Terilhami oleh pandangan Darwin para sistematika segera mengumpulkan informasi
yang cukup dari catatan fosil dan kajian rinci dalam anatomi dan embriologi perbandingan
untk membentuk suatu klasifikasi dan pohon kehidupan yang terkait dan berakar dalam
filogeni. Batang utama pohon filogenetik kehidupan, dan juga hubungan diantara cabang-
cabangnya yang lebih kecil, muncul dari periode klasik (pasca Darwin) dalam sistematika
yang sebagian besar didasarkan pada morfologi. Ilmu sistematik filogenetik, dengan tujuan
membuat klasifikasi lebih objektif dan konsisten dengan sejarah evolusi, memasuki suatu
era baru yang aktif pada tahun 1960-an.
1. Fenetika meningkatkan objektivitas analisis sistematik
 Fenetika (yunani “phainein” berarti yang terlihat) istilah fenotipe berasal dari akar
kata yang sama) tidak membuat asumsi atas dasar kemiripan dan perbedaan yang dapat
terukur. Fenetika membandingkan sebanyak mungkin karakteristik anatomi (yang
dikenal sebagai karakter) dan tidak melakukan upaya untuk membedakan homologi dari
analogi.
2. Analisis kladistik menggunakan homologi baru untuk menentukan titik percabangan
pada pohon filogenetik
Pohon filogenetik bisa memiliki dua fitur struktur yang signifikan. Salah satu
fiturnya adalah lokasi titik percabangan di sepanjang pohon itu, yang menyimbolkan
waktu relative asal mula taksa yang berbeda. Yang kedua adalah derajat pemisahan
antara cabang-cabang, yang menggambarkan sudah seberapa jauh perbedaan dua taksa
terjadi sejak percabangan dari nenek moyang yang sama.

Analisis kladistik (cladistic analysis) telah menjadi sinonim dengan sistematik

filogenetik. Suatu klad atau clade (yunani “clados”, yang berarti cabang) adalah suatu cabang
evolusi. Analisis kladistik mengelompokkan organisme menurut urtan waktu munculnya
percabangan itu disepanjang pohon filogenetik bercabang dua (dikotomi). Masing-masing titik
percabangan dalam suatu pohon didefinisikan atau ditentukan oleh homologi baru yang unik
bagi beberapa spesies pada cabang tersebut. karena memandang derajat divergensi pada
organisme sebagai hal yang tidak informative dalam evaluasi hubungan evolusioner, analisis
kladistik hanyamengikutsertakan homologi dalam pengembangan hipotesis mengenai
klasifikasi dan filogeni.
1. Pembandingan dengan luar kelompok (Outgroup)
       Analisis kladistik menggunakan suatu konsep yang disebut perbandingan dengan luar
kelompok (outputgroup comperition) untuk mengenali karakteristik primitif bagi semua
anggota kelompok yang ingin diteliti dan untuk memantapkan titik permulaan permulaan
untuk membangun sebuah pohon filogenetik. Suatu luar kelompok adalah (outputgrup)
adalah suatu spesies atau kelompok spesies yang relative masih berkerabat dekat dengan
kelompok spesies yang sedang dipelajari namun jelas-jelas hubunganya tidak sedekat
hubungan antar anggota spesies yang dipelajari.
2. Penggunaan sinapmorfi dan parsimony
       Analisis kaldistik mencari sinapmorfi-karakter turunan yang dimiliki bersama untuk
membnagunpohon filogenetik. Karakter tersebut mmerupakan homologi yang berkembang
pada nenek moyang bersama semua spesiespada satu cabang suatu percangan pohon
tersebut, tetapi tidak pada nenek moyang yang lain.
Analisis kladistik konsep parsimoni yaitu pencarian penjelasan paling sederhana (dan
dengan demikian yang paling mungkin) untuk suatu fenomena yang diamati. Dalam
sistematika parsimony berarti bahwa pohin filogenetik yang melakukan paling sedikit
perubahan untuk menggambarkan hubungan evolusioner, kemungkinan besar adalah benar.
3. Penerimaan taksa monofiletik saja
       Dengan memfokuskan pada percabagangan filogenetik, analisis kladistik hanya
menerima taksa monofiletik saja.
Simpulan
       Berdasarkan pembahasan materi dapat disimpulkan bahwa :
1. Cara untuk mengetahui catatan fosil dan waktu geologis yaitu dengan cara menganalisis
umur fosil. Dalam menganalisi umur fosil terbagi kedalam beberapa metode yakni
penentuan umur relativ dan penentuan uumur absolut.
2. Hubungan antara sistematika dan filogeni dalam mendapatkan informasi filogenetik dengan
membandingkan spesies untuk menyusun kelompok dari individu yang diamati.
3. Pendekatan analistis dalam ilmu sistematika filogenetik yakni terbagi menjadi dua
kelompok pendekatan yakni fenotipika dan kladiastika.

DAFTAR PUSTAKA

Anonim. 2011. Filogeni, http://www.wikipedia.org/filogeni.htm, diakses pada 25 maret 2014

Campbell, A. Neil, Jane, B. Reece, dan Lawrence, G. Mitchell, 2003, Biologi Edisi Kelima
Jilid 2, Erlangga. Jakarta
Darmayanti, Indi. 2011. Filogenetika Molekuler: Metode Taksonomi Organisme Berdasarkan
Sejarah Evolusi. Bogor. Filetype Pdf
Sketsaist. 2013. Bukti Evolusi Bidang Taksonomi.http://Evolution.Berkeley. Edu /Evolibrary/
Article/Evo_03, diakses pada 25 maret 2014