NUMERICAL TAXONOMY

Klasifikasi Numerik-fenetik
taknsonomi numerik : unit takson dikelompokan dengan metode kuantitatif berdasarkan
keadaan sifat-sifat

taksonomi tradisional : monotetik, karakter tunggal, dipilih subyektif, tidak dapat

mengakomodasi variasi (mutan) (karena yg digunakan data fenetis (yg tampak))
contoh : karakternya untuk menklasifikasikan kelompok berbeda (tumbuhan
dikotil,monokotil)
data fenetik bisa diliat strainnya ketika S.cerevisae tumbuh optimal kemampuan
hidup dlm keadaan aerasi

taksonomi numerik :
banyak informasi,
banyak karakter
dapat mengakomodasi variasi
sistem simpanan informasi yang berharga
sistem retrieval bagi ilmuwan

definisi
`sampai tahun 1950 bakteri diklasifikasi berdasar dari berapa banyak key
karakternya
`1957 : sneath pertamakali mengaplikasikan konsep numerical taxonomy
`berdasar prinsip Michael Adanson : menggunakan banyak karakter dari organisme
`Sneath and Sokal mendefinisikan "Pengelompokan berdasark metode numerical dari
taksonomi unit menjadi taxa pada basis karakter mereka"
`Nama Lain : NT< Adansonian taxanomy, computer taxonomy, numerical phenetic
analysis, taxometrics, taxonometrics

dasar klasifikasi ( Podo pertemuan pertama ) (sing Aristotels)

Kunci :
A priori : semua karakter yang memiliki perhitungan dari berat, warna, bentuk tepi,
memiliki nilai yang sama
taka didefinisikan berdasar similiaritas keseluruhan
setiap taxa didefinisikan, diferential character berguna boleh dari berat untuk
iden

Lima Prinsip Taksonomi Adansonian :

1. Taksonomi alami ideal : taksonomi yang mengandung informasi terbesar yaitu yang
berdasar atas banyak-banyaknya sifat.
2. masing-masing sifat diberi nilai yang setara dlam mengonstruksi taksa alami
3. similiaritas keseluruhan (afinitas) merupakan fungsi proporsi sifat yang
dimiliki bersama : setiap karakter yang diamati, membuat kita makin bisa melihat
kedekatannya antara strain A dgn strain B dekat atau tidak
4. taksa yang berbeda didasarkan atas sifat yang dimiliki
5. similaritas tidak bersifat filogenetis

Tahapan taksonomi numerical:

1. Strain Selection : operational taxonomic units (OTUs)
ada 60 OTUs untuk membenarkan penggunaan NT
harus menggunakan kultur murni
inklusi replikasi , mengestimasi keandalan penggabungan data
inklusi dari kultur referensi

2. Character selection
karakter harus merepresntasikan satu data fenotip, gene, atau penggunaan operon
kategori karakter : Mofologi koloni, mikromorfologi, karakteristik pertumbuhan,
biokimia
effect pada inhibitor, pertumbuhan pada karbon, serology,
chemotaxonomy, molecular genetics
cepat dan murah tes metode
optimum 100-150, minimum 50

3. Data coding
data ditabulasikan pada nxt tabel
2 karakter : 1 dan 0
data kualitatif dengan lebih dari 2 states dapat dikodekan non-additively (tidak
ada satuan)
data kuantitatif dapat dikodekan additively (ada angka satuan)

4. Analisis computer (kemiripan)

digunakan beberapa formula/koefisien yg dilakukan.
1_ Simple matching (Ssm), = a+d/a+b+c+d
2_ Jaccard (Sj) = a/a+b+c (tidak menggunakan double negatif)
LANGKAH
BIKIN TABEL NXT, analisis dgn metode tertentu (Ssm/Sj)

5. Clustering
qlustering analysis, dendogram A-B jadi satu kelompok (80%) , C-(D-E) (60%)
co-phenetic correlation dihitung r-nya dulu, r diterima
jika diatas 60% (X = matriks biasa) (Y= matriks dendogram) (tabel co-phenetic
analysis)
nilai r berfungsi untuk data bisa diterima atau enggak

6. software yg digunakan MVSP , ada webnya.