Biomolekuler
Biomolekuler
I. Pendahuluan
Biologi molekuler merupakan kelanjutan dua cabang ilmu yang sudah ada sebelumnya,
yaitu Genetika dan Ilmu Biokimia. Awal Biologi molekuler ditandai dengan adanya penemuan
struktur heliks ganda DNA oleh Watson dan Crick pada tahun 1953. Penemuan lainnya adalah
bahwa suatu gen menentukan suatu protein, mekanismenya dirumuskan dalam konsep yang
dikenal sebagaai dogma sentral yaitu urutan nukleotida dalam DNA menentukan urutan
nukleotida dalam RNA yang selanjutnya menetukan urutan asam amino dalam protein.
Perkembangan biologi molekular menjadi lebih dipercepat dengan munculnya rekayasa genetik
yang memungkinkan pengandaan dan isolasi gen sehingga struktur dan fungsi gen dapat
dipelajari.
Peran sentral dalam kehidupan sel dimainkan oleh protein (polipeptida) dan DNA (gen).
Selain peran tradisional protein sebagai enzim, protein memainkan berbagai peran lain seperti
membentuk sitoskeleton dan matriks antar sel, reseptor, hormon, antibodi, faktor pertumbuhan,
faktor transkripsi, dan berbagai peran lain. Protein tertentu secara langsung maupun tak langsung
mengatur proliferasi dan diferensiasi sel, histogenesis, oranogenesis, bahkan ada protein tertentu
yang mengatur kematian sel (apoptosis). Semua sifat yang dimiliki oleh organisme ditentukan
oleh gen-gen yang dimilikinya. Gen merupakan bagian-bagian dari urutan asam nukleat yang
terdapat pada DNA. Terdapat dua kategori gen, yaitu gen struktural dan gen regulator. Gen-gen
struktural mengkode urutan asam amino dalam protein, seperti enzim, yang menentukan
kemampuan biokimia dari organisme pada reaksi katabolisme dan anabolisme, atau berperan
sebagai komponen tetap pada struktur sel. Gen-gen regulator berfungsi mengontrol tingkat
ekspresi gen struktural, mengatur laju produksi protein produknya dan berhubungan dengan
respon terhadap signal intra dan ekstraselular. Karena sintesis protein dikendalikan oleh gen,
maka gen dapat dikatakan mengatur segala aspek kehidupan sel atau organisme.
II. Isi
A. Teknik Biologi Molekular
Sejak akhir 1950-an dan awal 1960-an, ahli biologi molekuler telah belajar untuk
karakterisasi, mengisolasi, dan memanipulasi komponen molekul sel dan organisme.Komponen-
komponen ini mencakup DNA , gudang informasi genetik, RNA, kerabat dekat dari DNA yang
berkisar dari fungsi melayani sebagai copy pekerjaan sementara DNA untuk fungsi struktural
dan enzim aktual serta bagian struktural dan fungsional dari aparat translasi, dan protein, tipe
struktur dan enzim utama dari molekul dalam sel.
2. Gel elektroforesis
Sebuah DNA array adalah kumpulan bintik melekat pada dukungan solid seperti sebuah
slide mikroskop mana tempat masing-masing berisi satu atau lebih beruntai tunggal
DNA fragmen oligonukleotida. Array memungkinkan untuk meletakkan jumlah besar bintik-
bintik yang sangat kecil (100 diameter micrometre) pada slide tunggal. Setiap tempat
memiliki DNA molekul fragmen yang melengkapi satu DNA urutan (mirip dengan Southern
blotting). Sebuah variasi dari teknik ini memungkinkan ekspresi gen dari suatu organisme pada
tahap tertentu dalam pembangunan yang berkualitas (profiling ekspresi). Dalam teknik
ini RNA dalam suatu jaringan diisolasi dan diubah menjadi cDNA berlabel. cDNA ini kemudian
hibridisasi dengan fragmen pada array dan visualisasi hibridisasi dapat dilakukan. Sejak
beberapa array dapat dilakukan dengan posisi yang sama persis fragmen mereka sangat berguna
untuk membandingkan ekspresi gen dari dua jaringan yang berbeda, seperti kanker dan jaringan
sehat. Juga, kita dapat mengukur apa yang disajikan gen dan bagaimana ekspresi perubahan
dengan waktu atau dengan faktor-faktor lainnya. Misalnya, ragi roti biasa itu,''''cerevisiae, berisi
sekitar 7000 gen; dengan microarray, orang dapat mengukur secara kualitatif bagaimana setiap
gen diekspresikan, dan bagaimana perubahan ekspresi, misalnya, dengan perubahan suhu.
Ada banyak cara untuk membuat mikroarray; yang paling umum adalah chip silikon,
mikroskop slide dengan bercak diameter ~ 100 micrometre, array kustom, dan array dengan
bintik-bintik yang lebih besar pada membran berpori (macroarrays). Ada bisa dimana saja dari
100 tempat untuk lebih dari 10.000 pada array yang diberikan.
Array juga dapat dilakukan dengan molekul lain selain DNA . Sebagai contoh, sebuah array
antibodi dapat digunakan untuk menentukan apa yang protein atau bakteri yang hadir dalam
sampel darah.
B. Teknik Hibridisasi
Teknik hibridisasi meliputi dua proses, yaitu proses denaturasi atau pemisahan dua rantai
asam nukleat yang komplementer dari proses renaturasi atau perpaduan kembali dua rantai asam
nukleat. Proses denaturasi biasanya dilakukan dengan cara pemanasan DNA untuk memecah
ikatan hidrogen yang terdapat di antara pasangan basa sehingga rantai asam nukleat akan
terpisah. Proses ini kemudian diikuti dengan proses renaturasi dengan cara pendinginan.
Pengujian sel bakteri pembawa rekombinan, gen-gen target, level mRNA, hasil pemotongan ER
(RFLP) dan uji lainnya yang menggunakan teknik hibridisasi, membutuhkan proses denaturasi
dan fragmen asam nukleat yang tidak diketahui dan memfiksasi fragmen tersebut pada bahan
solid seperti filter nitroselulosa. Untuk pengujian dengan hibridisasi diperlukan suatu probe asam
nukleat yang komplementer dicampurkan dengan fragmen asam nukleat yang terdapat pada
bahan solid tersebut pada kondisi yang mendukung terjadinya hibridisasi. Proses hibridisasi
dapat juga dilakukan dalam larutan (bukan bahan solid). Baik DNA yang hendak didiagnosis
(target) maupun probe dimasukkan dalam larutan buffer. Kedua DNA tersebut bebas bergerak
dan proses hibridisasinya berlangsung 5-10 kali lebih cepat daripada di bahan solid. Keadaan
tersebut sangat penting dalam aplikasi kebanyakan diagnostik mikrobiologi yang memiliki
konsentrasi DNA target sangat sedikit dan membutuhkan waktu diagnosis lebih cepat. Probe
dapat juga dibuat dari oligonukleotida (biasanya terdiri dari 30-40 nukleotida) yang dibuat secara
sintetik. Oligonukleotida tersebut dapat berupa fragmen DNA rantai tunggal atau fragmen RNA
yang dilabel.
Proses hibridisasi dan visualisasi diawali dengan transfer DNA dari gel agarose ke nilon berpori
atau membrane nitroselulosa. Transfer DNA disebut ‘Southern blotting’, mengacu kepada nama
penemu teknik tersebut yaitu E.M. Southern (1975). Pada metode ini mula-mula gel
didenaturasi dengan larutan dasar dan diletakkan pada suatu nampan. Selanjutnya di atas gel
hasil elektroforesis diletakkan nilon berpori atau membrane nitroselulosa, kemudian di atasnya
diberi pemberat. Semua fragment hasil pemotongan dengan enzim restriksi yang pada awalnya
berada pada gel akan ditransfer secara kapiler ke membrane tersebut dalam bentuk untai
tunggal. Pola fragmen akan sama dengan yang berada pada gel.
Untuk identifikasi bakteri atau sel inang yang membawa plasmid rekombinan juga dilakukan
hibridisasi dengan menggunakan membran nitrosellulosa yang meiliki ukuran dan bentuk sesuai
dengan petridish yang digunakan. Membran ditempel ke medium LB yang telah ditumbuhi
koloni bakteri, kemudian membrane diambil dan petri berisi koloni bakteri diinkubasi lagi untuk
ditumbuhkan kembali. Kemudian membran diinkubasi bersama probe DNA Bila antara probe
dan DNA target merupakan komplemen maka akan terjadi hibridisasi. Bila probe yang
digunakan dilabeli maka selanjutnya dupleks yang terjadi dapat dideteksi.
Bila kondisi hibridisasi yang digunakan mempunyai stringency yang tinggi (highly stringent),
maka tidak akan terjadi hibridisasi dengan DNA yang mempunyai kekerabatan yang jauh atau
non homolog. Jadi probe DNA akan mengenali hanya sekuen yang komplemen dan secara ideal
homolog diantara beribu-ribu atau bahkan berjuta-juta fragmen yang bermigrasi sepanjang gel.
Fragmen yang diinginkan dapat dideteksi setelah dilakukan pemaparan membran yang telah
mengalami hibridisasi pada film. Ada berbagai cara untuk memperoleh dari melabel probe asam
nukleat. Sebuah gen dan agen penyakit yang akan dideteksi harus dimurnikan terlebih dahulu,
kemudian dilabel apakah dengan radioisotop seperti 32P atau dengan substansi non-radioisotop.
Walaupun substansi non-radioisotop dan dapat disimpan dalam waktu yang lebih lama.
Sensitifitas uji diagnostik menggunakan probe yang dilabel dengan non-radioisotop dapat
ditingkatkan dengan penggunaan PCR. Substansi non-radioisotop yang paling sering digunakan
sebagai label adalah biotin dan digoxigenin.
III. Penutup
Biologi molekuler adalah lanjutan 2 cabang ilmu sebelumnya yaitu genetika dan
biokimia. Ilmu biologi molekuler mempunyai peranan yang sangat luas bagi kesejahteraan
masyarakat salah satunya dibidang kesehatan. Contohnya yaitu terapi molekular seperti pada
pengobatan penyakit SCID (Severe Combained Immuno Deficiency), penanggulangan penyakit
keturunan seperti talasemia, fibrosis kistik, hemfilia, dan penyakit kanker. Mengingat sangat
pentingnya ilmu biologi molekuler bagi kelangsungan hidup manusia maka diperlukan
pengembangan disegala aspek sehingga mampu memberi manfaat yang lebih luas bagi
kehidupan manusia khususnya dibidang kesehatan.
Daftar Pustaka
Ghaffar, Shabarni , 2007 , Buku Ajar Bioteknologi Moloekuler , Unpad Press ; Bandung
Pringgoutomo, S., Sutisna H., dan Achmad T. 2002. Patologi I (Umum) Edisi 1. Sagung
Seto, Jakarta.
Robbins, S.L., dan Vinay Kumar. 1995. Buku Ajar Patologi I. Penerbit Buku Kedokteran
EGC, Jakarta.
PAPER
Dosen :
Oleh :
2016