Tugas Rancangan Obat (Molecular Docking)

Kelompok : 8

Nama :

1.
2. Aldi Guswanto (18040007)
3. Ana Atika Surur (18040011)
4. Anzalna Auliya P F (18040013)
5. Beta Putri Ananda (
6. Fanisa Ayu Agustin (18040035)
7. Ida Ayu Pradnya Virliana Dewi (18040044)

MolDock: A New Technique for High-Accuracy Molecular Docking

(J. Med. Chem. 2006, 49, 3315-3321 3315)
Rene´ Thomsen* and Mikael H. Christensen
Molegro ApS, Hoegh-Guldbergs Gade 10, Bldg. 1090, DK-8000 Aarhus C, Denmark
ReceiVed NoVember 29, 2005

Pengantar
MolDock didasarkan pada yang baru algoritma pencarian heuristik yang menggabungkan
evolusi diferensial dengan algoritma prediksi rongga. Docking tersebut Fungsi penilaian,
MolDock merupakan perpanjangan dari potensi linier sepotong-sepotong (PLP) termasuk
hidrogen baru ikatan dan istilah elektrostatis. Untuk lebih meningkatkan akurasi docking, fungsi
penilaian peringkat ulang adalah diperkenalkan, yang mengidentifikasi solusi docking paling
menjanjikan dari solusi yang diperoleh dengan docking alogaritma.
Metode docking biasanya menggunakan penilaian berbasis energy berfungsi untuk
mengidentifikasi ligan yang paling energik konformasi saat terikat ke target. Hipotesis umum
adalah skor energi yang lebih rendah menunjukkan protein-ligan yang lebih baik binding
dibandingkan dengan nilai energi yang lebih tinggi. Oleh karena itu, molekuler docking dapat
dirumuskan sebagai masalah pengoptimalan, di mana tugasnya adalah menemukan mode
pengikatan ligan dengan yang terendah energy

Cara kerja eksperimen

Untuk mengukur kinerja MolDock, kami menggunakan satu set 77 kompleks. Kompleks
diambil dari EMAS
 Persiapan Set Data. 
Dataset GOLD dipilih karena upaya signifikan sebelumnya dimasukkan ke dalam
persiapan dan validasi kompleks ini. Misalnya hidrogen dan ikatan pesanan ditugaskan ke
molekul ligan dan protein, dan kompleks yang salah disingkirkan dalam pembangunan
Himpunan data.
 Identifikasi Otomatis dari Situs Pengikatan.
 Otomatis MolDock secara berkala mengidentifikasi situs pengikatan potensial
(selanjutnya disebut sebagai rongga) menggunakan algoritma deteksi rongga yang
dijelaskan dalam bagian metode
 Prosedur Evaluasi.
 Untuk setiap kompleks benchmark, kami melakukan 10 proses independen dengan
evolusi diferensial terpandu algoritma, masing-masing menjalankan mengembalikan satu
solusi (pose). 
 Prosedur Pemeringkatan Ulang. 
Untuk lebih meningkatkan akurasi dok, solusi yang diperoleh dari 10 proses docking
independen diberi peringkat ulang menggunakan fungsi penilaian yang lebih kompleks.