Asal COVID-19: Penelitian University of Calgary menunjukkan SARS-CoV-2

mungkin telah berkembang perlahan sejak 2013

Para ilmuwan di University of Calgary di Kanada
mengatakan bahwa novel coronavirus (SARS-CoV-2)
mungkin telah beredar di antara manusia
setidaknya sejak 2013, meskipun bukan varian yang
sama yang bertanggung jawab atas pandemi
COVID-19.

COVID-19 muncul pada akhir 2019. Karena virus ini

baru menyerang manusia, banyak spekulasi yang
muncul tentang bagaimana virus itu muncul.

Sementara para ilmuwan telah mempelajari genom

virus untuk mencari tahu lebih banyak tentangnya,
ada dugaan bahwa virus itu melompat dari hewan
ke manusia. Ada juga teori tentang itu yang dibuat
di laboratorium meskipun penelitian menunjukkan
asal-usulnya adalah alami dan bukan buatan
manusia. Bulan lalu, Majelis Kesehatan Dunia
mengeluarkan resolusi untuk menyelidiki asal-usul
virus.

Sekarang, sekelompok ilmuwan di University of Calgary, Kanada, mengatakan bahwa virus penyebab
COVID-19 (SARS-CoV-2) mungkin telah beredar di antara populasi manusia setidaknya sejak 2013,
meski bukan varian yang sama yang bertanggung jawab. untuk pandemi saat ini.

Temuan studi saat ini tersedia di server pracetak Biorxiv dan studi tersebut belum ditinjau sejawat.

Makalah ini juga melihat kemungkinan asal-usul SARS-CoV-2 dan seberapa besar peran reseptor
ACE-2 dalam infektivitas (kemampuan untuk menginfeksi) virus.

Sebuah kisah evolusi

Untuk dapat bertahan hidup, virus terus berkembang dengan organisme inangnya. Patogen virus
baru biasanya muncul ketika virus melompati inang - dari hewan ke manusia misalnya. Jadi,
meskipun virus itu menyebabkan penyakit ringan atau tidak ada sama sekali pada inang hewan
aslinya, virus itu bisa sangat menular / mematikan pada manusia. Dalam kasus virus corona, telah
ditemukan bahwa virus hidup di dalam kelelawar tanpa menimbulkan banyak kerusakan karena
sistem kekebalan kelelawar telah berevolusi untuk menjaga virus tetap terkendali. Namun tidak
demikian halnya dengan manusia. Akibatnya, kita rentan jatuh sakit.

Pembelajaran

Studi ini meneliti varian protein lonjakan SARS-CoV-2 saat ini dan seberapa kuat ikatannya dengan
reseptor ACE-2 pada manusia (hACE-2). Pengikatan antara protein lonjakan virus corona baru dan
reseptor ACE-2 pada sel tubuh inilah yang membantu virus masuk ke dalam sel sehat.

Untuk penelitian ini, para peneliti di University of Calgary melihat sekitar 479 urutan genom dari
novel coronavirus yang dikumpulkan antara 30 Desember 2019, dan 20 Maret 2020, untuk
memahami filogeni - yang berarti perkembangan evolusioner virus dan hubungannya dengan virus
lain. virus yang terkait erat.

Dari semua genom, para peneliti menemukan sekitar 16 varian virus dan sekitar 11 mutasi missense
(di mana perubahan nukleotida tunggal membuat DNA / RNA menjadi kode untuk protein yang
berbeda) di lebih dari 5 persen infeksi, masing-masing membuat filogenetiknya sendiri. pohon.

Salah satu temuan awal mereka adalah kemiripan dengan virus korona kelelawar dan trenggiling.
Genom SARS-CoV-2 telah ditemukan memiliki setidaknya 96% kesamaan dengan virus korona
kelelawar - RaTG13 - dan sekitar 90% dengan coronavirus trenggiling (Pangolin-CoV). Sebelumnya
disarankan bahwa virus saat ini adalah kombinasi dari kedua virus ini yang dibuat karena koinfeksi
pada inang.

Untuk mempelajari asal-usulnya, para peneliti mencoba membuat urutan leluhur dari domain
pengikat reseptor dari protein lonjakan SARS-CoV-2. Domain pengikat reseptor adalah bagian dari
protein lonjakan yang benar-benar mengidentifikasi dan mengikat dengan reseptor ACE-2. Mereka
menciptakan urutan RBD leluhur yang sama untuk semua virus SARS-COV-2 dan menandainya N1
dan nenek moyangnya yang sama dengan virus hewan terdekat - berlabel N0 (N-Zero).

Inilah yang mereka temukan:

Urutan N1 sama dengan urutan referensi dari virus SARS-CoV-2, seperti yang diharapkan,
sedangkan urutan N0 unik, menunjukkan asal virus yang unik.

Dua urutan RNA / DNA hanya berbeda pada empat posisi.

Urutan leluhur memunculkan berbagai keturunan dan RaTG13 adalah salah satu kerabat terdekat
virus SARS-COV-2. Sejak RaTG13 ditemukan sekitar tahun 2013, nenek moyang asli virus penyebab
COVID-19 pasti ada pada saat itu juga.

Menariknya, varian virus sebelumnya terikat jauh lebih kuat ke hACE2 daripada yang baru-baru ini.

Kesimpulan

Studi tersebut menunjukkan bahwa afinitas pengikatan SARS-CoV-2 mungkin bukan penentu
infektivitasnya. Pasti ada beberapa perubahan lain yang menyebabkan peningkatan infektivitas virus
pada manusia. Juga, mungkin saja nenek moyang virus dapat menginfeksi manusia untuk sementara
waktu tetapi dengan gejala yang lebih sedikit.
Surveilans sentinel SARS-CoV-2 di air limbah mengantisipasi terjadinya kasus
COVID-19.
SARS-CoV-2 terdeteksi di limbah Barcelona jauh sebelum kasus pertama COVID-19 dideklarasikan,
menunjukkan bahwa infeksi telah ada pada populasi sebelum kasus impor pertama dilaporkan.
Pengawasan sentinel SARS-CoV-2 di air limbah akan memungkinkan penerapan tindakan segera jika
terjadi gelombang COVID-19 di masa depan.

untuk menjelaskan evolusi COVID-19 di Barcelona, sampel limbah mentah komposit 24 jam dari dua
pabrik pengolahan air limbah besar (WWTP1 dan WWTP2) dianalisis mingguan untuk mengetahui
keberadaan SARS-CoV-2 mulai 13 April, di puncak epidemi, hingga 25 Mei. Selain itu, untuk IPAL2,
sampel arsip beku dari 2018 (Januari-Maret), 2019 (Januari, Maret, September-Desember) dan 2020
(Januari-Maret) juga diuji.

Pada IPAL1, jumlah salinan genom SARS-CoV-2 secara bertahap menurun dari 13 April hingga 18
Mei. Penurunan ini diamati menggunakan target IP2 dan IP4 (Gambar 1, panel A), dan target
terkonfirmasi denganE, dan N1 dan N2 (Gambar 1, panel B dan C). Pada 18 Mei, salinan genom
berada di bawah batas deteksi teoritis, meskipun tingkat residu dapat dideteksi kembali pada 25 Mei
dengan menggunakan target N1. Tingkat salinan genom SARS-CoV-2 dalam air limbah secara jelas
cocok dengan perkiraan populasi kumulatif penumpahan virus dalam tinja (Gambar 1, panel K, L, M).

Tanpa diduga, analisis sampel arsip mengungkapkan peningkatan kejadian genom SARS-CoV-2 dalam
sampel dari 15 Januari hingga 4 Maret 2020 (Gambar 1, panelDand E). Sebagai catatan, SARS-CoV-2
terdeteksi di limbah 41 hari (15 Januari) sebelum deklarasi kasus COVID-19 pertama (25 Februari),
dengan jelas membuktikan validitas pengawasan air limbah untuk mengantisipasi kasus di populasi.
Deteksi dini SARS-CoV-2 di limbah ini mendukung gagasan bahwa kasus COVID-19 mungkin telah ada
di populasi sebelum kasus impor pertama dilaporkan. Pembawa COVID-19 mungkin telah salah
diklasifikasikan sebagai diagnosis influenza dalam perawatan primer, meningkatkan penularan
komunitas sebelum tindakan kesehatan masyarakat diambil (11]. Selain itu, ada proporsi yang
signifikan dari pembawa tanpa gejala yang menumpahkan SARS-CoV-2 dan berkontribusi pada virus
menyebar (12)

Proporsi yang signifikan dari pembawa yang tidak terdiagnosis dan tanpa gejala menumpahkan
SARS-CoV-2 dalam tinja. Epidemiologi berbasis air limbah merupakan alat peringatan dini peredaran
virus dalam populasi, termasuk penurun simptomatik dan asimtomatik. Dalam kasus spesifik
Barcelona, kesadaran akan SARS-CoV-2 yang menyebar dengan antisipasi lebih dari satu bulan akan
memungkinkan respons yang lebih baik terhadap epidemi. Beban yang sangat besar dalam
morbiditas dan mortalitas COVID-19 menyerukan untuk pengawasan penjaga SARS-CoV-2 dalam air
limbah untuk memungkinkan tindakan mitigasi yang cepat jika terjadi gelombang pandemi infeksi di
masa depan.
 Membuka kedok ahli bedah: basis bukti di balik penggunaan sungkup muka
dalam operasi
Pemeriksaan literatur mengungkapkan banyak karya yang diterbitkan tentang masalah tersebut
cukup tanggal dan seringkali penelitian memiliki metodologi yang dijelaskan dengan buruk.
Akibatnya, kami merekomendasikan kehati-hatian dalam mengekstrapolasi temuan mereka ke
praktik bedah kontemporer. Namun, secara keseluruhan ada kekurangan bukti substansial untuk
mendukung klaim bahwa masker wajah melindungi pasien atau ahli bedah dari kontaminasi
infeksius. Penelitian kontemporer yang lebih ketat diperlukan untuk membuat komentar yang pasti
tentang keefektifan masker bedah.

Bayangkan seorang ahli bedah yang melakukan operasi di teater, dan kemungkinan besar Anda akan
membayangkan mereka memakai masker bedah. Masker adalah bagian klasik dari pakaian bedah
yang telah tertanam dalam dalam persepsi publik tentang profesi ini. Namun, bahkan hingga hari ini,
masih belum jelas apakah mereka memberikan manfaat nyata pada hasil pembedahan. Karena
'efisiensi' dan 'pemotongan biaya' semakin menjadi topik utama di National Health Service,
tampaknya masuk akal untuk menilai keefektifan, efektivitas dan rasio biaya-untuk-manfaat untuk
komponen khusus dari seragam bedah ini.

Terlepas dari bukti yang jelas bahwa masker bertindak untuk melindungi staf teater dari kontaminasi
makroskopis wajah, ada penelitian yang menunjukkan bahwa masker tersebut gagal melindungi ahli
bedah dari kontaminan sub-mikrometer yang berpotensi berbahaya.21 Hal ini secara kasar sesuai
dengan kisaran ukuran bakteri infeksi sementara virus bahkan ada. lebih kecil. Oleh karena itu,
perlindungan yang diberikan masker dalam bentuk kontaminasi wajah makroskopik mungkin tidak
perlu meluas ke agen infeksi mikroskopis yang ada dalam kontaminasi tersebut.

Para pendukung masker bedah mungkin berpendapat bahwa meskipun gagal sepenuhnya
meniadakan risiko infeksi, mereka cenderung mengurangi paparan dengan cara yang bergantung
pada dosis. Meskipun bidang ini belum diselidiki secara ekstensif, pekerjaan pendahuluan
menunjukkan bahwa sungkup muka gagal memberikan tingkat perlindungan apa pun dari infeksi
karena spesies bakteri streptokokus dan stafilokokus22 atau virus hepatitis B. Lebih lanjut, percikan
sungkup muka dapat meningkatkan rasa aman yang palsu, karena ahli bedah mungkin lebih kecil
kemungkinannya untuk melaporkan ini sebagai paparan pekerjaan terhadap cairan tubuh
dibandingkan dengan kontaminasi wajah yang jujur.