UKURAN, BENTUK, DAN SUSUNAN SEL BAKTERI YANG BERBEDA

Bakteri adalah mikroorganisme prokariotik, uniseluler, yang tidak memiliki pigmen klorofil. Struktur sel
lebih sederhana daripada organisme lain karena tidak ada nukleus atau organel yang terikat membran.

Karena adanya dinding sel yang kaku, bakteri mempertahankan bentuk yang pasti, meskipun mereka
bervariasi dalam bentuk, ukuran dan struktur.

Bila dilihat di bawah mikroskop cahaya, kebanyakan bakteri muncul dalam variasi tiga bentuk utama:
batang (basil), bola (coccus) dan tipe spiral (vibrio). Padahal, struktur bakteri memiliki dua aspek, susunan
dan bentuk. Sejauh susunan yang bersangkutan, mungkin Berpasangan (diplo), kelompok seperti Anggur
(staphylo) atau Rantai (strepto). Dalam bentuk mereka mungkin terutama Batang (basil), Bulat (kokus), dan
Spiral (spirillum).
Ukuran Sel Bakteri

 E. coli , basil dengan ukuran rata-rata memiliki lebar 1,1 hingga 1,5 m dan panjang 2,0 hingga 6,0 m.
 Spirochaeta kadang-kadang mencapai panjang 500 m dan cyanobacterium
 Oscillatoria berdiameter sekitar 7 m.
 Bakteri, Epulosiscium fishelsoni , dapat dilihat dengan mata telanjang (panjang 600 m dengan diameter
80 m).
 Satu kelompok bakteri, yang disebut Mycoplasma, memiliki individu dengan ukuran yang jauh lebih
kecil dari dimensi ini. Mereka berukuran sekitar 0,25 dan merupakan sel terkecil yang diketahui sejauh
ini. Mereka sebelumnya dikenal sebagai organisme mirip pleuropneumonia (PPLO).
 Mycoplasma gallicepticum, dengan ukuran sekitar 200 hingga 300 nm dianggap sebagai bakteri terkecil
di dunia.
 Thiomargarita namibiensis adalah bakteri terbesar di dunia, Proteobacterium gram negatif yang
ditemukan di sedimen laut lepas pantai Namibia. Biasanya lebarnya 0,1-0,3 mm (100-300 m), tetapi sel
yang lebih besar telah diamati hingga 0,75 mm (750 m).
Jadi beberapa bakteri jauh lebih besar daripada rata-rata sel eukariotik (sel tumbuhan dan hewan yang khas
berdiameter sekitar 10 hingga 50 m).

Bentuk Sel Bakteri

Tiga bentuk dasar bakteri adalah kokus (bulat), bacillus (berbentuk batang), dan spiral (memutar), namun
bakteri pleomorfik dapat mengambil beberapa bentuk.

 Cocci (atau coccus untuk satu sel) adalah sel bulat, kadang-kadang agak pipih ketika berdekatan satu
sama lain.
 Basil (atau basil untuk sel tunggal) adalah bakteri berbentuk batang.
 Spirilla (atau spirillum untuk sel tunggal) adalah bakteri melengkung yang dapat berkisar dari bentuk
melengkung lembut ke spiral seperti pembuka botol. Banyak spirilla yang kaku dan mampu bergerak.
Sekelompok spirilla khusus yang dikenal sebagai spirochetes panjang, ramping, dan fleksibel.
Susunan Cocci
Bakteri kokus dapat hidup sendiri-sendiri, berpasangan (sebagai diplococci ), dalam kelompok empat
(sebagai tetrads ), dalam rantai (seperti streptococci ), dalam kelompok (sebagai stapylococci ), atau dalam
kubus yang terdiri dari delapan sel (sebagai sarcinae). Kokus bisa berbentuk oval, memanjang, atau pipih di
satu sisi. Kokus mungkin tetap melekat setelah pembelahan sel. Karakteristik kelompok ini sering digunakan
untuk membantu mengidentifikasi kokus tertentu.
1. Diplokokus
 Kokus tersusun berpasangan.
 Contoh: Streptococcus pneumoniae, Moraxella catarrhalis, Neisseria gonorrhoeae, dll.
2. Streptokokus
Kokus tersusun dalam rantai, karena sel-sel membelah dalam satu bidang.
Contoh: Streptococcus pyogenes, Streptococcus agalactiae
3. Tetrad
Kokus disusun dalam paket empat sel, karena sel membelah dalam dua dataran.
Contoh: Aerococcus, Pediococcus dan Tetragenococcus

4. Sarcinae
Kokus disusun secara kuboid, karena sel-selnya dibentuk oleh pembelahan sel yang teratur dalam tiga
bidang. Kokus yang membelah dalam tiga bidang dan tetap dalam kelompok kubus seperti kelompok
delapan.
Contoh: Sarcina ventriculi, Sarcina ureae, dll.

5. Stafilokokus
Stafilokokus
Kokus tersusun dalam kelompok seperti anggur yang dibentuk oleh pembelahan sel yang tidak teratur di
tiga dataran.
Contoh: Staphylococcus aureus

Susunan Basil
Bakteri berbentuk silinder atau batang disebut 'bacillus' (jamak: bacilli).
1. Diplobasilus
Kebanyakan basil muncul sebagai batang tunggal(single rod). Diplobacilli muncul berpasangan setelah
pembelahan.
Contoh Batang Tunggal: Bacillus cereus
Contoh Diplobacilli: Coxiella burnetii, Moraxella bovis, Klebsiella rhinoscleromatis, dll.

2. Streptobasilus
Basil tersusun dalam rantai, karena sel-sel membelah dalam satu bidang.
Contoh: Streptobacillus moniliformis

3. Coccobacilli
Ini sangat pendek dan kaku sehingga tampak bulat telur. Mereka terlihat seperti kokus dan basil.
Contoh: Haemophilus influenzae, Gardnerella vaginalis, dan Chlamydia trachomatis

4. Palisades
Basil menekuk pada titik pembelahan mengikuti pembelahan sel, menghasilkan susunan palisade yang
menyerupai pagar kayu dan pola sudut yang terlihat seperti huruf Cina.
Contoh: Corynebacterium diphtheriae

Susunan Bakteri Spiral

Spirilla (atau spirillum untuk sel tunggal) adalah bakteri melengkung yang dapat berkisar dari bentuk
melengkung lembut ke spiral seperti pembuka botol. Banyak spirilla yang kaku dan mampu bergerak.
Sekelompok spirilla khusus yang dikenal sebagai spirochetes panjang, ramping, dan fleksibel.
1. Vibrio
Mereka adalah bakteri berbentuk koma dengan kurang dari satu putaran penuh atau putaran dalam sel.
Contoh : Vibrio cholerae

2. Spirila
Mereka memiliki struktur spiral yang kaku. Spirillum dengan banyak belokan dapat menyerupai
spirochetes. Mereka tidak memiliki selubung luar dan endoflagella, tetapi memiliki flagela bakteri yang
khas.
Contoh: Campylobacter jejuni, Helicobacter pylori, Spirillum winogradskyi, dll.

3. Spirochetes
Spirochetes memiliki bentuk heliks dan tubuh yang fleksibel. Spirochetes bergerak melalui filamen
aksial, yang terlihat seperti flagela yang terkandung di bawah selubung luar yang fleksibel tetapi tidak
memiliki flagela bakteri yang khas.
Contoh: Spesies Leptospira (Leptospira interrogans), Treponema pallidum, Borrelia recurentis, dll.

Bentuk dan Susunan Bakteri Lainnya

1. Bakteri Berfilamen
Mereka adalah bakteri berbentuk filamen tipis yang sangat panjang. Beberapa dari mereka membentuk
filamen bercabang yang menghasilkan jaringan filamen yang disebut 'miselium'.
Contoh: Candidatus Savagella
2. Bakteri Berbentuk Bintang
Contoh: Stella

3. Bakteri Persegi Panjang

Contoh: Haloarcula spp (H. vallismortis, H. marismortui)

4. Bakteri Pleomorfik
Bakteri ini tidak memiliki bentuk karakteristik tidak seperti semua yang dijelaskan di atas. Mereka
dapat mengubah bentuknya. Dalam budaya murni, mereka dapat diamati memiliki bentuk yang berbeda.
Contoh: Mycoplasma pneumoniae, M. genitalium, dll.
JENIS MIKROORGANISME
Kebanyakan mikroba adalah uniseluler dan cukup kecil sehingga memerlukan pembesaran buatan untuk
dapat dilihat. Namun, ada beberapa mikroba uniseluler yang terlihat dengan mata telanjang, dan beberapa
organisme multiseluler yang mikroskopis. Sebuah objek harus berukuran sekitar 100 mikrometer (µm) agar
terlihat tanpa mikroskop, tetapi kebanyakan mikroorganisme berkali-kali lebih kecil dari itu. Untuk beberapa
perspektif, pertimbangkan bahwa sel hewan khas berukuran kira-kira 10 m tetapi masih mikroskopis. Sel
bakteri biasanya sekitar 1 m, dan virus bisa 10 kali lebih kecil dari bakteri (Gambar 1). Lihat Tabel 1 untuk
satuan panjang yang digunakan dalam mikrobiologi.

Gambar 1. Ukuran relatif berbagai benda mikroskopis dan nonmikroskopis. Perhatikan bahwa virus tipikal
berukuran sekitar 100 nm, 10 kali lebih kecil dari bakteri tipikal (~1 µm), yang setidaknya 10 kali lebih kecil
dari sel tumbuhan atau hewan tipikal (~10–100 µm). Sebuah objek harus berukuran sekitar 100 µm agar
terlihat tanpa mikroskop.

Mikroorganisme berbeda satu sama lain tidak hanya dalam ukuran, tetapi juga dalam struktur, habitat,
metabolisme, dan banyak karakteristik lainnya. Sementara kita biasanya menganggap mikroorganisme
sebagai uniseluler, ada juga banyak organisme multiseluler yang terlalu kecil untuk dilihat tanpa mikroskop.
Beberapa mikroba, seperti virus, bahkan aseluler (tidak terdiri dari sel).
Mikroorganisme ditemukan di masing-masing dari tiga domain kehidupan: Archaea, Bakteri, dan Eukarya.
Mikroba dalam domain Bakteri dan Archaea semuanya adalah prokariota (sel mereka tidak memiliki
nukleus), sedangkan mikroba dalam domain Eukarya adalah eukariota (sel mereka memiliki nukleus).
Beberapa mikroorganisme, seperti virus, tidak termasuk dalam salah satu dari tiga domain kehidupan. Pada
bagian ini, kami akan memperkenalkan secara singkat masing-masing kelompok besar mikroba. Bab-bab
selanjutnya akan membahas lebih dalam tentang keanekaragaman spesies dalam setiap kelompok.

Mikroorganisme Prokariotik
Bakteri ditemukan di hampir setiap habitat di bumi, termasuk di dalam dan di manusia. Sebagian besar
bakteri tidak berbahaya atau membantu, tetapi beberapa adalah patogen, menyebabkan penyakit pada
manusia dan hewan lainnya. Bakteri adalah prokariotik karena materi genetiknya (DNA) tidak ditempatkan
di dalam nukleus sejati. Sebagian besar bakteri memiliki dinding sel yang mengandung peptidoglikan.

Bakteri sering digambarkan dalam bentuk umumnya. Bentuk umum termasuk bulat (coccus), berbentuk
batang (bacillus), atau melengkung (spirillum, spirochete, atau vibrio). Gambar 2 menunjukkan contoh
bentuk-bentuk ini.

Gambar 2. Bentuk bakteri yang umum. Perhatikan bagaimana coccobacillus adalah kombinasi dari bulat
(coccus) dan berbentuk batang (bacillus).
Mereka memiliki berbagai kemampuan metabolisme dan dapat tumbuh di berbagai lingkungan,
menggunakan kombinasi nutrisi yang berbeda. Beberapa bakteri bersifat fotosintetik, seperti cyanobacteria
oksigenik dan bakteri belerang hijau dan nonsulfur hijau anoksigenik; bakteri ini menggunakan energi yang
berasal dari sinar matahari, dan memperbaiki karbon dioksida untuk pertumbuhan. Jenis bakteri lain adalah
nonfotosintetik, memperoleh energinya dari senyawa organik atau anorganik di lingkungannya.

Archaea juga organisme prokariotik uniseluler. Archaea dan bakteri memiliki sejarah evolusi yang berbeda,
serta perbedaan yang signifikan dalam genetika, jalur metabolisme, dan komposisi dinding sel dan membran
mereka. Tidak seperti kebanyakan bakteri, dinding sel archaeal tidak mengandung peptidoglikan, tetapi
dinding selnya sering terdiri dari zat serupa yang disebut pseudopeptidoglikan. Seperti bakteri, archaea
ditemukan di hampir setiap habitat di bumi, bahkan lingkungan ekstrim yang sangat dingin, sangat panas,
sangat basa, atau sangat asam (Gambar 3). Beberapa archaea hidup di tubuh manusia, tetapi tidak ada yang
terbukti menjadi patogen manusia.

Foto genangan air yang berubah warna dari jingga di tepinya menjadi biru di tengahnya.
Gambar 3. Beberapa archaea hidup di lingkungan yang ekstrim, seperti kolam Morning Glory, sumber air
panas di Taman Nasional Yellowstone. Perbedaan warna pada kolam dihasilkan dari komunitas mikroba
yang berbeda yang mampu tumbuh subur pada berbagai suhu air.

Mikroorganisme Eukariotik
Domain Eukarya berisi semua eukariota, termasuk eukariota uni atau multiseluler seperti protista, jamur,
tumbuhan, dan hewan. Karakteristik utama eukariota yang menentukan adalah bahwa sel-selnya
mengandung nukleus.

1. Protista
Protista adalah eukariota uniseluler yang bukan tumbuhan, hewan, atau jamur. Alga dan protozoa adalah
contoh protista.
a. Algae (tunggal: alga)
adalah protista mirip tumbuhan yang dapat berupa uniseluler atau multiseluler (Gambar 4). Sel-sel
mereka dikelilingi oleh dinding sel yang terbuat dari selulosa, sejenis karbohidrat. Alga adalah
organisme fotosintetik yang mengekstrak energi dari matahari dan melepaskan oksigen dan
karbohidrat ke lingkungan mereka. Karena organisme lain dapat menggunakan produk limbah
mereka untuk energi, ganggang adalah bagian penting dari banyak ekosistem. Banyak produk
konsumen yang mengandung bahan-bahan yang berasal dari alga, seperti karagenan atau asam
alginat, yang ditemukan pada beberapa merek es krim, saus salad, minuman, lipstik, dan pasta gigi.
Turunan alga juga memainkan peran penting di laboratorium mikrobiologi. Agar, gel yang berasal
dari alga, dapat dicampur dengan berbagai nutrisi dan digunakan untuk menumbuhkan
mikroorganisme dalam cawan Petri. Alga juga sedang dikembangkan sebagai sumber yang
memungkinkan untuk biofuel.
 Gambar 4. Berbagai diatom, sejenis alga, hidup di es laut tahunan di McMurdo Sound, Antartika.
Ukuran diatom berkisar dari 2 m hingga 200 m dan divisualisasikan di sini menggunakan
mikroskop cahaya
b. Protozoa (tunggal: protozoan)
adalah protista yang membentuk tulang punggung banyak jaring makanan dengan menyediakan
nutrisi bagi organisme lain. Protozoa sangat beragam. Beberapa protozoa bergerak dengan bantuan
struktur seperti rambut yang disebut silia atau struktur seperti cambuk yang disebut flagela. Yang
lain memperpanjang bagian dari membran sel dan sitoplasma mereka untuk mendorong diri mereka
sendiri ke depan. Ekstensi sitoplasma ini disebut pseudopoda ("kaki palsu"). Beberapa protozoa
bersifat fotosintesis; yang lain memakan bahan organik. Beberapa hidup bebas, sedangkan yang
lain parasit, hanya mampu bertahan hidup dengan mengekstraksi nutrisi dari organisme inang.
Sebagian besar protozoa tidak berbahaya, tetapi beberapa adalah patogen yang dapat menyebabkan
penyakit pada hewan atau manusia (Gambar 5).

Gambar 5. Giardia lamblia, parasit protozoa usus yang menginfeksi manusia dan mamalia lainnya,
menyebabkan diare berat.

2. Fungi
Fungi (tunggal: fungus) juga eukariota. Beberapa jamur multiseluler, seperti jamur, menyerupai
tumbuhan, tetapi sebenarnya sangat berbeda. Jamur tidak berfotosintesis, dan dinding selnya biasanya
terbuat dari kitin daripada selulosa.
Jamur uniseluler — ragi — termasuk dalam studi mikrobiologi. Ada lebih dari 1000 spesies yang
dikenal. Ragi ditemukan di banyak lingkungan yang berbeda, dari laut dalam hingga pusar manusia.
Beberapa ragi memiliki kegunaan yang bermanfaat, seperti menyebabkan roti mengembang dan
minuman berfermentasi; tetapi ragi juga dapat menyebabkan makanan rusak. Beberapa bahkan
menyebabkan penyakit, seperti infeksi jamur vagina dan sariawan (Gambar 6).

Gambar 6. Candida albicans adalah jamur uniseluler, atau ragi. Ini adalah agen penyebab infeksi jamur
vagina serta sariawan, infeksi jamur pada mulut yang biasanya menyerang bayi. C. albicans memiliki
morfologi yang mirip dengan bakteri kokus; Namun, ragi adalah organisme eukariotik (perhatikan inti)
dan jauh lebih besar.
 Jamur lain yang menarik bagi ahli mikrobiologi adalah organisme multiseluler yang disebut kapang.
Kapang terdiri dari filamen panjang yang membentuk koloni yang terlihat (Gambar 7). Jamur
ditemukan di banyak lingkungan yang berbeda, dari tanah hingga makanan yang membusuk hingga
sudut kamar mandi yang lembap. Jamur memainkan peran penting dalam dekomposisi tumbuhan dan
hewan yang mati. Beberapa jamur dapat menyebabkan alergi, dan yang lain menghasilkan metabolit
penyebab penyakit yang disebut mikotoksin. Jamur telah digunakan untuk membuat obat-obatan,
termasuk penisilin, yang merupakan salah satu antibiotik yang paling sering diresepkan, dan
siklosporin, yang digunakan untuk mencegah penolakan organ setelah transplantasi.

Gambar 7. Koloni besar jamur mikroskopis sering dapat diamati dengan mata telanjang, seperti yang
terlihat pada permukaan jeruk berjamur ini.

3. Helminth
Cacing parasit multiseluler yang disebut cacing secara teknis bukanlah mikroorganisme, karena
sebagian besar cukup besar untuk dilihat tanpa mikroskop. Namun, cacing ini termasuk dalam bidang
mikrobiologi karena penyakit yang disebabkan oleh cacing melibatkan telur dan larva mikroskopis.
Salah satu contoh cacing adalah cacing guinea, atau Dracunculus medinensis, yang menyebabkan
pusing, muntah, diare, dan borok yang menyakitkan pada tungkai dan kaki saat cacing keluar dari kulit
(Gambar 8). Infeksi biasanya terjadi setelah seseorang meminum air yang mengandung kutu air yang
terinfeksi oleh larva cacing guinea. Pada pertengahan 1980-an, diperkirakan ada 3,5 juta kasus penyakit
cacing guinea, tetapi penyakit ini sebagian besar telah diberantas. Pada tahun 2014, hanya ada 126 kasus
yang dilaporkan, berkat upaya terkoordinasi dari Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) dan kelompok
lain yang berkomitmen untuk perbaikan sanitasi air minum.[1]

Gambar 8. (a) Cacing pita daging sapi, Taenia saginata, menginfeksi sapi dan manusia. Telur T.
saginata berukuran mikroskopis (sekitar 50 m), tetapi cacing dewasa seperti yang ditunjukkan di sini
dapat mencapai 4–10 m, menempati sistem pencernaan. (b) Cacing guinea dewasa, Dracunculus
medinensis, dikeluarkan melalui lesi di kulit pasien dengan melilitkannya di sekitar batang korek api.
4. Virus
Virus adalah mikroorganisme aseluler, yang berarti mereka tidak terdiri dari sel. Pada dasarnya, virus
terdiri dari protein dan materi genetik—baik DNA atau RNA, tetapi tidak pernah keduanya—yang
lembam di luar organisme inang. Namun, dengan menggabungkan diri ke dalam sel inang, virus dapat
mengkooptasi mekanisme seluler inang untuk berkembang biak dan menginfeksi inang lain.
Virus dapat menginfeksi semua jenis sel, mulai dari sel manusia hingga sel mikroorganisme lainnya.
Pada manusia, virus bertanggung jawab atas banyak penyakit, mulai dari flu biasa hingga Ebola yang
mematikan (Gambar 9). Namun, banyak virus tidak menyebabkan penyakit.

Gambar 9. (a) Anggota famili Coronavirus dapat menyebabkan infeksi saluran pernapasan seperti flu
biasa, sindrom pernapasan akut parah (SARS), dan sindrom pernapasan Timur Tengah (MERS). Di sini
mereka dilihat di bawah mikroskop elektron transmisi (TEM). (b) Ebolavirus, anggota keluarga
Filovirus, seperti yang divisualisasikan menggunakan TEM.
Mikrobiologi sebagai Bidang Studi
Mikrobiologi adalah istilah luas yang mencakup studi tentang semua jenis mikroorganisme yang berbeda.
Namun dalam praktiknya, ahli mikrobiologi cenderung berspesialisasi dalam salah satu dari beberapa
subbidang. Misalnya, bakteriologi adalah studi tentang bakteri; mikologi adalah studi tentang jamur;
protozoologi adalah studi tentang protozoa; parasitologi adalah studi tentang cacing dan parasit lainnya;
dan virologi adalah studi tentang virus (Gambar 10).

Gambar 10. Seorang ahli virus mengambil sampel telur dari sarang ini untuk diuji virus influenza A, yang
menyebabkan flu burung pada burung.
Imunologi, studi tentang sistem kekebalan, sering dimasukkan dalam studi mikrobiologi karena interaksi
host-patogen merupakan pusat pemahaman kita tentang proses penyakit menular. Ahli mikrobiologi juga
dapat berspesialisasi dalam bidang mikrobiologi tertentu, seperti mikrobiologi klinis, mikrobiologi
lingkungan, mikrobiologi terapan, atau mikrobiologi makanan.
Dalam buku teks ini, kami terutama membahas aplikasi klinis mikrobiologi, tetapi karena berbagai
subbidang mikrobiologi sangat saling terkait, kami akan sering membahas aplikasi yang tidak sepenuhnya
klinis.
BIOETIKA DALAM MIKROBIOLOGI
Pada tahun 1940-an, pemerintah AS sedang mencari solusi untuk masalah medis: prevalensi penyakit
menular seksual (PMS) di antara tentara. Beberapa penelitian yang didanai pemerintah sekarang terkenal
menggunakan subyek manusia untuk meneliti PMS dan perawatan umum. Dalam satu studi tersebut, peneliti
Amerika sengaja mengekspos lebih dari 1300 subyek manusia di Guatemala untuk sifilis, gonore, dan
chancroid untuk menentukan kemampuan penisilin dan antibiotik lain untuk memerangi penyakit ini. Subjek
penelitian ini termasuk tentara Guatemala, tahanan, pelacur, dan pasien psikiatri—tidak ada yang diberitahu
bahwa mereka ikut serta dalam penelitian ini. Para peneliti memaparkan subjek terhadap PMS dengan
berbagai metode, mulai dari memfasilitasi hubungan seksual dengan PSK yang terinfeksi hingga
menginokulasi subjek dengan bakteri yang diketahui menyebabkan penyakit. Metode terakhir ini melibatkan
membuat luka kecil pada alat kelamin subjek atau di tempat lain di tubuh, dan kemudian memasukkan
bakteri langsung ke dalam luka. [2] Pada tahun 2011, komisi pemerintah AS yang ditugaskan untuk
menyelidiki eksperimen mengungkapkan bahwa hanya beberapa subjek yang diobati dengan penisilin, dan
83 subjek meninggal pada tahun 1953, kemungkinan akibat penelitian tersebut.[3]

Sayangnya, ini adalah salah satu dari banyak contoh mengerikan eksperimen mikrobiologi yang telah
melanggar standar etika dasar. Bahkan jika penelitian ini telah mengarah pada terobosan medis yang
menyelamatkan jiwa (tidak), hanya sedikit yang akan berpendapat bahwa metodenya secara etis masuk akal
atau dapat dibenarkan secara moral. Tetapi tidak setiap kasus begitu jelas. Profesional yang bekerja di
lingkungan klinis sering dihadapkan dengan dilema etika, seperti bekerja dengan pasien yang menolak
vaksin atau transfusi darah yang menyelamatkan jiwa. Ini hanyalah dua contoh keputusan hidup dan mati
yang mungkin bersinggungan dengan keyakinan agama dan filosofi baik pasien maupun profesional
perawatan kesehatan.

Tidak peduli seberapa mulia tujuannya, studi mikrobiologi dan praktik klinis harus dipandu oleh seperangkat
prinsip etika tertentu. Studi harus dilakukan dengan integritas. Pasien dan subjek penelitian memberikan
persetujuan (tidak hanya setuju untuk dirawat atau dipelajari tetapi menunjukkan pemahaman tentang tujuan
penelitian dan risiko apa pun yang terlibat). Hak pasien harus dihormati. Prosedur harus disetujui oleh
dewan peninjau institusional. Ketika bekerja dengan pasien, pencatatan yang akurat, komunikasi yang jujur,
dan kerahasiaan adalah yang terpenting. Hewan yang digunakan untuk penelitian harus diperlakukan secara
manusiawi, dan semua protokol harus disetujui oleh komite perawatan dan penggunaan hewan institusional.
Ini hanyalah beberapa dari prinsip-prinsip etika yang dieksplorasi dalam kotak Eye on Ethics di seluruh
buku ini.

FOKUS KLINIS: CORA, RESOLUSI

Contoh ini menyimpulkan cerita Cora yang dimulai dalam Apa yang Diketahui Leluhur Kita dan Pendekatan
Sistematis.

Sampel CSF Cora tidak menunjukkan tanda-tanda peradangan atau infeksi, seperti yang diharapkan dengan
infeksi virus. Namun, ada konsentrasi tinggi protein tertentu, protein 14-3-3, di CSF-nya.
Elektroensefalogram (EEG) fungsi otaknya juga tidak normal. EEG menyerupai pasien dengan penyakit
neurodegeneratif seperti Alzheimer atau Huntington, tetapi penurunan kognitif Cora yang cepat tidak
konsisten dengan keduanya. Sebaliknya, dokternya menyimpulkan bahwa Cora menderita penyakit
Creutzfeldt-Jakob (CJD), sejenis ensefalopati spongiform menular (TSE).
CJD adalah penyakit yang sangat langka, dengan hanya sekitar 300 kasus di Amerika Serikat setiap tahun.
Ini bukan disebabkan oleh bakteri, jamur, atau virus, melainkan oleh prion—yang tidak cocok dengan
kategori mikroba tertentu. Seperti halnya virus, prion tidak ditemukan pada pohon kehidupan karena bersifat
aseluler. Prion sangat kecil, sekitar sepersepuluh ukuran virus biasa. Mereka tidak mengandung materi
genetik dan hanya terdiri dari jenis protein abnormal.

CJD dapat memiliki beberapa penyebab berbeda. Ini dapat diperoleh melalui paparan ke otak atau jaringan
sistem saraf dari orang atau hewan yang terinfeksi. Mengkonsumsi daging dari hewan yang terinfeksi adalah
salah satu cara paparan tersebut dapat terjadi. Ada juga kasus langka paparan CJD melalui kontak dengan
peralatan bedah yang terkontaminasi [4] [5] dan dari donor kornea dan hormon pertumbuhan yang tidak
sadar memiliki CJD [6]. [7] Dalam kasus yang jarang terjadi, penyakit ini disebabkan oleh mutasi genetik
tertentu yang terkadang bersifat herediter. Namun, pada sekitar 85% pasien dengan CJD, penyebab penyakit
ini spontan (atau sporadis) dan tidak memiliki penyebab yang dapat diidentifikasi.[8] Berdasarkan gejala dan
perkembangannya yang cepat, Cora didiagnosis dengan CJD sporadis.

Sayangnya untuk Cora, CJD adalah penyakit fatal yang tidak ada pengobatan yang disetujui. Sekitar 90%
pasien meninggal dalam waktu 1 tahun setelah diagnosis.[9] Dokternya fokus untuk membatasi rasa sakit
dan gejala kognitifnya saat penyakitnya berkembang. Delapan bulan kemudian, Cora meninggal. Diagnosis
CJD-nya dikonfirmasi dengan otopsi otak.

KONSEP DAN RINGKASAN UTAMA

 Mikroorganisme sangat beragam dan ditemukan di ketiga domain kehidupan: Archaea, Bakteri, dan
Eukarya.
 Archaea dan bakteri diklasifikasikan sebagai prokariota karena mereka tidak memiliki inti seluler.
Archaea berbeda dari bakteri dalam sejarah evolusi, genetika, jalur metabolisme, dan dinding sel dan
komposisi membran.
 Archaea mendiami hampir setiap lingkungan di bumi, tetapi tidak ada archaea yang diidentifikasi
sebagai patogen manusia.
 Eukariota dipelajari dalam mikrobiologi termasuk alga, protozoa, jamur, dan cacing.
 Alga adalah organisme seperti tumbuhan yang dapat berupa uniseluler atau multiseluler, dan
memperoleh energi melalui fotosintesis.
 Protozoa adalah organisme uniseluler dengan struktur sel yang kompleks; kebanyakan motil.
 Jamur mikroskopis termasuk jamur dan ragi.
 Cacing adalah cacing parasit multiseluler. Mereka termasuk dalam bidang mikrobiologi karena telur dan
larvanya sering berukuran mikroskopis.
 Virus adalah mikroorganisme aseluler yang membutuhkan inang untuk berkembang biak.
 Bidang mikrobiologi sangat luas. Ahli mikrobiologi biasanya berspesialisasi dalam salah satu dari
banyak subbidang, tetapi semua profesional kesehatan membutuhkan dasar yang kuat dalam
mikrobiologi klinis.

PILIHAN GANDA
1. Manakah dari jenis mikroorganisme berikut yang fotosintesis?
a. Yeast/ragi/khamir
b. virus
 c. cacing/helminth
d. algae
Jawaban d. Alga adalah fotosintesis.
2. Manakah di bawah ini yang merupakan mikroorganisme prokariotik?
a. helminth
b. protozoa
c. cyanobacterium
d. mold
Jawaban c. Cyanobacterium adalah mikroorganisme prokariotik.
3. Manakah dari berikut ini yang aseluler?
a. virus
b. bakteri
c. jamur/fungi
d. protozoa
Jawaban a. Virus bersifat aseluler.
4. Manakah dari berikut ini yang merupakan jenis mikroorganisme jamur?
a. bakteri
b. protozoa
c. algae
d. yeast
Jawaban d. Ragi adalah salah satu jenis mikroorganisme jamur.
5. Manakah dari berikut ini yang bukan merupakan subbidang mikrobiologi?
a. bakteriologi
b. botani
c. mikrobiologi klinis
d. virologi
Jawaban b. Botani bukanlah subbidang mikrobiologi.

ISI BAGIAN YANG KOSONG

1. ________ adalah mikroorganisme penyebab penyakit.
Patogen adalah mikroorganisme penyebab penyakit.
2. Cacing parasit multiseluler yang dipelajari oleh ahli mikrobiologi disebut ___________.
Cacing parasit multiseluler yang dipelajari oleh ahli mikrobiologi disebut helminth.
3. Ilmu yang mempelajari tentang virus adalah _____________.
Ilmu yang mempelajari virus adalah virologi.
4. Sel-sel organisme prokariotik tidak memiliki _______.
Sel-sel organisme prokariotik tidak memiliki nukleus.
INSTRUMEN MIKROSKOP
Perintis awal mikroskop membuka jendela ke dunia mikroorganisme yang tak terlihat. Tetapi mikroskop
terus berkembang pada abad-abad berikutnya. Pada tahun 1830, Joseph Jackson Lister menciptakan
mikroskop cahaya yang pada dasarnya modern. Abad kedua puluh melihat perkembangan mikroskop yang
memanfaatkan cahaya tak terlihat, seperti mikroskop fluoresensi, yang menggunakan sumber cahaya
ultraviolet, dan mikroskop elektron, yang menggunakan berkas elektron panjang gelombang pendek.
Kemajuan ini menyebabkan perbaikan besar dalam pembesaran, resolusi, dan kontras. Sebagai
perbandingan, mikroskop van Leeuwenhoek yang relatif belum sempurna dan orang-orang sezamannya jauh
lebih lemah daripada mikroskop paling dasar yang digunakan saat ini. Pada bagian ini, kami akan mensurvei
berbagai teknologi mikroskopis modern dan aplikasi umum untuk setiap jenis mikroskop.
A. Mikroskop Cahaya
Banyak jenis mikroskop termasuk dalam kategori mikroskop cahaya, yang menggunakan cahaya untuk
memvisualisasikan gambar. Contoh mikroskop cahaya termasuk mikroskop brightfield, mikroskop
darkfield, mikroskop fase kontras, mikroskop kontras interferensi diferensial, mikroskop fluoresensi,
mikroskop laser pemindaian confocal, dan mikroskop dua foton. Berbagai jenis mikroskop cahaya ini dapat
digunakan untuk saling melengkapi dalam diagnostik dan penelitian.
1. Mikroskop Brightfield
Mikroskop brightfield, mungkin jenis mikroskop yang paling umum digunakan, adalah mikroskop majemuk
dengan dua atau lebih lensa yang menghasilkan gambar gelap pada latar belakang terang. Beberapa
mikroskop brightfield bermata (memiliki lensa mata tunggal), meskipun mikroskop brightfield paling baru
adalah teropong (memiliki dua lensa mata), seperti yang ditunjukkan pada Gambar 1; dalam kedua kasus,
setiap lensa mata berisi lensa yang disebut lensa okuler. Lensa okuler biasanya memperbesar gambar 10 kali
(10×). Di ujung lain dari tabung tubuh adalah satu set lensa objektif pada nosepiece yang berputar.
Perbesaran lensa objektif ini biasanya berkisar dari 4x hingga 100x, dengan perbesaran untuk setiap lensa
yang ditentukan pada casing logam lensa. Lensa okuler dan lensa objektif bekerja sama untuk menghasilkan
bayangan yang diperbesar. Perbesaran total adalah hasil kali perbesaran okuler dikalikan perbesaran
objektif:
perbesaran okuler × perbesaran objektif
Misalnya, jika lensa objektif 40x dipilih dan lensa okulernya 10x, perbesaran totalnya adalah:
(40×)(10×)=400×.
Gambar 1. Komponen mikroskop brightfield yang khas.
Item yang dilihat disebut spesimen. Spesimen ditempatkan pada slide kaca, yang kemudian dijepitkan di atas
panggung (platform) mikroskop. Setelah slide diamankan, spesimen pada slide diposisikan di atas cahaya
menggunakan kenop panggung mekanis xy. Tombol-tombol ini menggerakkan slide di permukaan
panggung, tetapi tidak menaikkan atau menurunkan panggung. Setelah spesimen dipusatkan di atas cahaya,
posisi panggung dapat dinaikkan atau diturunkan untuk memfokuskan gambar. Kenop pemfokusan kasar
digunakan untuk gerakan skala besar dengan lensa objektif 4× dan 10×; kenop fokus halus digunakan untuk
gerakan skala kecil, terutama dengan lensa objektif 40× atau 100×.
Ketika gambar diperbesar, mereka menjadi lebih redup karena ada lebih sedikit cahaya per satuan luas
gambar. Gambar yang sangat diperbesar yang dihasilkan oleh mikroskop, oleh karena itu, membutuhkan
pencahayaan yang intens. Dalam mikroskop brightfield, cahaya ini disediakan oleh iluminator, yang
biasanya merupakan bola lampu berintensitas tinggi di bawah panggung. Cahaya dari iluminator melewati
lensa kondensor (terletak di bawah panggung), yang memfokuskan semua sinar cahaya pada spesimen untuk
memaksimalkan iluminasi. Posisi kondensor dapat dioptimalkan menggunakan kenop fokus kondensor yang
terpasang; setelah jarak optimal ditetapkan, kondensor tidak boleh dipindahkan untuk menyesuaikan
kecerahan. Jika tingkat cahaya yang dibutuhkan kurang dari maksimal, jumlah cahaya yang mengenai
spesimen dapat dengan mudah diatur dengan membuka atau menutup diafragma antara kondensor dan
spesimen. Dalam beberapa kasus, kecerahan juga dapat disesuaikan menggunakan rheostat, sakelar peredup
yang mengontrol intensitas iluminator.
Sebuah mikroskop brightfield membuat gambar dengan mengarahkan cahaya dari iluminator pada spesimen;
cahaya ini ditransmisikan, diserap, dipantulkan, atau dibiaskan secara berbeda oleh struktur yang berbeda.
Warna yang berbeda dapat berperilaku berbeda saat berinteraksi dengan kromofor (pigmen yang menyerap
dan memantulkan panjang gelombang cahaya tertentu) di bagian spesimen. Seringkali, kromofor
ditambahkan secara artifisial ke spesimen menggunakan pewarna, yang berfungsi untuk meningkatkan
kontras dan resolusi. Secara umum, struktur dalam spesimen akan tampak lebih gelap, dalam berbagai
tingkat, daripada latar belakang yang terang, menciptakan gambar yang sangat tajam pada perbesaran hingga
sekitar 1000×. Pembesaran lebih lanjut akan menghasilkan gambar yang lebih besar, tetapi tanpa
peningkatan resolusi. Ini memungkinkan kita untuk melihat objek sekecil bakteri, yang terlihat sekitar 400×
atau lebih, tetapi bukan objek yang lebih kecil seperti virus.

Pada perbesaran yang sangat tinggi, resolusi dapat dikompromikan ketika cahaya melewati sejumlah kecil
udara antara spesimen dan lensa. Ini karena perbedaan besar antara indeks bias udara dan kaca; udara
menghamburkan sinar cahaya sebelum dapat difokuskan oleh lensa. Untuk mengatasi masalah ini, setetes
minyak dapat digunakan untuk mengisi ruang antara spesimen dan lensa minyak imersi, lensa khusus yang
dirancang untuk digunakan dengan minyak imersi. Karena minyak memiliki indeks bias yang sangat mirip
dengan kaca, minyak meningkatkan sudut maksimum di mana cahaya yang meninggalkan spesimen dapat
mengenai lensa. Ini meningkatkan cahaya yang dikumpulkan dan, dengan demikian, resolusi gambar
(Gambar 2). Berbagai minyak dapat digunakan untuk berbagai jenis cahaya.

Gambar 2. (a) Lensa minyak imersi seperti ini digunakan untuk meningkatkan resolusi. (b) Karena minyak
imersi dan kaca memiliki indeks bias yang sangat mirip, ada sedikit pembiasan sebelum cahaya mencapai
lensa. Tanpa minyak imersi, cahaya menyebar saat melewati udara di atas slide, menurunkan resolusi
gambar.

PEMELIHARAAN MIKROSKOP: PRAKTIK TERBAIK

Bahkan mikroskop yang sangat kuat pun tidak dapat menghasilkan gambar beresolusi tinggi jika tidak
dibersihkan dan dirawat dengan benar. Karena lensa dirancang dan dibuat dengan hati-hati untuk
membiaskan cahaya dengan tingkat presisi yang tinggi, bahkan lensa yang sedikit kotor atau tergores akan
membiaskan cahaya dengan cara yang tidak diinginkan, menurunkan citra spesimen. Selain itu, mikroskop
adalah instrumen yang agak rumit, dan harus sangat berhati-hati untuk menghindari kerusakan bagian dan
permukaan. Di antara hal-hal lain, perawatan mikroskop yang benar meliputi hal-hal berikut:
 membersihkan lensa dengan kertas lensa
 tidak mengizinkan lensa menyentuh slide (mis., Dengan mengubah fokus dengan cepat)
 melindungi bohlam (jika ada) dari kerusakan
 tidak mendorong tujuan ke slide
 tidak menggunakan kenop pemfokusan kasar saat menggunakan lensa objektif 40× atau lebih besar
 hanya menggunakan oli imersi dengan objektif oli khusus, biasanya objektif 100×
 membersihkan minyak dari lensa imersi setelah menggunakan mikroskop
 membersihkan minyak apa pun yang secara tidak sengaja ditransfer dari lensa lain
 menutupi mikroskop atau meletakkannya di lemari saat tidak digunakan

2. Mikroskop Darkfield
Mikroskop medan gelap adalah mikroskop medan terang yang memiliki modifikasi kecil namun signifikan
pada kondensor. Disk kecil buram (berdiameter sekitar 1 cm) ditempatkan di antara iluminator dan lensa
kondensor. Pemberhentian cahaya buram ini, demikian sebutan piringan, menghalangi sebagian besar
cahaya dari iluminator saat melewati kondensor dalam perjalanannya ke lensa objektif, menghasilkan
kerucut cahaya berongga yang difokuskan pada spesimen. Satu-satunya cahaya yang mencapai objektif
adalah cahaya yang telah dibiaskan atau dipantulkan oleh struktur dalam spesimen. Gambar yang dihasilkan
biasanya menunjukkan objek terang dengan latar belakang gelap (Gambar 3).
Gambar 3. Penghenti cahaya buram yang dimasukkan ke mikroskop medan terang digunakan untuk
menghasilkan gambar medan gelap. Penghenti cahaya menghalangi cahaya yang merambat langsung dari
iluminator ke lensa objektif, sehingga hanya cahaya yang dipantulkan atau dibiaskan dari spesimen yang
mencapai mata.

Mikroskop medan gelap seringkali dapat membuat gambar spesimen dengan kontras tinggi dan resolusi
tinggi tanpa menggunakan noda, yang sangat berguna untuk melihat spesimen hidup yang mungkin mati
atau terganggu oleh noda. Misalnya, spirochetes tipis seperti Treponema pallidum, agen penyebab sifilis,
dapat dilihat dengan baik menggunakan mikroskop medan gelap (Gambar 4).

Gambar 4. Penggunaan mikroskop medan gelap memungkinkan kita untuk melihat sampel spirochete
Treponema pallidum yang hidup dan tidak diwarnai. Mirip dengan negatif fotografi, spirochetes tampak
cerah dengan latar belakang gelap.

FOKUS KLINIS: NATHAN, BAGIAN 2

Contoh ini melanjutkan cerita Nathan yang dimulai di The Properties of Light.
Infeksi luka seperti Nathan dapat disebabkan oleh berbagai jenis bakteri, beberapa di antaranya dapat
menyebar dengan cepat dengan komplikasi serius. Mengidentifikasi penyebab spesifik sangat penting untuk
memilih obat yang dapat membunuh atau menghentikan pertumbuhan bakteri.
Setelah menghubungi dokter setempat tentang kasus Nathan, perawat kamp mengirimkan sampel dari luka
ke laboratorium medis terdekat. Sayangnya, karena kamp berada di daerah terpencil, lab terdekat berukuran
kecil dan tidak dilengkapi dengan baik. Laboratorium yang lebih modern kemungkinan akan menggunakan
metode lain untuk membiakkan, menumbuhkan, dan mengidentifikasi bakteri, tetapi dalam kasus ini, teknisi
memutuskan untuk membuat dudukan basah dari spesimen dan melihatnya di bawah mikroskop brightfield.
Pada dudukan basah, setetes air ditambahkan ke slide, dan kaca penutup ditempatkan di atas spesimen untuk
menahannya sebelum ditempatkan di bawah lensa objektif.
Di bawah mikroskop brightfield, teknisi hampir tidak dapat melihat sel bakteri karena hampir transparan
dengan latar belakang terang. Untuk meningkatkan kontras, teknisi menyisipkan penghenti lampu buram di
atas iluminator. Gambar darkfield yang dihasilkan dengan jelas menunjukkan bahwa sel-sel bakteri
berbentuk bulat dan dikelompokkan dalam kelompok, seperti anggur.
Mengapa penting untuk mengidentifikasi bentuk dan pola pertumbuhan sel dalam spesimen?
Jenis mikroskop apa lagi yang dapat digunakan secara efektif untuk melihat spesimen ini?
Kami akan kembali lagi ke contoh Nathan di halaman selanjutnya.
3. Mikroskop Fase Kontras
Mikroskop fase kontras menggunakan pembiasan dan interferensi yang disebabkan oleh struktur dalam
spesimen untuk membuat kontras tinggi, gambar resolusi tinggi tanpa pewarnaan. Ini adalah jenis mikroskop
tertua dan paling sederhana yang menciptakan gambar dengan mengubah panjang gelombang sinar cahaya
yang melewati spesimen. Untuk membuat jalur panjang gelombang yang diubah, stop annular digunakan di
kondensor. Penghenti annular menghasilkan kerucut cahaya berongga yang difokuskan pada spesimen
sebelum mencapai lensa objektif. Tujuannya berisi pelat fase yang berisi cincin fase. Akibatnya, cahaya
yang merambat langsung dari iluminator melewati cincin fase sementara cahaya yang dibiaskan atau
dipantulkan oleh spesimen melewati pelat. Hal ini menyebabkan gelombang berjalan melalui cincin menjadi
sekitar setengah panjang gelombang keluar dari fase dengan yang melewati pelat. Karena gelombang
memiliki puncak dan palung, mereka dapat menambahkan bersama-sama (jika dalam fase bersama-sama)
atau membatalkan satu sama lain (jika keluar dari fase). Ketika panjang gelombang keluar dari fase, palung
gelombang akan membatalkan puncak gelombang, yang disebut interferensi destruktif. Struktur yang
membiaskan cahaya kemudian tampak gelap dengan latar belakang terang hanya cahaya yang tidak
dibiaskan. Lebih umum, struktur yang berbeda dalam fitur seperti indeks bias akan berbeda dalam tingkat
kegelapan (Gambar 5).

Gambar 5. Diagram mikroskop fase kontras ini menggambarkan perbedaan fase antara cahaya yang
melewati objek dan latar belakang. Perbedaan ini dihasilkan dengan melewatkan sinar melalui bagian yang
berbeda dari pelat fasa. Sinar cahaya ditumpangkan dalam bidang gambar, menghasilkan kontras karena
interferensinya.

Karena meningkatkan kontras tanpa memerlukan pewarnaan, mikroskop fase kontras sering digunakan
untuk mengamati spesimen hidup. Struktur tertentu, seperti organel dalam sel eukariotik dan endospora
dalam sel prokariotik, divisualisasikan dengan baik dengan mikroskop fase kontras (Gambar 6).
Gambar 6. Gambar ini membandingkan gambar brightfield (kiri) dengan gambar fase-kontras (kanan) dari
sel epitel skuamosa sederhana yang sama. Sel-sel berada di tengah dan kanan bawah setiap foto (benda tidak
beraturan di atas sel adalah puing-puing aselular). Perhatikan bahwa sel-sel yang tidak diwarnai dalam
gambar bidang terang hampir tidak terlihat di latar belakang, sedangkan sel-sel dalam gambar kontras fase
tampak bersinar di latar belakang, memperlihatkan lebih banyak detail.

4. Mikroskop Kontras Interferensi Diferensial

Mikroskop kontras interferensi diferensial (DIC) (juga dikenal sebagai optik Nomarski) mirip dengan
mikroskop fase kontras karena mereka menggunakan pola interferensi untuk meningkatkan kontras antara
berbagai fitur spesimen. Dalam mikroskop DIC, dua berkas cahaya dibuat di mana arah gerakan gelombang
(polarisasi) berbeda. Setelah balok melewati spesimen atau ruang bebas spesimen, mereka digabungkan
kembali dan efek dari spesimen menyebabkan perbedaan pola interferensi yang dihasilkan oleh
penggabungan balok. Ini menghasilkan gambar organisme hidup dengan kontras tinggi dengan penampilan
tiga dimensi. Mikroskop ini sangat berguna dalam membedakan struktur dalam spesimen hidup yang tidak
diwarnai. (Gambar 7)

Gambar 7. Gambar DIC Fonsecaea pedrosoi yang ditumbuhkan pada agar Leonian yang dimodifikasi.
Jamur ini menyebabkan chromoblastomycosis, infeksi kulit kronis yang umum di iklim tropis dan subtropis.

5. Mikroskop Fluoresensi
Mikroskop fluoresensi menggunakan kromofor fluoresen yang disebut fluorokrom, yang mampu menyerap
energi dari sumber cahaya dan kemudian memancarkan energi ini sebagai cahaya tampak. Fluorochromes
termasuk zat fluorescent alami (seperti klorofil) serta noda fluorescent yang ditambahkan ke spesimen untuk
menciptakan kontras. Pewarna seperti Texas red dan FITC adalah contoh fluorokrom. Contoh lain termasuk
pewarna asam nukleat 4′,6′-diamidino-2-phenylindole (DAPI) dan acridine orange.
Mikroskop mentransmisikan cahaya eksitasi, umumnya bentuk EMR dengan panjang gelombang pendek,
seperti ultraviolet atau cahaya biru, menuju spesimen; kromofor menyerap cahaya eksitasi dan
memancarkan cahaya tampak dengan panjang gelombang yang lebih panjang. Cahaya eksitasi kemudian
disaring (sebagian karena sinar ultraviolet berbahaya bagi mata) sehingga hanya cahaya tampak yang
melewati lensa okuler. Ini menghasilkan gambar spesimen dalam warna-warna cerah dengan latar belakang
gelap.
Mikroskop fluoresensi sangat berguna dalam mikrobiologi klinis. Mereka dapat digunakan untuk
mengidentifikasi patogen, untuk menemukan spesies tertentu dalam suatu lingkungan, atau untuk
menemukan lokasi molekul dan struktur tertentu di dalam sel. Pendekatan juga telah dikembangkan untuk
membedakan sel hidup dari sel mati menggunakan mikroskop fluoresensi berdasarkan apakah mereka
mengambil fluorokrom tertentu. Terkadang, beberapa fluorokrom digunakan pada spesimen yang sama
untuk menunjukkan struktur atau fitur yang berbeda.
Salah satu aplikasi yang paling penting dari mikroskop fluoresensi adalah teknik yang disebut
imunofluoresensi, yang digunakan untuk mengidentifikasi mikroba penyebab penyakit tertentu dengan
mengamati apakah antibodi mengikat mereka. (Antibodi adalah molekul protein yang diproduksi oleh sistem
kekebalan yang menempel pada patogen tertentu untuk membunuh atau menghambatnya.) Ada dua
pendekatan untuk teknik ini: uji imunofluoresensi langsung (DFA) dan uji imunofluoresensi tidak langsung
(IFA). Dalam DFA, antibodi spesifik (misalnya, yang menargetkan virus rabies) diwarnai dengan
fluorokrom. Jika spesimen mengandung patogen yang ditargetkan, seseorang dapat mengamati antibodi
yang mengikat patogen di bawah mikroskop fluoresen. Ini disebut pewarnaan antibodi primer karena
antibodi yang diwarnai menempel langsung ke patogen.
Di IFA, antibodi sekunder diwarnai dengan fluorokrom daripada antibodi primer. Antibodi sekunder tidak
langsung menempel pada patogen, tetapi berikatan dengan antibodi primer. Ketika antibodi primer yang
tidak diwarnai berikatan dengan patogen, antibodi sekunder fluoresen dapat diamati berikatan dengan
antibodi primer. Dengan demikian, antibodi sekunder melekat secara tidak langsung pada patogen. Karena
beberapa antibodi sekunder seringkali dapat menempel pada antibodi primer, IFA meningkatkan jumlah
antibodi fluoresen yang melekat pada spesimen, sehingga memudahkan visualisasi fitur dalam spesimen
(Gambar 8).

Gambar 8. (a) Pewarnaan imunofluoresen langsung digunakan untuk memvisualisasikan Neisseria

gonorrhoeae, bakteri yang menyebabkan gonore. (b) Pewarnaan imunofluoresen tidak langsung digunakan
untuk memvisualisasikan larva Schistosoma mansoni, cacing parasit yang menyebabkan schistosomiasis,
penyakit usus yang umum di daerah tropis. (c) Dalam imunofluoresensi langsung, noda diserap oleh antibodi
primer, yang mengikat antigen. Dalam imunofluoresensi tidak langsung, noda diserap oleh antibodi
sekunder, yang mengikat antibodi primer, yang, pada gilirannya, mengikat antigen.
6. Mikroskop Confocal
Sedangkan bentuk lain dari mikroskop cahaya membuat gambar yang difokuskan secara maksimal pada
jarak tunggal dari pengamat (kedalaman, atau bidang-z), mikroskop confocal menggunakan laser untuk
memindai beberapa bidang-z secara berurutan. Ini menghasilkan banyak gambar dua dimensi, resolusi tinggi
di berbagai kedalaman, yang dapat dibangun menjadi gambar tiga dimensi oleh komputer. Seperti
mikroskop fluoresensi, pewarnaan fluoresen umumnya digunakan untuk meningkatkan kontras dan resolusi.
Kejernihan gambar lebih ditingkatkan dengan aperture sempit yang menghilangkan cahaya apa pun yang
bukan dari bidang-z. Mikroskop confocal sangat berguna untuk memeriksa spesimen tebal seperti biofilm,
yang dapat diperiksa hidup dan tidak tetap (Gambar 9).

Gambar 9. Mikroskop confocal dapat digunakan untuk memvisualisasikan struktur seperti biofilm
cyanobacterium yang tinggal di atap ini.

7. Mikroskop Dua Foton

Sementara mikroskop fluorescent dan confocal asli memungkinkan visualisasi yang lebih baik dari fitur unik
dalam spesimen, masih ada masalah yang mencegah visualisasi optimal. Sensitivitas efektif mikroskop
fluoresensi saat melihat spesimen tebal umumnya dibatasi oleh suar di luar fokus, yang menghasilkan
resolusi yang buruk. Keterbatasan ini sangat berkurang dalam mikroskop confocal melalui penggunaan
lubang jarum confocal untuk menolak fluoresensi latar belakang yang tidak fokus dengan bagian optik tipis
(<1 m) yang tidak buram. Namun, bahkan mikroskop confocal tidak memiliki resolusi yang dibutuhkan
untuk melihat sampel jaringan yang tebal. Masalah ini diselesaikan dengan pengembangan mikroskop dua
foton, yang menggunakan teknik pemindaian, fluorokrom, dan cahaya dengan panjang gelombang panjang
(seperti inframerah) untuk memvisualisasikan spesimen. Energi rendah yang terkait dengan panjang
gelombang cahaya panjang berarti bahwa dua foton harus menyerang lokasi pada saat yang sama untuk
membangkitkan fluorokrom. Energi rendah dari cahaya eksitasi kurang merusak sel, dan panjang gelombang
panjang dari cahaya eksitasi lebih mudah menembus jauh ke dalam spesimen tebal. Hal ini membuat
mikroskop dua foton berguna untuk memeriksa sel-sel hidup di dalam jaringan utuh—irisan otak, embrio,
seluruh organ, dan bahkan seluruh hewan.
Saat ini, penggunaan mikroskop dua foton terbatas pada laboratorium klinis dan penelitian tingkat lanjut
karena mahalnya biaya instrumen. Sebuah mikroskop dua foton tunggal biasanya berharga antara $300.000
dan $500.000, dan laser yang digunakan untuk merangsang pewarna yang digunakan pada spesimen juga
sangat mahal. Namun, seiring dengan kemajuan teknologi, mikroskop dua foton dapat menjadi lebih mudah
tersedia dalam pengaturan klinis.

B. Mikroskop Elektron
Resolusi teoritis maksimum gambar yang dibuat oleh mikroskop cahaya pada akhirnya dibatasi oleh panjang
gelombang cahaya tampak. Kebanyakan mikroskop cahaya hanya dapat memperbesar 1000x, dan beberapa
dapat memperbesar hingga 1500x, tetapi ini tidak mulai mendekati kekuatan pembesar mikroskop elektron
(EM), yang menggunakan berkas elektron dengan panjang gelombang pendek daripada cahaya untuk
meningkatkan perbesaran. dan resolusi.
Elektron, seperti radiasi elektromagnetik, dapat berperilaku sebagai gelombang, tetapi dengan panjang
gelombang 0,005 nm, mereka dapat menghasilkan resolusi yang jauh lebih baik daripada cahaya tampak.
Sebuah EM dapat menghasilkan gambar tajam yang diperbesar hingga 100.000×. Dengan demikian, EM
dapat menyelesaikan struktur subseluler serta beberapa struktur molekul (misalnya, untai tunggal DNA);
namun, mikroskop elektron tidak dapat digunakan pada bahan hidup karena metode yang diperlukan untuk
menyiapkan spesimen.
Ada dua tipe dasar EM: mikroskop elektron transmisi (TEM) dan mikroskop elektron pemindaian (SEM)
(Gambar 10). TEM agak analog dengan mikroskop cahaya brightfield dalam hal cara fungsinya. Namun, ia
menggunakan berkas elektron dari atas spesimen yang difokuskan menggunakan lensa magnetik (bukan
lensa kaca) dan diproyeksikan melalui spesimen ke detektor. Elektron melewati spesimen, dan kemudian
detektor menangkap gambar (Gambar 11).

Gambar 10. Mikroskop elektron transmisi (TEM).

Gambar 11. Mikroskop elektron menggunakan magnet untuk memfokuskan berkas elektron mirip dengan
cara mikroskop cahaya menggunakan lensa untuk memfokuskan cahaya.

Agar elektron melewati spesimen dalam TEM, spesimen harus sangat tipis (tebal 20-100 nm). Gambar
dihasilkan karena opasitas yang bervariasi di berbagai bagian spesimen. Opasitas ini dapat ditingkatkan
dengan pewarnaan spesimen dengan bahan seperti logam berat, yang padat elektron. TEM mengharuskan
balok dan spesimen berada dalam ruang hampa dan spesimen menjadi sangat tipis dan mengalami dehidrasi.
Langkah-langkah spesifik yang diperlukan untuk menyiapkan spesimen untuk observasi di bawah EM
dibahas secara rinci di bagian berikutnya.
SEM membentuk gambar permukaan spesimen, biasanya dari elektron yang terlempar dari spesimen oleh
berkas elektron. Ini dapat membuat gambar yang sangat detail dengan tampilan tiga dimensi yang
ditampilkan pada monitor (Gambar 12).
Gambar 12. Ilustrasi skema ini membandingkan komponen mikroskop elektron transmisi dan mikroskop
elektron pemindaian.

Biasanya, spesimen dikeringkan dan disiapkan dengan fiksatif yang mengurangi artefak, seperti
pengkerutan, yang dapat dihasilkan dengan pengeringan, sebelum dilapisi dengan lapisan tipis logam seperti
emas. Sedangkan mikroskop elektron transmisi memerlukan bagian yang sangat tipis dan memungkinkan
seseorang untuk melihat struktur internal seperti organel dan bagian dalam membran, mikroskop elektron
pemindaian dapat digunakan untuk melihat permukaan objek yang lebih besar (seperti butiran serbuk sari)
serta permukaan sampel yang sangat kecil (Gambar 13). Beberapa EM dapat memperbesar gambar hingga
2.000.000×.[1]

Gambar 13. (a) Gambar TEM sel dalam biofilm ini menunjukkan struktur internal sel yang terdefinisi
dengan baik karena berbagai tingkat opasitas dalam spesimen. (b) Gambar SEM yang ditingkatkan warna
dari bakteri Staphylococcus aureus menggambarkan kemampuan pemindaian mikroskop elektron untuk
menghasilkan gambar tiga dimensi dari struktur permukaan sel.

MENGGUNAKAN MIKROSKOPI UNTUK MEMPELAJARI BIOFILM

Biofilm adalah komunitas kompleks dari satu atau lebih spesies mikroorganisme, biasanya terbentuk sebagai
lapisan berlendir yang menempel pada permukaan karena produksi zat ekstrapolimerik (EPS) yang
menempel pada permukaan atau pada antarmuka antara permukaan (misalnya, antara udara dan air). Di
alam, biofilm berlimpah dan sering menempati relung kompleks dalam ekosistem (Gambar 14). Dalam
kedokteran, biofilm dapat melapisi perangkat medis dan ada di dalam tubuh. Karena mereka memiliki
karakteristik unik, seperti peningkatan resistensi terhadap sistem kekebalan dan obat antimikroba, biofilm
menjadi perhatian khusus bagi ahli mikrobiologi dan klinisi.
Gambar 14. Biofilm terbentuk ketika bakteri planktonik (mengambang bebas) dari satu atau lebih spesies
menempel pada permukaan, menghasilkan lendir, dan membentuk koloni. (kredit: Perpustakaan Umum
Sains)

Karena biofilm tebal, mereka tidak dapat diamati dengan baik menggunakan mikroskop cahaya; mengiris
biofilm untuk membuat spesimen yang lebih tipis dapat membunuh atau mengganggu komunitas mikroba.
Mikroskop confocal memberikan gambar biofilm yang lebih jelas karena dapat fokus pada satu bidang z
pada satu waktu dan menghasilkan gambar tiga dimensi dari spesimen tebal. Pewarna fluoresen dapat
membantu dalam mengidentifikasi sel-sel dalam matriks. Selain itu, teknik seperti imunofluoresensi dan
hibridisasi fluoresensi in situ (FISH), di mana probe fluoresen digunakan untuk mengikat DNA, dapat
digunakan.

Mikroskop elektron dapat digunakan untuk mengamati biofilm, tetapi hanya setelah spesimen mengalami
dehidrasi, yang menghasilkan artefak yang tidak diinginkan dan mendistorsi spesimen. Selain pendekatan
ini, dimungkinkan untuk mengikuti arus air melalui bentuk (seperti kerucut dan jamur) biofilm,
menggunakan video pergerakan manik-manik berlapis fluoresen (Gambar 15).
Sebuah mikrograf dengan latar belakang hitam yang berisi banyak persegi panjang terang di rumpun
ditampilkan.

Gambar 15. Pada gambar ini, beberapa spesies bakteri tumbuh dalam biofilm pada baja tahan karat
(diwarnai dengan DAPI untuk miskroskopi epifluoresensi). (kredit: Ricardo Murga, Rodney Donlan)

C. Pemindaian Mikroskop Probe

Mikroskop pemindai pemindaian tidak menggunakan cahaya atau elektron, melainkan probe yang sangat
tajam yang melewati permukaan spesimen dan berinteraksi dengannya secara langsung. Ini menghasilkan
informasi yang dapat dirangkai menjadi gambar dengan perbesaran hingga 100.000.000×. Perbesaran besar
seperti itu dapat digunakan untuk mengamati atom individu pada permukaan. Sampai saat ini, teknik ini
telah digunakan terutama untuk penelitian daripada untuk diagnostik.
Ada dua jenis mikroskop probe pemindaian: mikroskop terowongan pemindaian (STM) dan mikroskop gaya
atom (AFM). STM menggunakan probe yang dilewatkan tepat di atas spesimen karena bias tegangan
konstan menciptakan potensi arus listrik antara probe dan spesimen. Arus ini terjadi melalui terowongan
kuantum elektron antara probe dan spesimen, dan intensitas arus tergantung pada jarak antara probe dan
spesimen. Probe dipindahkan secara horizontal di atas permukaan dan intensitas arus diukur. Scanning
tunneling microscopy dapat secara efektif memetakan struktur permukaan pada resolusi di mana atom
individu dapat dideteksi.
Mirip dengan STM, AFM memiliki probe tipis yang dilewatkan tepat di atas spesimen. Namun, daripada
mengukur variasi arus pada ketinggian konstan di atas spesimen, AFM menetapkan arus konstan dan
mengukur variasi ketinggian ujung probe saat melewati spesimen. Saat ujung probe melewati spesimen,
gaya antar atom (gaya van der Waals, gaya kapiler, ikatan kimia, gaya elektrostatik, dan lain-lain)
menyebabkannya bergerak naik turun. Defleksi ujung probe ditentukan dan diukur menggunakan hukum
elastisitas Hooke, dan informasi ini digunakan untuk membuat gambar permukaan spesimen dengan resolusi
pada tingkat atom (Gambar 16).

Gambar 16. STM dan AFM memungkinkan kita untuk melihat gambar pada tingkat atom. (a) Gambar STM
dari permukaan emas murni ini menunjukkan atom-atom emas individual yang tersusun dalam kolom. (b)
Gambar AFM ini menunjukkan molekul nanoselulosa panjang seperti untai, zat yang dibuat di laboratorium
yang berasal dari serat tumbuhan
Tabel 1, 2, dan 3 merangkum teknik mikroskop untuk mikroskop cahaya, mikroskop elektron, dan
mikroskop probe pemindaian.
Table 1. Light microscopes[2]

Ini menggunakan sinar tampak atau ultraviolet untuk menghasilkan gambar.

Pembesaran: hingga sekitar 1000x.

Microscope Key Uses Sample Images

Umumnya digunakan dalam

berbagai aplikasi laboratorium
sebagai mikroskop standar;
menghasilkan gambar pada latar
Brightfield belakang yang cerah.

Contoh: Bacillus sp.

menunjukkan endospora

Tingkatkan kontras tanpa

pewarnaan dengan
menghasilkan gambar yang
cerah pada latar belakang yang
Darkfield lebih gelap; sangat berguna
untuk melihat spesimen hidup

Contoh: Borrelia burgdorferi

Menggunakan pembiasan dan

interferensi yang disebabkan
oleh struktur dalam spesimen
untuk membuat kontras tinggi,
gambar resolusi tinggi tanpa
Phase pewarnaan, sehingga berguna
contrast untuk melihat spesimen hidup
dan struktur seperti endospora
dan organel.

Contoh: Pseudomonas sp.

Menggunakan pola interferensi

untuk meningkatkan kontras
antara fitur spesimen yang
berbeda untuk menghasilkan
gambar organisme hidup dengan
kontras tinggi dengan tampilan
Differential tiga dimensi, membuatnya
interference sangat berguna dalam
contrast membedakan struktur dalam
spesimen hidup yang tidak
(DIC) diwarnai. Gambar yang dilihat
mengungkapkan struktur detail di
dalam sel.

Contoh: Escherichia coli

0157:H7
Table 1. Light microscopes[2]

Ini menggunakan sinar tampak atau ultraviolet untuk menghasilkan gambar.

Pembesaran: hingga sekitar 1000x.

Microscope Key Uses Sample Images

Menggunakan noda fluoresen

untuk menghasilkan gambar;
dapat digunakan untuk
mengidentifikasi patogen, untuk
menemukan spesies tertentu,
untuk membedakan sel hidup
dari sel mati, atau untuk
Fluorescenc menemukan lokasi molekul
e tertentu di dalam sel; juga
digunakan untuk
imunofluoresensi.

Contoh: Pseuodomonas putida

diwarnai dengan pewarna
fluoresen untuk
memvisualisasikan kapsul

Menggunakan laser untuk

memindai beberapa bidang-z
secara berurutan, menghasilkan
banyak gambar dua dimensi,
resolusi tinggi pada berbagai
kedalaman yang dapat
dikonstruksi menjadi gambar tiga
dimensi oleh komputer,
Confocal menjadikannya berguna untuk
memeriksa spesimen tebal
seperti biofilm.

Contoh: Escherichia coli

diwarnai dengan pewarna oranye
 
acridine untuk menunjukkan
daerah nukleoid sel.

Menggunakan teknik
pemindaian, fluorokrom, dan
cahaya dengan panjang
gelombang panjang (seperti
inframerah) untuk menembus
Two-photon jauh ke dalam spesimen tebal
seperti biofilm.

Contoh: Sel usus tikus diwarnai

dengan pewarna fluoresen
Table 2. Electron Microscopes[3]

Ini menggunakan berkas elektron yang difokuskan dengan magnet untuk menghasilkan gambar.
Pembesaran: 20–100.000 x atau lebih.

Microscope Key Uses Sample Images

Menggunakan berkas elektron yang

melewati spesimen untuk visual
gambar kecil; berguna untuk
Transmissio mengamati spesimen kecil dan tipis
n (TEM) seperti potongan jaringan dan
struktur subseluler.

Contoh: virus Ebola

Menggunakan berkas elektron untuk

memvisualisasikan permukaan;
berguna untuk mengamati detail
Scanning permukaan tiga dimensi dari
(SEM) spesimen.

Contoh: Campylobacter jejuni

Table 3. Scanning Probe Microscopes

Ini menggunakan probe yang sangat tajam yang melewati permukaan spesimen dan berinteraksi
dengannya secara langsung.
Pembesaran: 100–100.000.000x atau lebih.

Microscope Key Uses Sample Images

Menggunakan probe yang dilewatkan

secara horizontal pada jarak konstan tepat
di atas spesimen saat intensitas arus
diukur; dapat memetakan struktur
permukaan pada tingkat atom; bekerja
paling baik pada bahan konduktor tetapi
Scanning
juga dapat digunakan untuk memeriksa
tunneling bahan organik seperti DNA jika dipasang
(STM) pada permukaan.

Contoh: Gambar rekonstruksi permukaan

pada permukaan emas bersih [Au(100)],
seperti yang divisualisasikan menggunakan
pemindaian mikroskop terowongan.

Atomic force Dapat digunakan dalam beberapa cara,

termasuk menggunakan laser yang
microscopes
difokuskan pada kantilever untuk mengukur
(AFM) pembengkokan ujung atau probe yang
dilewatkan di atas spesimen sementara
ketinggian yang dibutuhkan untuk
mempertahankan arus konstan diukur;
berguna untuk mengamati spesimen pada
tingkat atom dan dapat lebih mudah
digunakan dengan sampel nonkonduktor.

Contoh: Gambar tinggi AFM nanocellulse

carboxymethylated diserap pada
 Table 3. Scanning Probe Microscopes

Ini menggunakan probe yang sangat tajam yang melewati permukaan spesimen dan berinteraksi
dengannya secara langsung.
Pembesaran: 100–100.000.000x atau lebih.

Microscope Key Uses Sample Images

permukaan silika.

KONSEP DAN RINGKASAN UTAMA

 Banyak jenis mikroskop menggunakan berbagai teknologi untuk menghasilkan mikrograf. Sebagian
besar berguna untuk jenis spesimen atau aplikasi tertentu.
 Mikroskop cahaya menggunakan lensa untuk memfokuskan cahaya pada spesimen untuk menghasilkan
gambar. Mikroskop cahaya yang umum digunakan termasuk bidang terang, bidang gelap, kontras fase,
kontras interferensi diferensial, fluoresensi, confocal, dan mikroskop dua foton.
 Mikroskop elektron memfokuskan elektron pada spesimen menggunakan magnet, menghasilkan
perbesaran yang jauh lebih besar daripada mikroskop cahaya. Mikroskop elektron transmisi (TEM) dan
mikroskop elektron pemindaian (SEM) adalah dua bentuk umum.
 Scanning probe microscopy menghasilkan gambar dengan perbesaran yang lebih besar dengan
mengukur umpan balik dari probe tajam yang berinteraksi dengan spesimen. Mikroskop probe termasuk
scanning tunneling mikroskop (STM) dan mikroskop kekuatan atom (AFM).

PILIHAN GANDA
1. Manakah pilihan terbaik untuk melihat struktur internal protista hidup seperti Paramecium?
a. mikroskop brightfield dengan noda
b. mikroskop brightfield tanpa noda
c. mikroskop darkfield
d. mikroskop elektron transmisi
Jawaban c. Mikroskop medan gelap akan menjadi pilihan terbaik untuk melihat struktur internal
protista hidup.
2. Jenis mikroskop apa yang sangat berguna untuk melihat struktur tebal seperti biofilm?
a. mikroskop elektron transmisi
b. mikroskop elektron pemindaian/scanning
c. mikroskop fase kontras
d. mikroskop laser pemindaian confocal
e. mikroskop kekuatan atom
Jawaban d. Mikroskop laser pemindaian confocal sangat berguna untuk melihat struktur tebal
seperti biofilm.
3. Jenis mikroskop mana yang menjadi pilihan terbaik untuk melihat struktur permukaan sel yang sangat
kecil?
a. mikroskop elektron transmisi
b. mikroskop elektron pemindaian/scanning
c. mikroskop brightfield
d. mikroskop darkfield
e. mikroskop fase kontras
 Jawaban b. Mikroskop elektron pemindaian akan menjadi pilihan terbaik untuk melihat struktur
permukaan sel yang sangat kecil.
4. Jenis mikroskop apa yang menggunakan stop annular?
a. mikroskop elektron transmisi
b. mikroskop elektron pemindaian
c. mikroskop medan terang
d. mikroskop medan gelap
e. mikroskop fase kontras
Jawaban e. Mikroskop fase kontras menggunakan stop annular.
5. Jenis mikroskop apa yang menggunakan kerucut cahaya sehingga cahaya hanya mengenai spesimen
secara tidak langsung, menghasilkan gambar yang lebih gelap pada latar belakang yang lebih terang?
a. mikroskop elektron transmisi
b. mikroskop elektron pemindaian
c. mikroskop brightfield
d. mikroskop darkfield
e. mikroskop fase kontras
Jawaban d. Mikroskop medan gelap menggunakan kerucut cahaya.

ISI BAGIAN YANG KOSONG

1. Kromofor yang menyerap dan kemudian memancarkan cahaya disebut __________.
Kromofor yang menyerap dan kemudian memancarkan cahaya disebut fluorokrom.
2. Dalam mikroskop (n) _______, probe yang terletak tepat di atas spesimen bergerak ke atas dan ke
bawah sebagai respons terhadap gaya antara atom dan ujung probe.
Dalam mikroskop mikroskop gaya atom (atomic), probe yang terletak tepat di atas spesimen bergerak
naik dan turun sebagai respons terhadap gaya antara atom dan ujung probe.
3. _______ adalah perbesaran total spesimen yang dilihat dengan lensa okuler standar dan lensa objektif
40x.
400x adalah perbesaran total spesimen yang dilihat dengan lensa okuler standar dan lensa objektif 40x.