IDENTIFIKASI POTENSI INHIBITOR POLIMERISASI TUBULIN OLEH 3D-QSAR,

DOCKING MOLEKUL DAN DINAMIKA MOLEKUL

TUJUAN
Untuk mendapatkan inhibitor tubulin baru melalui teknik pemodelan molekul 3D-QSAR,
docking molekuler dan dinamika molekul (MD) simulasi.

LATAR BELAKANG
Salah satu peran terpenting untuk agen antivaskular adalah mengganggu dinamika mikrotubulus
tubulin, menghambat mitosis secara indusi dan menyebabkan kematian. Protein tubulin yg telah
menjadi target utama untuk penemuan obat antikanker dimasa lalu. Agen antimitosis berperan
penting dalam oabt antokanker saat ini. CA-4 dengan kuat menghambat polimerasi tubulin
dengan mengikat kolsikin. CA-4 menunjukkan efek sitotoksik yang kuat terhadap berbagai jenis
sel kanker, termasuk sel kanker ysng resisten terhadap berbagai obat.

METODE DAN SOFTWARE

A. Metode
1. 3D-QSAR
a. CoMFA --> Sterik, elektrostatik
b. CoMSIA --> Sterik, elektrostatik, hidrofobik, ikatan hidrogen-donor, ikatan hidrogen-
aseptor
2. Molecular docking
3. Simulasi MD
a. MM/GBSA
b. MM/PBSA

B. Software
1. Molecular modeling: SYBYL-X 2.1
2. Struktur yg diminimalkan: BFGS20 dgn MMFF94 force field dan MMFF94 charge.

PEMBAHASAN
A. Data set
- Dilakukan pembuatan model 3D QSAR inhibitor polimerisasi tubulin dengan
pengumpulan struktur dan aktivitas inhibisi dari analog CA-4
- Data yang didapatkan sulit dibandingkan, dianalisis dan nilai aktivitas CA-4 tidak sama
- Maka dilakukan metode nomalisasi data untuk menghilangkan kesalahan melalui kurva
pIC50 dan persentase senyawa
- Deskriptor yang digunakan sebaga variabel independen adalah The CoMPA dan
CoMSIA
- Sampel secara acak dibagi menjadi satu set pelatihan 50 senyawa (83,3%) dan satu set tes
dari 10 senyawa (16,7%), masing-masing. Senyawa pelatihan dan test set yang dipilih
berdasarkan distribusi data biologis dan keanekaragaman struktural
B. Hasil statistik CoMFA dan CoMSIA
CoMFA memberikan crossvalidated q 2 dari 0,724 dengan jumlah optimal komponen,
(ONC) 6 dan persegi koefisien korelasi FFI sien r 2 dari 0,974. Standard error dari
estimasi, (SEE) nilai adalah 0,073 dan F- nilai statistik adalah 270,623.
 C. Model Validasi Eksperimental
- Dilakukan untuk lebih memverifikasi keandalan dan kemampuan prediksi dari model
- Aktivitas inhibisi yang disintesis dari analog CA-4 adalah sit 1, sit 2, sit 4 dan sit 8
- Polimerisasi tubulin digunakan untuk mengevaluasi dan memprediksi dalam penelitian
ini
- CA-4 digunakan sebagai senyawa standar
- IC50 untuk sit 1, 2, 4 dan 8 adalah 9,5 mm, 14,2 mm, 20,3 mm, 54,5 mm, CA-4 yaitu 2,9
mm.
- pIC50 untuk sit 1,2,4,8 adalah 0,515, 0690, 0,845 dan 1,274, sit 1 memiliki aktivitas
inhibitor yang tinggi
- hasil dari CoMFA dan CoMSIA relatif konsisten, meskipun sedikit berbeda namun
kesalahan dapat diterima kecuali sit 8 konsistensi dan perbedaan relatif besar karena
timbulnya CA-4 posfat, sedangkan model yang dibuat berdasarkan derivatif netral.
D. Analisis docking
- Dilakukan untuk memahami aktivitas antara CA-4, 22 dan 22a-22c untuk polimerisasi
tubulin
- Beberapa asam amino utama berintraksi dengan senyawa 22c pada site ikatan 3UT5
- Sebagian besar berinteraksi secara elektrostatik dan pada asp98, ala100 dan gly143
berikatan secara van der waals dengan senyawa 22c.
- Hasil docking korelasi dengan CoMFA dan CoMSIA contohnya nitryl dan karboksil
cincin B di 22c mendukung pembentukan interaksi ikatan hidrogen yang stabil dan
meningkatkan aktivitas.
E. Prediksi ADMET (absorbsi, distribusi, metabolisme, ekresi dan toksisitas)
- Tingkat absorbsi CA-4, 22, 22a, 22b adalah 0 artinya dapat diserap dengan baik oleh
membran sel
- Tingkat absorbsi 22c adalah 1 artinya memiliki tingkat daya serap moderat
- Tingkat kelarutan (bioavailabilitas) baik pada semua kandidat obat kecuali CA-4 (tingkat
3), sisanya memiliki tingkat kelarutan rendah (tingkat 2)
- 22c paling ampuh karena bioavailabilitasnya baik, tidak terikat kuat dengan protein
pembawa dalam darah (level 1 : 90-95%)
- Hepatotoksisiras probabilitas diprediksi pada molekul yang dirancang adalah 70-80%,
dan yang paling rendah adalah CA-4 (91,3%).

KESIMPULAN
- Identifikasi Analog CA-4 sebagai inhibitor polimerisasi tubulin dilakukan dengan kombinasi
teknik desain obat dibantu komputer yaitu penelitian 3D-QSAR, docking molekul, simulasi
MD dan mengikat perhitungan energi bebas.
- Simulasi MD berhasil dijalankan dijalankan dengan menghitung ikatan energi bebas.
- Model 3D-QSAR yang dibuat menunjukan kualitas statistik yang signifikan dan memiliki
kemampuan prediktif yang sangat baik.
- Berdasarkan hasil docking, inhibitor poten baru (22a-22c) telah dirancang dan diprediksi.
Total energi bebas yang mengikat senyawa dirancang jauh lebih negatif daripada CA-4 dan
dapat disintesis.
- Studi 3D QSAR dan MD menunjukan bahwa atom F dari ikatan rangkap di cis stilbene dapat
meningkatkan aktivitas inhibisi analog CA-4.