TEKNOLOGI BIOPROSES

ENZIM POLIMERASE
(LIASE)

Kelompok : 4
Kelas : 2A
Anggota Kelompok :
1. Muyassarah (33117005)
2. Sastriani (33117010)
3. Ardiansyah (33117014)
4. Srisitisugiastuti B (33117018)

JURUSAN TEKNIK KIMIA

POLITEKNIK NEGERI UJUNG PANDANG
2019
PENGERTIAN ENZIM

Enzim merupakan suatu protein yang bertugas sebagai katalis dalam suatu reaksi
metabolisme di dalam tubuh makhluk hidup dari tingkat yang paling sederhana hingga ke
tingkat yang lebih kompleks. Enzim tidak ikut bereaksi dalam reaksi yang dikatalis, akan
tetapi enzim dapat mempercepat reaksi yang terjadi. Enzim memiliki sifat yang unik, ia
hanya akan bereaksi pada substrat tertentu, suhu tertentu, dan pH tertentu. Ia tidak dapat
bekerja secara optimal apabila substratnya, suhu reaksi, dan pH reaksi tidak spesifik.

ENZIM POLIMERASE (LIASE)

Definisi

Polimerase Liase adalah enzim yang memecah ikatan C-C, C-O, C-N, dan ikatan lainnya
dengan cara lain selain hidrolisis atau oksidasi. Enzim-enzim ini berbeda dari enzim lainnya
di dalam dua substrat yang terlibat dalam satu arah reaksi, tapi hanya satu yang ada dalam
arah yang lain. Saat beraksi dalam substrat tunggal, sebuah molekul tereliminasi dan ini
menghasilkan baik ikatan rangkap ataupun cincin yang baru. Nama sistematis terbentuk
berdasarkan pada "liase kelompok substrat". Dalam nama umum, digunakan ekspresi seperti
dekarboksilase, aldolase, dll. "Dehidratase" digunakan untuk enzim-enzim yang
mengeliminasi air. Pada kasus dimana reaksi kebalikan itu lebih penting, atau hanya satu
yang ditunjukkan, "sintase" mungkin digunakan sebagai namanya.

Sistem Tata Nama

Pada saat baru beberapa enzim yang dikenal, penamaan enzim dilakukan tanpa
memperhatikan acuan tertentu seperti emulsin, ptyalin. Penamaan tersebut tidak memberikan
informasi yang jelas. Setelah makin banyak enzim ditemukan, enzim-enzim tersebut
diidentifikasi dengan penambahan akhiran ase pada nama substrat yang dikatalisisnya.
Sebagai contoh misalnya enzim yang mengkatalisis pemecahan lipid (hidrolisis lipid = lipos)
disebut lipase; Enzim yang menggunakan pati (amilum = amylos) sebagai substratnya disebut
amilase. Seiring dengan perkembangan zaman, dimana makin banyak enzim yang ditemukan,
para ahli biokimia berpendapat penamaan tersebut tidak memadai, ketika ditemukan berbagai
enzim yang mengatalisis reaksi yang berbeda terhadap substrat yang sama. Misalnya ada
beberapa enzim yang menggunakan glukosa 6 fosfat sebagai substrat yaitu fosfo heksosa
isomerase, glukosa 6 fosfatase, glukosa 6 fosfat dehidrogenase dan fosfoglukomutase.
Kenyataan tersebut dapat membingungkan, karena memberi nama yang sama pada enzim-
enzim yang berbeda.

Pada perkembangan berikutnya, akhiran -ase tetap digunakan, tetapi lebih ditekankan
pada tipe reaksi yang dikatalisisnya (digunakan sebagai akhiran jenis reaksi yang
dikatalisisnya). Sebagai contoh, enzim dehidrogenase mengatalisis pengeluaran hidrogen,
sementara enzim transferase mengatalisis reaksi pemindahan gugus.
Dengan semakin banyaknya enzim yang ditemukan, ketidakjelasan juga semakin tak
terelakkan, dan kerap kali tidak jelas enzim mana yang tengah dibicarakan oleh seorang
penyelidik. Untuk mengatasi permasalahan ini, International Union of Biochemistry (IUB)
telah menyusun sebuah sistem yang kompleks tetapi tidak meragukan bagi peristilahan enzim
yang didasarkan pada mekanisme reaksi, tetapi nama yang lebih pendek dan sudah sering
digunakan sebelumnya tetap digunakan dalam buku ajar dan laboratorium klinik.
Sistem penamaan enzim menurut IUB berdasarkan 4 kaidah pokok, yaitu:

1. Enzim dibagi menjadi enam klas, berdasarkan jenis reaksi yang dikatalisisnya, masing-
masing di bagi lagi menjadi 4-13 subklas.

2. Nama enzim terdiri atas 2 bagian. bagian pertama menunjukkan substrat, sedangkan bagian
kedua menunjukkan tipe reaksi yang dikatalisisnya, ditambah akhiran –ase.
Contoh: 1.1.1.1 Alkohol: NAD oksidoreduktase = alkohol dehidrogenase yang mengkatalisis
dibawahini:
Alkohol + NAD+ ------- + aldehid atau keton + NADH + H+
Sebagai substrat enzim tersebut adalah alkohol, NAD+ bertindak sebagai ko-substrat,
sedangkan oksidoreduktase menunjukkan bahwa enzim tersebut mengkatalisis reaksi
oksidasi-reduksi.

3. Apabila diperlukan informasi tambahan, untuk menjelaskan reaksi, dapat dituliskan dalam
tanda kurung pada bagian akhir. Sebagai contoh misalnya, enzim yang mengatalisis reaksi L-
malat + NAD+ ® piruvat + CO2 + NADH + H + diberi nama 1.1.1.37 L-malat: NAD+
oksidoreduktase (dekarboksilasi). Enzim yang dimaksud mengkatalisis reaksi oksidasi
reduksi yang disertai dengan pelepasan CO2 (dekarboksilasi).
Bandingkanlah dengan enzim 1.1.1.37 L-malat: NAD+ oksidoreduktase yang mengkatalisis
reaksiberikutini:
L Malat: NAD+ → Oksaloasetat + NADH + H+
Reaksinya adalah dehidrogenase, tanpa disertai dekarboksilasi

4. Setiap enzim mempunyai nomor kode (EC) yang terdiri dari 4 nomor. Nomor pertama
menunjukkan klas enzim yang bersangkutan (digit pertama), subklas (digit kedua), dan
subsubklas (digit ketiga). Digit keempat adalah untuk enzim spesifik. Sebagai contoh
misalnya enzim dengan EC 2.7.1.1. Enzim tersebut termasuk ke dalam klas 2 (transferase:
lihat pembagian klas enzim), subklas 7 (transfer fosfat), subsubklas 1 (alkohol merupakan
aseptor fosfat). Digit terakhir menunjukkan enzim yang bersangkutan, yaitu heksokinase atau
ATP: D-heksosa 6-fosfotrasferase, sebuah enzim yang mengatalisis pemindahan fosfat dari
ATP ke gugus hidroksil pada atom karbon keenam molekul glukosa.

Jenis-Jenis

a. DNA polymerase
 DNA polimerase pertama kali ditemukan pada tahun 1957 oleh Arthur Kornberg. Enzim
ini merupakan enzim sentral yang berperan dalam proses replikasi DNA dan reparasi DNA.
Secara garis besar, enzim ini mengkatalisasi reaksi pembentukan DNA dalam sintesis protein.

 Ciri utama DNA polymerase: Pada proses replikasi, DNA polymerase hanya bisa
menempel pada gugus OH (hidroksil) dimana gugus OH hanya ada pada ujung 3’
sedangkan ujung 5’ adalah ujung fosfat
 Ciri kedua DNA polymerase: tidak bisa mensintesis atau menempelkan DNA ke
pasangan-nya jika tidak ada primer (lokomotif). Sifat dari DNA polymerase: dia
hanya bisa mensintesis DNA dari arah 5’-3’ sehingga pertumbuhannya dari 5’-3’
karena penambahan pada ujung 3’, dimana pada ujung 3’ terdapat ujung hidroksil.
 Ciri lain DNA polymerase: tidak bisa mensintesis DNA tanpa adanya primer, primer
yang dipakai adalah RNA (sekitar 4-5 basa dan dilanjutkan DNA). DNA yang
dibutuhkan adalah DNA primase untuk meletakkan RNA pada tempatnya. DNA
primase untuk mensintesis RNA sebagai lokomotif (4-5 basa). Bila lokomotif sudah
jadi maka akan di-take over oleh DNA polymerase, dan yang ditambahkan adalah
DNA

DNA polymerase memiliki dua peran penting dalam proses replikasi DNA, yaitu:

 Elongasi atau pemanjangan rantai menentukan kecepatan berlangsungnya reaksi

polimerisasi (nukleotida per detik), yang dinyatakan sebagai prosesivitas yaitu jumlah
nukleotida yang ditambahkan sebelum enzim DNA polimerase ini melepaskan dirinya
dari rantai cetakan.
 Proofreading merupakan aktivitas mengenali kekeliruan pengkopian dan
memperbaikinya. Memastikan bahwa enzim ini menyisipkan basa nitrogen yang tepat,
dan memiliki aktivitas sebagai 3'à 5' exonuclease (excision of nucleotides) dengan
demikian enzim ini dapat memotong bila terjadi kesalahan. Penelitian pada awal tahun
2010 pada sel jaringan ikat manusia menyatakan ada tiga jenis DNA polimerase yang
terlibat dalam terjadinya pemotongan nukleotida, dalam rangka koreksi terhadap DNA,
yaitu DNA polimerase δ, ε, dan κ 
 DNA polimerase dalam elongasi dan proofreading

Struktur DNA Polimerase diketahui melalui kristalografi sinar x menyerupai tangan

kanan. DNA polimerase dianalogikan terbagi atas tiga bagian yaitu ibu jari, jari-jari tangan
lainnya, serta telapak tangan.

1. Daerah telapak tangan dari DNA polimerase tersusun atas helai beta serta situs
katalis utama pada DNA polimerase. Daerah ini mengikat dua ion logam secara
terpisah dari bagian enzim lainnya, biasanya ion logam yang diikat adalah
ion Magnesium atau Seng. Daerah ini berperan dalam katalisis reaksi transfer gugus
fosfor.
2. Daerah jari-jari tangan lainnya dari DNA polimerase berperan penting saat suatu
pasangan basa yang sesuai terbentuk antara nukleotida dengan cetakannya. Daerah ini
bergerak mengurung nukleotida tersebut, kemudian memicu terjadinya reaksi
katalisis dengan mendekatkan nukleotida tersebut dengan ion-ion logam katalis yang
ada di daerah telapak tangan.
3. Daerah ibu jari dari DNA polimerase tidak secara langsung terlibat dalam dalam
reaksi katalisis, melainkan hanya berinteraksi dengan DNA yang baru saja terbentuk.
Hal ini berfungsi untuk mempertahankan posisi primer dengan situs aktif dari enzim
DNA polimerase ini tetap dekat serta membantu DNA polimerase tetap bergabung
dengan substratnya. Daerah ini juga berperan dalam prosesivitas DNA polymerase.

Struktur 3 dimensi DNA Polimerase beta manusia berserta dengan DNA

b. RNA polymerase
Enzim ini berperan dalam proses pembentukan RNA berupa mRNA, rRNA dan tRNA
dari DNA sebagai cetakannya. RNA polymerase bekerja melalui 3 tahap pada proses yang
disebut sebagai transkripsi (pembentukan RNA). Prosesnya meliputi inisiasi, elongasi, dan
terminasi.
Peran enzim RNA polymerase dalam proses transkripsi yaitu:
 Tahap awal: RNA polymerase membuka pilinan double helix DNA yang terjadi di
sitoplasma sebagai langkah awal dalam transkripsi. Pilinan ini akan dipulihkan
kembali ketika proses transkripsi telah selesai
 Tahap inisiasi: menyalin gen. Pengikatan RNA polymerase terjadi pada tempat
tertentu yaitu tepat didepan gen yang akan ditranskripsi.  Tempat pertemuan antara
gen (DNA) dengan RNA polymerase disebut promoter.
Untuk melakukan penyalinan gen diperlukan enzim RNA polymerase I, II, dan
III. Yang paling banyak digunakan untuk membentuk RNA yang memkode protein
adalah RNA polymerase II. Sedangkan RNA polymerase I untuk pembentukan rRNA,
dan RNA polymerase III untuk pembentukan rRNA dan tRNA.
 Tahap elongasi: Enzim RNA polymerase bergerak sepanjang molekul DNA,
membuka double heliks dan merangkai ribonukleotida ke ujung 3’ dari arah 5’

 Tahap terminasi: Terdisosiasinya enzim RNA polymerase dari DNA dan RNA
dilepaskan sehingga terbentuk RNAm yang baru

Struktur enzim RNA polymerase:

 Sifat-Sifat

Terdapat suatu molekul yang wujudnya sering dikenal sebagai substrat yang nantinya
akan dimaksimalkan semua perubahannya sehingga bisa menjadi molekul dengan wujud
yang lebih sederhana, yakni dalam bentuk produk yang sudah siap untuk proses penyerapan
oleh bagian tubuh. Dalam proses berlangsungnya suatu reaksi biokimia tersebut,  maka enzim
– enzim sudah mampu melakukan percepatan terhadap suatu lintasan metabolisme.

Enzim akan bekerja dengan cara melakukan suatu reaksi secara bersama – sama dengan

suatu molekul yang ada pada substrat. Spesifitas enzim sendiri tergolong sudah sangat tinggi
terhadap bagian substratnya. Substrat merupakan reaktan yang diproses pada suatu reaksi
yang selanjutnya akan dikatalisasi oleh enzim.

1. Digunakan Sebagai Katalisator

Yang pertama, enzim mempunyai sifat – sifat yang berperan sebagai katalisator.
Enzim merupakan katalis yang bisa digunakan untuk melakukan perubahan terhadap
suatu laju reaksi tanpa berperan langsung atau pun ikut serta dalam proses bereaksi. Jika tidak
terdapat keberadaan enzim, maka dalam suatu reaksi dirasa akan sangat sulit terjadi. Berbeda
lagi jika terdapat keberadaan enzim, maka kecepatan reaksi pada enzim akan bisa
mengalami peningkatan pesat dari awalnya 107 sampai 1013 kali. 

Misalnya seperti pada enzim katalase yang mempunyai kandungan ion besi (Fe) dan
mampu melakukan penguraian sebanyak 5 juta molekul khususnya hidrogen peroksida
(H2O2) setiap menitnya pada 00C. Hidrogen peroksida hanya bisa mengalami proses
penguraian oleh atom besi, tetapi waktu yang diperlukan oleh satu atom besi untuk
menguraikan beberapa molekul hydrogen peroksida adalah selama sekitar 300 tahun.
Kemudian satu molekul katalase yang terdapat kandungan satu atom besi akan mengalami
proses penguraian dalam kurun waktu satu detik.

2. Bekerja Secara Spesifik dan Selektif

Cara kerja enzim cenderung lebih spesifik, maksudnya suatu enzim hanya bisa
melakukan proses pengubahan terhadap zat – zat tertentu saja. Dengan kata lain, ternyata
enzim hanya bisa ikut andil dalam mempengaruhi satu reaksi saja dan tidak bisa memberi
pengaruh terhadap reaksi lain yang bukan termasuk bidangnya. Satu enzim yang bersifat
khusus untuk satu substrat, contohnya pada enzim katalase yang hanya bisa melakukan
hidrolisis terhadap H2O2 sehingga menghasilkan  H2O dan juga O2.

3. Mempunyai Sifat Bolak – Balik

Sifat-sifat yang terdapat pada enzim berikutnya ialah untuk membantu pekerjaan secara
bolak-balik dengan alasan bisa ikut melakukan reaksi tanpa adanya suatu pengaruh
terhadap hasil akhir dan akan melakukan pembentukan kembali terhadap hasil reaksinya
yakni sebagai enzim.

Ketika enzim ikut andil dalam melakukan suatu reaksi, semua struktur kimia pada enzim
akan berubah, tetapi pada proses akhir reaksi yang sudah terjadi, semua struktur kimia enzim
akan mengalami pembentukan kembali ke bentuk seperti semula.

Contohnya pada enzim lipase yang bisa melakukan pengubahan terhadap lemak

kemudian menghasilkan asam lemak dan juga gliserol. Namun sebaliknya, enzim lipase
juga mampu melakukan proses penyatukan terhadap gliserol dan juga asam lemak sehingga
bisa menjadi lemak seperti semula.

Enzim tidak hanya bisa melakukan penguraian terhadap molekul yang bersifat
kompleks, tetapi juga bisa melakukan proses pembentukan terhadap molekul yang
mempunyai sifat kompleks dari molekul-molekul yang mempunyai sifat sederhana
penyusunnya (yakni proses reaksi bolak-balik).

4. Bisa Dikatakan Seperti Protein

Enzim mempunyai sebagian besar dari sifat yang ada pada protein yakni sehingga sangat
dpengaruhi oleh pH dan juga suhu. Pada suhu yang relatif rendah protein enzim
akan berlangsung suatu proses yang disebut dengan koagulasi dan pada suhu yang
relatif tinggi protein enzim akan berlangsung suatu proses yang disebut dengan denaturasi.

5. Mempunyai Sifat Termolabil

Suhu merupakan salah satu komponen yang bisa mempengaruhi aktivitas enzim. Apabila
suhu relatif rendah, maka kerja enzim akan berubah menjadi semakin lambat. Semakin
tingginya kondisi suhu yang ada saat proses terjadinya reaksi kimia dan dipengaruhi oleh
enzim, maka kerja enzim akan menjadi semakin cepat. Namun apabila kondisi suhu terlalu
tinggi, maka enzim secara otomatis akan mengalami proses denaturasi.

6. Hanya diperlukan dalam jumlah sedikit

Karena enzim mempunyai fungsi yang digunakan sebagai katalisator, namun tidak
ikut serta dalam proses reaksi, maka jumlah yang akan digunakan sebagai bahan katalis tidak
membutuhkan terlalu banyak. Biasanya satu molekul enzim bisa melakukan
aktivitas kerjanya secara berulang kali, selama kondisi molekul tersebut tidak
mengalami kerusakan.

7. Merupakan Koloid
Karena enzim pada dasarnya terbentuk dari komponen – komponen protein, maka sifat-
sifat yang ada pada enzim masuk ke dalam kategori koloid. Enzim mempunyai
bagian permukaan antar partikel yang tentunya sangat besar yang menyebabkan bidang
aktivitasnya secara otomatis menjadi ikut besar. 

8. Mampu Menurunkan Energi Aktivasi

Suatu proses reaksi kimia bisa terjadi apabila molekul yang ikut andil di dalamnya
mempunyai energi internal yang cukup untuk digunakan membawanya ke bagian puncak
bukit energi dan selanjutnya menuju ke bentuk reaktif yang dinamakan sebagai tahap transisi.

Energi aktivasi yang ada pada suatu reaksi merupakan jumlah energi dalam bentuk kalori

yang dibutuhkan dalam upaya membawa semua bagian molekul yang ada pada 1 mol
senyawa di suhu tertentu dan kemudian akan menuju suatu tingkat transisi (perantara) pada
titik puncak sebagai batasan energi.

Jika suatu proses reaksi kimia dimasukkan katalis seperti misalnya enzim, maka energi

aktivasi yang ada akan bisa dengan mudah dikontrol penurunannya dan pada akhirnya reaksi
yang ada akan berjalan dengan ritme yang tentunya lebih cepat.

Dapat diambil kesimpulan bahwa artikel mengenai sifat – sifat enzim di atas yang diulas
secara detail dan dikemas dengan menarik, diharapkan bisa membantu memudahkan anda
dalam mempelajari serta memahaminya lebih dalam lagi.

Sehingga nantinya mungkin bisa anda jadikan sebagai bahan referensi saat belajar dan
menambah wawasan baru bagi anda. Sampai disini dulu ya artikel kali ini yang membahas
mengenai sifat – sifat enzim. Semoga bermanfaat bagi sobat sekalian dan terima kasih sudah
meluangkan sedikit waktunya untuk membaca artikel saya ini.

Senyawa Yang Diurai

1. Subkelas ini berisi sub-subkelas dekarboksilase, aldehid-liase

yang berperan pada reaksi pembalikan kondensasi aldol, dan asam-okso liase
mengkatalisis pembelahan asam 3-hidroksi atau reaksi kebalikannya. Berikut ini adalah
contoh dari enzim dekarboksilasi pada pembentukan histamin dari histidin.

2. Liase C-O
Enzim yang mengkatalisis pemutusan ikatan C-O. Subkelas ini dibagi lagi menjadi 3 sub-
subkelas. Hidro-liase bekerja dengan c ara mengeliminasi H2O.Sub-subkelas lainnya
bekerja dengan mengeliminsi alkohol dari polisakarida atau mengeliminsi phospat.
 Contoh nya yaitu enzim fumarase yang bekerja pada pembentukan asam malat dari asam
fumarat yang terjadi pada siklus asam sitrat.

3. Liase C-N
Enzim ini bekerja dengan melepaskan amonia atau derivatnya, sementara pada saat yang
bersamaan membentuk ikatan rangkap atau cincin. Beberapa katalis juga ada yang benar-
benar mengeliminasi amonia, amina dan amida. Berikut ini adalah contoh reaksi yang
dikatalisis oleh enzim C-N liase (L-serine ammonia-liase):
>C(-OH)-CH(-NH2)- >CH2-CO- + NH3

4. Liase C-S
E.C 4.4 Karbon Sulfida Lyase
Karbon Sulfida Lyase adalah Enzim yang mengkatalisis pemutusan ikatan karbon-
belerang dengan cara selain hidrolisis atau oksidasi.
Salah satu enzim spesifik yang termasuk sub golongan enzim E.C.4.4 adalah
Cystathionine gamma-liase (atau cystathionase). Cystathionine gamma-liase (atau
cystathionase) adalah enzim yang memecah cystathionine menjadi sistein dan α-
ketobutyrate. Piridoksal fosfat adalah kelompok prostetikenzimini.
Gamma lyase-Cystathionine juga mengkatalisis reaksi eliminasi sebagai berikut:
  - L-homoserine untuk membentuk H2O, NH3 dan 2-oxobutanoate
  - L-sistin, memproduksi thiocysteine, piruvat dan NH3
   -  L-sistein piruvat memproduksi, NH3 dan H2S

Dalam beberapa bakteri dan mamalia, termasuk manusia, enzim ini mengambil bagian
dalam menghasilkan hidrogen sulfida.
5. Liase C-halida
Salah satu contoh dari manfaat enzim ini yaitu dengan menggunakan mekanisme yang
mengeliminasi HCl dari dikloro-difenil-trikloroetan (DDT), yaitu sejenis pestisida
sintetik.

6. Liase P-O
Pada subkelas ini,terdapat enzim yang disebut dengan ‘nucleotidyl-cyclases’. Pada
dasarnya enzim ini bekerja dengan mengeliminasi difosfat dari nukleotida trifosfat.
Berikut ini adalah salah satu contoh dari enzim subkelas liase P-O yaitu adenylate-cyclase
yang mengkatalisis konversi dari ATP menjadi 3’,5’-cyclic AMP (cAMP).