Ekosistem utama di daerah pesisir adalah ekosistem mangrove yang biasa terdapat di pesisir pantai

ataupun pesisir sungai, ekosistem lamun yang berada di perairan dangkal.

Ekosistem mangrove merupakan ekosistem peralihan antara darat dan laut yang dikenal memiliki
peran dan fungsi sangat besar. Secara ekologis mangrove memiliki fungsi yang sangat penting dalam
memainkan peranan sebagai mata rantai makanan di suatu perairan, yang dapat menumpang
kehidupan berbagai jenis ikan, udang dan moluska. Perlu diketahui bahwa hutan mangrove tidak
hanya melengkapi pangan bagi biota aquatik saja, akan tetapi dapat juga menciptakan suasana iklim
yang kondusif bagi kehidupan biota aquatik, serta memiliki kontribusi terhadap keseimbangan siklus
biologi di suatu perairan menurut Imran (2016), ekosistem hutan mangrove merupakan salah satu
ekosistem yang memiliki produktivitas tinggi dibandingkan ekosistem lain dengan dekomposisi
bahan organik yang tinggi, dan menjadikannya sebagai mata rantai ekologis yang sangat penting bagi
kehidupan mahluk hidup yang berada di perairan sekitarnya. Materi organik menjadikan hutan
mangrove sebagai tempat sumber makanan dan tempat asuhan berbagai biota seperti ikan, udang
dan kepiting.

Lamun (seagrass) merupakan salah satu ekosistem yang penting pada daerah pesisir. Ekosistem
lamun berperan penting sebagai produsen dalam jaring makanan daerah pesisir (Susetiono, 2004
dalam Trisnawati, 2012). Secara ekologi lamun mempunyai beberapa fungsi yang penting di daerah
pesisir, yaitu merupakan sumber makanan penting bagi banyak organisme (dalam bentuk detritus).
Padang lamun merupakan produsen primer organik tertinggi dibanding ekosistem laut dangkal
lainnya dan merupakan suatu ekosistem bahari yang menunjang produktivitas perairan. Lamun
merupakan tumbuhan yang sudah sepenuhnya beradaptasi dengan lingkungan laut, sehingga
mampu melaksanakan penyerbukan dengan perantaraan air (hydrophilous ). Sama dengan
ekosistem mangrove, lamun juga memiliki peranan ekologis, selain sebagai produktivitas primer,
morfologi daunnya dapat sebagai substrat bagi biota lain, maupun untuk meredam pukulan ombak,
gelombang ke arah pantai.