Menurut Soebagio (2005), kromatografi penukar ion dapat digunakan antara lain untuk
pemurnian, pemekatan dan pemisahan analitik.
a) Pemurnian
Salah satu pemakaian terpenting penggunaan kromatografi penukar ion adalah untuk
membebaskan ion-ion yang berasal dari garam-garam yang terdapat di dalam air (air
bebas ion = deionized eater=pemurnian air). Pembuatan air sering disebut juga aqua
demineralization memberikan keuntungan besar bagi para analis kimia untuk
menganalisis zat-zat kimia yang konsentrasinya berada dalam ukuran mikro atau
ultramikro (konsentrasi analitnya berada pada satuan konsentrasi ppm atau ppb).
b) Pemekatan
Bahan-bahan ionic yang berada dalam konsentrasi sangat rendah (konstituen renik =
trace) seringkali dapat dipekatkan dengan kolom penukar ion dan kemudianmengelusinya
dengan pengelusi yang cocok. Pemekatan unsur-unsur renik dari air lautdilakukan dengan
cara ini.
c) Pemisahan analitik
Penggunaan terpenting kromatografi penukar ion adalah untuk pemisahan analitik.
Disamping untuk pemisahan asam-asam amino dan ion-ion logam, kromatografi penukar
ion yang digunakan untuk memisahkan anion-anion dan ion-ion logam alkali dan alkali
tanah.
Analisis kuantitatif penukar ion dari ion-ion pada tingkatan konsentrasi ppm, dapat
dilakukan menggunakan teknik otomatis kromatografi ion yaitu Kromatografi Cair
Kinerja Tinggi (KCKT).