MAKALAH REVIEW JURNAL “IN SILIKO INVESTIGASI METABOLIT

SEKUNDER ECHINODERMATA SEBAGAI VIRUS MANUSIA

IMMUNODEFICIENCY TYPE 1 (HIV-1) REVERSE TRANSCRIPTASE
INHIBITORS”

Dosen :

Apt. Alvi Kusuma Wardani, M.Farm

Disusun oleh :

Nama : 1. Iche Rama Saputri (2020E1C021)

2. Meri Kartika Maulida (2020E1C033)
3. Lismarwati (2020E1C030)
4. Ainun Mutmainah (2020E1C003)
Kelas : 4A

Kelompok : 5

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

FAKULTAS ILMU KESEHATAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH MATARAM
TAHUN AJARAN 2022/2023
 KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT. Atas berkat

rahmat,nikmat dan hidayah-Nya penulis mampu menyelesaikan makalah
ini. Shalawat beserta salam semoga tetap dilimpahkan kepada Nabi
Muhammad SAW, beserta segenap keluarga, sahabat serta pengikutnya yang
setia.
Makalah yang penulis beri judul “IN SILIKO INVESTIGASI
METABOLIT SEKUNDER ECHINODERMATA SEBAGAI VIRUS
MANUSIA IMMUNODEFICIENCY TYPE 1 (HIV-1) REVERSE
TRANSCRIPTASE INHIBITORS ” dibuat dengan tujuan untuk memenuhi
tugas mata kuliah Farmasi Bahari oleh Ibu Apt. Alvi Kusuma Wardani, M.Farm.
Dalam penulisannya, penulis mengalami beberapa kendala. Namun, beruntung
penulis dapat menyelesaikan makalah ini dengan lancar.
Penulis sadar bahwa makalah ini memiliki kelemahan dan kekurangan.
Oleh karena itu, penulis memohon maaf atas kekurangan tersebut. Penulis juga
senantiasa membuka tangan untuk menerima kritik dan saran yang
membangun agar kelak penulis bisa berkarya lebih baik lagi.
Harapan penulis, semoga karya kecil ini bisa bermanfaat bagi kita
semua. Semoga pula makalah ini dapat berfungsi sebagaimana mestinya.

Mataram, 15 Mei 2022

Penulis

1
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ............................................................................................ 1

DAFTAR ISI ........................................................................................................... 2
BAB 1 ..................................................................................................................... 3
PENDAHULUAN .................................................................................................. 3
BAB II ..................................................................................................................... 6
REVIEW JURNAL ................................................................................................. 6
A. PENGANTAR ............................................................................................. 6
B. METODE ........................................................................................................ 6
C. HASIL DAN DISKUSI .................................................................................. 7
D. KESIMPULAN .............................................................................................. 8
BAB III ................................................................................................................... 9
PEMBAHASAN JURNAL ..................................................................................... 9
DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... 10

2
 BAB 1
PENDAHULUAN

Human Immunodeficiency Virus atau sering disebut HIV adalah sebuah virus
yang menyerang sistem kekebalan tubuh manusia dan membuat sistem kekebalan
tubuh tidak bekerja secara efektif untuk melawan infeksi dan penyakit. Pengidap
HIV rentan terserang berbagai macam penyakit dikarenakan sel kekebalan tubuh nya
dirusak oleh virus HIV, kumpulan penyakit yang menyerang tubuh pengidap HIV
inilah yang disebut AIDS. Pada tahap AIDS, kekebalan tubuh untuk melawan infeksi
dan penyakit sudah hilang sepenuhnya. Para pengidap HIV/AIDS biasa disebut
dengan ODHA.

Virus HIV menyebar melalui beberapa cairan tubuh manusia contohnya

adalah darah, ASI (Air Susu Ibu), tranfusi darah, cairan vagina dan sperma. Tetapi
tidak semua cairan dalam tubuh dapat menjadi media penularan virus HIV. Beberapa
contoh cairan tubuh lainnya yang tidak dapat menularkan virus HIV yaitu adalah
keringat,urine,air liur. Virus HIV juga tidak menyebar melalui udara seperti halnya
influenza dan batuk. Penyebaran virus HIV dapat disebabkan oleh penggunaan jarum
yang tidak steril atau sudah terinfeksi virus tersebut. Selain itu perilaku seks bebas
dan perilaku seks menyimpang dapat menjadi penyebab utama seseorang terjangkit
virus HIV.

Penyakit virus HIV tidak hanya menyerang orang dewasa saja tetapi juga
dapat menyerang anak-anak kecil bahkan sejak anak-anak dalam kandungan. Hal itu
dapat terjadi dikarenakan orang tua tidak tahu jika terjangkit penyakit HIV/AIDS
sehingga ketika mengandung, anak yang dikandung ikut tertular penyakit HIV/AIDS
sejak dini.

Pengobatan untuk menghilangkan virus HIV secara total memang belum

ditemukan, namun terdapat langkah pengobatan yang cukup efektif untuk dijalani
ODHA. ODHA dapat menerapkan pola hidup sehat dan melakukan berbagai vaksin
secara tepat waktu. Selain itu terdapat terapi yang dapat dijalani oleh ODHA yaitu
terapi ART (antiretroviral), terapi ini dijalani dengan cara ODHA mengkonsumsi
obat-obatan antiretroviral atau biasa dikenal dengan nama antiretroviral. Obat

3
antiretroviral berfungsi untuk menekan jumlah virus yang merusak sistem kekebalan
tubuh ODHA sehingga akan meningkatkan status imun ODHA dan ODHA dapat
terhindar dari infeksi penyakit lain.

Kombinasi penggunaan obat antiretroviral terhadap masing-masing penderita

akan berbeda-beda dikarenakan HIV dapat mudah beradaptasi dan menjadi kebal
terhadap satu golongan obat antiretroviral. Penderita nantinya akan diberikan
kombinasi dari beberapa golongan antiretroviral.

Berikut contoh beberapa golongan antiretroviral yaitu:

1) NRTI (Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors) Golongan antiretroviral ini

akan menghambat perkembangan virus HIV di dalam sel tubuh penderita.
2) NNRTI (Non-nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitors) Jenis antiretroviral ini
akan bekerja dengan menghilangkan protein yang dibutuhkan virus HIV untuk
menggandakan diri
3) Protease inhibitors Golongan antiretroviral jenis ini akan menghilangkan protease,
protease adalah jenis protein yang dibutuhkan HIV untuk memperbanyak diri.
4) Integrase inhibitors Jenis antiretroviral ini akan menghilangkan integrase yaitu,
protein yang digunakan HIV untuk memasukkan materi 3arkers ke dalam sel-sel
CD4.
5) Entry inhibitors antiretroviral jenis ini akan menghalangi HIV untuk memasuki
sel-sel CD4

Dengan menjalani pengobatan menggunakan obat antiretroviral, ODHA harus

meminum obat berbentuk 2-3 pil dalam 1-2 kali perharinya selama seumur hidup
secara tepat waktu dan tidak boleh terputus. Namun, terkadang beberapa penderita
lupa untuk meminum obatnya karena jumlah obat yang diminum penderita cukup
banyak. Tetapi, baru-baru ini terdapat pilihan terapi antiretroviral yang lebih
sederhana yaitu antiretroviral jenis Fixed Dose Combination. ODHA hanya cukup
meminum obat antiretroviral ini 1 butir sekali dalam 1 hari. Di dalam sebutir obat ini
telah tergabung 3 bahan aktif yang dibutuhkan oleh penderita yaitu Tenofofir +
Lamivudine + Efavirenz (Tdf+3TC+EVZ). Jika ODHA terlupa dalam meminum
obatnya akan menimbulkan terjadinya resistensi obat antiretroviral dalam tubuh

4
penderita dapat diminimalisir. Resistensi obat adalah suatu keadaan dimana obat
antiretroviral tersebut tidak ampuh lagi untuk menekan virus HIV sehingga obat
antiretroviral harus diganti dengan jenis kombinasi yang lainnya.

5
 BAB II
REVIEW JURNAL

A. PENGANTAR
Pada bagian pengantar dijelaskan bahwa lingkungan laut dikenal sebagai
sumber daya senyawa yang unik dan kuat dengan sifat farmakologis seperti
antitumor, antiinflamasi, analgesik, inmunomodulator, antialergik dan aktivitas
antivirus. Namun sayangnya senyawa dari laut belum banyak diteliti berbeda
dengan senyawa yang ada d darat. Senyawa dari laut baru diteliti, dikumpulkan,
diekstraksi, dan dieksplorasi secara kimia sejak pertengahan akhir tahun 1960-
an. Sebagai perbandingan, senyawa dari lingkungan terestrial telah dieksploitasi
oleh manusia selama lebih dari 3000 tahun. senyawa baru/entitas kimia baru
yang khas pada lingkungan laut cenderung berbeda dari organisme darat. sumber
daya laut dapat memberikan kandidat senyawa alternatif untuk obat aktif baru
untuk pengobatan berbagai penyakit, seperti human immunodeficiency virus tipe
1 (HIV-1), penyakit yang masih menjadi masalah kesehatan masyarakat global
yang utama

B. METODE
B.1 Persiapan ligan
Struktur dua dimensinya disusun oleh data mining berbagai jurnal,
struktur tiga dimensinya dibuat di MarvinSketch

B.2 Persiapan makromerokuler

Makromolekul diunduh dari Bank Data Protein menggunakan kode
3LP1, Makromolekul kemudian dibuat dengan memisahkan dari pelarut,
ligan, dan residu tidak standar lainnya menggunakan AutoDockTools.
Peneliti kemudian mengoptimalkannya dengan menghapus molekul air,
menambahkan atom hidrogen nonpolar, muatan, dan medan gaya, dan
dengan meminimalkan struktur menggunakan AutoDockTools.
Makromolekul yang telah disiapkan disimpan dalam file

B.2 Pemutaran virtual

Skrining virtual dilakukan dengan HIV-1 RT menggunakan fungsi
AutoDock dari PyRx. Parameternya adalah sebagai berikut: Ruang
pencarian di sekitar kantong penjilidan, 18,75 × 18,75 × 18,75 ; jumlah
generasi maksimum, 27.000; jumlah energi maksimum evaluasi,
250.000; jumlah individu dalam populasi, 150; jumlah algoritma genetika
yang dijalankan, 10; tingkat mutasi gen, 0,02; dan tingkat crossover, 0,8.
Parameter ini dioptimalkan dalam penelitian sebelumnya

6
C. HASIL DAN DISKUSI
C.1 Persiapan makromolekul
Peneliti menyiapakan mekromolekul dengan mencari basis data protein
dan menghapus residu yang tidak standar. Residu nonstandar
ligan nevirapine, ion mangan (II), dan LP8 kemudian dipisahkan dari
struktur sebagai molekul pengenal. Atom hidrogen yang umumnya tidak
teridentifikasi dalam struktur kristal kemudian ditambahkan untuk
memanipulasi ikatan hidrogen dengan ligan yang ditambahkan. Medan gaya
AutoDock kemudian diterapkan dengan biaya Gasteiger sebagai default
umum untuk docking di aplikasi AutoDock. Koordinat tempat pengikatan
nevirapine ditentukan sebagai kontrol positif dan tempat pengikatan
ditentukan sebagai x = 10,350, y = 14,076, dan z = 18,252. Grid ditetapkan
pada 50 × 50 × 50 unit pada 0,375 . Penentuan koordinat target reseptor ini
sesuai dengan penelitian sebelumnya

C.2 Persiapan data base ligan

Disini dijelaskan bahawa basis data besa yang digunakan dan
dikembangkan dalam percobaan ini terdiri dari nama ligan dari International
Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC), struktur 2D dan 3D, nama
spesies dari mana senyawa tersebut diekstraksi/isolasi, dan tindakan
farmakologis (jika ada) dan
referensi. . Data dari berbagai jurnal diperoleh dari PubChem Open
Chemistry Database. Atom hidrogen ditambahkan karena fungsi penilaian
perangkat lunak membutuhkan atom hidrogen polar dan nonpolar. Muatan
gasteiger dan medan gaya AutoDock ditambahkan karena umumnya
digunakan dalam perangkat lunak AutoDock. Beberapa senyawa yang
disusun dari jurnal sudah memiliki nama, sedangkan yang lain hanya
memiliki nama IUPAC. Untuk memudahkan docking dan analisis

C.3 Analisis hasil penyaringan firtual

Skrining virtual dilakukan untuk 127 senyawa yang diidentifikasi
dengan data mining dari beberapa jurnal. Tes skrining virtual aktivitas
penghambatan RT ligan diurutkan dan diberi peringkat berdasarkan
nilai G. Senyawa dengan nilai G terendah ditempatkan pada peringkat
pertama. Setelah melaukan penyaringan ditemukan 13 senyawa
peringkat teratas. Senyawa-senyawa tersebut dipilih untuk dianalisis
lebih jauh berdasarkan nilai ikatan energi yang lebih unggul dan kontrol
positif.

C.4 Visualisasi hasil penyaringan virtual

7
 Secara khusus, ikatan hidrogen terbentuk melalui
interaksi antara atom hidrogen yang terikat secara kovalen pada
atom donor elektronegatif dengan atom akseptor elektronegatif.
Interaksi ini penting untuk protein dan terjadi terutama antara
kelompok NH dan CO dari rantai -heliks utama. Ikatan hidrogen
antara makromolekul dan ligan mereka (protein, asam nukleat,
substrat, efektor, dan inhibitor) memberikan kontribusi arah dan
spesifisitas interaksi dan berfungsi sebagai mediator dasar
pengenalan molekul.

C.5 Analisis dan visualisasi interaksi antar senyawa dari echinodermata dan
target makromolekul menggunakan AutoDock
Analisis LigandScout dan visualisasi struktur 2D dan 3D
mengidentifikasi dua ikatan hidrogen. Dalam salah satunya, nobilisidenol
B menyediakanmdonor ikatan hidrogen dan akseptor dari residu asam
amino Tyr318 yang sama. Gugus fungsi nobilisidenol B yang bertindak
sebagai donor ikatanH (HB1) dan akseptor (HB2) terdiri dari gugus
hidroksil dari inti fenantrena, dengan jarak masing-masing 3,2 dan 2,8 .
Jarak ini diukur menggunakan PyMOL dan menunjukkan bahwa HB1
adalah ikatan H sedang dan HB2 adalah ikatan H lemah. Selain itu,
interaksi hidrofobik diidentifikasi antara nobilisidenol B dan residu asam
amino Ile180, Leu100, Tyr181, Val106, dan Val179

D. KESIMPULAN
Pencarian database dan literatur senyawa kimia dari echinodermata
mengungkapkan 127 senyawa kandidat. Skrining virtual berikutnya
untuk aktivitas penghambatan RT menggunakan AutoDock
mengidentifikasi nobilisidenol B, Ech_005, 17- deoxyholothurinogenin, 22,25-
Oxidoholothurinogenin, Ech_022, Ech_026, Ech_021, nobilisidenol A,
Ech_025, 5α-cholest-3ß,7α- -diol, astropekten A, Ech_004, dan phrygiasterol
sebagai kandidat obat anti-HIV yang berpotensi tinggi.

8
 BAB III
PEMBAHASAN JURNAL

Secara garis besar jurnal ini membahas tentang senyawa dari laut yang bisa
digunakan sebagai obat untuk menyembuhkan HIV atau obat anti-HIV. Dan dalam
silikon percobaan docking molekuler untuk mengidentifikasi senyawa yang paling
menjanjikan yang dapat diisolasi dari echinodermata sebagai inhibitor HIV-1 reverse
transcriptase (RT).
Dengan menggunakan beberapa langkah metode seperti persiapan ligan, persiapan
makromolekul, pengoptimalan parameter docking dan pemutaran virtual. Sehingga
didapatkan hasil penyaringan virtual ditemukan tiga belas senyawa peringkat teratas
adalah nobilisidenol B, Ech_005, 17-deoxyholothurinogenin, 22,25-
oxidoholothurinogenin, Ech_022, Ech_026, Ech_021, nobilisidenol A, Ech_025, 5α-
cholest-8(14)-ene-3ß ,7α-diol, astropekten A, Ech_004, dan phrygiasterol. Senyawa ini
dipilih untuk analisis lebih lanjut berdasarkan nilai ikatan energi yang lebih unggul dari
kontrol positif. Senyawa ini dipilih untuk analisis lebih lanjut berdasarkan nilai ikatan
energi yang lebih ungguh dari kontrtol positif. Etravirine diidentifikasi sebagai non-
nucleoside RT inhibitor (NNRTI) dan memiliki energi ikatan 8,82 kkal/mol [28]. Semua
senyawa dipilih berdasarkan aktivitas anti-HIV-nya. Berdasarkan penelusuran dan
tinjauan literatur, ketiga belas senyawa ini belum pernah diidentifikasi sebagai anti-HIV
atau RT inhibitor sebelumnya. Setelah mengidentifikasi senyawa teratas berdasarkan
peringkat, situs aktifnya diamati dari validasi dan penyaringan virtual hasil docking dan
divisualisasikan menggunakan LigandScout. Setelah menganalisis dan
memvisualisasikan ikatan kimia dan interaksi antara kokristal atau kontrol positif dan
target reseptor, interaksi antara senyawa bioaktif yang divalidasi dari echinodermata dan
RT dianalisis dan divisualisasikan dalam hal panjang ikatan hidrogen menggunakan
PyMOL. Dalam percobaan ini, interaksi yang paling penting adalah gaya antarmolekul
yang lemah yang terdiri dari ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik.
Intinya Interaksi antara ion Lys101 dan SO42− patut mendapat perhatian khusus
karena mereka belum dikenali dalam penelitian sebelumnya tentang situs pengikatan
NNRTI. Oleh karena itu, tidak ada obat NNRTI yang disetujui oleh FDA yang
melaporkan interaksi ikatan ionik dengan Lys101. Oleh karena itu, karena gugus SO 2−
yang berpartisipasi dalam interaksi ionik dengan Lys101, senyawa echinodermata
Ech_005, Ech_021, dan Ech_022 merupakan kandidat obat NNRTI yang menjanjikan,
bersama dengan tiga belas senyawa peringkat teratas lainnya.
Ada 127 senyawa kandidat. Namun yang berpotensi tinggi sebagai obat anti-HIV
adalah nobilisidenol B, Ech_005, 17- deoxyholothurinogenin, 22,25-
Oxidoholothurinogenin, Ech_022, Ech_026, Ech_021, nobilisidenol A, Ech_025, 5α-
cholest-3ß,7α- -diol, astropekten A, Ech_004, dan phrygiasterol

9
DAFTAR PUSTAKA
Kusumawati, D. (2019). TINGKAT KEPATUHAN PASIEN PENDERITA HUMAN
IMMUNODEFICIENCY VIRUS-ACQUIRED IMMUNE
DEFICIENCY SYNDROME (HIV-AIDS) DALAM MENGONSUMSI
OBAT ANTIRETROVIRAL (ARV) DI DEPO RAWAT JALAN
RUMAH SAKIT DR. SAIFUL ANWAR MALANG (Doctoral
dissertation, Akademi Farmasi Putera Indonesia Malang).

Nazwir, N., Yanuar, A., & Syahdi, R. R. (2020). In Silico investigation of

echinodermata secondary metabolites as human immunodeficiency virus
type 1 (HIV-1) reverse transcriptase inhibitors. International Journal of
Applied Pharmaceutics, 12(Special Issue 1), 51-55.

10