KONTROL PASCA TRANSKRIPSI

Banyak langkah dalam jalur dari RNA ke protein diatur oleh sel untuk
mengontrol ekspresi gen. Sebagian besar gen dianggap diatur pada berbagai
tingkatan, meskipun kontrol inisiasi transkripsi (kontrol transkripsi) biasanya
mendominasi. Namun, beberapa gen ditranskripsi pada tingkat konstan dan
dihidupkan dan dimatikan hanya oleh proses pengaturan pasca transkripsi. Proses-
proses ini meliputi:

1. Pelemahan transkrip RNA dengan penghentian prematurnya

Pada bakteri, ekspresi gen tertentu dihambat oleh terminasi dini

transkripsi, sebuah fenomena yang disebut atenuasi transkripsi. Dalam beberapa
kasus ini rantai RNA yang baru lahir mengadopsi struktur yang menyebabkannya
berinteraksi dengan RNA polimerase sedemikian rupa untuk membatalkan
transkripsinya. Ketika produk gen diperlukan, protein pengatur berikatan dengan
rantai RNA yang baru lahir dan mengganggu pelemahan, memungkinkan
transkripsi molekul RNA lengkap.

Dalam transkripsi eukariota dapat terjadi dengan sejumlah mekanisme

yang berbeda. Dalam adenovirus dan HIV (virus AIDS manusia), protein yang
berkumpul di promotor akan menentukan apakah polimerase akan dapat melewati
situs pelemahan spesifik atau tidak. Protein ini dapat berbeda dari satu jenis sel ke
jenis berikutnya, dan sel dapat mengontrol tingkat pelemahan gen tertentu.

2. Pemilihan situs sambungan RNA alternatif

Beberpa gen ditranskripsi sebagai prekursor mRNA panjang yang

kemudian dipersingkat dengan serangkaian langkah untuk menghasilkan molekul
mRNA yang matang. Salah satu langkah ini adalah penyambungan RNA, di mana
urutan intron dihapus dari prekursor mRNA. Sebagian besar gen eukariotik yang
lebih tinggi akan menghasilkan banyak protein.

Kasus penyambungan RNA alternatif terjadi karena ada "ambiguitas

urutan intron": mekanisme untuk menghapus urutan intron tidak dapat
membedakan dengan baik antara dua atau lebih pasangan alternatif dari situs
sambungan 5' dan 3' , sehingga pilihan yang berbeda dibuat secara acak pada
kondisi yang berbeda. Di mana penyambungan alternatif konstitutif seperti itu
terjadi, beberapa versi protein yang dikodekan oleh gen dibuat di semua sel
tempat gen diekspresikan.

Regulasi penyambungan RNA dapat menghasilkan versi protein yang

berbeda dalam tipe sel yang berbeda, sesuai dengan kebutuhan sel. Protein tirosin
kinase yang dikodekan oleh proto-onkogen src , diproduksi dalam bentuk khusus
di sel saraf melalui mekanisme.

3. Kontrol pembentukan ujung 3' dengan pembelahan dan penambahan

poli-A

Pada eukariota, ujung 3' dari molekul mRNA tidak ditentukan oleh
penghentian sintesis RNA oleh RNA polimerase seperti pada bakteri. Sebaliknya,
akan ditentukan oleh reaksi pembelahan RNA yang dikatalisis oleh faktor
tambahan saat transkrip memanjang. Sebuah sel dapat mengontrol tempat
pembelahan ini untuk mengubah ujung karboksil dari protein yang dihasilkan
(yang dikodekan oleh ujung 3' mRNA).

4. Kontrol transportasi dari nukleus ke sitosol

Transkrip RNA primer rata-rata tampaknya paling banyak 10 kali lebih

lama dari molekul mRNA matang yang dihasilkan dengan penyambungan RNA.
Namun diperkirakan bahwa hanya sekitar seper dua puluh dari total massa RNA
yang pernah dibuat meninggalkan nukleus. Oleh karena itu, sebagian besar dari
transkrip primer dapat sepenuhnya terdegradasi dalam nukleus tanpa pernah
menghasilkan molekul RNA yang mencapai sitoplasma.

RNA terdiri dari urutan yang tidak pernah dibuat menjadi molekul mRNA.
Beberapa molekul mRNA berfungsi pada beberapa jenis sel tetapi pada yang lain
gagal dikirim ke sitoplasma. Hal ini dikarenakan mereka ditargetkan secara
selektif untuk degradasi intranuklear dari nukleus diblokir secara selektif.

Secara khusus, ekspor RNA melalui pori-pori nuklir adalah proses aktif,
dan untuk sebagian besar RNA memerlukan penutup nukleotida spesifik pada
ujung 5' molekul RNA dan ekor poli-A pada ujung 3'.

5. Lokalisasi mRNA ke bagian sel tertentu

Setelah molekul mRNA eukariotik telah dibuat, maka ia akan bertemu

dengan ribosom yang akan menerjemahkannya menjadi rantai polipeptida. Jika
mRNA mengkodekan protein yang dicocokkan untuk disekresikan atau
diekspresikan pada permukaan sel, itu akan diarahkan ke retikulum endoplasma
(ER) dengan urutan sinyal di ujung amino protein; urutan sinyal akan dikenali
segera setelah muncul dari ribosom oleh komponen alat seleksi protein sel.

Peralatan ini kemudian mengarahkan seluruh kompleks ribosom, mRNA,

dan protein nascent ke membran RE, di mana sisa rantai polipeptida disintesis.
Dalam hal lain, seluruh protein disintesis oleh ribosom bebas di sitosol, dan sinyal
dalam rantai polipeptida yang telah selesai kemudian dapat mengarahkan protein
ke tempat lain di dalam sel.

6. Pengeditan RNA

Proses pengeditan RNA, di mana urutan nukleotida transkrip RNA diubah.

Dalam proses ini, ditemukan dalam transkrip RNA yang mengkode protein dalam
mitokondria tripanosoma, satu atau lebih nukleotida U dimasukkan dari daerah
transkrip terpilih yang menyebabkan modifikasi besar baik pada kerangka
pembacaan asli maupun urutan, sehingga mengubah makna pesan.

Pengeditan RNA dari jenis lain lebih terbatas terjadi pada mamalia. Kasus
pertama yang ditemukan melibatkan gen apolipoprotein-B , di mana pengeditan
RNA menghasilkan dua jenis transkrip: di salah satunya, C yang dikodekan DNA
diubah menjadi U, menciptakan kodon stop yang menyebabkan versi terpotong
dari protein besar ini menjadi dibuat dengan cara spesifik jaringan.

7. Kontrol inisiasi translasi

Protein membentuk kompleks dengan GTP dan memediasi pengikatan

tRNA inisiator metionil ke subunit ribosom kecil, yang kemudian berikatan
dengan tutup 5' mRNA dan mulai memindai sepanjang mRNA. Setelah kodon
AUG dikenali, GTP yang terikat dihidrolisis menjadi GDP oleh protein eIF-2,
menyebabkan perubahan konformasi pada protein dan melepaskannya dari
subunit ribosom kecil. Subunit ribosom besar kemudian bergabung dengan yang
kecil untuk membentuk ribosom lengkap yang memulai sintesis protein.

8. Pengaturan degradasi mRNA

Kontrol stabilitas mRNA dalam sel eukariotik paling sering digunakan
untuk mRNA yang menyandikan histon. MRNA ini memiliki waktu kurang lebih
1 jam selama fase sintesis DNA (S) dari siklus sel, ketika histon baru dibutuhkan,
tetapi menjadi tidak stabil dan terdegradasi dalam beberapa menit ketika sintesis
DNA berhenti. Jika sintesis DNA selama fase S dihambat dengan obat, mRNA
histon segera menjadi tidak stabil, karena akumulasi histon bebas tanpa adanya
DNA baru untuk diikat akan meningkatkan laju degradasi mRNA.
Regulasi stabilitas mRNA histone bergantung pada struktur batang dan
loop 3' pendek yang menggantikan ekor poli-A yang ada di ujung 3' mRNA lain.
(. Reaksi pembelahan khusus yang membutuhkan pemasangan basa pada RNA
kecil dalam partikel ribonukleo protein, menciptakan ujung 3' ini setelah mRNA
histon disintesis oleh RNA polimerase II. Jika ujung 3' dipindahkan ke mRNA
lain dengan metode DNA rekombinan, mereka juga menjadi tidak stabil ketika
sintesis DNA berhenti. Jadi, untuk jenis mRNA lainnya, laju degradasi mRNA
histon sangat dipengaruhi oleh sinyal di dekat ujung 3', di mana degradasi mRNA
diperkirakan dimulai.
Jika kodon stop dimasukkan ke tengah urutan pengkodean dalam mRNA
histon, mRNA tidak lagi terdegradasi dengan cepat. Oleh karena itu disarankan
bahwa nuklease yang bertanggung jawab untuk mendegradasi mRNA terikat pada
ribosom dan sebagian besar mRNA histon harus diterjemahkan sebelum nuklease
dapat mulai mencerna ujung 3' mRNA.

9. Pengodean ulang translasi.

Bentuk pengkodean ulang yang paling sering diamati adalah pergeseran

bingkai translasi. Jenis pengkodean ulang ini umumnya digunakan oleh retrovirus,
yang memungkinkan lebih dari satu protein disintesis dari satu mRNA. Virus ini
umumnya membuat protein kapsid (protein Gag) dan transkriptase balik virus dan
integrase (protein Pol) dari transkrip RNA yang sama. Virus membutuhkan lebih
banyak salinan protein Gag dari pada protein Pol, dan banyak virus mencapai
penyesuaian kuantitatif ini dengan memiliki gen gag dan pol dalam bingkai
pembacaan yang berbeda, dengan kodon stop di akhir urutan kode gag yang dapat
dihilangkan dengan pergeseran bingkai translasi yang langka. Pergeseran bingkai
terjadi pada kodon tertentu dalam mRNA dan membutuhkan sinyal pengodean
ulang khusus, yang dianggap sebagai fitur struktural urutan RNA.