RNA-seq Multi-jaringan dan Karakterisasi Ikan

Squalus acanthias dan Penyelidikan Gen Baru

yang Terlibat dalam Osmoregulasi
Nur Azizah
 Latar Belakang
Squalus acantias merupakan organisme ureatolic yang mensintesis dan
mengeluarkan urea sebagai prodak akhir dari metabolisme nitrogen 
mempertahankan sejumlah besar urea dalam rangka untuk mempertahankan
cairan isoosmotik atau sedikit hyperosmotik terhadap air laut
Organ yang terlibat dalam proses tersebut ialah hati, ginjal, usus, insang,
dan kelenjar dubur.
Dengan 2 jalur biosintesis utama yakni (1) siklus ornotine urea (O-UC)
dan (2) jalur degradasi purin
Ikan menyerap kembali sebagian urea dalam nefron dari urine primer mengangkutnya ke
pembuluh darah  mengurangi hilangnya amonia dalam insang dan ginjal untuk sintesis urea.
Biosintesis tersebut difasilitasi oleh morfologi ginjal dan pengangkutan metabolit seperti urea
transporter (UTS), Rh-glikoprotein, aquaporin s, dan tingkat penyerapan Na+, K+, dan Cl-.
Osmolite Na+ dan Cl- dan modifikasi urea internal penting untuk mempertahankan
osmolaritas ikan  sebagai respon terhadap perubahan salinitas ikan.

Squalus acantias dipilih karena :

- Model ikan yang baik untuk osmoregulasi pada ikan tulang rawan
- Model studi transportasi pleksus koroid
- Pernah digunakan sebagai penelitian untuk obat  kandungan senyawa “squamaline” sebagai antimikroba

Tujuan dari penelitian :

(1) Untuk karakterisasi transkriptome Squalus acantias yang komprehensif berdasarkan kualitas tinggi RNA-seq
dari organ ginjal, hati, otak, dan ovarium (2) untuk menyediakan sumber molekul yang panjang dari ikan Squalus
acantias (3) untuk memberikan wawasan osmoregulasi pada ikan Squalus acantias dari organ ginjal dan hati dan
(4) untuk penyelidikan gen yang terlibat dalam osmoregulasi
Penyelidikan gen yang terlibat dalam sintesis urea, transportasi urea, dan transportasi amonia  proses utama
yang berpartisipasi dalam osmoregulasi ikan

* Orthologue untuk hiu gajah, + prediksi protein hiu berduri yang mencakup >70% atau <70%
dari panjang orthologue hiu gajah, (-) tidak ada produk gen yang teridentifikasi
Sintesis Urea
• Banyak gen yang terlibat dalam sintesis urea melalui jalur
degradasi purin dan siklus ornithin urea (O-UC) baik di
hati maupun ginjal. Istilah GO

• Hati
• Jalur degradasi purin : Gen Aln, Allc, dan Uox
Siklus urea GO: 0000050
• Siklus ornithin urea : Arg-2, Otc, Ass 1, Asl, Cpslll, Gs1, dan
Gs2
• Accessosis O-UC : Ornt1 dan Nags Proses katabolik allantoin GO: 0000256
• Ginjal
• Jalur degradasi purin : Allc
Aktivitas Oksidase Urat GO: 0004846
• Siklus ornithin urea : Arg-1-like, Arg 2, Otc, Ass1, Asl, Gs1, dan
Gs2
• Accessosis O-UC :
Aktivitas glutamateammonia GO: 0004356
• Untuk gen Uox, Ornt1, Gs2, Aln, Allc, dan Arg2 ligase
merupakan informasi baru
• CpsIII pada ginjal versi lama dan versi baru memang tidak
sepenuhnya tercakup
Transportasi Urea
• Ada 2 macam gen yang terlibat dalam transportasi urea yaitu Ut-1 dan Aqp3-
like (dua gen aquaporin yang berbeda)
• Macam gen tersebut hanya ditemukan ada pada organ ginjal ikan Squalus
acantias
• Gen Ut-1 diindikasikan bahwa gen baru  karena tidak memiliki kesamaan
kuat dengan gen efUT-1 pada ikan hiu gajah.
• Gen Aqp3-like juga termasuk gen baru yang ditemukan pada organ ginjal.
Transportasi Amonia
• Transcriptome mengungkapkan bahwa gen coding transportasi amonium
dikenal dengan Rh-glycoproteins seperti Rhag, Rhbg, Rhcg, dan Rhp2.
• Gen Rhag, Rhbg, dan Rhp2 ditemukan dalam organ ginjal ikan
 Diskusi
• Analisis transcriptom ikan Squalus acanthias mengungkapkan kehadiran semua
gen yang terlibat dalam dua jalur biosintesis utama untuk sintesis urea.
• Hampir semua gen diekspresikan di dalam hati (jaringan utama yang terlibat
dalam sintesis urea)
• Gen Gs1 dan Gs2 merupakan gen yang berperan dalam sintesa glutamin
pada ikan Squalus acanthias.
• Gs1 membawa sinyal lokalisasi mitokondria
• Gs2 tidak membawa sinyal lokalisasi mitokondria
• Gen Arg-1 dan Arg-2 membawa sinyal lokalisasi mitokondria dengan siklus ornithin urea
(O-UC)
• Gen Arg-1 hanya ditemukan di organ ginjal
• Gen Arg-2 dominan ditemukan di semua organ namun untuk ikan Squalus acanthias seperti di ginjal, hati,
dan ovarium
• Hanya Gen Ut-1 yang terlibat pada transportasi urea
• Gen Aquaporin (Aqp1-like, Aqp9, Aqp4, dan Aqp15) merupakan gen yang terlibat dalam
transport air  ada kaitan peran dengan transport urea dan amonia
• Gen Rh-glycoprotein (Gen Rhag, Rhbg, dan Rhp2) merupakan gen yang terlibat dalam
transport amonia
 Kesimpulan
• Pada penelitian ini, telah dilaporkan urutan informasi gen baru yang terlibat
dalam osmoregulasi urea pada jenis ikan Squalus acantias