KONSENTRASI BIOKIMIA DAN BIOLOGI MOLEKULER

PROGRAM STUDI MAGISTER ILMU BIOMEDIK

SEKOLAH PASCASARJANA UNIVERSITAS HASANUDDIN
TAHUN AJARAN 2018/2019

SENTRAL DOGMA
NENG MIRA ATJO/P062181009
MATA KULIAH: GEN-EKSPRESI DAN REGULASI
DOSEN PENGAMPU: Dr.dr.IKA YUSTISIA, M.Sc
 SUB POKOK BAHASAN

1.The RNA World and the origin of life

2. RNA Interference, Small RNAs, CRISPR

and the other noncoding RNAs
 The RNA World and the origin of life
Kita telah melihat bahwa ekspresi informasi turun-temurun merupakan mekanisme yang
sangat rumit yang berasal dari DNA menjadi protein melalui perantara RNA.
Mekanisme ini menyajikan paradoks sentral: jika asam nukleat diperlukan untuk
mensintesis protein dan pada akhirnya protein pun diperlukan untuk mensintesis asam
nukleat, sehingga ada pertanyaan bagaimana awal mula sistem komponen tersebut saling
tergantung satu sama lain?
Jawabannya adalah Dunia RNA ada di Bumi telah ada jauh sebelum sel-sel yang lebih
kompleks ada.
Single-Stranded RNA Molecules Can Fold into Highly Elaborate Structures
Seleksi in vitro dari ribozim sintetis.

Dimulai dengan kumpulan besar molekul asam

nukleat yang disintesis di laboratorium, molekul
RNA langka yang memiliki aktivitas katalitik
tertentu dapat diisolasi dan dipelajari. Contoh
spesifik ribozim autofosforilasi.
Selama langkah autofosforilasi, molekul RNA
dijaga agar tetap encer untuk mencegah
"silang" fosforilasi molekul RNA tambahan.
Dengan demikian, bahan yang awalnya dari
kolom diubah kembali menjadi DNA, diperkuat
banyak lipatan (menggunakan reverse
transcriptase dan PCR), ditranskripsi kembali
menjadi RNA, dan mengalami putaran seleksi
berulang.
RNA Can Both Store Information and Catalyze Chemical Reactions

Molekul RNA memiliki satu sifat yang kontras dengan yang

ada pada polipeptida: yaitu dapat secara langsung memandu
pembentukan salinan dari urutan mereka sendiri.
Kapasitas ini tergantung pada pasangan basa pelengkap dari
subunit nukleotidanya, yang memungkinkan satu RNA untuk
bertindak sebagai template untuk pembentukan yang lain.
Mekanisme templementasi pelengkap ini terletak di jantung
replikasi dan transkripsi DNA dalam sel yang kompleks.
 How Did Protein Synthesis Evolve?
Proses molekuler yang mendasari sintesis protein dalam sel saat ini tampak sangat
kompleks. Seperti proses transkripsi DNA, perbaikan DNA, dan replikasi DNA. Sangat
sulit membayangkan bagaimana sintesis protein berevolusi karena sekarang dilakukan
oleh sistem protein dan RNA yang saling bertautan.
Sama menariknya dengan dunia RNA tentang kehidupan awal, dimana tidak
menjelaskan bagaimana sistem sintesis protein modern muncul. Meskipun hanya dapat
memperkirakan tentang asal-usul kode genetik, beberapa pengamatan eksperimental
telah memberikan bukti yang nyata.
Saat ini dalam sel, beberapa peptida pendek (seperti antibiotik) disintesis tanpa
ribosom; Enzim peptida sintetase menyusun peptida ini, dengan urutan asam amino
yang tepat, tanpa mRNA untuk memandu sintesisnya. Sangat masuk akal bahwa versi
ini, versi primitif dari sintesis protein yang pertama kali dikembangkan di dunia RNA, di
mana ia akan dikatalisasi oleh molekul RNA.
 Sebagaimana telah diketahui rRNA mengkatalisasi
pembentukan ikatan peptida dalam sel. Namun, tidak
dijelaskan bagaimana kode genetik yang merupakan
inti dari sintesis protein dalam sel saat ini pertama
kali muncul.
Kita tahu bahwa ribozim yang dibuat di laboratorium
dapat melakukan reaksi aminoasililasi khusus; dimana
dapat mencocokkan asam amino spesifik dengan
tRNA spesifik.
 Karena itu, mungkin saja adaptor yang menyerupai tRNA,
yang masing-masing dicocokkan dengan asam amino
tertentu, dan muncul di dunia RNA, menandai awal dari
kode genetik.
Setelah sintesis kode protein berkembang, transisi ke dunia
yang didominasi protein dapat dilanjutkan, dengan protein
akhirnya mengambil alih sebagian besar tugas katalitik dan
struktural karena fleksibilitasnya yang lebih besar, dengan 20
subunit yang berbeda.
Meskipun masih dini, muncul keyakinan dengan konsistensi
dengan sifat-sifat RNA dan molekul protein yang diketahui.
 All Present-Day Cells Use DNA as
Their Hereditary Material

Jika spekulasi evolusi yang

terkandung dalam hipotesis dunia
RNA adalah benar, sel-sel awal akan
berbeda secara fundamental dari
sel-sel yang kita kenal sekarang
dalam menyimpan informasi
herediterinya dalam RNA daripada
dalam DNA.
Bukti bahwa RNA muncul sebelum DNA dalam evolusi dapat ditemukan dari
perbedaan kimianya. Ribosa, seperti glukosa dan karbohidrat sederhana
lainnya, dapat dibentuk dari formaldehida (HCHO), bahan kimia sederhana
yang mudah diproduksi dalam percobaan laboratorium yang mencoba
mensimulasikan kondisi di Bumi zaman primitif.
Gula deoksiribosa lebih sulit dibuat, dan dalam sel saat ini dihasilkan dari
ribosa dalam reaksi yang dikatalisis oleh enzim protein, menunjukkan bahwa
ribosa mendahului deoksiribosa dalam sel. Agaknya, DNA muncul di tempat
kejadian kemudian, tetapi kemudian terbukti lebih cocok daripada RNA
sebagai repositori permanen informasi genetik.
Perbedaan lain antara RNA dan DNA — struktur heliks ganda DNA dan
penggunaan timin daripada urasil — semakin meningkatkan stabilitas DNA
dengan membuat banyak kecelakaan yang tak terhindarkan yang terjadi pada
molekul jauh lebih mudah diperbaiki.
 RNA Interference, Small RNAs , CRISPR and the other
noncoding RNAs
 RNA Interference
Gagasan bahwa molekul RNA terlibat
langsung dalam regulasi ekspresi gen dimulai
dengan pengamatan yang membingungkan.
Kelopak tanaman petunia biasanya berwarna
ungu muda. Pada tahun 1990, dua kelompok
peneliti melaporkan upaya untuk
memperdalam warna bunga dengan
memperkenalkan salinan gen tambahan yang
mengkode enzim yang memproduksi pigmen.
Yang mengejutkan para peneliti, kehadiran
gen ekstra menyebabkan kelopak kehilangan
pigmentasi mereka daripada menjadi lebih
berpigmen gelap seperti yang diharapkan.
Small RNA : miRNA dan piRNA
Pada tahun 1993, diketahui bahwa embrio C. elegans yang tidak memiliki gen lin-4 tidak
dapat berkembang menjadi larva stadium akhir yang normal. Pada tahun itu, Victor
Ambros, Gary Ruvkun, dan rekan-rekan mereka di Universitas Harvard melaporkan
bahwa gen lin-4 mengkode RNA kecil yang melengkapi segmen-segmen di wilayah 3 of
yang tidak diterjemahkan dari mRNA spesifik yang mengkode protein LIN-14.
Mereka mengusulkan bahwa, selama pengembangan larva, lin-4 RNA berikatan dengan
mRNA komplementer, menghalangi terjemahan pesan, yang memicu transisi ke tahap
perkembangan selanjutnya. Mutan yang tidak dapat menghasilkan lin-4 RNA kecil
memiliki tingkat protein LIN-14 yang abnormal tinggi dan tidak dapat beralih secara
normal ke tahap larva selanjutnya. I
ni adalah contoh jelas pertama pembungkaman ekspresi gen RNA, tetapi beberapa tahun
berlalu sebelum kepentingan yang lebih luas dari temuan ini dihargai. Pada tahun 2000,
ditunjukkan bahwa salah satu dari RNA cacing kecil ini - spesies 21-nukleotida yang
disebut let-7 - sangat lestari selama evolusi. Manusia, misalnya, mengkodekan beberapa
RNA yang identik atau hampir identik dengan let-7. Pengamatan ini menyebabkan
ledakan minat pada RNA ini.
miRNAs : A Class of Small RNAs that
Regulate Gene Expression
Telah dibuktikan beberapa tahun
terakhir bahwa baik tanaman maupun
hewan menghasilkan koleksi RNA kecil
bernama microRNAs (miRNAs) karena
ukurannya yang kecil, sehingga
diabaikan selama beberapa dekade.
Seperti yang pertama kali ditemukan
pada nematoda, atau dalam jaringan
tertentu dari tanaman atau hewan,
dan dianggap berperan sebagai
pengatur. Contoh dari ekspresi selektif
miRNA spesifik selama pengembangan
ikan zebra
 Ukuran miRNA, panjang kira-kira 21-24 nukleotida, hamper sama
dengan kisaran ukuran siRNA yang terlibat dalam RNAi. Hal ini seperti
kebetulan, karena miRNA diproduksi oleh bagian pengolahan yang sama
dengan yang bertanggung jawab untuk pembentukan siRNA. miRNA dan
siRNA mungkin dianggap sebagai "sepupu," karena keduanya bertindak
dalam jalur pembungkaman RNA posttranskripsi.
Namun, ada perbedaan penting. SiRNA berasal dari produk double-
strand dari virus atau elemen transposable, dan ia menargetkan
transkrip yang sama dari mana ia muncul. Sebaliknya, miRNA dikodekan
oleh segmen konvensional genom dan menargetkan mRNA tertentu
sebagai bagian dari program seluler normal. Dengan kata lain, siRNA
berfungsi terutama untuk menjaga integritas genom, sedangkan miRNA
berfungsi terutama untuk mengatur ekspresi gen.
piRNAs : A Class of Small RNAs

Studi terbaru menunjukkan bahwa sel kuman hewan mengekspresikan kelas

yang berbeda dari RNA kecil, yang disebut RNA yang berinteraksi dengan piwi
(atau piRNA) yang menekan pergerakan elemen transposable dalam garis
kuman.
piRNA mendapatkan namanya dari protein yang dengannya mereka secara
khusus berasosiasi. Protein ini disebut PIWI, dan mereka adalah subkelas dari
keluarga Argonaute, keluarga protein yang sama yang berasosiasi dengan siRNA
dan miRNA sebagai bagian dari kompleks RISC mereka.
Peran protein PIWI telah dipelajari dengan baik pada lalat buah, di mana
penghapusan protein ini menyebabkan defek pada penekanan gerakan
transposon dalam sel germinal dan pada akhirnya pada kegagalan pembentukan
gamet. piRNA dan protein PIWI yang terkait juga diperlukan untuk keberhasilan
pembentukan gamet pada tikus jantan, meskipun tidak pada tikus betina
Ada sejumlah perbedaan penting antara piRNA dan si/miRNA :
(1) piRNA lebih panjang daripada RNA kecil, berukuran panjang sekitar 24-32
nukleotida;
(2) Mayoritas piRNA mamalia dapat dipetakan ke sejumlah kecil lokus genom
besar, beberapa di antaranya dapat mengkodekan ribuan piRNA yang
berbeda;
(3) piRNA dapat melakukan proses amplifikasi dan menghasilkan salinan
piRNA tambahan
(4) Pembentukan piRNA tidak melibatkan pembentukan prekursor dsRNA
atau pembelahan oleh ribonuklease Dicer. Sebaliknya, biogenesis piRNA
tampaknya bergantung pada endonuklease RNA untai tunggal yang disebut
Zucchini, yang bekerja pada transkrip primer untai panjang tunggal untuk
melepaskan piRNA pendek. PiRNA tersebut yang aktif di dalam sel terhadap
elemen transposable kemudian diplplikasi pada langkah berikutnya.
 CRISPR and other Noncoding RNAs
Baik siRNA dan piRNA berevolusi sebagai pertahanan
terhadap elemen genomik yang berbahaya, baik genom virus
atau transposon. Perbedaan utama adalah pada bagaimana
mereka muncul - siRNA diproduksi oleh setiap RNA untai
ganda dalam sel, yang merupakan ciri khas dari genom virus,
sementara piRNA dikodekan dalam genom inang, dan
menyediakan inang dengan pertahanan yang dikodekan
secara genetika, siap untuk menyerang transkrip apa pun
dengan urutan yang sama. Strategi terakhir ini juga digunakan
oleh banyak bakteri melalui jalur berbasis RNA yang dikenal
sebagai CRISPR
CRISPR: Noncoding RNA di Bakteri
Di dalam genom bakteri ada lokus genomik yang mengandung
segmen DNA pendek yang identik dengan urutan dari DNA virus
bakteriofag, Dan dipisahkan oleh sekuens DNA berulang. Lokasi
berulang ini disebut Clustered Regularly Interspaced Short
Palindromic Repeats, atau CRISPRs.
Urutan virus diperoleh dari virus yang menginvasi nenek moyang sel
bakteri, dan keberadaannya dalam genom bakteri merupakan
memori dari serangan sebelumnya. Lokus CRISPR ditranskripsi
sebagai molekul RNA beruntai tunggal yang panjang, seperti
prekursor piRNA. Kemudian, sekuens RNA kecil individu, yang
disebut single-guide RNA (sgRNA) atau CRISPR RNA (crRNA) dipotong
dan dimuat ke protein yang disebut cas9.
Cas9 menggunakan sgRNA terikat untuk menemukan target
dan memotong DNA apa pun dengan urutan homologi ke
RNA panduan.
Meskipun sistem ini berevolusi dalam bakteri untuk
mempertahankan diri terhadap virus dengan membelah
genom virus DNA, sistem CRISPRcas9 telah direkayasa untuk
bekerja dalam sel eukariotik.
Dengan mengekspresikan cas9 dalam sel bersama dengan
urutan panduan tunggal yang sesuai, dimungkinkan untuk
membuat jeda DNA beruntai ganda dalam genom sel.
Other Noncoding RNAs
Beberapa penelitian menimbulkan pertanyaan apakah ada perbedaan
mendasar antara gen dan wilayah antar gen; pernyataan bahwa
transkripsi dapat dimulai di semua jenis situs tak terduga dalam genom
dan transkrip tumpang tindih satu sama lain secara luas.
Studi lain mengungkapkan bahwa sel-sel sering mentranskripsi kedua
helai elemen DNA, menghasilkan RNA indera dan RNA antisense.
Beberapa antisense RNA disintesis oleh polimerase yang awalnya terikat
pada promotor gen penyandi protein dan kemudian pindah ke hulu dari
situs tersebut di sepanjang untai berlawanan dari kromosom, yaitu,
dalam arah yang berlawanan dari molekul polimerase yang menyalin gen
sendiri.
 Sama seperti DNA sel atau organisme yang membentuk genomnya dan protein yang
dihasilkannya juga merupakan proteom, RNA yang disintesis oleh sel atau organisme
membentuk transkriptomya. Mengapa transkripom sel mamalia begitu besar? Dengan
kata lain, mengapa sel menuliskan semua jenis urutan DNA yang berbeda-beda ini?
Kami tidak tahu jawaban untuk pertanyaan dasar ini.
Menurut satu sudut pandang, banyak dari aktivitas transkripsi meresap ini hanyalah
"suara latar" yang menyertai proses kompleks ekspresi gen. Para pendukung sudut
pandang ini mengutip hasil studi pada tikus di mana blok genom yang tidak memiliki
gen penyandi protein telah dihapus. Ditemukan dalam penelitian ini bahwa tikus sehat
dapat berkembang walaupun mereka tidak dapat mensintesis RNA nonkode (ncRNA)
yang biasanya dihasilkan dari sekuens DNA yang dihapus.
Menurut sudut pandang yang berbeda, banyak RNA nonkode yang diproduksi terlibat
dalam beragam kegiatan regulasi yang belum diidentifikasi. Pendukung posisi ini
mengutip hasil yang menunjukkan bahwa transkripsi pervasive ini tidak acak; banyak
transkrip nonkode menampilkan pola distribusi spesifik jaringan yang berbeda dan
dapat direproduksi, dan asalnya dapat ditelusuri ke lokus spesifik dalam genom.
 Perlu diingat bahwa setelah dekade terakhir ini keberadaan siRNA, miRNA,
dan piRNA terungkap, dan kemungkinan jenis ncRNA kecil lainnya belum
terdeteksi. Tidak semua transkrip nonkode berukuran kecil. Sejumlah ncRNA,
panjang (> 200 basa) dikonservasi secara evolusioner (mis., XIST, HOTAIR, dan
AIRE) yang berfungsi sebagai pengatur struktur kromatin atau transkripsi gen
juga telah ditemukan.
Studi genomik menunjukkan bahwa ada ribuan ncRNA panjang yang
dilindungi (lncRNA), dan beberapa yang fungsi biologisnya telah diidentifikasi
hanyalah puncak gunung es. Bahkan mungkin bahwa hasil transkripsi yang
luas dari genom mamalia memegang kunci untuk menjelaskan mengapa kita
memiliki jumlah gen yang kira-kira sama dengan organisme yang kita yakini
jauh lebih kompleks .
Terlepas dari penjelasan yang sebenarnya, satu poin jelas: Ada banyak hal
yang tidak kita pahami tentang banyak peran RNA dalam sel eukariotik.
TERIMA KASIH