CHRISBANINGRUM P ( 191148201073 )
FEBYOLA ZASKIA A.K ( 191148201082)
GRESTIANTI PUTRI YEHUDA ( 191148201084 )
JENLY ADINATA ( 191148201090 )
SANYA ALIYA ANANDA ( 191148201091 )
K.R ALFREDA KRAWING ( 191148201093 )
RISKY ASRINA MORIJAN ( 191148201101 )
Pada tahun 1960, Werner Arber & Hamilton Smith menemukan enzim dari mikroba yang dapat memotong DNA
utas ganda. Enzim tersebut mengenal dan memotong DNA pada sekuen spesifik yang panjang 4 sampai dengan 6 pasang
basa. Enzim tersebut dikenal dengan enzim restriksi atau enzim endonuklease restriksi. Setiap enzim restriksi mengenal
sekuens dan situs pemotongan yang khas. Enzim restriksi memotong DNA bukan pada sembarang tempat, tetapi
memotong DNA pada bagian tertentu. Bagian pada DNA yang dikenai aksi pemotongan oleh enzim restriksi ini
dinamakan sekuens pengenal. Suatu sekuens pengenal adalah urutan nukleotida (urutan basa) tertentu yang dikenal oleh
enzim restriksi sebagai tempat atau bagian yang akan dipotongnya. Enzim restriksi (Endonuklease) adalah enzim yang
berasal dari bakteri, yang dapat memotong rantai DNA (double stranded) atau RNA. Dalam bakteri enzim ini berfungsi
sebagai perlindungan diri dengan cara memotong DNA pada sisi pemotongan tertentu. Ada tiga tipe enzim restriksi
endonuklease yaitu tipe I, II dan III. Enzim restriksi endonuklease tipe I dan III jarang digunakan, karena hasil
pemotongannyatidak tepat pada sekuens yang diinginkan, sedangkan enzim restriksi endonuklease tipe II dapat
memotong tepat atau dekat dengan sekuens yang diinginkan. DNA tersusun atas empat basa nukleotida yaitu A
(adenine), G (guanine), C (cytosine) dan T (thymine). Enzim restriksi ini hanya akan memotong DNA pada tempat
tertentu saja, yaitu jika ia menemukan susunan palindrom yaitu urutan basa yang jika dibaca dari kedua utas DNA akan
tetap sama.
Salah satu contoh enzim retriksi adalah Enzim EcoRI yang telah diisolasi pertama kali oleh Herbert Boyer pada tahun 1969 dari bakteri
Escherichia coli. Enzim EcoRI Memotong DNA pada bagian yang urutan basanya adalah GAATTC ( sekuens pengenal bagi EcoRI adalah
GAATTC ). Didalam sekuens pengenal tersebut, Enzim EcoRI memotongnya tidak pada sembarang situs tetapi hanya memotong pada
bagian atau situs antara G dan A. Pada DNA utas ganda, sekuens GAATTC ini akan berpasangan dengan sekuens yang sama tetapi
berlawanan arah. Enzim EcoRI ini memotong setiap utas dari utas ganda tersebut pada bagian anatara G dan A. Sebagai akibatnya,
potongan-potongan atau fragmen-fragmen DNA utas ganda yang dihasilkan akan memiliki ujung berutas tunggal. Ujung seperti ini yang
dikenal dengan istilah sticky ends atau cohesive ends. Secara alami, bakteri menghasilkan enzim restriksi untuk menghancurkan DNA fage
yang menginfeksinya (yang masuk ke dalam sel bakteri) Sampai saat ini sudah banyak jenis enzim restriksi yang telah ditemukan dan
diisolasi dari berbagai spesies bakteri. Nama setiap enzim restriksi diawali dengan tiga huruf yang menyatakan nama bakteri yang
menghasilkan enzim tersebut. Berikut adalah contoh organisme-organisme penghasil Enzim retriksi :
Ada beberapa cara yang dapat digunakan untuk meligasi fragmen-fragmen DNA secara in vitro
yaitu: 1) Ligasi menggunakan enzim DNA ligase dari bakteri. Cara ini hanya dapat digunakan
untuk meligasi sticky end. Dan 2) Ligasi menggunakan DNA ligase dari sel-sel E. coli yang
telah diinfeksi dengan bakteriofag T4 atau lazim disebut sebagai enzim T4 ligase. Cara yang
kedua ini dapat digunakan baik pada ujung lengket maupun pada blunt end.
Suhu optimum bagi aktivitas DNA ligase sebenarnya 37ºC. Akan tetapi, pada suhu ini ikatan
hidrogen yang secara alami terbentuk di antara ujung-ujung lengket akan menjadi tidak stabil
dan kerusakan akibat panas akan terjadi pada tempat ikatan tersebut. Oleh karena itu, ligasi
biasanya dilakukan pada suhu antara 4 dan 15ºC dengan waktu inkubasi (reaksi) yang
diperpanjang (sering kali hingga semalam).
Pada reaksi ligasi antara fragmen-fragmen DNA genomik dan DNA
vektor, khususnya plasmid, dapat terjadi peristiwa religasi atau ligasi
sendiri sehingga plasmid yang telah dilinierkan dengan enzim restriksi
akan menjadi plasmid sirkuler kembali. Hal ini jelas akan
menurunkan efisiensi ligasi. Untuk meningkatkan efisiensi ligasi
dapat dilakukan beberapa cara, antara lain penggunaan DNA dengan
konsentrasi tinggi (lebih dari 100µg/ml), perlakuan dengan enzim
alkalin fosfatase untuk menghilangkan gugus fosfat dari ujung 5’ pada
molekul DNA yang telah terpotong, serta pemberian molekul linker,
molekul adaptor, atau penambahan enzim deoksinukleotidil
transferase untuk menyintesis untai tunggal homopolimerik 3’.
Oleh karena DNA yang dimasukkan ke dalam sel inang bukan hanya DNA rekombinan, maka kita harus
melakukan seleksi untuk memilih sel inang transforman yang membawa DNA rekombinan. Selanjutnya,
di antara sel-sel transforman yang membawa DNA rekombinan masih harus dilakukan seleksi untuk
mendapatkan sel yang DNA rekombinannya membawa fragmen sisipan atau gen yang diinginkan.
Pada dasarnya ada tiga kemungkinan yang dapat terjadi setelah transformasi dilakukan yaitu:
sel inang tidak dimasuki DNA apa pun atau berarti transformasi gagal.
sel inang dimasuki vektor religasi atau berarti ligasi gagal.
sel inang dimasuki vektor rekombinan dengan/tanpa fragmen sisipan atau gen yang diinginkan.
Untuk membedakan antara kemungkinan pertama dan kedua dilihat perubahan sifat yang terjadi pada sel
inang. Jika sel inang memperlihatkan dua sifat marker vektor, maka dapat dipastikan bahwa
kemungkinan kedualah yang terjadi. Selanjutnya, untuk membedakan antara kemungkinan kedua dan
ketiga dilihat pula perubahan sifat yang terjadi pada sel inang. Jika sel inang hanya memperlihatkan salah
satu sifat di antara kedua marker vektor, maka dapat dipastikan bahwa kemungkinan ketigalah yang
terjadi
PERKEMBANGAN BIOMOLEKULER
PENGERTIAN BIOLOGI MOLEKULER
TEORI SEL
1. Semua makhluk hidup berasal dari satu atau dua
sel.
2. Sel merupakan unit dasar struktur dan fungsi
dari semua makhluk hidup.
3. Semua sel berasal dari sel yang telah ada
sebelumnya.
Sebelum jaman Louis Pasteur, organisme bersel
satu yang diamati Leeuwenhoek
dianggap timbul sebagai “generatio spontanea”
konsep ini dilawan oleh percobaan Pasteur (1860)
• Menjelang akhir abad ke-19 teori sel diterima
secara luas dan dasar biologi modern telah ada.
Pada tahun 1900, 16 dari 20 asam amino standar yang menjadi penyusun
protein telah diketahui.
• Pada awal abad ke-19, para peneliti tidak hanya melihat bahwa jaringan
disusun oleh unit-unit sel, tetapi juga bahwa sel-sel dapat membelah
mulai diketahui bahwa tiap sel menunjukkan kehidupan hingga
dinyatakan prinsip-prinsip pembentukan sel.
• Pada awal abad ke-19 ditemukan bahwa suatu bagian utama ekstrak
yang berasal dari sel-sel tumbuhan dan hewan adalah bahan yang sangat
kompleks yang menghasilkan endapan “fibrous” jika ekstrak tersebut
dipanasi atau dipanasi dengan asam pada tahun 1838 G.J. Mulder
berkesimpulan bahwa bahan “fibrous” tersebut adalah protein.
• Teori sel para ahli biologi memahami hubungan antara genetika
Mendel dengan pembelahan sel persatuan sperma dan sel telur, langkah
pertama dalam semua pembelahan sel pada organisme tingkat tinggi
mengetahui proses-proses pembelahan mitosis dan meiosis melakukan
penelitian dan mendapatkan penemuan , mulai dari inti sel dan
kromosom, enzim, DNA, struktur DNA, virus, basa nitrogen, dll.
• Pada tahun 1950-an dan 1960-an yang dapat digunakan dalam
mempelajari sel dan organ pada organisme tingkat tinggi adalah berupa :
1. Penemuan struktur DNA
2. Peranan RNA (sintesis protein)
3. Kode genetik
4. Cara pengaturan gen pada bakteri
• Perbedaannya : pada saat itu para ahli biologi
dalam studinya menggunakan sel-sel prokariotik
(terutama E.coli). Saat ini digunakan sel
eukariotik.