REPLIKASI, TRANSKRIPSI &

TRANSLASI

Dr. Marhaen Hardjo, M.Biomed, PhD

Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin Makassar

2014

1
Dogma Sentral Biologi Molekuler
Replikasi
Duplikasi DNA

Transkripsi
Sintesis RNA
Inti Sel

Membran inti sel

Sitoplasma
Translasi
Sintesis Protein
Ribosom

2
Protein
The Central Dogma

3
DNA REPLICATION

4
Learning Objectives: DNA Replication

1. Models of DNA replication: Meselson-Stahl Experiment

2. DNA synthesis and elongation

3. DNA polymerases

4. Origin and initiation of DNA replication

5. Prokaryote/eukaryote models (circular/linear chromosomes)

6. Telomere replication

7. Histone/chromatin assembly
 PENDAHULUAN
• Replikasi DNA adalah pembentukan duplikat diri DNA
• Replikasi DNA dimulai dengan membukanya DNA
double helix pada suatu daerah yang disebut
replication fork.
• Membukanya double helix ini disempurnakan oleh
kerja enzim DNA helicase. Daerah membukanya
double helix DNA ini, terlihat dengan mikroskop
electron seperti gelembung (bubble), dan dengan
demikan disebut sebagai suatu Replication Bubble
• Bubble ini akan mengalami peningkatan ukurannya
sejalan dengan bergeraknya replication fork pada DNA
helix dalam dua arah
 Replication forks
The point at which the two strands of DNA are separated to
allow replication of each strand
 Hipotesis Replikasi DNA
Ada 3 hipotesis tentang replikasi DNA

1.Replikasi secara Konservatif

2.Replikasi secara semi konservatif
3.Replikasi secara Dispersif
 1. Replikasi secara Konservatif

• Molekul DNA
untai ganda induk
tetap bergabung,
sedangkan kedua
untai DNA
anakan terdiri
atas molekul hasil
sintesis baru.
 2. Replikasi secara Semi Konservatif

• Setiap molekul
untai ganda DNA
anakan, terdiri atas
satu untai tunggal
DNA induk dan
satu untai tunggal
DNA hasil sintesis
baru.
 3. Replikasi secara Dispersif

• Molekul DNA induk

mengalami
fragmentasi,
sehingga DNA
anakan terdiri atas
campuran molekul
lama (berasal dari
DNA induk) dan
molekul hasil sintesis
baru.
• Pada tahun 1958 Matthew Meselson dan
Franklin Stahl berhasil menunjukkan secara
empiris bahwa replikasi DNA berlangsung
dengan mekanisme secara semikonservatif.
Alternative models of DNA replication (Fig 3.1):
1958: Matthew Meselson & Frank Stahl’s Experiment

Equilibrium density gradient centrifugation (Box 3.1)

1958: Matthew Meselson & Frank Stahl’s Experiment

Semiconservative model of DNA replication (Fig. 3.2)

1955: Arthur Kornberg

Worked with E. coli.

Discovered the mechanisms of DNA synthesis.

Four components are required:

1. dNTPs: dATP, dTTP, dGTP, dCTP

(deoxyribonucleoside 5’-triphosphates)
(sugar-base + 3 phosphates)

2. DNA template

3. DNA polymerase (Kornberg enzyme)

4. Mg 2+
(optimizes DNA polymerase activity)

1959: Arthur Kornberg (Stanford University) & Severo Ochoa (NYU)

Three main features of the DNA synthesis reaction:

1. DNA polymerase I catalyzes formation of phosphodiester bond

between 3’-OH of the deoxyribose (on the last nucleotide) and
the 5’-phosphate of the dNTP.

• Energy for this reaction is derived from the release of two of the
three phosphates of the dNTP.

2. DNA polymerase “finds” the correct complementary dNTP at

each step in the lengthening process.

• rate ≤ 800 dNTPs/second

• low error rate

3. Direction of synthesis is 5’ to 3’

DNA polymerase
Image credit:
Protein Data Bank
 Proses Replikasi

– Proses replikasi DNA diawali dengan pemutusan

(denaturasi) ikatan antara untai DNA yang satu
dengan untaian komplementernya (secara
enzimatis).
– Denaturasi awal terjadi pada bagian DNA yang
dikenal sebagai ori (origin of replication) atau titik
awal replikasi.
 Lanjutan…
• Titik mulai (start point) bagi enzim DNA
polymerase adalah pada segmen pendek yang
dikenal sebagai RNA primer. Secara
termnologi, "primer" menunjukkan perannya
untuk memulai (to "prime“) sintesis DNA
pada suatu titik tertentu. Primer ini terletak
secara komplemen terhadap DNA template
oleh enzima yang dikenal dengan RNA
polymerase atau Primase.
• DNA polymerase, kemudian menambahkan
nukleotida satu persatu dalam urutan yang
betul-betul komplemen, yaitu A--T dan G--C.
• Untaian DNA membuka membentuk struktur
yang disebut sebagai garpu replikasi
(replication fork).
 Enzim-enzim dalam replikasi DNA
1.Topoisomerase:
bertanggung jawab dalam proses dimulainya pembukaan double
heliks DNA. Tegangan ikat pada struktur gulungan double heliks
DNA dapat dipatahkan dengan penorehan (nicking) salah satu untai
DNA tunggal (topoisomerase I). Topisomerase II menoreh untai
DNA dua-duanya. Topoisomerases I dan II tetap berikatan dengan
DNA setelah nicking.

2.Helicase;
Menyempurnakan proses membukanya double heliks, setelah
gulungan supercoil dihilangkan oleh topoisomerase. Dua untai DNA
ini secara alami ingin berikatan satu sama lain karena adanya
afinitas ikatan hidrogen, dengan demikian, aktivitas helikase
memerlukan energi dalam bentuk ATP untuk memisahkan menjadi
dua untai DNA.
 Lanjutan…
3.DNA polymerase:
– mengkatalisis pembentukan ikatan hidrogen antara
nukleotida baru yang akan membentuk untai baru
dengan nukleotida pada untai DNA lama yang
berfungsi sebagai pencetak (template strand).
– mengkatalisis reaksi antara 5' phosphate pada
nukleotida baru dan 3' OH bebas pada
polinukleotida yang sedang dibentuk (ikatan
phosphodiester). Sebagai hasilnya, untai baru
DNA hanya dapat bertambah panjang pada arah
dari 5' ke 3‘.
 Lanjutan…
4.Primase, adalah bagian dari agregat protein
yang disebut primeosome. Enzim ini berfungsi
menempelkan primer RNA pendek ke untai
tunggal/ single-stranded DNA untuk bertindak
sebagai pengganti 3'OH bagi DNA polymerase
sebagai tempat darimana memulai sintesis.
Primer RNA ini pada akhirnya akan dibuang
oleh RNase, dan gap/ tempat lowong ini akan
diisi oleh kerja DNA polymerase I.
 Lanjutan…
5.Ligase:
mengkatalisis pembentukan ikatan
phosphodiester antara 3'OH dan 5'phosphate
yang berdekatan. Enzim ini dapat menyambung
gap yang tidak tersambungketika RNA primer
dibuang dan kemudian digantikan.
6.Single-stranded binding proteins: sangat penting
untuk menjaga stabilitas dari replication fork.
Single-stranded DNA adalah sangat labil, atau
tidak stabil, oleh karena itu protein ini akan
berikatan dengannya ketika masih dalam keadaan
untai tunggal (single stranded) dan menjaganya
agar tdk terdegradasi.
 Replikasi Discontinue
• DNA selalu direplikasi dari ujung 5' ke ujung
3‘.
• Karena dua untai DNA adalah antiparalel, ini
berarti ada satu untai sebagai "leading
strand“, yang dapat melakukan replikasi
secara kontinu, dan terdapat untai satunya
sebagai "lagging strand" yang terdiri dari
fragmen-fragmen pendek yang kemudian
harus disambung menjadi satu untaian (oleh
enzim DNA Ligase).
 Pembentukan leading strand

• Pada replikasi DNA, untaian pengawal

(leading strand) ialah untaian DNA yang
disintesis dengan arah 5'→3' secara
berkesinambungan. Pada untaian ini, DNA
polimerase mampu membentuk DNA
menggunakan ujung 3'-OH bebas dari sebuah
primer RNA dan sintesis DNA berlangsung
secara berkesinambungan, searah dengan arah
pergerakan garpu replikasi.
 Pembentukan lagging strand

• Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada

sisi yang berseberangan dengan leading strand pada
garpu replikasi. Untaian ini disintesis dalam segmen-
segmen yang disebut fragmen Okazaki. Pada untaian
ini, primase membentuk primer RNA. DNA polimerase
dengan demikian dapat menggunakan gugus OH 3'
bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis
DNA dengan arah 5'→3'. Fragmen primer RNA
tersebut lalu dan deoksiribonukleotida baru
ditambahkan untuk mengisi celah yang tadinya
ditempati oleh RNA. DNA ligase lalu menyambungkan
fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga sintesis
lagging strand menjadi lengkap.
 Fragmen Okazaki
• Karena untai DNA asli (template) terdiri dari
dua untai tunggal yang komplemen dan
antiparalel, maka hanya satu untai DNA
baru yang dapat mulai pada ujung 3' dari
DNA template dan dapat bertambah panjang
(tumbuh) secara kontinue ketika titik replikasi
(the replication fork) bergerak di sepanjang
DNA template.
 Fragmen Okazaki
• Untai DNA yang lain harus tumbuh pada arah
yang berlawanan, dan hasil dari replikasi secara
diskontinue ini adalah berupa urutan fragmen-
fragmen pendek DNA baru yang disebut
fragmen Okazaki. Untuk menjadikan segmen-
segmen pendek DNA baru ini dibuat dalam untai
yang kontinue, segmen-segmen ini digabungkan
oleh kerja enzim DNA ligase yang “merekatkan”
potongan-potongan ini menjadi satu untaian
dengan pembentukan ikatan phosphodiester
 Semi-discontinues
One strand (leading strand) is synthesized continuously, whereas the other
strand (lagging strand) is synthesized discontinuously in short patches
(Okazaki fragments)

Reiji Tsuneko
Okazaki Okazaki
Vidio
DNA elongation (Fig. 3.3b):
DNA elongation (Fig. 3.3a):
In prokaryotes, there are three main types of DNA polymerase

Polymerase Polymerization (5’-3’) Exonuclease (3’-5’) Exonuclease (5’-3’) #Copies

I Yes Yes Yes 400

II Yes Yes No ?

III Yes Yes No 10-20

•3’ to 5’ exonuclease activity = ability to remove nucleotides from the

3’ end of the chain

•Important proofreading ability

•Without proofreading error rate (mutation rate) is 1 x 10 -6

•With proofreading error rate is 1 x 10 -9 (1000-fold decrease)

•5’ to 3’ exonuclease activity functions in DNA replication & repair.

Eukaryotic enzymes:

Five common DNA polymerases from mammals.

1. Polymerase  (alpha): nuclear, DNA replication, no proofreading

2. Polymerase  (beta): nuclear, DNA repair, no proofreading

3. Polymerase  (gamma): mitochondria, DNA repl., proofreading

4. Polymerase  (delta): nuclear, DNA replication, proofreading

5. Polymerase  (epsilon): nuclear, DNA repair (?), proofreading

• Different polymerases for the nucleus and mtDNA

• Some polymerases proofread; others do not.

• Some polymerases used for replication; others for repair.

• Polymerases vary by species.

Origin of replication (e.g., the prokaryote example):

 Begins with double-helix denaturing into single-strands thus

exposing the bases.

 Exposes a replication bubble from which replication proceeds in

both directions.

~245 bp in E. coli
Initiation of replication, major elements:

 Segments of single-stranded DNA are called template strands.

 Gyrase (a type of topoisomerase) relaxes the supercoiled DNA.

 Initiator proteins and DNA helicase binds to the DNA at the

replication fork and untwist the DNA using energy derived from
ATP (adenosine triphosphate).
(Hydrolysis of ATP causes a shape change in DNA helicase)

 DNA primase next binds to helicase producing a complex called

a primosome (primase is required for synthesis),

 Primase synthesizes a short RNA primer of 10-12 nucleotides,

to which DNA polymerase III adds nucleotides.

 Polymerase III adds nucleotides 5’ to 3’ on both strands

beginning at the RNA primer.

 The RNA primer is removed and replaced with DNA by

polymerase I, and the gap is sealed with DNA ligase.

 Single-stranded DNA-binding (SSB) proteins (>200) stabilize

the single-stranded template DNA during the process.
Model of replication in E. coli
DNA replication is continuous on the leading strand and
semidiscontinuous on the lagging strand:

Unwinding of any single DNA replication fork proceeds in one

direction.

The two DNA strands are of opposite polarity, and DNA polymerases
only synthesize DNA 5’ to 3’.

Solution: DNA is made in opposite directions on each template.

•Leading strand synthesized 5’ to 3’ in the direction of

the replication fork movement.

continuous

requires a single RNA primer

•Lagging strand synthesized 5’ to 3’ in the opposite

direction.

semidiscontinuous (i.e., not continuous)

requires many RNA primers , DNA is

synthesized in short fragments.
Supercoiled DNA relaxed by gyrase & unwound by helicase + proteins:

5’ SSB Proteins
Okazaki Fragments
1 ATP

Polymerase III 2
Helicase
Lagging strand 3 +
Initiator Proteins

3’
primase base pairs

Polymerase III 5’

RNA primer replaced by polymerase I

& gap is sealed by ligase
3’

5’
Leading strand
RNA Primer

3’
Fig. 3.8 Model of DNA Replication
DNA ligase seals the gaps between Okazaki fragments with a
phosphodiester bond (Fig. 3.7)
 Fig. 3.5 - Model of DNA replication

Peter J. Russell, iGenetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings.
 Fig. 3.5 - Model of DNA replication

Peter J. Russell, iGenetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings.
Replication of circular DNA in
E. coli (3.10):

1. Two replication forks result in

a theta-like () structure.

2. As strands separate, positive

supercoils form elsewhere in
the molecule.

3. Topoisomerases relieve
tensions in the supercoils,
allowing the DNA to continue
to separate.
Rolling circle model of DNA
replication (3.11):

1. Common in several
bacteriophages including .

2. Begins with a nick at the

origin of replication.

3. 5’ end of the molecule is

displaced and acts as primer
for DNA synthesis.

4. Can result in a DNA molecule

many multiples of the genome
length (and make multiple
copies quickly).

5. During viral assembly the

DNA is cut into individual viral
chromosomes.
DNA replication in eukaryotes:

Copying each eukaryotic chromosome during the S phase of the cell

cycle presents some challenges:

Major checkpoints in the system

1. Cells must be large enough, and the environment favorable.

2. Cell will not enter the mitotic phase unless all the DNA has
replicated.

3. Chromosomes also must be attached to the mitotic spindle for

mitosis to complete.

4. Checkpoints in the system include proteins call cyclins and

enzymes called cyclin-dependent kinases (Cdks).

5. Kinases are enzymes that transfer phosphate groups from donor

molecules such as ATP to specific substrates by the process of
phophorylation. Important for cell signaling and protein
regulation.
• Each eukaryotic chromosome is one linear DNA double helix

• Average ~108 base pairs long

• With a replication rate of 2 kb/minute, replicating one human

chromosome would require ~35 days.

• Solution ---> DNA replication initiates at many different sites

simultaneously.

Rates are cell

specific!

Fig. 3.14
Fig. 3.13 - Replication forks visible in Drosophila
What about the ends (or telomeres) of linear chromosomes?

DNA polymerase/ligase cannot fill gap at end of chromosome after

RNA primer is removed. If this gap is not filled, chromosomes
would become shorter each round of replication!

Solution:

1. Eukaryotes have tandemly repeated sequences at the ends of

their chromosomes.

2. Telomerase (composed of protein and RNA complementary to

the telomere repeat) binds to the terminal telomere repeat and
catalyzes the addition of of new repeats.

3. Compensates by lengthening the chromosome.

4. Absence or mutation of telomerase activity results in

chromosome shortening and limited cell division.
Fig. 3.16 Synthesis of telomeric DNA by telomerase

Peter J. Russell, iGenetics: Copyright © Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings.
Final Step - Assembly into Nucleosomes:

• As DNA unwinds, nucleosomes must disassemble.

• Histones and the associated chromatin proteins must be

duplicated by new protein synthesis.

• Newly replicated DNA is assembled into nucleosomes almost

immediately.

• Histone chaperone proteins control the assembly.

Fig. 3.17
Transcription

56
TRANSKRIPSI PADA PROKARIOTIK
PENDAHULUAN
• Transkripsi adalah proses penyalinan kode-kode genetik yang ada pada
urutan DNA menjadi molekul RNA

• Transkripsi merupakan proses yang mengawali ekspresi sifat-sifat

genetik yang nantinya akan muncul sebagai fenotipe.

• Fungsi ini dilaksanakan melalui ekspresi gen, yang tahap pertamanya

adalah proses transkripsi, yaituperubahan urutan basa molekul DNA
menjadi urutan basa molekul RNA.

• Urutan nukleotida pada salah satu untaian molekul DNA digunakan

sebagai cetakan (template) untuk sintesis molekul RNA yang
komplementer.
 Molekul RNA yang disintesis dalam proses transkripsi pada garis
besarnya dapat dibedakan menjadi 3 kelompok molekul RNA, yaitu :
 ORGANISME PROKARIOTIK
• Organisme prokariot merupakan organisme yang masih
sederhana, ditandai dengan inti yang belum terlindungi
oleh membran inti, sehingga tidak ada batas yang tegas
antara inti dan sitoplasma sel. Pada prokariot, translasi
terjadi sebelum transkripsi selesai. Hal ini dimungkinkan
karena pada prokariot molekul mRNA ditranslasikan
berdasarkan arah dari ujung 5` ke ujung 3`.

• Selain dari itu, pada prokariot : tidak terdapat membran

inti, sehingga tidak ada yang memisahkan transkripsi dan
translasi (sebagaimana yang terjadi pada eukariot)
sehingga translasi dapat segera dilakukan.
Bagian Gen Pada Prokariotik
Promoter

63
• Posisi -10 dan -35 mempunyai urutan nukleotida, yaitu :
Posisi -10 : TATAAT; Posisi -35 : TTGACA
 Disebut juga elemen-elemen promoter inti

ATG STOP

-35 -10 Terminator

Gen struktural
Awal transkripsi

• Kotak Pribnow merupakan daerah pd promoter yg berperanan dlm

mengarahkan enzim RNA polimerase sehingga arah transkripsinya 5’ ke 3’ (=
replikasi)
• Selain itu, daerah ini merupakan tempat pembukaan heliks DNA untuk
membentuk kompleks promoter yg terbuka.
 Transkripsi Dari operon Bakteri

Karakteristik organisme prokariotik adalah adanya

operon. Operon merupakan kumpulan gen yang
lokasinya berdekatan antara satu dengan yang lain pada
suatu genom prokariotik, dimana hanya terdapat satu
atau dua nukleotida pada akhir suatu gen dan dapat
dijadikan sebagai penyambung pada gen berikutnya.
 Operon sangat berperan pada proses ekspresi gen,
dimana semua gen dalam satu operon diekspresikan
sebagai unit tunggal. Model yang dikenal sebagai operon
ada dua unsur yang mengatur ekspresi gen struktural
penyandi enzim yaitu gen regulator (repressor) dan
operator yang letaknya berdekatan dengan gen-gen
struktural yang diaturnya.
Peranan operon lac pada proses transkripsi, tanpa adanya
laktosa, maka repressor lac akan mengikat operator dan
apabila ada laktosa maka repressor akan bergerak,
kemudian RNA polymerase akan terikat pada promoter
menyebabkan RNA telah ditranskripsi yang kemudian
akan berlangsung translasi dan terbentuk enzim laktase.
 Bakteri E.coli dan Bacillus substilis memiliki
operon yang berjumlah sama dan mengandung dua
atau lebih gen. Gen-gen dalam operon secara
fungsional saling berhubungan satu sama lain untuk
mengkode sejumlah protein yang terlibat aktivitas
biokimia tunggal seperti pada penggunaan gula
sebagai sumber energi atau sintesis asam amino.
 Jenis operon yang kedua yaitu operon tryptophan
pada E.coli. Tryptophan operon adalah contoh operon
biosintesis yang ekspresinya diregulasi oleh sebuah
effector. Operon ini mengandung lima buah gen
struktural yang mengkode tiga enzim yang diperlukan
untuk konversi asam chorismic menjadi tryptophan, yaitu
: antrhanilate syntetase (komponen I yang dikode oleh
trpE dan komponen II yang dikode oleh trpD), N-(5′-
phosphoribosyl)-anthranilate isomerase/Indole-3-glycerol
phosphate synthase yang disandikan oleh trpC,
Tryptophan synthase (β-subunit yang disandikan oleh
trpBI dan α-subunit yang disandikan oleh trpA).
Anatomi Operon
gen struktural
Operon mengontrol transkripsi
dengan menyediakan tempat
pengikatan represor.
RNA polimerase menempel pada untai rasa
DNA untuk memulai transkripsi.
 Represi transkripsi
represor adalah protein yang dapat
mematikan transkripsi dengan mengikat
operator dan memblokir lampiran dari RNA
polimerase pada promotor.
Bagaimana Bakteri Memanfaatkan
Latosa?
 Laktosa adalah gula yang tersusun atas glukosa dan galaktosa.
Laktosa dapat diuraikan menjadi glukosa dan galaktosa dengan
bantuan enzim -galaktosidase. Bakteri E.coli dalam hidupnya
dapat memanfaatkan baik laktosa maupun glukosa tergantung
gula mana yang tersedia dilingkungan. Bakteri e.coli mempunyai
kemampuan mensintesis -galaktosidase sehingga bila lakyosa
yang dimanfaatkan sebagai sumber karbon maka bakteri tersebut
akan mampu mengubah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa.
TAHAPAN TRANSKRIPSI PADA
PROKARYOT:
• Ciri utama gen struktural pada prokariot adalah mulai dari
sekuens inisiasi translasi (ATG) sampai kodon terakhir
sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu
TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam
amino.
• Jadi, jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen
tersebut akan mengkode 300 asam amino, karena 1 asam
amino dikode oleh 3 sekuens nukleotida yang berurutan
• Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung
pada DNA di daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan
dengan protein lain
• Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung
hampir secara serentak, artinya sebelum transkripsi selesai
dilakukan, translasi sudah dapat dimulai.
• Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida
komplementer dengan cetakannya. Misal : urutan ATG pada
DNA, maka hasil transkripsinya adalah UAC. Molekul DNA yang
ditranskripsi adalah untai ganda, namun yang berperanan
sebagai cetakan, hanya salah satu untaiannya.
• Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi:
1) inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi),
2) elongasi (pemanjangan untaian RNA)
3) terminasi (tergantung faktor rho dan tidak tergantung
faktor rho)
1.Penempelan faktor2 pengendali transkripsi
pd promoter, mis. RNA polimerase (Inisiasi)

2.Pembentukan kompleks promoter terbuka

(open promoter complex) seperti replikasi
dmn DNA dibuka lebar, pada transkripsi
pilinan DNA dibuka namun masih tetap di
dalam RNA polimerase

3.RNA polimerase membaca DNA template

dan melakukan pengikatan nukleotida yg
komplementer (Elongasi)

4.Setelah pemanjangan untaian RNA, diikuti

dengan terminasi yang ditandai dengan
lepasnya RNA polimerase dari DNA yang
ditranskripsi (Terminasi)
INISIASI
INISIASI

•Bagian DNA yang berikatan dengan RNA polimerase membentuk

gelembung transkripsi (transcription bubble) sepanjang ±17 pasangan
basa.
•Setelah struktur promoter terbuka scara stabil, RNA polimerase
melakukan inisiasi transkripsi berdasarkan urutan DNA cetakannya.
•Awalnya, basa-basa RNA yg digabungkan membentuk ikatan hidrogen dgn
basa DNA cetakan (jika DNA cetakan ATG, maka basa RNA yg digabungkan
adalah UAC)
•Sub unit sigma (σ) mempunyai peranan dalam menstimulasi inisiasi
transkripsi tetapi tidak mempercepat laju pertambahan untaian RNA.
Proses inisiasi transkripsi merupakan proses yang menentukan laju
transkripsi.
•Setelah proses inisiasi transkripsi terjadi, selanjutnya sub unit sigma
terlepas dari enzim inti dan dapat digunakan lagi oleh enzim inti RNA
polimerase yang lain
 Tahap Inisiasi

Transkripsi dimulai pada Promoter

RNA mRNA
Polimerase

promoter +1

DNA
UPSTREAM DOWNSTREAM

84
 Tahap Elongasi
• RNA Polimerase membuka ikatan ganda DNA
(sekitar 10 – 20 basa pada kali pertama)
• RNA Polimerase merangkaikan nukleotida-
nukleotida RNA sesuai dengan pasangan basa
DNA yang terdapat pada pita DNA template
• RNA Polimerase menambahkan nukleotida –
nukleotida RNA pada ujung 3’dari mRNA yang
terbentuk
• Setelah RNA Polimerase merangkaikan
nukleotida RNA, ikatan ganda DNA segera
terbentuk kembali dan mRNA keluar dari
lilitan DNA template

85
 ELONGASI LANJUTAN
• Dalam proses ini ada 2 hipotesis yang diajukan mengenai perubahan topologi DNA.
1. Enzim RNA polimerase bergerak melingkari untaian DNA sepanjang perjalanannya. Dengan
cara demikian maka dapat dihindari terjadinya pelintiran pada struktur DNA, tetapi untaian
RNA hasil transkripsinya akan melintir sepanjang untaian DNA.
2. Enzim RNA polimerase bergerak lurus sepanjang untaian DNA sehingga RNA yang terbentuk
tidak mengalami pelintiran, tetapi untaian DNA yang ditranskripsi harus mengalami puntiran.
Untaian DNA yang ada di depan RNA polimerase akan membuka sedangkan DNA yang berada
dibelakangnya akan memintir kembali untuk menutup.
• Dalam proses pemanjangan transkrip RNA, terjadi pembentukan ikatan
fosfodisester antara nukleotida RNA yang satu dengan nukleotida berikutnya.
Pembentukan ikatan fosfodiester tsb, ditentukan oleh keberadaan sub unit β- pada
RNA polimerase. Transkripsi akan berakhir pada saat RNA polimerase mencapai
ujung gen yang disebut terminator.
ELONGASI
• Pada bagian gelembung transkripsi, basa-basa molekul RNA
membentuk hibrid dengan DNA cetakan sepanjang ±12 nukleotida.
Hibrid RNA-DNA ini bersifat sementara. RNA polimerase akan
berjalan membaca DNA cetakan untuk melakukan proses
pemanjangan/elongation untaian RNA.

• Laju pemanjangan maks. molekul transkrip antara 30-60

nukleotida/detik. laju pemanjangan transkrip dapat menjadi sangat
rendah (sekitar 0,1 nukleotida/detik) jika RNA polimerase melewati
sisi jeda yang biasanya banyak mengandung basa GC. Dalam
pemanjangan transkrip nukleotida ditambahkan secara kovalen
pada ujung 3’ molekul RNA yang baru terbentuk.
 Tahap Terminasi

• Transkripsi akan terjadi sampai RNA Polimerasi mencapai

suatu sekuens pada DNA template yang disebut
Terminator
• Pada Prokariot: RNA Polimerasi langsung berhenti ketika
mencapai Terminator

88
TERMINASI
• Pada bakteri E. Coli ada dua macam terminator, yaitu: 1)
terminator yang tidak tergantung pada protein rho (rho
dependent terminator), 2) terminator yang tergantung pada
protein rho (rho-independent terminator).
• Protein Rho: Enzim ini mempunyai aktivitas RNA-DNA helikase,
untuk aktivitasnya membutuhkan ATP.
• Tiga gambaran terjadinya terminasi :
1. Gangguan hybrida RNA-DNA akibat pembentukan pasangan basa G-
C (jepit rambut)
2. Penghentian peran RNA polimerase akibat terhalang tusuk/jepit
rambut
3. Ketidakstabilan daerah Uridilat-Adenilat
 Terminasi yang tidak
tergantung pada fakto rho
• Dilakukan tanpa harus melibatkan suatu protein khusus, tetapi oleh adanya
suatu urutan nukleotida tertentu pada bagian terminator.
• Akhir transkripsi ditentukan oleh daerah yang banyak mengandung urutan
GC yg membentuk struktur batang dan lengkung (stem and loop) pada RNA
dengan panjang sekitar 20 basa disebelah hulu dari ujung 3’ -OH dan diikut
oleh rangkaian 4-8 residu uridin berturutan. Struktur batang lengkung
tersebut menyebabkan RNA polimerase berhenti dan merusak bagian dari
hibrid RNA-DNA. Bagian sisa hibrid RNA-DNA tersebut berupa urutan oligo
(rU) yg tdk cukup stabil berpasangan dengan dA. Akibatnya ujung 3’ hibrid
tersebut akan terlepas sehingga transkripsi berakhir.
• Eksperimen yang dilakukan Peggy Franham dan Terry Platt menunjukkan
bahwa pengakhiran transkripsi tanpa melibatkan faktor rho mempunyai
dua ciri utama yaitu: 1) lengkungan, 2) adanya rangkaian basa T pada
untaian DNA bukan cetakan/nontemplate strand sehingga terbentuk
pasangan basa yang lemah antara rU-dA yang menahan transkrip RNA
pada untaian DAN cetakan.
• Pada waktu lenkungan RNA terbentuk, maka RNA polimerase berhenti dan
ikatan basa yang lemah menyebabkan RNA yang baru terbentuk akan
terlepas.
 Pengakhiran transkripsi
yang tergantung pada
•
faktor Rho
Hanya terjadi pada daerah jeda yang terletak pada
jarak tertentu dari promoter. Maka, jika ada
daereh jeda yang terletak pada jarak tertentu dari
promoter, tidak dapat berfungsi sebagai daerah
pengakhiran transkipsi.
• Terminator yang tergantung pada rho terdiri atas
suatu urutan berulang balik yang dapat
membentuk lengkungan loop tetapi tidak ada
rangkaian basa T seperti pada daerah terminator
yang tidak melibatkan faktor rho.
• Faktor rho ikut terikat pada proses transkrip dan
mengikuti pergerakan RNA polimerase sampai
akhirnya RNA polimerase berhenti pada daerah
terminator yaitu sesaat setelah menyintesis
lengkungan RNA. Selanjutnya faktor rho
menyebabkan destabilisasi ikatan RNA-DNA
sehingga transkrip RNA terlepas dari cetakan
Prokaryotic Transcription
TRANSKRIPSI PADA EUKARIOTIK
 Pendahuluan
• Dalam sel, DNA membawa informasi dari generasi ke
generasi mengendalikan kegiatan sel. DNA bertanggung
jawab untuk sintesis protein, yang memiliki peran fungsional
atau peran struktural dalam sel. Dengan sintesis protein, DNA
mengendalikan kegiatan sel.
• Dalam sintesis protein, dua langkah utama dapat dibedakan;
yaitu transkripsi dan translasi.
TRANSKRIPSI PADA EUKARIOTIK
 Pengertian….
• Transkripsi (dari bahasa Inggris: transcription) adalah proses
penyalinan kode-kode genetika yang ada pada urutan DNA
menjadi molekul RNA (Proses pembentukan RNA dengan
menggunakan cetakan DNA). Molekul RNA yang disintesis
dalam proses transkripsi pada garis besarnya dapat
dibedakan menjadi 3 kelompok molekul RNA, yaitu : mRNA
(messenger RNA), tRNA(transfer RNA), dan rRNA
(ribosomal RNA).
• Proses penyalinan inti ini dilakukan oleh RNA polymerase.
Pada sel prokariotik, pembentukan beberapa jenis RNA
dilakukan satu jenis enzim RNA polymerase. Sedangkan pada
sel eukariotik, setiap jenis RNA disintesis oleh satu jenis RNA
polymerase.
Proses penyalinan (copying) selama DNA
bertindak sebagai cetakan (template)
disebut transkripsi
 Struktur RNA

• Ribosa

• Fosfat dalam ikatan diester

• Basa (adenin, urasil, sitosin, guanin)

Perbedaan struktur DNA dan RNA
• RNA ribosom

Merupakan komponen
struktural ribosom
• E (exit) merupakan tempat
keluarnya tRNA yang tidak
bermuatan
• P(peptidil) merupakan
pengikat tRNA yang
melekat pada rantai
polipeptida yang sedang
tumbuh
• A (aminosil) mengikat
tRNA yang akan membawa
asam amino yang
selanjutnya akan dibawah
pada rantai polipeptida
• RNA transfer

• Mengandung basa-basa
tak lazim ( pseudourasil)
• Bertindak sebagai pembawa
asam amino spesifik ke
tempat sintesis protein.
• RNA messenger

• Ekor 3’- poli –A

• Tudung -5 di 7-
metilguanosin
• Cetakan untuk sintesis
protein
Pada Proses Transkripsi Eukariotik
Mekanisme Transkripsi Pada Eukariotik
• Secara umum mekanisme transkripsi eukariotik serupa
dengan transkripsi pada prokariotik. Dimulai dari inisiasi,
elongasi dan terminasi.
…INISIASI…
• Inisiasi merupakan proses penempelan factor-factor
transkripsi dan kompleks enzim RNA polymerase pada daerah
promotor. Tetapi pada transkripsi eukariotik RNA polymerase
tidak menempel secara langsung pada DNA di daerah
promotor melainkan melalui perantara protein-protein lain
yang disebut factor transkripsi (TF).
• Tetapi pada eukariotik terdapat 3 gen kelas yang berperan
dalam proses transkripsi, yaitu gen kelas I, II dan III yang
masing-masing dikatalisis oleh RNA polymerase dan TF yang
berbeda.
 Transkripsi Gen Kelas I
• Transkripsi gen kelas I dilakukan oleh RNA polymerase I
• Gen kelas I meliputi gen-gen yang mengkode 18SrRNA, 28SrRNA
dan 5,8SrRNA.
• Terdapat 2 macam promotor yaitu yaitu promotor antara (spacer
promoter) dan promotor utama.
• Proses transkripsi gen kelas I dimulai dengan pembentukan
kompleks pra-inisiasi yang dilakukan oleh RNA polymerase I dan 2
factor transkripsi yaitu SL I dan UBF (Upstream Binding Factor).
• SL I merupakan factor transkripsi yang mempunyai spesifisitas
untuk suatu species, artinya dapat membedakan antara promotor
gen pada manusia dan pada hewan.
• Faktor SL I diketahui berperan dalam penyusunan kompleks pra-
inisiasi RNA polymerase I.
 Transkripsi Gen Kelas II
• Transkripsi gen kelas II dilakukan oleh RNA polymerase II yang
dibantu oleh beberapa factor transkripsi umum
• Meliputi semua gen yang mengkode protein dan beberapa
RNA berukuran kecil yang terdapat di dalam nucleus.
• Promoter gen kelas II terdiri dari 4 elemen yaitu sekuens
pemulai (iniator) yang terletak pada daerah inisiasi transkripsi,
elemen hilir (downstream) yang terletak disebelah hilir dari
titik awal transkripsi, kotak TATA dan suatu elemen hulu
(upstream).
• Membentuk kompleks pra-inisiasi yang akan segera mengawali
transkripsi jika ada nukleotida.
Pembentukan kompleks pra-inisiasi
transkripsi pada eukariotik kelas II

Dari penempelan
disamping terbentuklah
kompleks prainisiasi yakni
kompleks DABPoIFEH
• Setelah terbentuk kompleks pra inisiasi, RNA polimerase II
siap untuk melakukan proses transkripsi jika ada nukleotida.
• Faktor transkripsi yang penting untuk mengawali inisiasi
proses transkripsi adalah TBP, TFIIB, TFIIF, dan RNA
polimerase II tanpa adanya TFIIE dan TFIIH, sebenarnya sudah
dapat terjadi transkripsi namun tidak sempurna.
Pembentukan transkripsi yang tidak sempurna tersebut
menandakan telah terbentuknya kompleks inisisasi termasuk
terjadinya pembukaan DNA secara lokal dan pembentukan
ikatan pospodiester pertama.
• Dalam hal ini faktor TFIIE dan TFIIH tidak diperlukan dalam
proses inisiasi melainkan diperlukan dalam proses pelepasan
dari promotor yang menandai dimulainya transkripsi
(pemanjangan transkip) secara aktif. Pelepasan dari
promotor tersebut dikatalisis oleh aktifitas DNA helikase yang
dimiliki oleh TFIIH sehingga menyebabkan terbukanya DNA
pada daerah promotor.
 Transkripsi Gen Kelas III
• Transkripsi gen kelas III (meliputi gen-gen yang
mengkode tRNA, 5S rRNA dan beberapa RNA
kecil yang ada di dalam nukleus) dilakukan oleh
RNA polimerase III dibantu oleh sekelompok
protein yang dikenal sebagai faktor transkripsi
TFIII yang meliputi; TFIIIA, TFIIIB, dan TFIIIC serta
protein TBP.
• RNA Pol III terdapat di dalam nukleoplasma dan
sekurang-kurangnya terdiri atas 16 subunit
yang berbeda.
Pembentukan kompleks pra-inisiasi
transkripsi pada eukariotik kelas III
Terdapat 3 Produk hasil transkripsi
pada eukariotik antara lain :
• 1. RNA polimerase I (RNA Pol I) mentranskripsi sebagian besar
gen rRNA. Enzim ini terdapat di dalam nukleoli dan tidak
sensitif terhadap α-amanitin.
• 2. RNA polimerase II (RNA Pol II) mentranskripsi semua gen
penyandi protein dan beberapa gen RNA nuklear kecil
(snRNA). Enzim ini terdapat di dalam nukleoplasma dan
sangat sensitif terhadap α-amanitin.
• 3.  RNA polimerase III (RNA Pol III) mentranskripsi gen-gen
tRNA, 5S rRNA, dan beberapa RNA kecil lainnya. Enzim ini
terdapat di dalam nukleoplasma dan agak sensitif terhadap α-
amanitin.
 Elongasi
• Pada dasarnya, proses pemanjangan transkripsi pada eukaryotic sama pada
prokaryotic, namun terdapat hal-hal spesifik yang dapat dijelaskan sebagai
berikut:

1. Pemanjangan dilakukan oleh RNA polymerase dengan distimulasi oleh faktor

TFIIS dan TFIIF.

2. Aktivitas RNA polymerase dalam proses transkripsi tidak selalu dalam keadaan
tetap , kadang-kadang terjadi jeda pada suatu daerah yang disebut sisi jeda
(pausing site). TFIIS berperan dalam mengurangi waktu jeda proses transkripsi
pada sisi DNA yang cukup panjang, sedangkan TFIIF mengurangi waktu jeda pada
daerah DNA yang acak.

3. Proses pemanjangan transkrip akan berjalan sampai RNA polymerase II

mencapai daerah terminator.
 Terminasi Transkripsi
Terminasi transkripsi dapat terjadi karena adanya aktivitas fosfatase yang spesifik
untuk CTD sehingga mengembalikan RNA polymerase II menjadi bentuk yang tidak
dapat mengalami fosforilasi. Dalam keadaan tidak mengalami fosforilasi, RNA
polymerase II dapat digunakan lagi dalam proses transkripsi berikutnya (RNA
polymerase cycling.
 Jenis RNA Hasil Transkripsi
Jenis RNA

RNA Genetik RNA non-Genetik

RNA non-genetik tidak berperan sebagai

RNA genetik memiliki fungsi yang sama
pembawa keterangan genetik sehingga RNA
dengan DNA, yaitu sebagai pembawa
jenis ini hanya dimiliki oleh makhluk hidup
keterangan genetik. RNA genetik hanya
yang juga memiliki DNA.Berdasarkan letak
ditemukan pada makhluk hidup tertentu
dan fungsinya, RNA non-genetik dibedakan
yang tidak memiliki DNA, misalnya VIRUS
menjadi mRNA, tRNA, dan rRNA.
 Pasca Transkripsi

• Pada Eukariotik, transkripsi berlangsung di dalam

nucleus sedangkan translasi berlangsung di dalam
sitoplasma dengan demikian translasi baru dapat
dijalankan jika proses transkripsi sudah selesai
dilakukan. Jeda waktu semacam ini disebut fase pasca
transkripsi. Pada fase ini terjadi beberapa proses yang
unik pada eukariout antara lain :
Splicing (Pemotongan dan penyambungan RNA)

Splicing adalah menghilangkan intron dari mRNA (lihat Gambar di

atas). Intron merupakan daerah yang tidak mengkode untuk
protein. mRNA lainnya hanya terdiri dari daerah yang mengkode
untuk protein, yang disebut ekson.
 Poliadenilasi
• Poliadenilasi adalah menambahkan “ekor” ke
mRNA. Ekor terdiri dari serangkaian As (basa
adenin). Ini menandai akhir dari mRNA. Hal ini juga
terlibat dalam mengekspor mRNA dari inti. Selain
itu, ekor melindungi mRNA dari enzim yang mungkin
memecahnya.
• Penambahan Poli A pada ujung 3’ meningkatkan
stabilitas mRNA sehingga mRNA mempunyai umur
yang panjang dibandingkan dengan mRNA yang
tidak mempunyai poliA.
 Penambahan Tudung (cap) Pada
Ujung 5’ mRNA.
Tudung mRNA mempunyai empat macam
fungsi, yaitu:
(1)melindungi mRNA dari degradasi.
(2)meningkatkan efisiensi translasi mRNA,
(3)meningkatkan pengangkutan mRNA dan
nucleus ke sitoplasma
(4)meningkatkan efisiensi proses spilicing
mRNA.
 Perbedaan…….
Apa perbedaan antara transkripsi di Eukariota dan Prokariota?
•Transkripsi dalam sel eukariotik jauh lebih rumit daripada di sel prokariotik.
•Dalam transkripsi prokariot, satu jenis RNA polimerase yang terlibat, sedangkan sel
eukariotik memiliki tiga jenis RNA polimerase.
•transkripsi Eukariota membutuhkan paket tambahan protein yang disebut faktor
transkripsi untuk mengikat RNA polimerase pada promotor, dan mereka bukan bagian
dari RNA polimerase, sedangkan transkripsi prokariot membutuhkan faktor sigma
untuk mengikat promotor.
•promotor eukariotik memiliki lebih banyak variasi daripada promotor prokariota.
•Penghentian transkripsi membutuhkan faktor Rho pada prokariota, sedangkan
eukariota tidak perlu itu.
•Dalam prokariota, dua jenis transkripsi dapat terjadi; yaitu faktor terminasi
tergantung dan pemutusan intrinsik, sedangkan transkripsi eukariotik dikendalikan
oleh sinyal yang berbeda, yang berbeda dengan enzim yang terlibat.
“The Protein Players” - RNA polymerases, transcription factors, initiation factors,
enhancers, repressors
Prokaryotes?
Prokaryotic transcription video
Translation

126
Protein Synthesis
 PENDAHULUAN
• Translasi (translation=penerjemahan) adalah
sintesis polipeptida yang diarahkan oleh RNA
dengan menginterpretasikan suatu pesan
genetik yang berupa pesan serangkaian kodon
di sepanjang molekul mRNA
• RNA transfer  mentransfer asam-asam
amino dari kolam asam amino sitoplasmanya
ke ribosom
PENDAHULUAN
KONSEP DASAR & STRUKTUR tRNA
SINTETASE tRNA-AMINOASIL

Penyambungan tRNA
dengan asam amino
merupakan suatu
proses endergonik
yang terjadi dengan
tenaga ATP
 RIBOSOM
• Tempat sel membuat protein
• Ribosom membangun protein dalam 2 lokasi
sitoplasmik
– Ribosom bebas tersuspensi dalam sitosol
– Ribosom terikat dilekatkan pada luar jalinan
membran yang disebut retikulum endoplasmik
ANATOMI RIBOSOM

• P (tempat tRNA-peptidil) mengikat

tRNA yang membawa rantai
polipeptida yang sedang tumbuh
• A (tempat tRNA-aminoasil)
mengikat tRNA yang membawa
asam amino berikut yang akan
ditambahkan pada rantai
polipeptida
• E (tempat keluar) tRNA yang tidak
bermuatan meninggalkan ribosom
 PEMBENTUKAN POLIPEPTIDA
• Dibagi menjadi tiga tahap
– Inisiasi
– Elongasi
– terminasi
• Inisiasi & elongasi rantai membutuhkan
sejumlah energi yang disediakan oleh GTP
(guanosin triphosphate)
INISIASI TRANSLASI

a) Subunit ribosom kecil

berikatan dengan molekul
mRNA
b) Kedatangan sebuah
subunit ribosom besar
menyelesaikan kompleks
inisiasi
 ELONGASI TRANSLASI
• Terjadi dalam siklus tiga tahap :
– Pengenalan kodon
• Kodon mRNA pada tempat A dari ribosom membentuk ikatan
hidrogen dengan antikodon molekul tRNA yang baru masuk
membawa asam amino yang tepat
– Pembentukan ikatan peptida
• Molekul rRNA dari subunit ribosom besar, berfungsi sebagai
ribozim, mengkatalisis pembentukan ikatan peptida yang
menggabungkan polipeptida yang memanjang dari tempat P ke
asam amino yang baru tiba di tempat A
– Translokasi
• tRNA ditempat A, sekarang terikat pada polipeptida yang sedang
tumbuh, ditranslokasikan ke tempat P. Antikodon tetap berikatan
dengan hidrogen pada kodon mRNA
ELONGASI TRANSLASI

Ketika suatu ribosom mencapai
kodon terminasi pada untai
mRNA, tempat A pada ribosom
itu menerima suatu protein yang
disebut faktor pelepas sebagai
ganti tRNA
TERMINASI
Faktor pelepas menghidrolisis Kedua subunit ribosom
ikatan antara tRNA di dalam
tempat P dan asam amino dan komponen
terakhir dan rantai polipeptida penyusun lain
terdisosiasi
 POLIRIBOSOM

Suatu molekul mRNA umumnya ditranslasi secara

simultan oleh beberapa ribosom dalam suatu
rangkaian yang disebut poliribosom
MEKANISME SINYAL MENGARAHKAN PROTEIN KE
RETIKULUM ENDOPLASMA
S
U
M
M
A
R
Y
TRANSLASI SEL
PROKARIOTIK
 Sel Prokariotik
• Prokariotik adalah organisme bersel tunggal sehingga
memerlukan mekanisme pengaturan ekspresi gen yang
lebih sederhana .
• Prokariotik yang paling banyak diteliti adalah E.Coli.
• DNA tidak membentuk kompleks histon dan tidak
terdapat selubung inti yg memisahkan gen dari isi
sitplasma (Transkripsi dan translasi terjadi secara
bersamaan)
• Tanskripsi gen tdk mengandung intron dan mRNA tdk
memilki cap
• Pengikatan mRNA ke sub unit ribosom kecil dengan
urutan Shine-Delgarno.
• Asam amino pertama adalah Formil-metionin
• Faktor inisiasi : IF (3)
• Ribosom subunit 50S-30S (70S)
 TRANSLASI

Proses sintesis polipeptida yang berlangsung di ribosom

dengan cara menerjemahkan sekuens nukleotida mRNA
hasil transkripsi menjadi sekuens asam amino yang
saling tergabung oleh ikatan polipeptida untuk
membentuk protein.
KOMPONEN PENTING UNTUK TRANSLASI PROKARIOTIK

1. Asam amino
Asam amino
terdapat di
dalam protein
harus tersedia
saat sintesis
protein.
2. Pengikatan tRNA
ke sebuah kodon
pada mRNA • Tempat perlekatan asam amino :
setiap molekul tRNA mempunyai
satu tempt perlekatan untuk setiap
asam amino spesifik di ujung 3’.

• Antikodon : setiap molekul tRNA

juga mengandung rangkaian
nukleotida tiga-basa-antikodon
yang mengenali kodon spesifik
pada mRNA.

• Hipotesis Wobble : Mekanisme

tRNA dalam mengenali lebih dari
satu kodon untuk satu asam amino
yang spesifik.
Hipotesis Wobble
• Pemsangan basa
non-tradisional
antara nukleotida-
5’ (nukleotida
pertama) antikodon
dengan nukleotida-
3’ (nukleotida
terakhir) kodon.
I=Inosin
3. Pembentukan
Aminoasil-tRNA
•Sebuah tRNA mengandung
asam amino yang terikat
secara kovalen ke ujung-
3’nya disebut aminoasil
tRNA.

•Asam amino melekat ke

tRNA oleh Enzim aminoasil-
tRNA sintetase.

•Reaksi yang dikatalisi oleh

aminoasil tRNA sintetase
berlangsung 2 langkah.
4. Ribosom (tempat
sintesis protein)

• Ribosom prokariotik
subunit 50S dan 30S
keduanya
membentuk ribosom
dengan nilai 70S.
• Ribosom prokariotik
mengandung 3
molekul rRNA.
Lanjutan…

• Ribosom
mempunyai tiga
tempat pengikatan
untuk molekul tRNA
– tempat A,P,E yg
masing-masing
meluas hingga
mencapa kedua sub
unit.
5. Pembentukan
Inisiator N-Formil-
metionil tRNA Formil
Gugus
ditambahkan ke
metionin setelah asam
amino dilekatkan pada
tRNAinisiator oleh
enzim transformilase
yang menggunakan
N10-Formil
tetrahidrofolat.
 KODE GENETIK
• Kode genetik adalah sebuah kamus yang mengenali
hubungan antara sekuens basa nukleotida dan
sekuens asam amino.

• Sekuens basa nukleotida (Triplet kodon) terbentuk

berasal dari empat nukleotida mRNA (A,G,C,U) (64
kombinasi kodon)

• Terdapat 20 sekuens asam amino pada kode

genetik.
5’ 3’
• Mekanisme translasi sebuah kodon
digunakan untuk mentranslasikan
rangkaian kodon apapun dan juga
menetukan asam amino mana yang harus
dikode oleh rangkaian mRNA.

• Kodon terminasi (“stop” atau “nonsense”) :

tiga kodon, UAG, UGA dan UAA tidak
mengkode asam amino tetapi lebih
merupakan kodon terminasi.
 Karakteristik Kode Genetik
• Spesifisitas : kode genetik bersifat spesifik (tidak
ambigu)

• Universalitas : kode genetik hampir selalu

bersifat universal untuk semua spesies.

• Berdegenerasi : satu asam amino dapat

mempunyai lebih dari 1 triplet kodon

• Tidak tumpang tindih dan tidak berjedah

Proses translasi pada prokariotik
Gambaran umum yang akan di bahas:

Pengertian translasi

Komponen translasi

ORF (Open Reading Frame)

Tahap-tahap translasi
 Translasi

 Translasi adalah proses penerjemahan urutan

nukleotida/kode-kode genetik yang ada pada
molekul mRNA menjadi urutan rangkaian asam-
asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau
protein

 translasi dilakukan hampir serentak dengan

proses transkripsi
 Translasi memerukan 3 komponen:

Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan) urutan DNA

yang menyusun suatu gen dalam bentuk ORF

Molekul tRNA merupakan pembawa asam-asam amino yang akan

disambungkan menjadi rantai polipeptida, tRNA sebagai penterjemah,
yang membawa antikodon.

Ribosom merupakan tempat penterjemahan berlangsung/proses

translasi
 Ciri-ciri ORF

 kodon inisisi translasi , urutan ATG (pada DNA) dan

AUG (pada mRNA)

 terdapat serangkaian urutan nukleotida yang

menyusun banyak kodon yang dibaca tiap tiga nukleotida
sebagai satu kodon untuk satu asam amino, dan
pembacaan dimulai dari urutan kodon metionin (ATG
pada DNA atau AUG pada mRNA).

 Kodon terminasi translasi, yaitu TAA (UAA pada

mRNA), TAG (UAG pada mRNA), atau TGA (UGA pada
mRNA).
 Ukuran ribosom

Ukuran ribosom sering dinyatakan atas dasar laju

pengendapannya selama sentrifugasi sebagai satuan
yang disebut satuan Svedberg (S). Pada jasad prokaryot:
 subunit kecil mempunyai koefisien sedimentasi
sebesar 30S
 subunit besar berukuran 50S
 tetapi pada saat kedua unit tersebut bergabung
koefisien sedimentasinya adalah 70S
Faktor-faktor translasi prokariot
Tahap inisiasi
 Tahap
elongasi
Tahap elongasi
(lanjutan)
terminasi
TRANSLASI EUKARIOTIK
Komponen yang di butuhkan untuk translasi

1.RNA: rRNA,tRNA,mRNA
2.Asam amino
3.Faktor Protein
4. ATP dan GTP
5.Enzim aminoasil-tRNA sintetase
RNA (RIBONUCLEIC ACID)
RNA merupakan
makromolekul yang
berfungsi sebagai penyimpan
dan penyalur informasi
genetik, misalnya pada
proses translasi untuk
sintesis protein.
 Tabel perbedaan RNA dan DNA

DNA RNA

Letak Dalam inti sel, mitokondria, kloroplas, Dalam inti sel, sitoplasma dan
sentriol. ribosom.

Bentuk Polinukleotida ganda yang panjang Polinukleotida tunggal dan pendekl

Gula deoxyribosa Ribosa

Basanya Golongan purin : adenine dan guanine Golongan purin : adenine dan guanine
Golongan pirimidin : cytosine dan timin Golongan pirimidin : cytosine dan
urasil

fungsinya mengontrol sifat yang menurun sintesis protein

–          sintesis protein
–          sintesis RNA
RNA ribosom

Tempat berlangsungnya sintesis protein

Gen-gen rRNA pada eukarioti terdapat ratusan kopi ,terletak
bersisian berderet-deret dan sebagian besar berada di
nukleus
Tersusun dari 2 sub unit ;besar dan kecil yang ukuran
relatifnya di berikan sesuai koefisien sedimen atau nilai s
(svedberg).
Jenis-jenis rRNA
3. RNA-transfer atau tRNA

 tRNA merupakan yang membawa asam

amino satu per satu ke ribosom.
 Pada salah satu ujung tRNA terdapat tiga
rangkaian basa pendek (disebut antikodon).
 Suatu asam amino akan melekat pada ujung
tRNA yang berseberangan dengan ujung
antikodon.
Structure of tRNA Funtions of tRNA
175
Hipotesis wooble
RNA messenger (mRNA)
Stuktur
   Messenger RNA (mRNA) adalah jenis RNA beruntai tunggal
(single strand) membawa informasi yang digunakan untuk
mensintesis protein (Solomon dkk, 2008)
 mRNA adalah jenis RNA yang disintesis oleh DNA dalam
nukleus sebagai pembawa informasi genetik yang akan
diterjemahkan nantinya pada saat transkripsi. mRNA
dibentuk oleh DNA (Reece dkk, 2012)
Struktur mRNA hasil transkripsi dari DNA
Template
 Karakteristik kode genetik
1. Spesifitas : suatu kodon spesifik selalu mengkode asam
amino yang sama.
2. Universalitas: bersifat universal artinya spesifik kode
genetik telah di pertahankan mulai dari tahap evolusi yang
sangat dini, dengan hanya sedikit perebadaan padaa cara
translasi kode tersebut.
3. Kemubadziran : kode genetik bersifat mubadzir (kadang-
kadang di sebut degenerasi).
4. Kode genetik Tidak tumpang tindih dan tidak terjeda.
CONTOH : ABCDEFGHIJKL.
 Tabel
Kode
Genetik

182
TAHAPAN TRANSLASI
 Translation
• Initiation
• Translocation
• Termination
Initiation
 Overview Initiation
• Initial Complex Construction
 Initiation Factors
• eIF2 and eIF2B
• eIF3
• eIF4F
• eIF1 and eIF1A
• eIF5 and eIF5B
 Translation Factor Components
• mRNA
• Charged tRNA
• Large and small subunit ribosome
1. Pre-initiation Complex Construction
2. Assembly of charged tRNA :
eIF2 and eIF2B
3. eIF4F assembly
4. Pab1p assembly to eIF4F
 5. Scanning
Start Codon:
eIF1 and eIF1A
6. Assembly of large subunit ribosome
7. Translation Complex
Elongation
 Overview Elongation
• eEF1A + GTP  allows aa-tRNA to bind at A
site
• Peptidyl transferase  transfers peptide from
P site tRNA to A site tRNA
• eEF2  moves mRNA 1 codon left
 Elongation Factors
• eEF1A
• eEF2
Charged tRNA binds to A site :
eEF1A+GTP activity
eEF1A+GTP recycle
 Translocation:
Peptidyl transferase and eEF2+GTP
activity
 Termination
• eRF + GTP activity when reaching stop codon
(UAA, UAG, UGA)
• Polypeptide then released into RER
 Termination :
Peptidyltransferase
and eRF activity
 Polyribosome
• Translation occurs in more than one ribosome
simultaneously
• Occur on RER surface or cytoplasmic ribosome
Post Translational Modification
Translocation in RER
Golgi Apparatus
 Golgi Apparatus
• Membrane Protein
• Secretory Protein
Lysosomes
MODIFIKASI PASCA TRANSLASI
 Modifikasi rantai polipeptida pasca
translasi
• Banyak rantai polipeptida yang dimodifikasi secara kovalen,
baik ketika rantai tersebut masih melekat pada ribosom atau
setelah sintesisnya selesai.
• Karena modifikasi terjadi setelah translasi dimulai 
modifikasi pascatranslasi
• Modifikasi ini meliputi pembuangan sebagian sekuens yang
ditranslasi atau penambahan kovalen satu atau lebih gugus
kimia yg dibutuhkan untuk aktivitas protein.
 A. Pemotongan (Trimming)
• Beberapa protein yang diperuntukkan u/ disekresi dari sel, awalnya dibuat
dlm bentuk molekul prekursor besar yg secra fungsional tdk aktif
• Bagian rantai protein  dibuang o/ endoprotease khusus  pelepasan
suatu molekul aktif
• Tempat reaksi pembelahan tergantung pd protein yg dimodifikasi (cnth:
prekursor protein dibelah di RE / Badan golgi, sedangkan prekursor lain
didlm vesikel sekretorik yg berkembang  insulin, kolagen dibelah setelah
disekresi.
• Zimogen  prekursor inaktif enzim yg disekresi (termasuk protease utk
pencernaan) cntoh tripsinogen  tripsin diusus halus
 B. Fosforilasi
• Terjadi pada gugus hidroksil serin, treonin atau yg lebih jarang, residu
tirosin di dalam protein.
• Dikatalisis o/ salah satu family protein kinase dan reaksinya dapat
dibalikkan oleh kerja protein fosfatase yg tdpt di dlm sel.
• Dapat meningkatkan/menurunkan aktivitas fungsional protein.
 C. Glikosilasi
• Bnyk protein yg diperuntukkan utk mnjadi bagian dari membran plasma
atau lisosom atau yg akan disekresikan dr sel,
• Mempunyai rantai karbohidrat yg melekat pd gugus hidroksil serin atau
treonin (terkait –O), atau amida nitrogen asparagin (terkait-N)
• Penambahan gula  terjadi di RE dan Badan golgi
• Glikosilasi digunakan utk menargetkan protein ke organel yg spesifik
• (contoh: enzim yg diperuntukkan untuk bergabung dengan lisosom
dimodifikasi melalui penambahan residu monosa-6-fosfat
 Modifikasi-modifikasi kovalen lainnya
• Modifikasi ini mgkn diperlukan utk aktivitas fungsional suatu protein
(Contoh : gugus karboksil tambahan dapat di tambahkan ke residu
glutamat melalui proses karboksilasi yg bergantung vitamin K)
• Residu gamma karboksi glutamat yg dihasilkan, penting utk aktivitas
beberapa protein pembekuan darah.
• Perlekatan lipid, seperti gugus farnesil, dapat membantu menambatkan
protein dimembran.
 Degradasi Protein
• Protein yg cacat atau diperuntukkan untuk pergantian yg cepat (rapid
turnover) sering ditandai utk dihancurkan melalui proses ubikuitinasi
• Merupakan perlekatan suatu protein kecil yg sangat terkonversi yg
disebut ubukuitin
• Protein yg ditandai dgn cara ini didegradasi dengan cepat oleh komponen
sel yg disebut proteasom, yg merupakan suatu sistem proteolitik yg
kompleks, bergantung ATP dan terletak di dlm sitosol
221