BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

PEMBAHASAN

Quantitative Structure–Activity Relationship

(QSAR) adalah metode untuk membangun model
komputasi atau matematika yang berupaya
menemukan korelasi yang signifikan secara
statistik antara struktur dan fungsi menggunakan
teknik kemometrik. Pada penelitian ini model
CoMFA dan CoMSIA 3D-QSAR diturunkan
menggunakan inhibitor asetilkolinesterase.
 Tabel 1. Analisis Statistik CoMFA dan CoMSIA
01 Analisis CoMFA
bertujuan untuk menemukan prediksi model
yang terbaik pada sistem yang digunakan. Dari
53 inhibitor kolinesterase, 46 senyawa diambil
secara acak digunakan sebagai training set
untuk membentuk model CoMFA dan 7 senyawa
digunakan sebagai test set untuk validasi model.
Test set yang terdiri dari 7 senyawa inhibitor
digunakan untuk memvalidasi lebih lanjut model
3D-QSAR.

Analisis CoMSIA
02 Gambar 2. Aktivitas Perkiraan dan Pengamatan
dilakukan dengan menggunakan lima deskriptor dari Training Set dan Test Set dengan Model (a)
yaitu sterik, elektrostatik, hidrofobik, donor CoMFA dan (b) CoMSIA
ikatan hidrogen, dan akseptor ikatan hidrogen.
Studi CoMSIA menunjukkan validasi silang
(cross-validated) q2 0,583 dengan jumlah
optimal komponen 6, r2 konvensional 0,947
dengan kesalahan standar estimasi 0,111, dan
nilai F 243,934.
 PEMETAAN KONTUR

01 CoMFA

Gambar 3. Pemetaan kontur CoMFA bidang (a) sterik dan

(b) elektrostatik
 PEMETAAN KONTUR

02 CoMSIA

Gambar 4. Pemetaan Kontur CoMSIA Bidang (a) Sterik, (b) Elektrostatik,

(c) Hidrofobik, (d) Donor Ikatan Hidrogen, (e) Akseptor Ikatan Hidrogen
DOCKING MOLEKULER

Studi docking molekuler dilakukan dengan

menggunakan software flexX, untuk menyelidiki
mode pengikatan antara inhibitor dan AChE. FlexX33
adalah metode berbasis fragmen. FlexX menangani
fleksibilitas ligan dengan menguraikan ligan menjadi
fragmen dan melakukan konstruksi tambahan
algoritma langsung di dalam situs aktif protein.
Dalam penelitian ini, digunakan pembentukan
kompleks dari struktur kristal AChE (PDB ID: 1EVE)
dengan NAG (N-acetyl-D-Glucosamine). Saat
membuat File RDF, situs aktif didefinisikan dalam
radius 6,5Å ligan.
DOCKING MOLEKULER
Tabel 2. Interaksi Docking Asam Amino dan Jarak Dengan
Studi docking molekuler telah dilakukan pada Senyawa Paling Aktif, Moderat Aktif, dan Tidak Aktif

seri dari 53 turunan flavonoid alami ke dalam situs

aktif asetilkolinesterase. Mode pengikatan turunan
flavonoid dalam pengikatan situs kolinesterase
diidentifikasi menggunakan simulasi docking
fleksibel antarmolekul dengan menggunakan
Program FlexX. Senyawa yang paling aktif, tidak
aktif, dan moderat aktif menunjukkan interaksi
dengan Asp72. Senyawa kurarinone yang paling
aktif menunjukkan interaksi dengan Asp72,
Ser286, dan Phe288 dengan jarak antara ligan
dan protein masing-masing 1,94, 1,77 dan 1,93.
DOCKING MOLEKULER

Gambar 5. (a) Interaksi senyawa yang paling aktif Kurarinone dengan AChE
(b) Interaksi senyawa yang kurang aktif Luteolin-7-O-rutinoside dengan AChE.
BAB V
KESIMPULAN
KESIMPULAN

Analisis 3Q-QSAR dari turunan flavonoid dilakukan

dengan CoMFA dan CoMSIA untuk menentukan
model yang baik dengan inhibitor ACHe. Model
CoMFA dihitung dengan dua parameter statistik,
yaitu q2 yang menunjukkan kemampuan prediksi
model, yang seharusnya > 0,5 dan nilai r2
menunjukkan konsistensi diri modelnya, yang
seharusnya > 0,9. Metode CoMSIA menetapkan
sterik eksplisit, elektrostatik dengan hidrofobik,
bidang donor dan akseptor ikatan hidrogen, yang
dihitung menggunakan probe atom karbon sp3
dengan atom muatan +1 dan radius 1.0 A˚.
KESIMPULAN
Peta kontur CoMFA dan CoMSIA serta pendekatan
docking memberikan informasi yang cukup untuk
memahami hubungan struktur-aktivitas. Nilai yang
dihasilkan juga menunjukkan bahwa metode yang
digunakan memiliki korelasi yang baik. Peta kontur
dapat membantu mengidentifikasi daerah relevan
yang dimana perubahan apapun dapat memengaruhi
preferensi ikatan dan fitur yang berkontribusi pada
interaksi antara flavonoid yang diteliti dan situs aktif
AChE. Selain itu, peta kontur memiliki kemungkinan
untuk membantu dalam mengidentifikasi fitur-fitur
penting yang berkontribusi pada interaksi antara
flavonoid yang diteliti dan situs aktif AChE. Dari hasil
studi docking in silico, interaksi paling aktif berasal
dari senyawa Kuraninone dan paling sedikit dari
senyawa Luteolin-7-O-rutinoside.
Thank You