Real-Time PCR
Real-Time PCR merupakan suatu perangkat platform instrumentasi, yang terdiri atas
satu buah thermal cycler, satu buah komputer, lensa untuk eksitasi fluoresen dan
pengumpul emisi, serta perangkat lunak untuk akuisisi dan analisis data. Prinsip kerja
Real-Time PCR adalah mendeteksi dan menguantifikasi reporter fluoresen. Sinyal
fluoresen akan meningkat seiring dengan bertambahnya produk PCR dalam reaksi.
Dengan mencatat jumlah emisi fluoresen pada setiap siklus, reaksi selama fase
eksponensial dapat dipantau. Peningkatan produk PCR yang signifikan pada fase
eksponensial berhubungan dengan jumlah inisiasi gen target.
Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (Rt-Pcr)
RT-PCR merupakan singkatan Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction.
Seperti namanya, proses RT-PCR merupakan bagian dari proses PCR biasa.
Perbedaanya dengan PCR yang biasa, pada proses ini berlangsung satu siklus
tambahan yaitu adanya perubahan RNA menjadi cDNA (complementary DNA)
dengan menggunakan enzim Reverse Transkriptase. Reverse Transcriptase adalah
suatu enzim yang dapat mensintesa molekul DNA secara in vitro menggunakan
template RNA.
Nested PCR
Nested PCR adalah suatu teknik perbanyakan replikasi sampel DNA menggunakan
bantuan enzim DNA polymerase yang menggunakan dua pasang primer untuk
mengamplifikasi fragmen. Pasangan primer yang pertama akan mengamplifikasi
fragmen yang cara kerjanya mirip dengan PCR pada umumnya. Pasangan primer yang
kedua biasanya disebut nested primers ( sepasang primer tersebut terletak di dalam
fragmen pertama) yang berikatan di dalam fragmen produk PCR yang pertama untuk
memungkinkan terjadinya amplifikasi produk PCR yang kedua dimana hasilnya lebih
pendek dari yang pertama.Nested PCR adalah PCR yang sangat spesifik dalam
melakukan amplifikasi karena jika ada fragmen yang salah diamplifikasi maka
kemungkinan bagian tersebut diamplifikasi untuk kedua kalinya oleh primer yang
kedua sangat rendah.
Multiplex PCR
Multiplex PCR digunakan untuk mendeteksi beberapa target DNA sekaligus.
Multiplex PCR merupakan beberapa set primer dalam campuran PCR tunggal untuk
menghasilkan amplikon dari berbagai ukuran yang spesifik untuk sekuens DNA yang
berbeda. Dengan penargetan gen sekaligus, informasi tambahan dapat diperoleh dari
lari-tes tunggal yang tidak akan membutuhkan beberapa kali reagen dan lebih banyak
waktu untuk melakukan. Temperatur Annealing untuk masing-masing set primer
harus dioptimalkan untuk bekerja dengan benar dalam reaksi tunggal, dan ukuran
amplikon. Artinya, panjangnya pasangan basa harus berbeda cukup untuk membentuk
band yang berbeda ketika divisualisasikan dengan elektroforesis gel .
ELISA PCR
Teknik PCR-ELOSA adalah suatu metode untuk mendeteksi suatu segmen nukleotida
menggunakan PCR dan ELISA. Amplikon PCR didenaturasi, diimobilisasi pada
microwell plate lalu diidentifikasi secara hibridisasi DNA dan imunologis (ELISA).
Sejumlah istilah telah digunakan untuk teknik tersebut diantaranya PCR and DIGELISA detection, ELISA-based oligonucleotide ligation assay, PCRoligonucleotide
ligation assay, DIAPOPS (Detection of immobilised amplified products in one phase
system)
PCR-ELISA merupakan metode yang digunakan untuk menangkap asam nukleat
yang meniru prinsip dari enzim linked immunosorbant yang terkait. Dimana dalam
sebuah pengujian hibridisasi hasil produk dari PCR akan terdeteksi dengan metode
ini. Dengan metode inilah dapat dilakukan pengukuran sequen internal pada produk
PCR. Metode ini lebih dipilih karena lebih murah dibandingkan metode Real Time
PCR. PCR-ELISA telah digunakan sejak akhir 1980-an dan telah berkembang untuk
mendeteksi sequen tertentu dalam produk PCR.