Bab 2.

STRUKTUR MIKROBA

Look!Look! Look deep into nature and you will understand everything.

(Albert Einstein)

Industri bioproses akan banyak bekerja dengan atau mempekerjakan, bakteri.

Dalam buku ini pembahasan lebih banyak diarahkan pada bakteri. Penjelasan mengenai
jamur akan diberikan secara khusus dalam kesempatan lain mengingat sifatnya yang sangat
khusus dan beragam. Demikian juga dengan pembahasan mengenai virus. Selanjutnya
penyebutan mikroba sering digunakan untuk menyingkat penggunaan kata mikro bakteria.

Bakteri dapat kita sebut sebagai pekerja yang tak kenal lelah dan tidak pernah
korupsi. Jumlahnya berjuta-juta bahkan bermilyar kali lipat pekerja manusia dalam suatu
pabrik makanan. Bayangkan saja sebuah bioreaktor yang berukuran 10 Liter (termasuk
ukuran kecil dalam industri) dapat dihuni oleh bakteri dengan kepadatan 106 CFU per
mililiter. Colony forming unit (CFU) adalah satuan jumlah bakteri yang dapat hidup dalam
media yang kita gunakan dan membentuk koloni. Jadi, paling tidak ada 10 milyar bakteri
yang aktif dalam bioreaktor tersebut! Berapa jumlah pekerja manusia dalam pabrik pada
umumnya?

Bakteri adalah makhluk hidup yang berukuran sangat kecil, bervariasi antara 10-7
sampai dengan 10-5 meter (atau 0,1 hingga 100 m) panjangnya. Meskipun ukurannya begitu
kecil, kompleksitas struktur tubuhnya sangatlah mencengangkan. Pada bab ini kita akan
melihat beberapa senyawa yang menyusun tubuh mikroba dan bagaimana senyawaan tersebut
terangkai. Mengapa kita perlu memahami hal-hal itu? Jika kita memahami struktur dan
senyawa penyusun tubuh mikroba, maka diharapkan kita dapat mengerti bagaimana mikroba
berfungsi. Pengetahuan tersebut selanjutnya dapat mengantarkan kita untuk memahami hal-
hal berikut:

Bakteri penyebab penyakit (patogen) memiliki beragam struktur yang dapat

memperbesar kemampuannya untuk menyebabkan penyakit. Sebagai contoh suatu sifat
penting adalah kemampuannya untuk melekat pada bahan yang akan menjadi makanannya
atau mangsanya. Dalam hal ini struktur pili, sebuah struktur permukaan berisi protein pada
bakteri, memegang peranan yang sangat penting.

Beberapa bakteri mampu bergerak bebas pada lingkungan ia tinggal, baik dengan
adanya sebuah flagelum (banyak:flagella) semacam baling-baling yang akan mendorong
bakteri. Flagelum adalah suatu struktur berbentuk spiral, panjang, fleksibel, yang mampu
mendorong bakteri bergerak dalam cairan. Flagela juga memiliki kemampuan untuk
mendeteksi kondisi sekitar yang menguntungkan maupun tidak menyenangkan sehingga
bakteri dapat bergerak menuju atau meghindarinya.

Dalam pertumbuhan, bakteri memerlukan zat-zat penyusun tubuh yang terkadang

sangat khas. Dengan mengetahui kekhasan tersebut maka kita dapat memahami dan
mengendalikan proses pertumbuhannya.

Mikroba juga mampu saling bertukar informasi genetik dengan cara berkawin
(mating). Proses ini melibatkan struktur permukaan tubuh yang disebut sebagai F-pilus.

Bakteri mampu melakukan tahapan-tahapan untuk menyelematkan hidupnya.

Termasuk upaya bertahan hidup adalah kemampuan membentuk struktur istirahat
(dormant) yang memungkinkan bakteri "tidur" saat kondisi buruk atau tidak mendukung
pertumbuhannya.

Dalam masa-masa tertentu banyak mikroba mampu menyimpan kelebihan karbon,

nitrogen, sulfur atau phosphor dalam kantung yang disebut inclusions di dalam sel.

Dengan melihat struktur bakteri kita akan mengetahui bahwa pemahaman tentang
struktur tidak hanya mengantarkan kita untuk mengerti hubungan fungsional namun juga
mengetahui bahwa arsitektur mungil ini sangat menakjubkan.
 Gambar 2. 1.Ilustrasi tipikal bakteri pada umumnya

Pada bab ini sebuah tipikal bakteri yang ditemui secara umum dilukiskan seperti pada
gambar 6. Bentuk bakteri umum inilah yang telah lebih dari 100 tahun digunakan oleh para
ilmuan untuk mempelajari bakteri.

MorfologiSel
Morfologi dasar bakteri yang paling umum dalam berbagai literature mikrobiologi
adalahbulat (coccus), batang (bacillus), spiral (spirillum), memanjang (filamen). Identifikasi
bentuk menjadi tahapan penting dalam mengenali spesies suatu bakteri. Namun, bentuk dasar
tersebut bisa saja berubah tergantung pada kondisi pertumbuhan dan kondisi yang dialami
oleh bakteri. Bakteri umumnya membentuk morfologi sel yang khas ketika diperiksa dengan
mikroskop cahaya. Namun bentuk morfologi koloninya dapat saja berbeda ketika tumbuh di
cawan petri.
Sesuai namanya, mikro-organisma, umumnya bakteri memiliki ukuran tubuh berskala
micrometer (M). Sebagai contoh, Escherichia coli berukuran panjang 2 M dan lebar
garis tengahnya 0,5 M. Ukuran volume selnya berkisar 0,6 hingga 0,7 M3 [Kubischek,
1990]. Jika kita beranggapan seluruh sel memiliki rapat massa yang sama dengan air, maka
massa bakteri adalah sekitar 1x10-9 gram atau 1pikogram (pg) [Capaldo-Kimball,
1971].Massa kering sel diperkirakan 20 % massa basahnya, atau 0,2 pg. Protein menyusun
setengah massa sel kering bakteri. Analisis abu menunjukkan setengah dari massa kering sel
bakteri terdiri dari karbon.

Dindingsel
Sel bakteri dikelilingi oleh membran plasma dan dinding sel. Dinding sel bakteri memberikan
bentuk atau integritas struktural bagi sel. Secara umum konsentrasi protein dan molekul lain
di dalam sel lebih tinggi dibandingkan dengan lingkungan eksternalnya. Dengan demikian
fungsi utama dari dinding sel prokariota adalah juga untuk melindungi sel dari tekanan
internal. Perbedaan dinding sel bakteri dengan organisme lain adalah karena adanya
peptidoglikan yang terletak di luar membran sitoplasma. Peptidoglikan terdiri dari tulang
punggung polisakarida yang tersusun dari asam N-Asetilmuramat (NAM) dan N-
asetilglukosamin (NAG) secara berseling dalam jumlah yang sama. Peptidoglikan
bertanggung jawab atas kekakuan dinding sel bakteri dan untuk penentuan bentuk sel.
Pepttidoglikan relatif berpori dan tidak menghalangi permeabilitas substrat yang berukuran
kecil. Untuk kedua jenis bakteri, partikel sekitar 2 nm dapat melewati peptidoglikan tersebut.
[Demchik dan Koch, 1996].
Dinding sel diperlukan untuk kelangsungan hidup bakteri. Beberapa antibiotika, terutama
penisilin dan sefalosporin, bekerja dengan cara menghentikan atau mengganggu sintesis
(pembentukan) dinding sel yaitu menghalangi pembentukan struktur cross-link peptidoglikan
pada dinding sel bakteri. Antibiotik tidak memberikan dampak negatif pada sel-sel manusia
karena manusia tidak memiliki dinding sel, hanya membran sel. Enzim lisozim, yang terdapat
pada air mata manusia, dapat mencerna dinding sel bakteri dan merupakan pertahanan utama
tubuh terhadap infeksi mata.
Berdasarkan dinding selnya, bakteri dapat dikelompokkan menjadi dua jenis utama, yaitu
bakteri Gram positif dan bakteri Gram negatif. Pemberian nama tersebut berdasarkan
karakteristik pewarnaannya.

Dinding sel bakteri Gram positif

Ciri utama dari dinding sel Gram positif adalah ketebalan dan kandungan peptidoglikan-nya.
Pada gram positif, dinding selnya tebal (juga dikenal sebagai murein) dan peptidoglikan
menyusun hampir 95% lapisan dinding sel. Pada bakteri Gram negatif lapisan peptidoglikan
mungkin hanya 5-10% saja dari dinding sel bakteri. Dinding sel beberapa bakteri Gram
positif dapat benar-benar luluh oleh lisozim, karena enzim ini menyerang ikatan antara AG
dan AM. Ada juga dinding bakteri Gram positif, seperti Staphylococcus aureus, yang tahan
terhadap aksi lisozim. Bakteri ini memiliki kelompok O-asetil pada karbon-6 dari beberapa
residu AM. Komponen lipida juga ditemukan dalam membran yang bersifat perekat dan
membantu sebagai jangkar membran.

Gambar 2. 2. Dinding sel bakteri Gram positif

Dinding sel bakteri Gram negatif

Lapisan tipis peptidoglikan pada dinding sel bakteri Gram negatif berdekatan dengan
membran sitoplasma. Struktur kimia lipopolisakarida membran luar bersifat unik untuk
subspesies bakteri tertentu dan bertanggung jawab untuk banyak sifat-sifat antigenik.
Lipopolisakarida, juga disebut endotoksin, terdiri dari polisakarida dan lipid A. Ini terdiri dari
lipopolysaccarides karakteristik tertanam dalam membran.
 Gambar 2. 3. Dinding sel bakteri gram negatif

Bakteri memiliki lapisan membran plasma atau membran sitoplasma. Membran ini terdiri
dari fosfolipida lapis ganda (bilayer). Dengan sifat permeabilitasnya, membran sel bersfungsi
sebagai penghalang bagi sebagian besar molekul, sekaligus berfungsi sebagai lokasi untuk
pengangkutan molekul lainnya ke dalam sel. Selain fungsi tersebut, membran prokariotik
juga berfungsi dalam konservasi energi. Tidak seperti eukariota, bakteri dapat memiliki
berbagai macam asam lemak dalam membrane, baik asam lemak jenuh, asam lemak tak
jenuh, dan asam lemak dengan berbagai gugus. Bakteri dapat memanfaatkan dan
mempengarugi proporsi asam lemak untuk mempertahankan fluiditas optimum membran
(misalnya mengikuti perubahan suhu).
Pada bilayer fosfolipid, bagian lipid dari membran luar tidak dapat ditembus oleh molekul
bermuatan. Namun, saluran yang disebut porins yang terletak pada membran luar,
memungkinkan untuk transportasi pasif berbagai macam ion, gula dan asam amino melintasi
membran luar. Sebagai akibatnya, molekul-molekul ini dalam periplasma, yaitu daerah antara
sitoplasma dan membran luar. Periplasma berisi lapisan peptidoglikan dan banyak protein
yang bertanggung jawab untuk substrat mengikat atau hidrolisis dan penerimaan sinyal
ekstraseluler. Periplasma diduga berada dalam keadaan seperti gel karena tingginya
konsentrasi protein dan peptidoglikan di dalamnya.
Struktur Intra Sel
Ada beberapa struktur yang secara universal dimiliki oleh hampir semua bakteri. Blok
penyusun kehidupan seperti DNA, RNA, dan protein, adalah umum dimiliki oleh tidak hanya
bakteri atau mikroorganisma, namun hampir seluruh makhluk hidup, tidak hanya mikroba.
Alasan lain yang cukup menarik untuk mempelajari struktur bakteri adalah bahwa
kebanyakan dari struktur kehidupan manusia tersebut diketahui oleh manusia dengan cara
mempelajari bakteri.

Juga, semua mikroba memiliki membran sel. Hampir semua bakteri, namun tidak
semua, memiliki dinding sel. Bagaimana kita mengetahuinya? Ada banyak cara mengetahui
struktur bakteri yang sangat rumit. Mikroskop-mikroskop cahaya, fluoresens, dan elektron
tentu memegang peranan sangat penting. Berikutnya, yang memegang peranan penting juga
ilmu genetika bakteri, biologi molekular dan biokimia. Mikroskop membantu ilmuan untuk
menggambarkan dimana struktur tersebut berada dan susunan letak atau spasialnya di dalam
tubuh mikroba. Genetika bakteri dan biologi molecular mengidentifikasi dan menganalisa
manfaat gen bagi sintesa dan pengaturan struktur-struktur tersebut. Biokimia memberi
peluang bagi pengujian bagian-bagian struktur tersebut secara terpisah dan juga dalam
keadaan utuh. Kombinasi disiplin ilmu-ilmu tersebut menyuguhkan pemahaman yang dalam
tentang susunan bakteri.

Sitoplasma
Sitoplasma atau protoplasma adalah bagian dari sel yang terletak di dalam membran
sitoplasma. Matrik sitoplasma didefinisikan sebagai bahan-bahan di dalam membran plasma
selain material genetis. Sitoplasma hampir-hampir tidak nampak dengan mikroskop elektron,
meskipun butiran-butiran kecil dapat terlihat. Namun begitu, sitoplasma berperan sangat
penting dalam sel. Sitoplasma melingkupi banyak kandungan sel. Di dalam sitoplasma inilah
fungsi-fungsi pertumbuhan terjadi. Di dalamnya enzim-enzim glikolisis tersusun dalam satu
bagian dan memecah substrat secara bergiliran dalam satu deret asembli seperti pada sebuah
industri.

Sitoplasma terdiri dari banyak protein (termasuk enzim), vitamin, ion-ion, asam
nukleat dan prekursornya, asam amino dan prekursornya, gula, karbohidrat dan turunannya,
asam lemak dan turunannya. Sitoplasma nampak seperti gel yang memiliki kompartemen:
daerah genetik (daerah yang mengandung informasi hereditas), daerah protein (ditemukan
sebagai katalis reaksi-reaksi maupun sebagai struktur sel), dan ribosom (mesin sintesa
protein).

Asam nukleat
Asam-asam nukleat, asam ribonukleat (RNA) dan asam deoksiribonukleat (DNA)
berfungsi sebagai unit penyimpan informasi hereditas. DNA dapat dianggap sebagai buku
masak besar yang memuat resep-resep untuk setiap protein dalam sel. RNA membantu
ribosom untuk menerjemahkan informasi dari DNA menjadi protein.

Kendati memiliki fungsi yang teramat penting bagi sel, struktur asam nukleat ternyata
cukup sederhana. RNA dan DNA adalah polimer dengan 4 nukleotida: Adenina, Guanina,
Sitosina dan Timina (atau Urasil untuk RNA).

N O
O O
O N N O N N

O O
O O O O

Sitidina Uradina

O O N
O
O N
O N N
O N
N
O
O O
O N
Deoksitimidina Guanosina
 O N
N
O N

N
N
O O
Adenosina

Gambar 2. 4. Struktur nukleotida. Gula dalam hal ini adalah Asam ribonukleat.

Struktur nukleotida dapat dikelompokkan menjadi 2 bagian: Kerangka gula-phosphat

dan basa. Semua nukleotida berbagi kerangka gula-phosphat. Polimer nukleotida dibentuk
dengan mengaitkan unit-unit monomer dengan menggunakan oksigen pada phosphat, dan
sebuah gugus hidroksil pada gula.

A, T, G dan C dapat dikaitkan secara bersama-sama membentuk rantai panjang.

Gugus 3'-hidroksil pada unit ribose bereaksi dengan gugus 5'-phosphate di sebelahnya
membentuk rantai.

gula P gula P gula P

basa basa basa

basa basa basa

gula P gula P gula P

Gambar 2. 5.Ikatan rangkaian DNA

Basa pada tiap nukleotida berbeda-beda, namun masih menunjukkan kesamaan:

adenin (A) dan guanin (G) adalah purin, perhatikan struktur 2 cincinnya pada gambar 8.
Demikian juga dengan citosin (C) dan timina (T) dan urasil (U) yang merupakan pyrimidin
dan memiliki struktur yang mirip, namun berbeda pada gugus sampingnya.
 Bila 2 rangkaian asam nukleat berdekatan maka keduanya berpasangan satu-sama
lain. Basa-basa sepanjang polimer dapat berinteraksi dengan basa pasangannya pada
rangkaian sebelahnya. Pada gambar 9 adenin membentuk 2 ikatan hidrogen dengan thimin.
Demikian juga citosin berpasangan dengan guanin dengan 3 ikatan hidrogen. Pasangan G-C
lebih kuat 33% dibanding A-T karena kelebihan ikatan hidrogennya.

O
H N
Adenina
HN N
H
N O
N
Timina

Sitosina
H
N
H
O
Guanina N N
N H
N
O
H
N N N
H

Gambar 2. 6. Pasangan basa antar asam nukleat

DNA
Sel-sel mengandung 2 rangkaian DNA yang merupakan cermin satu sama lain seperti
terlihat pada ilustrasi dalam gambar 10. Jika berbaris secara tepat, A dapat berpasangan
dengan T, dan G dengan C. Karena merupakan cermin, maka jumlah A sama dengan T,
demikian pula G dan C pada setiap rangkaian rangkap pada molekul DNA. Pada larutan, 2
rangkaian biasanya saling bertemu dan membentuk helix rangkap (double helix). Reaksi ini
sangat disukai karena berbagai ikatan hydrogen antara basa-basa yang saling berdekatan.
Molekul DNA dapat berisi jutaan pasangan basa dan ukuran DNA suatu organisma dapat
bervariasi sekali. Perlu dicatat bahwa genom DNA tidak selalu merupakan ukuran
kemutakhiran suatu makhluk. Sebagai contoh: ukuran genom manusia 3.500.000 kb
sedangkan newts ukuran genomnya 19.000.000 kb. Ukuran DNA umumnya adalah jumlah
pasangan basa dalam ribuan ((kilobases (kb)

A T G C G A T C G A T C G C G C T A T G C A
T A C G C T A G C T A G C G C G A T A C G T

Gambar 2. 7. Cermin DNA helix rangkap

RNA

RNA memiliki struktur yang serupa dengan DNA, hanya saja urasil (U) menggantikan
tempat thimin (T) di dalam molekul dan unit ribosa pada tiap gula mengandung sebuah gugus
hidroksil. RNA menjalankan 3 fungsi di dalam ribosom. Fungsi-fungsi ini berkaitan dengan
informasi genetik dalam DNA kepada protein.

Gambar 2. 8. DNA diterjemahkan ke RNA yang kemudian diterjemahkan ke protein oleh ribosom.

DNA harus dapat mereplikasi dirinya untuk menyampaikan informasi genetik ini. Proses
replikasi harus berjalan dengan tepat. Ingatlah bahwa struktur mendiktekan fungsi. Prosesnya
sebenarnya sangat sederhana. Karena DNA rangkaian rangkap, maka kedua rangkaian
tersebut melepas dan masing-masing menjadi cetakan (template) untuk membuat rangkaian
lain berikutnya.

Proses ini disebut sebagai replikasi semi konservatif. Pada pembelahan sel, setiap sel
mendapatkan satu rangkaian lama dan satu rangkaian baru. Replikasi dilakukan oleh upaya
terkoordinasi sekitar 20-an enzim seluler. Sebuah enzim yang paling banyak dipahami adalah
polimerase, yang membentuk ikatan phospodiester antara residu phosphat pada gula dari
nukleotida yang datang dan residu OH pada gula dari rantai DNA yang berkembang. Enzim
dapat pula membaca ulang dan memperbaiki kesalahan yang terjadi selama proses.

Plasmid
Meskipun sel-sel bakteri hanya memiliki satu kromosom, sel-sel dapat memiliki
material genetik lainnya. Lembaran-lembaran DNA kecil ini disebut sebagai plasmid dan
didefinisikan sebagai DNA extrakromosomal yang mampu mereplikasi diri secara bebas
(otonomi).

Plasmid mirip sekali dengan kromosom, hanya saja ukurannya lebih kecil dan
berbentuk kovalen sirkular tertutup. Dalam beberapa spesies ditemukan plasmid berbentuk
linear. Bila tipikal ukuran DNA kromosom adalah 4000 kb, DNA plasmid berkisar antara 1-
200 kb. Sangat mungkin plasmid berjumlah 1-700 kopi di dalam sebuah sel.

Fungsi plasmid tidak diketahui dengan jelas dan seringkali keberadaannya tidak
terlalu esensial. Meskipun begitu, kehadiran plasmid kadang memberi kelebihan pada
inangnya. Diantara kelebihan tersebut adalah sebagai berikut:

Resistansi antibiotik beberapa plasmid memberi kode untuk pembentukan protein

yang mampu mengurai antibiotik. Ini merupakan keberuntungan bagi patogen.

Beberapa plasmid memberi kode untuk pembentukan protein yang membawa faktor
berbahaya pada inang. Sebagai contoh plasmid pada bakteri Escherichia coli Ent P307
memberi kode pembentukan enterotoxin yang menjadikan E. coli bakteri patogenik.

Plasmid untuk perkawinan Inilah yang memungkinkan pertukaran DNA antar sel-
sel bakteria.

Protein
Protein-protein dan peptida (protein kecil) penting bagi sel dan memiliki dua fungsi
utama di dalam sel. Sebagian protein-protein adalah enzim-enzim yang menjadi katalis bagi
reaksi-reaksi hayati pada makhluk hidup. Protein-protein lainnya berperan struktural bagi sel,
baik di dalam dinding sel, membrane sel atau dalam sitoplasma.
Struktur Primer
Pada bagian ini kita akan melihat struktur dasar yang dimiliki secara umum oleh
protein-protein. Protein pada dasarnya adalah bentuk polimer dari asam amino. Asam-asam
amino adalah amina-amina primer yang memiliki karbon alpha yang bersambung dengan
gugus amino (NH3), gugus karboksil (COOH), dan gugus samping variabel (R) (lihat gambar
12). Gugus samping memberi sifat-sifat yang unik pada setiap asam amino dan membantu
mendikte penggandaan protein.

Grup samping (side group)

karbon alfa

grup amino (amino group)

Gambar 2. 9. Sebuah asam amino yang umum

Secara umum, polimer-polimer asam-asam amino diciptakan dari gabungan gugus

amino pada gugus karboksil kepada asam amino lainnya. Inilah yang disebut sebagai ikatan
peptida (Gambar 13).

alanin valin

Ikatan peptida

Gambar 2. 10. Ikatan peptida

O N O O
N O
N
N N N N
Alanil Arginil Asparaginil
 O O O O
O N
S
O N N N
Aspartil Sisteinil Glutaminil

O O O O
N
O

N N N N
Glutamil Glisil Histidil

O O O
N

N N N
Isoleusil Leusil Lisil

O
O O
S

N
N N
 Metionil Fenilalanil Prdil

O O O O

O
N N N N
Seril Treknil Triptofanil

O
O

N
O N
Tirosil Valil

Gambar 2. 11. Asam-asam amino yang umum

Ada 20 asam-asam amino yang umum terdapat pada protein-protein. Asam-asam

amino ini dapat digolongkan menjadi 3 gugus: polar, non-polar dan bermuatan. Asam-asam
amino polar dan bermuatan seringkali ditemukan pada permukaan suatu protein, yang
berinteraksi dengan air yang mengelilinginya, sedangkan asam-asam amino non-polar (atau
hydrophobik) akan membenamkan dirinya di bagian dalam (interior). Jumlah dan posisi
asam-asam amino jenis ini pada protein dapat sangat mempengaruhi fungsinya. Gambar 10
mengilustrasikan struktur kimia asam-asam amino.

Peptida dan protein-protein terbentuk saat sebuah ribosom dan mesin penerjemah
lainnya mengaitkan 10 hingga 10.000 asam-asam amino bersamaan dalam sebuah polimer
yang panjang. Rantai yang panjang ini disebut sebagai rangkaian primer. Sifat-sifat protein
tersebut ditentukan, untuk sebagian besarnya, oleh rangkaian primer ini. Dalam banyak kasus
suatu pertukaran sembarang asam amino di dalam rangkaian akan menyebabkan hilangnya
fungsi suatu protein (mutasi). Penyakit-penyakit genetik (keturunan) seringkali disebabkan
oleh perubahan-perubahan pada protein-protein yang penting menyebabkan penyakit.
Sebagai contoh: penyakit Sicklesel anemia disebabkan oleh sebuah perubahan asam amino
tunggal dari asam glutamat menjadi valin pada posisi 6 dari protein hemoglobin. Di bawah
ini adalah rangkaian utama hemoglobin, suatu protein pembawa oksigen yang ditemukan
pada kelompok manusia dan mammalia lainnya.

Gambar 2. 12.. Rangkaian asam amino Hemoglobin. Hanya 26 asam-asam amino pertama yang ditampilkan di sini.

Struktur Sekunder
Selama dan setelah sintesa, rangkaian utama akan bergabung sedemikian rupa
sehingga menuju struktur yang paling stabil dan "nyaman" bagi protein. Prosedur terjadinya
penggandaan protein sangat ditentukan oleh rangkaian utama asam-asam amino. Masing-
masing asam amino dalam rangkaian akan bergabung dengan asam-asam amino lain untuk
menghemat banyak energi. Struktur ini distabilkan oleh ikatan hidrogen, interaksi
hydrophobic, interaksi ionik, dan ikatan sulfhydril.

Ikatan sulfhydril adalah ikatan-ikatan kovalen antara gugus-gugus cistein. Cistein

adalah sebuah asam amino unik, dimana ia memililki gugus sulfur yang siap untuk berikatan
dengan gugus-gugus lainnya. Seringkali dalam protein, gugus-gugus sulfhydril yang
bersebelahan pada cistein akan membentuk kaitan kovalen di dalam sebuah protein (gambar
16) dan seringkali krusial bagi protein yang matang untuk menjalankan fungsinya.

O O

S S
N N
 Sistein Sistein

Struktur kimia ikatan sulfhydril

Phe Val Glu

HOOC Phe His Cys Leu
Ikatan Sulfhydril
H 2N Met Thr Trp Glu Cys Val Ile

Gambar 2. 13. Tampilan 2 ikatan sulfhydril

Pita Bola-tongkat

Gambar 2. 14. Alpha helix tampilan pita dan Bola-tongkat (ball-and stick)

Protein seringkali memiliki asam-asam amino yang lebar yang akan bergabung
kedalam dua struktur yang lazim, yaitu alpha helix dan lembaran beta. Pembentukan struktur
ini dikemudikan oleh ikatan hidrogen dan interaksi hydrophobik yang disukai antara asam-
asam amino yang berdekatan di dalam protein.
 Alpha helix menyerupai selembar pita asam-asam amino yang dililitkan sekeliling
suatu tabung sehingga membentuk struktur seperti anak tangga. Gambar 13 melukiskan pita
dan diagram ball-and-stick dari suatu model alpha helix. Struktur ini sangat stabil namun
lentur.

Pada lembaran beta, 2 plat asam-asam amino akan membentuk, berbaris sedemikian
sehingga ikatan-ikatan hidrogen terbentuk berhadapan dengan asam-asam amino pada tiap
lembarnya. Lembaran beta berbeda dengan alfa heliks dimana asam-asam amino yang
berjauhan dalam protein dapat menyatu membentuk struktur ini. Dengan demikian, struktur
cenderung rigid dan kurang lentur.

(A) Tampak atas pita (B) Tampak samping pita

(C) Tampak samping ball-and-stick

Gambar 2. 15. Lembaran beta: (A) Tampak Atas; (B) Tampak samping pita dan (C) Tampak samping Ball-and Stick
Struktur Tersier
Selama dan setelah sintesa, protein berganda menjadi alpha helix dan lembaran-
lembaran beta. Area struktur sekunder ini dihubungkan dengan rangkaian jembatan yang
akan menyebabkan protein berganda secara spesifik. Pada bagian akhir dari proses ini protein
mengambil bentuk finalnya. Struktur stabil yang matang dari suatu rangkaian peptida tunggal
disebut sebagai struktur tersier. Dibawah ini digambarkan struktur tersier dari ribulose
bisphosphate carboxylase (RubisCo) suatu enzim yang termasuk enzim-enzim terpenting di
planet bumi ini. Kehidupan tidak akan seperti sekarang tanpa RubisCo. Enzim inilah yang
mengambil energi, terutama bersumber dari matahari, dan menggunakannya untuk mengubah
karbon dioksida menjadi karbohidrat. Kita ketahui bahwa proses ini terjadi pada makhluk
berfotosintesa dan barangkali protein ini merupakan protein yang terbanyak di dunia.
Perhatikan pada Gambar 15alpha heliks di segenap protein dan lembaran beta di bagian
bawah protein.

Gambar 2. 16. Pita RubisCo

Struktur Quasiner
Banyak enzim dan struktur yang sebenarnya merupakan kompleks dari beberapa jenis
peptida. Penyusunan polypeptida ini disebut sebagai struktur quasiner dari suatu protein.
Kompleks protein-protein dapat mengandung beberapa kopi protein identis atau mereka dapat
mengandung sejumlah polypeptida dalam perbandingan yang beragam.

Hemoglobin (pembawa oksigen dalam darah) adalah sebuah contoh dari protein yang
mengandung sub-unit identis Gambar 16. Perhatikan gugus-gugus heme yang diikuti oleh
tiap polypeptida (gugus biru terang yang dikelilingi oleh protein biru tua). Gugus-gugus heme
ini mengandug besi. Besi adalah atom yang mengikat oksigen, namun besi heme juga
memiliki afinitas yang lebih besar pada karbon monoksida. Jika semua darah kita mengikat
karbon monoksida, maka kita akan lemas dan inilah sebabnya karbon monoksida sangat
beracun.

Pita Isi ruang (space fill)

Gambar 2. 17. Hemoglobin dalam tampilan pita dan Isi ruang (space fill).

Dinitrogenase adalah sebuah contoh protein yang mengandung sub unit tak-identis. Ia
memiliki 2 kopi dari sebuah protein dan 2 kopi protein kedua. Protein ini bertanggungjawab
terhadap penurunan gas nitrogen menjadi amonia. Sejauh ini reaksi dinitrogenase hanya
dilakukan oleh mikroorganisma dan sangat penting bagi siklus nitrogen global.
Struktur Luar Sel

Fimbrae dan Pili

Banyak Proteobakteria yang memiliki Fimbrae. Fimbrae adalah tabung protein yang
memanjang keluar dari membran luar. Fimbrae umumnya pendek dan cukup banyak di
seluruh permukaan sel bakteri. Fimbrae biasanya berfungsi untuk bakteri menempel
kepadasuatu permukaan padatan (misalnya untuk membentuk biofilm) atau sel-sel lain
(misalnya sel-sel hewan selama patogenesis). Pili mirip dengan struktur fimbrae tetapi lebih
panjang dan jumlah lebih sedikit daripada fimbrae. Pili terlibat dalam proses konjugasi
bakteri sehingga disebut juga pili konjugasi atau "pili seks". Tipe IV pili ( pili non-seks ) juga
membantu bakteri dalam mencengkeram permukaan dimana bakteri melekat.

S - lapisan
Lapisan-S (surface layer) adalah lapisan protein permukaan sel yang ditemukan pada
berbagai bakteri dan beberapa archaea. Lapisan-S berfungsi sebagai dinding sel. Fungsi yang
tepat darilapisan-S belum diketahui. Diduga lapisan-S ini bertindak sebagai penghalang
permeabilitas parsial untuk substrat besar. Sebagai contoh, S -layer dibayangkan bisa
menjaga protein ekstraseluler dekat membran sel dengan mencegah difusi substrat menjauh
dari sel. Dalam beberapa spesies patogen, lapisan-S dapat memfasilitasi kelangsungan hidup
dalam inang dengan perlindungan terhadap mekanisme pertahanan inang.

Glikokaliks
Banyak bakteri mengeluarkan polimer ekstraseluler luar dinding sel mereka yang disebut
glikokaliks. Polimer ini biasanya terdiri dari polisakarida dan kadang-kadang protein. Kapsul
adalah struktur yang relatif kedap yang tidak dapat diwarnai dengan pewarna seperti tinta
India. Glikokaliks adalah struktur yang membantu melindungi bakteri dari fagositosis dan
pengeringan. Lapisan lendir terlibat dalam penempelan bakteri ke sel lain atau permukaan
benda mati untuk membentuk biofilm.Lapisan lendir juga dapat digunakan sebagai cadangan
makanan untuk sel

Flagella
Flagela adalah bentuk seperti cambuk yang menonjol dari dinding sel bakteri dan
bertanggung jawab untuk pergerakan (motilitas) bakteri. Susunan flagela pada setiap sel
bakteri adalah unik. Bentuk umum dapat dilihat dalam gambar di bawah ini
Gambar 2. 18. Bentuk umum flagella (A) Monotrichous - flagellum Tunggal; (B) Lophotrichous - flagella ditemukan
di salah satu ujung sel; (C) Amphitrichous - flagela tunggal ditemukan di kedua kutub sel yang berlawanan; dan (D)
Peritrichous - flagella ditemukan di beberapa lokasi permukaan sel.

Flagel bakteri terdiri dari tiga komponen dasar: filamen seperticambuk, kompleks motor, dan
hook yang menghubungkan keduanya.

Endospora
Endospora adalah bentuk adaptasi bakteri terhadap stress, atau tekanan kondisi
lingkungannya. Endospora sangat tahan terhadap berbagai jenis tekanan kimia dan
lingkungan. Tanpa kehadiran endospora, kelangsungan hidup bakteri akan terancam dalam
lingkungan yang akan mematikan bagi sel-sel ini dalam bentuk vegetatif normal mereka.
Asam dipicolinic adalah senyawa kimia yang menyusun 5% sampai 15% dari berat kering
spora bakteri dan terlibat dalam bertanggung jawab atas ketahanan panas dari endospora
[Hatmanti, 2001].
Diduga kemampuan endosporan dapat mempertahankan hidup bakteri selama ratusan juta
tahun [Nicholson, 2002; Willerslev et al., 2004]. Beberapa periset bahkan menguji
kemampuan endospora untuk bertahan di luar permukaan bumi [Schuerger et al., 2003].

Coba Pikirkan:
1. Apakah penyusun utama dinding sel dan apa yang membedakan antara gram
positif dan gram negatif?

2. Apakah fungsi membran plasma?

3. Mengapa cairan di dalam sel (sitoplasma) begitu penting bagi mikroorganisme?

4. Beberapa sel memiliki organ tubuh yang berada di luar dinding sel. Sebutkan
apa saja dan bagaimana kegunaannya bagi sel.