BAB I

PENDAHULUAN

I.1.

Tujuan Percobaan
1.

Mahasiswa mampu melakukan penyiapan olesan bakteri dengan baik sebagai

prasyarat berbagai macam pewarnaan.

2.

Mahasiswa mampu melakukan pewarnaan gram.

3.

Mahasiswa mampu melakukan pengamatan bakteri dengan menggunakan

mikroskop.

I.2.

Tinjauan Pustaka

I.2.1

Bakteri (http://id.wikipedia.org/wiki/Bakteri)

Bakteri (dari kata Latin bacterium; jamak: bacteria) adalah kelompok organisme
yang tidak memiliki membran inti sel.[2] Organisme ini termasuk ke dalam domain prokariota
dan berukuran sangat kecil (mikroskopik), serta memiliki peran besar dalam kehidupan di
bumi.[2] Beberapa kelompok bakteri dikenal sebagai agen penyebab infeksi dan penyakit,
sedangkan kelompok lainnya dapat memberikan manfaat dibidang pangan, pengobatan, dan
industri.[3] Struktur sel bakteri relatif sederhana: tanpa nukleus/inti sel, kerangka sel, dan
organel-organel lain seperti mitokondria dan kloroplas.[4] Hal inilah yang menjadi dasar
perbedaan antara sel prokariot dengan sel eukariot yang lebih kompleks.[5]
Bakteri dapat ditemukan di hampir semua tempat: di tanah, air, udara, dalam simbiosis
dengan organisme lain maupun sebagai agen parasit (patogen), bahkan dalam tubuh
manusia.[6][7][8][9] Pada umumnya, bakteri berukuran 0,5-5 m, tetapi ada bakteri tertentu yang
dapat berdiameter hingga 700 m, yaitu Thiomargarita.[10] Mereka umumnya memiliki
dinding sel, seperti sel tumbuhan dan jamur, tetapi dengan bahan pembentuk sangat berbeda
(peptidoglikan).[11] Beberapa jenis bakteri bersifat motil (mampu bergerak) dan mobilitasnya
ini disebabkan oleh flagel
I.2.2

Ciri-ciri bakteri (http://educorolla2.blogspot.com/2009/03/ciri-ciri-bakteri.html)

Bakteri memiliki ciri-ciri yang membedakannnya dengan mahluk hidup lain yaitu :

1. Organisme multiselluler
2. Prokariot (tidak memiliki membran inti sel )
3. Umumnya tidak memiliki klorofil
4. Memiliki ukuran tubuh yang bervariasi antara 0,12 s/d ratusan mikron umumnya memiliki
ukuran rata-rata 1 s/d 5 mikron.
5. Memiliki bentuk tubuh yang beraneka ragam

6. Hidup bebas atau parasit

7. Yang hidup di lingkungan ekstrim seperti pada mata air panas,kawah atau gambut dinding
selnya tidak mengandung peptidoglikan
8. Yang hidupnya kosmopolit diberbagai lingkungan dinding selnya mengandung
peptidoglikan
I.2.3

Struktur Bakteri (http://biologi.blogsome.com/2011/08/21/bakteri-ciri-danstruktur/)

Struktur bakteri terbagi menjadi dua yaitu:

1. Struktur dasar (dimiliki oleh hampir semua jenis bakteri)
Meliputi: dinding sel, membran plasma, sitoplasma, ribosom, DNA, dan granula
penyimpanan
2. Struktur tambahan (dimiliki oleh jenis bakteri tertentu)
Meliputi kapsul, flagelum, pilus, fimbria, klorosom, Vakuola gas dan endospora.
Struktur dasar sel bakteri

Struktur dasar bakteri :

1. Dinding sel tersusun dari peptidoglikan yaitu gabungan protein dan polisakarida (ketebalan
peptidoglikan membagi bakteri menjadi bakteri gram positif bila peptidoglikannya tebal dan
bakteri gram negatif bila peptidoglikannya tipis).
2. Membran plasma adalah membran yang menyelubungi sitoplasma tersusun atas lapisan
fosfolipid dan protein.
3. Sitoplasma adalah cairan sel.
4. Ribosom adalah organel yang tersebar dalam sitoplasma, tersusun atas protein dan RNA.
5. Granula penyimpanan, karena bakteri menyimpan cadangan makanan yang dibutuhkan.

Struktur tambahan bakteri

Struktur tambahan bakteri :

1. Kapsul atau lapisan lendir adalah lapisan di luar dinding sel pada jenis bakteri tertentu, bila
lapisannya tebal disebut kapsul dan bila lapisannya tipis disebut lapisan lendir. Kapsul dan
lapisan lendir tersusun atas polisakarida dan air.
2. Flagelum atau bulu cambuk adalah struktur berbentuk batang atau spiral yang menonjol
dari dinding sel.
3. Pilus dan fimbria adalah struktur berbentuk seperti rambut halus yang menonjol dari
dinding sel, pilus mirip dengan flagelum tetapi lebih pendek, kaku dan berdiameter lebih
kecil dan tersusun dari protein dan hanya terdapat pada bakteri gram negatif. Fimbria adalah
struktur sejenis pilus tetapi lebih pendek daripada pilus.
4. Klorosom adalah struktur yang berada tepat dibawah membran plasma dan mengandung
pigmen klorofil dan pigmen lainnya untuk proses fotosintesis. Klorosom hanya terdapat pada
bakteri yang melakukan fotosintesis.
5. Vakuola gas terdapat pada bakteri yang hidup di air dan berfotosintesis.
6. Endospora adalah bentuk istirahat (laten) dari beberapa jenis bakteri gram positif dan
terbentuk didalam sel bakteri jika kondisi tidak menguntungkan bagi kehidupan bakteri.
Endospora mengandung sedikit sitoplasma, materi genetik, dan ribosom. Dinding endospora
yang tebal tersusun atas protein dan menyebabkan endospora tahan terhadap kekeringan,
radiasi cahaya, suhu tinggi dan zat kimia. Jika kondisi lingkungan menguntungkan endospora
akan tumbuh menjadi sel bakteri baru.
I.2.4

Bentuk Bakteri (http://id.wikipedia.org/wiki/Bakteri#Morfologi_bakteri)

Berdasarkan bentuknya, bakteri dibagi menjadi tiga golongan besar, yaitu:

Kokus (Coccus) dalah bakteri yang berbentuk bulat seperti bola dan mempunyai
beberapa variasi sebagai berikut:[19][20]
o Mikrococcus, jika kecil dan tunggal
o Diplococcus, jka berganda dua-dua
o Tetracoccus, jika bergandengan empat dan membentuk bujur sangkar
o Sarcina, jika bergerombol membentuk kubus

o
o

Staphylococcus, jika bergerombol

Streptococcus, jika bergandengan membentuk rantai
Basil (Bacillus) adalah kelompok bakteri yang berbentuk batang atau silinder, dan
mempunyai variasi sebagai berikut:[19][20]
o Diplobacillus, jika bergandengan dua-dua
o Streptobacillus, jika bergandengan membentuk rantai
Spiral (Spirilum) adalah bakteri yang berbentuk lengkung dan mempunyai variasi
sebagai berikut:[19][20]
o Vibrio, (bentuk koma), jika lengkung kurang dari setengah lingkaran (bentuk
koma)
o Spiral, jika lengkung lebih dari setengah lingkaran
[20]
o Spirochete, jika lengkung membentuk struktur yang fleksibel.

Bentuk tubuh/morfologi bakteri dipengaruhi oleh keadaan lingkungan, medium, dan usia.
Walaupun secara morfologi berbeda-beda, bakteri tetap merupakan sel tunggal yang dapat
hidup mandiri bahkan saat terpisah dari koloninya.

http://id.wikipedia.org/wiki/Bakteri#Morfologi_bakteri

I.2.5

Alat gerak bakteri (http://id.wikipedia.org/wiki/Bakteri#Morfologi_bakteri)

Banyak spesies bakteri yang bergerak menggunakan flagel.[21] Bakteri yang tidak
memiliki alat gerak biasanya hanya mengikuti pergerakan media pertumbuhannya atau
lingkungan tempat bakteri tersebut berada.[21] Sama seperti struktur kapsul, flagel juga dapat
menjadi agen penyebab penyakit pada beberapa spesies bakteri.[21] Berdasarkan tempat dan
jumlah flagel yang dimiliki, bakteri dibagi menjadi lima golongan, yaitu:[22][21]

Atrik, tidak mempunyai flagel.[22][21]

Monotrik, mempunyai satu flagel pada salah satu ujungnya.[22][21]
Lofotrik, mempunyai sejumlah flagel pada salah satu ujungnya.[22][21]
Amfitrik, mempunyai satu flagel pada kedua ujungnya.[22][21]
Peritrik, mempunyai flagel pada seluruh permukaan tubuhnya.[22][21]

http://id.wikipedia.org/wiki/Bakteri#Morfologi_bakteri
I.2.6

Nutrisi bakteri
A. NUTRISI MIKROORGANISME
1. Jenis Nutrisi

Nutrien dalam media perbenihan harus mengandung seluruh elemen yang penting untuk
sintesis biologik organisme baru. Nutrient diklasifikasikan berdasarkan elemen yang mereka
suplai.
2. Sumber-sumber nutrisi (http://artofgreen.wordpress.com/2010/03/18/nutrisidan-pertumbuhan-bakteri/)
a. Sumber Karbon
Tumbuhan-tumbuhan dan beberapa bakteri mampu mengunakan energi fotosintetik untuk
mereduksi karbondioksida pada penggunaan air. Organisme ini termasuk kelompok autotrof,
makhluk hidup yang tidak membutuhkan nutrient organik untuk pertumbuhannya. Autotrof
lain adalah khemolitotrof, organisme yang menggunakan substrat anorganik seperti hidrogen
atau thiosulfat sebagai reduktan dan karbondioksida sebagai sumber karbon.
Heterotrof membutuhkan karbon organik untuk pertumbuhannya, dan karbon organik
tersebut harus dalam bentuk yang dapat diasimilasi. Contohnya, naphthalene dapat

menyediakan semua karbon dan energi yang dibutuhkan untuk pertumbuhan respirasi
heterotropik, tetapi sangat sedikit organisme yang memiliki jalur metabolik yang perlu untuk
asimilasi naphthalene. Sebaliknya, glukosa, dapat membantu pertumbuhan fermentatif atau
respirasi dari banyak organisme. Adalah penting bahwa substrat pertumbuhan disuplai pada
tingkatan yang cocok untuk galur mikroba yang akan ditumbuhkan. Karbondioksida
dibutuhkan pada sejumlah reaksi biosintesis.
Keperluan akan Zat Karbon
Organisme yang berfotosintesis dan bakteri yang memperoleh energi dari oksidasi senyawa
organik menggunakan secara khas bentuk karbon yang paling teroksidas, CO2, sebagai satusatunya sumber utama karbon selular. Perubahan CO2, menjadi unsur pokok sel organik
adalah proses reduktif, yang memerlukan pemasukan bersih energi.
Semua organisme lain memperoleh karbonnya terutama dari zat gizi organik. Karena
kebanyakan substrat organik adalah setingkat dengan oksidasi umum sebagai unsur pokok sel
organik, zat-zat itu biasanya tidak usah menjalani reduksi pertama yang berguna sebagai
sumber karbon sel. Selain untuk memenuhi keperluan biosintetik akan karbon, maka substrat
organik harus memberikan keperluan energetik untuk sel itu. Akibatnya sebagian besar
daripada karbon yang terdapat pada substrat organik memasuki lintasan lintasan metabolisme
yang menghasilkan energi dan akhirnya dikeluarkan lagi dari sel, sebagai CO2 (hasil utama
dalam metabolisme pernapasan yang menghasilkan energi atau sebagai campuran CO2 dan
senyawa organik). Jadi, substrat organik biasanya mempunyai peran gizi yang lengkap.
b. Sumber Nitrogen
Nitrogen merupakan komponen utama protein dan asam nukleat, yaitu sebesar lebih kurang
10 persen dari berat kering sel bakteri. Nitrogen mungkin disuplai dalam bentuk yang
berbeda, dan mikroorganisme beragam kemampuannya untuk mengasimilasi nitrogen. Hasil
akhir dari seluruh jenis asimilasi nitrogen adalah bentuk paling tereduksi yaitu ion
ammonium (NH4+). Banyak mikroorganisme memiliki kemampuan untuk mengasimilasi
nitrat (NO3) dan nitrit (NO2) secara reduksi dengan mengubahnya menjadi amoniak (NH3).
Jalur asimilasi ini berbeda dengan jalur dissimilasi nitrat dan nitrit. Jalur dissimilasi
digunakan oleh organisme yang menggunakan ion ini sebagai elektron penerima terminal
dalam respirasi, proses ini dikenal sebagai denitrifikasi, dan hasilnya adalah gas nitrogen
(N2), yang dikeluarkan ke atmosfer.
Kemampuan untuk mengasimilasi N2 secara reduksi melalui NH3, yang disebut fiksasi
nitrogen, adalah sifat untuk prokariota, dan relatif sedikit bakteri yang memiliki kemampuan
metabolisme ini. Proses tersebut membutuhkan sejumlah besar energi metabolik dan tidak
dapat aktif dengan adanya oksigen. Kemampuan fiksasi nitrogen ditemukan pada beragam
bakteri yang berevolusi sangat berbeda dalam strategi biokimia untuk melindungi enzim
fixing-nitrogen nya dari oksigen.
Kebanyakan mikroorganisme dapat menggunakan NH4+ sebagai sumber nitrogen utama, dan
banyak organisme memiliki kemampuan untuk menghasilkan NH4+ dari amina (R-NH2) atau
dari asam amino (RCHNH2COOH). Produksi amoniak dari deaminasi asam amino disebut
ammonifikasi. Amoniak dimasukkan ke dalam bahan organik melalui jalur biokomia yang
melibatkan glutamat dan glutamine.

c. Sumber Belerang
Belerang adalah komponen dari banyak substansi organik sel. Belerang membentuk bagian
struktur beberapa koenzim dan ditemukan dalam rantai samping cisteinil dan merionil
protein. Belerang dalam bentuk asalnya tidak dapat digunakan oleh tumbuhan atau hewan.
Namun, beberapa bakteri autotropik dapat mengoksidasinya menjadi sulfat (SO42-).
Kebanyakan mikroorganisme dapat menggunakan sulfat sebagai sumber belerang, mereduksi
sulfat menjadi hidrogen sulfida (H2S). Beberapa mikroorganisme dapat mengasimilasi H2S
secara langsung dari medium pertumbuhan tetapi senyawa ini dapat menjadi racun bagi
banyak organisme.
Kedua unsur ini yaitu belerang dan nitrogen terdapat dalam sel dalam bentuk tereduksi,
sebagai gugus sulfhidril dan amino. Sebagian besar mikroorganisme mampu menampung
unsur-unsur ini dalam bentuk oksida dan mereduksi sulfat dan juga nitrat. Sumber nitrogen
yang paling lazim untuk mikroorganisme adalah garam-garam ammonium. Beberapa
prokariot mampu mereduksi nitrogen molekul (N2 atau dinitrogen). Mikroorganisme lain
memerlukan asam-asam amino sebagai sumber nitrogen, jadi yang mengandung nitrogen
organik. Tidak semua mikroorganisme mampu mereduksi sulfat, beberapa diantaranya
memerukan H2S atau sistein sebagai sumber S.
Keperluan Akan Nitrogen dan Belerang
Nitrogen dan belerang terdapat pada senyawa organik sel terutama dalam bentuk yang
terinduksi masing-masing sebagai gugus amino dan sulfhidril. Kebanyakan organisme
fotosintetik mengasimilasi kedua unsur ini dalam keadaan anorganik yang teoksidasi, sebagai
nitrat dan sulfat, jadi penggunaan biosintetiknya meliputi reduksi pendahuluan. Banyak
bakteri nonfotosintetik dan cendawan dapat juga memenuhi keperluannya akan nitrogen dan
belerang dari nitrat dan sulfat. Beberapa mikroorganisme tidak dapat mengadakan reduksi
salah satu atau kedua anion ini dan harus diberikan unsur dalam bentuk tereduksi. Keperluan
akan sumber nitrogen yang tereduksi agak umum dan dapat dipenuhi oleh persediaan
nitrogen sebagai garam-garam ammonium. Keperluan akan belerang tereduksi lebih jarang,
bahan itu dipenuhi dari persediaan sulfida atau dari senyawa organik yang mengandung satu
gugus sulfhidril (misalnya sisteine).
Beberapa bakteri dapat juga memanfaatkan sumber nitrogen alam yang paling banyak, yaitu
N2. Proses asimilasi nitrogen ini disebut fiksasi nitrogen dan meliputi reduksi permulaan N2
menjadi amino.
d. Sumber Phospor
Fosfat (PO43-) dibutuhkan sebagai komponen ATP, asam nukleat dan sejumlah koenzim
seperti NAD, NADP dan flavin. Selain itu, banyak metabolit, lipid (fosfolipid, lipid A),
komponen dinding sel (teichoic acid), beberapa polisakarida kapsul dan beberapa protein
adalah bergugus fosfat. Fosfat selalu diasimilasi sebagai fosfat anorganik bebas (Pi).
e. Sumber Mineral
Sejumlah besar mineral dibutuhkan untuk fungsi enzim. Ion magnesium (Mg2+) dan ion
ferrum (Fe2+) juga ditemukan pada turunan porfirin yaitu: magnesium dalam molekul
klorofil, dan besi sebagai bagian dari koenzim sitokrom dan peroksidase. Mg2+ dan K+

keduanya sangat penting untuk fungsi dan kesatuan ribosom. Ca2+ dibutuhkan sebagai
komponen dinding sel gram positif, meskipun ion tersebut bebas untuk bakteri gram negatif.
Banyak dari organisme laut membutuhkan Na+ untuk pertumbuhannya. Dalam
memformulasikan medium untuk pembiakan kebanyakan mikroorganisme, sangatlah penting
untuk menyediakan sumber potassium, magnesium, kalsium, dan besi, biasanya dalam bentuk
ion-ion (K+, Mg2+, Ca2+, dan Fe2+). Banyak mineral lainnya (seperti Mn2+, Mo2+, Co2+, Cu2+,
dan Zn2+) dibutuhkan: mineral ini kerapkali terdapat dalam air kran atau sebagai kontaminan
dari kandungan medium lainnya.
1. f. Sumber Oksigen
Untuk sel oksigen tersedia dalam bentuk air. Selanjutnya oksigen juga terdapat dalam CO2
dan dalam bentuk senyawa organik. Selain itu masih banya organisme yang tergantung dari
oksigen molekul (O2 atau dioksigen). Oksigen yang berasal dari molekul oksigen hanya akan
diinkorporasi ke dalam substansi sel kalau sebagai sumber karbon digunakan metana atau
hidrokarbon aromatic yang berantai panjang. Menilik hubungannya dengan oksigen dapat
dibedakan sekurang-kurangnya tiga kelompok organisme: organisme aerob obligat yang
mampu menghasilkan energi hanya melalui respirasi dan dengan demikian tergantung pada
oksigen. Organisme anaerob obligat hanya dapat hidup dalam lingkungan bekas oksigen.
Untuk organisme ini O2 bersifat toksik. Mikroorganisme anaerob fakultatif tumbuh dengan
adanya O2 udara, jadi bersifat aerotoleran; tetapi organisme ini tidak dapat memanfaatkan O2,
tetapi memperoleh energi semata-mata dari peragian. Jenis bakteri anaerob fakultatif lain
(Enterobacteriaceae) dan banyak ragi dapat beralih dari peroleh energi dengan respirasi
(dengan adanya O2) ke peragian (tanpa O2).
1. 3. Tipe-Tipe Nutrisi Utama Bakteri
Tipe
Fototrof

Sumber Energi untuk

Pertumbuhan
Cahaya

Sumber Karbon Untuk Contoh genus

Pertumbuhan
CO2
Chromatium

Fotoautotrof

Cahaya

Senyawa organik

Rhodopseumdomonas

Fotoheterotrof
Kemotrof

Oksidasi senyawa

CO2

Thiobacillus

Kemoautotrof

Organik

Senyawa organik

Esheric

Kemoheterotrof Oksidasi senyawa

organik
I.2.7 Faktor yang mempengaruhi pertumbuhan bakteri
(http://artofgreen.wordpress.com/2010/03/18/nutrisi-dan-pertumbuhan-bakteri/)
a. Faktor lingkungan

pengaruh suhu terhadap pertumbuhan mikroorganisme

pengaruh tekanan osmotik terhadap pertumbuhan mikroorganisme

I.2.8

pengaruh sinar ultraviolet tehadap pertumbuhan mikroorganisme

pengaruh pH terhadap pertumbuhan mikroorganisme
Pengaruh lingkungan terhadap bakteri
(http://id.wikipedia.org/wiki/Bakteri#Morfologi_bakteri)

Kondisi lingkungan yang mendukung dapat memacu pertumbuhan dan reproduksi

bakteri.[38] Faktor-faktor lingkungan yang berpengaruh terhadap pertumbuhan dan reproduksi
bakteri adalah suhu, kelembapan, dan cahaya.[38] Secara umum, terdapat beberapa alat yang
dapat digunakan untuk melakukan pengamatan sel bakteri terhadap berbagai parameter
tersebut, seperti mikroskop optikal, mikroskop elektron, dan atomic force microscope
(AFM).[38]
[sunting] Suhu
Suhu berperan penting dalam mengatur jalannya reaksi metabolisme bagi semua makhluk
hidup.[2] Khususnya bagi bakteri, suhu lingkungan yang berada lebih tinggi dari suhu yang
dapat ditoleransi akan menyebabkan denaturasi protein dan komponen sel esensial lainnya
sehingga sel akan mati.[2] Demikian pula bila suhu lingkungannya berada di bawah batas
toleransi, membran sitoplasma tidak akan berwujud cair sehingga transportasi nutrisi akan
terhambat dan proses kehidupan sel akan terhenti.[2] Berdasarkan kisaran suhu aktivitasnya,
bakteri dibagi menjadi 4 golongan:

Bakteri psikrofil, yaitu bakteri yang hidup pada daerah suhu antara 0 30 C, dengan
suhu optimum 15 C.
Bakteri mesofil, yaitu bakteri yang hidup di daerah suhu antara 15 55 C, dengan
suhu optimum 25 40 C.
Bakteri termofil, yaitu bakteri yang dapat hidup di daerah suhu tinggi antara 40
75 C, dengan suhu optimum 50 - 65 C
Bakteri hipertermofil, yaitu bakteri yang hidup pada kisaran suhu 65 - 114 C, dengan
suhu optimum 88 C.[2]

[sunting] Kelembaban relatif

Pada umumnya bakteri memerlukan kelembaban relatif (relative humidity, RH) yang cukup
tinggi, kira-kira 85%.[2] Kelembaban relatif dapat didefinisikan sebagai kandungan air yang
terdapat di udara.[2] Pengurangan kadar air dari protoplasma menyebabkan kegiatan
metabolisme terhenti, misalnya pada proses pembekuan dan pengeringan.[2] Sebagai contoh,
bakteri Escherichia coli akan mengalami penurunan daya tahan dan elastisitas dinding selnya
saat RH lingkungan kurang dari 84%.[38] Bakteri gram positif cenderung hidup pada
kelembaban udara yang lebih tinggi dibandingkan dengan bakteri gram negatif terkait dengan
perubahan struktur membran selnya yang mengandung lipid bilayer.[39]

http://id.wikipedia.org/wiki/Bakteri#Morfologi_bakteri
Cahaya
Cahaya merupakan salah satu faktor yang mempengaruhi pertumbuhan bakteri.[40] Secara
umum, bakteri dan mikroorganisme lainnya dapat hidup dengan baik pada paparan cahaya
normal.[40] Akan tetapi, paparan cahaya dengan intensitas sinar ultraviolet (UV) tinggi dapat
berakibat fatal bagi pertumbuhan bakteri.[40] Teknik penggunaan sinar UV, sinar x, dan sinar
gamma untuk mensterilkan suatu lingkungan dari bakteri dan mikroorganisme lainnya
dikenal dengan teknik iradiasi yang mulai berkembang sejak awal abad ke-20.[40][5]. Metode
ini telah diaplikasikan secara luas untuk berbagai keperluan, terutama pada sterilisasi
makanan untuk meningkatkan masa simpan dan daya tahan.[5] Beberapa contoh bakteri
patogen yang mampu dihambat ataupun dihilangkan antara lain Escherichia coli 0157:H7
and Salmonella.[5]
Radiasi
Radiasi pada kekuatan tertentu dapat menyebabkan kelainan dan bahkan dapat bersifat letal
bagi makhluk hidup, terutama bakteri.[41] Sebagai contoh pada manusia, radiasi dapat
menyebabkan penyakit hati akut, katarak, hipertensi, dan bahkan kanker.[41] Akan tetapi,
terdapat kelompok bakteri tertentu yang mampu bertahan dari paparan radiasi yang sangat
tinggi, bahkan ratusan kali lebih besar dari daya tahan manusia tehadap radiasi, yaitu
kelompok Deinococcaceae. [42] Sebagai perbandingan, manusia pada umumnya tidak dapat
bertahan pada paparan radiasi lebih dari 10 Gray (Gy, 1 Gy = 100 rad), sedangkan bakteri
yang termasuk dalam kelompok ini dapat bertahan hingga 5.000 Gy.[42][43]
Pada umumnya, paparan energi radiasi dapat menyebabkan mutasi gen dan putusnya rantai
DNA.[44] Apabila terjadi pada intensitas yang tinggi, bakteri dapat mengalami kematian.[44]
Deinococcus radiodurans memiliki kemampuan untuk bertahan terhadap mekanisme
perusakan materi genetik tersebut melalui sistem adaptasi dan adanya proses perbaikan rantai
DNA yang sangat efisien.[
I.2.9

Peranan bakteri (http://id.wikipedia.org/wiki/Bakteri#Morfologi_bakteri)

Bidang lingkungan

Keanekaragaman bakteri dan jalur metabolismenya menyebabkan bakteri memiliki

peranan yang besar bagi lingkungan.[5] Sebagai contoh, bakteri saprofit menguraikan
tumbuhan atau hewan yang telah mati dan sisa-sisa atau kotoran organisme.[5] Bakteri
tersebut menguraikan protein, karbohidrat dan senyawa organik lain menjadi CO2, gas

amoniak, dan senyawa-senyawa lain yang lebih sederhana.[5] Contoh bakteri saprofit antara
lain Proteus dan Clostridium.[5] Tidak hanya berperan sebagai pengurai senyawa organik,
beberapa kelompok bakteri saprofit juga merupakan patogen oportunis.[5]

Frankia alni, salah satu bakteri pengikat N2 yang berasosiasi dengan tanaman membentuk
bintil akar.
Kelompok bakteri lainnya berperan dalam siklus nitrogen, seperti bakteri nitrifikasi.[2] Bakteri
nitrifikasi adalah kelompok bakteri yang mampu menyusun senyawa nitrat dari senyawa
amonia yang pada umumnya berlangsung secara aerob di dalam tanah.[45] Kelompok bakteri
ini bersifat kemolitotrof.[45] Nitrifikasi terdiri atas dua tahap yaitu nitritasi (oksidasi amonia
(NH4) menjadi nitrit (NO2-)) dan nitratasi (oksidasi senyawa nitrit menjadi nitrat (NO3)).[45]
Dalam bidang pertanian, nitrifikasi sangat menguntungkan karena menghasilkan senyawa
yang diperlukan oleh tanaman yaitu nitrat.[45] Setelah reaksi nitrifikasi selesai, akan terjadi
proses dinitrifikasi yang dilakukan oleh bakteri denitrifikasi.[45] Denitrifikasi sendiri
merupakan reduksi anaerobik senyawa nitrat menjadi nitrogen bebas (N2) yang lebih mudah
diserap dan dimetabolisme oleh berbagai makhluk hidup.[2] Contoh bakteri yang mampu
melakukan metabolisme ini adalah Pseudomonas stutzeri, Pseudomonas aeruginosa, and
Paracoccus denitrificans.[46] Di samping itu, reaksi ini juga menghasilkan nitrogen dalam
bentuk lain, seperti dinitrogen oksida (N2O).[2] Senyawa tersebut tidak hanya dapat berperan
penting bagi hidup berbagai organisme, tetapi juga dapat berperan dalam fenomena hujan
asam dan rusaknya ozon.[2] Senyawa N2O akan dioksidasi menjadi senyawa NO dan
selanjutnya bereaksi dengan ozon (O3) membentuk NO2- yang akan kembali ke bumi dalam
bentuk hujan asam (HNO2).[2]
Di bidang pertanian dikenal adanya suatu kelompok bakteri yang mampu bersimbiosis
dengan akar tanaman atau hidup bebas di tanah untuk membantu penyuburan tanah.[5]
Kelompok bakteri ini dikenal dengan istilah bakteri pengikat nitrogen atau singkatnya bakteri
nitrogen. Bakteri nitrogen adalah kelompok bakteri yang mampu mengikat nitrogen
(terutaman N2) bebas di udara dan mereduksinya menjadi senyawa amonia (NH4) dan ion
nitrat (NO3-) oleh bantuan enzim nitrogenase.[47][48] Kelompok bakteri ini biasanya
bersimbiosis dengan tanaman kacang-kacangan dan polong untuk membentuk suatu
simbiosis mutualisme berupa nodul atau bintil akar untuk mengikat nitrogen bebas di udara
yang pada umumnya tidak dapat digunakan secara langsung oleh kebanyakan organisme.[48][2]
Secara umum, kelompok bakteri ini dikenal dengan istilah rhizobia, termasuk di dalamnya
genus bakteri Rhizobium, Bradyrhizobium, Mesorhizobium, Photorhizobium, dan
Sinorhizobium.[2] Contoh bakteri nitrogen yang hidup bersimbiosis dengan tanaman polongpolongan yaitu Rhizobium leguminosarum, yang hidup di akar membentuk nodul atau bintilbintil akar.[2]
[

Bidang pangan
Terdapat beberapa kelompok bakteri yang mampu melakukan proses fermentasi dan hal ini
telah banyak diterapkan pada pengolahan berbagi jenis makanan.[5] Bahan pangan yang telah
difermentasi pada umumnya akan memiliki masa simpan yang lebih lama, juga dapat
meningkatkan atau bahkan memberikan cita rasa baru dan unik pada makanan tersebut.[5]
Beberapa makanan hasil fermentasi dan mikroorganisme yang berperan:

Nama produk atau

makanan

No.

Bahan
baku

Bakteri yang berperan

1.

Yoghurt

susu

Lactobacillus bulgaricus dan Streptococcus

thermophilus

2.

Mentega

susu

Streptococcus lactis

3.

Terasi

ikan

Lactobacillus sp.

4.

Asinan buah-buahan

buahbuahan

Lactobacillus sp.

5.

Sosis

daging

Pediococcus cerevisiae

6.

Kefir

susu

Lactobacillus bulgaricus dan Streptococcus

lactis

Beberapa spesies bakteri pengurai dan patogen dapat tumbuh di dalam makanan.[49]
Kelompok bakteri ini mampu memetabolisme berbagai komponen di dalam makanan dan
kemudian menghasilkan metabolit sampingan yang bersifat racun.[49] Clostridium botulinum,
menghasilkan racun botulinin, seringkali terdapat pada makanan kalengan dan kini senyawa
tersebut dipakai sebagai bahan dasar botox.[49] Beberapa contoh bakteri perusak makanan:

Burkholderia gladioli (sin. Pseudomonas cocovenenans), menghasilkan asam

bongkrek, terdapat pada tempe bongkrek[50]
Leuconostoc mesenteroides, penyebab pelendiran makanan, penurunan pH, dan
pembentukkan gas.[51]

Bidang kesehatan
Tidak hanya di bidang lingkungan dan pangan, bakteri juga dapat memberikan manfaat
dibidang kesehatan. Antibiotik merupakan zat yang dihasilkan oleh mikroorganisme dan
mempunyai daya hambat terhadap kegiatan mikroorganisme lain dan senyawa ini banyak
digunakan dalam menyembuhkan suatu penyakit.[5] Beberapa bakteri yang menghasilkan
antibiotik adalah:

Streptomyces griseus, menghasilkan antibiotik streptomycin[2]

Streptomyces aureofaciens, menghasilkan antibiotik tetracycline[2]
Streptomyces venezuelae, menghasilkan antibiotik chloramphenicol[2]

Penicillium, menghasilkan antibiotik penisilin[5]

Bacillus polymyxa, menghasilkan antibiotik polymixin.[5]

Terlepas dari peranannya dalam menghasilkan antibiotik, banyak jenis bakteri yang justru
bersifat patogen.[52] Pada manusia, beberapa jenis bakteri yang sering kali menjadi agen
penyebab penyakit adalah Salmonella enterica subspesies I serovar Typhi yang menyebabkan
penyakit tifus, Mycobacterium tuberculosis yang menyebabkan penyakit TBC, dan
Clostridium tetani yang menyebabkan penyakit tetanus.[53][54] Bakteri patogen juga dapat
menyerang hewan ternak, seperti Brucella abortus yang menyebabkan brucellosis pada sapi
dan Bacillus anthracis yang menyebabkan antraks.[55] Untuk infeksi pada tanaman yang
umum dikenal adalah Xanthomonas oryzae yang menyerang pucuk batang padi dan Erwinia
amylovora yang menyebabkan busuk pada buah-buahan.[56]
[sunting] Dekomposisi

Dekomposisi buah persik setelah 6 hari.

Proses degradasi jasad makhluk hidup dilakukan oleh banyak organisme, salah satunya
adalah bakteri. Beberapa jenis bakteri, terutama bakteri heterotrof, mampu mendegradasi
senyawa organik dan menggunakannya untuk menunjang pertumbuhannya.[57] Proses
dekomposisi ini dibantu oleh beberapa jenis enzim untuk memecah makromolekul, seperti
karbohidrat, protein, dan lemak, untuk dipecah menjadi senyawa yang lebih sederhana.
Sebagai contoh, enzim protease digunakan untuk memecah protein menjadi senyawa lebih
sederhana, seperti asam amino.[57] Proses dekomposisi ini juga berperan dalam pengembalian
unsur-unsur, terutama karbon dan nitrogen, ke alam untuk masuk ke dalam siklus lagi.[58]
Dekomposisi jasad makhluk hidup dimulai oleh bakteri yang hidup di dalam tubuh manusia,
dimulai dari jaringan-jaringan otot.[58] Proses ini dipercepat saat tubuh telah dikuburkan.
Reaksi pertama dalam dekomposisi ini adalah hidrolisis protein oleh protease membentuk
asam amino.[58] Selanjutnya, asam amino akan diubah menjadi asam asetat, gas hidrogen, gas
nitrogen, dan karbon dioksida sehingga pH lingkungan akan turun menjadi 4-5.[58] Reaksi ini
dilakukan oleh bakteri acetogen. Pada tahap akhir, semua senyawa tersebut diubah menjadi
gas metana oleh metanogen.[58]
Bakteri yang merugikan sebagai berikut :
1. Pembusukan makanan contohnya Clostridium botulinum
2. Penyebab penyakit pada manusia contohnya Mycobacterium tuberculosis ( penyebab
penyakit TBC ), Vibrio cholerae ( penyebab kolera atau muntaber ), Clostridium tetani
(penyebab penyakit tetanus ) dan Mycobacterium leprae (penyebab penyakit lepra )
3. Penyebab penyakit pada hewan contohnya Bacilluc antrachis (penyebab penyakit antraks

pada sapi )
4. Penyebab penyakit pada tanaman budidaya contohnya Pseudomonas solanacearum
(penyebab penyakit pada tanaman tomat, lombok, terung dan tembakau) serta Agrobacterium
tumafaciens (penyebab tumor pada tumbuhan)

I.2.10 Pewarnaan bakteri

Mikroorganisme yang ada di alam ini mempunyai morfologi, struktur dan sifat-sifat
yang khas, termasuk bakteri. Bakteri yang hidup hampir tidak berwarna dan kontras dengan
air, dimana sel-sel bakteri tersebut disuspensikan. Salah satu cara untuk melihat dan
mengamati bentuk sel bakteri dalam keadaan hidup sangat sulit, sehingga untuk
diidentifikasi ialah dengan metode pengecatan atau pewarnaan sel bekteri, sehingga sel dapat
terlihat jelas dan mudah diamati. Hal tersebut juga berfungsi untuk mengetahui sifat
fisiologisnya yaitu mengetahui reaksi dinding sel bakteri melalui serangkaian pengecatan.
Oleh karena itu teknik pewarnaan sel bakteri ini merupakan salahsatu cara yang paling utama
dalam penelitian-penelitian mikrobiologi.
Struktur di dalam sel pada tempat-tempat yang dibentuk oleh spesies ini, disebut endospora.
Endospora dapat bertahan hidup dalam keadaan kekurangan nutrien, tahan terhadap panas,
kekeringan, radiasi UV serta bahan-bahan kimia. Ketahanan tersebut disebabkan oleh adanya
selubung spora yang tebal dan keras. Sifat-sifat ini menyebabkan dibutuhkannya perlakuan
yang keras untuk mewarnainya. Hanya bila diperlukan panas yang cukup, pewarna yang
sesuai dapat menembus endospora. Tetapi sekali pewarna memasuki endospora, sukar untuk
dihilangkan. Ukuran dan letak endospora di dalam sel merupakan ciri-ciri yang digunakan
untuk membedakan spesies-spesies bakteri yang membentuknya.
Faktor-faktor yang mempengaruhi pewarnaan bakteri yaitu fiksasi, peluntur warna , substrat,
intensifikasi pewarnaan dan penggunaan zat warna penutup. Suatu preparat yang sudah
meresap suatu zat warna, kemudian dicuci dengan asam encer maka semua zat warna
terhapus. sebaliknya terdapat juga preparat yang tahan terhadap asam encer. Bakteri-bakteri
seperti ini dinamakan bakteri tahan asam, dan hal ini merupakan ciri yang khas bagi suatu
spesies.
Tujuan pewarnaan terhadap mikroorganisme ialah untuk :
1. Mempermudah melihat bentuk jasad, baik bakteri, ragi, maupun fungi.
2. Memperjelas ukuran dan bentuk jasad
3. Melihat struktur luar dan kalau memungkinkan struktur dalam jasad.
4. Melihat reaksi jasad terhadap pewarna yang diberikan sehingga sifat-sifat fisik dan kimia
dapat diketahui.
Langkah-langkah utama teknik pewarnaan
1. Pembuatan olesan bakteri, olesan bakteri tidak boleh terlalu tebal atau tipis

2. Fiksasi, dapat dilakukan secara pemanasan atau dengan aplikasi bahan kimia seperti sabun,
formalin, fenol.
3. Aplikasi zat warna : tunggal, atau lebih dari 1 zat warna
Teknik pewarnaan dikelompokkan menjadi beberapa tipe, berdasarkan respon sel bakteri
terhadap zat pewarna dan sistem pewarnaan yang digunakan untuk pemisahan kelompok
bakteri digunakan pewarnaan Gram, dan pewarnaan acid-fast(tahan asam) untuk genus
Mycobacterium.
Untuk melihat struktur digunakan pewarnaan flagela, pewarnaan kapsul, pewarnaan spora,
dan pewarnaan nukleus. Pewarnaan Neisser atau Albert digunakan untuk melihat granula
metakromatik (volutin bodies) pada Corynebacterium diphtheriae. Untuk semua prosedur
pewarnaan mikrobiologi dibutuhkan pembuatan apusan lebih dahulu sebelum melaksanakan
beberapa teknik pewarnaan yang spesifik (Pelezar,2008).
2.1.2 Macam-Macam Pewarnaan
Secara garis besar teknik pewarnaan bakteri dapat dikategorikan sebagai berikut :
1. Pewarnaan sederhana
Menggunakan satu macam zat warna (biru metilen/air fukhsin) tujuan hanya untuk melihat
bentuk sel. Pewarnaan sederhana, merupakan pewarna yang paling umum digunakan.
Berbagai macam tipe morfologi bakteri (kokus, basil, spirilum, dan sebagainya) dapat
dibedakan dengan menggunakan pewarna sederhana, yaitu mewarnai sel-sel bakteri hanya
digunakan satu macam zat warna saja. Kebanyakan bakteri mudah bereaksi dengan pewarnapewarna sederhana karena sitoplasmanya bersifat basofilik (suka akan basa) sedangkan zatzat warna yang digunakan untuk pewarnaan sederhana umumnya bersifat alkalin (komponen
kromoforiknya bermuatan positif).
Zat warna yang dipakai hanya terdiri dari satu zat yang dilarutkan dalam bahan pelarut.
Pewarnaan Sederhana merupakan satu cara yang cepat untuk melihat morfologi bakteri
secara umum. Beberapa contoh zat warna yang banyak digunakan adalah biru metilen (30-60
detik), ungu kristal (10 detik) dan fukhsin-karbol (5 detik).

gambar pewarnaan sederhana

2. Pewarnaan differensial dibagi pewarnaan gram dan pewarnaan tahan asam
Pewarnaan differensial
Pewarnaan bakteri yang menggunakan lebih dari satu zat warna seperti pewarnaan gram dan
pewarnaan tahan asam. Penjelasan sebagai berikut:
Pewarnaan Gram

Pewarnaan Gram atau metode Gram adalah suatu metode untuk membedakan spesies bakteri
menjadi dua kelompok besar, yakni gram-positif dan gram-negatif, berdasarkan sifat kimia
dan fisik dinding sel mereka. Metode ini diberi nama berdasarkan penemunya, ilmuwan
Denmark Hans Christian Gram (18531938) yang mengembangkan teknik ini pada tahun
1884 untuk membedakan antara pneumokokus dan bakteri Klebsiella pneumoniae.
Dengan metode pewarnaan Gram, bakteri dapat dikelompokkan menjadi dua, yaitu bakteri
Gram positif dan Gram negatif berdasarkan reaksi atau sifat bakteri terhadap cat tersebut.
Reaksi atau sifat bakteri tersebut ditentukan oleh komposisi dinding selnya. Oleh karena itu,
pengecatan Gram tidak bisa dilakukan pada mikroorganisme yang tidak mempunyai dinding
sel seperti Mycoplasma sp Contoh bakteri yang tergolong bakteri tahan asam, yaitu dari
genus Mycobacterium dan beberapa spesies tertentu dari genus Nocardia. Bakteribakteri dari
kedua genus ini diketahui memiliki sejumlah besar zat lipodial (berlemak) di dalam dinding
selnya sehingga menyebabkan dinding sel tersebut relatif tidak permeabel terhadap zat-zat
warna yang umum sehingga sel bakteri tersebut tidak terwarnai oleh metode pewarnaan
biasa, seperti pewarnaan sederhana atau Gram.
Dalam pewarnaan gram diperlukan empat reagen yaitu :

Zat warna utama (violet kristal)

Mordan (larutan Iodin) yaitu senyawa yang digunakan untuk mengintensifkan warna
utama.
Pencuci / peluntur zat warna (alcohol / aseton) yaitu solven organic yang digunakan
uantuk melunturkan zat warna utama.
Zat warna kedua / cat penutup (safranin) digunakan untuk mewarnai kembali sel-sel
yang telah kehilangan cat utama setelah perlakuan denga alcohol.

Bakteri Gram-negatif adalah bakteri yang tidak mempertahankan zat warna metil ungu pada
metode pewarnaan Gram. Bakteri gram-positif akan mempertahankan zat warna metil ungu
gelap setelah dicuci dengan alkohol, sementara bakteri gram-negatif tidak. Pada uji
pewarnaan Gram, suatu pewarna penimbal (counterstain) ditambahkan setelah metil ungu,
yang membuat semua bakteri gram-negatif menjadi berwarna merah atau merah muda.
Pengujian ini berguna untuk mengklasifikasikan kedua tipe bakteri ini berdasarkan perbedaan
struktur dinding sel mereka.
Pengecatan gram dilakukan dalam 4 tahap yaitu
1. Pemberian cat warna utama (cairan kristal violet) berwarna ungu.
2. Pengintesifan cat utama dengan penambahan larutan mordan JKJ.
3. Pencucian (dekolarisasi) dengan larutan alkohol asam.
4. Pemberian cat lawan yaitu cat warna safranin
Perbedaan dasar antara bakteri gram positif dan negatif adalah pada komponen dinding
selnya. Kompleks zat iodin terperangkap antara dinding sel dan membran sitoplasma
organisme gram positif, sedangkan penyingkiran zat lipida dari dinding sel organisme gram
negatif dengan pencucian alcohol memungkinkan hilang dari sel. Bakteri gram positif

memiliki membran tunggal yang dilapisi peptidohlikan yang tebal (25-50nm) sedangkan
bakteri negative lapisan peptidoglikogennya tipis (1-3 nm).
Sifat bakteri terhadap pewarnaan Gram merupakan sifat penting untuk membantu determinasi
suatu bakteri. Beberapa perbedaan sifat yang dapat dijumpai antara bakteri Gram positif dan
bakteri Gram negatif yaitu:
Ciri-ciri bakteri gram negatif yaitu:

Struktur dinding selnya tipis, sekitar 10 15 mm, berlapis tiga atau multilayer.
Dinding selnya mengandung lemak lebih banyak (11-22%), peptidoglikan terdapat
didalam
lapisan kaku, sebelah dalam dengan jumlah sedikit 10% dari berat kering, tidak
mengandung asam tekoat.
Kurang rentan terhadap senyawa penisilin.
Pertumbuhannya tidak begitu dihambat oleh zat warna dasar misalnya kristal violet.
Komposisi nutrisi yang dibutuhkan relatif sederhana.
Tidak resisten terhadap gangguan fisik.
Resistensi terhadap alkali (1% KOH) lebih pekat
Peka terhadap streptomisin
Toksin yang dibentuk Endotoksin

Ciri-ciri bakteri gram positif yaitu:

Struktur dinding selnya tebal, sekitar 15-80 nm, berlapis tunggal atau monolayer.
Dinding selnya mengandung lipid yang lebih normal (1-4%), peptidoglikan ada yang
sebagai lapisan tunggal. Komponen utama merupakan lebih dari 50% berat ringan.
Mengandung asam tekoat.
Bersifat lebih rentan terhadap penisilin.
Pertumbuhan dihambat secara nyata oleh zat-zat warna seperti ungu kristal.
Komposisi nutrisi yang dibutuhkan lebih rumit.
Lebih resisten terhadap gangguan fisik.
Resistensi terhadap alkali (1% KOH) larut
Tidak peka terhadap streptomisin
Toksin yang dibentuk Eksotoksin Endotoksin

Contoh bakteri gram posittif

contoh bakteri gram negatif

Sumber: http://id.wikipedia.org/wiki/Pewarnaan_Gram
Pewarnaan Tahan Asam
Pewarnaan ini ditujukan terhadap bakteri yang mengandung lemak dalam konsentrasi tinggi
sehingga sukar menyerap zat warna, namun jika bakteri diberi zat warna khusus misalnya
karbolfukhsin melalui proses pemanasan, maka akan menyerap zat warna dan akan tahan
diikat tanpa mampu dilunturkan oleh peluntur yang kuat sekalipun seperti asam-alkohol.
Karena itu bakteri ini disebut bakteri tahan asam (BTA).
Teknik pewarnaan ini dapat digunakan untuk mendiagnosa keberadaan bakteri penyebab
tuberkulosis yaitu Mycobacterium tuberculosis . Ada beberapa cara pewarnaan tahan asam,
namun yang paling banyak adalah cara menurut Ziehl-Neelsen.(anonymous,2009)

Bakteri Tahan Asam (pink) dan bakteri Tidak Tahan Asam (biru)
Sumber: www.google.com

3. Pewarnaan khusus untuk melihat struktur tertentu : pewarnaan flagel, pewarnaan

spora, pewarnaan kapsul.
Pewarnaan Spora
Spora bakteri (endospora) tidak dapat diwarnai dengan pewarnaan biasa, diperlukan teknik
pewarnaan khusus. Pewarnaan Klein adalah pewarnaan spora yang paling banyak digunakan.
Endospora sulit diwarnai dengan metode Gram. Untuk pewarnaan endspores, perlu dilakukan
pemanasan supaya cat malachite hijau bisa masuk ke dalam spora , seperti halnya pada
pewarnaan Basil Tahan Asam dimana cat carbol fuschsin harus dipanaskan untuk bisa
menembus lapisan lilin asam mycolic dari Mycobacterium .
Skema prosedur pengecatan Spora Schaeffer Fulton

Sumber http://images.suite101.com/400620_com_endosporestainprocpscanite.jpg
Protokol pewarnaan diferensial endospores dan sel vegetatif adalah sebagai berikut:

Prinsip kerja:
Spora kuman mempunyai dinding yang tebal sehingga diperlukan pemanasan agar pori-pori
membesar zat warna fuchsin dapat masuk, dengan pencucian pori-pori kembali mengecil
menyebabkan zat warna fuchsin tidak dapat dilepas walaupun dilunturkan dengan asam
alkohol, sedangkan pada badan bakteri warna fuchsin dilepaskan dan mengambil warna biru
dari methylen blue.

Cara Kerja :
Dibuat suspensi kuman, ditambah dengan carbol fuchsin sama banyak.
Dipanaskan selama 6 menit pada api kecil atau pada penangas air 80oc selama 10 menit.
Dibuat sediaan dan dikeringkan.
Dimasukkan kedalam H2SO4 1% selama 2 detik
Dimasukkan kedalam alkohol sehingga tidak ada lagi warna merah mengalir.
Sediaan dicuci dengan air.
Diwarnai dengan methylen blue selama 1 menit kemudian dicuci dan dikeringkan.
Diperiksa dibawah mikroskop.
Pewarnaan flagel
Pewarnaan flagel dengan memberi suspense koloid garam asam tanat yang tidak stabil,
sehingga terbentuk presipitat tebal pada dinding sel dan flagel.
Pewarnaan kapsul
Pewarnaan ini menggunakan larutan Kristal violet panas, lalu larutan tembaga sulfat sebagai
pembilasan menghasilkan warna biru pucat pada kapsul, karena jika pembilasan dengan air
dapat melarutkan kapsul. Garam tembaga juga memberi warna pada latar belakang. Yang
berwana biru gelap.
4. Pewarnaan khusus untuk melihat komponen lain dan bakteri :

pewarnaan Neisser (granula volutin),

pewarnaan yodium (granula glikogen).

5. Pewarnaan negatif
Tujuan
Mempelajari penggunaan prosedur pewarnaan negatif untuk mengamati morfologi organisme
yang sukar diwarnai oleh pewarna sederhana. Bakteri tidak diwarnai, tapi mewarnai latar
belakang. Ditujukan untuk bakteri yang sulit diwarnai, seperti spirochaeta

Cara pewarnaan negatif

- Sediaan hapus teteskan emersi lihat dimikroskop
Pewarnaan negatif, metode ini bukan untuk mewarnai bakteri tetapi mewarnai latar
belakangnya menjadi hitam gelap. Pada pewarnaan ini mikroorganisme kelihatan transparan
(tembus pandang). Teknik ini berguna untuk menentukan morfologi dan ukuran sel. Pada
pewarnaan ini olesan tidak mengalami pemanasan atau perlakuan yang keras dengan bahanbahan kimia, maka terjadinya penyusutan dan salah satu bentuk agar kurang sehingga
penentuan sel dapat diperoleh dengan lebih tepat. Metode ini menggunakan cat nigrosin atau
tinta cina.
Pewarnaan negatif memerlukan pewarna asam seperti eosin atau negrosin.pewarna asam
memiliki negatif charge kromogen,tidak akan menembus atau berpenetrasi ke dalam sel
karena negative charge pada permukaan bakteri. oleh karena itu, sel tidak berwarna mudah
dilihat dengan latar belakang berwarna.
I.2.11 Mikroskop
Mikroskop (bahasa Yunani: micros = kecil dan scopein = melihat) adalah sebuah alat
untuk melihat objek yang terlalu kecil untuk dilihat dengan mata kasar. Ilmu yang
mempelajari benda kecil dengan menggunakan alat ini disebut mikroskopi, dan kata
mikroskopik berarti sangat kecil, tidak mudah terlihat oleh mata.
Jenis-jenismikroskop(http://modulfisika.blogspot.com/2010/04/kelas-vii-bagianbagian-mikroskop-dan.html)
Bentuk dan jenis mikroskop berkembang sejalan dengan perkembangan ilmu pengetahuan
dan teknologi. Mikroskop yang paling sederhana adalah mikroskop cahaya, mikroskop stereo
sampai yang modern seperti mikroskop elektron. Semakin modern, perbesaran yang
dihasilkan semakin besar dan rinci. Berdasarkan pada kenampakan objek yang diamati,
mikroskop dibagi dua jenis, yaitu mikroskop dua dimensi (mikroskop cahaya) dan mikroskop
tiga dimensi (mikroskop stereo). Berdasarkan sumber cahayanya, mikroskop dibedakan
menjadi mikroskop cahaya dan mikroskop elektron.

Mikroskop Cahaya

Mikroskop cahaya mempunyai perbesaran maksimum 1000 kali. Mikroskop jenis ini
memiliki tiga lensa, yaitu lensa objektif, lensa okuler, dan kondensor. Lensa objektif dan
lensa okuler terletak pada kedua ujung tabung mikroskop. Lensa okuler pada mikroskop ada
yang berlensa tunggal (monokuler) atau ganda (binokuler). Lensa kondensor berperan untuk
menerangi objek dan lensa-lensa mikroskop lain. Dengan pengaturan yang tepat maka akan
diperoleh daya pisah maksimal.

Mikroskop Stereo

Mikroskop stereo merupakan jenis mikroskop yang hanya bias digunakan untuk benda yang
relatif besar dengan perbesaran 7 hingga 30 kali. Benda yang diamati dengan mikroskop ini
dapat terlihat secara tiga dimensi. Komponen pada mikroskop stereo hampir sama dengan
mikroskop cahaya. Perbedaannya pada ruang ketajaman lensa mikroskop stereo jauh lebih

tinggi dibandingkan dengan mikroskop cahaya sehingga kia dapat melihat bentuk tiga
dimensi benda yang diamati.

Mikroskop Elektron

Mikroskop elektron mempunyai perbesaran sampai 100 ribu kali. Elektron digunakan sebagai
pengganti cahaya. Ada dua tipe pada mikroskop elektron, yaitu mikroskop elektroscanning
(SEM) dan mikroskop elektron transmisi (TEM).

Bagian-Bagian Mikroskop dan Cara Penggunaannya

Pengenalan Bagian-Bagian Mikroskop

Setelah kamu tahu sejarah singkat dan jenis-jenis mikroskop, marilah kita pelajari bagianbagian mikroskop. Coba kamu perhatikan gambar mikroskop berikut ini dan amati masingmasing bagiannya!

Gambar tersebut adalah salah satu jenis mikroskop yang sering dipakai di sekolah, yaitu
mikroskop cahaya. Coba bandingkan dengan mikroskop yang ada di laboratorium
sekolahmu! Sama ataukah berbeda? Bentuk dan jenis mikroskop memang bermacam-macam,
tetapi pada intinya hampir sama prinsip kerjanya. Sekarang mari kita pelajari bagian-bagian
mikroskop! Bagian bagian mikroskop dapat dikelompokkan menjadi 3 bagian, yaitu bagian
optik, penerangan, dan mekanis.
Bagian Optik
Bagian ini berupa lensa-lensa yang mampu membuat bayangan benda menjadi lebih besar.
Ada dua macam lensa, lensa yang dekat dengan mata disebut lensa okuler atau lubang
pengintai. Kekuatan perbesaran biasanya tertulis pada permukaanya, misalnya 10x dan lainlain. Lensa yang dekat dengan benda/objek pengamatan disebut lensa objektif dan terpasang
pada revolver. Kekuatan perbesaran berbeda-beda misalnya 10x, 20x, maupun 40x. Lensa
objektif dapat diatur sesuai dengan pilihan yang kita perlukan dengan cara memutar revolver
(tempat lensa objektif). Masih ada satu lagi lensa kondensor yang berfungsi mengumpulkan
cahaya atau menerangi objek yang diamati. Perbesaran yang tampak pada pengamatan

merupakan hasil kali dari lensa okuler dan lensa objektif yang digunakan. Contohnya, bila
kamu menggunakan lensa okuler 10xdan objektif 20xmaka perbesarannya adalah 10x20
atau sama dengan 200x. Ini berarti benda yang diamati melalui mikroskop telah diperbesar
200x.
Bagian Penerangan
Salah satu syarat sediaan (preparat) dapat diamati dengan jelas adalah pencahayaan yang
cukup. Untuk menangkap dan memantulkan cahaya yang masuk, mikroskop dilengkapi
dengan reflektor berupa cermin. Cermin tersebut memiliki 2 sisi, datar dan cekung.
Permukaan yang datar digunakan jika sumber cahaya cukup terang, sedangkan bagian yang
cekung digunakan bila cahaya kurang terang. Di bawah meja objek, dapat kita temukan
bagian yang berfungsi mengatur banyaknya cahaya yang masuk. Bagian ini disebut
diafragma, di dalamnya terdapat lubang-lubang berupa lingkaran yang dapat diputar, ada
yang besar maupun kecil. Semakin kecil diafragma yang digunakan semakin kecil pula
cahaya yang masuk ke dalam mikroskop, demikian juga sebaliknya.

Bagian Mekanis
Bagian mekanis berguna untuk menggerakkan dan memudahkan penggunaan mikroskop.
Bagian tersebut di antaranya landasan/dasar/kaki mikroskop dan pegangan mikroskop. Selain
itu, ada bagian yang berguna untuk pengatur fokus, yaitu pemutar kasar (makrometer) dan
pemutar halus (mikrometer).
I.2.12 Penyiapan Olesan Bakteri
Olesan bakteri yang baik dan disiapkan sebagaimana mestinya adalah
olesan yang tidak terlalu tebal dan tidak terlalu tipis dan bila difiksasi dengan panas
akan tahan pencucian satu kali atau lebih selama proses pewarnaan sehingga
organismenya tidak hilang tercuci namun bentuk sel-selnya tidak berubah ataupun
menyusut. Jika olesan bakteri terlalu tebal, maka dalam pengamatan bakteri akan
cenderung menumpuk, sehingga tidak akan sukar diamati morfologi bakteri secara
baik. Apabila olesan bakteri terlalu tipis, maka bakteri tidak dapat diamati dengan
jelas.
Kaca obyek yang digunakan tidak boleh ada goresan, kotoran dan lemak,
karena dapat menganggu pengamat dalam mengamati morfologi bakteri. Hal yang
tidak kalah pentingnya adalah kempuan menaruh mikroorganisme ke atas kaca
obyek, sehingga olesan yang dihasilkan tidak terlalu tebal dan terlalu tipis. Ini
memperlukan ketrampilan dan kebiasaan melalu pengalaman. Pada olesan yang
tebal sel-sel bakteri akan bertumpuk-tumpuk sehingga sukar untuk menentukan
bentuk sel secara individu. Dengan sendirinya jumlah cahaya yang lewat melalui
spesimen menjadi berkurang sehingga akan menyulitakan pengamatan. Hal ini
cenderung lebih mudah terjadi pada olesan-olesan yang dibuat dari medium padat

(agar miring atau cawan). Mengingat bahwa sel-sel bakteri berukuran amat kecil,
maka olesan juga tidak boleh terlalu tipis karena akan menyulitkan ditemukannya
sel-sel tersebut pada pengamatan mikroskopis. Kesalahan ini cenderung terjadi pada
olesan yang dibuat pada medium cair.
Bila medium berupa cairan (kaldu, susu, air seni dan sebagainya) maka
penyiapan olesan dimulai dengan menaruh satu atau dua lup penuh biakan cair
langsung pada kaca obyek. Karena sel-sel bakteri dalam media cair tidak saling
menumpuk, sebab sel-sel bakteri dam media cair mampu bergerak bebas. Alasan
lain kembangbiakan bakteri dalam media cair tidak ditambah air steril karena
nantinya bakteri dari media cair akan sukar mengering. Penyiapan olesan bakteri
juga harus dilakukan dengan teknik aseptik agar tidak ada mikroba lain yang
tercampur dalam media maupun dalam pengamatan dengan menggunakan
mikroskop. Apabila bakteri yang dikembangbiakkan berasal dari media padat, maka
perlu ditambah air murni sebanyak 1-2 ose padat kaca preparat sebelum diberi
olesan bakteri. Hal ini dikarenakan, sel-sel bakteri dalam medium padat cenderung
melekat dengan sesamanya, sehinggan perlu disebarkan dengan batuan air murni
agar mudah diamati dengan mikroskop nantinya. Fiksasi dengan panas juga harus
dilakukan secukupnya saja dan tidak berlebiahan.
Jika bakteri dipelihara di dalam cairan, maka ujung kawat inokulasi setelah
dipijarkan dan dingin kembali, kemudian dicelupkan sedikit di dalam biakan
tersebut. sentuhkanlah ujung kawat yang mengandung biakan itu ditengah-tengah
kaca penutup, kemudian baliklah kaca penutup itu dan letakkanlah ia di atas kaca
benda sedemikian rupa, sehingga tetesan yang berisi bakteri itu masuk tepat di
dalam cekungan kaca benda. Setelah ujung kawat selesai dipakai tadi harus
dipijarkan kembali dalam nyala api.
Kaca benda yang membawakan tetesan bergantung tersebut dapat
dipindahkan ke piringan mikroskop untuk diperiksa. Supaya cairan yang
mengandung bakteri tidak menguap, tepi kaca penutup perlu ditetesi gliserin.
Meskipun kaca obyek yang digunakan tidak 100% steril, namun hendaknya
digunakan teknik aspetik. Hal ini penting untuk menghidari tercemarinya biakan
yang digunakan (sehingga biakan tetap murni bila kebetulan penyiapan olesan yang
sama harus diulangi) disamping itu juga melindungi diri dari kontaminasi oleh
organisme yang sedang ditangani. Perlu diingat bahwa tepi mulut tabung reaksi
tempat biakan bakteri harus dilewatkan pada api. Demikian pula setelah

pengambilan bakteri selesai, sebelum ditutup, mulut tabung harus dilewatkan api
terlebih dahulu.memijarkan kawat inokulasi sebelum dan sesudah dipakai harus
merupakan kebiasaan yang tidak boleh dilupakan. Hal ini merupakan apa yang
disebut teknik aseptik. Keuntungan penggunaan metode tetesan bergantung adalah
:

Bakteri ada terkurung di dalam lubang kaca benda, sehingga meminimalisasi

bahaya berhamburnya bakteri ke lingkungan.

Bakteri dapat bergerak dengan leluasa, jika memang bakteri suka bergerak.
Cara lain untuk memeriksa bekteri hidup ialah dengan tetesan medium yang

tidak bergantung. Prosedurnya lebih mudah, untuk itu tidak diperlukan kaca benda
yang mempunyai cekungan di tengah, akan tetapi cukuplah dengan menggunakan
kaca benda yang datar biasa. Ujung kawat yang membawa bakteri disentuhkan di
tengah-tengah kaca benda, kemudian tetesan itu ditutup dengan kaca penutup biasa,
maka jadilah suatu preparat yang siap untuk diperiksa. Preparat yang disediakan
demikian kurang aman, selain itu gerakan bakteri tidak dapat bebas.
(Hadioetomo. R. S,. 1993)
I.2.13

Pembuatan Preparat
Prosedur menyiapkan sediaan ( preparat )

Jika bakteri piaraan di dalam cairan ujung kawat inokulasi setelah

Dipanaskan dan dingin kembali dicelupkan sedikit didalam piaraan kemudian
Sentuhkan pada tengah2 kaca penutup dibalik letakkan di kaca
benda sedemikian rupa sehingga tetesan yang berisi baktari masuk tepat
dalam cekungan kaca benda.
Ujung kawat harus selalu dipanaskan baik sebelum atau sesudah pemakaian
Tepi mulut tabung juga harus selalu dipanasi sebelum atau sesudah diambil
bakterinya.
Supaya cairan yang mengandung bacteri tidak menguap tepi kaca penutup
diberi glycerin diperoksa dibawah mikroskop.
Memanasi kawat inokulasi sebelum dan sesudah dipakai , serta memanasi
mulut tabung sebelum dan sesudah pengambilan kuman tehnik aseptic

KEUNTUNGAN PENGGUNAAN METODE : TETESAN BERGANTUNG :

- Bakteri akan terkurung dalam lubang kaca benda , sehingga bahaya
terhanburnya kemana2 hanpir tidak ada
- Bakteri dapat bergerak leluasa.
Cara lain selain dengan metode tetesan bergantung adalah dengan cara :

Ujung kawat yang membawa bacteri dioleskan pada kaca benda yang tidak
ada cekungannya kemudian ditutup dengan kaca penutup dilihat dengan
mikroskop. preparat ini kurang aman dan bakteri kurang bebas bergerak.

MEMBUAT PREPARAT BAKTERI YANG SUDAH DIMATIKAN DULU

-

Ambil sedikit sampel dari bakteri yang dipiara dalam medium cair / padat.
Dengan kawat inokulasi oleskan pada kaca benda tanpa cekungan tipis2
dengan penampang kira2 1 cm. Jika sediaan diambil dari sediaan padat beri
aqua pada tengah2 kaca benda lebih dulu, jika sediaan cair tidak usah diberi

air.
- Tunggu sampai kering lewatkan pada nyala api pada posisi kuman diatas
kemudian lakukan pengecatan

I.2.14 Bakteri yang digunakan

I.2.14.1 Bacillus Turingiensis
(http://anekaplanta.wordpress.com/2008/03/02/bioinsektisida-alternatif-bacillusthuringiensis-bt/)
Bacillus thuringiensis (Bt) adalah bakteri gram positif yang berbentuk batang, aerobik
dan membentuk spora. Banyak strain dari bakteri ini yang menghasilkan protein yang
beracun bagi serangga. Sejak diketahuinya potensi dari protein kristal Bt sebagai agen
pengendali serangga, berbagai isolat Bt dengan berbagai jenis protein kristal yang
dikandungnya telah teridentifikasi. Sampai saat ini telah diidentifikasi protein kristal yang
beracun terhadap larva dari berbagai ordo serangga yang menjadi hama pada tanaman pangan
dan hortikultura. Kebanyakan dari protein kristal tersebut lebih ramah lingkungan karena
mempunyai target yang spesifik sehingga tidak mematikan serangga bukan sasaran dan
mudah terurai sehingga tidak menumpuk dan mencemari lingkungan.

http://id.wikipedia.org/wiki/Bacillus_thuringiensis

I.2.14.2 Staphylococcus aureus

Staphylococcus aureus (S. aureus) adalah bakteri gram positif yang menghasilkan
pigmen kuning, bersifat aerob fakultatif, tidak menghasilkan spora dan tidak motil, umumnya
tumbuh berpasangan maupun berkelompok, dengan diameter sekitar 0,8-1,0 m.[1][2] S.
aureus tumbuh dengan optimum pada suhu 37oC dengan waktu pembelahan 0,47 jam. [3] S.
aureus merupakan mikroflora normal manusia[3]. Bakteri ini biasanya terdapat pada saluran
pernapasan atas dan kulit[1][4]. Keberadaan S. aureus pada saluran pernapasan atas dan kulit
pada individu jarang menyebabkan penyakit, individu sehat biasanya hanya berperan sebagai
karier [1]. Infeksi serius akan terjadi ketika resistensi inang melemah karena adanya
perubahan hormon; adanya penyakit, luka, atau perlakuan menggunakan steroid atau obat
lain yang memengaruhi imunitas sehingga terjadi pelemahan inang[1].

http://www.google.co.id/imgres?q=Staphylococcus+aureus&hl=id&sa=X&noj=1&tbm=isch
&prmd=imvns&tbnid=s7VxNlkWSDRdM:&imgrefurl=http://www.healthhype.com/staphylococcusaureus.html&docid=2WHW_O7IFN70iM&imgurl=http://www.healthhype.com/wpcontent/uploads/staphylococcus_aureus_electron_microscope.jpg&w=700&h=475&ei=4qhM
T8LjNqrAiQeUjr1y&zoom=1&biw=1366&bih=703

I.2.14.3

Pseudomonas putida
Pseudomonas putida merupakan bakteri gram negatif yang berbentuk
batang, memiliki flagela sebagai alat geraknya. Bakteri ini biasanya ditemukan di

habitat tanah dan air yang terdapat oksigen. Tumbuh optimal pada 25C - 30C dan
dapat dengan mudah diisolasi.

(http://ratihkuspriyadani.blogspot.com/)
Gambar I.25 - Sel Pseudomonas putida
Pseudomonas putida memiliki metabolisme aerobik yang sangat beragam
yang mampu mendegradasi pelarut organik (seperti: toluena) dan juga untuk
mengkonversi minyak stirena untuk Polyhydroxyalkanoates plastik biodegradable
(PHA). Bakteri ini membantu menurunkan busa polystyrene yang dianggap nonbiodegradable.

Pseudomonas

putida

signifikan

pada

lingkungan

karena

metabolismenya yang kompleks dan kemampuan bakteri ini untuk mengendalikan

polusi. Beberapa tekanan lingkungan yang disebabkan oleh benzena, xilena, dan
toluena, komponen utama dari bensin dan merupakan sumber utama kontaminasi
air. Pseudomonas putida dapat menurunkan hidrokarbon dari pelarut organik
melalui reaksi oksidatif sehingga menempatkan Pseudomonas putida sebagai salah
satu yang paling penting mikroba dalam bioremediasi.
(http://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Pseudomonas_putida)