DAFTAR ISI
Daftar Isi................................................................................................................iii
BAB I Pendahuluan
BAB II Pembahasan
ii
BAB I
PENDAHULUAN
1
1.2 Rumusan Masalah
Masalah yang akan dibahas pada makalah ini adalah sebagai berikut:
1. Apakah pengertian elektroforesis?
2. Bagaimana prinsip operasi elektroforesis?
3. Bagaimana cara kerja elektroforesis?
4. Apa saja jenis-jenis elektroforesis?
1.3 Tujuan
Tujuan dari makalah ini adalah sebagai berikut:
1. Mengetahui pengertian elektroforesis.
2. Mengetahui prinsip operasi elektroforesis.
3. Mengetahui cara kerja elektroforesis.
4. Mengidentifikasi jenis-jenis elektroforesis.
2
BAB II
PEMBAHASAN
Dimana F adalah gaya Lorentz, q adalah muatan yang dibawa oleh objek, E
adalah medan listrik.
Elektroforesis digunakan untuk mengamati hasil amplifikasi dari DNA.
Hasil elektroforesis yang terlihat adalah terbentuknya band yang merupakan
fragmen DNA hasil amplifikasi dan menunjukkan potongan-potongan
jumlah pasangan basanya (Klug & Cummings 1994: 397).
Elektroforesis digunakan dengan tujuan untuk mengetahui ukuran dan
bentuk suatu partikel baik DNA, RNA dan protein. Selain itu, elektroforesis
3
juga digunakan untuk fraksionasi yang dapat digunakan untuk mengisolasi
masing-masing komponen dari campurannya, mempelajari fitogenetika,
kekerabatan dan mempelajari penyakit yang diturunkan (Klug & Cummings
1994: A-6). Elektroforesis dalam bidang genetika, digunakan untuk
mengetahui ukuran dan jumlah basa yang dikandung suatu sekuen DNA
tertentu (Klug & Cummings 1994: A-7).
4
elektroforesis dapat digunakan untuk separasi makromolekul (seperti protein
dan asam nukleat). Posisi molekul yang terseparasi pada gel dapat dideteksi
dengan pewarnaan atau autoradiografi, atau pun dilakukan kuantifikasi
dengan densitometer.
Dalam proses elektroforesis, sampel molekul ditempatkan pada kolom-
kolom (disebut well atau "sumur") pada sisi elektroda negatif, kemudian
dialirkan listrik dengan kutub yang terpisah satu sisi dengan sisi lainnya.
Ketika aliran listrik diberikan, maka terjadi pengaliran elektron, sehingga
zat objek akan bergerak dari elektroda negatif ke arah sisi elektroda positif.
Molekul-molekul sampel tersebut akan bergerak di dalam matriks gel ke
arah salah satu kutub listrik sesuai dengan muatannya. Kecepatan
pergerakan ini berbeda-beda, tergantung dari muatan dan berat molekul
DNA. Elektroforesis untuk makromolekul memerlukan matriks penyangga
untuk mencegah terjadinya difusi karena timbulnya panas dari arus listrik
yang digunakan.
Pada elektroforesis terdapat dua material dasar yang disebut fase
diam dan fase bergerak. Fase diam berfungsi menyaring objek yang akan
dipisah, sementara fase bergerak berfungsi membawa objek yang akan
dipisah. Elektroda positif dan negatif diletakkan pada masing-masing ujung
aparat elektroforesis.
Medan listrik dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel
yang akan dipisahkan. Teknik ini dapat digunakan dengan memanfaatkan
muatan listrik yang ada pada makromolekul, misalnya DNA yang
bermuatan negatif. Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan melalui
suatu medium, kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang
berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub
negatif ke kutub positif. Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada
nisbah muatan terhadap massanya serta tergantung pula pada bentuk
molekulnya
5
2.4 Jenis-jenis elektroforesis
Jenis elektroforesis antara lain, elektroforesis kertas, elektroforesis gel,
dan elektroforesis kapiler.
2.4.1 Elektroforesis Kertas
Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas
sebagai fase diam dan partikel yang terlarut sebagai fase gerak, terutama
ion-ion kompleks. Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi
sepanjang sistem pemisahan. Pergerakan partikel dalam kertas tergantung
pada muatan atau valensi zat terlarut, luas penampang, tegangan yang
digunakan, konsentrasi elektrolit, kekuatan ion, pH, viskositas, dan
adsorbsivitas zat terlarut.
Teknik pemisahan DNA/RNA berawal dari sekelompok ilmuwan
biokimia di awal tahun 1950-an yang sedang meneliti mekanisme molekular
DNA/RNA hidrolisis. Saat itu, tepatnya tahun 1952, Markham dan Smith
mempublikasikan bahwa hidrolisis RNA terjadi melalui mekanisme
pembentukan zat antara (intermediate) posfat siklik, yang kemudian
menghasilkan nukleosida 2′-monoposfat dan 3′-monoposfat. Ternyata
mereka menggunakan suatu peralatan yang dapat memisahkan komponen
campuran reaksi hidrolisis tadi, salah satunya yaitu nukleotida ‘siklik’ yang
membawa pada kesimpulan bahwa hidrolisis RNA terjadi melalui
pembentukan intermediate posfat siklik. Peralatan itu dinamakan
‘elektroforesis‘, yang dibuat dari kertas saring Whatman nomor 3, sebuah
tangki kecil dan berbagai larutan penyangga (buffer). Nukleotida yang
sudah terhidrolisis ditaruh di atas kertas saring, kemudian arus listrik
dialirkan melalui kedua ujung alat elektroforesis.
Arus listrik yang dialirkan ini ternyata dapat memisahkan campuran
kompleks reaksi tadi menjadi komponen-komponennya, ini akibat adanya
perbedaan minor antara struktur molekul RNA yang belum terhidrolisis, zat
antara (intermediate) dan hasil reaksi (nukleosida 2′-monoposfat dan
nukleosida 3′-monoposfat) yang menyebabkan mobilitas alias pergerakan
mereka pada kertas saring berbeda-beda kecepatannya. Karena pada akhir
6
proses elektroforesis komponen tersebut terpisah-pisah, sehingga dapat
mengisolasi dan mengidentifikasi setiap komponen tersebut.
7
Ada tiga jenis gel yang dapat digunakan dalam elektroforesis DNA,
yaitu sebagai berikut:
8
6. Voltase
Semakin tinggi tegangan listrik yang diberikan, semakin cepat pergerakan
molekul DNA.
7. Larutan buffer elektroforesis
Buffer dengan kadar ion tinggi akan menaikkan konduktansi listrik
sehingga mempercepat migrasi DNA. (Bowen 2000: 3-4).
Marker adalah segmen DNA yang spesifik dan telah diketahui
ukurannya. Marker berfungsi sebagai acuan untuk mengetahui ukuran DNA
hasil ampifikasi. Marker DNA yang terdapat di dalam ruang elektroforesis
berfungsi sebagai penanda posisi pasangan basa dari molekul DNA yang
bermigrasi. Marker-marker DNA tersebut merupakan marker yang telah
dibuat oleh pabrik sehingga tanda pasangan basanya jelas. Salah satu contoh
marker DNA adalah lambda Hind III. Marker tersebut memiliki delapan
fragmen DNA dengan kisaran 125 pb hingga 23.130 pb. Penggunaan DNA
marker tersebut dikarenakan molekul DNA yang akan diamati memiliki
fragmen DNA dengan ukuran 110--20.000 pb. (Birren & Lai 1993: 82; Martin
1996: 77).
Elektroforesis gel memiliki beberapa komponen yang terdiri dari:
1. Comb: digunakan untuk membentuk well pada gel agarosa.
2. Tray: digunakan untuk sebagai cetakan gel agarosa.
3. Chamber: digunakan sebagai wadah gel agarosa.
4. Sumber listrik: digunakan untuk memberi arus saat proses elektroforesis.
Dalam elektroforesis juga digunakan bahan-bahan sepert Etidium
Bromida yang bersifat karsinogenik dan Brom Fenol Blue. Hal tersebut
karena Etidium Bromida dapat meningkatkan daya fluoresensi dari DNA
sehingga dapat terlihat jelas, sedangkan Brom Fenol Blue berfungsi sebagai
pewarna untuk memantau kecepatan molekul DNA pada gel (Birren & Lai
1993: 79--81).
Manfaat elektroforesis gel antara lain untuk mengetahui ukuran
fragmen DNA dari produk PCR, memisahkan produk DNA dari hasil digesti
yang berbeda ukuran, lalu dapat disequencing, dan juga untuk pemurnian atau
9
purifikasi DNA. Elektroforesis dapat diaplikasikan untuk berbagai macam
kegiatan, antara lain membandingkan gen homolog dari spesies yang berbeda,
mengetahui susunan sekuens berbagai genom, DNA finger printing,
mengetahui ada atau tidaknya gen-gen penyebab kelainan genetik atau
penyakit tertentu, mendeteksi lokasi dan jumlah mRNA dalam sel atau jaringan
tertentu, mengetahui aktivitas gen selama perkembangan berbagai tipe sel
organisme atau aktivitas gen sebelum dan sesudah diberi perlakuan tertentu,
mempelajari evolusi di tingkat molekular, mengetahui variasi genetik dalam
populasi natural di alam, menentukan atau mengidentifikasi berat molekul
fragmen DNA, RNA, protein dan aktivitas enzimatik, menganalisa fragmen
DNA yang diamplifikasi melalui PCR, mengidentifikasi persamaan dan
perbedaan genetik antar individu, dan menentukan jumlah fragmen DNA yang
diklon dalam rekombinan plasmid DNA (Russell 1994: 299--310 & 500--501;
Fairbanks & Andersen 1999: 278).
Tahun 1955 Smithies mendemonstrasikan bahwa gel yang terbuat dari
larutan kanji dapat digunakan untuk memisahkan protein-protein serum
manusia. Caranya yaitu dengan menuangkan larutan kanji panas ke dalam
cetakan plastik, setelah dibiarkan mendingin kanji tersebut akan membentuk
gel yang padat namun rapuh. Gel kanji berperan sebagai fasa diam (stationary
phase) menggantikan kertas saring Whatman pada teknik terdahulu.
10
Polyacrilamide Gel Electrophoresis) yang terbentuk melalui proses
polimerisasi akrilamida dan bis-akrilamida. PAGE ini sanggup memisahkan
campuran DNA/RNA atau protein dengan ukuran lebih besar.
11
Dalam proses elektroforesis, sampel molekul ditempatkan ke dalam
sumur (well) pada gel yang ditempatkan di dalam larutan penyangga, dan
listrik dialirkan kepadanya. Molekul-molekul sampel tersebut akan bergerak di
dalam matriks gel ke arah salah satu kutub listrik sesuai dengan muatannya.
Dalam hal asam nukleat, arah pergerakan adalah menuju elektroda positif,
disebabkan oleh muatan negatif alami pada rangka gula-fosfat yang
dimilikinya. Untuk menjaga agar laju perpindahan asam nukleat benar-benar
hanya berdasarkan ukuran (yaitu panjangnya), zat seperti natrium hidroksida
atau formamida digunakan untuk menjaga agar asam nukleat berbentuk lurus.
Sementara itu, protein didenaturasi dengan deterjen (misalnya natrium dodesil
sulfat, SDS) untuk membuat protein tersebut berbentuk lurus dan bermuatan
negatif. Setelah proses elektroforesis selesai, dilakukan proses pewarnaan
(staining) agar molekul sampel yang telah terpisah dapat dilihat. Etidium
bromida, perak, atau pewarna "biru Coomassie" (Coomassie blue) dapat
digunakan untuk keperluan ini. Jika molekul sampel berpendar dalam sinar
ultraviolet (misalnya setelah "diwarnai" dengan etidium bromida), gel difoto di
bawah sinar ultraviolet. Jika molekul sampel mengandung atom radioaktif,
autoradiogram gel tersebut dibuat.
12
memiliki efisiensi dan selektivitas yang baik namun boros listrik karena
menggunakan tegangan tinggi dan alatnya juga mahal.
13
Berbagai model elektroforesis kapiler dapat dilakukan menggunakan
instrumen CE. Dasar dari perbedaan model pemisahan dapat dikarenakan
bahwa elektroforesis kapiler telah dikembangkan dari suatu kombinasi
elektroforesis dan teknik kromatografi. Istilah umumnya ini dapat dianggap
sebagai pemisahan elektroforesis dari sejumlah senyawa di dalam tabung
sempit. Walaupun sebagian besar aplikasi telah dilakukan menggunakan cairan
sebagai media pemisah, teknik elektroforesis kapiler dimana kapiler berisi
elektroforesis gel, lapisan kromatografi.
Kedua kation ini, Li+ dan Na+ sama-sama memiliki muatan +1, namun memiliki
ukuran berbeda. Ion Li+ memiliki ukuran yang lebih kecil dari Na+. Ion Li+ akan
lebih tersolvasi dengan air sehingga akan mengikat banyak molekul air.
Akibatnya mobilitas Li+ akan menjadi kecil dan ion Na+ akan lebih dahulu keluar
dari kapiler.
14
Sistem yang berdasarkan pada skema (a) hanya akan menghasilkan satu
puncak, artinya pemisahan tidak berlangsung dengan baik. Pada skema (b)
akan muncul dua puncak, artinya pemisahan NO3- dan NO2- terjadi dengan
baik. Hal ini disebabkan karena nilai mobilitas elektroforetik (μep) NO3- lebih
kecil dibanding μep NO2-, akibatnya mobilitas total (μt) NO2- menjadi lebih
besar dari μt NO3-. Hal ini akan berakibat NO2- akan keluar terlebih dahulu
dibanding NO3-.
15
BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Dari pembahasan materi yang telah dijabarkan, dapat ditarik beberapa
kesimpulan, antara lain sebagai berikut:
1. Elektroforesis merupakan teknik pemisahan komponen/molekul
bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan
listrik.
2. Secara prinsip, teknik ini mirip dengan kromatografi, yaitu memisahkan
campuran bahan-bahan berdasarkan perbedaan sifatnya.
3. Jenis-jenis elektroforesis yaitu elektroforesis kertas, elektroforesis gel dan
elektroforesis kapiler.
4. Elektroforesis dapat digunakan untuk meneliti DNA dalam berbagai
bidang.
16
DAFTAR PUSTAKA
17