MODUL 1

METABOLIT PRIMER DAN METABOLIT SEKUNDER

1.1 PENDAHULUAN

Kimia hasi alam telah lama dikenal dalam bidang kimia organik dan biokimia yaitu
sekitar sejak tahun 800-an. Bahkan perkembangan teori kimia organik dan biokimia banyak
ditunjang oleh perkembangan penemuan senyawa yang berasal dari alam (tumbuhan dan
binatang). Penelitian tentang senyawa bahan alam saat ini berkembang sangat pesat kususnya
di wilayah Asia, terutama di negara-negara Jepang, Cina, Korea Selatan, India, Malaysia dan
Thailand. Kalau ditelusuri lebih mendalam sebenarnya Indonesia sudah sejak nenek moyang
kita memanfaatkan tumbuh-tumbuhan obat dalam bentuk jamu-jamuan untuk mengobati
berbagai macam penyakit. Namun mereka tidak tau senyawa kimia apa yang terkandung di
dalamnya sehingga berkhasiat menyembuhkan suatu penyakit.
Dewasa ini para akhli kimia maupun farmasi di Indonesia sudah mulai giat melakukan
penelitian-penelitian terhadap tumbuh-tumbuhan maupun hewan ataupun produk-produk laut,
yang diduga mengandung senyawa kimia aktif. Namun jika dibandingkan dengan negara-
negara yang tersebut di atas sudah tentu masih sangat kurang. Namun saat ini juga masih
banyak kita mengekspor bahan-bahan mentah yang berkhasiat sebagai obat seperti; jahe,
kunyit, sere dan lain-lain. Hal ini sudah tentu kurang menguntungkan karena kita mengekpor
dengan harga yang murah, kemudian produk obat-obatan yang berbahan baku dari tumbuhan-
tumbuhan obat yang kita ekspor tadi kita import lagi dengan harga yang mahal.
Pada hakekatnya senyawa kimia hasil alam meliputi senyawa-senyawa organik dan
anorganik. Namun pengertian kimia bahan alam (Natural Product Chemistry), pada
umumnya dimaksudkan untuk kimia organik yang berasal dari tumbuhan dan binatang, baik
yang berada di daratan maupun di lautan. Senyawa-senyawa kimia bahan alam sering disebut
dengan metabolit sekunder. Berbicara tentang metabolit sekunder tidak lepas dari senyawa
metabolit primer. Karena senyawa metabolit sekunder adalah senyawa yang dihasilkan
melalui metabolisme metabolit primer. Sedangkan senyawa metabolit primer adalah senyawa
yang dihasilkan oleh metabolisme primer, dimana metabolisme sekunder adalah kelanjutan

1
dari metabolisme primer. Oleh karena itu senyawa metabolit sekunder berasal dari metabolit
primer. Dalam proses metabolisme untuk menghasilkan metabolit sekunder, senyawa
metabolit primer berfungsi sebagai pemula.
Mengapa kita perlu mempelajari senyawa hasil alam?
1. Macam-macam struktur organik dari tumbuhan telah diteliti begitu luas dan sampai
sekarang penelitian tersebut masih menarik perhatian. Ini sebagai buki bahwa struktur
kimia organik dan proses sintesisnya serta transformasinya tidak terbatas untuk
didiskusikan.
Pada saat penentuan stuktur banyak kelakuan senyawa organik telah dijadikan dasar
rekasi kimia organik (misalnya resksi penyususnan kembali Wagner-Wierman dll).
2. Dapat ditemukannya kaedah sintesis dari proses penelitian sintesis senyawa organik.
3. Diperkirakan setengah dari obat formasuztis modern berasal dari hasil alam atau
turunannya dan penelitian masih terus berlanjut untuk mendapatkan obat baru dari
sumber alami (misalnya penelitian tertrasiklin, kartisone, reserpin, piretrin dan lain-
lain).
4. Mempelajari kandungan kimia tumbuhan (fitokimia) sudah mulai dijadikan nilai
penting untuk mengetahui dan mengevaluasi hubungan antara tumbuhan (taksonomi)
secara sistematik.
5. Dapat dijadikan sumber bahan kimia organik yang lestari dan dapat diperbaharui.
Berikut adalah perbedaan antara metabolit primer dan sekunder:
Metabolit Primer Metabolit Sekunder
1.Peranannya penting 1.Peranannya tidak jelas
dalam kehidupan pada organisme
organisme penghasil penghasil
2. Universal 2. Tidak universal
3. Senyawa pembangun 3. Senyawa hasil alam

1.2 PENYAJIAN MATERI

1.2.1 Karakteristik Kimia Bahan Alam

2
 Kata nature (alami), sudah tidak asing lagi ditelinga kita, semboyan back to nature
yang mengajak manusia untuk memanfaatkan produk-produk alami, terutama bahan obat-
obatan. Demikian pula perkembangan bidang kimia organik yang banyak berhubungan
dengan penelitian kimia bahan alam. Sel organisme makhluk hidup seperti tanaman, jamur,
bakteri, liken (tumbuhan lumut laut), serangga dan binatang lebih tinggi adalah merupakan
tempat proses biosintesis yang sangat rumit dan kompleks. Namun menghasilkan senyawa
organik yang sangat beragam dan berguna bagi umat manusia.
Tumbuhan merupakan kelas makhluk hidup yang oaling luas mensintesis senyawa
organik bahan alam. Sintesis di dalam tumbuhan berlangsung singkat disebabkan oleh materi
pemulanya adalah zat-zat yang sederhana seperti; air, karbon dioksida, nitrogen (unsur dan
garam anorganik), senyawa fosfor dan sejumlah kecil garam anorganik.
Sintesis utama proses alam adalah fotosintesis, dimana zat hijau daun memanfaatkan
tenaga matahari dengan adanya CO2 menghasilkan senyawa organik primer. Hasil pertama
fotosintesis adalah karbohidrat, kemudian dilanjutkan oleh perubahan metabolisme yang
ditujukan untuk memproduksi senyawa organik yang mempunyai struktur dan berat molekul
sederhana. Diantaranya adalah gula, asam karboksilat molekul rendah dan asam amino
sederhana. Senyawa-senyawa ini tyerdistribusi secara universal di dalam dan antar
transformasi yang disebut proses metabolisme primer. Disini akan berlangsung sintesis zat-
zat pemula yang akan memberikan kontrol spesifik genetik, reaksi katalisis enzim yang
ditujukan untuk membentuk senyawa kompleks yang karakteristik yang disebut dengan
metabolit sekunder.
Senyawa metabolit primer sebagai zat pembangun:
1. Karbohidrat : Mono, di, oligo dan polisakarida
2. Senyawa nitrogen : asam-asam amino, asam nukleat polipeptida (protein), porfirin
(klorofil) dan pteridin.
Senyawa metabolit sekunder (merupakan senyawa hasil alam):
1. Asetogenin dan shikimat : Flvonoid, lipida, lignan, quinon, antibiotik makrolida.
2. Isoprenoid: terpenoid, steroid, dan karotinoid
3. Senyawa nitrogen : Alkaloid
Proses biosintesis senyawa metabolit primer dan sekunder dalam tumbuh-tumbuhan seperti
skema 1.1 berikut:

3
 Klorofil + CO2 + H2O + Cahaya Matahari

Fotosintesis

Karbohidrat

Siklopentosa

Asam Fosfoenol Piruvat

Asam Shikimat Asam Piruvat

Alkaloid
Asam Amino
Asetil Koenzim A
Asam Amino
Asam Sinamat

Malonil
Senyawa Fenil Propanoid Koenzim A

Asam Lemak
Karbonoilfosfat
Flavonoid
(H2NCO-OPO3H2)
Poliasetilen
H3PO4

N2/NH3 Asam Mevalonat

Poliketida
Terpenoid
Steroid
Senyawa Fenolat Karotenoid

Skema 1.1 Pembuatan Senyawa Metabolit Sekunder dalam Tumbuhan

1.2.2 Prinsip Jalan Pintas Sintesis Senyawa Metabolit Sekunder

4
 Proses terjadinya senyawa-senyawa di dalam tumbuhan dikenal dengan istilah tapak
biosintesis. Menurut pengertiannya, dikenal dua istilah dalam tapak biosintesis, yaitu:

1. Biogenesis
Masih merupakan mekanisme perkiraan, tetapi caranya masih dibenarkan
secara menurut teori reaksi kimia organik. Artinya mekanisme reaksi penghasilan
suatu senyawa harus mengikuti kaedah-kaedah reaksi kimia organik. Tujuannya
adalah untuk menghubungkan suatu senyawa tertentu dengan sejumlah pemula atau
(precursor) supaya asal senyawa tersebut dapat diketahui.

2. Biosintesis
Sudah merupakan mekanisme sesungguhnya yang terjadi pada makhluk hidup
yang menghasilkan senyawa-senyawa tertentu. Mekanisme ini hanya dapat diperoleh
melalui suatu penelitian.
Seringkali suatu senyawa biogenesis banyak membantu penelitian biosintesis.

Dalam suatu proses biosintesis diperlukan suatu transformasi sederhana yang

mendasari reaksi pembentukan suatu senyawa, yaitu;

1. Ikatan karbon-karbon yang terbentuk dari hasil reaksi antara gugus metilen sebagai
nukleofil dengan atom karbon dari keton, ester, CO2, ester alilik dan ion metil
sulfonium sebagai elektrofil.

- C O
H2
a. CH2 CH: CH C O-

O H -
-
C C O + RS
b. CH: + HC
SR
-
- O
CH: + CO2 CH C
c.
O
-
CH + RCH=CHCH2X CH CH2CH=CHR + C-
d.

2. Ikatan karbon-karbon yang terbentuk dari hasil oksidasi

5
 H3C-O H3CO

N N
CH3 OH
OH
-2H +
-2 e -

HO O

3. Pemasukan atom oksigen ke ikatan C-H atau reaksi epoksidasi langsung pada ikatan
rangkap dua C=C oleh reaksi oksidasi.

COOH
COOH
[O]
a.
NH2 NH2
OH

b. [O]

COOH CO

4. Oksidasi-oksidasi terhadap ikatan karbon-karbon dan karbon-oksigen

5. Reaksi dekarboksilasi dari asam β-keto karboksilat
O O
H O H
C
C C , + CO2
C O R
H C
R
,
R
RCH2-C R -

6. Alkilasi dan Asilasi dengan atom oksigen dan nitrogen sebagai

Nukleofil.

6
 Apabila proses ini terjadi sebagai bagian dari rangkaian biosintesis
dapat diperkirakan bahwa ada enzym spesifik sebagai perantara. Banyak reaksi yang
dikatalisis ole asam-basa, kalau demikian maka enzim sebagai donor dan acceptor proton.
Pada reaksi yang lain diketahui bahwa ion logam adalah penting untuk reaksi enzim, dan
telah diperhitungkan bahwa logam bertindak sebagai tapak pembentukan logam-enzim
substrat kompleks, dimana reaksi berlangsung.

1.2.3 Proses Metabolisme Primer

Metabolisme primer dimulai dari pembentukan karbohidrat dari karbondioksida dan

oksigen dengan bantuan sinar matahari dan klorofil.

xCO2 + xH2O + Energi (CH2O)x + H2O

Alur penggunaan sinar matahari selama reduksi karbon dioksida menjadi karbohidrat
melalui daur pemantapan CO2.

NADPH

ATP

Klorofil
Cahaya dan Pemantap
matahari enzim an CO2
pembantu

ADP
+
NADP

Bagian adenosin dari NAD+ sering tersangkut dalam keadaaan mengikat koenzim
apoenzim. Bagian aktif redoks dari NAD+ (atau NADP+) adalah bagian nikotinamida seperti
yang
7
ditunjukkan oleh reaksi oksidasi reduksi pada alur pemantapan CO2.

Tenaga
ADP + Pi ATP

Adenosin Difosfat Fosfat anorganik Adenosin trifosfat

Reaksinya sebagai berikut:

R-OH + P-P-P-OCH2 NH
N
O
NH2

N
N

OH OH
ATP

NH2
N

N
R-OH-P + P-P-OCH2 N

O
N

OH OH
ADP

Peranan NADPH dan ATP pada pemantapan daur CO2 seperti skema 1.2 berikut:

8
 Ribulosa-1,5-difosfat + CO2 Asam - fosfogliserat

NADH ATP

3-Fosfpgliseraldehid

Daur Asam Sitrat Fruktosa-1,6-difosfat

(zat antara)

Glukosa, amilum, selulosa dll

Metabolit Sekunder

Skema 1.2. Peranan NADPH dan ATP dalam daur pentapan CO2

1.2.4 Biosintesis Asam Piruvat dan Asam Shikimat

Asam piruvat merupakan senyawa precusor terpenoid, steroid dan karotenoid.

Sedangkan asam shikimat merupakan senyawa precusor fenil propanoid dan flavonoid.
Reaksi biosintesis asam piruvat memakai bahan awal D-glukosa, dengan bantuan ATP
glukosa berubah menjadi glukosa 6-fosfat yang selanjutnya berubah menjadi fruktosa 6-
fosfat. Dengan bantuan ATP fruktosa 6-fosfat berubah menjadi fruktosa 1,6-difosfat yang
kemudian mengalami pembukaan cincin yang diikuti pemecahan molekul menjadi senyawa
keton dan aldehid yang masing-masing mengandung 3 atom C.

Reaksi biosintesis asam piruvat seperti berikut:

9
 CH2-OH

H O

H CH-OH
OH
Glukosa-6-Fosfat Fruktosa 6-Fosfat
OH
ATP ADP ATP

OH OH
2HC OP ADP
CH2-OP CH2-OP
2HC OP
O
C=O

C=O HO
OH CH
OH
CH2OH
H C O
OH
+ H
H C-OH Fruktosa --difosfat
CHO
CH2-OP
CH-OH +
NaD
CH2-OP NADH
ATP
3-Posfogliseratasetat (3-PGA) 2-PGA
ADP
-H2O
O

3HC C COOH 2HC C COOH

Asam Piruvat
OP
Asam Fosfoenol piruvat

Reaksi biosintesis asam shikimat seperti reaksi berikut:

H2O
COOH
P-O COOH
O C
C
CH2 CH2
(PEP) HO
Enzim CHOH
+ CH
OH CH
PO-H2C
H
CH C O OH
PO-H2C CH
-(PO-H)
OH
Asam 5-dehidrokuinat
Eritrosa-4-fosfat
COOH

+
COOH NADP NADPH

O OH

OH
OH OH
Asam 5-dehidroshikimat
OH

Asam Shikimat

1.3 PENUTUP

10
1.3.1 Rangkuman

Pada hakekatnya senyawa kimia hasil alam meliputi senyawa-senyawa organik dan
anorganik. Namun pengertian kimia bahan alam (Natural Product Chemistry), pada
umumnya dimaksudkan untuk kimia organik yang berasal dari tumbuhan dan binatang, baik
yang berada di daratan maupun di lautan. Senyawa-senyawa kimia bahan alam sering disebut
dengan metabolit sekunder. Berbicara tentang metabolit sekunder tidak lepas dari senyawa
metabolit primer. Karena senyawa metabolit sekunder adalah senyawa yang dihasilkan
melalui metabolisme metabolit primer. Sedangkan senyawa metabolit primer adalah senyawa
yang dihasilkan oleh metabolisme primer, dimana metabolisme sekunder adalah kelanjutan
dari metabolisme primer. Oleh karena itu senyawa metabolit sekunder berasal dari metabolit
primer. Dalam proses metabolisme untuk menghasilkan metabolit sekunder, senyawa
metabolit primer berfungsi sebagai pemula. Senyawa –senyawa metabolit sekunder selama
ini dikenal juga sebagai senyawa obat karena sebagian besar senyawa metabolit sekunder
memiliki efek fisiologis.

Ada beberapa alasan mengapa kita perlu mempelajari senyawa hasil alam, yaitu:
1. Macam-macam struktur organik dari tumbuhan telah diteliti begitu luas dan sampai
sekarang penelitian tersebut masih menarik perhatian. Ini sebagai buki bahwa struktur
kimia organik dan proses sintesisnya serta transformasinya tidak terbatas untuk
didiskusikan.
Pada saat penentuan stuktur banyak kelakuan senyawa organik telah dijadikan dasar
rekasi kimia organik (misalnya resksi penyususnan kembali Wagner-Wierman dll).
2. Dapat ditemukannya kaedah sintesis dari proses penelitian sintesis senyawa organik.
3. Doperkirakan setengah dari obat formasuztis modern berasal dari hasil alam atau
turunannya dan penelitian masih terus berlanjut untuk mendapatkan obat baru dari
sumber alami (misalnya penelitian tertrasiklin, kartisone, reserpin, piretrin dan lain-
lain).
4. Mempelajari kandungan kimia tumbuhan (fitokimia) sudah mulai dijadikan nilai
penting untuk mengetahui dan mengevaluasi hubungan antara tumbuhan (taksonomi)
secara sistematik.

11
 5. Dapat dijadikan sumber bahan kimia organik yang lestari dan dapat diperbaharui.
Berikut adalah perbedaan antara metabolit primer dan sekunder:
Metabolit Primer Metabolit Sekunder
1.Peranannya penting 1.Peranannya tidak jelas
dalam kehidupan pada organisme
organisme penghasil penghasil
2. Universal 2. Tidak universal
3. Senyawa pembangun 3. Senyawa hasil alam

Pada proses pembentukan senyawa metabolit sekunder biasanya disertai dengan transformasi
struktur, yang melibatkan berbagai reaksi-reaksi kimia yaitu:
1. Ikatan karbon-karbon yang terbentuk dari hasil reaksi antara gugus metilen sebagai
nukleofil dengan atom karbon dari keton, ester, CO2, ester alilik dan ion metil
sulfonium sebagai elektrofil.

- C O
H2
a. CH2 CH: CH C O-

O H -
-
C C O + RS
b. CH: + HC
SR
-
- O
c. CH: + CO2 CH C

O
-
CH + RCH=CHCH2X CH CH2CH=CHR + C-
d.

2. Ikatan karbon-karbon yang terbentuk dari hasil oksidasi

H3C-O H3CO

N N
CH3 OH
-2H +
-2 e -

HO O

3. Pemasukan atom oksigen ke ikatan C-H atau reaksi epoksidasi langsung pada ikatan
rangkap dua C=C oleh reaksi oksidasi.

12
 COOH
COOH
[O]
a.
NH2 NH2
OH

b. [O]

COOH CO

4. Oksidasi-oksidasi terhadap ikatan karbon-karbon dan karbon-oksigen

5. Reaksi dekarboksilasi dari asam β-keto karboksilat
O O
H O H
C
C C , + CO2
C O R
H C
R
,
R
RCH2-C R -

6. Alkilasi dan Asilasi dengan atom oksigen dan nitrogen sebagai

Nukleofil.

-
a. -O + RCH=CHCH2X -O-CH2CH=CHR + X -
O
- -
b. -O + 3HC C -OCOCH3 + RS
SR

Proses metabolisme metabolit sekunder melibatkan proses pemantapan

karbondioksida yang memerlukan peranan NADPH sebagai agen penyedia hidrogen dan ATP.
Precusor senyawa flavonoid adalah: Asam shikimat dan asam malonat, precusor terpenoid

13
adalah asam mevalonat, precusor alkaloid adalah asam-asam amino dan precusor senyawa
fenolat adalah poliketida dan asam-asam lemak.

1.3.2 Latihan Soal-Soal

1. Berikan penjelasan mengapa negara Indonesia sangat berpotensi dalam penelitian

pengembangan senyawa hasil alam?
2. Jelaskan perbedaan antara metabolit primer dan metabolit sekunder, serta berikan
masing-masing 3 contoh!
3. Tuliskan skema metabolisme penghasilan senyawa metabolit primer dan sekunder
dalam tumbuh-tumbuhan!
4. Tuliskan secara skematis perananan NADPH dan ATP dalam daur pemantapan CO2!
5. Tuliskan jenis-jenis reaksi yang dapat terjadi pada proses transformasi struktur suatu
metabolit!
6. Tuliskan reaksi pengubahan ADP menjadi ATP!
7. Apa syarat agar suatu senyawa dapat mengalami dekarboksilasi?
8. Jelaskan perbedaan antara biogenesis dengan biosintesis!
9. Precusor untuk senyawa fvonoid dan alkaloid adalah?
10. Precusor untuk senyawa terpenoid adalah?
11. Tuliskan mekanisme reaksi biosintesis asam piruvat!
12. Tuliskan mekanisme reaksi biosintesis asam shikimat!

1.3.3 Petunjuk Pengerjaan Soal

1. Untuk menyelesaikan soal 1 dan 2 mahasiswa harus mampu melihat fenomena yang
ada di Indonesia bahwa kita sangat kaya akan tumbuh-tumbuhan yang berkhasiat
obat.
2. Untuk soal no 3 sampai no 7 mahasiswa harus memahami reaksi-reaksi kimia yang
terjadi dalam proses biosintesis suatu senyawa metabolit primer maupun sekunder.
3. Untuk soal no 8-10 mahasiswa harus memahami skema produksi metabolit primer
dan sekunder dalam suatu tumbuhan.

14
1.3. 4 Glosorium

Natural product : Senyawa–senyawa yang diperoleh dari alam, baik tumbuhan maupun
hewan, biasanya adalah senyawa yang berkhasiat obat.
Metabolit primer : Senyawa-senyawa yang dihasilkan dari metabolisme primer contohnya
karbohidrat, protein dan lemak.
Metabolit sekunder : Senyawa-senyawa yang dihasilkan dari metabolisme primer contohnya
flavonoid,
Alkaloid, terpenoid, steroid dan saponin.
Precusor : Zat pemula dalam produksi suatu metabolit
Biosinteis : Jalur metabolisme yang sudah pasti pasti
Biogenesis : Jalur metabolisme yang belum pasti namun
memenuhi kaidah-kaidah reaksi kimia.
1.3.4 Pustaka

Harborne J.B., 1996, Metode Fitokimia, ITB, Bandung

Matcheh Sabirin, 2002, Kimia Hasil Alam, UGM, Yogyakarta

15