ISOLASI, KARAKTERISASI, DAN

2 ENUMERASI MIKROBA

Bab ini menguraikan teknik dasar pengambilan contoh tanah, isolasi

dan perbanyakan mikroba, prosedur enumerasi (penghitungan) populasi
mikroba pada contoh tanah atau kepadatan sel dalam biakan murni, dan
pengujian karakter fenotip yang terkait dengan fungsi mikroba bagi tanah,
tanaman, dan lingkungan.
Salah satu tantangan yang dihadapi dalam analisis mikroba
umumnya masih terkait dengan enumerasi populasi. Tantangan yang
dihadapi tidak hanya terkait pada pemilihan media yang cocok, tetapi juga
berkenaan dengan interpretasi terhadap data hasil analisis yang kadang-
kadang tidak menggambarkan kondisi yang sebenarnya di lapangan. Hal ini
bisa terjadi karena kekeliruan dalam pengambilan contoh ataupun
terkontaminasinya media yang digunakan. Prosedur kerja yang ketat
dengan mengedepankan higienisitas merupakan syarat utama dalam
analisis mikrobiologi.
Teknik pengenceran bertingkat dalam enumerasi mikroba pada
media cawan agar (plate count) merupakan teknik enumerasi mikroba
tertua yang sampai saat ini masih digunakan. Penemuan agar (polisakarida
dari ganggang laut) sebagai media padat sangat bermanfaat dalam
mempelajari mikroorganisme karena sifat-sifatnya yang unik, yakni mencair
pada suhu 100oC dan membeku pada suhu sekitar 40oC serta tahan
perombakan oleh kebanyakan mikroorganisme. Selain teknik enumerasi
dengan cawan agar, penghitungan populasi mikroba dengan teknik MPN
(most probable number), khususnya untuk mikroba yang memiliki
karakteristik pertumbuhan tertentu diuraikan secara lebih rinci pada bab ini
dengan berbagai variasi cara perhitungan sesuai dengan jenis mikroba
yang dianalisis.
Secara keseluruhan bab ini bertujuan untuk menyajikan informasi
yang cukup tentang langkah-langkah pengambilan contoh tanah dan
analisis mikroba yang terkait dengan isolasi, karakterisasi, dan
penghitungan populasi. Beberapa jenis analisis disajikan agak lebih detail,
seperti analisis cendawan mikoriza, sehingga pengguna dapat dengan
mudah menerapkan dan mengikutinya. Selain itu, disertakan dalam bab ini
beberapa jenis analisis yang jarang dijumpai dalam buku metode analisis,
seperti mikroba pendegradasi polutan, pengakumulasi logam berat,
penghasil asam indol asetat (AIA), dan bakteri penghasil siderofor yang
sekarang ini mulai banyak dipelajari dan dikomersialkan.